1N1VA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with dana
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 176
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1vA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1vA01
2DTYA 2VSMA 1UZZA 4LBKA 5GZFA 1GZ9A 3U4XA 1S0GA 2R16A 5JOWA 3KM5A 3D11A 1W6OA 4GXLA 1IOAA 5B2DA 1INVA 3UJOA 4R9AA 1ULDA 1GSLA 4LBNA 1A4GA 1NCCN 5CBLA 3PMEA 3M3CA 2AR6A 3GVKA 2HU4A 2UU8A 3N36A 1AVBA 3AP4A 1F31A 4UF7A 4AVVA 1I1EA 4GZOA 1SLCA 2EXJA 2HTUA 5EYXA 1NSDA 3H0OA 1INYA 1BJQA 3WDTA 4I30A 3H73A 4CPZA 2GNDA 1A4QA 4U36A 1JW6A 1JOJA 2PHFA 5DG2A 2ARBA 3N7LA 2D7FA 4CPMA 1V6LA 4MWWA 2A3YA 1G9BA 1JXNA 2F24A 5FRAA 3ALWA 1USXA 1H30A 1INXA 4FQZA 5KXDA 2D43A 4MJUA 2WT0A 2ZGTA 3VKNA 3TI6A 3BTAA 1A8DA 2SIMA 2GALA 1DQ2A 1NSCA 2P3IA 3GVLA 2HT5A 1KDKA 5DG1A 3WLUA 4AYUA 1HQWA 1W1XA 2F10A 3CL0A 4Q6KA 1LU2A 2FMDA 3WDWA 1B9TA 1MS8A 3SH5A 2P34A 4RA0A 4SLIA 4PQ9A 3ATGA 4WVWA 1GANA 3RMXA 3GALA 5GJ6A 4Y1UA 1VIWB 4MWRA 1GZCA 4FVKA 3H72A 5T52A 5EWSA 4X49A 2AUYA 4X4AA 1IKPA 5BYNA 3M2MA 1WD4A 2RKCA 1Z4ZA 1IS4A 1GNHA 4YM2A 2QWJA 1O4YA 5H9PA 1JN2P 3SH3A 1JBCA 5B2CA 1CR7A 1DYPA 1DLLA 3H6JA 4XIKA 5HUGA 2VY0A 1W6NA 4QN6A 1MVQA 1QOTA 4MJVA 3RQ0A 2RHPA 1DQ6A 2DVAA 4BBWA 5JLVA 4P9YA 3AFKA 1F8DA 2D6OX 4WA4A 1JUIA 2FHRA 3D5OA 2W68A 1V0ZA 4H52A 5JOZA 2E51A 4Q1PA 2A7AA 2LTNA 4WA3A 2W5NA 3IKWA 1W0OA 2Q5TA 1ULGA 5L73A 1V6JA 4M4UA 1E8TA 4BQ1A 1V6MA 4TZDA 4MWVA 4Q2FA 5IK4A 3NSSA 4MWUA 1INHA 1NNAA 1W6PA 2AENA 4Y20B 2P2KA 1DZQA 1A3KA 2VU9A 2ZB6A 3VKFC 4K3YA 5GZCA 4Y1XA 1WW5A 1MVEA 1V3EA 3BEQA 1EUUA 4LBLA 5T5JA 1WW7A 4XZPA 3TAYA 2LALA 4YZ3A 2EXIA 3PVOA 1KJLA 1AXZA 3K38A 1N3PA 4X47A 1SLTA 2WKKA 2A6ZA 4XJ9A 2ZHKA 2OW4A 4XIOA 2HTQA 1MZ6A 3O0WA 2JDZA 2DU1A 3ZPYA 2VH9A 3O9KA 2JJ6A 1DQ0A 2CTVA 1VAMA 3WCRA 1H9PA 1RIRA 2YA5A 1AJOA 2C5DA 4XBQA 3R05A 2CWSA 4FPGA 4YFWA 5E89A 3AZWA 3RSJA 3WG3A 2NM1A 4XJ8A 2AGSA 1FV2A 2ZACA 1WLDA 4XXAA 5T5PA 2DUQA 1VAVA 3IMNA 3K3AA 4MWQA 1DHKB 4R9CA 1LHNA 1ZM1A 3V0AB 3B3QE 1KDMA 3MPPG 1W6MA 1SFYA 2ZMKA 3POYA 1LCLA 4B7JA 2NP0A 2DV9A 5H9RA 1YXWA 3DUIA 3DGTA 3TICA 1SBDA 4H55A 2ZGNA 3B01A 1DILA 4Y1VA 3LCPA 1F8EA 1XOGA 4JF7A 2BATA 1C4RA 4KS1A 3OY8B 4YG0A 4M3MA 4YW1A 4GZQA 4FOVA 2A3XA 2E7TA 2VK7A 1HLCA 3WG2A 1QOOA 4GALA 4HL0A 4NN9A 1HQLA 4KS3A 3INBA 3Q9OA 4CPLA 4MWYA 1LHVA 1MS9A 1F5FA 1ULEA 3MEPA 3M3QA 3TI8A 4M3CF 4AVSA 1CIWA 1DQ1A 1OKQA 1F9KA 1QMJA 3WNXA 1CPNA 2F27A 5HUKA 2PHTA 1S0BA 3ZXJA 4Y1YA 4LBJA 1E8UA 1GZWB 1L7HA 2B7YA 2ZB5A 5H9QA 4K1KA 2WSUA 1UZYA 2A70A 1QDCA 1CESA 1N1SA 3O0XA 1SBFA 2HT7A 1NSBA 1OFSA 2ZHLA 4XJAA 1LGCA 1VCUA 3ZXLA 1WLWA 4XBLA 1GBGA 2DVGA 2A71A 4GWNA 5JVVA 2NZ9A 5M1ZA 4WVVA 1FX5A 4BMEA 2NMOA 1JYCA 2DU0A 3IN9A 1V3DA 1V6NA 4BM8A 3ILRA 2GNTA 3FUQA 2ZMLA 5F5QA 3VKMA 2TEPA 1CQ9A 2VW0A 5T55A 2GDFA 1NNCA 1W6QA 1WCSA 4FPFA 2ZZJA 1CJPA 4UW6A 1DBNA 4KS4A 1SLAA 1S0DA 2CL2A 3APBA 5GLUA 1DGLA 1LJ7A 1X50A 3CNAA 3JU4A 1HDKA 3V64A 4XTMA 1LTEA 3ALXA 4D8SA 5GLTA 1Q8VA 5DXDA 1L7GA 2UWBA 1LHOA 5IUQA 1LOFA 4NOTA 3TI5A 3CYEA 3NV1A 4HZVA 1UX6A 4Y22B 4GZWA 1AF9A 5JOYA 2GMMA 4MC7A 1D2SA 1NMBN 1VALA 4MX0A 5NN9A 2XZIA 4FOQA 2BZDA 1N3QA 3SLIA 4YZ2A 3RMYA 2A6XA 4JC1A 1NMCA 1AX0A 4RL7A 3QLQA 4J9TA 1RINA 2CNAA 3CL2A 5AVAA 1QU0A 3JUUA 1ENSA 4GEZA 1QGLA 4YGCA 2W52A 3K36A 5DUWA 3TI3A 4K1HA 1S0EA 4YGBA 1YI7A 2D3RA 4W65A 3T1EA 2D6NA 2QWBA 1LODA 3B69A 3IPVB 1WBLA 2NYYA 1W6OB 1Z50A 1UN1A 2F25A 5HCBA 3R4UA 2W39A 3W59A 4LBQD 3UL2A 4YGDA 2DUPA 3AZZA 1Z4WA 3WVJA 3USUA 2YA4A 2V5YA 3I4IA 4UW4A 3O9JA 1GLHA 3QCWA 2QWFA 1DQ4A 3ZXEA 2F12A 3B7EA 1ZA4A 1V6OA 5IK5A 5DZEA 4FPJA 4KS5A 2JECA 2B8HA 1GV9A 1WW4A 1LESA 1V3CA 5SV8A 2HTVA 4GB1A 2ZHMA 1IVGA 3A72A 1MS4A 1Y7BA 3O12A 1MS0A 3B00A 1W8OA 3IM0A 1W21A 2BF6A 2NMNA 3V0BB 1GKBA 1LULA 2I2SA 1XOEA 3MW4A 3B9CA 1RITA 2EXKA 2D6MA 1Q8QA 3AP6A 1LHUA 4Y1ZA 2ZGOA 4Q27A 4CZSA 1NLSA 4Z8BA 3KQRA 1MS1A 2OVUA 5T5LA 2HTWA 4LBOA 1S1AA 3WG1A 2E7QA 2VW2A 4R9BA 3AZXA 1B9VA 3FLTA 2YDPA 3AJZA 1Z0HA 3OBRA 2ZGSA 3LSEA 3A0NA 1IS5A 4XMAA 3AK0A 1UL9A 1A78A 1FAYA 4PBPA 1ENRA 3N3HA 3ZSLA 1NCDN 3NV2A 3M3OA 5GLWA 4FPLA 4M01A 2W08A 1G9FA 2D3PA 1ULFA 4LBQA 2WT2A 4ZKTB 2ZGMA 1YYNA 1B9SA 1G9DA 2BERA 4FP2A 2CWMA 4YGEA 2ENRA 2W38A 4HIZA 5GZEA 4AWDA 4WEFA 1W6NB 3UK9A 4HZZA 1CN1A 3OYWA 3L2YA 4AGVA 1F8BA 1C57A 3BIWE 4MZAA 2GN7A 2WJSA 1E8VA 2A75A 3SILA 3SISA 2WNEA 2EALA 3WV6A 2AH2A 2EXHA 2HT8A 1S0JA 3NV3A 3A4UA 2PHUA 5KXEA 5HX0A 5CB7A 3POWA 1VLNA 2QWHA 1PZ7A 1SO7A 5DUXA 1URXA 2HTRA 3VV1A 4ATFA 2E6VA 1DQ5A 3NV4A 4KBBA 2UWCA 2R0HA 4QNPA 2VVZA 2DWRA 1IS3A 4BPZA 1W6PB 2PELA 2ZGRA 3SITA 2R49A 1YO8A 1WW6A 1G86A 3LSDA 4YW3A 3RRDA 2VK5A 1CVNA 4WA5A 2NN8A 3AX4A 4BLJA 3WCSA 4D69A 4DQAA 4KS2A 4JCKA 2CYFA 1GNZA 4YG6A 3UJQA 4ISQA 1IVDA 2ZGLA 2X9MA 4K1ZA 1W8NA 2CY6A 4QN3A 5DUVA 1IVFA 1C1LA 2F13A 1JYIA 4Q8LA 2P3JA 1NMAN 4DPNA 4XHBA 4XDQA 1LEMA 3AYDA 1MR5A 3M1HA 1AX2A 5HUNA 1KRIA 3N7JA 4YM1A 1BYHA 4HZWA 4I00A 2QWKA 2ZHNA 4B7QA 2ARXA 4Y26A 1GZWA 1LU1A 5GLZA 4B7RA 7NN9A 4M3CA 4XOGA 3ZSMA 3TB0A 1DYKA 4X6KA 4GZXA 2A6WA 1W6MB 2YA8A 1N1TA 5GZDA 2XZKA 4GZPA 2DURA 4DGRA 2ZABA 2GN3A 1NCBN 2D6KA 1EPWA 4DS0A 4YZ4A 3WDVA 3ILNA 3C2UA 1S0FA 2XG3A 4XE9A 2VWDA 1V6KA 2YDTA 4M00A 2HYKA 3FFZA 1LOAA 3SNMA 1QNWA 2R0FA 1F8CA 1PZ9A 5JYYA 5EYYA 2WT1A 1SNTA 1BJIA 1QNYA 4ASMB 4BLIA 1OQ1A 1UMZA 2A6VA 3HR9A 2VUAA 2P3KA 1NN2A 1U0AA 4MWLA 1APNA 4P14A 1KQRA 5E88A 5IK7A 1S0IA 3WUCA 1AJKA 2BQPA 2AEQA 4ATEA 2R1DA 1J1TA 4H53A 1KITA 1FATA 4YW4A 2XB6C 1QOSA 5T54A 4CPNA 4NC5A 3W09A 4JRAA 4LBMA 2ZGKA 4MYEA 2D44A 3AZYA 1ONAA 5IT6A 3OGGA 3HN1A 2AREA 5KXBA 4K1YA 4GA9A 1Q56A 3TIBA 4P9XA 1S0CA 1V2IA 2ZAAA 2HTYA 4YFZA 4XYXA 1G9AA 3T1MA 4PBOA 4AVTA 1V0FA 1SACA 4FZHA 2W5OA 3IPVA 2A6YA 4CTEA 3O0VA 3WDYA 4NCSA 1QDOA 1W6QB 3WDXA 2JE7A 3PJQA 3H71A 2VW1A 2UURA 4BMBA 1N47A 3SH4A 5JDBA 1BKZA 2P37A 2GNBA 2PHRA 4XBNA 1LENA 3AJYA 1LEDA 2DVBA 3A0KA 1I3HA 4FQ4A 2V73A 3O5SA 2WLQA 1Z4VA 1WD3A 2ZMNA 3RG0A 2UWAA 4B7NA 1EUTA 5DUUA 1WBFA 2D6PA 1IVEA 2PHWA 3HMYA 5EXOA 3V0BA 3INAA 4ITCA 2GMEA 1Z4XA 1NCAN 2WSVA 1IKQA 4WEGA 1DIMA 4ISRA 4IQPA 2F11A 2AYHA 3TIAA 3BOPA 4GDJA 3ZYPA 2H0BA 2ZGPA 4YW5A 2DVDA 2JE9A 4CRQA 1YIFA 3ENRA 2QWAA 2ZGUA 1WUVA 2QWEA 5CAZA 2YZ4A 5DZGA 3D4KA 4Q26A 1QF3A 3SANA 4CPOA 6NN9A 3WUDA 2EF6A 3VKLA 4YZ5A 2YY1A 3MW2A 4GKXA 1SCRA 4K21A 2AEPA 4FPEA 1B09A 4K20A 3USUB 2XZJA 4DRRA 1Q8OA 5T50A 2F0ZA 2A3WA 4GKYA 2A5ZA 2D6LX 4XJQA 1N3OA 2CMLA 2DTWA 2HU0A 4XXPA 5H9SA 1EURA 1INFA 3WHTA 1WLCA 2DVFA 3T1LA 5T5OA 3AZVA 1MACA 3MW3A 1N1VA 5DZFA 5CNAA 1FYUA 1USRA 1LOBA 1SLBA 3D6EA 4FOWA 4QN7A 3VUOA 1JHNA 2VK6A 3AP7A 4XHXA 1G8WA 4AGGA 4Y20A 3AXDA 2YROA 4XJZA 4WV8A 1LOEA 5CA6A 4FP3A 2YMZA 4MZEA 1NNBA 5HCAA 5JMCA 4L8QA 1IVBA 1NXD1 2YA6A 2YXSA 3A71A 2F26A 2D3SA 2EAKA 1UPSA 4YM0A 1LOGA 1CPMA 1Q8PA 2F28A 2OUJA 4YLZA 3OJBA 3N35A 1LGNA 3R4SA 2R1BA 2VXRA 5GM0A 3D12A 5E8AA 1SLIA 1DIWA 1ENQA 4XJWA 3VKOA 3T2TA 4YM3A 3OBTA 3RS6A 3FLRA 3I8TA 3N7KA 4R9DA 3JU9A 4YZ1A 5F9TA 1SCSA 4YW2A 3ASIA 4LBQB 1SLLA 1LECA 4XMIA 4P9WA 2DUOA 4K1JA 1XQNA 4QN5A 1R1ZA 5IK8A 2C9AA 4UW3A 3CKZA 4NO4A 1V3BA 1D0HA 3AYAA 3V0AA 3M3EA 4FPYA 1V00A 2JD4A 2YV8A 1ULCA 5KXCA 3K39A 4HZYA 3FBYA 3FUOA 4TYSA 3W58A 2C4AA 3OYWB 2W20A 4MWXA 4U2AA 1GICA 1O4ZA 2QWCA 4GZSA 2KM2A 4M4NA 3WZ1A 3K37A 3OY8A 4FPCA 2Z42A 4HANA 2GNMA 2JKBA 3WHUA 4M4VA 3WOGA 1KJRA 3AP5A 1V6IA 4YG3A 4GZTA 1Z4YA 2PHXA 2QWGA 4K1IA 1GYKA 4PF5A 3AXEA 5GLVA 4C1XA 1V0EA 1C1FA 2G4IA 4FVVA 3AP9A 2ZBJA 1YRZA 4QN4A 3NN9A 1INGA 5GALA 4Y24A 1IVCA 4FPOB 1L7FA 4BOWA 1LOCA 3TI4A 4GJTA 4XJUA 5HCFA 3ILFA 3ZSKA 1A14N 3GVJA 3ZVXA 2VSKA 3SALA 1TEIA 5LK5A 3WDUA 2QWIA 1DFQA 3NWKA 1AXYA 1VCJA 5GZGA 2SLIA 1CONA 1Q8SA 2SILA 1SBEA 1QKQA 4FPHA 4AGRA 2ZA9A 4GDIA 3AYCA 5JOXA 1BQPA 4XILA 5HUMA 4PCRA 4Q1RA 1AXKA 2WQZC 1MS3A 1UAIA 1H9WA 2EIGA 3GNEA 1PZ8A 4B7MA 1BZWA 4XTPA 1HKDA 4XJRA 2GMPA 2ZGQA 1IS6A 4HZXA 4M3CB 1AZDA 3N7MA 2XCYA 3AYEA 1INWA 1LOFC 1N1YA 3ZSJA 2C4LA 1Z78A 1BXHA 2YA7A 1LHWA 1W0PA 3OPZA 3FLPA 2F29A 2DYCA 4FOYA 4CPYA 4M3CE 3WG4A 3PVNA 4Y22A 4DFSA 4Q8KA 1EUSA 4MWJA 1FNYA 1G9CA 3ZXKA 4GWMA 1LGBA 1W20A 1WCQA 1MS5A 4C1WA 3BODA 4UW5A 4F83A 2SBAA 3PVEA 2ERFA 3ZYRA 3V65A 1UKGA 2OUHA 1MWEA 2E53A 5FREA 2ZKNA 1AX1A 4FJ6A 4ZXKA 4OZXA 1FNZA 1G7YA 1FV3A 3ZXFA 4DRVA 4WZFA 1MZ5A 2ES3A 4FPKA 2QWDA 3POSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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