1N1YA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with sialic acid
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 172
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1yA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1yA01
3I4IA 1SFYA 2BERA 3WVJA 3WUCA 3N7JA 1V00A 3O12A 3ZXJA 1A4GA 1C4RA 2YDPA 2QWAA 2P34A 2A6VA 2ZGMA 3AYEA 4MWUA 2UURA 4DPNA 3AZZA 3HN1A 3H0OA 4FZHA 1WD3A 4MZAA 1USXA 3IN9A 3B9CA 2VWDA 1SLIA 5AVAA 1R1ZA 3WCSA 2VSMA 4B7RA 3TB0A 4XXPA 1W0OA 3W09A 2DUQA 2ZGLA 1INFA 1F8DA 2RKCA 1DIMA 2UWAA 1MACA 2VUAA 3OBRA 2D3PA 2YV8A 2A5ZA 3V65A 1EPWA 1HQLA 1LHOA 4WVWA 4NN9A 3UJOA 1WW5A 5IT6A 1DQ0A 1QDOA 2VW0A 2PHUA 1ULCA 4Y20B 3V0AA 2AGSA 1YRZA 1A4QA 2P3KA 2XZIA 4DFSA 5JDBA 4NC5A 2DV9A 1WCQA 1Z4VA 1V6KA 1YXWA 1BQPA 1WLWA 3A72A 1MR5A 1AXYA 1QOTA 1V0ZA 3OYWB 2AUYA 3D6EA 1INXA 1NCBN 1CQ9A 3CL2A 3BODA 1LOAA 2F26A 5T5PA 4GKXA 4HANA 5FREA 3ZSKA 2CMLA 4UF7A 2PHTA 2R0HA 4HL0A 2QWCA 2YXSA 2P37A 3NV2A 3D4KA 2VSKA 1B9SA 1AZDA 2W20A 4KS2A 1LGCA 1IOAA 3PMEA 1W0PA 3CNAA 4YW1A 4LBNA 2AR6A 4FPOB 4WV8A 2VH9A 1A78A 2R0FA 1CPMA 4PCRA 4DRVA 1GNHA 4XOGA 4WVVA 4YW4A 3PVOA 4AVTA 3N7MA 2NN8A 4KS1A 2ZGUA 3LSDA 5L73A 4HIZA 1NCAN 1QU0A 4Y1ZA 1LESA 4LBQB 4GKYA 5DZEA 4KS3A 4WEGA 4B7QA 3H6JA 4XIOA 5SV8A 5B2CA 4MC7A 2GNTA 1Z4YA 4LBOA 3V0BB 2TEPA 1VIWB 1S0EA 3IPVA 3RG0A 4NOTA 1MS5A 3R4UA 4LBQD 2E51A 1W8NA 4WA4A 5GM0A 3ATGA 3TIAA 2EXJA 2B7YA 1XOGA 4K1KA 1CIWA 1Y7BA 2D6MA 1N1YA 2R16A 3GALA 4FQ4A 1J1TA 2W52A 1KDKA 1USRA 2DVGA 3B00A 4GZSA 5GLWA 1MS0A 1QMJA 1VALA 2UU8A 2QWKA 1GZWA 4JC1A 2HTWA 1DYPA 2JKBA 5B2DA 1JOJA 3VUOA 1F8CA 1IVGA 1VCJA 3AJYA 2F12A 1G9AA 2ES3A 4AGGA 4NCSA 1N3PA 4U2AA 1TEIA 3H71A 1KQRA 1G9FA 1AJKA 1B9VA 4H53A 1GICA 4M3MA 2BZDA 5T5JA 1V3CA 4MJVA 3WV6A 4P9WA 4BOWA 1CN1A 2AYHA 1W6NA 2CL2A 3PVNA 3NV4A 1GV9A 4ATFA 2YMZA 3ZSLA 1DBNA 5T52A 4GDJA 4XBLA 2DTYA 5HCFA 3UJQA 1X50A 2A71A 1S0DA 3BTAA 2LTNA 2QWBA 2WKKA 1QOSA 1INWA 3B69A 1QNWA 2YY1A 3IM0A 1SBDA 1LGBA 3CKZA 4C1XA 2FHRA 2ZMNA 4YGBA 4YFWA 4MJUA 4GWNA 2V73A 3QCWA 4MWVA 4D69A 4GZOA 4XJZA 1BKZA 2ZGQA 3WOGA 4MZEA 1B9TA 4WZFA 3IKWA 3ZYPA 2ZA9A 4LBLA 4M3CA 1DLLA 4MWWA 3ZVXA 3VKMA 3N35A 2A6WA 2QWFA 4M3CE 4RL7A 1WBFA 1E8UA 4RA0A 1GNZA 4Q26A 4ASMB 2PELA 4XJ8A 4Y22A 3VKLA 2R1BA 1KDMA 4ZXKA 1W21A 3WDXA 3K3AA 3ZXEA 1JN2P 1GYKA 1AXKA 4Y1VA 1Q8VA 4FQZA 1DILA 4GZXA 1YO8A 2ZGKA 3SNMA 1W6OB 2SLIA 3AP9A 5E88A 4WA5A 3ZSMA 1IS3A 2E53A 4H52A 1AX1A 4FPKA 2VW1A 3AZYA 4UW4A 5HCBA 3SITA 1Z4WA 4LBKA 4M01A 1OFSA 2YROA 4CPZA 3M3EA 2HTUA 1LOGA 1FV2A 1S0CA 4WEFA 1Q56A 2QWDA 1EUTA 1Q8SA 4DGRA 4HZVA 1SCRA 4FPLA 5KXCA 4YW2A 1BJIA 3D11A 5LK5A 1WW6A 1ZA4A 1B09A 2GALA 1IS4A 4GZPA 4CPYA 2UWCA 5CAZA 1V6JA 4UW5A 1NCCN 3WG2A 2QWHA 1GZCA 4TYSA 5KXBA 4Q1RA 4QN5A 1AVBA 3UL2A 1JBCA 4YM1A 1JXNA 3AYAA 4MWYA 2A6YA 2ARXA 3BEQA 4GWMA 3AP7A 3AP5A 1W6MB 2RHPA 1V6MA 3OPZA 1NXD1 5HCAA 1L7HA 3A0NA 1MS9A 3WDYA 5GLUA 1EURA 1A3KA 1W6QA 1CJPA 2NYYA 3GNEA 1NMBN 2JECA 3O0VA 1DQ4A 1IS5A 4X6KA 1O4ZA 1MS1A 4K1JA 4OZXA 2F28A 4YGCA 4FPHA 3OBTA 1FNYA 2ZGOA 2CTVA 3ZSJA 3ALXA 4GZWA 2DYCA 1F8BA 1Q8QA 3VKFC 4FP2A 4GJTA 4XBNA 2OUJA 3JU4A 4M3CF 1CVNA 2CWSA 2ZGTA 2D6OX 3SH4A 3BIWE 4Y24A 4YLZA 2Z42A 4AVSA 3APBA 3M1HA 3W59A 4CPLA 2D6PA 4HZXA 1ZM1A 5GZCA 2W5NA 5HUNA 2EXKA 3AXEA 4H55A 1ENRA 5M1ZA 4BQ1A 4PQ9A 3M3OA 4XHXA 3ZPYA 4FPFA 1NMCA 1QNYA 2EXIA 4CPMA 3SANA 2JE9A 1WLCA 5KXEA 1N1VA 3AZVA 1IVDA 1V0EA 2GNDA 1S1AA 1JYIA 4Y20A 2DVBA 1I1EA 3B7EA 5JYYA 1G9DA 1S0FA 4XJWA 1G7YA 3WDVA 4AYUA 1MWEA 4X4AA 4XE9A 1BYHA 4XIKA 1NNCA 5DUVA 1FV3A 3OY8B 1N47A 3Q9OA 3INAA 3OYWA 3AK0A 4Y26A 4GXLA 2HU4A 1LJ7A 2YDTA 4X49A 2NP0A 3SILA 3M2MA 3AXDA 4KBBA 5T54A 2YA8A 2FMDA 1NSCA 4B7JA 3INBA 4JRAA 4PF5A 2F29A 4CZSA 3D5OA 5DXDA 2F27A 2PHFA 4ISRA 3PJQA 1C1FA 1LOEA 5IK5A 1S0IA 4J9TA 1WD4A 2E7QA 3FLRA 1CONA 4XTMA 3PVEA 2W08A 2AENA 2D6LX 5JOWA 1E8TA 4YGDA 1UPSA 2DVFA 4YM0A 2EAKA 2A70A 1KJLA 2W38A 2C9AA 2CWMA 4Y1UA 4MWXA 5GZFA 1SBEA 2DVDA 1APNA 2Q5TA 2WJSA 1LHWA 3M3QA 2SILA 4Q8KA 2CYFA 4LBQA 2QWIA 2CNAA 4P9XA 3O0WA 1LEMA 3N36A 2QWEA 1V6LA 1Z4ZA 1ULEA 4MWJA 5DUXA 2HT8A 3V0BA 4XJAA 3NWKA 1INHA 2ZGNA 4Q1PA 5HX0A 2DVAA 2XG3A 3B3QE 2WT2A 1N1SA 4BPZA 1OQ1A 2ENRA 2DWRA 4MX0A 2GNBA 1Z50A 3B01A 1SLCA 2NMNA 4U36A 3ZXLA 3U4XA 3ENRA 3AZXA 2ZMKA 4YGEA 2YZ4A 4MWLA 4QN7A 4MWQA 3NSSA 1FX5A 1DQ5A 1ULFA 3AFKA 3RS6A 1VLNA 2V5YA 1DQ1A 4XJRA 3FUQA 4D8SA 3KQRA 1E8VA 1GZ9A 3QLQA 5GZEA 3RQ0A 4UW3A 1U0AA 3RRDA 2ZBJA 2GMPA 5H9PA 2D3RA 1SACA 1EUSA 4XJUA 1AXZA 1LGNA 3IMNA 4AWDA 1IVCA 1KJRA 1VCUA 5H9QA 2VXRA 3O9JA 2OW4A 2XCYA 3HMYA 4QN6A 5HUMA 5JMCA 4YW5A 5IK4A 5T5LA 3T2TA 1IVBA 2I2SA 1FYUA 2EALA 4FOWA 1UL9A 5T55A 1D0HA 1GKBA 1LOFC 1NMAN 1L7FA 4BLJA 1DHKB 1GBGA 1NLSA 1V3EA 5CBLA 3DUIA 1H9WA 2A3WA 1UZYA 3OGGA 2YA4A 4YM2A 1W8OA 4F83A 3SH3A 2XZJA 2AH2A 1RINA 5DUWA 1AF9A 4Q6KA 2YA5A 2ZAAA 1ENSA 1LECA 1G8WA 2XZKA 2D6KA 1BZWA 4ISQA 1W6PB 5EWSA 5IK7A 4XHBA 3W58A 2W68A 5T5OA 4DRRA 3T1EA 4Q2FA 1LODA 3MW3A 1JUIA 1IKQA 3SH5A 4BMEA 3H72A 3D12A 1HLCA 1SLTA 1QF3A 2GMMA 2JE7A 1WLDA 3ILNA 3O5SA 3USUB 1YI7A 2DUPA 4GZTA 2YA6A 3I8TA 3KM5A 4XMIA 1UN1A 4KS4A 2OUHA 4QN3A 3OJBA 4B7MA 2YA7A 1LU2A 5DG1A 4GA9A 2ZGRA 1NSDA 3LSEA 2HTVA 2ZHKA 2VY0A 1L7GA 1KRIA 5CA6A 3HR9A 4I00A 4YW3A 1IVEA 2WT0A 2A6XA 1WW4A 3MEPA 4MWRA 2A3YA 4NO4A 2AEPA 3L2YA 1W6OA 3WDUA 3FLTA 4YG6A 3TI4A 1DQ6A 3RSJA 3ALWA 4ZKTB 3R05A 1DGLA 1F9KA 4YG0A 4Z8BA 2GN3A 1DZQA 2WNEA 3K36A 1LEDA 4YFZA 2WT1A 1LULA 1SCSA 5EXOA 3TI5A 1Z78A 2BF6A 2SIMA 3MW2A 3FBYA 1MZ5A 5E89A 3M3CA 1NCDN 3WHUA 2ZGSA 2D6NA 1PZ8A 3TAYA 5IK8A 4BMBA 1N3QA 1V0FA 1INVA 3ASIA 3NN9A 2ZB6A 4YZ1A 3NV3A 1BXHA 2A3XA 3ZYRA 3SLIA 2PHXA 1AJOA 1LU1A 1VAMA 2GDFA 2ARBA 3NV1A 2W39A 2SBAA 3A4UA 4YZ2A 2AEQA 1YIFA 3GVJA 4ATEA 4JCKA 1W1XA 3RMYA 2F10A 1Z0HA 1S0JA 1W6MA 2VK6A 1V6OA 2VK7A 3FFZA 1EUUA 5CNAA 4UW6A 3V0AB 4K1HA 3AYDA 2A7AA 1G9BA 3ZXFA 1MS4A 4R9BA 2HT5A 1OKQA 3AZWA 1URXA 2VU9A 2DTWA 2DURA 2P3IA 4GDIA 2CY6A 1ULDA 3AYCA 3SISA 2E7TA 5GLVA 2C4AA 1ENQA 1GSLA 4GALA 4GB1A 1FNZA 1YYNA 4FPCA 3TICA 2DU0A 2B8HA 3A0KA 1ONAA 1GANA 2ZMLA 3POSA 3WG1A 4W65A 3AJZA 6NN9A 2F11A 2OVUA 2BATA 2VVZA 4CPNA 1C1LA 5EYXA 1IS6A 2A6ZA 5JOZA 1BJQA 5JOXA 2A75A 3TI8A 2D43A 3K37A 2R49A 4XXAA 2WSUA 4AGVA 4XZPA 3H73A 3C2UA 3WDTA 3GVLA 3AP6A 1S0BA 4BM8A 2WLQA 2ZGPA 5GLZA 4FOQA 5F5QA 4XJQA 2NZ9A 1V6IA 2ZZJA 3WLUA 3WNXA 5FRAA 5T50A 3VKOA 3POYA 4K20A 4LBMA 1WCSA 2P3JA 1RITA 1XOEA 5GALA 2PHWA 1UX6A 4QNPA 2ZKNA 1VAVA 1NSBA 2AREA 3OY8A 1GLHA 3JU9A 5JLVA 3WCRA 4WA3A 3CL0A 5E8AA 3JUUA 3TIBA 3IPVB 3CYEA 1FATA 1MZ6A 2H0BA 3O9KA 4CTEA 2PHRA 2D44A 2DU1A 2KM2A 2G4IA 4XYXA 4GEZA 3LCPA 1MVEA 4HZWA 3WUDA 4XDQA 5DG2A 2F25A 1DYKA 1MS8A 4MYEA 3WG3A 1LHVA 5GZGA 4YZ5A 4HZZA 4I30A 4K1ZA 1JW6A 2BQPA 2HU0A 3ZXKA 1C57A 1INYA 1Q8PA 1D2SA 4FPEA 4B7NA 1GZWB 4R9AA 2C5DA 3N3HA 2DUOA 1IVFA 1UAIA 3N7LA 4LBJA 2WSVA 4BLIA 2W5OA 2GNMA 4BBWA 2ZHNA 1V3DA 3MPPG 2HTQA 5DZFA 2LALA 3WZ1A 3A71A 3GVKA 3WDWA 1INGA 4P9YA 4DS0A 3SALA 2NMOA 1AX0A 4YG3A 1N1TA 3T1MA 5JVVA 2F0ZA 4Y1XA 1FAYA 4XJ9A 1W20A 2ZACA 1JHNA 1O4YA 1W6NB 3N7KA 2D7FA 1SLBA 1DQ2A 2D3SA 2VK5A 2HYKA 3O0XA 4L8QA 1HKDA 5H9SA 5GZDA 5GJ6A 1F8EA 1LOBA 3ILFA 2HTRA 3FLPA 5HUKA 2GMEA 1WW7A 1CPNA 1MVQA 4XMAA 2VW2A 4Q8LA 4YZ3A 1CESA 3MW4A 1NNAA 4C1WA 4K1IA 1SBFA 4Y1YA 5H9RA 1F5FA 4FJ6A 1UMZA 2EXHA 2XB6C 4P14A 4PBPA 1LTEA 4K1YA 4AGRA 2HT7A 2QWGA 2ZABA 4FP3A 1WUVA 3TI6A 3BOPA 1WBLA 1N3OA 2HTYA 1SO7A 2F13A 1DFQA 5KXDA 1QGLA 1AX2A 4XILA 2E6VA 1NNBA 2F24A 4M3CB 2R1DA 1IKPA 1H9PA 4XTPA 5DUUA 2EF6A 3T1LA 3V64A 3AP4A 1UKGA 2EIGA 1LCLA 4PBOA 2WQZC 4CRQA 4Y22B 1HQWA 4ITCA 4FVKA 1S0GA 1SNTA 5EYYA 1LOCA 3K39A 1HDKA 4AVVA 4K21A 1QOOA 5GLTA 3UK9A 5DZGA 4R9DA 2ZHMA 4CPOA 1G9CA 4K3YA 1A14N 1DIWA 5IUQA 4SLIA 1XQNA 4GZQA 2GN7A 1QDCA 4FPGA 4IQPA 2ERFA 3AX4A 4QN4A 4M4VA 3ILRA 3VKNA 2ZB5A 5JOYA 4M4UA 1W6PA 4Q27A 2QWJA 5F9TA 1UZZA 2P2KA 3VV1A 4FVVA 1PZ9A 1MS3A 3FUOA 1LHUA 2C4LA 1JYCA 1V6NA 1PZ7A 4YM3A 2JDZA 1LENA 1V2IA 4FPYA 2JJ6A 4JF7A 4FOYA 4R9CA 1SLLA 1H30A 3RMXA 4X47A 1QKQA 2UWBA 3USUA 1I3HA 2X9MA 3WHTA 5NN9A 1Q8OA 4M4NA 7NN9A 1LOFA 4FOVA 1SLAA 3R4SA 4FPJA 3WG4A 4XBQA 5HUGA 2ZHLA 1RIRA 3DGTA 1NN2A 2NM1A 1V3BA 4TZDA 5BYNA 1ULGA 3POWA 3K38A 3TI3A 4DQAA 1W6QB 4HZYA 1LHNA 4M00A 1Z4XA 1G86A 5CB7A 1A8DA 4KS5A 1KITA 4YZ4A 1CR7A 1F31A 2JD4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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