The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Selection of tRNA by the Ribosome Requires a Transition from an Open to a Closed Form
pubmed doi rcsb |
| total genus |
22
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DUZ K; 2UUA K; 5A2Q O; 4JYA K; 4B3S K; 4LF4 K; 4CW7 B; 4DV0 K; 4V19 S; 2F4V K; 4DR5 K; 4DR2 K; 4NXN K; 4YHH K; 3JAM O; 5BR8 K; 2E5L K; 2VQF K; 4GKK K; 1N36 K; 4DR7 K; 4LFC K; 5LL6 Z; 1HNW K; 5IT9 O; 1XNR K; 1I94 K; 4X65 K; 4B3T K; 1IBK K; 4AQY K; 1N33 K; 4DV7 K; 1XMQ K; 1IBL K; 1XMO K; 2UUB K; 4B3M K; 2UXD K; 4DUY K; 4LF8 K; 3OTO K; 4JI4 K; 2UXB K; 4DV2 K; 3J80 O; 4JI8 K; 1HNX K; 5IWA K; 2HHH K; 3J7Y P; 1J5E K; 4CVN E; 3T1Y K; 4LFB K; 4YY3 K; 3J81 O; 4OX9 K; 4X64 K; 4DR3 K; 4KHP K; 2UU9 K; 4LF7 K; 5FLX O; 4DR4 K; 5LMN K; 3J7A P; 4LFA K; 4NXM K; 4DR6 K; 4B3R K; 4JI3 K; 4DV5 K; 4X66 K; 1N32 K; 2ZM6 K; 5AJ3 K; 4JI5 K; 1FJG K; 4X62 K; 4LF9 K; 3T1H K; 4DV1 K; 1N34 K; 2UUC K; 2VQE K; 4GKJ K; 4K0K K; 4DR1 K; 1HNZ K; 1HR0 K; 4DV6 K; 4DV4 K; 4LF6 K; 4JI0 K; 1IBM K; 4JI1 K; 4JI2 K; 4LF5 K; 5LMU K; 4DV3 K; 2UXC K; 4JI6 K; 1XNQ K; 4JI7 K; 4JV5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ZTF A; 2KTQ A; 3WEE A; 5HRN A; 3FZK A; 3HP9 A; 2UUA K; 4FLV A; 4FVU A; 3M6G A; 3QBW A; 4NO7 A; 4EP4 A; 1Y64 A; 3V1R A; 4JKD A; 5C24 A; 3UKR A; 5ADX H; 4B08 A; 1Q8I A; 3T69 A; 4CJ3 A; 1RDA A; 5D3G A; 3OVN A; 1HJO A; 1T3V A; 5FPM A; 4B1Z A; 5AZI B; 5KRS A; 1I94 K; 4GV3 A; 2CH5 A; 1YJ9 N; 3FZF A; 4I6M A; 1NK6 A; 4B3M K; 3Q7B A; 3NFA A; 2BAN A; 2ASM A; 2QWN A; 4PKI A; 2A6A A; 2I7P A; 4JI4 K; 3VTH A; 1NK7 A; 4N41 A; 2OPS A; 2DTU A; 4CZK A; 3L8B A; 1N6Q A; 1VQO N; 4MFB A; 3HSC A; 1Y97 A; 3DYA A; 3H6E A; 2HOE A; 2AP1 A; 5BRD A; 3A2F A; 3A8Y A; 4DSE A; 1WLJ A; 1K73 O; 5EX5 A; 1RT2 A; 3AA5 X; 3AVC A; 4EAH D; 2Z1J A; 4RG8 A; 3IUC A; 4E1N A; 4LFA K; 2RKI A; 3HRG A; 4FM2 A; 4F3O A; 4H0X B; 2O8D A; 3KJV A; 5CYM A; 5HL7 L; 4JD2 A; 4LSN A; 4ISG A; 4BGA A; 3ISN C; 3IKM A; 4UY8 O; 1C0M A; 1NU0 A; 2D0A A; 2XY7 A; 5BN9 A; 4BWJ A; 2ZGY A; 3NF8 A; 2DFF A; 2IC3 A; 4PA1 A; 1JL1 A; 2HBJ A; 4BVP A; 4O44 A; 1BIZ A; 2P9N B; 3O3F A; 2Q31 A; 2P9U A; 4CFA A; 2O8C B; 2WTU A; 3LDS A; 4EIA A; 4C1N K; 3W0L A; 5C2F A; 1MWM A; 4KB1 A; 2ZF5 O; 4FPA A; 2G8K A; 3QEP A; 4FWM A; 3PO4 A; 4N47 A; 2FBT A; 5EVZ A; 4CW7 B; 3OA9 A; 3U6F A; 1N5Y A; 2F4V K; 1ZBH A; 3R9P A; 1Q81 O; 1MA9 B; 4DSJ A; 4OPA A; 3LPT A; 4H5N A; 5FPD A; 3NMU A; 3R8E A; 5GAD P; 4CEO A; 3RMB A; 5IT9 O; 3AY9 A; 4M3T A; 4FJ9 A; 1HPZ A; 4FJN A; 4DV7 K; 4BE2 A; 4BE0 A; 3TSQ A; 3PX4 A; 4H0O A; 3SAF A; 2A5X A; 3P38 A; 1SKR A; 1GLC G; 3RSE A; 2CGK A; 2E2N A; 2DFH A; 3DLB A; 5E84 A; 4H0V B; 5AQI A; 4QCL A; 3SV4 A; 3CHW A; 3P39 A; 4JS5 A; 1KVB A; 2Q36 A; 1OKJ A; 3CCM N; 3D2F B; 2G8H A; 3RVC A; 2O4G A; 3WNE A; 3FZH A; 4CD3 A; 2UU9 K; 1CLQ A; 4JAX A; 1KAX A; 4M3W A; 3QB0 A; 2PYJ A; 2HW3 A; 3U9D A; 4UQG A; 4JRQ A; 3GDQ A; 3ZET A; 1R0A A; 4IFY A; 3S41 A; 1FK9 A; 2F9T A; 3LDL A; 4DF4 A; 2O4I A; 4FWK A; 4E7I A; 1VQK N; 3FGU A; 4DR1 K; 4WQ5 C; 3AVF A; 3DWL A; 4JN4 A; 4KHN A; 3SV3 A; 1ASU A; 4HHT A; 1SZ2 A; 1SL1 A; 4I9Q A; 1IG8 A; 1LCU A; 5LY3 A; 1EP4 A; 3H3N O; 5CYQ A; 2OCE A; 5T7B A; 4JV5 K; 1S1T A; 4FW2 A; 4M7Y A; 4OGC A; 3EO3 A; 4ZHR A; 3WXI A; 3EZW A; 1NOZ A; 3HXM A; 4E7K A; 3WNG A; 5GIP A; 1VSH A; 1T05 A; 3THX A; 3AGR A; 4FJ8 A; 4BE1 A; 3CF5 L; 1RDW X; 3VQQ A; 1U2V B; 2P9L B; 2X74 A; 4FW1 A; 2GBZ A; 5AQR A; 3L4I A; 3TAF A; 1HNW K; 4CJ4 A; 1DTT A; 4O8K A; 3ZSV A; 3DLE A; 2IGI A; 1T6C A; 5C42 A; 5DK5 A; 5AFU A; 1UOC A; 4FL9 A; 3A5M C; 2YJF A; 1KC8 O; 3ZT1 A; 2JWL A; 2BH1 A; 3VPZ A; 4CEF A; 1WBD A; 2W40 A; 3LP3 A; 5AFU H; 2PZS A; 3BP8 A; 3G71 N; 3DMJ A; 4DTS A; 1C0U A; 3LDN A; 3HYF A; 3VQ9 A; 3K5L A; 3ZSZ A; 4HVJ A; 4J8F A; 4IFE A; 3T19 A; 1RTI A; 3AO3 A; 4B1Y B; 2KFZ A; 4GMJ B; 1HX1 A; 2CGL A; 3IS9 A; 2ITM A; 1LWC A; 1CZ9 A; 2P9P B; 4BGB A; 4BC4 A; 4OKJ A; 1ESV A; 3AVK A; 3NGY A; 1QHA A; 1T8E A; 2E88 A; 3O8M A; 3PSF A; 3NVM A; 5HOO A; 1QZ5 A; 3AVB A; 3K59 A; 3LWM A; 2X6N A; 5EY4 A; 1NGG A; 2YNH A; 4CGI A; 1VRU A; 1BA1 A; 1BL3 A; 1RDC A; 4LF7 K; 3SCX A; 1KVC A; 3LZI A; 4JNE A; 3HOT A; 4DB3 A; 5LMN K; 3D6R A; 4DSL A; 3OYF A; 2Q0R A; 4YOT A; 5CHI A; 3AA4 A; 4LH5 A; 4BRO A; 4B9L A; 3S3N A; 2D0O A; 2D5R A; 2HBL A; 3TSP A; 3UKU B; 2NRV A; 4YDU A; 2ZJQ L; 1HRH A; 1NBW A; 3OY9 A; 1QVG M; 3C6A A; 4NB4 A; 2YV0 X; 1VQ5 N; 1OVQ A; 3OYN A; 1CZA N; 1M1K O; 1A5X A; 3TAQ A; 2HMI A; 3MAQ A; 4WCE L; 4I7F A; 1C0F A; 3CXC M; 5AQN A; 4ISF A; 1QQO A; 5I9E B; 2QXF A; 3NE6 A; 4IFV A; 4H0Y B; 4CEZ A; 1YHQ N; 2VG7 A; 1X9J A; 1EWQ A; 2XRI A; 5FDL A; 1BO5 O; 3GG4 A; 3DRS A; 1VQP N; 1L3T A; 1K8K B; 1WSI A; 4C1N I; 1YF5 L; 1K9M O; 2GX9 A; 2GV9 A; 5KTQ A; 3L6Q A; 3K5N A; 1JLE A; 4V19 S; 4IOC L; 3A5N C; 4AF1 A; 2FBX A; 3IFR A; 3NF6 A; 3BZK A; 1KVA A; 3AAQ A; 3VEN A; 4OJR A; 4BG8 A; 1GLA G; 4K42 A; 2VQF K; 4DCH A; 3KK1 A; 4CER A; 4WF9 L; 2I7N A; 1OH6 A; 1L3V A; 2A1S A; 1XMQ K; 4N56 A; 3THW B; 3K5M A; 3UB5 A; 2Q3S A; 4JKA A; 4IEI A; 3F2K A; 3QFP A; 3TWH A; 2V52 B; 1JLA A; 3ATV A; 3J80 O; 3M5R A; 1HQE A; 2O8E B; 3O5B A; 3OYI A; 1YVU A; 4DWI A; 3WXJ A; 1WBB A; 4YY3 K; 1ZXO A; 3C6T A; 1NOY A; 4JLH A; 1B92 A; 4DS5 A; 2P1J A; 3VF2 A; 1VSK A; 4B1U B; 3RR7 A; 4M3Y A; 1BGX T; 3CET A; 1P90 A; 1YAG A; 4CEB A; 4CCH A; 3BF3 A; 1RBU A; 2XHB A; 4KRF A; 1RTJ A; 3M3Z A; 2R7Y A; 3BGR A; 3IG1 A; 3O1B A; 5DM6 L; 2P9K B; 3Q7C A; 5CZ2 A; 3EN9 A; 1T6D A; 3B6P A; 4H5V A; 5M1O A; 3LDO A; 3DLL L; 1RDB A; 1YTA A; 1XWL A; 2OA8 A; 3CG7 A; 1JLB A; 2D4W A; 3KWI A; 3T3F A; 3I55 N; 4FJX A; 4BDP A; 3ZX3 A; 3ZEU A; 2O8D B; 4JEP A; 4IO8 A; 3OYE A; 1HYS A; 1BUP A; 3VMF B; 2XY6 A; 4JD2 B; 5J2P A; 2YHY A; 4DTU A; 3IAY A; 3TAE A; 2WC9 A; 1SAZ A; 1TKX A; 1S1V A; 4BRM A; 1XC3 A; 4ISE A; 3DXK A; 1S6Q A; 3D45 A; 4CZJ A; 2Q0U A; 1HKC A; 1RT1 A; 5BRF A; 4BR7 A; 5C10 A; 3JS6 A; 3VQC A; 5AQP A; 5AQS A; 3SBG A; 2QWO A; 3W3D A; 1WSG A; 2P5G A; 4YOW A; 4CI6 A; 2G8U A; 5KGW A; 3KWG A; 3OYB A; 1YIT N; 4B9Q A; 1U48 A; 3LAN A; 4FOI A; 1WSJ A; 4DLG A; 3UIQ A; 5C0Y A; 1NGI A; 4DR7 K; 4W5R A; 2E6M A; 3CCJ N; 2HNZ A; 1S72 N; 1NLV A; 3AVI A; 4MDA A; 1ZYQ A; 1RIL A; 4E7H A; 2UUB K; 4BR2 A; 3MEC A; 3AA3 A; 4B9T A; 5HP1 A; 3GE1 A; 4Y1C A; 2NRH A; 3MWP A; 3G0Z A; 3QO9 A; 3VQ6 A; 2LSN A; 5GAG P; 3G10 A; 4U7B A; 4CEQ A; 3OW2 M; 4JK7 A; 3RRG A; 3QIO A; 2O8F A; 2V7Z A; 2YX6 A; 4DTO A; 3MXM A; 4BC3 A; 2HVH A; 3J81 O; 1VSI A; 4F8R A; 3PX0 A; 3TAB A; 3MN6 A; 3CQ8 A; 4W5Q A; 4WFN L; 1IG9 A; 3RSE B; 1HJR A; 2Q1N A; 4MQ3 A; 4CGD A; 4JI3 K; 1EXQ A; 3ZT2 A; 3ID8 A; 1GLE G; 1KFS A; 3HJF A; 1QQN A; 2B5J A; 1ZBS A; 5JVG L; 3HST B; 4A62 A; 1VSJ A; 4KPY A; 2EX3 A; 2E20 A; 3EY1 A; 2VQE K; 3QDK A; 2D1K A; 1NK5 A; 2F8S A; 4YNQ A; 5BN8 A; 1LOT B; 4HUF A; 3EE8 A; 5AQT A; 1HNZ K; 2ZD1 A; 3ASM A; 1B9F A; 3V1Q A; 5F2R A; 3PIP L; 2PY5 A; 4O8U A; 2W42 A; 3L3V A; 3RMA A; 1JL2 A; 4DFM A; 2V51 B; 3J7Z O; 3TSU A; 4CK1 A; 2NLX A; 3BUZ B; 4JI6 K; 3KLF A; 3C0B A; 3QNN A; 1HNI A; 4FJ5 A; 2NUB A; 3HBT A; 3ZSW A; 3CFR A; 2YHW A; 3TI0 A; 5E41 A; 2P51 A; 4DTJ A; 3I56 N; 4EP5 A; 4BRC A; 4R5P A; 4OKE A; 1U4B A; 4CEE A; 4CJ5 A; 3THY A; 3QEV A; 2PBD A; 1G15 A; 4CED A; 4QOZ B; 1DT9 A; 4LD0 A; 2HF4 A; 4FLY A; 2QWM A; 3O9R A; 1VQM N; 3LAK A; 1NMD A; 3BY5 A; 5AQX A; 5KPT A; 3EEQ A; 4MLH A; 3DI6 A; 4RW9 A; 4QS9 A; 5HBM A; 1LWF A; 5BPN A; 3VQA A; 4RTF D; 1YUW A; 2GWK A; 3CJA A; 3O9U A; 2UXB K; 3TAM A; 2OTJ N; 4FWO A; 4FJI A; 1TGO A; 3C65 A; 3SYZ A; 1ASW A; 4IG0 A; 1JLG A; 2HHH K; 3I8D A; 2ATQ A; 4CVN E; 2VWB A; 1KAZ A; 5JS2 A; 5SZT A; 4CHQ A; 4PY5 A; 5KI6 A; 4OX9 K; 4IEE A; 5EU7 A; 4OKK A; 3VQE A; 3F5T A; 3MX5 A; 1D8Y A; 3OHR A; 5CR4 A; 1ATR A; 3AVG A; 5JLF A; 4FJK A; 3MEE A; 3V9X A; 3TTC A; 3CC2 N; 4M3Z A; 5AQZ A; 2QTD A; 4JHD A; 5AJ3 K; 3UE5 A; 1S1W A; 4BQL A; 4DF8 A; 1T7P A; 1SL2 A; 1S1U A; 2AJQ A; 2HHQ A; 4BRD A; 1UWB A; 3QLH A; 4BY9 C; 3MWT A; 3VES A; 4DV4 K; 4LF6 K; 2VWJ A; 1IBM K; 1JCE A; 4CZF A; 2A40 A; 1C6V A; 1Z05 A; 4XIU A; 1ZBU A; 3HTV A; 4BRN A; 1JLC A; 1Q86 O; 1NKE A; 2E2Q A; 2OAN A; 3F9K A; 4BVO A; 4BRG A; 5A2Q O; 5J1E A; 1NJY A; 1KCF A; 3DOL A; 4NCG A; 4WE1 A; 1RNH A; 5M1P A; 1NJI O; 5TKW A; 4CE9 A; 4J2A A; 3KKR A; 1BIU A; 2E5L K; 3FZM A; 5AQM A; 4CIF A; 4K8Z A; 2O8B A; 4FJM A; 1RT3 A; 4NCA A; 3H46 O; 4HTU A; 5J2M A; 2QK9 A; 4H4M A; 3HPG A; 2HB5 A; 3CCU N; 1XNR K; 4KO0 A; 3VQ8 A; 1IBK K; 4IJN A; 4IO9 L; 4I9L A; 3H1Q A; 1WSE A; 4M45 A; 3IDH A; 1RBS A; 1YT3 A; 5AQQ A; 2PFU A; 4H8K A; 5DM7 L; 3MCA B; 4DFP A; 3V9S A; 3VER A; 1Q7Y O; 4K43 A; 1E4F T; 4E1J A; 3HI0 A; 1A5W A; 3ULD A; 3ENH A; 4AIL C; 3CCL N; 2DY4 A; 4JK9 A; 4KTZ A; 5E26 A; 3LP2 A; 4KHU A; 4OVL A; 2QKK A; 1EKE A; 3U3Y A; 1BQN A; 3HL8 A; 1JKH A; 3QIP A; 2A41 A; 1Q9Y A; 3LDP A; 4FVM A; 1YTU A; 4CZL A; 2FBV A; 2VGN A; 3O4N A; 4DQS A; 2ZE2 A; 1U04 A; 4BRE A; 4CF2 A; 3BF1 A; 3V9Z A; 3VEX A; 3SI6 A; 4B3R K; 4RWT A; 3OYM A; 2NRX A; 3VF4 A; 3M1F A; 1KFD A; 4C8M A; 2IOC A; 4N5S A; 4FM1 A; 1WN7 A; 2F96 A; 4KTQ A; 5HLF A; 5AQV A; 3KLE A; 2PYL A; 4FYD A; 1Q18 A; 3E9P A; 2NNW A; 3HPO A; 4I2Q A; 4BQZ A; 1R59 O; 4BG9 A; 4C8K A; 3IRX A; 3VQ4 A; 3E66 A; 4IBN A; 4IDK A; 3HVR A; 1A5V A; 5AZJ A; 1XNQ K; 1XC9 A; 4M41 A; 2JLE A; 5KRT A; 2IS3 A; 5CZ1 A; 3KKS A; 4HCB A; 2QWP A; 4CF0 A; 2UYT A; 3SPY A; 1J5O A; 3QET A; 3ZSY A; 1KAY A; 5I3U A; 1KTQ A; 3HT3 A; 1ATN A; 1RTH A; 4IXC A; 4J2E A; 1X9W A; 4A2B A; 3DXK B; 1TVR A; 3M8P A; 2WON A; 1VSM A; 4KHW A; 4LFC K; 2JWK A; 4B8C A; 1KLM A; 4M3R A; 4K8X A; 1W2B M; 4LH4 A; 4FO0 A; 1VHX A; 4AQY K; 3PIO L; 2QEX N; 4KH5 A; 4YDU C; 2J4R A; 4MDB A; 3EE9 A; 2OZS A; 5AQF A; 2CGJ A; 4LC9 B; 1Z25 A; 3HOS A; 4JI8 K; 1VSF A; 1D9D A; 3JXU A; 1ZBF A; 2NRZ A; 5AQK A; 3LWL A; 1RBT A; 3C6U A; 1X3N A; 4O5B A; 1RBR A; 2ZWH A; 3CC7 N; 3LZJ A; 3CFP A; 1ZBL A; 3CIP A; 2QI2 A; 4E89 A; 1NKB A; 2KHO A; 1ITG A; 1O13 A; 4FK2 A; 4KHS A; 4DFK A; 3CJ9 A; 4F2R A; 3FLC O; 3HZ6 A; 3K9K A; 2H3G X; 2IVN A; 4PHT X; 5CE3 A; 1HYV A; 4E0D A; 3CJC A; 4DR6 K; 1ZC6 A; 1Q9X A; 4Z4E A; 4DQQ A; 4RW4 A; 5LJV A; 3CQX A; 3DRR A; 4Q5V A; 4X62 K; 4IOA L; 4XH5 A; 3T1H K; 3CQY A; 2DFE A; 4A5B A; 4CFC A; 4I2P A; 1C0G A; 5AZI A; 3K9J A; 1HR0 K; 5KPZ A; 2RHK A; 1L3S A; 1YI2 N; 1S22 A; 1YJW N; 4ICL A; 4DQ8 A; 1WAJ A; 1MDU B; 1BI4 A; 4MO5 A; 1NWK A; 1LW0 A; 2GEL A; 4O0I A; 3E01 A; 1WB9 A; 4CF1 A; 3S3M A; 4YFU A; 3M8Q A; 1S9E A; 1U47 A; 4CJL A; 3RRH A; 2GEM A; 2Y1J A; 1QQC A; 4NYN A; 4CZI A; 1RTD A; 4JYA K; 4FWR A; 4ELV A; 1TAQ A; 4DV0 K; 2FC0 A; 2FBY A; 3A5O C; 1P8Z A; 3AVL A; 4FPB A; 1JXB A; 4HUE A; 2NZT A; 2AA4 A; 3DJC A; 5J2N A; 3O3H A; 3KZB A; 4OPJ A; 3L2U A; 2FXU A; 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