The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
|
structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Selection of tRNA by the Ribosome Requires a Transition from an Open to a Closed Form
pubmed doi rcsb |
| total genus |
30
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1Y K; 4DR4 K; 1HNW K; 5FLX O; 4GKK K; 4DR3 K; 4JI7 K; 1IBK K; 4DV7 K; 4DR7 K; 1IBL K; 3T1H K; 4JYA K; 4JI4 K; 1XMO K; 4JI1 K; 1XNR K; 2UXB K; 4X62 K; 1HR0 K; 1N36 K; 4DV6 K; 1FJG K; 4AQY K; 2UXC K; 2UUB K; 4B3M K; 4CW7 B; 5IWA K; 4LFA K; 4LFB K; 1HNX K; 4NXN K; 1N32 K; 4YY3 K; 4DV5 K; 4CVN E; 4JI8 K; 4LF4 K; 3JAM O; 4DV4 K; 2UXD K; 4DV2 K; 1N34 K; 5LL6 Z; 4LF6 K; 1HNZ K; 3J81 O; 4DUZ K; 4JI0 K; 3OTO K; 4LF9 K; 4KHP K; 2HHH K; 5A2Q O; 2ZM6 K; 5AJ3 K; 4X66 K; 4JI3 K; 4K0K K; 2E5L K; 1IBM K; 4B3T K; 4B3R K; 2UUA K; 4GKJ K; 5BR8 K; 2VQE K; 4LF5 K; 4NXM K; 5LMU K; 4OX9 K; 2VQF K; 4X64 K; 4JV5 K; 5IT9 O; 4JI2 K; 1J5E K; 1XNQ K; 4DV1 K; 4DR1 K; 4V19 S; 3J80 O; 4DV0 K; 4JI6 K; 4JI5 K; 4B3S K; 4X65 K; 2F4V K; 1XMQ K; 4YHH K; 4LF8 K; 4LFC K; 4DR2 K; 4DV3 K; 4DUY K; 2UUC K; 1I94 K; 5LMN K; 4DR5 K; 3J7A P; 4DR6 K; 2UU9 K; 4LF7 K; 3J7Y P; 1N33 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CYQ A; 3OYJ A; 3U8X A; 1XUP O; 3CFR A; 2GEM A; 3VEY A; 1FXX A; 4JKC A; 3AA2 A; 3R3L A; 4QCL A; 2F9T A; 4I6M B; 4DR7 K; 3CME N; 3DWL A; 2YJF A; 1EXQ A; 1CZA N; 2OCE A; 2A41 A; 3QBW A; 4A5B A; 2P51 A; 5CZ1 A; 1ILY A; 4DTR A; 2WUS A; 3AVB A; 3HP6 A; 1U04 A; 2DFF A; 1JCE A; 1V4T A; 3SMP A; 4CEZ A; 4NYF A; 1C0G A; 2ZGY A; 3QIN A; 4JEP A; 5AFU A; 1HLU A; 4CJF A; 1M1K O; 4FSV A; 1C0U A; 3JS6 A; 4CED A; 4F2R A; 2VWB A; 4WYB A; 3LL3 A; 2QKK A; 3V9W A; 3L4Q A; 1EO1 A; 5BRD A; 1RFQ A; 5FPE A; 4DQI A; 3IUC A; 4BRG A; 1CXQ A; 4KHQ A; 3OJS A; 1DEJ A; 1LWF A; 3SJH A; 5C2F A; 1Z6R A; 4YOX A; 4YNQ A; 3CC7 N; 2DFE A; 1WSF A; 1LAW A; 2Q1N A; 3DYA A; 2BGG A; 2KZM A; 4MDA A; 4BR7 A; 3F9M A; 4CHO A; 3SV3 A; 1RDW X; 5DM7 L; 2OZM A; 1QTM A; 3HJF A; 1NK6 A; 3T69 A; 4O0I A; 3EL2 A; 4AM6 A; 4CJ3 A; 4B3O A; 4ELV A; 2XY8 A; 5JLF A; 2A42 A; 2VGN A; 3QFP A; 3QNO A; 3IS9 A; 3ULE A; 4B3R K; 4Z4E A; 3QIP A; 3OS2 A; 3OY9 A; 3SZ2 A; 4GVE A; 4H5W A; 3VQ7 A; 3R1X A; 2E20 A; 3VQ5 A; 3SV4 A; 2IVN A; 4UQG A; 5AQZ A; 5J1E A; 5IT9 O; 4CES A; 4DSL A; 2HNY A; 3SJJ A; 3NVK A; 2HOE A; 2GX9 A; 1QHT A; 2GWK A; 2W6L A; 1YAG A; 4DV1 K; 5AQW A; 2BDP A; 3KK1 A; 4YDU A; 4FWK A; 4DLE A; 4CEF A; 3AA3 A; 1NK5 A; 2OZS A; 1KTQ A; 5EXW A; 4CJ5 A; 1SL1 A; 4BGA A; 3VQD A; 5DM6 L; 4X65 K; 1B9F A; 1XMQ K; 3K5O A; 1X3M A; 5CR4 A; 1JCF A; 1VQO N; 3DLK A; 3TTF A; 1NK8 A; 3NHG A; 2ZQB A; 3O3G A; 4KB0 A; 2E2N A; 4BRD A; 2PYL A; 3R8E A; 4Z4C A; 2HBL A; 4CD3 A; 4IZ9 A; 1HNI A; 3VQE A; 4CHY A; 3HI0 A; 4CK1 A; 3ITH A; 1GLB G; 3MN9 A; 4KHU A; 3ZSQ A; 1A5W A; 2HW3 A; 1EET A; 2E2P A; 4OGC A; 2QEX N; 2BTF A; 1RDD A; 3HM8 A; 4H5T A; 2Z1J A; 3LP0 A; 5BRE A; 4CF8 A; 5GAD P; 2HHS A; 2IVO A; 2P9I A; 3UE5 A; 2GUI A; 1VQ6 N; 4DFJ A; 2OTJ N; 4AHV A; 4DS4 A; 1NMD A; 4CBX A; 2G8H A; 3RTV A; 4ZTF A; 3RR8 A; 4FLX A; 4KBO A; 4DSK A; 4NCB A; 4KH6 A; 5C15 A; 3SK3 A; 4B3M K; 1NU0 A; 3LPT A; 1JL1 A; 4IDH A; 3NE6 A; 4DSF A; 2RKI A; 2P9N B; 1Q7Y O; 2QW9 A; 1NKC A; 1HJR A; 1IV0 A; 3OTO K; 5F1X A; 1ZBH A; 3G71 N; 4C8M A; 5A2Q O; 1S1T A; 4IJN A; 4X66 K; 2HMP A; 3AAR A; 4FZZ A; 3RMA A; 1HYV A; 1FW6 A; 4FPB A; 4GKJ K; 1D8Y A; 2O4I A; 3O1W A; 5BN8 A; 3S3N A; 1VQ8 N; 3A2F A; 1BO5 O; 1YHQ N; 4KHN A; 3CJ7 A; 4IFV A; 4NXM K; 3ZT1 A; 4A5A A; 4WFN L; 1BA0 A; 4FVU A; 4E1J A; 3VER A; 5EOY A; 3K5L A; 1P8Z A; 3ATU A; 3B6P A; 4FOE A; 4R5P A; 3LAK A; 1N5Y A; 3IKM A; 2QWQ A; 4M42 A; 3NGY A; 3F73 A; 4DV0 K; 4B9V A; 3CI5 A; 1NJY A; 1XWL A; 1NJZ A; 4CZI A; 3QIO A; 3DRR A; 1MWM A; 3MAQ A; 3AVC A; 1SL0 A; 4F9O A; 4YHH K; 4CEA A; 1QS4 A; 3GDQ A; 1GLE G; 4BRI A; 1NLV A; 2NNW A; 3TSP A; 2P9N A; 3ZT3 A; 4A59 A; 5BPL A; 3ZX2 A; 1N33 K; 3CJC A; 3GE1 A; 3THV A; 1RT7 A; 3K2P A; 3SQ4 A; 4BDZ A; 4CGI A; 4ZHR A; 2VG6 A; 2RF2 A; 4IEE A; 4BC4 A; 2Q36 A; 3N4Q A; 2IOC A; 1J53 A; 2VGM A; 3CCQ N; 3M8Q A; 4BR4 A; 1QVF M; 2UXB K; 4JAX A; 3CQX A; 4HTL A; 1BQM A; 1TKT A; 1QQM A; 4KTQ A; 2E4L A; 4CBW A; 4E7K A; 3S3O A; 4M3Y A; 4CGH A; 4KI4 A; 1NGD A; 3TTD A; 3RMD A; 5BRH A; 2F7T A; 3TR8 A; 1MWK A; 3WT0 A; 4AQY K; 4B9S A; 3SYZ A; 4A2B A; 1KVB A; 1QZ6 A; 1FK9 A; 3JAM O; 4R79 A; 1YJW N; 1TV6 A; 1N34 K; 4MFB A; 3TSQ A; 1QSS A; 4ILJ A; 2BE2 A; 3V6D A; 4CJK A; 1IKY A; 3CMA N; 1S1V A; 2P5O A; 4CF9 A; 2HHH K; 3EE9 A; 4BRP A; 4PQU A; 4FW2 A; 5AQX A; 1VSI A; 1Y64 A; 4YFU A; 4H4O A; 3F9K A; 3CCM N; 2YHA A; 4O55 A; 2QWP A; 3VA3 A; 4MLE A; 3SCX A; 5M1P A; 4PL7 A; 2NRT A; 2PAV A; 3OYH A; 2O8B B; 3CFP A; 3B8A X; 3ZEU B; 2QI2 A; 3MCA B; 3KLG A; 3PY8 A; 4FW1 A; 4FJH A; 4BC3 A; 1KQS M; 2OTL N; 1REV A; 4DG1 A; 3U4L A; 3HPH A; 3V1O A; 5JVH L; 1WN7 A; 2A40 A; 1NGH A; 4CGG A; 1IO2 A; 1N6Q A; 4FJG A; 5FRN A; 1QQN A; 5C24 A; 4M3U A; 1NGB A; 1YF5 L; 5KPZ A; 3OYK A; 4M3R A; 3R6M A; 4DTJ A; 3ID6 A; 3THX B; 4FK2 A; 1IKW A; 1WBD A; 1EQY A; 2ZD1 A; 1T03 A; 1HPZ A; 1S1U A; 5KI6 A; 4M45 A; 4CJ7 A; 2CH5 A; 1TK8 A; 3QEW A; 4IFY A; 3T1Y K; 2NRX A; 4QOZ B; 1MDU B; 3KKS A; 3WXK A; 2ETJ A; 3PV8 A; 2ASO A; 4M7X A; 4CGD A; 1TAU A; 1QE1 A; 4CHZ A; 4IEI A; 3QFU A; 1ASV A; 3NDK A; 3WNF A; 3MEE A; 3AV9 A; 1KLM A; 1S6P A; 4Y1D A; 4L8R B; 3AVI A; 3HOS A; 5FDL A; 4PKH A; 5AZJ B; 4BRO A; 2V52 B; 4JS5 A; 4E1M A; 4JKG B; 3MCP A; 1K73 O; 3FFI A; 4CW7 B; 2QA4 N; 1HNX K; 1N32 K; 4E0D A; 4DV5 K; 4CVN E; 4JKH A; 2HMI A; 1L5U A; 5AQP A; 3PIP L; 3A8Y A; 4DKW A; 3AA4 A; 5MLC Q; 2IIR A; 1CZB A; 3SQ1 A; 3VTI A; 1RDU A; 3CCE N; 3ZYY X; 1UA0 A; 3P38 A; 4Q0B A; 2YNI A; 1W0H A; 4FWQ A; 3THX A; 4DTX A; 3CM5 A; 3ISN C; 1JL2 A; 4Y1C A; 3VA0 A; 1Z25 A; 4MDB A; 4BY9 C; 1KVC A; 3O9Q A; 3VGL A; 3O8M A; 3I0R A; 1ZBI A; 2VWJ A; 2D0B A; 4FYD A; 1VSF A; 4Z94 A; 3I55 N; 1VQ9 N; 4F3O A; 4FLY A; 3PX0 A; 3TTC A; 4I9Q A; 1YTU A; 4H4M A; 3MK6 A; 3NF9 A; 4BRA A; 3FFK B; 4JI6 K; 4H0O A; 3VN5 A; 4K8Z A; 3MED A; 5AZJ A; 5I9E B; 4CEB A; 2PFU A; 4B3S K; 3ZSV A; 4JK8 A; 3PX4 A; 2F8S A; 2A3Z A; 5JS2 A; 1TGO A; 3QEI A; 1JCG A; 3AGR A; 3RRG A; 4OPJ A; 5GIN A; 1WSG A; 2NRW A; 2D5R A; 4DLG A; 4WQ5 A; 3LDO A; 4CEO A; 1Q86 O; 5ADX H; 4BAC A; 4H8K A; 3W3D A; 4NYN A; 1QZ5 A; 1OH7 A; 4CK3 A; 5JLH A; 4CF2 A; 1IJJ A; 1NK7 A; 4M3X A; 4HVJ A; 2XY7 A; 2P9U A; 4DV6 K; 3ZLJ A; 4G1Q A; 1SKS A; 4IO9 L; 3ZX0 A; 1TYQ B; 1ESV A; 1QQO A; 3AAQ A; 3Q7C A; 3I8D A; 4CIG A; 3JXU A; 4FWO A; 4DU3 A; 1E4G T; 2YCH A; 2D0P A; 3HPG A; 3C0B A; 5HLF A; 2ATQ A; 1VAZ A; 3NFA A; 3CC2 N; 3DM2 A; 4JNE A; 4B9L A; 1KSP A; 2HND A; 4DSE A; 1EWR A; 4DB3 A; 3EZ5 A; 3NGI A; 4BRF A; 3T3F A; 3E1Y A; 1U47 A; 2AJQ A; 1BCO A; 2I7N A; 3VEZ A; 2E5L K; 1RIL A; 4YOY A; 3O4N A; 2UUA K; 3WXL A; 3AVJ A; 3DI6 A; 5M1Q A; 2KW4 A; 5J2M A; 3VQP A; 3BF1 A; 3TAN A; 4W5T A; 3EY1 A; 2JWL A; 4LF5 K; 1NG9 A; 4BRQ A; 3ID8 A; 1D4X A; 2H3G X; 4DSI A; 4ISF A; 1VHX A; 2G8W A; 3DLL L; 3A5O C; 3U3Y A; 4EZ9 A; 3TAF A; 1XQS C; 3C6A A; 1VQ7 N; 2P1J A; 3ZSY A; 1Q81 O; 4BR5 A; 3OYI A; 4LSN A; 4AF1 A; 4CIE A; 3SPY A; 1UWB A; 3G10 A; 1HKB A; 3VEW A; 3O9T A; 4PKI A; 4FLW A; 2ITG A; 5GIP A; 3A5M C; 3SAG A; 1X1P A; 1YVN A; 4PY5 A; 3OYC A; 2E2O A; 1YIT N; 2P9L A; 5BPN A; 2ZF5 O; 4ISG A; 4LF7 K; 2IAJ A; 4FJL A; 1BG3 A; 5M1O A; 4H0V B; 3D0P A; 1K8K B; 3AVN A; 2I5J A; 4B9T A; 4OPH A; 4F4K A; 4CZF A; 1NJW A; 3DXM A; 3TAB A; 4FVM A; 4DS5 A; 1L3U A; 3T1H K; 4WE1 A; 3V9Z A; 1XMO K; 3NCI A; 4WFB L; 3CJA A; 1O13 A; 1ATS A; 1X9J A; 5HRS A; 2FLO A; 3AO4 A; 3AVF A; 4JKB A; 5CHI A; 4GV6 A; 5J2P A; 1ASU A; 1DTT A; 3BDP A; 2GTD A; 4EHT A; 1TK5 A; 3DLE A; 1G99 A; 5SZT A; 1TL3 A; 1E4F T; 2HHX A; 3P4I A; 5BRF A; 4H5V A; 3QLH A; 2X6N A; 1T6D A; 4CGF A; 2V7Z A; 1LAV A; 1ITG A; 4O5F A; 2ZWH A; 1NJX A; 4DV4 K; 4DTP A; 3CD6 N; 3MX5 A; 3L2R A; 1J9A A; 2I7P A; 1HNZ K; 4B1X B; 1HKG A; 1YVU A; 4QS7 A; 5BPM A; 3SNN A; 3MDQ A; 4KHW A; 2D4W A; 2F8T A; 4JI3 K; 2OPR A; 4BRN A; 1TKX A; 1OVY A; 4LSL A; 2CH6 A; 2HB5 A; 3QEV A; 4BRC A; 1K8K A; 3SMS A; 1KCF A; 1RT1 A; 1VRT A; 2W6K A; 4JRP A; 4BR0 A; 3GBT A; 4JK9 A; 3KK3 A; 1ZBL A; 2FSK A; 2OAN A; 2FBV A; 1O1W A; 1VSH A; 1KAY A; 2KZZ A; 3QER A; 3LDN A; 1KFS A; 1JLB A; 4CHQ A; 2HBK A; 4CJP A; 1S9G A; 3VEV A; 1YJN N; 5KRT A; 3WXJ A; 3VQ8 A; 4BRE A; 4EIA A; 1NM1 A; 3K5M A; 1ZC6 A; 2E1Z A; 3LP1 A; 4HCB A; 2P9I B; 1T6C A; 3CCJ N; 4GV9 A; 3TWH A; 5CY4 A; 4AHT A; 1TK0 A; 1WUA A; 1S5J A; 1BA1 A; 2JWK A; 4BVO A; 4JS4 A; 3O5B A; 2V51 B; 3J7A P; 2OPQ A; 3HVR A; 4CZL A; 2NUB A; 1XI1 A; 4I2Q A; 4JD2 B; 2YHW A; 3BGR A; 4BQL A; 1DKG D; 4YOV A; 1VSE A; 4ILH A; 2WOM A; 3DLR A; 3OA9 A; 2G8U A; 4FJI A; 3KLI A; 4JN4 A; 3ZET A; 3JSM A; 3M1F A; 3H45 C; 1HYZ A; 2GV9 A; 3V81 A; 2Z1H A; 1RDB A; 4M41 A; 3DOK A; 4WF9 L; 4KFB A; 3FZK A; 3TAM A; 4CJU A; 4JKA A; 3U6F A; 3CCL N; 3WXM B; 2ZGZ A; 2KTQ A; 1R0A A; 4B9U A; 1WNS A; 4E19 A; 2UXC K; 5FPN A; 1T44 A; 2R7Y A; 4LFB K; 3LDL A; 2IGI A; 3WUH A; 4BWJ A; 3HO1 A; 3CQ8 A; 4N76 A; 1JJ2 M; 4LF4 K; 2A6A A; 4DV2 K; 3H1V X; 3VQ6 A; 2QK9 A; 2VCP A; 2JGU A; 2Z1I A; 4EP5 A; 2HF3 A; 3AVL A; 1DLO A; 3J81 O; 4O0J A; 3K57 A; 3WQT A; 4PKG A; 1NGC A; 2E88 A; 3D2F B; 3OYA A; 4KHS A; 4FL9 A; 4N41 A; 3QIC A; 1XHZ A; 1ZBS A; 3AO5 A; 4CJL A; 3VOV A; 1ZYQ A; 4JD2 A; 2EWS A; 1B92 A; 2F9W A; 3VQA A; 4CFD A; 3D6R A; 3C65 A; 3CCR N; 1RT5 A; 4OO1 J; 1WLJ A; 4KKO A; 1X9S A; 1NBW A; 3AY9 A; 3A5N C; 4FJ7 A; 1BUP A; 3C95 A; 3HVT A; 1EKE A; 3AVA A; 3BUZ B; 3RWU A; 1VQL N; 1C6V A; 3J80 O; 2HHU A; 4L3Q A; 4IDK A; 2Q0U A; 1JLA A; 3VGK A; 3HSC A; 3HTV A; 1SUQ A; 3P39 A; 4DFP A; 4LFC K; 3V4I A; 3OHR A; 4KO0 A; 4DU1 A; 2P9S A; 3OW2 M; 3EKU A; 2BUP A; 3VQ4 A; 4RW9 A; 2HF4 A; 3SQ2 A; 3TAP A; 1X9W A; 1VQK N; 4OLA A; 5M1K A; 4CJV A; 3L6Q A; 3SAF A; 1T8E A; 1SKW A; 2A1S A; 3LZJ A; 2QXF A; 1VQ4 N; 3D2F A; 5AQG A; 2EHG A; 1DTQ A; 5GAE P; 5EVZ A; 3BZC A; 2KFN A; 1C1C A; 1XNR K; 3LPU A; 4FLZ A; 3OYB A; 1LW2 A; 4FO0 A; 3AO3 A; 4E1N A; 1N36 K; 3SUP A; 4QAG A; 3HYF A; 3PLA A; 1BL3 A; 1U2V A; 3F5T A; 4CZG A; 5AZI A; 5E26 A; 3OBW A; 3H3O B; 1W7A A; 5IWA K; 3WQU A; 1VSJ A; 1VSM A; 3I56 N; 1KAX A; 2QWN A; 4BRK A; 1NOY A; 1C1A A; 3VQ9 A; 3GL1 A; 3QDK A; 4LF6 K; 1RT6 A; 2X6S A; 4NB4 A; 4KHP K; 4KI6 A; 3EZW A; 1LWE A; 3DLB A; 4LY7 A; 1UOC A; 1BI4 A; 2O8F B; 3DJC A; 2CGJ A; 1RGI A; 2WC9 A; 3KTQ A; 3G25 A; 3O08 A; 4H5R A; 2W42 A; 2YV0 X; 3CCU N; 2QWL A; 4JKD A; 4OPK A; 5AR0 A; 1RBV A; 4CJE A; 4FM1 A; 1LWC A; 3L2V A; 5BR8 K; 4BE2 A; 1NKB A; 4FLU A; 1N8R O; 1UAX A; 4BRM A; 3P5J A; 1TUU A; 2LSN A; 4W5Q A; 2RPI A; 3O3F A; 1A5X A; 3CCV N; 1NOZ A; 4WQ5 C; 3FZM A; 5H1S Q; 1XNQ K; 3VEN A; 4CER A; 5AQL A; 3M5R A; 2X74 A; 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