The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Selection of tRNA by the Ribosome Requires a Transition from an Open to a Closed Form
pubmed doi rcsb |
| total genus |
24
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IBK K; 3JAM O; 4LF9 K; 3J7A P; 2HHH K; 4JI3 K; 2F4V K; 4JYA K; 4DV7 K; 2UXC K; 1FJG K; 1HR0 K; 4JI7 K; 4DR1 K; 4DV3 K; 4NXN K; 4JI0 K; 1XNQ K; 4DUY K; 5IT9 O; 4DV0 K; 2E5L K; 4DV1 K; 3T1Y K; 4DR6 K; 5LL6 Z; 4DV4 K; 1IBM K; 1HNW K; 4DR5 K; 4KHP K; 1N34 K; 2UUB K; 1XMO K; 4DV5 K; 1J5E K; 4LFB K; 1HNX K; 4LF6 K; 5A2Q O; 1IBL K; 5AJ3 K; 4LF8 K; 2ZM6 K; 5FLX O; 4X62 K; 3J80 O; 3J81 O; 4YHH K; 4JI5 K; 2UXD K; 4CVN E; 4LFC K; 4LF4 K; 3J7Y P; 4DR3 K; 4JI8 K; 4DV2 K; 2VQF K; 4JV5 K; 4GKJ K; 2VQE K; 4CW7 B; 4AQY K; 1HNZ K; 4DR7 K; 4YY3 K; 4DR4 K; 1N36 K; 1N32 K; 4DUZ K; 4JI6 K; 4NXM K; 1XMQ K; 4B3M K; 5BR8 K; 5IWA K; 4B3S K; 1N33 K; 4X65 K; 4LF5 K; 4GKK K; 2UUC K; 1XNR K; 4K0K K; 1I94 K; 4V19 S; 3T1H K; 4LFA K; 4B3T K; 4JI4 K; 4X66 K; 4OX9 K; 2UU9 K; 4JI1 K; 4DV6 K; 5LMU K; 2UUA K; 4LF7 K; 4DR2 K; 2UXB K; 3OTO K; 5LMN K; 4X64 K; 4JI2 K; 4B3R K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AA4 A; 4LH4 A; 2Y1J A; 5LJV A; 5C2D A; 4M45 A; 1T6C A; 4JKD A; 4IOC L; 5JS2 A; 1RCH A; 1KAZ A; 4CI6 A; 3FZH A; 5KTQ A; 4HHT A; 4NCG A; 2YNF A; 3MMV A; 4PA1 A; 5AQL A; 4JI0 K; 3THX A; 4KTZ A; 4DUY K; 3I0S A; 4BRA A; 3JXU A; 1VSE A; 4B1W B; 4LY7 A; 4DQ8 A; 1Q82 O; 1BU6 O; 4FJN A; 1HPZ A; 3SPY A; 1J5E K; 4B3O A; 3NDK A; 3VGL A; 3IAY A; 2GV9 A; 1ASV A; 2P1J A; 4FM1 A; 4K8X A; 2A1S A; 3OYN A; 4AHT A; 1A5X A; 1SKS A; 5JS1 A; 3PX4 A; 5K14 A; 3LM2 A; 4FOE A; 2ZQB A; 4C23 A; 4DSJ A; 4NB4 A; 4WQ5 A; 3V9U A; 3N4P A; 4CIG A; 5J2Q A; 4BR7 A; 1YT3 A; 4DQQ A; 2I7N A; 1Q9X A; 3EKU A; 3BP8 A; 4HTU A; 3OS1 A; 1HX1 A; 3HOT A; 2H3G X; 4CJQ A; 4K8Z A; 3HL8 A; 2BUP A; 1RTI A; 4M3Z A; 4NXM K; 3L4Q A; 1NMN A; 1NOZ A; 2A42 A; 1EWR A; 2JWK A; 5M1Q A; 5KPZ A; 2OPP A; 1SZ2 A; 1C0F A; 4FJL A; 4CJP A; 3QBW A; 4Z4I A; 5DMR A; 1G99 A; 5MLC Q; 3QIC A; 1U6Z A; 2X6N A; 5LMU K; 3KJV A; 3BF3 A; 3M8P A; 3IG1 A; 2UXB K; 4ISG A; 2ATQ A; 1TYQ A; 5AZJ A; 4L8R B; 3CET A; 1IV0 A; 5KGW A; 2IIR A; 5SWM A; 2P5G A; 2Y1I A; 4LD0 A; 1HYV A; 4ELT A; 1K6Y A; 3ISN C; 2RE2 A; 4BRP A; 4ISF A; 3OYC A; 3RMB A; 1CXU A; 3CCR N; 4FZZ A; 2F4V K; 1MWK A; 4BE2 A; 4N47 A; 5AZI A; 4M3Y A; 1RBT A; 3OS0 A; 2VCP A; 4RW8 A; 4DFM A; 1GLC G; 3V6D A; 1VQ4 N; 1NK5 A; 3JS6 A; 1BQN A; 2RPI A; 2HNZ A; 3THV A; 1K8A O; 3O3F A; 2HST A; 1WSF A; 3ULD A; 3V81 A; 1NOY A; 3SCX A; 4IFY A; 3CD6 N; 3AVN A; 5C10 A; 1HKG A; 1S3X A; 3VQQ A; 2YKN A; 4B1U B; 1RNH A; 1RT7 A; 1XUP O; 1VSM A; 2D0P A; 4FM0 A; 3H46 O; 3K59 A; 4Z4G A; 1ZBI A; 4JKB A; 3PY8 A; 2W42 A; 4KHS A; 3SK3 A; 4AHS A; 3THW B; 2GEL A; 2HHV A; 3H08 A; 1J6Z A; 1GOC A; 4GW6 A; 3V1R A; 3P1G A; 3SNN A; 3K58 A; 1F21 A; 5EOY A; 4QS9 A; 3VQ8 A; 4MO5 A; 3UKU B; 3LL3 A; 1VHX A; 4AH9 A; 3AO4 A; 4RTF D; 3RRH A; 3NF9 A; 3TAN A; 1VQL N; 4H5V A; 3PIO L; 4BQL A; 3K5M A; 3AVH A; 3HST B; 4GVE A; 3K57 A; 4BC3 A; 4MQ3 A; 4O0J A; 3QNN A; 2ZJQ L; 3VA3 A; 3RMA A; 1FXX A; 2Z1G A; 2J4R A; 2RN2 A; 3LDP A; 4B3S K; 4HUF A; 1LOT B; 4LF5 K; 3FGU A; 3QES A; 3U9D A; 1YIJ N; 4M41 A; 1NK8 A; 4N76 A; 1HNV A; 1LWC A; 3NCI A; 4JI4 K; 3QDK A; 2P9I B; 4CJR A; 3U3G A; 3TAG A; 1Z6R A; 3OHR A; 3G25 A; 3E01 A; 4Q0B A; 1J54 A; 1KXP A; 3KLI A; 3HYF A; 2HBJ A; 5C15 A; 1IG9 A; 3JYT A; 1Q9Y A; 4CJ7 A; 4B3R K; 2VG7 A; 1HJR A; 2P9S B; 1X3N A; 4PKI A; 3V9S A; 3R9P A; 2QM1 A; 1NK0 A; 1B9D A; 4BRL A; 5HRO A; 3B8A X; 4HCB A; 2IDO A; 1DGK N; 3WXI A; 2P9U A; 3TAF A; 2AA4 A; 2E2P A; 4DR1 K; 2ASO A; 3D2E B; 3T1A A; 3QML A; 3VPZ A; 5I9E B; 3QEX A; 4BRG A; 4DU4 A; 2QWN A; 3F5T A; 3SUQ A; 4DMN A; 1FKO A; 3L2Q A; 3CME N; 3C65 A; 1X9M A; 3QEP A; 1KCF A; 3MN6 A; 4DSE A; 3ZT4 A; 3D7E O; 1TVR A; 4BRD A; 1TUY A; 5GAD P; 1OH6 A; 4JKF A; 3MCP A; 1UWB A; 4LH5 A; 3V4I A; 4M7Y A; 4WE1 A; 1NK7 A; 2O8B A; 3OA9 A; 4KRE A; 3F9M A; 3MXI A; 1GOA A; 2P9N A; 1TV6 A; 1VSI A; 4E7K A; 1KAX A; 2QWP A; 2IOC A; 3WT0 A; 4CHN A; 4F3O A; 3LP0 A; 4BR9 A; 1A5V A; 3GE1 A; 2NRR A; 1X9W A; 4DF8 A; 1QQO A; 5FPN A; 5C25 A; 2HF4 A; 1EWQ A; 1M1K O; 4O4G A; 4JEP A; 5JIC A; 3QO9 A; 3VOV A; 5AQU A; 1C1C A; 3VES A; 2D4W A; 1N36 K; 3AO5 A; 5HOO A; 4B8C A; 2GWJ A; 3CYM A; 4M3U A; 3BUZ B; 4O8U A; 1VSH A; 3DXM B; 3VQ5 A; 4K0K K; 1I94 K; 2KW4 A; 4CZG A; 4G1Q A; 1GLD G; 4X66 K; 2CH6 A; 2XY8 A; 4CGG A; 1QSS A; 2ZGY A; 4R79 A; 4DS4 A; 5AQN A; 4DR2 K; 5HLF A; 4AHU A; 4CJT A; 4IEI A; 3CC7 N; 3AAP A; 3WNF A; 3ZX0 A; 3OBY A; 1NGC A; 2ZJP L; 2HHU A; 1IKY A; 1RT4 A; 3IS9 A; 5T7B A; 5KPR A; 2RKI A; 1ATN A; 5ELZ A; 2A40 A; 4B08 A; 1QQC A; 1IJJ A; 2P9P B; 2ZE2 A; 4DV0 K; 3U8X A; 3ZSY A; 3HM9 A; 2E4L A; 2O8C B; 4FWK A; 1Z25 A; 1N34 K; 3V1O A; 4C1N K; 3CJ9 A; 3MX2 A; 3EZW A; 2G8I A; 3G0Z A; 3O9R A; 4DSL A; 4CGF A; 2O8D A; 1WBB A; 4DSI A; 2V52 B; 4FOI A; 5A2Q O; 4J2A A; 4KPY A; 3RWU A; 4OGE A; 5JLH A; 3GL1 A; 3HVT A; 3S41 A; 3KKR A; 3AGK A; 3AVF A; 1NGF A; 3ULE B; 3U6F A; 4FLU A; 3PV8 A; 2F9T A; 1VSF A; 3P83 D; 3QBX A; 1HPM A; 4GVM A; 3HXM A; 3SUO A; 2IVP A; 1B9F A; 4HUE A; 3QFU A; 3ZSX A; 2AP1 A; 5BRH A; 3WNH A; 3J7Y P; 4EHU A; 4DV2 K; 4JV5 K; 4FWQ A; 3OYD A; 4I9Q A; 3MX5 A; 1CZ9 A; 1U2V B; 1Y64 A; 1HMV A; 5FRN A; 3VQE A; 1ZBS A; 4IFE A; 1QSL A; 3FZF A; 4DR4 K; 3DWL A; 3THW A; 1WAJ A; 2JLE A; 3MEC A; 3CCQ N; 3A2F A; 3LAN A; 3LAK A; 3LPT A; 3CM6 A; 5B8H A; 1WSG A; 4X65 K; 3SUN A; 1OKJ A; 3FR0 A; 2YJF A; 3AAQ A; 4H5T A; 1EX4 A; 4BY9 C; 1O1W A; 3WXJ A; 4NYF A; 3FFI A; 4F2R A; 4YOU A; 4FK2 A; 2E6L A; 3L3V A; 5GIP A; 4FWM A; 3AVL A; 5LMN K; 1YAG A; 5EXW A; 1MA9 B; 3C6U A; 3ZT0 A; 1VQN N; 4JHD B; 4BC4 A; 4C8M A; 3NBP A; 2G8W A; 1RBU A; 2FXU A; 1L3V A; 4Z0U A; 1R59 O; 3H1Q A; 4A62 A; 2O4I A; 2QXL A; 2Q31 A; 3TAP A; 4Y0W A; 4B1X B; 1UA1 A; 3HPH A; 4MLH A; 2E20 A; 3SYZ A; 4WFN L; 1XHX A; 2NNW A; 4HVJ A; 2A1R A; 4HCC A; 2Q0R A; 2P9K A; 4CER A; 4DR6 K; 3TAQ A; 3T69 A; 4FW1 A; 2V7Z A; 3G6E N; 2QWO A; 5FPM A; 4IG3 A; 3SAH A; 4IOX A; 2O4G A; 3K2P A; 4BRK A; 4LF6 K; 3SV4 A; 4IG0 A; 4Q5V A; 4W5Q A; 4BE1 A; 1HKB A; 3DLG A; 1YVN A; 4ELU A; 3O4W A; 3SJJ A; 1KVC A; 4L3Q A; 3J80 O; 4ELV A; 4OPA A; 3PSF A; 1U49 A; 1YHQ N; 1K8K B; 1EKE A; 2XRI A; 1RDC A; 4I2Q A; 2HBK A; 4O8K A; 3EN9 A; 3M6G A; 3VGM A; 4JI8 K; 3K9J A; 3DYA A; 5AQI A; 2VQE K; 3OS2 A; 1J9A A; 3RRG A; 2KTQ A; 1Q8I A; 2HHT A; 4B9U A; 4C8O A; 4WF9 L; 3VGK A; 2XY5 A; 3O5B A; 3KZB A; 2FLO A; 4CJW A; 3AVI A; 1NKB A; 4E0D A; 4IEE A; 4CD3 A; 3HSC A; 3SQ0 A; 4CHO A; 4CJ4 A; 3KLG A; 4BRI A; 3DJC A; 4ZHR A; 2W41 A; 4KB1 A; 4G9Z A; 3ENB A; 5AQY A; 4NCB A; 4E7L A; 4H5W A; 4YOT A; 5BRD A; 4PY5 A; 2WON A; 2E1Y A; 2ASP A; 5GIN A; 3LAM A; 4BVO A; 3HJF A; 3HPO A; 1XC3 A; 2P9L B; 5LJW A; 3E9L A; 2NRH A; 1RBS A; 1LW0 A; 4EZ9 A; 3ENO A; 4FPB A; 3IKM A; 2HHS A; 5TKW A; 3C95 A; 4DB3 A; 5KGX A; 1T8E A; 3VQ6 A; 1HRH A; 4A5A A; 4CJF A; 4DTM A; 2IS3 A; 2E2O A; 4IO9 L; 2PYJ A; 1BOT O; 4O5F A; 5AQO A; 3F2K A; 3KHY A; 4CF9 A; 3TPQ A; 1VQP N; 3S3O A; 4OLB A; 1B92 A; 3J7A P; 1KVA A; 4FVU A; 3AVM A; 4N5S A; 4CF8 A; 1KLN A; 4EFH A; 4XEI A; 1HR0 K; 3FFK B; 3ZX3 A; 2I5J A; 3AA2 A; 2OA8 A; 3U3Y A; 1UOC A; 3ITH A; 3OYI A; 1JCG A; 1JLA A; 4R5P A; 4BG9 A; 4IXC A; 3G4S N; 3HRG A; 3OYG A; 4I7F A; 2F9W A; 1NGJ A; 2UUB K; 4DV5 K; 1NKC A; 5HP1 A; 1SUQ A; 1C0T A; 5AQW A; 4CJE A; 3L0Q A; 2QI2 A; 3DLH A; 4Z4E A; 2YNI A; 3PX6 A; 4KV8 A; 2NLX A; 1NWK A; 4EZ6 A; 4DQP A; 2FBT A; 1WN7 A; 1T7P A; 3DRP A; 2O8C A; 1Q86 O; 2JGU A; 3EE8 A; 3CIP A; 5AQK A; 2G8K A; 4MLE A; 4RW7 A; 3CFP A; 1VRT A; 3AO1 A; 3JSM A; 4NLB A; 1IKV A; 3K0S A; 1UAX A; 3I8B A; 3I8D A; 1X1P A; 3ZT1 A; 4YFU A; 5HRR A; 1IH7 A; 4MO4 A; 2GWK A; 2V51 B; 1YUW A; 3H6E A; 1N32 K; 1QQN A; 4QS7 A; 2OPQ A; 3O08 A; 3D2F B; 3RSE A; 3UKR B; 4IJA A; 4BRE A; 3LZI A; 4JLH A; 4CZL A; 5GAG P; 4I2P A; 1E4F T; 4DSK A; 3NVM A; 4IWV A; 5JVH L; 1WOQ A; 1KRP A; 1NMD A; 3O80 A; 2HVH A; 4OX9 K; 4DF4 A; 3LDN A; 2GUP A; 1KFS A; 4GMJ B; 2HNY A; 2UUA K; 1GLA G; 2GTD A; 4M3T A; 4JKE A; 1O13 A; 1T44 A; 3OTO K; 1NJY A; 3TTD A; 3SUP A; 3C6H A; 4JRQ A; 4JAX A; 2NZT A; 5JMV A; 4FO0 A; 2O8F B; 3TSU A; 4I6M B; 2YKM A; 1S1U A; 3GBT A; 3SMS A; 3LDQ A; 4FVM A; 2G8F A; 3VEZ A; 3AV9 A; 3NE6 A; 2BH1 A; 2OYQ A; 3LP1 A; 1N8R O; 4B9Q A; 3VQ7 A; 1NG9 A; 4CF1 A; 1D4X A; 3E9O A; 3EKS A; 3W0L A; 4CFA A; 2E1Z A; 2E5L K; 3CC2 N; 3T1Y K; 1WLJ A; 4DV4 K; 5J2P A; 1IBM K; 4E1M A; 3UB5 A; 4PQU A; 5AQT A; 2NRV A; 4M42 A; 2FSJ A; 3QER A; 3THY B; 4YOR A; 4OPH A; 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4DV7 K; 4GV6 A; 3VEW A; 3MED A; 2RHK A; 2PFU A; 3ZCM A; 3A0I X; 3FE1 A; 3VN5 A; 3RR7 A; 1TK0 A; 4Z94 A; 1K73 O; 3SAG A; 1RDB A; 4AIL C; 3LPU A; 2V7Y A; 4IDH A; 1MU2 A; 1BUP A; 4BRM A; 4E19 A; 4DWI A; 3BY5 A; 3C0B A; 2QWQ A; 2QW9 A; 3GDQ A; 3LDL A; 4K42 A; 3L2U A; 4CGI A; 4CJK A; 3O3G A; 5J1E A; 4B8A B; 1BCM A; 4FWL A; 4E7H A; 4C8L A; 4CK2 A; 4A59 A; 1RT6 A; 1RT1 A; 2WTU A; 1GLL O; 2UXD K; 3ID8 A; 4DG1 A; 3LM9 A; 3E1Y A; 5ADX H; 3TSP A; 1XQS C; 3RTV A; 1NGD A; 1XWL A; 2QK9 A; 1EET A; 2W6K A; 4AQY K; 1G15 A; 4AHV A; 4DUZ K; 4DHY A; 2Q2R A; 5GAE P; 5JLF A; 3MCA B; 4CK1 A; 4CFC A; 5J2N A; 2F7T A; 2IGI A; 1QQM A; 3VTI A; 3DI6 A; 3QIO A; 4GV3 A; 1VSD A; 5AQM A; 4V19 S; 4F9O A; 4JD2 B; 3T3F A; 1SAZ A; 3NMU A; 4FJK A; 3OVN A; 2VYP A; 4XH5 A; 4XH4 A; 1WSH A; 1BIU A; 1TK8 A; 1Q7Y O; 5CE3 A; 3UKR A; 1ZXO A; 4DQI A; 3PX0 A; 1NK9 A; 4PKH A; 5BRF A; 2HW3 A; 3ZYY X; 3VTH A; 3CCJ N; 3VEN A; 2HHH K; 4JI3 K; 3L2W A; 3VER A; 3A5M C; 3NVK A; 4CZK A; 5C12 A; 1HQE A; 4CBW A; 1BWF O; 5AQF A; 4CEO A; 3AY9 A; 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