The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
|
Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| publication title |
Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of
the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb |
| total genus |
19
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-11-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q82 R; 3I56 Q; 3CME Q; 2QA4 Q; 1YJN Q; 1VQ7 Q; 1VQ6 Q; 1YJW Q; 3CCM Q; 1Q7Y R; 3CCV Q; 1VQP Q; 1YI2 Q; 3CCR Q; 1Q81 R; 1K73 R; 1NJI R; 1VQ9 Q; 3CC4 Q; 1N8R R; 1KQS P; 1YHQ Q; 3CC2 Q; 1M1K R; 3CCL Q; 1K8A R; 1VQ5 Q; 3CCE Q; 3CMA Q; 3CPW P; 1W2B P; 1VQN Q; 3G71 Q; 1YIT Q; 1VQO Q; 1Q86 R; 1VQK Q; 3CC7 Q; 1QVG P; 3G6E Q; 1S72 Q; 1M90 R; 3CCU Q; 3CCS Q; 1QVF P; 2OTL Q; 1KD1 R; 3CCQ Q; 3CCJ Q; 2QEX Q; 2OTJ Q; 1KC8 R; 1JJ2 P; 1VQM Q; 3CXC P; 3I55 Q; 1VQ4 Q; 1YJ9 Q; 1VQL Q; 3G4S Q; 1YIJ Q; 3CD6 Q; 3OW2 P; 1VQ8 Q; 1K9M R; #chains in the Genus database with same CATH topology 2B86 A; 1S72 A; 4L59 A; 1HYO A; 3QHS A; 2VKN A; 2LRQ A; 4M75 G; 4MMK A; 2VVK A; 1K76 A; 3CMA T; 1TWB A; 1X43 A; 5LJ5 g; 4RTY A; 4L6V 5; 2W10 A; 1JJ2 A; 3CCS T; 2K2V A; 2DF6 A; 1T3L A; 4IUU A; 3BDL A; 4IUP A; 5CAI A; 1KHI A; 3MPU B; 1I4K 1; 4QQG A; 1LNX A; 1UHC A; 1UDL A; 2JOY A; 5CKB A; 4LN2 A; 3CCQ A; 1BCO A; 2QGG A; 3H9N A; 5CKD A; 1IRE B; 9ATC B; 2F69 A; 4E7I A; 2EYW A; 1ZSZ A; 2CZ7 B; 1VQ5 Q; 5DY9 A; 2KDS A; 3PMI A; 3ZFJ A; 2EQI A; 2ZAE A; 3PTA A; 1KIK A; 1CKB A; 1YIJ T; 2LJ0 A; 3CCE T; 2D8H A; 1U5S A; 2VGM A; 2L3R A; 1MGQ A; 2LQW A; 5IAY A; 1WHK A; 3SDZ A; 5IXB A; 3L2Q A; 4RCB A; 3OS1 A; 2YHT A; 2QTV A; 1VQ9 A; 1PD0 A; 1G3T A; 4X9C A; 1K9M R; 2E65 A; 2QDL A; 1R0C B; 1SSF A; 2K3X A; 1YHQ Q; 1OOT A; 4C8Q D; 1K8A R; 3V7C A; 5HKC A; 1LVK A; 5CKE A; 1VQ7 A; 2MYS A; 3PIO A; 3V8K A; 4XU3 A; 4ORZ A; 2LDM A; 4Z8A A; 3CCJ Q; 3MO8 A; 2C06 A; 5IT9 E; 3PFS A; 1U8R A; 2EYZ A; 3X20 B; 1KHC A; 1VQK A; 1BI2 A; 2V8K A; 3M59 A; 2DET A; 2CZ0 B; 1VQ9 T; 4EMG A; 2J6F A; 4RCC A; 1UGP B; 1GL5 A; 4X9D A; 1SG5 A; 1ZSZ B; 4C8Q F; 4A54 A; 1B3Q A; 1LPL A; 4MZP A; 2V26 A; 3EHQ A; 2VWF A; 4J7F A; 3JB9 G; 3JB9 I; 2OTJ Q; 1VQM Q; 4HCC A; 1IB8 A; 2HDA A; 1GCQ A; 4LDU A; 5GAN f; 2E12 A; 4PLI A; 2CYZ B; 1VQ7 T; 1VQ6 Q; 1TUG B; 2KE9 A; 1Y96 B; 2OAW A; 2DMO A; 4XTV A; 1MV0 B; 3F70 A; 1N8R R; 3FLG A; 3GIB A; 3G7Z A; 4RTX A; 2KY9 A; 1I5O B; 2DXC A; 1VQO Q; 1BBZ A; 1T3S A; 1M90 R; 4IUR A; 4KH0 B; 5LJ3 d; 2DBK A; 4LD6 A; 1ZSZ C; 5C0M A; 5KH6 A; 2RJC A; 2Y90 A; 5DM7 R; 4MDW A; 2XG8 D; 4C92 A; 4QVC A; 1VYV A; 3JB9 F; 2I2L A; 2KNB B; 4J83 A; 4RTW A; 3VKI A; 1D3B A; 1QP2 A; 1YIT Q; 3G6E T; 1U06 A; 1WHJ A; 2O9S A; 2ZCF B; 4AFZ C; 3OW2 A; 4FYV B; 3JCM f; 2F2X A; 3OYI A; 2QQA A; 1PRM C; 1BIA A; 5I21 A; 4DBQ A; 1UTI A; 2DA9 A; 4R0K A; 5GAO n; 1OQK A; 5L8R E; 2RM4 A; 2OTL A; 3R6O A; 4OB2 B; 2DD4 A; 2LVM A; 2K7A A; 4GY5 A; 2RPN A; 3TQ7 P; 2DTI A; 2QAZ A; 4QT7 A; 1KC8 R; 1VQ4 T; 2DJQ A; 1K4U S; 2VXE A; 4OMP A; 5CR2 A; 2KQW A; 2RI2 A; 3M55 A; 4N4I A; 2E5K A; 5GAM d; 2RB6 A; 2RO0 A; 2L3S A; 1WZO A; 4FL6 A; 4IKF A; 5GAO r; 4RG8 A; 2AK5 A; 1NYG A; 3I35 A; 3X24 B; 2HQH A; 1UHF A; 2ZGW A; 4XU2 A; 3DB3 A; 3M53 A; 5CO7 A; 2KRS A; 3I5S A; 1OPK A; 1QVP A; 3OS2 A; 3CPF A; 4C92 B; 2DAQ A; 1YJ9 A; 4BI3 A; 2ROL A; 1GCQ C; 4Y91 A; 7AT1 B; 3HTR A; 1D3B B; 2A08 A; 1G3S A; 2G6F X; 3EGD B; 3OBY A; 1RI0 A; 2OAU A; 5LJ3 g; 5FRO A; 3OYJ A; 3M0R A; 1VQ8 T; 1WLP B; 4CC2 A; 1ZUY A; 2BKD N; 3CCU A; 2KBT A; 2P0Q A; 2ZZD A; 1RI9 A; 4LXC A; 2VB6 A; 5LJ5 j; 1N6A A; 5GMK h; 3J7A F; 4EIK A; 4VUB A; 4FYW B; 1WX6 A; 3O5Z A; 4QVZ A; 4C92 C; 1YBY A; 3M58 A; 4ZTF A; 2R57 A; 4II1 A; 1WDX A; 1WHG A; 3OMC A; 3RBB B; 1YJ9 T; 2LNV A; 3CME T; 3E19 A; 1SHF A; 3LH0 A; 1UGR B; 2I0N A; 1UGV A; 2VXF A; 2P0P A; 3VUZ A; 1WGS A; 1VQN T; 3OYB A; 3RUX A; 2JJ9 A; 2GQI A; 4OMQ A; 4ZGJ B; 2RHI A; 1XTD A; 1ZA2 B; 2JZ2 A; 5CVI A; 3I56 Q; 2EJ9 A; 1TTH B; 2LT4 A; 4PJL A; 3CPW S; 3NTH A; 2JM9 A; 3CCL Q; 4BB7 A; 3CC7 T; 1PSE A; 5FWC A; 1VQP A; 2RMO A; 4Z88 A; 1AWW A; 2DRK A; 4PJO D; 4MML A; 3MJX A; 1KFZ A; 2RJE A; 4EPC A; 1CSK A; 3QWX X; 3MEV A; 4O6J A; 2RQV A; 2L89 A; 3L42 A; 3E1S A; 1OI1 A; 2M9U A; 4JUV A; 1W2B A; 4PJO E; 2AKK A; 2ZPB B; 3I9Q A; 2PNI A; 4O5V A; 5I22 A; 2KI7 A; 1QKX A; 1MHN A; 5GMK i; 2XI9 A; 2EQM A; 3CD6 T; 4PJO F; 3LW5 E; 1C6V X; 3QJ6 A; 4HCB A; 4E7S A; 2XMF A; 3QPH A; 5CIU A; 4ZTJ A; 1ABO A; 2RQT A; 4WF2 A; 2D8J A; 2QQB A; 1QVG A; 2DFU A; 4JJN K; 1NBE B; 2XID A; 1YJW A; 5A0D A; 2Y4Y A; 2YUO A; 2KAF A; 3OYF A; 4M7D G; 3CBP A; 2GCX A; 4M77 A; 2FRY A; 3HFN A; 4PJJ A; 1M3B A; 1K73 C; 3OYN A; 2ATC B; 1MUZ A; 1K9A A; 4RTU A; 1D0Z A; 4LDX A; 1K1Z A; 4M7D D; 1D09 B; 3MET A; 1BI0 A; 4HCZ A; 1KK7 A; 2XD0 A; 3LH5 A; 2KYM A; 1PD1 A; 3S3O A; 4BAC A; 2AKL A; 4DOW A; 1H3H A; 2E3H A; 1BB9 A; 2O31 A; 4M78 D; 3EFS A; 4JJD A; 1Q81 R; 3CPW A; 3CEY A; 3FJP A; 4M7D F; 2DL7 A; 5A0G A; 1UEB A; 1I8F A; 1B34 A; 1ZUK A; 2FZG B; 4OVA A; 4M78 A; 2XIC A; 2FPE A; 2FG0 A; 1WNL A; 2HQX A; 4M78 E; 4ELZ C; 2LQN A; 2QTX A; 4OMM A; 1WIE A; 3GPL A; 3M0T A; 5D6X A; 3VS6 A; 1YJN Q; 3BW1 A; 1TXQ A; 1OUL A; 1B07 A; 2DVJ A; 4M7A A; 4RTZ A; 1TUD A; 4FCY A; 2YWW A; 1GRI A; 2MPX C; 2FVU A; 3RNJ A; 2X4Y A; 1JJ2 S; 1QVF A; 5IH2 A; 2KR3 A; 2DO3 A; 3PNW C; 2CT4 A; 3RKY A; 4B6M A; 5GMK e; 2A36 A; 3LWH A; 3CCR A; 2JS0 A; 1DJ7 B; 1JBM A; 2DRM A; 3SD4 A; 2MWP A; 4M77 B; 1VA7 A; 1SF9 A; 1QW1 A; 4JS4 A; 1HXD A; 2KSS A; 1MV3 A; 2AT1 B; 1Q86 U; 2D9T A; 4KUI A; 3OSS C; 1KQS P; 1RAD B; 3LGF A; 3LWI A; 1ARK A; 1WYX A; 2BIV A; 1UG1 A; 8ATC B; 4AT1 B; 5GAO p; 2EVR A; 4JJB A; 3RIR A; 2YUQ A; 1ABQ A; 4QQD A; 5GAN d; 4FSS A; 1CKA A; 2JW4 A; 3M0P A; 5HY6 A; 2PUO B; 1SRL A; 3C12 A; 1Q86 C; 4KUD K; 3PMT A; 2EGC A; 4M77 C; 2SRC A; 4OB0 B; 2KXC A; 5GAN 8; 4J9D A; 1KQ2 A; 2E10 A; 1PRL C; 3JCM P; 2JXB A; 2Z0W A; 4K11 A; 1I81 A; 5LJ3 j; 2NYS A; 3CMA A; 4JDS A; 4HVW A; 3G4S Q; 3A8M B; 3MP6 A; 2BTT A; 1FXX A; 4BY6 B; 3CCS A; 1M1G A; 3I5R A; 4M7A B; 3H0H A; 2OX7 A; 4C0F A; 4F7U E; 3CC4 Q; 1VQ5 T; 3ER0 A; 2E3I A; 2IPO B; 5IHI A; 3URG A; 3G71 Q; 2CUB A; 2RQR A; 3NTI A; 2O2O A; 2VUB A; 2LZ6 B; 1JJ2 P; 3KXT A; 2RHU A; 3JCM d; 1HJD A; 1W70 A; 2RHY A; 2AZV A; 3HRU A; 1WXU A; 2HAX A; 4LUE A; 4ESR A; 5IHN A; 3FDR A; 1JXO A; 3LGL A; 3CCM Q; 4XU0 A; 3KFV A; 1YIJ A; 1EIF A; 1MMD A; 3CCE A; 4BY6 C; 2KGT A; 1N5Z A; 1QP3 A; 2FB7 A; 4M7A C; 2HBP A; 1MND A; 4J9F A; 3OYH A; 4OB3 B; 4M75 D; 5FRM A; 3OYE A; 1YWO A; 2E41 A; 1X75 C; 4AG1 C; 4J9H A; 4ZGD B; 4DQ2 A; 3CCV T; 1YI2 T; 2EQK A; 5I2M A; 5GAN 2; 4M75 E; 1YHQ T; 1Y71 A; 1UEC A; 1YWP A; 4QW2 A; 1SSH A; 3CCJ T; 1H8K A; 4CC7 A; 4M75 F; 2NUP A; 5LJ3 h; 4PLL A; 1BU1 A; 2DXU A; 3VS4 A; 3TRE A; 2D0N A; 1PHT A; 3NMZ C; 2QA4 Q; 4BE2 A; 4N4G A; 1ACM B; 4JPB W; 4Y92 A; 2DYB A; 4QVD A; 1M9S A; 3ZL7 C; 1K73 R; 2CSQ A; 1PKT A; 3HKS A; 3DKM A; 4F14 A; 2QQ9 A; 3H41 A; 3OW2 S; 2OTJ T; 1VQM T; 4F04 B; 1X01 A; 3I55 Q; 2EQJ A; 3QWY A; 3MKD A; 1FMW A; 2CP6 A; 4PK4 A; 1M8V A; 4UC4 A; 1VQ6 T; 2SEM A; 4E7J A; 2COZ A; 4KH1 B; 3CCV Q; 1YI2 Q; 3VYH B; 1EFN A; 2K9G A; 4WCI A; 5A0L A; 2ZPF B; 3CC2 Q; 1N9S A; 1NPP A; 3OA6 A; 1VQO T; 2LNH B; 2JVV A; 2IIM A; 3OBW A; 4PFZ A; 1QWF A; 2CH4 W; 4RG2 A; 4FT4 A; 4BE1 A; 1K0S A; 2QI2 A; 2LJ3 A; 4OB1 B; 4C8Q A; 3JCM Q; 5GJW B; 3JCM c; 3KBG A; 3TEE A; 3JCM g; 4C8Q E; 1G83 A; 1PC0 A; 3BFM A; 5EG2 A; 2GTO A; 3UA7 A; 4D8K A; 5LJ5 f; 3L2R A; 5GAM h; 4NS5 A; 4F17 A; 4J9G A; 2KRM A; 1YIT T; 3TVT A; 2VAS A; 1S72 Q; 1G3Y A; 1U1T A; 2LX9 A; 2X4J A; 1Q82 U; 2HQE A; 4OMF B; 2NUP B; 3A8L B; 2NWM A; 4IIM A; 3JCM W; 1NJI U; 3G6E A; 3VRY A; 1FYN A; 2L3P A; 3INZ A; 1FMK A; 3JB9 D; 3SFM A; 1T0J A; 4DOV A; 1XQH A; 3REA B; 1N9R A; 3EG0 A; 4OMN A; 2QDY B; 1KSW A; 5HCK A; 4M4Z A; 1I5L A; 4D6W A; 3CCQ Q; 2ED1 A; 3VV0 A; 2DIG A; 4KBM B; 3RES A; 2GFA A; 3OW2 P; 2D6F A; 1IXD A; 1NJI C; 2YUN A; 3QSU A; 2DL5 A; 1ZX6 A; 2BUD A; 1M1K U; 2PTK A; 3H6Z A; 4C92 G; 2X4X A; 3UWN A; 2LCC A; 2EKH A; 1VQ4 A; 1IZ6 A; 2PZ1 A; 3CBM A; 3JCM X; 3OS0 A; 4CC3 A; 3FB9 A; 2K2M A; 1KD1 R; 4C8Q B; 2M02 A; 1HK9 A; 2HSE B; 1D1B A; 1JU5 C; 4PJM A; 2D0Q B; 4A4H A; 5GMK j; 4EDU A; 1V1C A; 2DKG A; 3PE0 A; 1M4Z A; 5CKF A; 3U23 A; 5GAN 3; 4JZ4 A; 2JMC A; 5FLX E; 1M2O A; 1FX7 A; 1OEB A; 5CQX A; 3GOX A; 2M51 A; 4HKE A; 1IHW A; 4LNP A; 1Q7Y R; 1P92 A; 4C8Q C; 2K5F A; 2IG0 A; 1VQ8 A; 3EH2 A; 1ZLM A; 2HEQ A; 1I0C A; 1OX9 A; 2MF2 A; 1VQK Q; 1ZBJ A; 3M54 A; 2P4T A; 1YFN A; 1AHJ B; 1TH7 A; 4XQ3 A; 1JEG A; 5LJ3 e; 2LMJ A; 4ZGE B; 4BUG A; 3PT9 A; 1W2B S; 2PVG B; 3S3N A; 4BD3 A; 3CME A; 1OZ3 A; 2NUT A; 4ZN3 A; 1E6G A; 2F2W A; 2HMA A; 4PFO A; 3AHU A; 3G1J A; 1C1A A; 1GFC A; 2ESW A; 2DBM A; 2M1H A; 5IXF A; 2JS2 A; 3A8O B; 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2QG9 B; 3H8Z A; 4R56 A; 4E7H A; 1RAG B; 2YDL A; 2XKO C; 3PIP A; 3D7S B; 1I07 A; 4J6X A; 2E4H A; 2O9V A; 2FHD A; 5FU6 C; 4WTO B; 2DPP B; 1NG2 A; 4KGV B; 5GAN 6; 4ZN1 A; 3CCU Q; 4C5E A; 1SPK A; 3VRZ A; 4FT2 A; 3QZ5 B; 4M77 G; 3UT1 A; 1VQL Q; 3VS2 A; 3MEW A; 4XTW A; 1UUE A; 3OYM A; 4RTT A; 4EMK A; 5GAN h; 1YJN T; 5GMK m; 3X25 B; 5GAN 7; 1TOV A; 2XDP A; 3CPW P; 2DNU A; 2DYI A; 2YRD A; 2DXB A; 1K9M U; 4GLM A; 2WSF E; 5DLO A; 4M7D A; 4XK8 E; 4M7D E; 1RAA B; 2YT6 A; 3MP1 A; 2E6N A; 4RTV A; 3DB4 A; 1AWX A; 1XNI A; 2RI5 A; 4BI4 A; 1W4S A; 2CP3 A; 2RN8 A; 4PJO B; 4KGZ B; 1WJR A; 3M0Q A; 2CT3 A; 1OYX A; 5FU7 B; 3L2V A; 4FU6 A; 4HA8 A; 1K9M C; 3CXC A; 2QEX T; 4F16 A; 1QVF P; 3FIF A; 5HK0 A; 1SKU B; 1BYM A; 4J6Y A; 2JTE A; 3JCM h; 2A37 A; 3ASK A; 4AG2 C; 2J6O A; 1M8M A; 5L23 A; 2EBP A; 2MMP A; 4M7A G; 3JB9 J; 1C0M A; 2ENM A; 1S1N A; 4Z89 A; 2B8A A; 2EQU A; 3HHT B; 4MZT A; 2FRW A; 3H0F A; 3PGG A; 2DVE A; 2RQW A; 3FJ5 A; 1JO8 A; 5KYY A; 3ULR B; 4PJO C; 1AVZ C; 4MZM A; 1RAB B; 2O4X A; 3G4S T; 2L5Q A; 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