1NAL | Genus

Total Genus 115

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEGKGKIKLIAHVGCVTTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYQPELKALAQQLMQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title	The three-dimensional structure of N-acetylneuraminate lyase from Escherichia coli. pubmed doi rcsb
total genus	115
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	2, 3, 4
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	1994-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
1	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1nal100

2BWGA 3TXVA 4K36A 4UTMA 1MO0A 1GG0A 2KZHA 4IQLA 5CSSA 3MP3A 1SFJA 5D2VA 4P2VA 3GXTA 1SO5A 4A29A 2ZA3A 3G8RA 3A5FA 4MY9A 3W1NA 3W1UA 1KA9F 2NX9A 2JKEA 4NNCA 2GJLA 3ZWTA 5HUOA 3YPIA 3L0KA 3S5ZA 3NQEA 1AL8A 3TE9A 3DXIA 2VEMA 4LRTA 5FF4A 4ZMGA 3ABQA 4GUJA 3S5OA 4LVBA 4CCDA 1S5WA 1W0MA 3G0SA 5FEXA 3NQCA 1VPXA 4LS2A 1O5KA 4PC8A 1DORA 1SW3A 1MEIA 1JUKA 3KXQA 4A2SA 3M0ZA 2NXGA 3MHFA 4GJ1A 1ME8A 4O8RA 4RR4A 5LNSA 3UQNA 2DZXA 4FIRA 1A5CA 3MYPA 3RFAA 4NZJA 5U4NA 2J24A 1F6KA 4EWND 1XBZA 1O94A 1G7UA 2V30A 1NFBA 1FBAA 3NQAA 1JRCA 2WOQA 4JN6A 4EOUA 5K3VA 4CQ9A 1YPFA 3UY7A 4LT9A 2XN1A 3TFCA 4AEOA 3GDLA 2QAFA 3R89A 1YTKA 3CWNA 3WJYA 5IBXC 1JCMP 3TX9A 4QSHA 5CSRA 1X8FA 2CLLA 3IVUA 3KRZA 3G22A 3PF3A 3G3MA 2GQ9A 4JDYA 3B0VC 1TRDA 1E51A 2PURA 2OT0A 1XCFA 3CQ0A 3W2LA 5KITA 4WUIA 2EGZA 3P5ZA 3MW7A 5D2YA 3IRDA 3MI6A 3LXBA 1ICPA 2FTPA 3BARA 4MY8A 1HO1A 4LVAA 2Y70A 3HBLA 1GOXA 3KFTA 3NZ1A 5LSMA 3STEA 4LVDA 3IIZA 3M5ZA 3C56A 5H2ZA 1JCNA 3E02A 3S5NA 1J4EA 2NXHA 4P61A 1KFJA 1KM6A 5G4EA 3UYCA 1FDYA 4NXSA 3CHVA 3TK7A 1I2NA 5KZEA 1SSDA 2Z1BA 5D09A 4R33A 7TIMA 4XBKA 1ZNNA 3D0CA 1FY6A 3P84A 3P67A 5D30A 2P10A 4K38A 1G69A 1TTPA 1A53A 3TQVA 4PEKA 2YZRA 3CT7A 3HF3A 1SW0A 5I3GA 3W74A 5IM51 2EHHA 3CPRA 3MBFA 4KFPA 3W7KA 1W5NA 4RJEA 2ATSA 3HOJA 3GNDA 4TX9A 3TSMA 3C2RA 1LLWA 3MJYA 1V5XA 3LCWA 2QR6A 4O16A 1Z44A 1H7XA 4I7VA 4DF2A 4MIMA 2CLKA 3T7VA 1AW5A 3G0UA 2BTMA 3BO9A 1ZY9A 4WY0F 3VE9A 1TCDA 3NVTA 5I3KA 3WJWA 3GXNA 2W0UA 1WAUA 1Q6LA 3TSBA 3P82A 4NVTA 4E2BA 3W3OA 1TO3A 3OA3A 3UWWA 1WYIA 1JUBA 1QPOA 5TQLA 1XDMA 3G3DA 3DBPA 4LV9A 5G4WA 1Z41A 1TQJA 4DBEA 3EKZA 3BW4A 3L68A 3N19B 2FJKA 2CLFA 1ZALA 5FEZA 1CX9A 1ADOA 3DFNA 3BPWA 3W88A 1QOPA 4Q33A 4PA8A 5AHFA 3OVRA 3ZS4A 4R53A 1YXYA 4ADTA 2A6NA 4JD4A 3I7RA 1W5QA 4QITA 2E5DA 1XM3A 2DZVA 1BKSA 2ZZ7A 1MEHA 1XC4A 1OF8A 3THAA 4DF1A 2NX1A 4L4LA 3NPUA 2FB3A 3PBWA 3EWYA 3BGJA 1I2QA 1L6YA 1W3IA 1ML1A 2WKJA 4JR5A 3HMJG 1QAPA 3G1VA 4TU1A 3NEVA 1G67A 1N8FA 1OFQA 3Q2DA 1Q6OA 1FUYA 3AO0A 3ZR4A 4N02A 2HTMA 3DENA 3M1ZA 1PCKA 1L6SA 5BMWA 3OBKA 1B3OA 2HS6A 5HNRA 1FQ0A 2VELA 3S6DA 5KINA 1RD5A 1RQBA 1KM4A 1LCOA 4RZ6A 4HNVA 1XBXA 4BR1A 3RF9A 3EWXA 4JTFA 3MYOA 4UMCA 4FNTA 1JR1A 3HJZA 3B05A 3B06A 1RQHA 2QCFA 2ZRVA 4N4PA 2TPSA 4FX8A 5EL1A 4AWSA 2DZSA 1TTJA 2CLOA 3N3MA 2ZRWA 3LOTA 3DAQA 1FWSA 3EWWA 2V0TA 3PR2A 4TMBA 1H62A 4NQ1A 3CU2A 1DL3A 3W72A 4H3DA 5CZ0A 3NM1A 3O6CA 5G2IA 4O28A 3G1SA 3LV6A 4MUZA 4FNUA 1GJPA 1EEPA 1RV8A 2YPIA 1BEUA 1FDZA 4LC8A 4Z08A 6ALDA 3GR8A 1KM3A 3UXDA 2Z6IA 2A4AA 3NL2A 1FDJA 2NV2A 3S9YA 1K03A 2NLIA 3TSDA 1KV8A 3KAOA 4RK8A 4DO4A 4QIUA 5A8GA 1VRDA 1NEYA 1R47A 3TFXA 4LVGA 1QMLA 2G5WA 2ALDA 4HPXA 2RDUA 1RPXA 4UTLA 3W6YA 4ZQOA 3ANYA 3PG8A 3DI0A 3SW6A 2C14A 4UTKA 2TSYA 3LHTA 3KX6A 3THQA 3P60A 2ZA2A 1XDLA 4Q4KA 1OVDA 5F4WA 5AHIA 2QJIA 4PTNA 2PC4A 1UB3A 3LI0A 4UTTC 2QCGA 3L21A 3QYQA 3RNDA 3UZJA 3HGSA 4MLRA 3BK0A 1WA3A 2WSQA 2NUWA 3OIXA 3G1HA 3MWAA 3O63A 4JX4A 2GVLA 2QDHA 4M19A 1VS1A 1JQVA 3W7PA 1SPQA 5D05A 2QCHA 4A21A 2YYUA 2V8ZA 1X6UA 3G0XA 1SO4A 4YMZA 1F6PA 1F2JA 1JUEA 3PBVA 3B0UX 4MLJA 5HQEA 1VJIA 1VYSX 1OABA 2Y85A 5FF7A 4PODA 3RU6A 2J9ZA 4O14A 4N9DA 3VCRA 3UWQA 5DCDA 1LLZA 2Z6JA 2H90A 3SSJA 1TREA 4ADSA 1B4KA 3IIVA 3UWUA 5E93A 3WFAA 1DVJA 1OYBA 3NPXA 3S1WA 2JK2A 4JTUA 3W1XA 3A24A 2QCMA 2J9YA 1LBMA 1Y0EA 1LM1A 2PRMA 5CKSA 3V75A 2ZQ0A 3A5VA 4GUFA 3EXSA 4N2YA 4IUOA 1PIIA 3N73A 2EPHA 4O15A 3O1NA 3TV8A 3A22A 4X3ZA 3QW4B 3MP4A 4JTIA 4XBSA 5D03A 1AK5A 3B04A 5L9FA 3EB2A 3FLUA 4Z1AA 1PV8A 3ZFHA 1PS9A 4E2DA 2B7PA 4NX5A 1D3HA 2P1FA 3EWBX 1EIXA 1XBVA 4LS0A 5D37A 3LTYA 1ZHAA 4S2BA 2IQTA 3LBCA 3G18A 5FI8A 4LC6A 3RLVA 3W7DA 1Q3NA 2V9DA 1X7FA 1M6JA 3TMQA 2CLEA 3W23A 1G4PA 4RKAA 4QNEA 4UNLA 2CFFA 1W3TA 6TIMA 3TA6A 1MEWA 3MHGA 3IIXA 5C54A 4OBTA 1GPWA 3HB9A 2AGKA 4ORMA 1VYPX 3SI9A 5AC8A 2E6AA 4ADUA 2PE4A 5AHLA 5EKYA 2CZEA 4O1CA 2F84A 3I68A 1F73A 4QJ1A 1ICSA 1KFBA 1KBIA 4DBDA 3NNTA 3IIPA 1NF0A 3TAOA 3W22A 1X1OA 2E5BA 1O60A 1W8SA 3TR2A 1TPFA 4O12A 1XBYA 1LROA 4D2JA 1VCGA 3STFA 3A23A 3K30A 1HFBA 4JYFA 2H6RA 3FEMA 3B4UA 1P5BA 2QCLA 1QDSA 4M6QA 2BZNA 2YXGA 1B9BA 2GUUA 4O17A 4OQVA 3HPXA 3DKLA 1A50A 4KFOA 1TPWA 2FLIA 2Q3RA 3LBMA 4KWVA 2VKZG 4K7VA 1T8XA 4DXVA 4O50A 3P5YA 3F03K 5K2ZA 3DFTA 1AMKA 5L6UA 1SO3A 3W7IA 2FB2A 4XQ6A 1F76A 4O53A 1MXSA 5DELA 2BX7A 1I8JA 1I4NA 3LXAA 3UY8A 3I7SA 4IJBA 2RHGA 3C2VA 2QAPA 3MHUA 2TYSA 4WY0B 5LHFA 3N14A 2V81A 4K8EA 1NF7A 4WJEA 3OG3A 1KTBA 4GNJA 2QF7A 3FA5A 8TIMA 4ZQCA 1X1ZA 1K7FA 2CLIA 1H60A 3NAVA 4OT7A 4FXRA 4RX0A 3EX3A 3OEXA 4DO6A 1TTIA 4FX6M 3DI1A 1WOAA 2I9EA 5D2TA 5AFDA 1GWJA 3WK1A 4K37A 4K8HA 4M5PA 3R12A 4MPQA 2WV8A 4HNUA 2C15A 1FWNA 1GQNA 2FQIA 4O0KA 1XL9A 3L66A 3KHJA 2FFCA 4JIPA 3BVJA 4IX0A 1L6WA 1DV7A 1LOLA 2H8ZA 2HSAA 1PL9A 2TRSA 2WO5A 1VZWA 3ABSA 3LDVA 4ZZ9A 2Y7DA 1FWWA 2YFOA 1WX0A 3FJ6A 3NOEA 3M44A 4NJJA 4ZQPA 4O0ZA 1IGSA 5FEPA 1QPQA 4MZ1A 1LRNA 4MZ8A 5EBUA 3NQ7A 1KLYA 3GX9A 3SZ8A 1K8XA 3QMRA 1EWEA 3E12A 4UMAA 2VC6A 5FF0A 2JKAA 5DLCA 1KM0A 5C5YA 5AYXA 5C6MA 4HHPA 4CCEA 2A7RA 1PHWA 4EF8A 4QQ3A 4G1KA 5D2WA 1XUZA 3MMTA 2Y88A 2CU0A 1UASA 3FKRA 4UFJA 4XUGA 3HPZA 1EPXA 1VC4A 3EXRA 2I1OA 3W1RA 4DEFA 3P62A 2C3ZA 3TMLA 3L9CA 3I6RA 2PRLA 1J2WA 1VCFA 5I3JA 3H55A 4MVAA 1I2PA 3NL5A 2OT1A 1KLZA 1FWTA 3GDMA 4WD0A 3NQ8A 1U5JA 3EXTA 3IVSA 1GYLA 3TDFA 3QJAA 1EA0A 4UMBA 1SZFA 3PVFA 1MSSA 1J5TA 3HGJA 3LCIA 3G1XA 4C1LA 3NO5A 3UPBA 1A5AA 1U83A 4HPJA 2X30A 1KBJA 2WSRA 2F7FA 3LHWA 4JICA 4JY8A 1TPB1 3F4NA 4RCXA 3PAJA 1DJQA 1IF2A 4CNNA 1TIMA 4IX2A 1I45A 1G4TA 4EVZA 2FPTA 1TPDA 3NGJA 4JTKA 1VHCA 3S1UA 3GR7A 1VLWA 3M43A 2X1TA 2ZCGA 3PBUA 4LTSA 1JQXA 3A9IA 4JIQA 3DGRA 5G2HA 4MOZA 5D38A 4DELA 3W7EA 1PVNA 1TPH1 4LUIA 2A5HA 2JGQA 3LM7A 4JTGA 2AQWA 5F2MA 2DORA 4WZHA 5T26A 3BV4A 3ATYA 3STCA 2BXVA 2UV8G 4ALDA 4DF0A 2JGYA 3GB6A 2FDSA 4JY9A 3NZRA 1W56A 3JR2A 3SJ3A 1IIGA 4OV9A 1RVGA 3HG3A 3M47A 4K39A 1SZEA 4IMCA 3LXCA 2A7NA 3WK0A 4JYEA 3H53A 4FNQA 4U4MA 4LU0A 4N9EA 4HIBA 2A7PA 3MP5A 2WNQA 2ZYFA 4EF9A 3E49A 4WOQA 5DXXA 3N9RA 3RLUA 3NL6A 3L67A 4HKPA 3W71A 1K02A 1PHQA 3UWVA 1C8VA 2XFWA 5LHEA 1DJNA 4IMEA 2G95A 2Q8LA 5AHNA 1HO4A 4IMFA 2FPYA 4AHOA 4BWLA 1OFDA 4YXGA 4GWEA 3EX2A 3GKFA 4PL1A 3L5AA 4O54A 1W31A 3BW2A 3C52A 4OWGA 3PB2A 5CZSA 2I14A 3NG3A 3LI1A 4IWWA 4TIMA 4OU1A 2DZWA 1LP6A 1VCVA 4UCGA 3EWUA 2DP3A 1YDNA 1P4CA 1OX6A 3O16A 3W1LA 1ALDA 3LRKA 3W83A 3NQGA 4WX2A 3PWAA 5SWUA 4JYDA 4U28A 1VH7A 2Z0IA 1GVQA 5DBUA 4KKXA 1SZGA 4GE8A 1IXOA 2A85A 3LCGA 3FJLA 4MY1A 4WXZA 2E6DA 2E09A 3GKAA 4UFMA 3G1FA 3W1MA 1KFKA 4PFMA 2OCZA 1Q6RA 5CPNA 3WJXA 2G96A 2VFGA 4AHPA 3W7LA 3IV3A 2ZZ3A 2H3BA 5EA9A 1QO2A 3RK8A 3CTLA 4WXYA 1FWRA 3N9SA 5LNUA 3P81A 1Z48A 3QC3A 1OFEA 1JVNA 5I3HA 5EMUA 4IXXA 4CNOA 3WJZA 5C2XA 3T55A 4UTJA 4BI5A 4MFDA 2DJXA 3FS2A 3W2UA 1VQTA 2Y7GA 3W7NA 3UD6A 4BI7A 2HS8A 2YGYA 2ZRXA 4HNTA 1H1YA 4M7SA 4BFAA 3S1XA 2O7QA 3S8HA 2A1YA 4DPQA 1NVMA 3TNOA 1HTIA 1AG1O 4PL2A 5CGQA 5EY5A 5FESA 3IVTA 3EKLA 5F4SA 1Z42A 3TQKA 3BG5A 2D73A 3NPVA 4O4VA 3IIOA 1JCLA 4MKNA 4OGZA 3W1QA 1W37A 4UFLA 4Z1DA 1M7OA 1GYNA 2Y62A 4MJZA 1OFOA 2W79A 3KRSA 2B0MA 1G7VA 4WY0A 4NXKA 5D2XA 4RXGA 1LRTA 3W7MA 5H91A 2Q8ZA 2V82A 4LV4A 3LERA 1TPUA 3NQVA 5AYZA 5K4ZA 4Z1BA 1ZCOA 5HR6A 4E38A 2FPVA 1LOSA 4TR9A 1YXDA 2ZZ4A 3NDOA 2X2GA 3DH7A 1LORA 2OJPA 3DFPA 3W2JA 3LCHA 2EF9A 2GOUA 5KSWA 3QQ1A 1THFD 4YWIA 4ZQMA 2V5BA 2VENA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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