1NEY | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	247
structure length	246
Chain Sequence	ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKYVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDFTNVVVAYEPVAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	triosephosphate isomerase
publication title	Optimal alignment for enzymatic proton transfer: Structure of the Michaelis complex of triosephosphate isomerase at 1.2-A resolution. pubmed doi rcsb
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	87
structure length	246
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1neyA00

2ZRYA 1H7RA 5AC7A 2ATMA 4D2JA 4DXVA 4N9DA 1WOAA 2YX0A 4IX2A 3O6CA 4NZFA 3S1UA 2R91A 3W7HA 2Y7FA 4MY8A 3PBWA 5CGQA 4AWUA 3SFKA 1LCOA 3KHJA 1L6WA 2R94A 1SQ7A 3LRLA 1XDMA 3TKFA 2YZRA 3TSDA 3AJXA 1UB3A 3BARA 1PVNA 1X1OA 1YXDA 1P1XA 3SGUA 1QNVA 3LI0A 1U5JA 4N9EA 4PL2A 2NZLA 2YDAA 2ZZ2A 2RH9A 1KM5A 3ATYA 4IPIA 1FWRA 1VR6A 5CZ0A 2PE4A 1B9BA 4AF0A 4ORMA 3ATZA 2CLHA 1KFJA 5G1YA 1ZALA 3GDMA 5K9CA 1SZNA 3C2VA 1NEYA 3T78A 3EXTA 3W70A 1B4EA 1TJRA 3LCXA 1PHWA 3C2EA 4HT3A 3LHUA 3G1AA 4DBDA 4O8RA 1XUZA 2TYSA 3PBUA 3LX9A 5FESA 4YMZA 1FXQA 1W3NA 1JCLA 5CPOA 1DKWA 1IXPA 1I2OA 4Z1BA 3RF9A 4UTKA 3NXFA 2NUWA 2NV1A 1SU5A 1QO2A 3HF3A 3DENA 1YDOA 3QSTA 4UR7A 1I2NA 3LCHA 3MUXA 2AQWA 1R30A 4A22A 4HSNA 1TTJA 4U28A 3W1PA 3MP5A 1F7BA 3CC1A 3I68A 4EVZA 3NQGA 4J9JA 4LRSA 1Q6RA 1YLVA 5U7SA 3VE9A 2HTMA 2ZTJA 1U83A 3W23A 1IXNA 3LTYA 3NAVA 2ZYFA 3S1WA 2JKPA 4QJ1A 2BX7A 4ONVA 3BGGA 1DBTA 5HJLA 3C3NA 2FB2A 2JBMA 3GX9A 1ME9A 3EWXA 4XWUA 4JTGA 5KMYA 2ZQ0A 2E5CA 4EF8A 1KM2A 3O1NA 1OK4A 2I9EA 4NZJA 3G3DA 1OFOA 1TV8A 3I7QA 3TUUA 1ZAJA 3M47A 4CNPA 5F2LA 2RDTA 4PC8A 3GDRA 1FX6A 3CEUA 3NQEA 2GVGA 3O6YX 5I3IA 1GYNA 3BW4A 3W7DA 2J88A 4JNMA 2WJZA 3KRZA 3EB2A 2QCHA 2Y70A 5DCEA 1JCMP 4DF0A 4S2BA 2X1SA 1C8VA 3M1ZA 3FOKA 4OT7A 3CEPA 3W2MA 5G1TA 4PH6A 3A5FA 4DF1A 5H2ZA 3ANYA 3GKFA 4FNTA 1WQ5A 2ZZ1A 4MZYA 3SI9A 3IIXA 1UUOA 1TPVA 3OEXA 1G67A 5FEXA 1SW7A 6ALDA 4HPJA 5J5DA 3SZ8A 1VHCA 3B4UA 2TMDA 3E96A 2A85A 3TJXA 1TPH1 4LU0A 3PSVA 2ISSA 3R5EA 1PE1A 2NWSA 5FF2A 4JYEA 3TAKA 3W86A 1M6JA 1VCVA 4OBTA 3E12A 1SFLA 4FHAA 2DJXA 3WK3A 4OV9A 3B03A 2V5BA 2JGYA 4MFDA 2B4GA 4IJBA 4JTLA 5F1VA 3W7IA 3O15A 4Y8FA 1CW2A 3JS3A 3NQ7A 4RCXA 2FTPA 2ISWA 3OHIA 4MOZA 4P2VA 4X22A 4BFAA 3DI1A 1PV8A 5DY2A 5DELA 3EX6A 2BWGA 3L0KA 5J5RA 2WV8A 3OVPA 4K7VA 4IGHA 2GOUA 2VFDA 4IXXA 3GZ3A 1EIXA 4O10A 4UTTA 5KZMA 3QPYA 4WX2A 2FPVA 2QCDB 1KM1A 3EX4A 3N2XA 4XZ9A 1KLZA 3O8AA 4M5PA 3PBVA 4DO4A 3P61A 5AB3A 2C1HA 3EWBX 4I7VA 3NQFA 4LUJA 4CQAA 3TXZA 2VFIA 3FS2A 3QMRA 4FX8A 1QDSA 1MEHA 1BWLA 3FKRA 1L6YA 4Y6GA 3QEZA 3W83A 3T7VA 2C13A 1XCFA 4O0ZA 1EP3A 5LNUA 1W5MA 1EB3A 3P84A 2QUUA 4FX6M 1EEPA 4GXMA 3QW3A 3LHWA 1C9DA 3LBCA 1ZENA 4XUGA 1ZAIA 4DO6A 4ZMGA 3M43A 3EWYA 3HG3A 3NL6A 2E6YA 3QYQA 4O12A 3LHZA 2CLMA 4IMFA 3QH2A 1LM1A 5C5YA 1QPOA 5DXYA 4AEOA 2ZDRA 1DJNA 3CM4A 2CW6A 4CNOA 3ZWTA 3FYPA 1EUNA 1RZMA 4MKNA 1W0MA 5HNRA 1VQTA 2HSAA 2ZRWA 1ALDA 3Q2DA 4O4VA 1GG1A 3NZRA 2C3ZA 2I1OA 5BW6A 1QPNA 1DHPA 2CZDA 3OBKA 1T96A 5AHFA 3S5ZA 2RKXA 4XKYA 4LY8A 4JD4A 1JVNA 3C8FA 1FXPA 4JICA 5D38A 3A24A 4OV4A 3G8EA 3NM1A 2FPYA 4N9BA 4CQ9A 4LW7A 4FNPA 4ZQRA 1Q45A 2YGYA 3OG3A 5K9XA 3C2OA 3GDKA 4MZ1A 4AH7A 2VEIA 3W1NA 3N73A 3CT7A 4TU1A 1H60A 2CLLA 2Y7GA 4Z1AA 5I3JA 2GVJA 3GNDA 1O60A 1GVSA 2Y7DA 3N9SA 3L0NA 2A0NA 4UC5A 4UTIA 1M5WA 3P62A 1TPB1 5D04C 3LM7A 4HHPA 4W9TA 1X7FA 1SO3A 3PS7A 4NT0A 4OQVA 1GZGA 1YXYA 5KTLA 2HMCA 1V5XA 2Y88A 4LWWA 1KLYA 1XM3A 1TRDA 2CZFA 3PSWA 2WOQA 3C0JA 3ZR4A 4GUJA 2OT0A 4AXKA 5DBTA 1TPWA 3H53A 2Y61A 3T55A 2VEKA 4N2YA 1N55A 2QKFA 3TE9A 3W76A 2X1UA 4G1KA 2Y7EA 3EKLA 2XN2A 3GDTA 4QSHA 1O94A 5T26A 1SZFA 2Q3RA 2ATSA 2PRLA 3FEMA 2WSRA 3LHTA 2CLOA 1ADOA 4X2RA 5AHMA 1THFD 1TIMA 1YTDA 2C6QA 1H7XA 3WJXA 3TROA 4ZQPA 4PL1A 1G4EA 1H7OA 1FY6A 3IIVA 3A22A 5D2TA 3EX1A 4ADTA 3W7MA 1WV2A 2C14A 4JXCA 1M7OA 1E51A 4RV8A 4JTIA 1EWDA 4O11A 5FEPA 1KW1A 2Q3OA 4JDYA 4IMGA 3M5XA 4JX5A 5BMWA 4FNUA 3BG3A 5L9FA 2ZBTA 1HFBA 1YDNA 4WY0B 1OFPA 2WO5A 4Y96A 3TJLA 1FBAA 1TJPA 3W88A 2EAWA 3HIJA 2R8WA 3NPWA 4UR8A 5D2VA 1RQBA 3M9YA 4YCPA 1K8XA 1KFLA 1TPFA 4UFJA 2ABAA 4BI5A 1XBYA 3W1MA 2A7RA 1VYSX 5EPDA 3G22A 3RFAA 2J24A 5IBXC 5LHFA 4POCA 5LNRA 3HBLA 3GK0A 4UFHA 4HIBA 1TRIA 4JY9A 3PWAA 1GVRA 4AHOA 5HINA 5HR6A 1G4PA 1MXSA 4L4LA 3IRDA 5EYWA 2VFFA 1LRNA 3N34A 3PR2A 3INPA 1LOLA 1OX6A 3Q37A 3FKKA 4NNBA 3N19B 5F2IA 1VCGA 4O1CA 5EL1A 1ONRA 2NWRA 5BRBA 3TSMA 3ABRA 5HWNA 3CIWA 5LHEA 4KFNA 3N2MA 1W5NA 1EP1A 3DFNA 5LNWA 3BO9A 3USBA 3E49A 3EXSA 3MMTA 3HB9A 5HWMA 1HUVA 2Y62A 1NF7A 3DBPA 3W1XA 1KA9F 3KX6A 1PIIA 3DKLA 5TIMA 3HOJA 1GWJA 1HTIA 3GKAA 3UNDA 5D30A 2ZRUA 1KM6A 2LLEA 1ZJIA 3TFCA 3EXRA 4CNNA 5D05A 3L66A 1WAUA 1WBJA 3TR2A 1B3OA 3UY7A 1FWSA 5EY5A 3QC3A 2V2CA 4FX7A 5HMSA 3CQ0A 5DLCA 3QQ1A 4O1DA 3DGRA 3TC6A 3W7QA 4BK9A 3HG2A 1IIHA 1MZHA 5LNSA 3W2NA 5C55A 3IV3A 2YW4A 1HG3A 3B06A 4AF0B 4QISA 5CG7A 1F05A 3UPBA 3G1FA 4YCOA 3IVTA 1PHQA 3MI6A 4LS1A 5E93A 5DN1A 4EOUA 4M6VA 1X1ZA 2DZSA 1AMKA 4ZQNA 1SZEA 1YTEA 5G2HA 1JRCA 3OVQA 2V0TA 4NJJA 3S5YA 4GUHA 2FPTA 3S5OA 3MP3A 3IGSA 3VCRA 2XN0A 2VEMA 4O18A 3MI2A 1QOPA 5DY3A 1ZAHA 3P82A 3G1SA 4RR4A 2TRSA 1SZGA 2ZZ6A 1OFBA 4PFMA 3DFOA 1G69A 3IEBA 4UFMA 3BW2A 5D33A 1A5SA 4WZHA 2F7FA 4EWND 2Y85A 5I3HA 3ZS4A 3O16A 3WJZA 2C16A 2FIQA 3IGUA 2ZA1A 3QRHA 4RZ5A 1DQWA 3DFPA 2J27A 4UTWA 3LCWA 2CLIA 3NQCA 1TMHA 3M41A 5CPMA 3T40A 3P74A 4LOCA 4R33A 3LTSA 2ZZ4A 4DPPA 2A6NA 4R34A 1GG0A 2WPBA 4N6FA 1K7FA 4UTLA 4QNEA 4Z0SA 1OF8A 3L68A 4MZ8A 4O19A 3TIMA 4LC8A 4C1KA 3GAKA 4O14A 1OYCA 1SSDA 3RLVA 4A3UA 5E1QA 1SR9A 1JQXA 3DHDA 4JDBA 2H6RA 3NOEA 4MJMA 4MUZA 5FEWA 1I4NA 1XL9A 1LRTA 2PRMA 3PBYA 2A2IA 1GVQA 3G18A 4FF7A 3NYZA 1QFEA 3SECA 5K4XA 3PVFA 5DCBA 4DO5A 2Q8LA 5KSWA 3RLUA 4OGZA 1KTBA 3TDFA 3O07A 2EGZA 4GE8A 1DORA 2EPHA 3S0CA 3UWQA 5AN7A 3VFLA 1I45A 2B0MA 4TX9A 3WK2A 2VELA 1VPXA 2QEZA 1UASA 2ALDA 4DELA 1GVOA 4UMBA 3W07A 1P5BA 2QJHA 1GTEA 1QPRA 3DHFA 1J5TA 3NG3A 4LT9A 5G5IA 3I7RA 1NVMA 3P7YA 3STGA 4GNJA 3W1LA 3QSRA 2XFWA 4M7SA 2QCNA 2HS6A 1SO5A 5FEZA 3BK0A 3W1TA 1G7UA 2VC6A 3FLUA 1TPDA 2GJLA 2A4AA 5AC8A 2AAMA 3HGSA 1RPXA 2DZXA 4DF2A 4JEQA 1XXXA 4FXRA 3HPZA 4Q33A 1I2PA 3NQAA 3TMLA 1K7EA 3NO5A 4YWIA 4JN6A 2YPIA 2C15A 1FCUA 4N4PA 8TIMA 5GVJA 3LERA 1OVDA 5CZSA 3MHGA 1OX4A 5IM51 2FLIA 1W5OA 3TW7A 1EWEA 1W5PA 1O5KA 3P67A 4K8EA 2W79A 2BXVA 3L5MA 4LVFA 3U8GA 4A2SA 3BG5A 3E9AA 3WFAA 5D02A 4X3ZA 2DZVA 3NQ2A 3BLIA 3THAA 1JUKA 4XQ6A 3W7KA 2O7SA 3DFTA 4TMBA 1ML1A 2PRHA 2ISVA 3W3OA 2QCGA 4CCCA 3V1PA 1P4CA 5G2IA 3QQ0A 3W73A 2NLIA 4GWEA 2NUXA 2C18A 3UWVA 5FF3A 5KZDA 4UTHA 3TNOA 1QPQA 2WQPA 2YSWA 5DCDA 4N02A 4GUFA 1DL3A 5CKSA 3G1HA 1GQNA 2DZPA 3M0ZA 4DQWA 1NFBA 4WXZA 3C61A 3WK0A 3PY2A 4AVFA 1XUUA 2DP3A 2FQIA 3NVTA 2QAPA 1I8JA 2Z6JA 3M5YA 3QPZA 1OJXA 3MBFA 1F73A 1DOSA 4UTUA 3MYOA 3HGOA 5K7JA 2OJPA 2QDGA 4HN4A 5F4WA 4AWSA 3PUOA 1D9EA 3CB8A 3L21A 3H54A 4S2CA 3BPWA 3GXPA 2QUTA 4I7WA 3M5ZA 1FWTA 4HPXA 4OE7A 3HPXA 3S1XA 4LUIA 1TTIA 2YXGA 4UTJA 3FYOA 3NNTA 3UYCA 1S5WA 1H5YA 3SJ3A 1K8YA 4LVBA 2J9YA 1AG1O 1PCWA 2GJNA 3BV4A 5D37A 5D09A 3JRKA 1R2RA 2E5DA 1Z48A 1GVFA 2QCCA 3C6CA 3L65A 2QF7A 3NEVA 3W71A 2QCMA 5I3GA 1QO5A 1W3TA 4PEKA 3MP4A 4LV9A 4I9AA 2Y89A 1RR2A 3NGJA 4LTSA 1IIGA 3FJ6A 3KRSA 3UXDA 1LORA 4FNSA 3ZWSA 2NXHA 2GQ9A 4DEFA 3W72A 2KZHA 1H7WA 3FJLA 3UD6A 2QUVA 3W1AA 3QJAA 5CPNA 4Z1CA 1T0OA 1VJIA 3GR7A 2ZA2A 5AYXA 3UWUA 1OFRA 2P0OA 2DZTA 4ZQCA 5AC6A 4HNVA 1N8FA 1H50A 3HG5A 3R13A 1Q3NA 4WUIA 1LYXA 1H61A 4DBEA 5SWUA 1W37A 2OMAA 2CZ5A 2V9DA 2P1FA 2W6RA 5HQEA 4EF9A 1AL7A 4JTEA 5HUPA 1KTCA 4LVDA 4MVAA 4KWWA 2WNZA 3TA6A 3R12A 1FUYA 3W2LA 4NNAA 1O5XA 4PA8A 3NL2A 2AGKA 3F1QA 2EKCA 3PULA 4RKAA 4O0KA 4QAIA 1JQVA 1LLZA 3BG9A 1ZFJA 3ELFA 4ORIA 4KFOA 2Q8ZA 2FJKA 1LBLA 1Q6OA 2ZA3A 1XC4A 1WA3A 3G0SA 2WKJA 2QCDA 3M6YA 1B4KA 4CLMA 1C29A 3P80A 1EPXA 1I2QA 3VNDA 4BR1A 1JCJA 1V7YA 2YFNA 3F4WA 2ZRXA 3L0GA 2E1DA 2X1RA 3C2RA 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5LKYA 2WSQA 1OFAA 2ZRVA 3GYEA 3MI3A 1TB3A 1PS9A 4NNCA 1RQHA 4R53A 5AHNA 3LDVA 5KZEA 4JTFA 3QMSA 1GYLA 4O17A 2GQAA 1H1ZA 2XN1A 1YTKA 4KKXA 3W7OA 4XBSA 2W0UA 4OWGA 4M19A 2YFOA 3V75A 1OYBA 4WY0A 2C0AA 4R7JA 1KM3A 3GAYA 2ZZ7A 1TYGA 3CWNA 3SW6A 3BVJA 4E2BA 1LLWA 1WYIA 3UPWA 2EHHA 1GTHA 1FQ0A 1FCBA 1Q6QA 3CTLA 3P5YA 3STFA 4IOTA 5TQLA 2O7QA 3MYPA 4UIOA 1G7VA 1F5ZA 3E02A 4I7UA 1TSIA 2YYUA 1J2WA 3OVRA 3NL3A 1JULA 5C6MA 2I14A 4K37A 3BLFA 5DBUA 3H55A 1VYRA 3P81A 1VC4A 3M7WA 1R46A 3TQVA 1XBVA 1Q6LA 1Z42A 1KBIA 1TV5A 3U2OA 1KFEA 4MLJA 2IQTA 1B57A 2PURA 3NQ8A 3W22A 1W8SA 2V8ZA 3LBMA 5BNKA 1QOQA 4EIVA 1OFQA 1KFCA 2YYTA 2VENA 1S5TA 2V2HA 3KVJA 1F76A 5LSMA 1JUBA 2QDHA 3CHVA 4AWTA 1LDCA 3QFEA 4GRSA 3LV6A 4O1BA 3UXAA 2QJIA 1QWGA 2A7PA 4TMCA 3IIZA 4AB4A 2Z1BA 3R2GA 3O6DA 4FO4A 1H63A 5TBOA 4MY9A 3AO0A 1IXOA 2V5LA 1LTDA 2E77A 3NQDA 4NXSA 1QMLA 4WXYA 5DXXA 3W1QA 5D32A 4FB7A 1W5QA 4UFKA 1K02A 3NZ1A 1ICPA 1YXCA 2WNNA 1OF6A 3BGJA 2JGQA 1RVGA 5F2MA 4MYAA 1ICSA 1LRQA 3NDOA 2CLEA 4UFLA 4CCEA 2B7OA 3LXBA 2QCFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1NEYA

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