1NOUA

Native human lysosomal beta-hexosaminidase isoform b
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
498
structure length
480
Chain Sequence
ALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFGTQVQQLLVSITLQSECDAFPNISSDESYTLLVKEPVAVLKANRVWGALRGLETFSQLVYQDSYGTFTINESTIIDSPRFSHRGILIDTSRHYLPVKIILKTLDAMAFNKFNVLHWHIVDDQSFPYQSITFPELSNKGSYSLSHVYTPNDVRMVIEYARLRGIRVLPEFDTPGHTLSWGKGQKDLLTPCYSLDSFGPINPTLNTTYSFLTTFFKEISEVFPDQFIHLGGDEVEFKCWESNPKIQDFMRQKGFGTDFKKLESFYIQKVLDIIATINKGSIVWQEVFDDKAKLAPGTIVEVWKDSAYPEELSRVTASGFPVILSAPWYLDLISYGQDWRKYYKVEPLDFGGTQKQKQLFIGGEACLWGEYVDATNLTPRLWPRASAVGERLWSSKDVRDMDDAYDRLTRHRCRMVERGIAAQPLYAGYCN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-hexosaminidase beta chain
publication title Crystal structure of Human beta-hexosaminidase B: Understanding the molecular basis of Sandhoff and Tay-Sachs disease
pubmed doi rcsb
total genus 178
structure length 480
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2003-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF14845 Glycohydro_20b2 beta-acetyl hexosaminidase like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nouA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1nouA01
1UKOA 4ZE4A 1KWGA 3VDBA 1V0KA 3WELA 4QFUA 3NIYA 2O9TA 1N82A 5HPCA 4IM4A 1J0IA 2O92A 4ZENA 2IXVA 2OYKA 5AC4A 5BXTA 4CVUA 1FFQA 5DF0A 2BNJA 5I6SA 3M7SA 4TVUA 2QMKA 2WAGA 3AIWA 1UR4A 3CTTA 4JKKA 2BHZA 1FA2A 1H1NA 2BY3A 2VMFA 1JYWA 3BSHA 4TTUA 1U30A 1CTNA 4D6EA 1UR0A 3BH4A 1DP0A 3KL0A 4F66A 4MNLA 4P8XA 3DYPA 5KZ6A 4B9YA 1QNPA 4UCFA 3MSGA 3UETA 1E6QM 4JKLA 1J0ZA 1PIFA 1PPIA 4FF5A 4OOZA 4PMDA 5A8OA 4AZ7A 1C92A 4MAZA 2WNWA 2WMGA 3S2CA 1SYTA 1CPUA 3MU7A 1MW1A 3KEHA 4E8DA 5A8MA 1A47A 5ECUA 3B9EA 3LPPA 2XFFA 3WNLA 3E1F1 3IAQA 1E1FA 5BRQA 4P7LA 1CGYA 4B15A 2CYGA 3VDCA 4HPGA 1UD8A 4LXFA 2J62A 5CSYA 1WDRA 2WCAA 3SCWA 3VILA 4B3LA 5A6BD 1MW2A 1VJSA 4OBSA 1HN1A 3T0DA 1X6NA 3QHMA 4R5EA 2BY1A 3SUTA 5AYIA 2JFEX 4ML4A 3VGHA 1C8QA 4KRTA 2GJPA 2WSPA 2V3DA 1B1YA 2D0HA 2UY3A 2WPGA 2WMKA 5JIPA 1B3WA 1WZAA 3PZOA 2J7HA 3OZPA 1WDPA 4EANA 1GHRA 2E8ZA 3AICA 3VO0A 3WH8A 4MTVA 4U2ZA 3W37A 1EDQA 1EQPA 1XCXA 2WBGA 1W2VA 3BMVA 5D9PA 2CPUA 3AS3A 2BS9A 1PZ2A 3CHCA 3HN3A 3WQ6A 4HOXA 3OLDA 1R87A 3MUIA 4YHGA 3FHQA 3GTNA 2BHUA 4BZYA 1WAWA 3AYRA 4W85A 5TD4A 2GSJA 3AMDA 2J78A 1UH2A 4QP0A 1NWTA 1KXQA 3TOPA 3WUBA 1O6IA 4MJ2A 4H41A 1U33A 4KGLA 4PTWA 3RCNA 3W0KA 2JEQA 3AHXA 1XSJA 4ZXLA 1ESWA 4AZIA 5HXMA 3OGRA 4CN6A 4PTVA 2YIHA 4C91A 3MUZ1 1HVQA 5M5DA 1BLIA 1IZJA 1CXKA 3IAPA 4AD3A 5BXRA 3M07A 1XSIA 1W3KA 1UR1A 5A3HA 1DWGM 2CHOA 1KXHA 1H3GA 3CUJA 1I1XA 3WH7A 4Z2HA 1OD0A 3SCPA 2VQTA 4ZFMA 1J0JA 2GK1B 3BLKA 4ACZB 4BS0A 3SUUA 5GNXA 4MJ4A 2YBTA 2XVGA 1Q6FA 4IPLA 5I2UA 2E40A 3WN6A 3WKZA 4J7RA 1H41A 4CD6A 4PTXA 4JCLA 4JHOA 1UHVA 4CD5A 2EQDA 3VIMA 1QI2A 4DWSB 3LPOA 2CNCA 3L4ZA 3VU2A 1DWJM 1ODUA 5A6BA 4EKJA 1GOMA 5GNYA 3AHVA 3ZJ7A 2A3EA 1UWTA 3WF3A 3WEOA 2ZE0A 3EMQA 5KEZA 1TCMA 1JDCA 2W61A 4LGXA 2C7FA 5CXPA 3RDKA 2WMIB 4P7QA 1NWUA 2PWGA 2J7FA 2EO7A 1DWFM 1BAGA 2JF6A 4EE9A 4YHEA 3W81A 5AY7A 1W1TA 3WUFA 3PZ9A 5CJ5A 3GH4A 1KQZA 4NF7A 3NJ3A 1CXHA 1JDDA 2WW5A 4RE2A 5C70A 1EDGA 1A3HA 3NSMA 2WVTA 4HP5A 1GJWA 2F61A 4QDMA 3BGAA 1GHSA 3PN8A 4P7RA 2QMJA 4NI3A 3CHEA 1KGUA 4DWSC 1J01A 2UY5A 4GINA 1G9HA 4GXPA 1UZ4A 1M7XA 5DMYA 4CVWA 4AISA 1TR1A 2VZSA 3FAXA 1CGWA 2ZX7A 3ZSSA 4B9ZA 6CGTA 4AIOA 1UD5A 1QNSA 3ARRA 1E4MM 1HNYA 2VRJA 1LF1A 1OCQA 1KBKA 1J18A 2JF7A 1FHDA 5BROA 1HKJA 3GXFA 2D1ZA 1UWSA 1HJXA 1GOWA 2E9LA 2WLZA 1QI4A 4ATDA 3EBVA 2BV9A 3UR7A 1E15A 4HA3A 4KWUA 1JXKA 3OIHA 3APGA 1P6WA 1VF8A 5I23A 1V3IA 1EA9C 2ZUVA 4H8UA 2D22A 4GQQA 3NCOA 3B9AA 3VOCA 4MB3A 3AZSA 1OBAA 5LA2A 3AXHA 4XZWA 5A2BA 1M03A 4QLJA 5DT5A 4A3YA 1KXVA 4CU8A 1D3CA 2WSKA 3N9KA 4MDOA 3U5UA 2Z1SA 3QOMA 1JYVA 3FHAA 2ZWZA 1OGBA 3MV11 3BMWA 1E70M 1PJ9A 4W84A 3PZGA 3CZKA 1SMAA 4XB3A 5A2AA 3PZVA 1QW8A 3OZOA 2G3NA 8A3HA 2YL6A 1GCYA 2XWDA 2HISA 4WKAA 3ZJ6A 1OB0A 1BYBA 3RIKA 4C7GA 3DECA 5A8QA 1JZ7A 1R7OA 4PTMA 3IJ7A 1MFVA 2EXOA 2E4TA 1BYCA 4N0RA 3EMZA 4W86A 4L4OA 2RGMA 2Y5EA 3N11A 1MYRA 3AFBA 1JZ3A 1HJVA 2G4FA 2O9PA 4AD0A 3N18A 3D5HA 5CLWA 2VNCA 2JE8A 3CZEA 2YL9A 4TVDA 4D71A 3TTQA 2VZVA 4AW7A 2XWEA 5I3DA 5A8NA 3JUGA 1GQIA 2VL4A 2WWCA 4M80A 3SUWA 4AC1X 5JUVA 2OWXA 2WC3A 5BRPA 2ZIDA 3VIOA 1BQCA 3L4TA 2DSKA 1RH9A 4WLCA 3ZR5A 3F5LA 2FGLA 1G01A 1VEOA 1QHPA 4J3VA 4UR9A 5CPQA 3PTQA 1KR1A 2E8YA 4WIWA 2DT0A 3WDHA 5CQ1A 3OG2A 6TAAA 5CGMA 3VIGA 4S3KA 2GJXB 1CYGA 3DHUA 4HA1A 4C7FA 1MFUA 5LA1A 1WB0A 2YLLA 1VBRA 2J7GA 1H11A 1BYAA 2OSYA 4UQ9A 1W91A 3FAWA 2WVUA 1V3JA 2D3NA 4TOQA 2F8QA 4UOQA 4J3XA 3A4XA 4U5IA 1W1VA 1J11A 1C8XA 3KL5A 2EEXA 1RP8A 2WZEA 5E70A 5A1AA 4LQ1A 1UWQA 1CENA 3ZM8A 2Y2WA 1E6SM 1VBUA 2CBJA 1H0IA 1GZJA 4CD4A 2ZUWA 3ZJ8A 3I3DA 1LQ0A 3ECQA 3WENA 3GNRA 3B8SA 3SIMA 3AYSA 4GI6A 4UOJA 3RO8A 4UQDA 4D6FA 4W88A 3VINA 3TP4A 3WUEA 4N42A 3OBAA 3WNOA 4BF7A 1NOWA 2JALA 3N17A 2DT1A 4GKLA 4UFJA 5A6MA 1DWAM 1R86A 1VEMA 2OWCA 3GH7A 2CKSA 3EDKA 1CXEA 1M04A 5C71A 2AOSA 5CPSA 3N15A 4UQCA 1EIBA 3CUGA 2WCGA 1US3A 2JEPA 1E0XA 4H04A 4PSPA 7TAAA 2O9OA 4BCEA 5D4YA 1VFFA 1JGIA 3ZQ9A 1FHLA 3VIJA 4UOZA 1K6AA 4J3UA 2ZX9A 2BY2A 1E40A 2YDSA 1XD1A 2YL8A 3U57A 3HU7A 2YDQA 4D6GA 2PBOA 5HOSA 3DHPA 1FP9A 5CSUA 1NP0A 5ABGA 5M03A 4WF7A 2CXGA 4TXEA 2J7EA 4X9YA 2W63A 2YKKA 2XTKA 4PMNA 4CUCA 3AS0A 3WDIA 1RP9A 1C93A 4HZ8A 1UR8A 4Y7EA 3AMLA 3VMPA 1BVNP 4MB4A 3G6LA 1BG4A 1ITCA 1DEDA 1JI1A 1XYZA 5EBAA 1B3ZA 1VFOA 1YQ2A 1KR0A 1US2A 1D7FA 4OZOA 4BQ3A 1VAHA 5D9MA 5GQBA 1Z32X 2V3FA 4B3KA 1J9YA 3VIFA 3ZSTA 5IFPA 1B3XA 4U3CA 1HJWA 2VCCA 4AZCB 1E72M 3VGGA 5ABFB 1QPKA 4JKMA 3AROA 3N12A 1UKSA 2ZWYA 3ZT6A 2W67A 3WSUA 2WC7A 4E8CA 3CZLA 3SCTA 4PMXA 2DDXA 1HJSA 3A3HA 1H0GA 1B9ZA 4PMQA 5ABEA 3UG5A 2J8GA 1HXJA 2DH2A 2CITA 2EPNA 4JAWA 4JFTA 2VX6A 3ZOAA 4CCDA 2ZUTA 1E5JA 3BCFA 2ZXDA 4HMDA 1GOOA 3VIHA 1V02A 1E4LA 2C8NA 2J25A 1LL6A 1E0WA 1W3HA 3GNPA 3AMKA 4AZHA 4Z2LA 3VM5A 2D20A 4PMYA 2W4XA 4J27A 1JYNA 3RM9A 3CHFA 3PZQA 1ZU8A 3SCOA 1E0VA 3ALFA 5EFFA 1QNQA 1IZKA 1J0KA 4BQ4A 1UA7A 2EPLX 4PCSA 4UFMA 2FHFA 3OB8A 4FLQA 4MNKA 2ZXQA 2VTFA 3W53A 5LYRA 5BCAA 2FHCA 1GUVA 2GK1A 2TAAA 1OGSA 4ACZA 3WL1A 3AIUA 3O2LA 4JFVA 2WHJA 2E9MA 1ZB5A 1WZMA 3WH5A 3GBEA 4AEEA 2DQXA 1BVZA 3BAWA 4TVCA 4OJYA 3K8LA 4DWSA 2J77A 1KWKA 1YHTA 3G6MA 1AVAA 1BHGA 1OGGA 1JNDA 4PEEA 5E6ZA 1Q6CA 3TA9A 1HF6A 1C3FA 2HVMA 3I3EA 2WMIA 4V2XA 3U7VA 2DSVA 4CCCA 3AHYA 3LMYA 4J3SA 3CZGA 4AD1A 4PMOA 3UG3A 2VT0A 1OSEA 2FDMA 5CG0A 1C7TA 3ZT5A 2J74A 2J4GA 3VKKA 5E6YA 3VIIA 3K1DA 2CBIA 1B30A 3VMNA 3CIVA 2BFGA 1WDQA 3TTOA 4AD4A 1TE1A 2Z1KA 2XVKA 1SFSA 3EDJA 1XH0A 4W7UA 1E6PA 3ARTA 3WDRA 1BGGA 2EPMX 1CBGA 1Q6EA 4JFSA 5A6JA 1FH9A 5FD0A 1JG9A 2VZUA 1G94A 3VUPA 3W29A 2XM2A 4Q7NA 4QLKA 1VIWA 4E4PA 3K4AA 1K9EA 2X2YA 2DIEA 2VRQA 3KE0A 3WUGA 4GPNA 3WQWA 1VFMA 1HVXA 1WNOA 4Q22A 4RE4A 5FL1A 1CLXA 1V6XA 1TFVA 4U33A 1UQYA 1UWIA 4D6JA 1JFXA 1WE5A 4UZUA 2ZUSA 4CCEA 1H49A 4DUVA 1F4AA 3ARWA 1V0LA 2GUYA 4J28A 3W4RA 2OSWA 4W89A 3IANA 1E5NA 2GDUA 4DM2A 5JBFA 3MUAA 1W9PA 3POCA 3BCDA 1OINA 3THCA 3AOFA 2WMHA 1V6UA 2NT0A 2XVPA 2QPUA 1K9DA 3NDYA 1JZ2A 2G3IA 3WD2A 4UFLA 3W26A 1C8YA 3AQUA 3WBEA 2XVLA 1PAMA 1WCGA 2ZXBA 2W66A 1LG2A 4P7OA 1E4IA 2WZHA 2VX4A 4GZJA 5A94A 4L4PA 3F5JA 2YBUA 2BVDA 1KCLA 5BXPA 4M29A 1GPFA 3WQVA 3MSDA 3UERA 4W8AA 5EB8A 1RD6A 2PBGA 4AD5A 1IV8A 4M82A 1GQLA 2YL5A 4U2YA 7CGTA 4PMRA 1JI2A 3WNMA 4IUGA 3PZTA 2YDRA 1BF2A 1JNEA 2ZICA 2VI0A 2V38A 3KWXA 3HMCA 1E55A 2WLYA 2J47A 4PCTA 3KL3A 4D72A 1J12A 4R27A 3EDEA 1VJZA 1XCWA 2GFTA 3POHA 3BLPX 4W5ZA 2J75A 4XX6A 3WIJA 2D24A 1EDTA 2Y24A 1E4NA 1OD8A 1DWHM 4W93A 1EH9A 2XFYA 1W9UA 2PB1A 1CIUA 1EOMA 2GJXA 2G3JA 4F9JA 4CKQA 3ZT7A 2GJRA 4AZ6A 2CBUA 3BAJA 4W7VA 1MVYA 4OOUA 2VX7A 2VO5A 3T09A 1KBBA 5E09A 3WF2A 4GIAA 3AIBA 1UKPA 4BA0A 4K68A 3VDHA 3M6DA 5FIPA 1UQZA 1AQMA 3CPUA 5CPTA 1E71M 1XYFA 1H09A 2XSAA 3II1A 3WY1A 3DYOA 1LG1A 5D9NA 4NRSA 1K9TA 1E1EA 2ZUMA 3PTMA 2WVVB 1BYDA 2YA2A 1JZ5A 2OSXA 2NSXA 1XD0A 4KMQA 5I78A 1I1WA 5A8PA 4EAMA 1F4HA 2VZTA 3AISA 2NT1A 2DH3A 1UD4A 3SURA 1CNVA 3VIKA 1TA3B 4QLLA 3T08A 3ALGA 5BYWA 3WMBA 4WSKA 1ZJBA 1X1NA 4FLRA 2J7BA 3PZIA 3BAXA 2QLYA 1I75A 1V02E 6A3HA 4PMVA 4JL1A 1MXGA 3A6OA 3ZO9A 1VB9A 4GO8A 4AXNA 3BC9A 3BAKA 3CUHA 2WC4A 4GI8A 1QI3A 4LX4A 1G1YA 9CGTA 3WFZA 5IHSA 4AIUA 3L4VA 1KB3A 1ZJAA 1W32A 1JAKA 4AY1A 4PUEA 1PZ3A 1QNRA 4W7WA 1PIGA 1U2YA 3IK2A 3WEZA 3BAYA 2PWEA 4JZ5A 2RGLA 3VD7A 4Z2IA 2O9RA 1BSIA 1E3XA 4UQAA 2WYSA 5DEZA 5FOOA 4W87A 2W92A 1BGAA 2VOTA 4IISA 4FLSA 2XM1A 1JF5A 1LLOA 3W6LA 1V0MA 1MQPA 3AJ7A 1XRVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UKO A;  4ZE4 A;  1KWG A;  3VDB A;  1V0K A;  3WEL A;  4QFU A;  3NIY A;  2O9T A;  1N82 A;  5HPC A;  4IM4 A;  1J0I A;  2O92 A;  4ZEN A;  2IXV A;  2OYK A;  5AC4 A;  5BXT A;  4CVU A;  1FFQ A;  5DF0 A;  2BNJ A;  5I6S A;  3M7S A;  4TVU A;  2QMK A;  2WAG A;  3AIW A;  1UR4 A;  3CTT A;  4JKK A;  2BHZ A;  1FA2 A;  1H1N A;  2BY3 A;  2VMF A;  1JYW A;  3BSH A;  4TTU A;  1U30 A;  1CTN A;  4D6E A;  1UR0 A;  3BH4 A;  1DP0 A;  3KL0 A;  4F66 A;  4MNL A;  4P8X A;  3DYP A;  5KZ6 A;  4B9Y A;  1QNP A;  4UCF A;  3MSG A;  3UET A;  1E6Q M;  4JKL A;  1J0Z A;  1PIF A;  1PPI A;  4FF5 A;  4OOZ A;  4PMD A;  5A8O A;  4AZ7 A;  1C92 A;  4MAZ A;  2WNW A;  2WMG A;  3S2C A;  1SYT A;  1CPU A;  3MU7 A;  1MW1 A;  3KEH A;  4E8D A;  5A8M A;  1A47 A;  5ECU A;  3B9E A;  3LPP A;  2XFF A;  3WNL A;  3E1F 1;  3IAQ A;  1E1F A;  5BRQ A;  4P7L A;  1CGY A;  4B15 A;  2CYG A;  3VDC A;  4HPG A;  1UD8 A;  4LXF A;  2J62 A;  5CSY A;  1WDR A;  2WCA A;  3SCW A;  3VIL A;  4B3L A;  5A6B D;  1MW2 A;  1VJS A;  4OBS A;  1HN1 A;  3T0D A;  1X6N A;  3QHM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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