1NOW | Genus

Total Genus 175

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	175
sequence length	498
structure length	480
Chain Sequence	ALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFGTQVQQLLVSITLQSECDAFPNISSDESYTLLVKEPVAVLKANRVWGALRGLETFSQLVYQDSYGTFTINESTIIDSPRFSHRGILIDTSRHYLPVKIILKTLDAMAFNKFNVLHWHIVDDQSFPYQSITFPELSNKGSYSLSHVYTPNDVRMVIEYARLRGIRVLPEFDTPGHTLSWGKGQKDLLTPCYSLDSFGPINPTLNTTYSFLTTFFKEISEVFPDQFIHLGGDEVEFKCWESNPKIQDFMRQKGFGTDFKKLESFYIQKVLDIIATINKGSIVWQEVFDDKAKLAPGTIVEVWKDSAYPEELSRVTASGFPVILSAPWYLDLISYGQDWRKYYKVEPLDFGGTQKQKQLFIGGEACLWGEYVDATNLTPRLWPRASAVGERLWSSKDVRDMDDAYDRLTRHRCRMVERGIAAQPLYAGYCN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	beta-hexosaminidase beta chain
publication title	Crystal structure of Human beta-hexosaminidase B: Understanding the molecular basis of Sandhoff and Tay-Sachs disease pubmed doi rcsb
total genus	175
structure length	480
sequence length	498
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2003-01-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF14845	Glycohydro_20b2	beta-acetyl hexosaminidase like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1nowA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	1nowA01

1UD6A 4Y7EA 1FP8A 4EK7A 4PMOA 3VDBA 3MS8A 2O9TA 3W53A 5CGMA 4UZSA 1JD7A 1WDPA 1KGUA 3W0KA 5IHSA 3GXMA 2XM2A 1MFUA 1HXJA 4U5KA 4OZOA 1HKKA 3N17A 5FKYA 4JFUA 4CU6A 2A3EA 2V3DA 5JBEA 1GPFA 1VAHA 3HMCA 4UQEA 1CGWA 1VENA 3CZKA 1V0LA 3LPGA 1LG1A 4KRUA 4CN6A 4X9YA 1OD0A 3SUUA 5A6AA 1E4MM 1V02A 2E8ZA 3WH8A 4J3WA 3BMWA 3A3HA 4JHZA 3WMBA 3ARVA 1HN1A 1GQKA 4CD5A 4GQQA 2V5CA 2XHYA 3CGTA 1E9LA 3WD3A 2EQDA 2Z1KA 5DFAA 1UWIA 2UWFA 2F2HA 1GQIA 1XRVA 3VIGA 1C7TA 3SUTA 2BS9A 4QLJA 5A2BA 1KGWA 3GNPA 1HKMA 4B9ZA 1EQCA 1US2A 1MW0A 1DP0A 4QDMA 3K8MA 5D9PA 1DWFM 2WMJA 5GNZA 3PZGA 1W3JA 1OGGA 1Q4NX 3MU7A 3VIOA 1NWUA 2WSPA 1XYFA 1J9YA 4JZ5A 2FHCA 2WHLA 4YHEA 3WQ5A 5A94A 3AZSA 4F8XA 2X0YA 5GPRA 1VFOA 2PI6A 3ZJKA 1XSJA 4RL3A 3TTQA 4CUCA 2DSWA 3CTTA 2WM0A 2CKRA 4KRTA 1E0WA 4JIEA 3T08A 1PX8A 1H4PA 5JIWA 4PTVA 2W91A 3W29A 5I6SA 2PWGA 5GQBA 4WKAA 4ACZA 1KR0A 2WNWA 5IFTA 3VD3A 3ZSSA 1JI2A 1W3KA 2GFTA 1PZ2A 4M81A 5GNYA 3AZTA 2GJXB 3CUJA 1V3MA 3WD1A 3WEOA 3BLKA 1M03A 4D6GA 3DHUA 3WH5A 3HU7A 3E1F1 3A4WA 2J7FA 5EBAA 2DH2A 4UOZA 1U30A 3WKZA 1LLOA 3BAWA 2OWXA 5I79A 2OYKA 5D9OA 1Q6FA 3G6MA 3FHQA 1EO5A 3SCVA 5CLWA 2VX6A 5M3WA 1K9FA 1W9PA 1B3WA 6CGTA 4AD4A 5A6BA 4URIA 3VDHA 1DHKA 4HU0A 3ZSTA 3ARWA 2HVMA 2PWDA 2YIHA 3WH9A 2VMFA 3GNRA 2VOTA 3VNZA 4LXFA 2ZUVA 2GK1B 3MUIA 1C7SA 2OSWA 3VGEA 5FOOA 3QHOA 3PTQA 3WL1A 4FMVA 5D8ZA 1VIWA 3L4TA 3WUFA 4FLSA 4E8CA 4IM4A 2J7DA 2QHAA 4JL2A 3PZUA 3UR8A 3CZ8A 4L4OA 1E55A 2WMIA 1E5JA 2DT2A 4AIOA 1E56A 2VX4A 1B9ZA 5HXMA 2BHZA 5M17A 1J0ZA 4BCEA 2J62A 2PC8A 2J25A 2BXYA 2EPNA 1W3LA 4IUGA 4LGXA 1BTCA 4D6JA 1JDDA 2XVNA 4QCFA 3KZSA 4KH2A 2CETA 3GM8A 1MQPA 4M8UA 4M1RA 4PUDA 1J0IA 2XGIA 2XVLA 2GSJA 3VILA 5D9MA 4RE4A 4K68A 1HL8A 3EDFA 2YA1A 3CUHA 3SURA 2X0HA 4GI8A 1DWAM 1G5AA 4NSBA 3AMDA 4MDOA 1DWIM 2YDSA 2W4XA 2DPEA 4MB3A 2YL6A 2VI0A 4WSJA 2C0HA 3L4UA 4UFHA 1C3FA 1B3YA 1GUVA 1E3ZA 4TX8A 4CCDA 3RIKA 1J0KA 5A8OA 1RPKA 2XTKA 1QHOA 3CUFA 2WMHA 3L4WA 5I0DA 4UFMA 2BXZA 3CUIA 1PBGA 1CGTA 2BNJA 3BCDA 3AS0A 5A3HA 5FCZA 2CITA 2ZUWA 1E1FA 4W7WA 4D6FA 2NT0A 3AZRA 1ZS2A 5ABFA 1CDGA 2W66A 4U2YA 4D72A 1UR9A 1R8LA 3WQ8A 3N04A 1WDRA 1QBBA 4AD0A 4GKLA 5FD0A 4J28A 1XGZA 2DSZA 1M7XA 1K9EA 4DWSB 1V03A 2CHOA 4ZE5A 1J12A 3ZR5A 4HMCA 1VFMA 1FHLA 2G3NA 1E6NA 5HDRA 5BRQA 4JKMA 2DT3A 2OWCA 4GZJA 2XFRA 1JZ5A 1O7AA 1FA2A 3CMGA 2VTFA 4H8VA 1FFQA 2VRJA 3RILA 3ZMRA 3VD5A 1R7AA 4Z2KA 3B9EA 3CPUA 2DT0A 1JF6A 2AOSA 2VT0A 1QNSA 2ZE0A 2J79A 3CMJA 1UR1A 4JKKA 4M24A 4A3HA 4BZYA 2E0PA 2VRKA 3WDIA 5I3DA 1E6QM 1XSIA 5CPQA 3VM5A 3NYDA 3CO4A 2XG9A 4C7GA 2D3NA 1KBBA 3IJ8A 4BQ5A 2FH8A 1OIFA 4AEFA 4UCFA 3UR7A 2G4FA 3I3BA 1X6LA 8CGTA 5BROA 3S6TA 3WF4A 2GJPA 2CXGA 4GXPA 1B3ZA 2WVVA 3ZQ9A 1Q6GA 4MNMA 2A3HA 3AIBA 3MMWA 2X8RA 4NRRA 4X0VA 4JFTA 4XX6A 2AMGA 4FLQA 3F5KA 1KBKA 2WAGA 3PZOA 2A3CA 3NUKA 3OG2A 5A6LA 1ITCA 4HPGA 4BF7A 5A69A 1JYVA 2EEXA 3WH6A 1JAKA 3AIUA 3CZGA 1N82A 1JXKA 4A4AA 3AROA 2Z1SA 4WSKA 1EHAA 2EPKX 1KXTA 3ECQA 3L4ZA 3OLIA 1I75A 4U31A 1AQHA 3I3DA 1BG4A 5IXEA 1QHZA 1V0KA 3WMCA 3ARYA 1D7FA 4WIWA 2B31A 3BXWA 1PIFA 2WC4A 3NJ3A 4M29A 3N13A 3ARPA 4JFSA 1IV8A 1VJZA 5A8QA 1MXDA 1VBRA 3A4AA 2VX7A 1EOMA 5I5RA 2XWEA 1V3HA 1NWRA 3NSMA 1BYCA 1JZ7A 2XVKA 1M04A 3FN9A 3WNOA 4U33A 3PBGA 2D3LA 3CZLA 4HA4A 1QW9A 4XV0A 4UQAA 5JIPA 1H0IA 4BS0A 3RMEA 2WANA 1KXHA 2BHYA 5CGTA 4MAZA 4AD3A 5KEZA 3VD7A 1W91A 1VBUA 1XSKA 2CEQA 4RE3A 2NSXA 3RPMA 2V3FA 5ABGA 4ZE4A 4E4PA 5A6BD 1V3LA 5DT7A 7CGTA 1HJUA 1UKTA 3W37A 4D1IA 2ZX7A 1TZ7A 2D0FA 3EMCA 4UQDA 2GJXA 3NSXA 2ZWZA 1YQ2A 3PTMA 1HJSA 2GDVA 4J27A 7A3HA 2VX5A 1JZ6A 1W1YA 1VF8A 4W7UA 2ZUTA 2WMGA 5FIPA 3SCTA 3WELA 5I77A 1D2KA 5JBDA 1WAWA 3RJYA 1PAMA 2X2YA 1GQLA 2X05A 1SYTA 1XH2A 2WW5A 4PMNA 2PBGA 5IHRA 2J74A 4PEEA 3UCQA 2BY1A 3WN6A 4H2CA 1F4HA 3MO4A 2ZXBA 1UQYA 1CXKA 1UA3A 1W9VA 4AZHA 2VCBA 5BYWA 3MUZ1 1XD0A 5BXRA 1J11A 1JZ8A 4HU8A 4CN1A 4PTWA 1E6XM 1CZ1A 2VNCA 4MB4A 3OGSA 2ZUMA 3II1A 4AMCA 4HOXA 2GK1A 1Y7VA 2QMJA 1UR4A 1V3KA 1PX3A 1CGUA 4MAVA 1G0CA 4W89A 2ZX5A 1QHPA 1WZAA 2BY3A 2EO7A 1FOBA 4OIFA 3WDQA 1H1NA 1UR2A 4M80A 3VU2A 2JEPA 3RM8A 1VFUA 2Y24A 1W1VA 3W28A 4U3CA 4ZXLA 2Y5EA 1A47A 1H3GA 4B3LA 5CJ5A 1JF5A 3F5JA 3FXYA 3VOCA 4DM1A 1PPIA 3UG4A 3GZAA 1XC6A 3WFZA 4CU8A 1H2JA 2WVVB 2MANA 3DECA 5ECUA 1QOXA 4AZ7A 2QPSA 3WD4A 3WDRA 1PX4A 4IPLA 2BVYA 4MADA 2V3GA 1LJYA 3SEPA 2XYLA 4CVWA 2J8FA 3ARRA 3K4AA 1TFVA 4F66A 1ISYA 4BQ4A 3TTSA 2YA2A 1X6NA 2J75A 2VZTA 1CLXA 4IPNB 1XD1A 5A2AA 3WBAA 4JFWA 3NCOA 4AZGA 4MNKA 1C8QA 3DHPA 1CPUA 1W2VA 3BAIA 1EHNA 4J3XA 3VIIA 5DO8A 2XIIA 3RCNA 5A95A 1UD3A 3BLPX 1AVAA 2JALA 1HVXA 3O2LA 4LPCA 3AXXA 2WK2A 4Z2GA 1FFRA 5I78A 4D6CA 2WMFA 4PTXA 4Z2JA 3LPOA 1B31A 3FHAA 1KCLA 1MWOA 1IZKA 1MYRA 3EDKA 1FP9A 4OOUA 1JIBA 2XFFA 2G3MA 1GJWA 2DSKA 1HVQA 1QNQA 2JIWA 1R85A 1W9UA 1G01A 3N1AA 4AIUA 2FGLA 4D1JA 1LL4A 4DWSA 1E3XA 3WQWA 2ZUUA 1KGXA 4PYSA 1NH6A 3W6MA 3U57A 1JYWA 3OLEA 3MUAA 3VIMA 1EOKA 2VZOA 4GQRA 3AHTA 1TVNA 3RDKA 1UOKA 4W7VA 1RP8A 3UETA 1JZ4A 3IAQA 4H41A 3BC9A 1GNXA 3K8LA 1EDQA 4AZ6A 1AQ0A 3AHYA 3ARZA 4NF7A 3SCPA 3WNMA 4EAMA 3ZJ6A 1UD4A 2WWCA 4FLOA 2BFGA 2UY4A 3ARQA 4ATLA 3NDZA 1WCGA 2AAAA 4WJXA 1C90A 4AY1A 3T2QA 4Q7NA 4OJYA 1KXVA 1LF1A 2E4TA 2VCCA 2D0GA 4HA3A 4W87A 3VIJA 1AQMA 1VRXA 3IAPA 5CG0A 2XM1A 1UD2A 1DWJM 1UZ4A 1YHTA 2QPUA 2EJ1A 4W8AA 4QLKA 1WO2A 2PWHA 2TAAA 3WBEA 3AHZA 1R87A 1QBAA 3BMVA 3FY1A 4Q22A 1B30A 3IJ7A 1I1XA 2VQTA 3CBWA 4PMDA 1W9XA 1DWGM 2ESCA 4OOZA 5DF0A 4AZ5A 5AC4A 3AXHA 1J10A 1UH2A 4MDPA 3BH4A 1B3XA 2XJ7A 1JNEA 4U2ZA 4C90A 3A6OA 4TVDA 2E3ZA 2WXDM 4NRSA 3WDJA 2WPGA 2XVGA 3DC0A 1VFFA 2E40A 1WZKA 2WB5A 3A4XA 1W1TA 3BAYA 2IUZA 1PJ9A 4AYSA 1C8XA 3OLDA 2FDMA 1R86A 2ZUNA 1F4AA 3TOPA 4Z2IA 4HA1A 3ARSA 1UR0A 4V2XA 2FHFA 3DYOA 3QOMA 1QPKA 3K1DA 1PIGA 4YPJA 3QHMA 2V38A 2J4GA 1WDQA 4HZ8A 4U5IA 1VJSA 4CD6A 4CN4A 3CIVA 1S46A 4R27A 2IXVA 1OD8A 5AYIA 1HT6A 3AHXA 2OYLA 3SCUA 1JZ2A 1GOOA 3VIFA 5EFFA 1MQQA 4ZXOA 1J01A 1TMQA 4TUFA 2J7CA 4P8VA 3EMZA 1MW3A 1UWQA 4B16A 4HPHA 1NP0A 5CSUA 3GH5A 1CWYA 4UTFA 2CKSA 3DYMA 1E72M 3T0AA 1K9DA 4HZ7A 3PHAA 3AQUA 1HJXA 4AC1X 2J7EA 1E15A 2OYMA 4M82A 2ZXDA 2ZOXA 1UKOA 3W25A 2WLYA 3OGRA 1EIBA 4AD2A 2IXUA 1J0YA 3MMDA 2FHBA 4J7RA 4PMUA 2WCSA 2YL9A 4PBGA 4IISA 4X0NA 5JBFA 1BF2A 3FNDA 3N18A 4JHOA 3DYPA 3HJEA 1KCKA 1UWTA 3SUSA 1QNOA 4H7VA 1JFHA 1QNPA 3VMPA 2W92A 1VEPA 2VR4A 1JDAA 2O9PA 2UY2A 1C8YA 3KL3A 3POCA 3J7HA 5IFPA 3CHFA 2X09A 3VIKA 2GJRA 1OIMA 3VO0A 1JXJA 4R5EA 2D0HA 1NOUA 1BYDA 1GORA 3PZQA 5E9AA 4PMVA 2XSBA 1CXEA 3AMCA 2EPOA 4ATDA 2Q8XA 2X1IA 1B0IA 1ZBKA 3PTKA 4AWEA 3MMUA 5LYRA 3BCFA 2QMKA 3RM9A 4AZBA 4D6EA 5DT5A 3N12A 1NOWA 1XH1A 1CEOA 1W32A 1VB9A 2CESA 3WEMA 4J3TA 4S3JA 1GHSA 2YL5A 1GONA 3OGVA 3ZT6A 4MJ2A 3AIQA 5A8MA 1QI4A 2F61A 2J77A 2BV9A 4PMRA 4ZENA 3K46A 4WKHA 2VJXA 2UY3A 4CCCA 1UWSA 2BY0A 2JIEA 3T0DA 5BRPA 4UR9A 3U5UA 2O9RA 4U3AA 4OKDA 3WNPA 1E5NA 1JGIA 2EPMX 3SIMA 4XZWA 4KGJA 1H49A 3T2PA 4CCEA 4E8DA 1CNVA 1JYXA 2CCRA 1KQZA 4PCTA 4UQBA 2YOCA 4LYQA 1D3CA 1P6WA 1UQZA 3WY1A 2YL8A 1K9TA 1V6XA 2EXOA 2PF0A 3PZNA 1UKSA 2WZIA 3GXIA 3GYCA 2J7GA 4DWSD 4MB5A 1W9BM 4EANA 4TOQA 4GO8A 4AZIA 4PMZA 4PMQA 5A2CA 2Y2WA 4EE9A 4P7NA 1SR0A 3KE0A 4S3KA 3VINA 4TTGA 1K6AA 4JCLA 4WKFA 1JI1A 3WQ6A 2CYGA 1EH9A 1UA7A 3L4XA 1DEDA 2C8NA 1HP5A 1E71M 2CBVA 4YN5A 3I3EA 2VC9A 5HOSA 2VR5A 1JYNA 3ZR6A 1NOFA 3KWXA 1HJWA 3VPLA 1J0JA 5BXTA 3EDJA 4P7LA 4ACYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1U2Y A;  2WHJ A;  1XV8 A;  2WSK A;  3KEH A;  4MNJ A;  3MV0 1;  4E2O A;  3PZT A;  5AC5 A;  3WH7 A;  1JD9 A;  1FH8 A;  4H04 A;  1OBA A;  1GQJ A;  3WF2 A;  3OA5 A;  3VDC A;  2JFE X;  3W27 A;  4Z2L A;  5HBF A;  1GW1 A;  1V3J A;  1JDC A;  3SCN A;  3VVG A;  1C93 A;  4BQ2 A;  1V3I A;  4UOQ A;  1GOW A;  2J8G A;  4P7O A;  5HNN A;  3WNK A;  5KZ6 A;  3VGF A;  2FH6 A;  1EDG A;  1EDT A;  1KFW A;  4BA0 A;  3T2O A;  1ZBW A;  1J0H A;  3VKK A;  1CTN A;  3ZT5 A;  5I24 A;  3S2C A;  1OSE A;  1BFN A;  4JCM A;  4YHG A;  1EQP A;  2ZIC A;  2OSX A;  3VX1 A;  1JAE A;  2OSY A;  3VGH A;  4D6H A;  3VNY A;  4UFJ A;  1IZJ A;  2D20 A;  2FGZ A;  3EBV A;  4D71 A;  2NT1 A;  1QW8 A;  1V6Y A;  3K4D A;  2WMK A;  1VEM A;  4PUE A;  4PSP A;  3VGB A;  1WKY A;  5A6S A;  1BYB A;  2VL4 A;  1LQ0 A;  4NZC A;  4V28 A;  4J3V A;  1L8N A;  4D6I A;  3AIV A;  4AIS A;  3MAN A;  2D23 A;  4BQ3 A;  2GVY A;  1E6Z A;  2CBI A;  2VQU A;  1UYQ A;  3AIW A;  5ABF B;  5BXP A;  1UKQ A;  1ODZ A;  2QF8 A;  2YBU A;  4TXE A;  2Y8K A;  5E6Y A;  8A3H A;  4ML4 A;  1BG9 A;  4TVC A;  2VZS A;  3QHN A;  1NP2 A;  4DWS C;  4GI9 A;  2BVD A;  1H41 A;  2VVS A;  2YA0 A;  2VVN A;  1X1N A;  4LQ1 A;  3GNO A;  4P7Q A;  1Q6C A;  5CQ1 A;  4CU7 A;  1HIZ A;  2A3A A;  3EMQ A;  1KR1 A;  3MKK A;  5A1A A;  1B1Y A;  1KWG A;  1NWT A;  3HN3 A;  3OBA A;  3TTY A;  1O6I A;  3BAX A;  2OWW A;  1BAG A;  4F79 A;  3AYS A;  2XGB A;  3VGD A;  1UH4 A;  3PZM A;  4QAW A;  3CZE A;  1GZJ A;  1Q6E A;  2JF6 A;  4PTM A;  3UES A;  3WUB A;  1DTU A;  1RD6 A;  3NIY A;  3PZV A;  4DUW A;  3AJ7 A;  1ISZ A;  3FAW A;  3VMN A;  5M5D A;  3AI0 A;  3GXD A;  5CLT A;  3LMY A;  3QR3 A;  4CD8 A;  4PMX A;  4ZFM A;  2ZXA A;  5C70 A;  1LG2 A;  4HZ6 A;  1WP6 A;  2V5D A;  4P8U A;  1MFV A;  1XHG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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