1NOYA

Dna polymerase (e.c.2.7.7.7)/dna complex
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEESKYKDIYGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRMEDIGLEALGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLLQNMYGSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSLKGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 122
structure length 372
sequence length 372
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1noyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1noyA02
1JKHA 1HYVA 2D0AA 2FBVA 4CEAA 4BDPA 2VWJA 5HBMA 1BQNA 1QHTA 3C95A 3NBPA 3ZT3A 4EP4A 3OYEA 4N41A 1C0TA 4OVLA 4OGCA 2X6SA 4CE9A 4CGGA 3K5OA 2HHVA 4LSNA 2OPRA 4LH5A 4F2RA 1EETA 1CZBA 1BISA 3MECA 3ZSOA 4FLYA 5FDLA 3ZSXA 5I42A 4FLUA 1CXQA 3S9HA 1TKZA 2Z1IA 3ZSVA 2FBYA 1HYSA 4F4KA 4M41A 4IG0A 1W9HA 4NYNA 4C8KA 5KGXA 1FXXA 2KZMA 1BCMA 3DRSA 3NH0A 1LAWA 1CXUA 1WSEA 4IFYA 4L8RB 3AA3A 4FM2A 1A5WA 2XHBA 1GOCA 4CHPA 4KI4A 2HB5A 4HUEA 1RT5A 2G8KA 2G8IA 1BIUA 2OPQA 4FLXA 3WNEA 4CF2A 4K8XA 3QIPA 2ATQA 3SQ0A 2KFNA 1S9GA 1RNHA 1Z25A 3P83D 3A2FA 4CHQA 3AVKA 1VSMA 3LP0A 4MQ3A 3VQDA 4CERA 3O3FA 2GUIA 4FM0A 4DTRA 4C8MA 1A5VA 1NOYA 2XRIA 1S1TA 4RW4A 3KLHA 4CEEA 3HPOA 2HNDA 4GW6A 4E1MA 4E3SA 2IS3A 2GBZA 2G8UA 1S1UA 3OVNA 5HROA 1HQUA 3DLBA 3OYGA 2PY5A 4DQPA 5FROA 3ITHA 3SQ1A 2Z1HA 4KHNA 3CM6A 4IG3A 4NCAA 3CQ8A 2YKMA 3AVFA 1UOCA 1YT3A 4DLEA 4KRFA 4K8ZA 3OY9A 3RTVA 4CESA 3HL8A 4RW9A 3NF7A 1NK4A 3TAFA 1U04A 3AVNA 1NK5A 1VSLA 1S1VA 1C1BA 4FJNA 2IAJA 3SI6A 2YKNA 3MEDA 3QESA 4LSLA 2DTUA 4CK1A 2HNYA 3SZ2A 3TARA 3VQ7A 2PZSA 4DSIA 4J2AA 2FBTA 5CYQA 2KTQA 3T19A 4CEZA 4CF8A 4FJ5A 4CIEA 2YNIA 3QEIA 4OKEA 4E7KA 1D8YA 1RBRA 4DSFA 1J54A 2X6NA 1U45A 4FLTA 2OZMA 3KTQA 4OKKA 3K5MA 3MEEA 3SUOA 3DOKA 4EP5A 1SL0A 3SQ4A 2G8HA 1L5UA 4CGDA 3VQEA 3ZT0A 3O4NA 4OPJA 4CEQA 2XY6A 1SKSA 4DFJA 4KTQA 1WLJA 3AVMA 4YFUA 3V9ZA 2PYLA 3RR7A 3DLKA 4Z4HA 1HQEA 3OYKA 3QO9A 4RW6A 3KK2A 3QNNA 1TAUA 2XY8A 3M8SA 3HSTB 1C1CA 1X9WA 1FKPA 4DQSA 2DY4A 1B92A 2Z1GA 4OKJA 2HHQA 3K57A 4E7IA 4CGJA 4E19A 4AH9A 3SJJA 1SKRA 5J2QA 1WSIA 4DU4A 1NJZA 4KTWA 2IC3A 3OS2A 1J53A 3AA2A 5D3GA 4ZTJA 1NK0A 1KRPA 1BI4B 3HPGA 2HW3A 3ULDA 5SWMA 1NJYA 2G8WA 1KFSA 4HTUA 4AHUA 3HJFA 3AO1A 4KHSA 4CHZA 1FKOA 3TR8A 1YVUA 4FK0A 1JLGA 1RT1A 2D5RA 3AO4A 4FZZA 1G15A 4FW2A 4E1NA 1NJXA 3SQ2A 3QINA 5DMRA 5CZ2A 1VSJA 4B9LA 3KD5E 1IKXA 4C8LA 1Q9XA 3TANA 3KD1E 4CJLA 3NF8A 1WSGA 1I39A 3OYHA 3QEVA 4O4GA 4CJEA 4AHTA 4DMNA 3CFOA 4CK2A 1JLBA 3HT3A 4FJJA 3C6TA 3UIQA 4CJ5A 3V9SA 1BHLA 4KFBA 3VQ4A 3P1GA 4CF0A 3K59A 1SL1A 4M3XA 3BGRA 4RG8A 4KO0A 4GMJB 2E4LA 2F8TA 4C8NA 3TAQA 1B9FA 2P1JA 3S3NA 4LD0A 3LDSA 4NYFA 1VRUA 3HPHA 2X78A 4Y1CA 1RTHA 3AO3A 3WNHA 4FW1A 3RMAA 2O4GA 4AHVA 1T05A 4DSLA 4HCCA 1NK8A 2FC0A 4DG1A 4CJRA 1RTDA 3L3VA 5J2PA 3VQ5A 4OJRA 4ZHRA 1BQMA 2YNHA 3O4QA 1ZBUA 3FFIA 3ZSQA 4CECA 3C6UA 4CGHA 1SV5A 4CJUA 5KTQA 3OS0A 3OJUA 2ZE2A 3OS1A 3SYZA 3S3OA 2LSNA 3ZT4A 1IH7A 3SNNA 3VQ9A 1NKCA 1QQCA 3SUPA 3IG1A 2BE2A 3L2RA 2HHSA 3OYIA 4I9LA 3K5LA 1LW2A 3KK3A 1SL2A 1L3TA 4FZXC 4CJ4A 3LP3A 2B4JA 1JLEA 3TAMA 1VSFA 4DQRA 4EZ9A 3NH1A 4KHYA 2KFZA 3DLRA 3LALA 3LPUA 4CFBA 4ICLA 1EX4A 3TI0A 2VWKA 4FZYA 4AHRA 2OA8A 4CEDA 3RMCA 5KRTA 1RT3A 4O44A 3PX6A 3AV9A 3VQBA 3NH2A 3O3GA 3CM5A 3IS9A 1X1PA 3VA0A 4CJVA 4BWMA 3DOLA 2I5JA 1S1WA 1A5XA 4DQIA 3NAEA 1RT7A 3DMJA 3DRRA 4H4MA 4LY7A 4B08A 4CF9A 1X9SA 1ZBLA 3CFRA 1NKBA 4KAZA 5K14A 3QNOA 4GVMA 4N76A 1TAQA 1J9AA 4ELUA 3RRHA 4O5BA 4FK2A 4HUFA 4YNQA 1JLQA 2A1RA 1U48A 1LWCA 4FJMA 4KHWA 1LWEA 3PUFA 4J2EA 1VSKA 3AO5A 3M8QA 3V1RA 3IRXA 1ZBFA 3B6PA 1RBVA 3ZSZA 4DU1A 4ELTA 5KI6A 3SPZA 3NF6A 4PY5A 2ZQBA 3LP2A 1XI1A 4DFPA 2KZZA 3K2PA 2RN2A 3LWMA 4DU3A 1KCFA 4DSEA 1L3VA 1NOZA 5HRSA 1WN7A 5EU7A 5HRPA 3EZ5A 2E6LA 3AVCA 5C42A 3ZSRA 1BIZA 1TK8A 1QSSA 1TKXA 1KFDA 2WONA 4Z4CA 3WNGA 1B9DA 4PA1A 4TSXA 3AVLA 4J2DA 3VQ6A 3MXIA 4ELVA 4DTJA 3TABA 3AVBA 4Z4EA 1ZBHA 2BDPA 5DK5A 1HNIA 2IGIA 3H08A 4JLHA 3PO4A 5FRNA 3EY1A 4Z0UA 1CZ9A 4FLWA 4J2BA 4Y1DA 1VSHA 5CZ1A 3OYNA 4PUOA 3KLEA 4IDKA 4Z4FA 4M3YA 3O3HA 1LAVA 4QCLA 4AHSA 2X74A 4I7FA 3JYTA 1IKVA 1NJWA 3P5JA 1U47A 4KPYA 2B5JA 4FJ8A 3V9WA 3OYCA 4Q5VA 3DLEA 4F3OA 3DI6A 5E41A 3PY8A 4JRQA 4N47A 4KHQA 2GV9A 2OYQA 1JXBA 2VG6A 3G0ZA 3K58A 2Y1IA 1QSLA 3AA5X 4W5RA 4KHUA 4DSKA 1RDAA 1RTJA 3AVAA 1IG9A 1VK0A 4N56A 4PQUA 3LWLA 1KTQA 4CJWA 1QSYA 3HVRA 4DSJA 3LZJA 1TGOA 1Q8IA 1RCHA 2E6MA 4E7HA 4FVMA 5J2NA 4O0IA 3LANA 4FCYA 2VG7A 2RPIA 3VQQA 3CFPA 3L2QA 1D9FA 3RR8A 2IOCA 1X9MA 1RBUA 4MFBA 1EKEA 3V4IA 4NCBA 1DTTA 2FBXA 1WNSA 3TAEA 1NK9A 4N5SA 1ASVA 5J1EA 4QOZB 3SUQA 4FM1A 4DWIA 3ISNC 3V9XA 3S3MA 4KKOA 5HRNA 3NDKA 3RWUA 3RRGA 3V9UA 3U3YA 1Q9YA 1TV6A 2ITGA 2RKIA 2YHBA 2F8SA 3T1AA 1GOAA 4W5QA 1N6QA 3NF9A 1JLAA 1ZYQA 4DTUA 4DF4A 1FK9A 1HNVA 4B9UA 1JXEA 1O1WA 1WSFA 4CF1A 3KKSA 3DLGA 2HVHA 3HYFA 2D0BA 3HP6A 1ASUA 3LP1A 3TAPA 5CYMA 1QTMA 3PO5A 5I3UA 2P51A 3CG7A 4CHOA 4I9QA 3RMDA 2WOMA 5HLFA 3VQCA 3KLIA 4B9TA 2O4IA 1CLQA 1RT6A 1WSHA 3JSMA 4HCBA 4FJKA 4M3TA 4KI6A 3WNFA 2EHGA 1HRHA 4CJPA 4PWDA 4XIUA 1TK5A 4C8OA 4M3UA 1IKYA 4CEFA 1DTQA 3LPTA 3AVIA 4F2SA 4CIFA 3M8RA 3THVA 4CFCA 3HVTA 3VN5A 4CEOA 1T8EA 4CJTA 3AVGA 2HHWA 4I2PA 4G1QA 5HP1A 3I0RA 1LW0A 3SPYA 4OLAA 1TK0A 4OPKA 1C1AA 2DFEA 1EXQA 1JL2A 1XHXA 3LAMA 4NCGA 3QEWA 2A1SA 4FLVA 1K6YA 1VSIA 1WSJA 2DFFA 3OYAA 4EZ6A 2HHUA 5J2MA 2B6AA 1LWFA 1NKEA 4CIGA 1L3UA 3DLHA 4QAGA 3ZCMA 1IKWA 1L3SA 1UAXA 3VA3A 2R7YA 1JLCA 4BE0A 3L2UA 1TL1A 1BGXT 2OPPA 4H4OA 4DLGA 2EX3A 1C6VA 3DYAA 4RW7A 4B8AB 4KV8A 3NE6A 2BANA 3MXJA 4KTZA 4B3OA 4DFMA 3F73A 2W42A 4O55A 3HXMA 3V81A 2RF2A 2HMIA 3AVJA 5KGWA 3NGZA 3SV4A 4HVJA 2HHTA 2QK9A 3M8PA 4LH4A 1U4BA 1TVRA 3ZT1A 2Z1JA 2NUBA 3L3UA 3NGYA 3LAKA 4DTOA 1I3AA 3T3FA 2QXFA 4FLZA 1S6PA 4CFDA 3ZSWA 1UWBA 4FJIA 4DTPA 3QEXA 1C0UA 1HYZA 1RBSA 1TL3A 1YTAA 3E01A 3OYMA 3OYJA 1UA1A 3OJSA 3QETA 1VSDA 1KVAA 1Y97A 3OYDA 4B8CA 2P5OA 1UA0A 2QKKA 3U6FA 5CY4A 5T7BA 3KLFA 1KLNA 4DS5A 1U49A 3SUNA 2G8VA 1Z26A 1YTUA 1REVA 4KREA 3HM9A 4FYDA 5JS1A 2YNGA 4HHTA 3AA4A 5C25A 1XWLA 2HHXA 4B9NA 3HK2A 3I0SA 4ID5A 4CFAA 2YHAA 3HP9A 1JLFA 2QKBA 4CHYA 4DTSA 1HJRA 4JRPA 4FJXA 2JLEA 4BE2A 1ZBIA 3KKRA 4DS4A 1ITGA 3CYMA 3KJVA 3NHGA 3RMBA 3TAGA 1RDCA 3ASMA 4FJLA 3V1OA 3ZT2A 4BDZA 1KSPA 1XC9A 4E0DA 1RT4A 4IFVA 2HVIA 2YV0X 3PV8A 3QLHA 4W5OA 3F9KA 1VSEA 4HUGA 1S9EA 3V1QA 4Z4IA 1LV5A 2XY5A 3NFAA 4W5NA 1RTIA 3K5NA 1SUQA 5C24A 1RDDA 3NGIA 2KW4A 3NCIA 4FK4A 4CJ3A 3G10A 2P5GA 4BACA 1WAFA 1QE1A 3KLGA 3TWHA 3L2WA 3OYLA 1BL3A 4E89A 2XO7A 1WAJA 4DQQA 5FRMA 3KIOA 4UQGA 4W5TA 4BE1A 1S5JA 3D0PA 4ID1A 4B9SA 2Y1JA 4B9MA 4FJGA 4R5PA 1D5AA 4AHCA 1RDBA 5JS2A 4CGIA 3MAQA 3U3GA 1KVCA 2DFHA 3BDPA 3C94A 4CK3A 4M3RA 4CJQA 3PX4A 1W0HA 1SKWA 4O0JA 1BI4A 1NK6A 4F3TA 3QEPA 4FXDA 1S6QA 4RW8A 3VQAA 3VQPA 1T03A 4FJHA 4OGEA 3QERA 1GOBA 3IAYA 4CEBA 4CGFA 1IO2A 4I2QA 3MEGA 4E7LA 2OPSA 3QIOA 4CCHA 2D0CA 3HO1A 1MU2A 1HPZA 1ASWA 3D45A 1RT2A 1QS4A 1JL1A 4AILC 3PX0A 1EP4A 2BGGA 1F21A 3DM2A 3B6OA 1RILA 5SZTA 2OZSA 4ZTFA 3EYZA 2F96A 3I8DA 3V6DA 1VRTA 4M3ZA 2G8FA 4CJKA 4KB1A 4OLBA 4DTXA 2XY7A 3ALYA 1TKDA 4M42A 4DTNA 4CHNA 1HMVA 4FJ7A 4DF8A 2KQ2A 5KRSA 1J5OA 4Z4GA 4H8KA 1NK7A 3OYFA 3VQ8A 1KVBA 4DFKA 2ZD1A 3L8BA 3SCXA 2ETJA 1KLMA 1DLOA 3KK1A 3DRPA 3MXMA 4IKFA 4Q0BA 3LZIA 3AVHA 1R0AA 1TKTA 2JGUA 1RBTA 4WE1A 3OYBA 4B9VA 1T7PA 4FJ9A 2Q3SA 2AJQA 4KB0A 4CJSA 4E7JA 1S1XA 2YNFA 3ZSYA 2PYJA 1BCOA 4DTMA 1C0MA 2HNZA 4JS4A 4IBNA 3AO2A 1XHZA 4M3WA 2VG5A 4F8RA 1N5YA 3SV3A 2IDOA 4BWJA 4CJFA 4JS5A 1D9DA 5HRRA 3L2VA 4M45A 4BDYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEAA 3TPQA 1QHTA 4CZFA 4EP4A 3OYEA 1C0TA 4OGCA 2X6SA 4CE9A 3GOIA 4JD2B 2UUBK 4DR3K 1EQYA 2IVPA 3U4LA 3THXA 3MECA 4FLUA 1CXQA 3S9HA 1YF5L 2Z1IA 2FBYA 3FZKA 5DM6L 2V52B 5KGXA 2UUCK 3DRSA 3NH0A 1LAWA 1CXUA 2HBKA 4IFYA 1NGJA 3AA3A 3CCJN 2XHBA 4HUEA 2G8KA 5M1NA 4CF2A 2KFNA 4K8XA 3SQ0A 2VYPA 4BRFA 1S9GA 1W97L 4MQ3A 3VQDA 3O3FA 3DXKB 4NXNK 1HNXK 4DTRA 3MDQA 4BR7A 4GW6A 5I9EB 4E1MA 2G8UA 2GBZA 3OVNA 1HKBA 5FROA 1HR0K 3THWA 4DLEA 1UOCA 1YT3A 5AQGA 1JCFA 2PFUA 5F0XA 3RTVA 4RW9A 3NF7A 1NK4A 2RE2A 1S1VA 2DTUA 3TARA 4J2AA 3MN7A 1VQNN 1XMOK 3T19A 1EO1A 4FJ5A 2YNIA 4H0OA 4OKEA 4CZMA 5HOOA 1U45A 2OZMA 3MK6A 4FWKA 4OKKA 3SUOA 5JLFA 3DOKA 2H3GX 1L5UA 4CGDA 3VQEA 1D4XA 2AA4A 4OPJA 1SKSA 4DFJA 4YFUA 3RR7A 1N34K 4Z4HA 5JVHL 3QO9A 4BG9A 2CH5A 2DY4A 1ESVA 2HHQA 2I7PA 4AH9A 4YOVA 3SJJA 1NJZA 1WSIA 3B8AX 2VCPA 5D3GA 3E1YA 3ULDA 1KFSA 1FKOA 1YVUA 4FZZA 4U67L 2V7ZA 3BUZB 5AZJB 1G15A 4FW2A 4E1NA 5CZ2A 4C8LA 4GKKK 1I39A 3OYHA 4O4GA 1MWKA 3DLLL 1R59O 3UIQA 3UKUA 3O08A 3VQ4A 4WYBA 4CF0A 3PSIA 4GMJB 4C8NA 2P1JA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CEA A;  3TPQ A;  1QHT A;  4CZF A;  4EP4 A;  3OYE A;  1C0T A;  4OGC A;  2X6S A;  4CE9 A;  3GOI A;  4JD2 B;  2UUB K;  4DR3 K;  1EQY A;  2IVP A;  3U4L A;  3THX A;  3MEC A;  4FLU A;  1CXQ A;  3S9H A;  1YF5 L;  2Z1I A;  2FBY A;  3FZK A;  5DM6 L;  2V52 B;  5KGX A;  2UUC K;  3DRS A;  3NH0 A;  1LAW A;  1CXU A;  2HBK A;  4IFY A;  1NGJ A;  3AA3 A;  3CCJ N;  2XHB A;  4HUE A;  2G8K A;  5M1N A;  4CF2 A;  2KFN A;  4K8X A;  3SQ0 A;  2VYP A;  4BRF A;  1S9G A;  1W97 L;  4MQ3 A;  3VQD A;  3O3F A;  3DXK B;  4NXN K;  1HNX K;  4DTR A;  3MDQ A;  4BR7 A;  4GW6 A;  5I9E B;  4E1M A;  2G8U A;  2GBZ A;  3OVN A;  1HKB A;  5FRO A;  1HR0 K;  3THW A;  4DLE A;  1UOC A;  1YT3 A;  5AQG A;  1JCF A;  2PFU A;  5F0X A;  3RTV A;  4RW9 A;  3NF7 A;  1NK4 A;  2RE2 A;  1S1V A;  2DTU A;  3TAR A;  4J2A A;  3MN7 A;  1VQN N;  1XMO K;  3T19 A;  1EO1 A;  4FJ5 A;  2YNI A;  4H0O A;  4OKE A;  4CZM A;  5HOO A;  1U45 A;  2OZM A;  3MK6 A;  4FWK A;  4OKK A;  3SUO A;  5JLF A;  3DOK A;  2H3G X;  1L5U A;  4CGD A;  3VQE A;  1D4X A;  2AA4 A;  4OPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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