1NP2A

Crystal structure of thermostable beta-glycosidase from thermophilic eubacterium thermus nonproteolyticus hg102
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
426
structure length
426
Chain Sequence
AEKFLWGVATSAYQIEGATQEDGRGPSIWDTFARRPGAIRDGSTGEPACDHYHRYEEDIALMQSLGVGVYRFSVAWPRILPEGRGRINPKGLAFYDRLVDRLLAAGITPFLTLYHWDLPQALEDRGGWRSRETAFAFAEYAEAVARALADRVPFFATLNEPWCSAFLGHWTGEHAPGLRNLEAALRAAHHLLLGHGLAVEALRAAGARRVGIVLNFAPAYGEDPEAVDVADRYHNRYFLDPILGRGYPESPFQDPPPAPILSRDLEAIARPLDFLGVNYYAPVRVAPGTGPLPVRYLPPEGPVTAMGWEVYPEGLYHLLKRLGREVPWPLYITENGAAYPDLWTGEAVVEDPERVAYLEAHVEAALRAREEGVDLRGYFVWSLMDNFEWAFGYTRRFGLYYVDFPSQRRIPKRSALWYRERIARAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-glycosidase
publication title Structural Basis for Thermostability of beta-Glycosidase from the Thermophilic Eubacterium Thermus nonproteolyticus HG102.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus nonproteolyticus
total genus 151
structure length 426
sequence length 426
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2003-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1np2A00
1QBBA 4AYSA 1TVPA 4JFVA 5M3WA 1KCLA 4DWSC 1DHKA 3TOPA 4M81A 3N18A 4U2YA 3ZR5A 1XYFA 1KXTA 2J25A 1EOMA 1G9HA 3UCQA 3N15A 1XH2A 3RM4A 1UR1A 1MXDA 4D1IA 4Z2HA 3O6AA 1FH8A 3ALGA 3EMZA 4DUWA 3U7VA 1PX8A 2CKSA 1J10A 2BHUA 3NJ3A 1E15A 1U2YA 4PTWA 5HPOA 1AQ0A 2WC4A 1TE1A 1NP2A 3TTSA 5M5DA 2J7HA 2GJXA 1LL6A 5KZ6A 1JAEA 1JYVA 3QOKA 3WKZA 3W25A 1ITCA 1UWTA 1QI5A 1E71M 3B8SA 4ACYA 3CBWA 1GOQA 2D3NA 2XM1A 4F8XA 3ZOAA 3S6TA 2WSKA 1EH9A 2ZWZA 4DWSD 4GZIA 4PMYA 1NWUA 5A6LA 3LPFA 1E70M 3BAJA 1VIWA 1J0YA 4GQQA 2DQXA 2W91A 7A3HA 3BAYA 4MNLA 2XPKA 3K46A 2DH2A 1V6YA 1V02A 2ZXQA 4N42A 3ALFA 4Z2KA 5AYBA 2E40A 1C93A 1V0KA 4ZEPA 2VURA 2WMKA 3ARZA 4ZXLA 1VFMA 1CZ1A 2PBOA 2PWGA 1E6XM 1EGZA 3PHAA 2CERA 5A94A 3L2LA 1XRVA 3A4AA 4UZUA 3BSGA 1DP0A 1YHTA 2MANA 1UKOA 2QPUA 1Q6DA 3WQ4A 4CCCA 4D71A 1UD4A 2WMHA 1WZKA 4PMVA 3RJYA 2YIHA 2XUCA 3WBAA 4NSBA 1AQHA 3AIQA 2AAAA 4YHEA 4P7LA 2WXDM 1KGXA 1SYTA 1Q6FA 2OWWA 5CPQA 3I3EA 2WMGA 2X8RA 3BMWA 4QP0A 4X0VA 3WN6A 4MTVA 2YDRA 1W2PA 2VL4A 3NSXA 5GQBA 5IFPA 3MUZ1 3EDKA 2WMJA 2BY3A 1ISZA 1Y7VA 3ZT7A 3AJ7A 1DWFM 4B16A 4E8CA 2CBVA 1B90A 1MQPA 3VDCA 3SUSA 1UUQA 5FCZA 2PWDA 4AZGA 1PJ9A 2O9TA 5JBFA 3SCPA 3OIHA 3CTTA 5E6ZA 1H11A 1MW1A 1CGXA 3OLDA 1V6UA 2VRKA 2G3NA 2WNWA 3T08A 2NW0A 4DUXA 1PBGA 1EDGA 2XSBA 3RM9A 3FNDA 3UG3A 2J8FA 2X0YA 2DDXA 1U33A 3VIMA 2J4GA 4AZBA 1MWOA 4MDOA 1UD5A 1KXVA 3TA9A 1GONA 1X6NA 2JEPA 2GUYA 2YKKA 1WPCA 5CZKA 3VGGA 3W28A 4AW7A 2CETA 5CQ1A 3CZKA 3W6LA 1H49A 2WVTA 3CUIA 2DIJA 3WH8A 3AISA 4GKLA 3WL0A 4AZ7A 2GDUA 4AIUA 3BLKA 3S2CA 4PUDA 3VMOA 4GXPA 3AIEA 3SCSA 1FFRA 1J12A 1KB3A 3IJ7A 1JIBA 4RL3A 1JFXA 1IZJA 3ZIZA 1VRXA 4D1JA 4B3KA 2VX5A 3T2PA 4W85A 3SUUA 7CGTA 2FDMA 3VM5A 4M80A 3U5YA 3SCQA 2WWCA 5ABFB 1BLIA 1US2A 3AICA 2BHYA 5DT7A 2XWEA 1HP4A 1GZJA 2FHBA 2W5FA 1HX0A 1MW3A 3A4XA 2GVYA 3GM8A 2WSPA 3IAPA 3BAKA 3ARSA 3CHEA 2Y8KA 1CXIA 4BA0A 2DT0A 4H8HA 4PTXA 3SCVA 1OSEA 4P8UA 3CUHA 3VPLA 2D20A 1DWAM 2WVVB 5BYWA 1AVAA 4NRRA 1D3CA 1PEZA 3IAQA 1CTNA 2D0HA 1VENA 4CN1A 2XWDA 3OLGA 1BHGA 4P8VA 4KMQA 4PEEA 1J18A 1EHNA 2D0GA 1JZ3A 1NWRA 2EQDA 3KL0A 4J28A 3PZOA 3VU2A 1BYAA 2D0FA 4V2XA 4MNJA 4PCTA 1UA7A 1RH9A 3UEQA 4HZ6A 5M17A 1E5JA 3WD1A 4HU0A 3AYSA 3ZT6A 2CBIA 3PZGA 4WKFA 3BSHA 5BXPA 3PZTA 1ZB5A 2BVDA 4MNKA 1XSKA 1B30A 1E1FA 4J3WA 2XFFA 3WMSA 4CD7A 1XD0A 2DSWA 4D72A 4TUFA 1GHRA 5EFFA 3SUWA 1EDTA 2FH8A 1OT1A 3GXIA 1MQQA 1HKIA 3KE0A 1GOIA 2ZX6A 2CNCA 4JKMA 2FH6A 4LQ1A 1G0CA 3PTMA 2WZHA 4PMUA 1E5NA 4EK7A 1E0WA 3EDFA 1B0IA 1HJXA 1RD6A 4U5KA 3CZEA 1E6RA 5A6BA 4Z2JA 4AD2A 1HVQA 1H1NA 5CPSA 3U5UA 5A2BA 2QMKA 4TTGA 1K9FA 3POCA 2VZVA 1UH4A 4WSKA 1VFUA 2V3GA 5D9PA 4ZXOA 1D2KA 3K1DA 2CYGA 1HJUA 4AIOA 4HZ7A 5D8ZA 1B9ZA 5D9NA 3BAWA 3MO4A 2A3BA 4AZ5A 3AXXA 3W38A 3TONA 1Q6GA 3AROA 1OT2A 5I79A 2YA2A 3WDRA 1HKKA 2EO7A 2XHYA 2YDSA 4UZSA 4EAMA 4W88A 1W9XA 3VX0A 2CITA 2VR5A 3VIGA 4AISA 2Z1SA 4LYRA 3WH6A 1VEMA 3APGA 3SURA 1CNVA 4W8LA 4X0NA 2VRQA 1K6AA 3N04A 4YPJA 4XB3A 1BGGA 3VIHA 4QDMA 5AYIA 5HBFA 3BGAA 5I0DA 2DSKA 1E6SM 2NSXA 3WD4A 1E4MM 1V3JA 4HMCA 3WMCA 3PZVA 2YDQA 3WUEA 5CSUA 1J9YA 1CENA 1WE5A 1C7TA 4MB3A 4XUYA 4AEEA 3VNZA 2VX4A 3FW6A 4GQRA 4FK9A 2EPKX 4P7RA 2ZXDA 1RP8A 2QF8A 2C8NA 3CUFA 4AC1X 4OBSA 1G01A 1IZKA 3ZMRA 2W92A 3BLPX 3T0BA 3T0DA 3MUY1 3L2MA 3VDAA 1TMQA 3AOFA 1OIMA 5I78A 1LLOA 2B31A 3PN8A 3PZ9A 3WD3A 3RDKA 1GORA 1MQRA 2GJPA 1EDQA 3L4VA 1BGAA 2WLYA 5A8QA 3LPPA 4U3CA 4QCFA 1R85A 3B9EA 3DYMA 4D6GA 5EMYA 3LPGA 1MXGA 4JKKA 3M46A 3OBAA 2CESA 4EKJA 3TP4A 4FMVA 3UR8A 4P8XA 5E0CA 4TVCA 4ZE5A 4R27A 2E8YA 1QPKA 4Q7NA 1OM0A 3OB8A 1BYDA 1OGGA 3OZOA 4XX6A 4UCFA 1WO2A 1KR1A 5ABHA 1TUXA 5BXTA 2DSVA 1HN1A 5A6JA 2JF6A 5M03A 5A8OA 4PTVA 2VCAA 1UQZA 3WY1A 1HT6A 4D6FA 5CLWA 1XC6A 3GYCA 1FH7A 2XVNA 1H41A 4ATLA 3GH5A 5BXSA 3UESA 3THCA 1VJSA 2BXZA 2WYSA 3WMBA 1OD8A 4PMXA 4W7UA 2XVGA 1ZL1A 1BVNP 1B31A 2CPUA 3L4YA 4RE4A 5FD0A 2PB1A 2OYKA 3W29A 2YBUA 3DYPA 2DH3A 2J79A 5A6KA 2VTFA 2ZE0A 4MB1A 1JYNA 2X1IA 4B9ZA 1OBAA 1KQZA 4AZIA 1CXLA 1CGVA 4D6HA 2V5CA 2E4TA 2Y2WA 5A2AA 1HL9A 1DEDA 3VGHA 5A69A 1JL8A 5A8PA 1B3ZA 4ACZB 1CGYA 2DIEA 3VX1A 4W89A 2BY0A 4PMQA 5CJ5A 4TX6A 3THDA 1W9VA 1JZ8A 2HVMA 1ZBCA 4AD3A 2G3IA 2ZX8A 3WIJA 3WEOA 1HNYA 2G41A 1UKSA 1QI4A 3WF4A 1UKQA 4JL2A 2ZIDA 1NOWA 1UKPA 3VNYA 3AHVA 3NCOA 2C0HA 4M82A 3SUVA 1GQLA 2A3CA 2J7BA 1QW9A 4C7FA 1E6NA 4WKHA 1M7XA 1NH6A 1W3HA 5AC5A 4S3JA 4WF7A 2Y4SA 2QV4A 3CZJA 3EYPA 3NDZA 1B3WA 4AD1A 3FN9A 4OOUA 2E3ZA 4P7NA 1OINA 2OYMA 1MVYA 3L4WA 3SIMA 4BQ2A 4KRTA 1CDGA 2EPMX 4K68A 3SUTA 1ESWA 4ACZA 1KFWA 3F5KA 3KEHA 3WNMA 1WKYA 3QHNA 2OYLA 3WH7A 1KQYA 4AD0A 3WQ8A 2AOSA 1EO5A 4PN2A 1KGWA 1G94A 1KXQA 2ZX5A 1GCYA 3B9AA 5DO8A 5A3HA 1E3XA 2VCBA 2WK2A 1W9DM 4CN6A 4JAWA 1SMAA 1CGWA 2CBJA 1GQIA 5GNXA 4CU8A 3NIYA 2ZX7A 1JZ6A 3WH9A 3AHTA 1UA3A 4W87A 1XD1A 3VD7A 3MMDA 1JDAA 2W67A 4FF5A 4QFUA 4BF7A 1QNQA 4AD5A 1C92A 2EXOA 4Z2GA 2JE8A 1F4AA 4W7VA 2Q8XA 4OBRA 5A6BD 1DWJM 2O92A 2DEPA 3VM7A 2J75A 3L4UA 1X1NA 4MB4A 1I1XA 1EOKA 5F7UA 3ZJ8A 4W8BA 1CXKA 2VVSA 1TZ7A 2VVNA 3NUKA 2BNJA 4UQBA 3BH4A 1XCXA 1UWIA 1V3MA 4HA3A 1Q6CA 3AIWA 4MNMA 1PX3A 1KXHA 3II1A 4HOWA 3CMGA 4H7VA 5BRPA 2EJ1A 3ZQ9A 3ZO9A 1CLVA 5CPTA 4UR9A 1QOXA 1R8LA 5KEZA 3WF0A 1ZJAA 1W3JA 3BC9A 1VEOA 2RGMA 5FKYA 2WANA 3HJEA 3CHDA 2VC9A 1NOFA 2V3FA 4GI8A 2A3AA 1JI2A 3W53A 3QOMA 4PSPA 3HN3A 3GH7A 3ZSSA 4CCDA 4H41A 1HXJA 2WMFA 4Z2IA 3CZ8A 3VOCA 3PTQA 3AYRA 1I75A 1JZ2A 2E0PA 3AZSA 4CD8A 6CGTA 3F4VA 3I3DA 5HOSA 4HA1A 2VX6A 4TVUA 1W1PA 2F2HA 1QHOA 3A3HA 1PPIA 5DT5A 4U31A 3SCUA 3N13A 1EA9C 1JZ5A 2O9PA 3ZJ6A 2GDVA 2UY4A 2YOCA 2QPSA 3T0AA 3NSNA 3VIFA 2WHJA 2IUZA 2F8QA 4C7GA 5IDIA 4P7QA 3AMLA 1GJWA 1NP0A 4U33A 2J7CA 2VX7A 2Y8VA 3ZR6A 1HF6A 3AIUA 1UYQA 3ARYA 4AZ6A 3M07A 4FLSA 3B9DA 1BVZA 1H4PA 1N82A 1DWGM 1FP9A 3ARVA 4U5IA 3DYOA 4OJYA 3M7SA 1TR1A 2D2OA 1FOBA 2CXGA 1ISWA 3OZPA 3WDQA 4J7RA 5I2UA 2ZICA 2G4FA 2UY3A 5D9OA 4WK9A 4TOQA 5E9AA 4J3UA 2JEQA 1TCMA 2VI0A 1CLXA 1D7FA 2ESCA 3PZNA 1GHSA 1GOOA 5D8WA 1WZAA 2WBGA 4UFIA 3HU7A 1UWRA 4J3VA 1JAKA 2BXYA 4IISA 3VUPA 4CUCA 3OG2A 3AQUA 2V3EA 1E72M 2VMFA 3WD0A 2DT2A 1HVXA 1AQMA 1LG1A 4H2CA 3WELA 2VZSA 3ZJKA 1J0JA 2X09A 2BVTA 2ZX9A 3ARPA 1L8NA 4PMZA 5DFAA 3ZM8A 1LL7A 2A3HA 4PYSA 3VDBA 1UH3A 2JF7A 3VGBA 3VGFA 3AIBA 3LMYA 3ARUA 1J0ZA 2WAGA 4HTYA 4DWSB 2VUYA 4LXFA 2EBNA 4MDPA 5HNNA 1XSIA 1MFVA 3VILA 3N11A 5ABFA 2XGBA 5FL0A 3AMGA 3VGDA 4V28A 3VIKA 3D3AA 4W93A 3WDHA 1W3LA 4GO8A 1K9DA 1FH9A 5E09A 2D1ZA 4UOQA 3CZLA 2GJRA 1XHGA 4P8WA 2UY5A 1OB0A 2W4XA 3CUJA 4MJ4A 5EFDA 3CO4A 3WD2A 1UWSA 2WVVA 2FHFA 1XSJA 3CPUA 4AXNA 1H5VA 1R7AA 4Z2LA 4LYPA 1C3FA 5FL1A 1LWHA 4OUEA 8CGTA 3PBGA 3GXDA 1B1YA 3WNLA 1OGBA 1JFHA 3EBVA 4OOZA 1J0HA 1V6XA 1W32A 5E70A 3A6OA 2XFYA 1V03A 1LWJA 1ZBWA 1PIGA 1WZLA 2WB5A 2D24A 1B3VA 2W62A 1EIBA 3LPOA 3MUIA 3OLEA 4E2OA 1QW8A 3U7BA 4BCEA 1G5AA 1BYBA 1NWSA 2IXVA 4CCEA 3GZAA 4EANA 1V6WA 4M56A 5A6MA 3UG5A 2XGIA 1GPFA 4JFTA 3WH5A 2A3EA 4JFWA 3W24A 4A3HA 5C8BB 5CG0A 3KL5A 4A3YA 1QBAA 1ODZA 1Q4NX 2VNCA 4UFKA 4QLJA 2VRJA 3GNOA 3RIKA 2PWFA 2J78A 1EQPA 3AS1A 1KBBA 1R86A 1LG2A 1CYGA 1XV8A 4E4PA 1UR8A 3QHMA 4CU7A 3SCRA 4PSRA 5LYRA 5BROA 2BS9A 2VJXA 4OZOA 2VT0A 4P7OA 3T2QA 3PZIA 3MUAA 4J3TA 1W1TA 1PZ2A 1E3ZA 2J8GA 2PWHA 1WZMA 4YN5A 5CSYA 2YL9A 1E6ZA 2EPLX 5AY7A 3WF1A 2WCSA 3L4ZA 3TTYA 4AZHA 1V02E 1ZBKA 1FHLA 3MKKA 3EDDA 1W9PA 1GOMA 2WZIA 1BAGA 4JHZA 5DF0A 1GW1A 1LJYA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QBB A;  4AYS A;  1TVP A;  4JFV A;  5M3W A;  1KCL A;  4DWS C;  1DHK A;  3TOP A;  4M81 A;  3N18 A;  4U2Y A;  3ZR5 A;  1XYF A;  1KXT A;  2J25 A;  1EOM A;  1G9H A;  3UCQ A;  3N15 A;  1XH2 A;  3RM4 A;  1UR1 A;  1MXD A;  4D1I A;  4Z2H A;  3O6A A;  1FH8 A;  3ALG A;  3EMZ A;  4DUW A;  3U7V A;  1PX8 A;  2CKS A;  1J10 A;  2BHU A;  3NJ3 A;  1E15 A;  1U2Y A;  4PTW A;  5HPO A;  1AQ0 A;  2WC4 A;  1TE1 A;  1NP2 A;  3TTS A;  5M5D A;  2J7H A;  2GJX A;  1LL6 A;  5KZ6 A;  1JAE A;  1JYV A;  3QOK A;  3WKZ A;  3W25 A;  1ITC A;  1UWT A;  1QI5 A;  1E71 M;  3B8S A;  4ACY A;  3CBW A;  1GOQ A;  2D3N A;  2XM1 A;  4F8X A;  3ZOA A;  3S6T A;  2WSK A;  1EH9 A;  2ZWZ A;  4DWS D;  4GZI A;  4PMY A;  1NWU A;  5A6L A;  3LPF A;  1E70 M;  3BAJ A;  1VIW A;  1J0Y A;  4GQQ A;  2DQX A;  2W91 A;  7A3H A;  3BAY A;  4MNL A;  2XPK A;  3K46 A;  2DH2 A;  1V6Y A;  1V02 A;  2ZXQ A;  4N42 A;  3ALF A;  4Z2K A;  5AYB A;  2E40 A;  1C93 A;  1V0K A;  4ZEP A;  2VUR A;  2WMK A;  3ARZ A;  4ZXL A;  1VFM A;  1CZ1 A;  2PBO A;  2PWG A;  1E6X M;  1EGZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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