1NWSA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitobiose
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 133
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwsA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwsA01
2JEPA 2VRJA 1GQIA 1J0YA 1CGWA 3WNMA 2GJXA 3WQ6A 1K9DA 3WFLA 3AXIA 5A94A 3WD0A 5JBFA 2OYKA 1OIFA 3AFBA 3WEMA 1JDCA 3DHUA 3VD4A 5JH8A 1VBUA 4PEEA 1UR9A 4J3VA 3WDQA 5IFPA 4CUCA 1BAGA 1CPUA 2WHMA 5EMYA 4GQQA 1MW0A 2GDVA 4UOZA 1WCGA 1Q6DA 2ZUNA 5A6BA 5I77A 2DSKA 3N18A 1UWIA 4PMDA 1XYFA 1P6WA 2J7DA 2WZIA 2J8GA 2WCGA 2WVUA 2WLZA 2BVTA 3S2CA 1V3HA 1GQLA 3OLIA 3BCFA 4GI8A 2F8QA 2E3ZA 1UQYA 4W85A 4CD5A 4TVCA 4ZENA 2W61A 3PZGA 4MTVA 2WVSA 1R85A 4WSJA 1XGZA 1PEZA 1W2VA 2BY1A 3AYRA 1NWTA 3EMCA 3AIWA 1TCMA 2J7HA 2BY0A 2XVLA 3WH7A 4CCCA 1JYVA 1DWJM 3QR3A 4KWUA 1OSEA 2QV4A 4GI9A 3AISA 3CHEA 1UKQA 3TTOA 2WHKA 3MMUA 1LWJA 3CUJA 2XFYA 1QNRA 3WD1A 1ISWA 2WVVA 4GPNA 3NDZA 1GOWA 1KXQA 5D4YA 3ARPA 4RL3A 2A3HA 4TVUA 5BXPA 2DT0A 1ECEA 3VGBA 3BCDA 4HP5A 2CERA 3VVGA 3GDBA 3SIMA 1JZ3A 5HPOA 4K68A 4KRUA 4FLSA 5CSYA 3NSNA 2WC7A 3GXDA 4P7OA 1LG1A 3BC9A 5CGTA 3FHQA 1ZBKA 1I1XA 2QHAA 3I3BA 3WD2A 1BSIA 2Y5EA 2GK1B 5I23A 1CTNA 4C7DA 2V3DA 1V08A 2WAGA 4UFKA 4AEEA 4OJYA 4DUXA 5CPQA 1QHZA 4W86A 1UUQA 1BYBA 3RMEA 1U2YA 3K1DA 1EO5A 3FNDA 3B8SA 4UFLA 5FKYA 3GYCA 4C7GA 3SUVA 4R27A 2OWCA 3K4DA 2A3EA 3VIGA 1B3VA 2X0YA 1KB3A 3L4ZA 2WPGA 1DWAM 2WWDA 1RD6A 5HPCA 2HVMA 1UKSA 2YOCA 1E0WA 1QNOA 2WZEA 1FH9A 1TVPA 1UA7A 5BXRA 1E43A 1FP9A 2ZX5A 3AQUA 4S3KA 1H5VA 4AIOA 4AZ7A 3EYPA 2ZOXA 3I3EA 4OOZA 4TTUA 3LPPA 3PZ9A 1PIFA 3QOKA 2CCRA 2VZUA 1W91A 3PZUA 3AHXA 4W93A 1EQCA 1QVBA 1CDGA 1UZ1A 5FCZA 1XH1A 2VI0A 1KXTA 3BAKA 3AHTA 2VJXA 4PYSA 4EANA 2OSYA 4UFMA 3M7SA 1WDRA 3ZR5A 5FL0A 3ZO9A 2FHFA 1LLOA 2O9TA 4NRSA 1ZBWA 1B31A 1EHAA 1GOIA 1SFSA 2WKLA 4AZ6A 2J4GA 3CTTA 1KFWA 3ARZA 1UR8A 3WQ8A 4U3CA 4GIAA 4GXPA 1CENA 1UD5A 2ZXAA 1CXFA 2YL9A 3UR8A 1VFFA 2YLAA 1YHTA 3VTRA 4CN4A 3KL0A 5A3HA 2WMJA 3UCQA 2BHYA 3VD9A 3MANA 4JFSA 2XG9A 4P8XA 1CGUA 2VCBA 1OB0A 4XZBA 1XH2A 1G9HA 1SR0A 1TA3B 5CG0A 2HISA 1V6XA 4D6JA 4AD1A 1AVAA 3SCPA 4AZGA 4LGXA 1B3YA 3MS8A 2CESA 1H1NA 1E6SM 1OD0A 5M17A 3AMCA 4HOXA 5DT5A 4JL2A 1KWKA 1MYRA 4LYRA 3WD3A 3WF2A 1C92A 2OLHA 4UCFA 1MXDA 4LQ1A 2Y4SA 2OWXA 1GOKA 2A3AA 3TTSA 3N15A 2WVTA 4DUWA 2EXOA 1R86A 4KH2A 3GM8A 4UFHA 3ARVA 1CXIA 1QHOA 4LXFA 3BMVA 3UEQA 1DEDA 4CVUA 4AWEA 1ITCA 3SUTA 3ARQA 4JHOA 1W9DM 4AD0A 3VILA 3VIFA 2E9BA 2WHLA 4X9YA 3OLDA 1VRXA 2W4XA 2XVNA 4QCEA 3OGRA 1PPIA 3AXHA 1MFUA 3L4XA 1B1YA 2V3GA 2CBUA 1E4NA 1V0LA 2X2YA 3PZVA 1CGXA 1XCXA 1KBBA 3SCRA 6CGTA 4XUYA 1C93A 1B3XA 2J7GA 3GH5A 4WKFA 2UY4A 1TMQA 3AMKA 1KR0A 3RILA 1UD8A 1W1PA 3VOCA 1WKYA 3AIRA 2G4FA 3AYSA 1K9FA 4HOZA 2DIJA 3W81A 3W29A 4PUEA 3VIPA 1GCYA 1E0XA 2E40A 1CZ1A 2ZUWA 3IK2A 2JE8A 4W7WA 3ZSSA 1GOQA 2DSZA 1ZU8A 2RGMA 1RP9A 5AYBA 4Z2GA 2VZVA 3VDCA 2RGLA 4B3KA 2WKGA 1W3KA 2DDXA 1PIGA 4A3HA 5CSUA 2BV9A 4GO9A 4N0RA 4ZFMA 2VC9A 2WCSA 4FK9A 2PB1A 1HVQA 1JFXA 4HPGA 3WEOA 1E72M 3SUUA 1UKOA 2VX5A 3QHNA 3ALGA 1J10A 2F61A 1XSIA 2E9MA 3POHA 3RJXA 3ZM8A 2WBGA 1LWHA 5EFFA 3PN8A 1R87A 4M81A 2D2OA 3AMDA 2X1IA 3W0KA 4HTYA 1BHGA 5BCAA 3A47A 2CKSA 1UR4A 3L2MA 3AHZA 3VGEA 4QLLA 5D9OA 1VJZA 1XSJA 4BS0A 1WE5A 3VD5A 1A3HA 4JFTA 4PMUA 4M56A 1VEOA 5IDIA 5I6SA 3VGFA 1CXLA 2XVGA 1H0GA 1V3LA 4HZ8A 3L2LA 1Q6FA 2D3LA 3PTKA 2WBKA 1PX8A 5IFTA 3IJ7A 2DT2A 2UY5A 1E56A 2WCAA 3T09A 4B9YA 3EDEA 4OZOA 1EXPA 2EPOA 3WL0A 2OSWA 4E2OA 1NWUA 4OKDA 1CLXA 1AQMA 4HPHA 4QDMA 1HJVA 1E5NA 1TG7A 1XSKA 2B31A 4OIFA 1HKIA 1J9YA 2E8ZA 2J78A 2VZSA 1UR0A 1UG6A 3ARYA 4X0VA 1BVNP 1AQ0A 5BRPA 3GH4A 2IUZA 2D0FA 2J74A 1ZB5A 1EO7A 5M5DA 1VJSA 4HMDA 1V6YA 1WPCA 3WMCA 4PCSA 1E9LA 3GBDA 1V3MA 2VVNA 1QI4A 3K4AA 3VGHA 1LL7A 3KL3A 3WNNA 2XYLA 1E40A 3WBEA 1E5JA 1BFNA 2W67A 3VMNA 1H41A 2WC3A 3WF4A 3BAYA 3VIIA 4B15A 1K9TA 4D1JA 3W27A 2PWGA 2XFFA 5E6YA 4GZJA 4P7NA 3AS0A 4OBRA 1HJWA 1FHDA 1RH9A 4KGJA 4LYPA 4PMVA 1S46A 5DO8A 1ZJAA 1JZ5A 1VF8A 4JFUA 4XV0A 2WWCA 3HJEA 2DT3A 5HOSA 3CZ8A 2C7FA 1ODZA 1PX4A 5EBAA 3GXIA 3WDHA 1W3JA 1ESWA 3VIKA 3AHVA 3CZGA 4D6CA 3VIOA 3RM8A 4UOJA 3MUIA 1KGUA 2EEXA 4TX8A 1JDDA 1VFOA 5CGMA 5ABFB 5DT7A 1KQYA 3FXYA 4P7RA 4EAMA 1NH6A 5I78A 3EMZA 3IANA 3A6OA 3ZJ6A 2JIWA 5GQBA 4XX6A 2UY3A 1RPKA 8CGTA 1WB0A 1SMAA 1C91A 4F9JA 2J8FA 2GJXB 3IJ8A 2W92A 1UH2A 2J7BA 5JBEA 2FDMA 3KWXA 1ISXA 5A2AA 5GNXA 3WF0A 2VX4A 2IXUA 5AC5A 5BXTA 1JZ4A 1BGAA 2G3NA 4MAZA 2C8NA 3VIMA 1KCKA 1CGYA 4F8XA 3WF1A 4ATDA 4RE2A 5D9PA 1NOUA 1QNPA 2W63A 3K8KA 3U7BA 2DT1A 3FW6A 4AD3A 1JAEA 1UH4A 2G41A 1NQ6A 4CU7A 3TP4A 5E6ZA 3OA5A 4LPCA 3WUEA 1IZKA 2WLYA 4P8WA 5EFDA 2PC8A 1JXJA 3U7VA 3AZTA 3CMGA 1KWGA 2FH6A 4J3WA 4AIUA 1UH3A 4IM4A 1OM0A 2JF6A 3VNYA 1B3ZA 4MB4A 3VGGA 4FMVA 5CLTA 1JG9A 1XRVA 3VO0A 4DM1A 3WQVA 1HJSA 2WSPA 2VRQA 4PTVA 3HU7A 3U5UA 3ARRA 3DYOA 3CO4A 3GBEA 2DPEA 1DHKA 3AIVA 1F4HA 2XPKA 3VGDA 2DQXA 4AD2A 5D8ZA 3TONA 5GPRA 1TE1A 1OT1A 1KGWA 4D72A 1LG2A 3NIYA 2GJRA 1YQ2A 3CHFA 3CZLA 5CZKA 2G3JA 3N13A 1HKJA 5E09A 1I1WA 2E8YA 3WY1A 2D0HA 3KL5A 3EMQA 4GZIA 4PMQA 3L4WA 4N42A 3UESA 4CD4A 5KZ6A 1FP8A 3B9EA 2BVDA 4BF7A 3WUFA 5FOOA 1UQZA 1C8XA 1E1EA 4UNIA 1F4AA 1BPLB 2D0GA 2W91A 4A3YA 4AZIA 1KBKA 4NSBA 2EPNA 2J25A 4TOQA 1KGXA 1BVZA 3DECA 3NCOA 1H2JA 3IAQA 1WDSA 4EKJA 1C7SA 3F5JA 4DWSB 4ATLA 1HXJA 1H3GA 1H09A 4U2YA 1W9BM 1GVYA 3OLEA 3POCA 3PZIA 4IISA 1KXVA 3OIHA 1JYNA 3G6MA 4CU8A 4TX6A 1BTCA 1J12A 1ZJBA 1G1YA 5M3WA 3WH8A 5JIPA 4NZCA 1JF5A 4D6IA 4YN5A 2V5DA 1UR1A 2D20A 3AZSA 3BAJA 2J77A 3PZQA 1CXHA 1GONA 3WDJA 4BQ4A 3FN9A 5ABHA 2NT0A 2WSKA 2BNJA 3AIEA 4ACZB 1V03A 2ZIDA 1UD6A 3F4VA 3T08A 1H4PA 2VMFA 4AXNA 1XH0A 3EDJA 1MW1A 3CZKA 3FY1A 1GUVA 9CGTA 1GPFA 3MMWA 5LA2A 2YL5A 1QW8A 2YA0A 2EO7A 3L4TA 1UHVA 3N11A 3JUGA 2ZUSA 3WQ4A 1XD0A 3AIUA 1HIZA 4HMCA 3SCNA 2X09A 1R7OA 3WQWA 2J75A 3GH7A 1CWYA 3QGVA 1B0IA 2VQUA 2QPUA 1UOKA 3W53A 1ODUA 4YHEA 3EBVA 2BFGA 1GQKA 4XZWA 3VDAA 2XVKA 2GUYA 4D6GA 4W84A 4UZSA 2D23A 3B9AA 3AROA 2EPKX 1WZKA 5E70A 2YKKA 4HA3A 1HJQA 5CPSA 1EDGA 1UKPA 2BY2A 3N9KA 2UWFA 3GNRA 2OWWA 1UZ4A 2VT0A 4CCDA 1FFRA 4MB3A 2V5CA 2ZX8A 4GZEA 1VBRA 2YL8A 3K46A 4PTMA 2XWEA 2CIPA 4B16A 2X0HA 1EHNA 1O6IA 3CUGA 4MNMA 4P7LA 1ISYA 4AZ5A 1V02E 4AZHA 5A1AA 1E0VA 5BYWA 4M82A 4PSRA 4M1RA 3DHPA 3W25A 4ZE4A 2ZXBA 1V0NA 3APGA 2VUYA 1HJXA 5BXSA 4CCEA 3T0DA 4PMNA 4HA1A 4MNJA 3WFZA 5A6SA 1CXEA 2BHUA 1GHSA 4J7RA 1EDTA 2W62A 4FF5A 4XB3A 1C3FA 4JAWA 1W32A 1BF2A 2WMIB 5IHSA 2WMKA 3T0BA 3VD7A 4GI6A 1M01A 2DSUA 3NYDA 1CXKA 2PWHA 4P7QA 2G3MA 1QNQA 4PTWA 5IXEA 3DYPA 1BYCA 3WIJA 1UWQA 5FD0A 1LF1A 2A3CA 1C90A 4JFWA 3AJ7A 3UR7A 2G8ZA 3ZT7A 1CYGA 1BYDA 1DP0A 3WH5A 2WK2A 3KEHA 2WB5A 1D7FA 1J0KA 2CYGA 1E6RA 5D9NA 5E0CA 1MVYA 2VO5A 5EB8A 2DIEA 4GKLA 3O2LA 4D1IA 1PJ9A 1D3CA 1H11A 1LL4A 2YL6A 2VCCA 4JCMA 4PMOA 1OIMA 5ABGA 1WO2A 3ALFA 4H7VA 1J0ZA 1OCQA 1V02A 2ZUMA 1OWQA 2XWDA 3WH6A 1AQHA 1IT0A 2Y8VA 3L4YA 5E9AA 4Z2JA 3BAWA 4GO8A 5F7UA 2BY3A 3T2QA 4W5ZA 4F9DA 2JIEA 4FLOA 3BAXA 4HU0A 4AYSA 4A4AA 3PTQA 4YPJA 1RP8A 4CN1A 1WP6A 1TZ7A 4HOWA 3B9DA 2O9PA 5DMYA 4JHZA 3A4AA 3W28A 3A3HA 2GSJA 1HJUA 1H0IA 4E4PA 1OGSA 2E9LA 3EDFA 1OD8A 5BRQA 1JI2A 3BMWA 1XCWA 2FHBA 3F5KA 4X0NA 4WKHA 3WD4A 1JZ6A 3CUIA 1E55A 3UG4A 3VNZA 5A2BA 1MW2A 1W2PA 3MUAA 3SUWA 4PUDA 5CPTA 2WYSA 3MV01 4RE4A 2CEQA 2J79A 2W66A 5AC4A 4AC1X 5A6MA 3LPFA 1B2YA 1TFVA 2C0HA 2G3IA 1PZ3A 5A95A 1XV8A 4DM2A 5D8WA 4DWSC 1PX3A 3CPUA 1MWOA 2VCAA 4IPNB 1E6ZA 1US2A 2VZOA 2DGAA 4PN2A 5ECUA 2OSXA 5A8NA 1CGTA 2PWDA 3THDA 1JYXA 5A8QA 3ZR6A 4JCLA 1H49A 4WSKA 1WDQA 4PMYA 4Z2LA 4AZBA 2PBOA 2ZICA 1MW3A 8A3HA 3DC0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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