1NWUA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitotetraose
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 132
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwuA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwuA01
3FY1A 1UHVA 2YDRA 4LXFA 1QI4A 3VIHA 1XSKA 2BFGA 1E55A 4ZXLA 5BROA 1FP9A 5CPTA 1UR9A 4C7FA 3QHMA 1CXKA 4PMDA 1UKPA 1K9FA 2DH2A 1UWTA 3WUGA 4J3VA 4EAMA 4AZHA 5CGMA 3AS0A 3RDKA 3NSMA 1H4PA 2PBGA 1WDQA 4PN2A 4Q7NA 1XSJA 1UWSA 3K1DA 2WK2A 2ZICA 5FOOA 1TMQA 1LG2A 5D4YA 3AMDA 4HOWA 2ZUWA 2C0HA 2DT0A 3WD4A 4DUWA 3VGHA 3OLIA 1E0WA 1HF6A 4PCSA 3WH8A 4TTGA 2YL8A 2EQDA 3AXHA 4OUEA 4FLRA 1V02E 4JFUA 5FL0A 4B9YA 3CMJA 5BWFA 5ABGA 2FGZA 1C93A 2ZE0A 4A3YA 5E0FA 5A95A 8A3HA 3MUZ1 1BFNA 4KWUA 3WH6A 4AC1X 3CZEA 4UFLA 4LYRA 3VGGA 3A3HA 4GPNA 4TX8A 4P7RA 3K8LA 5GNXA 2DH3A 2V5DA 2VI0A 1B3YA 3FN9A 3ZJKA 2W61A 1X6LA 1GOOA 5C70A 1X6NA 2DIJA 1WZLA 4PMXA 1JDCA 4XUYA 2OSYA 4EE9A 4ZXOA 4CD5A 4AD3A 5E6YA 5LA0A 2DIEA 2VO5A 1CLXA 4WK9A 3RO8A 2F8QA 4UFMA 1UD2A 3NJ3A 2VZOA 4TXEA 4H8HA 3WQ4A 3EMZA 4HOZA 3WNOA 5E0CA 3QHNA 1GOMA 4KRUA 3ARRA 1Y7VA 2VCCA 3AIWA 2UY3A 4TUFA 5I79A 4PMOA 4WKAA 1VEOA 3AHYA 4P7LA 1W9VA 4AIOA 3AS2A 1H11A 1HJSA 4CKQA 2EPOA 4GO8A 3BH4A 1Q6FA 4D1JA 1GORA 5FD0A 1YQ2A 4MDOA 3ECQA 1XHGA 1PJ9A 1DWAM 2NSXA 2VRKA 5BRQA 1BHGA 2CERA 2Y24A 3POHA 2XGIA 2MANA 5A2BA 1V0LA 5BXPA 2X09A 1SR0A 1E40A 1AQ0A 3AICA 4IM4A 2WC7A 1Z32X 3IANA 2WXDM 2PWGA 3GXIA 5A8PA 1UD4A 3WDHA 3IJ9A 3PZVA 1JXKA 4CD6A 3PZTA 4MDPA 2CKRA 3AROA 3GXDA 1OD8A 1ODUA 1GVYA 3PZUA 2WVVA 1EQCA 2J77A 4M81A 1EQPA 3BAKA 4H04A 1DWHM 1C8XA 2ZX5A 3KEHA 6CGTA 3WD1A 2WMFA 1VBUA 1B3VA 3QGVA 4TVUA 3K8KA 1KB3A 3PZNA 4AD4A 1UR1A 3B9EA 3WNMA 2XUCA 1LL4A 2B31A 4WJXA 5M3WA 2ZUTA 6TAAA 5E6ZA 1LL6A 3B9DA 3CHEA 3SUUA 1JYXA 3WNPA 2XM2A 3WEOA 1FFRA 2VURA 4ACZA 4WKHA 2WMGA 5TD4A 2BY3A 1U30A 3QR3A 3W38A 4J3WA 1QBBA 3CUJA 1BGAA 1UR2A 1EXPA 3DHUA 3WEMA 4UFJA 3WQVA 3AIVA 1ZBWA 2YA0A 1M04A 2E8YA 3BAJA 1HKKA 4W8LA 4J3XA 3ALGA 3DC0A 4PMYA 3U57A 4MB1A 2J7CA 3N9KA 3WD3A 1HJXA 3WNNA 2UY4A 3ZT5A 5EFDA 4CVWA 4MB4A 2FHFA 5IFTA 1D3CA 1MW3A 2X8RA 1J01A 3O6AA 1ESWA 1E72M 2WANA 3AMGA 4E8CA 2A3EA 3WENA 4WSJA 1OINA 2J62A 4B16A 1N82A 2D0HA 1E71M 1WCGA 5D8WA 2W63A 3VIMA 4NZCA 1CTNA 2J7DA 2CKSA 3AZSA 2ZUMA 1VF8A 1CYGA 5ABFA 2VTFA 3BAYA 5AY7A 4JL2A 4AD1A 4PTMA 3W6LA 2D22A 3GH5A 1JI1A 1E70M 1E6QM 3ARSA 4UTFA 1LQ0A 1H0GA 3VIKA 5HPCA 1CXFA 4HZ7A 1JF5A 5GPRA 2XVPA 3VGBA 2ZX6A 3W82A 4XB3A 2XSBA 4JKKA 1CGWA 2EJ1A 3VD3A 2DQXA 1CXLA 4PBGA 2GJRA 2W5FA 3W53A 2J7EA 5DF0A 1EA9C 4IUGA 4UZSA 3BCFA 1UWUA 5I6SA 1JL8A 1BSIA 1E4LA 1VJSA 2O9OA 4U5KA 1JZ3A 1QNPA 5DT7A 1UD3A 4DWSB 2YDQA 3W6MA 4M8UA 4JFWA 3VMPA 1CLVA 1QW8A 1HKIA 1DHKA 5D9NA 3F5LA 1HVQA 1KXVA 3VIFA 2NT0A 2XG9A 4W5UA 3UETA 5I2UA 1ZBCA 2JEQA 3ZM8A 3AHZA 4E8DA 3AFBA 3CUHA 3PN8A 2VOTA 2WCSA 2J8GA 3E1F1 5EBAA 2AAAA 3WQ5A 1OIFA 3SIMA 4OJYA 3WL0A 1ZL1A 2WYSA 4XX6A 3UESA 4D6CA 1I1XA 3CBWA 3LPPA 4UQDA 5C8BB 2EPKX 3B8SA 3N1AA 2GDUA 3SCWA 2G41A 2E40A 3N17A 2CYGA 2ZX8A 4F66A 4MAZA 1W1TA 4B3LA 4J3TA 3IK2A 2WLZA 4JZ5A 3IJ7A 4QLLA 2BNJA 4HA4A 2VR4A 3WDPP 4P8WA 1E4NA 2W4XA 4UQ9A 1V3IA 1WDPA 1J0KA 1W9DM 2FGLA 5AYIA 4CN1A 2OYLA 2XHYA 3WSUA 3W81A 2E9MA 5D8ZA 3WF1A 5BCAA 1BLIA 5I0DA 2XPKA 4AW7A 3T0BA 2VX4A 5LYRA 3WY1A 3ZR5A 2XFYA 2J8FA 1TA3A 3POCA 1HX0A 4HZ8A 2WW5A 1WE5A 2CEQA 1UZ1A 3NSXA 4AZCB 3GDBA 3EDEA 4AZ7A 1ZJAA 1WZAA 1E56A 5AC4A 2XVGA 4Z2GA 5A6JA 5DO8A 2WC3A 2HVMA 2VZUA 2OWCA 3VIJA 1TA3B 2VL4A 3ZR6A 2PWHA 4UOJA 1E0XA 3KL5A 1CNVA 3DHPA 2BHYA 1CBGA 3F5JA 5F7UA 1C90A 1R87A 1JGIA 4YHEA 3U5YA 3L4TA 4P7OA 3DYPA 4PMRA 1UKTA 3DYOA 1UWQA 1GJWA 3WDIA 3VUPA 3AS1A 4GZJA 3IJ8A 4A4AA 3OZOA 2CBUA 2WVSA 2DSZA 2WB5A 1FH8A 3EDDA 1XD1A 1M53A 5A6LA 5CPQA 5EFFA 2WBGA 4R27A 2WSKA 5A94A 3AQUA 3WQWA 3WFLA 3N15A 1J0YA 2VT0A 1UZ4A 1DWGM 5JBEA 2YIHA 2D1ZA 4NI3A 2FH6A 3WL1A 4P8UA 1MXGA 4GIAA 1GUVA 2W67A 1G9HA 3AZTA 1R85A 1NWRA 2X2YA 2YLAA 3W27A 3AMKA 2BVTA 3PBGA 1UR8A 3VU2A 1XC6A 4FF5A 1QVBA 1E5JA 5EMYA 3WDRA 4CGTA 1EDQA 1XYZA 5FKYA 1TVPA 4QCEA 1JDDA 3U7BA 1S46A 1OWQA 4PUDA 4F8XA 2QPSA 3FHQA 4ATDA 1TR1A 4U2YA 1VEPA 4HP5A 1QHZA 3N11A 4WF7A 1KXHA 4U3AA 1DWIM 3SEPA 1QI3A 4HU0A 2Y8VA 1KR1A 1ISVA 5JIPA 3UEQA 3W29A 1VAHA 2YA2A 3LMYA 1HL9A 3CUFA 2DT2A 1XD0A 1LJYA 3GXMA 4HOXA 3BAWA 4CD7A 1E4IA 2DEPA 1JZ2A 1EHAA 3RMEA 2VCBA 4PMZA 4JHOA 4DUVA 1B90A 2TAAA 2ZXQA 1MWOA 4ZE5A 1QHOA 3L4ZA 3PHAA 4EANA 1HKJA 4NRSA 1FOBA 3OA5A 1FHLA 3VX0A 4DUXA 4CD4A 1XH1A 2O9PA 4XZWA 2VRQA 1B2YA 3VOCA 4FLSA 3AYRA 4HU8A 2GJPA 4HMCA 2NW0A 2VMFA 4GXPA 4PRWA 3T09A 1C92A 1JYVA 2QMJA 1J10A 3VDBA 2PB1A 2EXOA 1W9UA 1U2YA 1EGZA 1Q4NX 2OYKA 3M6DA 3PZGA 1H41A 4EKJA 4PYSA 3K4AA 1J0IA 4MNJA 5FL1A 4MAVA 1JNEA 1W3KA 2VZVA 2Z1SA 5BXTA 3GNPA 3FNDA 4F9JA 4MJ2A 3NIYA 1BYCA 1GHSA 2ZUUA 3PTKA 5DMYA 1XSIA 2ZWZA 1BYAA 2JALA 1KGXA 1QNQA 4CCCA 1JXJA 2WHLA 2CPUA 5A6AA 1UQYA 3GXFA 1GW1A 1K9DA 3I3BA 2J74A 3T2OA 5BRPA 4JL1A 1OIMA 3MV01 3T0AA 2Q8XA 4LYPA 1L0PA 2BV9A 2Y4SA 1G94A 1HL8A 1E15A 2DT3A 4AEEA 4BQ4A 4D6IA 4PTWA 4X0VA 3RJXA 4MB5A 4D6EA 2V3FA 4ATWA 3QOKA 1UH4A 3MUAA 1OSEA 1OGSA 2JFEX 3F5KA 1JD9A 3A4WA 3TA9A 2YL5A 2J7HA 2QLYA 2E8ZA 1W2PA 3RM4A 3DECA 1UQZA 1G5AA 3ZO9A 3G6MA 4GI8A 2RGLA 5HXMA 1NM9A 3LPOA 4R5EA 1E4MM 1QNOA 4AYSA 1GQKA 2WKGA 1UUQA 2YOCA 3BCDA 4ZEPA 3WF3A 2BHUA 3U7VA 1V0MA 1XCWA 2VX6A 3OIHA 4PMUA 1LWHA 1NP0A 4AEFA 4P8VA 1FH7A 4KRTA 1KBBA 1UA3A 4CU7A 1B3WA 1W9XA 3MMDA 3WD0A 4U5IA 1AVAA 3D5HA 4ZE4A 4U3CA 1V3MA 1BTCA 1UYQA 4D72A 1TZ7A 5KEZA 5HOSA 2VX7A 2GUYA 4GQRA 1HJUA 4W85A 2YKKA 3W26A 1E3ZA 1PEZA 3PZQA 1KCLA 2WHJA 4JCLA 2DSWA 4X0NA 1J12A 4QCFA 1WAWA 1W1PA 2XWEA 1XH0A 3T2PA 5IHSA 2VZSA 4HTYA 3VD9A 5A6BD 5CSUA 1Q6EA 3BLKA 2CNCA 3MV11 2GVYA 3BC9A 2FH8A 4V27A 1JG9A 2QMKA 3ARWA 4RE4A 1HJVA 3PTQA 4FMVA 1KR0A 3TTYA 1QI0A 5LA2A 4UFKA 4AZGA 2QHAA 3DYMA 4HPGA 1GOWA 2WSPA 4YPJA 3SCVA 4P7NA 1B9ZA 2BY1A 3KZSA 2WWCA 1ITXA 3IAQA 5IDIA 1GNXA 1H49A 3AHXA 3TONA 1C7SA 3IAPA 3SUWA 3VINA 2GK1A 1AQHA 4AWEA 3U5UA 3VIOA 3EDKA 1W3LA 4DWSC 3WDQA 2Y5EA 1MW2A 3G6LA 5CPSA 3ZOAA 4UFIA 2GK1B 5EB8A 7A3HA 1NH6A 1CEOA 3WUFA 2WMKA 1XCXA 1OCQA 3OB8A 1UR0A 4W93A 3ZSTA 4DWSD 4BF7A 1C3FA 2BXZA 1WP6A 1H1NA 2EO7A 2AMGA 1SYTA 1FH9A 1MVYA 2J25A 1VFUA 1DWJM 1W2VA 5GNYA 3LPFA 5AYBA 1P6WA 1VFFA 3L4WA 1G0CA 4L4OA 3D3AA 2YJQA 1GCYA 2CHNA 4ML4A 2W62A 2YLLA 1FA2A 1Q6DA 3RIKA 3FHAA 1SFSA 3K46A 3WNLA 4D71A 4PEEA 4UR9A 4LGXA 1BAGA 3PZMA 4UOZA 1BYDA 1HN1A 2BY2A 5FIPA 5A8OA 3MO4A 4J7RA 3ZJ8A 1E6PA 2XM1A 4BQ5A 3W37A 2HISA 1W32A 2VNCA 1XRVA 1KGWA 3CO4A 4HPHA 1WDSA 2ESCA 2GFTA 3ARPA 4GI9A 3L4UA 3BSHA 1ZS2A 4KGLA 5CGTA 5I77A 1E1FA 1R7AA 3ZT7A 1AMYA 3O9NA 4N0RA 3ZJ6A 3L2MA 4QFUA 5A6SA 1PX4A 1EOMA 3WQ8A 3NCOA 1CENA 4JHZA 4DWSA 1AQMA 2UWFA 3GTNA 4BS0A 3EBVA 2PF0A 1B1YA 1B0IA 3WH9A 1OT1A 1R86A 3TTOA 1CGTA 4Q22A 2G3JA 1EHNA 1GVIA 4D6JA 4M1RA 2O9TA 1E9LA 3VD4A 8CGTA 3VMNA 1O6IA 4B15A 2PBOA 1NOUA 2WZIA 2PWEA 1QBAA 2IUZA 2DGAA 1QI5A 5GQBA 2A3HA 4CCEA 3AIQA 1MW1A 1OB0A 4U33A 1TFVA 4F79A 3ZJ7A 1O7AA 4MB3A 4GZIA 2J75A 4OBSA 1NOFA 1BVZA 2IXVA 3MUY1 2ZXAA 4WKFA 5IFPA 1UD8A 2VRJA 1IV8A 1J0ZA 5E09A 5A8MA 1X1NA 4H8VA 4J3SA 3VMOA 1A47A 1FHDA 2GJXA 4JFVA 4U31A 4NRRA 3AMLA 3A4AA 5A2AA 1CGUA 5BXSA 4MNLA 5BYWA 4S3JA 1G01A 3CMGA 2CBVA 3FAWA 2QPUA 4FK9A 4E4PA 2GJXB 4A3HA 3CZGA 4ZENA 5C71A 1BGGA 2V3EA 1UH3A 3AIUA 1RH9A 3VGFA 1EO7A 3SCRA 4E2OA 3AI0A 2CHOA 4AZ5A 3TTSA 2E4TA 4UQAA 3UG5A 4YHGA 4Z2KA 4J28A 2OWWA 2BHZA 3WUEA 4AZCA 2OYMA 1EO5A 4RE3A 2WMHA 2QV4A 3AIEA 3GM8A 4MADA 1V6WA 1JFXA 3AHTA 4AIEA 4C7DA 3HMCA 1DWFM 3UG4A 3J7HA 2BXYA 3KE0A 1EH9A 2XFFA 1CGXA 1BG4A 5CG0A 1F4AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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