1OBAA

Multimodular pneumococcal cell wall endolysin from phage cp-1 complexed with choline
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNRCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structural Basis for Selective Recognition of Pneumococcal Cell Wall by Modular Endolysin from Phage Cp-1.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage cp-1
total genus 99
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 1obaA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 1obaA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1obaA01
4AD1A 1UR9A 2ZE0A 2D3NA 5A6MA 3CUIA 2BS9A 4UTFA 1OB0A 4AYGA 3CHCA 4F8XA 1ESWA 1V02A 1ODUA 4Z2HA 2F8QA 1HKKA 3M6DA 3OIHA 2OSYA 3IJ7A 2VR5A 2WLYA 4TOQA 4MB5A 3U57A 2W4XA 4UQCA 1UKPA 4UCFA 5BXSA 2B31A 3ALGA 3WNLA 1J0ZA 3RM9A 3UR8A 2CERA 2J77A 3BGAA 4HU0A 4MAZA 4KH2A 5I79A 3AHZA 5ABHA 2FDMA 1VFOA 1OGSA 3PZGA 2D0FA 1UD4A 2VVSA 3AIRA 4QP0A 1MW0A 1W9BM 2D23A 1JFHA 5ABEA 1V3MA 3SCNA 1I1XA 3ZMRA 5DT5A 4J3UA 1JG9A 2VI0A 1E73M 4LPCA 1WP6A 2PB1A 4JKMA 3L2LA 1FP9A 1V6YA 1W3JA 3AXIA 2J79A 1NOUA 4QLLA 2ZUSA 4W93A 2VX4A 1GONA 4GO8A 4M8UA 1HJQA 4CCEA 1JF6A 3QHOA 4E8DA 3WNMA 3KZSA 1GOQA 4RE2A 3VILA 4Z2GA 1K9DA 1LLOA 1UWQA 1W1VA 1KR0A 1ISWA 1W9VA 5DEZA 3A4AA 1JDCA 1NP0A 5BRPA 2WVVB 3AICA 1C8QA 2OYLA 5A8OA 2ZUNA 3QGVA 4J3SA 5CJ5A 3FHQA 1MW3A 1QHPA 3CZKA 4NF7A 1VBUA 3BXWA 2CKSA 1FH9A 4TVDA 4PSPA 5AC5A 4IM4A 2Y2WA 1ZBKA 1SMDA 3N13A 4IISA 2PWHA 3RCNA 3VM7A 1UA7A 4D6FA 1M04A 4CN4A 4FMVA 1W9PA 2E9BA 2W61A 1UKSA 4FLSA 4F66A 3MMUA 4NRSA 2V04A 2BV9A 2BFGA 2DQXA 3AZTA 4MJ2A 4D6JA 4DM2A 4GI8A 5FOOA 1HT6A 1MW1A 3K8MA 2ESCA 1Q6CA 1US2A 1UD2A 1JZ7A 2BVYA 4U31A 3ZR5A 4PUDA 1E15A 5A6JA 1BYDA 1B3WA 1GOWA 2PI6A 3PZUA 1GVMA 4HOXA 6A3HA 1Q6DA 1CENA 4ATLA 1UHVA 3GXMA 5I78A 2WSKA 4CD8A 1OT1A 1H4PA 1QW9A 5KEZA 2WPGA 4D72A 1MQQA 4AZGA 1WB0A 4U5IA 4Q7NA 3BAJA 2QLYA 1XSKA 4HU8A 4R5EA 1PPIA 3CIVA 3MANA 3GBDA 3T0DA 3RO8A 4PMXA 3K46A 1CWYA 2QMJA 3TTSA 1E72M 1E5NA 4JKLA 3NIYA 1MYRA 1TR1A 5I23A 4LXFA 4C7FA 4M1RA 1JZ5A 3WQWA 1UD8A 2O9TA 3N17A 3T08A 2J78A 1OCQA 4J3TA 2FGLA 4JZ5A 5D9NA 4UZUA 4BQ5A 5D4YA 3VGHA 1E6RA 4W87A 5CPTA 3DYPA 1GORA 1E70M 2BVTA 1DWGM 2NW0A 2DT1A 2CBJA 1KCLA 4HMCA 1CGVA 1KQZA 4YHGA 2J7CA 3WUBA 4LYPA 2WWDA 1HCXA 1GHRA 3W0KA 4ZE4A 3WH8A 4NRRA 1KXQA 2WHJA 5M3WA 3F5LA 2V3GA 2PWFA 1LL6A 2WZHA 2OSXA 5I5RA 2CHOA 1OSEA 4QDMA 1W3KA 5C71A 4OBRA 8A3HA 3EDJA 4B15A 3DYOA 1E43A 1H0GA 4ZENA 1GVIA 1B3ZA 5A3HA 1UA3A 3N18A 1H3GA 5CLWA 3VDCA 1KXVA 1C90A 2J8FA 3W6MA 2E9MA 1V3KA 1EIBA 1JZ2A 4AXNA 3PZNA 2DH3A 1DTUA 2GJRA 5I3DA 2FHBA 3DYMA 2QHAA 3WNOA 2WKLA 3MMDA 1BAGA 2YDRA 2QV4A 4F9DA 4EKJA 4YHEA 4FLRA 4ZFMA 1MQPA 3ZIZA 5DF0A 1XGZA 3MUZ1 6TAAA 4CCDA 2XVKA 4H8HA 3TTYA 4UNIA 3IAPA 4AZ7A 3AMLA 1G94A 2WCSA 4ATWA 1U30A 7TAAA 1W2VA 2IXUA 2Q8XA 4IUGA 1HN1A 1ZBVA 3EBVA 4JCLA 3K8LA 1RD6A 3GNOA 3EMZA 2WMJA 5HPCA 3N15A 3RM8A 4H8UA 1B3VA 1JI2A 5E9AA 4TX6A 3EDKA 4OKDA 1D2KA 5CPSA 2OYKA 3CPUA 3L4ZA 3WD4A 1OINA 4CKQA 3MUAA 3OGSA 3IJ8A 3SUUA 4GKLA 3ZR6A 3AZSA 1O6IA 4J3XA 3UETA 4W8AA 2W66A 1LWHA 3IK2A 4UQDA 4JFSA 1RH9A 1PIFA 1V08A 4ZE5A 1GCYA 2J7DA 1OT2A 3SEPA 1D3CA 4N0RA 5LA2A 3RJXA 4EANA 3SCPA 3SCTA 2J7HA 2CEQA 2XPKA 1HJUA 2ZX8A 1RP9A 1BGGA 3KEHA 2DH2A 1GUVA 3KLKA 1HKMA 4CN1A 4QAWA 2J25A 4B9YA 1UZ1A 1DP0A 4TXEA 1HJWA 3GYCA 4GI9A 1CGYA 4CN6A 5DFAA 3SIMA 1WDQA 3CUJA 1PX3A 1KGXA 4J27A 3VIMA 3ARYA 2WANA 3GNPA 2GSJA 1UWSA 1EOKA 2BHZA 1XHGA 4TVUA 2ZX6A 3L4WA 2C0HA 3HU7A 4PMUA 4CD5A 3D5HA 2XVPA 4MB4A 3MV11 4AEEA 4B16A 4Z2LA 3WY1A 3LPGA 1CXLA 2XSBA 1CIUA 5I24A 2BY1A 4PN2A 1ITCA 3VO0A 3TOPA 1GVYA 1WDSA 4ZXOA 2VRKA 3BMVA 1E1EA 3WN6A 1WZLA 3TTOA 5BCAA 3AROA 4AZ5A 3VOCA 2VQTA 1BYCA 3ALFA 4JFWA 1UWUA 4H8VA 3CUGA 3ARVA 5BYWA 2CESA 3WQ6A 4DWSA 1WAWA 3PZ9A 3KWXA 3CZJA 3QOMA 4HPHA 4XZWA 2G8ZA 5CPQA 2ZX9A 3VIPA 3NYDA 3QR3A 1SR0A 3SURA 3AQUA 3WDIA 1JL8A 2PBGA 4W86A 1NM9A 3BAIA 1MFUA 2VRQA 4UFHA 3BCDA 1LG2A 3VIHA 2JFEX 3VNYA 4UFMA 1WE5A 3WIJA 3MO4A 4PCSA 1PIGA 1DWHM 4YN5A 3WQ8A 2OLHA 1O7AA 3CLWA 1OM0A 3K4AA 3IAQA 4JKKA 2Y4SA 1BQCA 3UG5A 1WNOA 1EXPA 2YL8A 1JAKA 1UUQA 3TONA 1H0IA 1Y7VA 2VMFA 4JL1A 1EGZA 2XIIA 3F5KA 2FGZA 4AIEA 5A6LA 3AMKA 3AFBA 1EHAA 1S46A 4E2OA 3FN9A 2VX5A 4P7QA 1IV8A 4NC2A 2VNCA 2VCAA 3B8SA 4M24A 1XCXA 2J7GA 3N04A 1LL7A 1UWTA 3NDZA 4W7UA 1H1NA 1ISZA 3RJYA 3W37A 3WUFA 2VZSA 3ARSA 4ACYA 2V3FA 1QBAA 4AZ6A 1UR2A 2CYGA 3PN8A 1VFMA 4D6CA 2VZUA 1CEOA 1G9HA 3GH5A 4HA3A 4MTVA 3BAYA 4B9ZA 1KBBA 2WCGA 1V0KA 4FLQA 3T2QA 3M7SA 3VINA 3AHYA 1UD5A 1XH0A 3I3BA 4PSRA 5A6BD 1HIZA 4NSBA 2WNWA 4PMVA 1EOMA 4PMQA 1W3HA 2YL9A 1Q6GA 1C8YA 4S3JA 1NWTA 2ZUVA 2YA0A 4JCMA 1VJSA 2XFFA 1EQCA 3SCRA 1ZS2A 4C7DA 1JDDA 1E6SM 1XSJA 1JNDA 3PZTA 1EQPA 2TAAA 1UR8A 1GJUA 1VENA 3FAXA 4QCFA 2VURA 1UH2A 5AYIA 4TTUA 1I75A 3G6MA 4AWEA 3ZT6A 4XB3A 1V0LA 3AOFA 2YL6A 1QNRA 2QMKA 1WCGA 3VD5A 4HMEA 1PEZA 3T0AA 3W24A 4J28A 1VB9A 4GI6A 1GOKA 3VGBA 2VYUA 1QHZA 2XVNA 5AYBA 2XHYA 3VIJA 1C7SA 5FD0A 1HP4A 4TX8A 4W5UA 2C8NA 5GNYA 5M5DA 1CZ1A 4AIUA 1AQ0A 1JF5A 3WMSA 3CMGA 1E6QM 3VGDA 3VDHA 3VVGA 4PMNA 4H2CA 4DUXA 1SFSA 1J12A 3SUVA 1GW1A 1HKJA 1KB3A 3OBAA 3WD0A 4Q22A 1DHKA 1E40A 1I1WA 3G6LA 5BWFA 2XGBA 3BSGA 1R7AA 3PTKA 2QF8A 5A95A 5A2BA 1AQMA 1UOKA 2XVLA 3CHFA 4MNMA 4M81A 3CUFA 2DT3A 3AHVA 1E9LA 4W7VA 2EBNA 4L4PA 5A8MA 4A4AA 1TA3A 1J10A 2UY4A 4R27A 5BXPA 3VMPA 1ISVA 1B2YA 1H49A 3HJEA 2CCRA 1CGTA 2BHUA 3WFZA 4MNJA 3DHPA 1XV8A 1ZL1A 3UG4A 1EDTA 1BF2A 3WF2A 2WBGA 2G3NA 2E8YA 2NT0A 3CHEA 2WMKA 3WH9A 1E4IA 4LYQA 1J18A 1R86A 5A6SA 1NOFA 2ZXDA 2YL5A 2W91A 4Z2IA 5ECUA 2PWEA 2CKRA 3TTQA 1WZAA 4OOZA 3RPMA 4GINA 4HZ6A 1HKIA 3ZJ7A 1JYXA 2O92A 4U2YA 4BZYA 2D0HA 1A3HA 4DWSB 3HIAA 4MNLA 2UWFA 2CIPA 4U2ZA 1JXKA 2XTKA 4TUFA 4UFLA 1TMQA 5C8BB 5FIPA 3WH7A 4D1IA 1NQ6A 2X8PA 1CYGA 2A3BA 2J62A 3HMCA 1KXHA 2EO7A 1V3LA 4IPNB 5BXRA 3BC9A 2BVDA 1E55A 3MUIA 3ARPA 4PMZA 2E3ZA 3AIBA 4A3HA 4W89A 4TTGA 1UWIA 2W67A 1TG7A 1JAEA 5EMYA 2ZOXA 3NDYA 3VD7A 3WBEA 2EPNA 3BAKA 4P7LA 4FK9A 3ARTA 2D20A 4AD4A 1E0VA 3POCA 4U33A 3AMDA 4IPLA 4S3KA 1E6XM 4HZ7A 3ZSSA 1E56A 1TVPA 5A8QA 1UKQA 1PJ9A 4BQ3A 4MJ4A 1UD3A 3VGEA 2J8GA 3VD9A 3LPPA 1LG1A 1LJYA 6CGTA 3L4YA 1Q6FA 4UR9A 4DUVA 4L4OA 3EMQA 1WDPA 3IJ9A 4UFIA 2D0GA 2V05A 1JZ3A 2G3IA 1H11A 4KRUA 3AHTA 2CPUA 1J0YA 1PAMA 1MXGA 3UG3A 2X8OA 2EXOA 1E6ZA 5EFFA 3S6TA 2DDXA 2GJPA 1MVYA 5CGTA 3GH7A 2WBKA 3AXHA 3WF1A 1FFRA 4HPGA 3U5UA 2WLZA 1ZJBA 3PZIA 4W7WA 4GZEA 3MV01 4AY1A 4D6GA 2FHFA 2UY5A 1F4HA 2D24A 2EPLX 3CTTA 4UQEA 3II1A 1R85A 5DT7A 1HJVA 3PTMA 1GJWA 3DC0A 1FHDA 1K9EA 1NWRA 5FKYA 2DSKA 1Q6EA 2QJ6A 3OGVA 2PBOA 1UR4A 3HN3A 4JL2A 1QHOA 2A3AA 2V3DA 3I3DA 4W88A 1CNVA 1X6NA 2OWWA 1JI1A 1PX4A 1OD8A 3VMNA 3UR7A 1IZJA 1MQRA 4P8XA 4WKAA 1HVXA 1UQZA 1W1YA 3GZAA 1F4AA 3AJ7A 1J0IA 3NSXA 3N12A 4EE9A 2WWCA 3FY1A 2XVGA 1H09A 2WVUA 1ZBWA 3QOKA 2XM1A 3AMCA 3VM5A 5IHRA 3L4XA 1AQHA 3M07A 4NZCA 3WEZA 3VNZA 1EHNA 2X09A 4M82A 2WXDM 2WMFA 4GQRA 4KMQA 2EPOA 2WYSA 2D22A 3WNNA 1VEMA 4CVUA 4JAWA 1QNOA 5E6YA 4AZHA 1J9YA 1JNEA 2DSWA 1C7TA 3WH6A 1WZKA 5JBEA 4B3LA 4NBZA 1TA3B 4Y7EA 3MUY1 1J0JA 2E4TA 4WIWA 2F2HA 4UOQA 4F79A 1VEPA 2JIEA 1H41A 1AVAA 3LPOA 4MADA 1SMAA 3AIVA 3CZLA 4XX6A 4H41A 4OJYA 1JDAA 3T2PA 1WKYA 4HOZA 2BMLA 3QHNA 4AD3A 4WKFA 3PZMA 3ZSTA 2V3EA 1CECA 4B3KA 1UH3A 8CGTA 4UQ9A 2J75A 4F9JA 1ECEA 2VT0A 4PMRA 2ZX5A 2BY3A 1B1YA 3VIKA 1JIBA 2ZUTA 1H2JA 3VD3A 3WNKA 2OYMA 4JHZA 2CITA 1J11A 1CGUA 3NSMA 4KRTA 3FNDA 3DECA 1BVNP 2CHNA 4X36A 2PC8A 1JZ4A 1JFXA 3AIWA 4N42A 1V0MA 4HMDA 5D8WA 3EDFA 5GPRA 1W3LA 1QI2A 4LGXA 2G41A 1E0WA 4WK9A 3ARQA 1L8NA 4GZJA 3ARXA 1M01A 1HNYA 3AS3A 1CTNA 4JIEA 1YQ2A 2D1ZA 4MB3A 4U3AA 1B31A 2IXVA 2WC4A 2BY0A 4V2XA 1KGWA 2O9PA 3BAXA 4D6HA 1BLIA 1XSIA 1GOIA 1ZJAA 3ZT7A 5A1AA 2ZX7A 4W8LA 4AZCA 5E6ZA 1UH4A 3WDRA 2ZXBA 1GQKA 4XV0A 3CMJA 1HJXA 4D1JA 4MDOA 2BXZA 5CZKA 2GUYA 2GFTA 3CO4A 3RMEA 2RGMA 5I0DA 1CXFA 4CD4A 2G4FA 3M46A 3W29A 1KQYA 3WSUA 1PZ2A 1TCMA 3WEMA 1E4NA 3GXIA 3BH4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AD1 A;  1UR9 A;  2ZE0 A;  2D3N A;  5A6M A;  3CUI A;  2BS9 A;  4UTF A;  1OB0 A;  4AYG A;  3CHC A;  4F8X A;  1ESW A;  1V02 A;  1ODU A;  4Z2H A;  2F8Q A;  1HKK A;  3M6D A;  3OIH A;  2OSY A;  3IJ7 A;  2VR5 A;  2WLY A;  4TOQ A;  4MB5 A;  3U57 A;  2W4X A;  4UQC A;  1UKP A;  4UCF A;  5BXS A;  2B31 A;  3ALG A;  3WNL A;  1J0Z A;  3RM9 A;  3UR8 A;  2CER A;  2J77 A;  3BGA A;  4HU0 A;  4MAZ A;  4KH2 A;  5I79 A;  3AHZ A;  5ABH A;  2FDM A;  1VFO A;  1OGS A;  3PZG A;  2D0F A;  1UD4 A;  2VVS A;  3AIR A;  4QP0 A;  1MW0 A;  1W9B M;  2D23 A;  1JFH A;  5ABE A;  1V3M A;  3SCN A;  1I1X A;  3ZMR A;  5DT5 A;  4J3U A;  1JG9 A;  2VI0 A;  1E73 M;  4LPC A;  1WP6 A;  2PB1 A;  4JKM A;  3L2L A;  1FP9 A;  1V6Y A;  1W3J A;  3AXI A;  2J79 A;  1NOU A;  4QLL A;  2ZUS A;  4W93 A;  2VX4 A;  1GON A;  4GO8 A;  4M8U A;  1HJQ A;  4CCE A;  1JF6 A;  3QHO A;  4E8D A;  3WNM A;  3KZS A;  1GOQ A;  4RE2 A;  3VIL A;  4Z2G A;  1K9D A;  1LLO A;  1UWQ A;  1W1V A;  1KR0 A;  1ISW A;  1W9V A;  5DEZ A;  3A4A A;  1JDC A;  1NP0 A;  5BRP A;  2WVV B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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