1OIN | Genus

Total Genus 177

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	177
sequence length	444
structure length	442
Chain Sequence	NVKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	BETA-GLUCOSIDASE A
publication title	Iminosugar Glycosidase Inhibitors: Structural and Thermodynamic Dissection of the Binding of Isofagomine and 1-Deoxynojirimycin to Beta-Glucosidases pubmed doi rcsb
source organism	Thermotoga maritima
total genus	177
structure length	442
sequence length	444
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2003-06-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1oinA00

1QNOA 2YL8A 4F9DA 2JF7A 3GXDA 2RGMA 5A95A 1HJQA 4PUDA 4UFHA 1UD2A 1A47A 1G5AA 1J0ZA 1Q6EA 3TTYA 5HPOA 2WMGA 1US3A 1GORA 2CETA 5A8MA 1KXTA 2JEPA 2OYLA 4AWEA 3WFLA 2ZUSA 2PWDA 3NUKA 4GZJA 1HL8A 2ZWYA 5BXSA 1JYXA 3VDBA 4AIUA 3NSNA 1HJXA 4AD4A 4IM4A 1TMQA 1O7AA 1E6PA 1TE1A 1LL6A 2VRJA 4HOZA 3WQ8A 5JBFA 3FY1A 2VNCA 1V3HA 4AZ5A 1SR0A 3WBEA 5CJ5A 5M03A 4AISA 3PHAA 1WPCA 1MXGA 1ZBCA 2EQDA 4UQEA 1E40A 3PZTA 1XD0A 5FKYA 1GCYA 2CKSA 2W61A 5CSUA 1UKQA 5DT7A 2GK1A 3L2MA 1BVZA 4JFUA 3VPLA 1NOUA 3VIOA 1X6LA 1KWKA 1WDPA 3O2LA 6CGTA 3SCOA 3K4AA 1B2YA 4Z2LA 1IZKA 1G1YA 2CBIA 5DEZA 3JUGA 3PZNA 1ZL1A 3VM7A 2YA0A 1FOBA 1B0IA 3ARSA 4M56A 1NWRA 3PZOA 3BXWA 4U5KA 2XSBA 5A8QA 1OINA 1JDCA 4Z2KA 5BROA 2X05A 4URIA 2UWFA 2WMIB 2YLLA 5EB8A 4BF7A 3CZGA 4BQ3A 3AMKA 3AIEA 4AEEA 4JCLA 2BVDA 1PX4A 3AHZA 4D6CA 1EGZA 3VVGA 3F5JA 1WCGA 1EIBA 5HDRA 3VTRA 1JFHA 2XVNA 3CZJA 4TOQA 4LYPA 4D6GA 1VAHA 5HNNA 3WNNA 3K8KA 1Q6DA 3WF2A 4AZBA 5M3WA 1P6WA 1E71M 4NRRA 2D0HA 1VEPA 2CHOA 1W3KA 4J3UA 1FA2A 3NCOA 1LF1A 5IXEA 4D6IA 1XH0A 3RDKA 2ZUMA 1MYRA 1UZ4A 2DGAA 5E0CA 3LPPA 1HJVA 1XH2A 2CXGA 1US2A 1VBRA 1E0WA 1TCMA 5JUVA 3BGAA 3N1AA 3QR3A 3WENA 4WSKA 3KL5A 1CGXA 2V38A 8CGTA 3NSMA 1Q6FA 3ZO9A 2WKLA 1E4NA 3WEZA 3AISA 1WB0A 1WDSA 2D3NA 1QHZA 5ABHA 4MJ4A 3T09A 3NDZA 3DHUA 1ZB5A 1C3FA 3WD4A 4UOJA 1QHOA 1V02A 2IXVA 3B9AA 3OA5A 3SIMA 3WMSA 1UD8A 2VUYA 1HT6A 2BVYA 5A8PA 2D0GA 1W2PA 5I24A 2XWDA 4J3VA 1EH9A 3BH4A 1XC6A 2YL9A 3WD1A 1DP0A 1K6AA 3EDFA 4DWSA 3SCUA 4QFUA 4OKDA 2G3JA 4H8UA 5I77A 1XSKA 1VEMA 2CYGA 1UKTA 3MV01 2VCBA 1XYZA 5IHRA 2J7HA 3GNOA 4MAZA 1FHLA 1HNYA 1FP8A 4QLLA 1UG6A 4LYQA 1DWFM 3UR8A 2Z1KA 1E6QM 1YQ2A 4H2CA 3EMQA 4MNMA 1WNOA 2FDMA 3T08A 3THCA 1CDGA 2ZUWA 5BWFA 3N17A 2O9OA 4CN1A 1PZ3A 3AHVA 4MDPA 4MADA 1QBAA 3AFBA 5AC4A 3VIFA 4ZE4A 3W4RA 1MW0A 4H7VA 2YKKA 2JE8A 3WEOA 3WD2A 3VKKA 1HL9A 2FHCA 1VFMA 1FP9A 4AYSA 2GUYA 2WWCA 3F5KA 3BMWA 1WDRA 5A94A 3A4WA 4A3HA 5A6MA 5CLTA 3WIJA 1HF6A 2E4TA 4GPNA 4NF7A 1V03A 5A3HA 3WMCA 1UR8A 1FH7A 1NOWA 5JIWA 3W25A 4U2YA 1LG2A 2WCAA 3CBWA 4ZENA 1B9ZA 1UA7A 1G0CA 3WY1A 4TTGA 1XD1A 3PZUA 3DECA 5FL1A 1XRVA 3VU2A 3RIKA 3IANA 3AXXA 1E0VA 1R86A 2E9BA 4BQ5A 1H09A 2VRQA 2GDVA 3BSGA 1LWJA 3BCFA 5JBDA 1PJ9A 1V3KA 2BY1A 2QF8A 3TTOA 4AD5A 4AXNA 1EO5A 4E4PA 3AICA 1B3XA 2WMHA 1H3GA 2E3ZA 3CUFA 2XYLA 1OD8A 5BYWA 4R27A 1LJYA 1HP5A 3WQ6A 2GDUA 2ZICA 1KGWA 4PMXA 3IJ9A 4ACZB 1DWHM 2GJXA 3AMLA 1VIWA 2WBKA 4CD7A 1BFNA 4P8VA 2D23A 2BXZA 2RGLA 2WM0A 5TD4A 1HJSA 5GNZA 3PZQA 4V27A 5D4YA 3M6DA 1WKYA 2UY2A 5FIPA 1RP9A 1HIZA 2XVLA 2ESCA 3WD3A 4HOWA 1OB0A 1B30A 2GSJA 1ITCA 2VZVA 3PTKA 1JYNA 1JGIA 2D1ZA 2ZUTA 2WANA 3GTNA 1KWGA 3OLGA 4UQBA 1Z32X 3OLIA 2F8QA 3VIJA 3BMVA 3W6LA 3DHPA 3EYPA 2VZTA 2BFGA 2DT0A 2QV4A 2W4XA 1CENA 3MSDA 4AW7A 1BYBA 3RPMA 3VO0A 4PTWA 2VJXA 3ALFA 2QMKA 1MFUA 1RPKA 4AD3A 4TX6A 4V2XA 1BQCA 2XWEA 2MANA 2WC7A 3IJ7A 2XGBA 3MU7A 1G01A 1JG9A 1HX0A 2YIHA 5EFFA 3CTTA 1HVQA 1UA3A 1GOKA 5AYIA 1GQLA 4UQDA 4KRUA 4JL2A 3FHAA 3UETA 3RILA 1KGUA 2JEQA 3CHDA 4B16A 2J8FA 2EBNA 1V3MA 1GHSA 2O92A 1JI1A 4ATDA 2ZE0A 2WMFA 5BXRA 4LXFA 1JNEA 4MB1A 1MQPA 1U2YA 3SCTA 1HJUA 4QLJA 1JDDA 5D9MA 5EFDA 2V5DA 4M1RA 4UNIA 4EK7A 2VZOA 4HA4A 1OGBA 1H2JA 3VGBA 1TZ7A 3BLPX 3KEHA 1R85A 4CCEA 3OBAA 1JZ2A 2VI0A 4DUWA 4Z2HA 1UD4A 4GIAA 3CIVA 2CBJA 3EDJA 2DPEA 3GDBA 2E8ZA 3WDQA 3AIWA 3FXYA 1M03A 1V3JA 3QGVA 1OWQA 1XYFA 3OGVA 4PMQA 4AC1X 2UY3A 1Q6GA 3AS0A 2EXOA 3SURA 4KGJA 3GNPA 1BG4A 1XSJA 3AOFA 4OOZA 4U31A 3ARRA 2YA1A 3EDEA 4IPNB 5C71A 4ML4A 4DM1A 5A6AA 1ODZA 2YJQA 2WB5A 3K8LA 1V0MA 2V3FA 4HU8A 2X2YA 4UTFA 7A3HA 2PWEA 1KB3A 2EPNA 2FGLA 2J79A 3CMJA 4X0VA 2E9MA 1HP4A 4D6DA 1B90A 3NJ3A 1H5VA 2XPKA 3W29A 6A3HA 2VC9A 1BGGA 2JIEA 3ZJKA 1UOKA 4W5ZA 4S3JA 4RE2A 4JAWA 4QCFA 5JBEA 1K9FA 5BRQA 1QI3A 2WVVA 3ZSSA 2OWWA 3TOPA 4W89A 1E4LA 1EDTA 2CCRA 4CCCA 2GFTA 3VNYA 2YL6A 3SCNA 1H41A 2CNCA 3BSHA 3S2CA 1EA9C 4JIEA 3G6LA 4XZWA 3VOCA 1O6IA 1ECEA 4XUYA 2J7FA 2WKGA 3RO8A 5I78A 1ODUA 5IHSA 3WQ4A 5CPTA 1QOXA 5EBAA 2V3EA 2DT1A 2O9RA 1JXKA 5A6LA 1VFUA 4IISA 1WZKA 5CPSA 3PZGA 3ALGA 4MJ2A 1GVIA 2XHYA 3N13A 4PMRA 2W67A 3OG2A 3AS2A 3DYOA 1JDAA 1EHNA 3AZRA 2J7BA 5GPRA 4TUFA 1TG7A 3SUTA 2FGZA 2IXUA 1VBUA 5E09A 2EPOA 3RCNA 3AHXA 4HMEA 3MS8A 2WLZA 1G94A 4U3AA 3VX0A 1H11A 1GQIA 4CU6A 2EJ1A 4PTXA 4CKQA 3CHCA 1VEOA 3PBGA 3L4TA 2J7GA 2ZX5A 1KR0A 4D72A 4WKHA 1V3LA 1OSEA 1QI5A 4UR9A 2ZXDA 5E9AA 2GK1B 4JFSA 4YN5A 4FMVA 3FAXA 1LWHA 3LMYA 3ZJ7A 3WL0A 4B3KA 2FHBA 1UWUA 1SMDA 4KH2A 3I3EA 1VFOA 3ZT7A 1K9EA 1JZ6A 2YDSA 2CBVA 1VFFA 4GO9A 2WLYA 3WF1A 4PSRA 2DEPA 1AMYA 1E43A 1VF8A 5CGTA 1VENA 1U30A 1BSIA 1DWJM 1BAGA 3WMBA 4D1JA 2V5CA 1ITXA 3WH8A 5FL0A 4JHZA 3L4UA 3MUZ1 2X0HA 4GQRA 4J3XA 5M17A 5A6KA 4TVUA 3GBEA 4ZFMA 4OZOA 2YOCA 3MV11 4Z2JA 5CQ1A 1UWRA 1KCKA 1W9UA 3A4AA 2NSXA 3VD9A 1QI0A 1CXLA 2NW0A 2WHKA 2PWHA 3VIHA 1I1WA 2QHAA 2WHMA 4PSPA 2XFFA 1HKJA 3WNMA 3VMNA 1W1VA 1ISVA 3K1DA 4AZIA 3AROA 2GJPA 2GJRA 1B3VA 4HZ7A 3ARTA 3GBDA 4AZGA 3SUWA 5A2BA 3HU7A 2YDRA 1NQ6A 3AHYA 4R5EA 5DT5A 2ZX9A 3D3AA 1CNVA 1EDQA 4XB3A 1C93A 2IUZA 2WC4A 2VZSA 4W86A 4N42A 3FAWA 8A3HA 1CIUA 4IUGA 1PX3A 4M24A 1KBKA 1GOWA 2W66A 4CN4A 3VILA 4XX6A 4J7RA 4LQ1A 5A8NA 2WZHA 3FHQA 2WZIA 4AIEA 1V0NA 1MW1A 2PB1A 4DWSC 1J0IA 1CZ1A 2XVKA 1LQ0A 2E0PA 1PIGA 1PZ2A 5D8ZA 4OIFA 4DWSB 3WQVA 1E55A 2DT2A 3VMOA 1UD6A 2PI6A 2WVTA 4CU8A 4B3LA 2FH6A 1QBBA 5A8OA 5HBFA 2AOSA 2WHJA 4UFMA 1J11A 1WO2A 2C7FA 2ZX8A 3T2OA 3KE0A 3AXHA 1CXHA 1VB9A 4HMCA 4PMUA 4HTYA 1KFWA 3ARZA 1G9HA 2J8GA 1QHPA 1GONA 1V6WA 3KL0A 3T0BA 2DSVA 3NYDA 1DWAM 1JZ8A 5CXPA 2X1IA 3WNLA 3ARVA 3LPGA 4AZHA 1EQCA 3BAYA 3APGA 5HOSA 2BXYA 2WYSA 1UWQA 3O6AA 3MUIA 3VINA 4AZCA 3VIKA 1J9YA 2BV9A 1ZS2A 3OGRA 4BQ2A 2XIIA 4HMDA 3J7HA 3ZT5A 1E3XA 4CD4A 2QPSA 4BCEA 4M80A 1ESWA 1KGXA 2ZX6A 2BNJA 2ZXAA 1W9DM 1JFXA 3WDJA 3OLDA 1R7AA 2G3MA 4P8UA 5CLWA 3W0KA 2J75A 1QVBA 1RH9A 3AYRA 4D6EA 3SCSA 3IK2A 4HA3A 1M04A 1E4MM 2E8YA 3L4XA 1W32A 1JD9A 1XHGA 4Q7NA 1H1NA 1WE5A 3TTSA 7TAAA 5ABFA 4JFTA 4JKKA 1N82A 2FHFA 1E6NA 4IPLA 3SUUA 3WUFA 5A2AA 2VL4A 3CZEA 4GI8A 3A47A 1LLOA 1J0JA 1OT2A 1MFVA 1C8XA 2GJXB 1C90A 4FLOA 3U7VA 2PWFA 1E15A 2B31A 2AMGA 4MB4A 2D2OA 4E2OA 3OZPA 3G6MA 2WNWA 3AZSA 4ATWA 1BYDA 2WAGA 2F2HA 4PMVA 1GHRA 1NH6A 4P7QA 2GVYA 3RMEA 2QPUA 4KRTA 4HOXA 3OGSA 1V6YA 3A4XA 1BVNP 4UFIA 1E1FA 4HPHA 3MUAA 1AQ0A 1BPLB 3WUEA 3AHTA 3HN3A 3SCPA 1CBGA 1JD7A 1C8QA 1E6XM 5I23A 2WXDM 4CGTA 3N12A 1V6VA 1E5NA 4BS0A 3ZIZA 4PMYA 2A3HA 2BY2A 1V02E 1CGYA 1GJWA 5D9OA 4ZXOA 1UR9A 3IJ8A 1Q4NX 3M07A 4P7RA 1OCQA 1UZ1A 3EMZA 3I3DA 1KCLA 2O9PA 3AQUA 1KQZA 3CHFA 3WFZA 4MB5A 4UFKA 2X8RA 3VGGA 3ZJ8A 1XGZA 2G8ZA 4AD0A 1NARA 1GQKA 3THDA 3W24A 1DEDA 1R7OA 2ZUVA 1ISYA 3WD0A 1CPUA 2PBOA 3T2QA 3D5HA 1XV8A 3DC0A 4W8AA 2G3IA 2PBGA 1L8NA 4YPJA 2WBGA 2WCGA 3FN9A 3NIYA 2WCSA 1A3HA 1X6NA 4CD5A 5IFTA 1AQMA 4PMZA 1CGTA 1PEZA 2VX6A 1OBAA 2X09A 4U3CA 4FLRA 1V0KA 3BAIA 2WW5A 5DMYA 4CD8A 4MTVA 1OM0A 5BRPA 5LA0A 2OSYA 5E70A 1NWSA 2CEQA 3WNPA 2YBUA 3ARWA 5LA2A 5ABEA 3CUIA 2D24A 1X1NA 1HVXA 1IZJA 1SYTA 1V6UA 2AAAA 2J7CA 4NI3A 4W7WA 4M29A 1KXVA 4W85A 4RE4A 4K68A 1E73M 2BHZA 1NM9A 1UR2A 1UR4A 2O9TA 1BYAA 3AIQA 1WDQA 1PIFA 1JIBA 1UKOA 3CGTA 1VJSA 2VCCA 4UOZA 2DH2A 3GM8A 5GQBA 1B3WA 1UH3A 1J01A 3O9NA 4WLCA 4MDOA 4YHGA 1JNDA 4D1IA 2OSXA 3WUBA 3ZR5A 1J18A 2WZEA 2DDXA 1TA3A 1GOMA 4PRWA 2E9LA 3AMCA 3SCVA 1V0LA 4AZ6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3L4V A;  1OIF A;  4ZXL A;  1PBG A;  2VCA A;  2EO7 A;  3WDP P;  2VOT A;  2W62 A;  4D6F A;  1QI2 A;  3AYS A;  3MMU A;  1CWY A;  4WK9 A;  1AVA A;  1XSI A;  3L2L A;  5ABG A;  3A6O A;  3F4V A;  1NWU A;  3PZM A;  3K46 A;  2D0F A;  3W28 A;  1CGW A;  3AMG A;  1L0P A;  3E1F 1;  3VIM A;  2VX5 A;  1EXP A;  3WF0 A;  1HKM A;  2VO5 A;  2NT0 A;  3VIG A;  5A1A A;  1E1E A;  5AC5 A;  1OD0 A;  1C7S A;  1CEO A;  1E3Z A;  1S46 A;  3RM4 A;  4CVW A;  3AI0 A;  4HP5 A;  5FOO A;  1D7F A;  1OIM A;  3TTQ A;  2ZID A;  1HJW A;  1V6X A;  2HVM A;  2W92 A;  3II1 A;  4AD2 A;  2XIB A;  3ZT6 A;  1QW9 A;  3N9K A;  4CN6 A;  1JYV A;  3AIR A;  4TX8 A;  1J10 A;  3VGD A;  2J47 A;  2VZU A;  3F5L A;  4H41 A;  1UKS A;  3MUY 1;  3U57 A;  2ZUU A;  3TP4 A;  2XVP A;  2DQX A;  1H0I A;  3T0A A;  3SCQ A;  4JZ5 A;  1JYW A;  2VRK A;  3LPF A;  4W87 A;  1C8Y A;  4HPG A;  4QCE A;  3T2P A;  4KWU A;  2UY4 A;  2VTF A;  2YDQ A;  3AIB A;  3AMD A;  3DYP A;  2CPU A;  4AY1 A;  1BYC A;  1W3L A;  3S6T A;  2VMF A;  3SCW A;  4GKL A;  1ISW A;  4ATL A;  3QHM A;  1CXE A;  2HIS A;  1BGA A;  4GI9 A;  3ZJ6 A;  4PMO A;  1DWG M;  2JAL A;  3WH5 A;  2G4F A;  3A3H A;  5BXP A;  3IAQ A;  1EO7 A;  4L4O A;  4FK9 A;  4C7F A;  2VT0 A;  1MVY A;  4AMC A;  2J7D A;  3AJ7 A;  3GYC A;  4H8H A;  4JHO A;  1E56 A;  1ZJA A;  2Q8X A;  6TAA A;  4MAV A;  1CGU A;  2EPK X;  3T0D A;  4UOQ A;  4X0N A;  5E0F A;  1B3Z A;  2J4G A;  3WNO A;  1ISX A;  2TAA A;  1HKK A;  3TON A;  1M01 A;  4J28 A;  1OGS A;  1W3J A;  3FW6 A;  4W8B A;  3CLW A;  1CEC A;  4X9Y A;  3TA9 A;  1H0G A;  3K8M A;  1MW2 A;  3UES A;  2ZX7 A;  3VDC A;  2XM2 A;  2Y8K A;  3CPU A;  5AY7 A;  2DH3 A;  2A3E A;  2WMK A;  3WH6 A;  5DO8 A;  3BAX A;  3PZV A;  3GNR A;  2WSK A;  1LG1 A;  2DSU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1OINA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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