The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
107
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structure length |
107
|
Chain Sequence |
QLTPRRPYLLRAFYEWLLDNQLTPHLVVDVTLPGVQVPMEYARDGQIVLNIAPRAVGNLELANDEVRFNARFGGIPRQVSVPLAAVLAIYARENGAGTMFEPEAAYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B
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| publication title |
Structural basis of degradation signal recognition by SspB, a specificity-enhancing factor for the ClpXP proteolytic machine
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
24
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| structure length |
107
|
| sequence length |
107
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-04-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZSZ C; 1OX8 A; 1TWB A; 1OU9 A; 2NYS A; 1YFN A; 2QAZ A; 2QAS A; 1OU8 A; 1ZSZ A; 1OX9 A; 1OUL A; 1ZSZ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YCY A; 1CKA A; 1C1A A; 3MEV A; 1IHV A; 5D7U A; 3S3N A; 4DBR A; 4M77 F; 4WTO B; 4HXJ A; 4P5N A; 3PIO A; 4C0Z A; 2FG0 A; 2X51 A; 1GBR A; 3ER0 A; 4C92 A; 2OTJ Q; 2DRM A; 4PJO A; 4E7Z A; 2D0N A; 1VQP T; 3PVQ A; 4LXC A; 4F7U E; 5GMK j; 2KEA A; 3I55 A; 4M7D D; 4XTZ A; 4M7D E; 1SHF A; 1MUZ A; 3MP8 A; 2XU8 A; 3P8D A; 3PIP A; 1UHC A; 1M3C A; 2BKD N; 5FU6 B; 1S72 Q; 4J5Y A; 1PKT A; 2DER A; 1MNE A; 1DJ7 B; 5GAM d; 1WQ7 A; 1NBE B; 2PNI A; 2RQV A; 2BZX A; 1TUC A; 2KYM A; 1Q86 C; 1RLQ C; 4N0A A; 4Q5W A; 1VQN Q; 4OMM A; 5KYU A; 2HEQ A; 4JUV A; 2KBT A; 2E4H A; 2X4J A; 3TEE A; 2J6O A; 2EAY A; 2CP5 A; 4IIM A; 1BIB A; 4CC3 A; 2HL3 A; 1W70 A; 2DF6 A; 3QWX X; 3CC2 Q; 3G7Z A; 3CC4 A; 1I5L A; 3SHW A; 3QZ9 B; 5HY6 A; 1VQK A; 2RQT A; 1JO8 A; 5I22 A; 2H3E B; 4PK4 A; 2F5K A; 3QYH B; 3PMT A; 2OAU A; 4HT8 A; 1CSK A; 2RQU A; 3EGX A; 4E7J A; 2QQS A; 4LE9 A; 3CPF A; 1YIJ A; 2VWF A; 3AT1 B; 1UTI A; 2MOX A; 3QJY A; 2AHJ B; 3M58 A; 2L8D A; 1D1C A; 1KJW A; 3S6W A; 5GAN g; 1N9R A; 1VQM A; 2EKO A; 3CBM A; 1UE9 A; 1ACM B; 3EGX B; 2RJC A; 1HK9 A; 5ECA A; 2BE9 B; 2PVO B; 3MPU B; 1G3S A; 3EG2 A; 2A3L A; 1AT1 B; 3QXE B; 1MV3 A; 4KBM B; 3I55 Q; 2CT3 A; 3DB3 A; 4IIO A; 3M55 A; 2JJ9 A; 2KDS A; 1PKS A; 2J05 A; 1YIT A; 2CDT A; 4HA8 A; 3SWN C; 4C5E A; 1AHJ B; 3JCM h; 5FLX E; 2XG8 D; 6AT1 B; 1WHG A; 2XDB A; 4M77 A; 3PVL A; 1UFF A; 2R57 A; 1Q7Y R; 4AFS C; 3QHS A; 3OMG A; 5GMK e; 2OX7 A; 1K73 R; 1SHG A; 4A4H A; 2A36 A; 3QYG B; 1T0H A; 3KFV A; 1QP3 A; 2MI6 A; 1I4K 1; 1Q95 G; 4GY5 A; 4AG2 C; 1M3A A; 4M77 B; 2FB7 A; 4QVC A; 1D3B A; 2FZK B; 3CCU A; 3GIB A; 1E6H A; 5CIU A; 4HT9 A; 1WNL A; 3EH2 A; 1KD1 C; 2IVW A; 5I2S A; 2RK2 A; 5EG2 A; 3X25 B; 4XK8 E; 1AOJ A; 4V2S A; 3NPF A; 2C0O A; 1PG5 B; 5LJ5 f; 4KGZ B; 4M7A E; 3L2Z A; 1KQS S; 3NTI A; 2DTO A; 4C5I A; 4RTT A; 4RUG A; 1R0B G; 1K8A C; 1D3B B; 5GAO r; 5CVI A; 1TG0 A; 3QZ5 B; 2ZCF B; 1YIJ Q; 4M7D F; 1H64 1; 2EJF A; 4ORZ A; 3EG9 A; 2CH4 W; 4A4K A; 1PRM C; 1HD3 A; 3R6N A; 5LJ3 f; 3OYE A; 3J7A F; 2GTO A; 2RHZ A; 5I11 A; 2VUB A; 3P8H A; 3UWN A; 1BIA A; 2XK0 A; 1VQO T; 4M78 A; 1AWX A; 2X4W A; 1NEG A; 1XQH A; 2KQW A; 4QVD A; 2CP0 A; 5D6X A; 1TTH B; 1QVF S; 1G3W A; 2LX9 A; 1VQ4 T; 1C0M A; 1K1Z A; 1WA7 A; 4FSS A; 8ATC B; 5M9O A; 1V29 B; 1QVF A; 4XQ3 A; 1RAD B; 2E70 A; 3RUX A; 1JJ2 P; 1OU9 A; 5KYY A; 2DA9 A; 2I0N A; 4JLI A; 4OMO A; 4E47 A; 4C0D C; 5GMK h; 3VS5 A; 2KXC A; 3JB9 D; 4OMP A; 2EQI A; 3HFO A; 1Y57 A; 1IO6 A; 3RBB B; 1K0X A; 3CPW A; 3L2R A; 2DMO A; 3OY9 A; 5HK3 A; 1EX4 A; 2CZ7 B; 5KYY B; 3P8B B; 3MET A; 3EGD B; 2AZV A; 1Q86 R; 4ESR A; 3J80 E; 1WHK A; 3CCU Q; 3FB9 A; 1JXO A; 3CCM A; 1SPK A; 1ZSZ C; 2L2P A; 2QQB A; 2K3Y A; 2P0Q A; 2HQH A; 3OS1 A; 2LQK A; 4BUG A; 8AT1 B; 4FYW B; 3LWH A; 2E3I A; 1PCX A; 2LDM A; 4BY6 C; 2PVD B; 4IUT A; 1YHQ T; 2J6K A; 5CKB A; 2KT1 A; 1VIE A; 2WSC E; 3N5B B; 2BZ8 A; 3G4S T; 2KGT A; 2FZC B; 2RF0 A; 3A8O B; 1N8R U; 1K9M C; 4FYV B; 3OYN A; 4PKC C; 2DAQ A; 4MZT A; 2O4X B; 2EGA A; 4M7A F; 4E7I A; 1WJQ A; 2E41 A; 5A0G A; 1XOV A; 1RAI B; 2DEQ A; 1VQ9 T; 1WHL A; 2ED1 A; 3TSZ A; 4CC2 A; 3M0U A; 2M1H A; 1AD5 A; 3FC3 A; 1GFD A; 4PJJ A; 5GMK l; 3A8M B; 3FIF A; 3JCM W; 1M1K R; 1QVG P; 1PRL C; 2HSP A; 2CZ0 B; 4RTW A; 2KT8 A; 1IGQ A; 3CCQ T; 3URG A; 2E64 A; 5FU6 C; 1BBZ A; 4LDV A; 3WXM B; 1VQ7 A; 3OBY A; 2MPX C; 1SG5 A; 2D0Q B; 4XTX A; 3VYG A; 4KH0 B; 5CKD A; 1PSF A; 4J9H A; 4LD6 A; 5FRN A; 2L3P A; 1MMG A; 5GAN 3; 1U3O A; 5CK9 A; 3TCJ A; 4NL2 A; 4M7D B; 1QVF P; 2LQ8 A; 3M53 A; 1AWO A; 2QQ9 A; 2RH2 A; 5GAN f; 1WI7 A; 1KC8 U; 2AIR B; 1BK2 A; 4MZM A; 3JCM g; 3CPW P; 3CME Q; 2RQR A; 2RPN A; 1KD1 R; 4PLI A; 1PWT A; 1B07 A; 2BE7 D; 3CCE T; 2RN8 A; 1XJW B; 3TQ7 P; 1GFC A; 3C0C A; 3OS5 A; 3WVE B; 2DL4 A; 3HRT A; 3MEU A; 5CKE A; 2RI2 A; 4O6J A; 3CMA Q; 1UGV A; 2K79 A; 3E19 A; 3T9N A; 2HMA A; 3J81 E; 4OB0 B; 2D8J A; 2E6Z A; 5IXB A; 1WLP B; 3VS1 A; 4IUP A; 2X3X D; 1WXB A; 3L42 A; 1M90 C; 2KMT A; 1E6G A; 1X2K A; 3V8L A; 4PFZ A; 1VQL T; 1VYT A; 5KCH A; 4RMO A; 2BTT A; 2V8I A; 2AKK A; 5CQY A; 3JB9 F; 3I5R A; 3CD6 A; 4J9D A; 5CKF A; 1MGQ A; 4A4G A; 2Y90 A; 2DO3 A; 3QSU A; 3UF4 A; 3V7C A; 2I2L A; 2KRO A; 4DBF A; 5KE2 A; 2QEX Q; 3GPL A; 3OYB A; 2HNI A; 3HP9 A; 2ESW A; 1BI2 A; 1KQ1 A; 1R77 A; 2HBW A; 4MDW A; 2CUD A; 4D6W A; 1RUW A; 5GAO n; 3GNF B; 1VQ7 Q; 2DIG A; 3EG3 A; 2LCL A; 4C0F A; 1AWJ A; 1AZG B; 2KRM A; 4C8Q D; 4RCC A; 4C8Q E; 2K3X A; 3VS6 A; 4FT2 A; 3HSB A; 1WDX A; 4HKE A; 2EPD A; 4M77 C; 1S72 T; 3TU4 K; 4J7F A; 4C0G A; 2COY A; 2MK5 A; 2V26 A; 3JCM J; 5CKH A; 3RDV A; 2LQW A; 2DXC A; 2RA2 A; 2DTH A; 2M16 A; 1QLY A; 3FLG A; 3UAT A; 2OTJ A; 5A2Q E; 1VQ6 T; 2YUP A; 3H0H A; 3RKY A; 1U06 A; 2FHD A; 4ZTJ A; 1KHC A; 1TOV A; 2ZPF B; 1LJO A; 1M5Q 1; 2EFI A; 3GNG A; 1HXD A; 2EGC A; 2W10 A; 2P4R A; 5CR2 A; 2E10 A; 2FPD A; 1QWE A; 2JTF A; 2HAX A; 5LJ3 g; 2MWO A; 5EC7 A; 3LH0 A; 1UUE A; 4HVW A; 2LT4 A; 3LH5 A; 2DJQ A; 4C0D B; 1YWO A; 1VQ8 Q; 2QXF A; 2DPP B; 1K9M R; 2GQV A; 2KXD A; 1FYN A; 1ZA1 B; 2L5Q A; 4OGE A; 1VQN A; 3CD6 Q; 1BCM A; 4YTL A; 1MMA A; 2XID A; 4Z8A A; 2XD0 A; 1H8K A; 1IRX A; 1UEC A; 1D0Z A; 4OVA A; 4NL3 A; 1WX6 A; 1ZA2 B; 4F7U G; 3CC2 A; 3OW2 P; 4M75 D; 3EH1 A; 4M75 E; 3QG1 A; 1W2B S; 2EVR A; 3CC7 T; 3FDR A; 4JS4 A; 3TRE A; 4F04 B; 5FRO A; 2QQA A; 4K11 A; 3RES A; 1N27 A; 1D1A A; 3SEM A; 3PNW C; 3MO8 A; 2CP6 A; 4JRP A; 5IHN A; 1W2B A; 1TWB A; 4NOY A; 1PD1 A; 3FJ5 A; 4CI0 C; 1YNZ A; 2XIC A; 3JSC A; 2LQN A; 1BI1 A; 1PC0 A; 2YLB A; 1Q81 C; 1WHJ A; 2EGE A; 2JN0 A; 3JCM V; 2XI9 A; 3DLL A; 3C4S A; 4JRK A; 4WF2 A; 4PNO A; 1TXQ A; 5IXF A; 3TSW A; 2LTO A; 4DOV A; 2KNB B; 2E6N A; 3UA7 A; 2O01 E; 3HHT B; 2ZPE B; 2KR3 A; 3PFS A; 3SD4 A; 2MF2 A; 1Y7X A; 4J6Y A; 2RHU A; 1KK7 A; 4FSX A; 3QII A; 2YT6 A; 3I5S A; 2DE0 X; 3THK A; 1OX8 A; 1SEM A; 2DIL A; 1ZBX A; 2LZ6 B; 2HQX A; 2DM1 A; 2F2W A; 3M0Q A; 3DLM A; 1K73 U; 3CCV T; 3CC4 T; 1K0S A; 2QQR A; 1VQK T; 2R58 A; 5KE3 A; 4FYX B; 2YRV A; 4UC4 A; 3LGF A; 2EQU A; 2OAW A; 5GAN 8; 3L2Q A; 2HQE A; 4PJN A; 1V1C A; 2K7A A; 2COW A; 5LJ5 j; 1M90 R; 1RI0 A; 1RAF B; 1YIJ T; 2A28 A; 2V1Q A; 2DZ9 A; 2QI2 A; 3RMQ A; 4C8Q F; 4HVV A; 4LUD A; 4X9C A; 1I1J A; 1KSW A; 3QDR B; 5I2M A; 1W6X A; 1VQM T; 2DK3 A; 4RTZ A; 1VOM A; 2LJ3 A; 4X1V A; 1BKB A; 3NFC A; 3JCM f; 2DL8 A; 2DRK A; 2BUD A; 4JJN K; 2DD4 A; 2C0T A; 3NTH A; 5KYW B; 1W4S A; 2LT1 A; 4M7D C; 3CCR A; 1GCQ A; 5GMK i; 4IUU A; 1BU1 A; 2A0F B; 3HL8 A; 4ZGJ B; 1YIT T; 1RL2 A; 2VAS A; 2YRD A; 1S1N A; 2LNH B; 4ZNX A; 1D0X A; 1T0J A; 2D1X A; 3E2U A; 3QJ6 A; 1PNJ A; 2JUF A; 1W2B P; 3OYM A; 3RMS A; 1QQJ A; 2OTL A; 2DXU A; 4CC7 A; 1VUB A; 3OYG A; 4OB3 B; 1I81 A; 4M7A G; 5GAN 5; 5GAM g; 3M57 A; 2IIM A; 3CCU T; 3OB9 A; 3CCJ Q; 2CRE A; 2LP5 A; 1I5O B; 4HCK A; 4KGX B; 4J6W A; 4J6X A; 4M75 F; 2V8J A; 2XDP A; 3DKM A; 2EYX A; 1OZ3 A; 2QTV A; 1Q86 U; 3OYK A; 3X28 B; 5CAI A; 1P92 A; 3A8G B; 2VGN A; 2E5Q A; 1RI9 A; 2GTJ A; 3V8J A; 1ABQ A; 1RAC B; 3QO3 A; 1IGU A; 1RAE B; 2PVG B; 2EYQ A; 2ZPB B; 3M0T A; 5GAO l; 2FO0 A; 3GP8 A; 3HRS A; 2PUO B; 1HYO A; 5LJ5 e; 2RMO A; 4RKU E; 3OYF A; 1TSF A; 2QAZ A; 3OS2 A; 1V76 A; 1VQP Q; 1FXX A; 5KYN A; 5IN1 A; 4IKF A; 3FRN A; 1NJI R; 4M7A D; 3ULR B; 2O88 A; 3BDL A; 1MHN A; 1NE8 A; 4OP0 A; 1JEG A; 3JB9 G; 4BE2 A; 2JTM A; 4ME7 A; 5LJ3 e; 4F7U F; 4L5G A; 1YCS B; 5IHK A; 3CCR Q; 1KQS A; 1NM7 A; 2L3Q A; 4A54 A; 5A0D A; 1Q81 R; 2B86 A; 3BE3 A; 5KH6 A; 4LDU A; 4JS5 A; 1M1K U; 3H41 A; 2VC8 A; 1UGQ B; 1ZUK A; 2LMJ A; 2NUT B; 1NG2 A; 1OU8 A; 3PTA A; 4XU2 A; 5DY9 A; 3E9G A; 4C8Q B; 2R5M A; 3MP6 A; 2OTL Q; 1FMK A; 3MEA A; 3VRZ A; 4N4H A; 1WGS A; 2KAF A; 3JV3 A; 5DLO A; 2AKL A; 3INZ A; 4FL6 A; 1FMV A; 1JU5 C; 1VYU A; 4OB1 B; 3CCM T; 1LOJ A; 4J9I A; 3PT9 A; 5GAN j; 4VUB A; 2K2M A; 3EGD A; 4Z88 A; 2DFU A; 1WHM A; 1YJN A; 1MV0 B; 4KUI A; 2VV5 A; 2XKO C; 2LCC A; 1YI2 T; 3VS0 A; 2JMA A; 1G3T A; 2DZC A; 1AWW A; 2EQM A; 4DBQ A; 3EFR A; 4QT7 A; 5D6Y A; 1UGR B; 4E7H A; 4AMC A; 3CCL A; 3CME A; 5FWB A; 3X20 B; 3S3O A; 1SSH A; 4KT0 E; 1M2V B; 1D1B A; 1VQ5 A; 2O4X A; 1X2Q A; 4ZGE B; 3C94 A; 4E7S A; 3L2V A; 4RG8 A; 3ZBD A; 2CZ1 B; 1WQW A; 1SKU B; 2ZPH B; 4ZN3 A; 1KHI A; 3CXC S; 2JTE A; 4C92 E; 1YWP A; 4PJO D; 1QW1 A; 2F69 A; 1B7T A; 4PJO E; 3CMA A; 1M4Z A; 4XU1 A; 4M75 B; 3I9Q A; 2OI3 A; 1KC8 C; 4KUL A; 1BYM A; 1QVP A; 4FT4 A; 2RJF A; 4EDU A; 1FWZ A; 2JMC A; 1VQ7 T; 1FMW A; 1M2O A; 2EYZ A; 1NZ9 A; 2HD0 A; 2DTI A; 2QA4 A; 1KQS P; 3VUB A; 2QDY B; 3HRU A; 4Z89 A; 2HKQ B; 2QEX A; 3VS2 A; 1IB8 A; 2QAS A; 3JCM c; 1YN8 A; 3A8H B; 4F7U A; 3G6E A; 3HFN A; 1WFW A; 4M7D A; 2XDD A; 2NUZ A; 1QP2 A; 2Z0W A; 3OMC A; 4LNP A; 1YJN Q; 2CZ6 B; 2VYT A; 1IHW A; 1U5S A; 4J9C A; 3CCS A; 2WAC A; 1UGS B; 4IUQ A; 2A37 A; 4OMQ A; 1QCN A; 2KY9 A; 2WSF E; 3QBY A; 4F7U B; 3G71 A; 2KSS A; 2YUQ A; 5GAO q; 2YXY A; 3A5Z B; 1I8F A; 5GAN e; 2MYS A; 2GF7 A; 4FM4 B; 3M0P A; 3VJP A; 4II1 A; 4E7K A; 3NMZ C; 4HCZ A; 3X24 B; 2QGF B; 4JPB W; 5CCA A; 5HCK A; 4JJD A; 3CCL Q; 2QYZ A; 3OSV A; 4JRI A; 3CD6 T; 1VQ4 Q; 4J9E A; 1VQ5 Q; 2ZPI B; 4PLL A; 4XTV A; 5LL6 S; 3GLX A; 1B34 A; 2CP2 A; 2ZAE A; 3HPW A; 3OYC A; 2GQI A; 2VXF A; 5GAM f; 2GCX A; 4FW1 A; 2B8A A; 3HKS A; 3CCQ A; 1K8A R; 2G6F X; 4OMF B; 1QCF A; 4C8Q G; 4EPC A; 2XHC A; 1VQ8 A; 2EKH A; 4IUV A; 5FWC A; 4BB7 A; 1Q82 C; 2RD1 A; 2KE9 A; 1PSE A; 1UB4 A; 1MND A; 1B34 B; 1YJ9 T; 3H0I A; 5FU7 B; 1VIF A; 1GCQ C; 2JXB A; 1H3H A; 2X4Y A; 2F2X A; 4LN2 A; 4M77 E; 5IHI A; 2P0P A; 3MCA B; 4E6R A; 5LJ5 d; 1LVK A; 2QA4 Q; 2YRC A; 3LWI A; 2HSE B; 2BZY A; 1ZSG A; 4KRT A; 3EHQ A; 1PD0 A; 1X75 C; 1I07 A; 2GFA A; 2CT4 A; 3G6E Q; 2K9G A; 1CKB A; 4NS5 A; 3QPH A; 4GBQ A; 2OTJ T; 5GAN 7; 5LJ3 d; 1YHQ Q; 3L2W A; 1OX9 A; 1K9A A; 3A98 A; 3MJX A; 4TVR A; 1YJW A; 2IG0 A; 1FX7 A; 1AVZ C; 2ROT A; 2YUO A; 3CCS Q; 1OZ2 A; 2JW4 A; 3G71 Q; 2YHT A; 4KUD K; 1YBY A; 2JVV A; 4EIK A; 4HCB A; 3FJP A; 2M9U A; 1YFN A; 4C92 F; 3JRZ A; 3TVT A; 4PJO F; 1NLP C; 5HK0 A; 3ASK A; 2RQW A; 1OEB A; 2CP3 A; 3RKX A; 3EFS A; 1VQ9 Q; 3KUF A; 2HBP A; 4M75 G; 1VQN T; 1M8M A; 2EW3 A; 1WYX A; 5GJV B; 1Y96 B; 3LLR A; 4M78 D; 4M7A A; 4M78 E; 2NUP B; 5HKC A; 4OB2 B; 4FCY A; 3CQT A; 2LX7 A; 1BCO A; 1EZZ B; 1WHH A; 4BI4 A; 5L23 A; 3CC2 T; 3CCQ Q; 1M90 U; 2DLP A; 3OBW A; 4BE0 A; 2LC4 A; 4RG2 A; 3Q1J A; 2QGG A; 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