1OYA | Genus

Total Genus 147

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	147
sequence length	399
structure length	399
Chain Sequence	SFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRALHPGNIPNRDWAVEYYTQRAQRPGTMIITEGAFISPQAGGYDNAPGVWSEEQMVEWTKIFNAIHEKKSFVWVQLWVLGWAAFPDNLARDGLRYDSASDNVFMDAEQEAKAKKANNPQHSLTKDEIKQYIKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNTRTDEYGGSIENRARFTLEVVDALVEAIGHEKVGLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVAGELEKRAKAGKRLAFVHLVEPRVTNPFLTEGEGEYEGGSNDFVYSIWKGPVIRAGNFALHPEVVREEVKDKRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYQMSAHGYIDYPTYEEALKLGWDKK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase (flavoprotein)
molecule keywords	OLD YELLOW ENZYME
publication title	Old yellow enzyme at 2 A resolution: overall structure, ligand binding, and comparison with related flavoproteins. pubmed doi rcsb
source organism	Saccharomyces pastorianus
total genus	147
structure length	399
sequence length	399
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	1994-08-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1oyaA00

5D33A 4XTDA 4FIRA 3UNDA 2H6RA 3WK3A 1W5PA 3W9ZA 4GUJA 1UCWA 4O8RA 2JGQA 4N6FA 3S0CA 1F74A 1HG3A 4O17A 3R8RA 4UFMA 5CPOA 2TSYA 5FF0A 1HL2A 3S1UA 2WV8A 1RPXA 2AQWA 4XBSA 3TJLA 2A85A 2OT1A 4JTTA 4EF8A 2DZUA 3LCHA 1QDSA 1GOXA 3LHWA 4O16A 5TBOA 5HJLA 2BX7A 3NZ1A 3GKAA 2C0AA 3RK8A 3LBMA 5D30A 4HSOA 3PBUA 1FBAA 1TB3A 3LXAA 4OU1A 4AWSA 3C4UA 1RD5A 4CCEA 3UZ5A 2GPTA 2Q3RA 4LS2A 2Y88A 3PG9A 1TJRA 2YFNA 3UY8A 1R47A 3B05A 2FDSA 2H8XA 1T96A 5D09A 3FOKA 4EWND 1WQ5A 3DGRA 2DU2A 1PCKA 1H7OA 3GLCA 2I9EA 4MVAA 1W5NA 3N3MA 3W71A 3W2LA 3E96A 3M5YA 4KFOA 3GDRA 4IXXA 3CWNA 8TIMA 1WX0A 1NEYA 4WXYA 5KTLA 3NQGA 1W37A 2YPIA 3MUXA 1LRNA 2QCFA 3QW3A 5HQEA 3L5LA 3QQ0A 4BI7A 1JCJA 2Z2UA 1X7FA 4TR9A 1UB3A 1TMHA 1LLZA 5LGZA 3DAQA 3IVSA 3W2KA 2A6NA 1K7EA 1T0OA 3L65A 3OVRA 1ME8A 5DXYA 2ZTKA 3W7LA 2PC4A 4UXDA 3GNNA 5KZMA 1FWTA 2VFGA 4LS0A 4LRTA 3NQEA 2B7QA 4B5NA 4JY8A 2VKZG 3HOJA 3OIXA 3KVMA 5AHEA 1XXXA 2E5DA 2FLIA 3MJYA 3CPRA 3A21A 4OT7A 1SSDA 1F73A 1ZY9A 2QUVA 4CQ9A 2CZ5A 3O05A 1D3HA 3DI0A 3W1AA 3R12A 1VCFA 1TPC1 1P0KA 3FA5A 1UUMA 4H3DA 1BKSA 3PY2A 2OMAA 4ZZ9A 3P7YA 1KM6A 3GXNA 1K8YA 4K8EA 2TRSA 2DP3A 4R7JA 2NLIA 5CGQA 3LDVA 4DF2A 3LHYA 4GNJA 1OHLA 1Q6QA 1TTIA 2FPTA 3FYOA 2H8ZA 1QPOA 1ML1A 3UWYA 2WSQA 3TFCA 5LNUA 3UZJA 4DPQA 1DJQA 5CZTA 1PVNA 1ADOA 3NAVA 3TNOA 4ZQRA 1W8SA 3LCGA 3UPBA 1W31A 2W0UA 4LC8A 1VZWA 3KHJA 3DH7A 5LZLA 5DBTA 5LHEA 4QSHA 3CTLA 1H7PA 3ANYA 3G3DA 1EWEA 2NXHA 3CM4A 1SO6A 3TR2A 1P1XA 3HBLA 1YYAA 4O18A 1W3TA 3EWXA 4LV9A 5AN7A 2G97A 4JX5A 1QPNA 3SSJA 5U4NA 3MP3A 2I1OA 3W2UA 3TROA 5HUOA 3S1VA 3TXZA 5AHFA 1XUUA 2ALDA 2BSLA 3L5AA 1LBLA 1LRTA 1OFAA 4R34A 2JKPA 1GTHA 2VFHA 3QJAA 1G7UA 2CZEA 1I2NA 4DO4A 3EKZA 4WY0F 3P62A 4DBEA 2JGYA 3TKFA 1TRIA 3QH2A 3ABOA 1W54A 2J9ZA 2X1UA 4RV8A 1E51A 2Z6IA 2DJLA 2NZLA 2X1RA 1N7KA 1F05A 1RQBA 4NNBA 1K7FA 4UTLA 3BGGA 1MZHA 4RJEA 2XN1A 1N8FA 3M6YA 5I3JA 4IMGA 5KMYA 4NJGA 1EUAA 2ZRXA 4ADSA 4IX0A 3EEGA 3LOTA 2CLIA 1W1ZA 3TCEA 1JRCA 3UWUA 3W72A 3G24A 4R53A 5FESA 4RZ4A 3NDOA 2QCEA 3BGJA 4WJEA 5AHIA 4L4LA 5F2GA 2E09A 4M6PA 1AG1O 1KM0A 2V2CA 4JIQA 2EKCA 1OK6A 4DQWA 5L9FA 4WOZA 1VQTA 4IX2A 3UWQA 1D3GA 4EVZA 4GFSA 3UQNA 3QFEA 2QCHA 2V2HA 1EUNA 4IJBA 4HN4A 3KRSA 3TX9A 1IGSA 1M5WA 3DI1A 4PA8A 3LHZA 1QO5A 2J6XA 1AL7A 5FI8A 1L6SA 3PBVA 1KLYA 4BI5A 2NXGA 1VHCA 1TJPA 4UTMA 4MLRA 1RR2A 2O7SA 4N9DA 2ZZ5A 4D2JA 5AC6A 3LTYA 1I2PA 3C2EA 3GXTA 3MI3A 4UFLA 1SUXA 2WOQA 4Z1BA 3BARA 1AW5A 3EXRA 3W2JA 2G95A 4JR5A 2YSWA 2EF9A 3C61A 2WNZA 3IIVA 3STGA 4IMDA 5F4XA 3O63A 1H7WA 1THFD 4DO6A 3P5ZA 4NX0A 3IIOA 3W7KA 3W83A 3A5FA 1QPQA 1JQXA 4R33A 3PUEA 5DY2A 3USBA 1KM5A 2G96A 3W85A 2QCMA 1LP6A 3L5MA 3V1PA 4UFJA 1H51A 5AB3A 1A50A 5LNSA 2GVLA 1D9EA 3ELFA 1SFLA 2C3ZA 1JCMP 1I45A 2NWSA 3NQ2A 1JQVA 1FWRA 3BLFA 5A5WA 3W07A 5KSWA 5HUPA 2YFOA 3W1LA 2ZRVA 1OFPA 2W79A 3G1HA 3MMTA 1DHPA 5CSSA 3O6CA 1GYNA 3KRZA 4HPJA 2R91A 3ATYA 2E6YA 4ZVJA 4QITA 4PODA 5FF2A 2VFIA 4M7SA 1B9BA 2ZZ3A 1SQ7A 3C6CA 3EB2A 5C54A 3DHFA 2PCQA 5D2TA 3FJ6A 4YXGA 3TQKA 2FPVA 5EPDA 1MEHA 1KFEA 5C5YA 4ORMA 5DXXA 3P81A 1B4EA 3LLDA 1FDJA 4YCOA 3G1YA 4OGZA 3RU6A 2TPSA 3LCWA 2C18A 3HG4A 3TC7A 3I6RA 3PS7A 4FF7A 4U28A 1F5ZA 4JTFA 4AHQA 4NUWA 3ZWSA 1WBJA 3ABRA 1GPWA 1Q3NA 2RH9A 3LB0A 4LVDA 4JTSA 4FNSA 4UTJA 1YXDA 2ZDRA 5H91A 3CWOX 2ZBTA 4Q32A 1OF6A 2Y7FA 1SZEA 2A7NA 2H3BA 3QC3A 1CX9A 2E77A 1PV8A 5DY3A 3S5ZA 1EX5A 3R5EA 3SR7A 3MYOA 3QEZA 3ZS4A 7TIMA 3A24A 3U6WA 3W7GA 2XFWA 4RZ6A 2V82A 1IIHA 1RV8A 1M6JA 3LI0A 1JULA 2BWGA 3C2VA 4JNMA 4O52A 4EF9A 4XBKA 4LTSA 4GBUA 5D38A 3WFAA 3Q58A 2AGKA 3W76A 4YWIA 5FEZA 2ZRYA 4Y6GA 3CIWA 2QF7A 3QYQA 3LCIA 2Y85A 1R46A 3GYEA 3ZFHA 3SGUA 4O28A 1YXCA 4IMFA 2CW6A 4NT0A 1A5AA 3EKLA 3NNTA 3GDLA 5F2IA 5CG7A 3PBWA 3KVKA 3STCA 5ABTA 2CLOA 3EWWA 5AHLA 3M47A 3QSTA 3EXTA 2RDUA 1AW2A 4ADUA 3THAA 1ICSA 2PRMA 2V5LA 3S5OA 3BPWA 3NQ6A 3ABQA 4OQVA 2DZXA 1H50A 2G5WA 2Y6ZA 3N19B 3UWWA 3W74A 3GB6A 4DBDA 2CLFA 3UD6A 4E0CA 2Q8LA 4CNPA 1B3OA 5AOUA 3SY5A 1U83A 2J9XA 3BVJA 3I7SA 4O14A 3FJLA 1DJNA 2RDTA 2DZWA 1L6WA 3UPWA 3UY7A 3BLIA 3LRKA 3DENA 1KTBA 4NX5A 3TSMA 3QM3A 3HJZA 3EWZA 4H4IA 2BLEA 4Q4KA 4Y96A 4JTIA 1WYIA 2GQ9A 4GWEA 4JTUA 1OVDA 4C1LA 3W7RA 1OX4B 2VXNA 1Z42A 2Z1BA 3EX2A 3WJSA 5AFDA 5LSMA 2WO5A 4S1FA 4RZ5A 5DCEA 5HULA 1KFKA 1QPRA 4OE7A 5AYYA 4UTTC 2QKFA 3B03A 2Y7EA 2B0MA 4M19A 5FF4A 1H61A 2XN0A 2A1YA 3NQVA 1I2RA 3VE7A 1S5VA 3IGSA 3W88A 2J27A 1NF0A 3GAYA 2NX1A 1HFBA 2F84A 3HG2A 4P2VA 1OX4A 3OVQA 3P8IA 1LYXA 2FB2A 2XN2A 1OK4A 2ZZ2A 4RX0A 3UYCA 3B04A 3H53A 4A2RA 3HG5A 2E5BA 4IMCA 4JD4A 5G2IA 2Q8ZA 1Z41A 1DL3A 3W1UA 4CLMA 5DCDA 3S5NA 3PF3A 3PWAA 5C6MA 1S3HA 2CWNA 4FX6M 2ABAA 1IF2A 1EIXA 4QQ3A 3W1MA 1KTNA 3E9AA 2VEIA 2VFDA 1JRBA 3IV3A 1LBMA 1VYPX 1FDZA 3PBYA 1VYRA 1VCVA 3FKKA 3LV5A 5I3IA 1GVQA 1W3IA 1DBTA 1UJPA 4ICNA 1A5SA 1QWGA 1BWLA 4N02A 1J2WA 2CLMA 4X9SA 5E1QA 4HNUA 4CNNA 3Q94A 4K8HA 4POCA 4UTHA 4O53A 4JTHA 4Z0JA 1IXOA 3DU0A 3G1FA 1L6YA 5D03A 3ATZA 2DZVA 3KVLA 1VJIA 4K39A 1GG1A 3MW7A 1GVOA 2QCNA 2J88A 2ZZ6A 4TIMA 4YLWA 5D2VA 4KFPA 1OX6A 5TIMA 4AHOA 3PUDA 5TQLA 1S5TA 2V5BA 2X1TA 1KM2A 1DKWA 4OHQA 1TQXA 3YPIA 3RF9A 3T4CA 3MP5A 4FNRA 4OBTA 4LOCA 3TJXA 1KBIA 3WJYA 1JVNA 1VGAA 5G2HA 3HMJG 5BNKA 3CU2A 4GXMA 3P8JA 1VS1A 2B7NA 5L6UA 2ZZ1A 4JYDA 1RQEA 1VCGA 3NQ7A 4CCDA 1Z48A 2JK2A 1X1OA 3WK2A 4JTKA 4JGDA 4JEQA 3CB8A 1TSIA 3CQ0A 4BK9A 3CIXA 4A29A 4HNTA 4YMZA 1JCYA 1T8XA 1R2SA 3GR7A 3O6YX 4LNYA 1GQNA 1ZNNA 3M16A 4IMEA 3M5ZA 4IPIA 3SZ8A 5HWMA 2E6AA 2OZ0A 1XKYA 3P61A 3M9YA 4GUGA 4EOUA 1G6CA 5AYZA 1F6PA 2VFEA 1LM1A 5K9XA 3T55A 1XBVA 4N9EA 2A6LA 2X2GA 1PHWA 3NL5A 4UNLA 5G2WA 4O57A 3W7JA 1MEWA 3VE9A 2I14A 1TTJA 3NQAA 3NPVA 3MO7A 3GK0A 3RLUA 1OG0A 1GTEA 3OG3A 4BR1A 3LTPA 4K7VA 4JTLA 3TSDA 1L2UA 1RQHA 3TW6A 4MZYA 4MLJA 1GJPA 5HR7A 4UNKA 1A53A 3C2FA 3C0JA 2EHHA 2Q3OA 3RLVA 1TO3A 3R89A 2GVGA 3B4UA 1PS9A 4LRSA 5BRBA 4K6AA 4TO8A 1TTQA 1GG0A 1W5MA 4LS1A 2QCGA 3THQA 5EA9A 4J9JA 3QQ1A 3LERA 1TPWA 3K30A 3PC0A 4O0KA 2P1FA 3PG8A 4MPQA 2NV2A 4HKPA 3BO9A 4WXZA 3W7QA 3TAOA 1KM4A 2DZPA 4UR7A 4I7VA 3O07A 3EX4A 4MY9A 1OYCA 2NXIA 1VC4A 3DXIA 3GVGA 5K2ZA 1XFBA 2E1DA 2O7QA 1YDVA 1H7XA 3W2MA 3T78A 4ORIA 1R2RA 3G1XA 1R2TA 4UMAA 2EAWA 4EIVA 3VCRA 1H1ZA 3NPUA 5FF7A 2YDAA 2ZYFA 5EY5A 3N73A 1H7NA 3HGRA 4IWWA 4TX9A 3S5YA 4ZL1A 1CI1A 3N9RA 4AB4A 2ATMA 2Z6JA 1QO2A 1QOQA 3P67A 4MKNA 4BFAA 2NUXA 4QJ1A 4JY9A 4CQ8A 5LNWA 2RFGA 3IEBA 3SJ3A 1TQJA 2VC6A 2GUUA 1Q6LA 5IBXA 1LZOA 4RLIA 3WJXA 1TREA 3IGXA 4GE8A 1G4EA 4DEFA 2YXGA 3KFTA 4RK8A 3CLMA 2Y62A 3GDKA 2V8ZA 1TTPA 4AHPA 1ME9A 1T99A 4NXKA 4RXFA 3MI6A 5CZSA 3LV6A 1YDNA 2C13A 3HO8A 3LGEA 4A2SA 5EL1A 4N4QA 1QOPA 3DFPA 4O1BA 4X3ZA 1EP2A 4N2YA 4Z08A 3PULA 1G67A 3TXVA 3PM6A 3KX6A 3F03K 5EYWA 2GQ8A 3Q37A 1VRDA 3NXFA 4GRSA 3Q2DA 4JX6A 2B7PA 5DELA 3HB9A 4LVBA 3TV8A 3UXDA 4FX7A 4MY8A 3T40A 3OA3A 4O4WA 1TYGA 5AHNA 1XBYA 3NVTA 3M5VA 1NAL1 3LXBA 3B0UX 1XBZA 3NPXA 3O15A 5HWNA 3TSBA 3W73A 2LLEA 4IUOA 3NO5A 4MUZA 1I8JA 1XUZA 3KAOA 3BG5A 4DELA 3W1NA 4JYEA 4P61A 4QISA 1SSGA 5K4ZA 3IIZA 2QCDA 1EA0A 3W7EA 1GYLA 3W7OA 1TPVA 3W7MA 1OABA 2WSYA 1K03A 1JUBA 1PIIA 3L0GA 2QJGA 3W1TA 3M1ZA 1FWWA 1WDWA 3O1NA 1O94A 4AAJA 5CPNA 2NX3A 1K7XA 2OCZA 3DBPA 3HQ1A 4WOQA 3BW2A 5D2YA 2ISWA 3F4WA 3C8FA 4NNAA 5FEPA 4NJIA 4HPXA 1K8ZA 3FEMA 2WSRA 3VNDA 3O16A 2VOMA 2OX1A 4YL2A 5E0KA 1H63A 5BMXA 3QW4B 5H2ZA 2WKJA 5I3HA 3O06A 1GZGA 2ATSA 5J5DA 2DORA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1OYAA

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Chord Diagram

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