1P1X | Genus

Total Genus 104

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	104
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	MTDLKASSLRALKLMDLTTLNDDDTDEKVIALCHQAKTPVGNTAAICIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIATVTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADEVDVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLKVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADFIKTSTGKVAVNATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFKPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYRFGASSLLASLLKALGH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Deoxyribose-phosphate aldolase
publication title	Analysis of the class I aldolase binding site architecture based on the crystal structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase at 0.99A resolution. pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli k-12
total genus	104
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date	2003-04-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1p1xA00

4NJJA 3RNDA 4UTHA 4GFSA 2QJHA 4RZ4A 3RK8A 3QRHA 4AF0A 2WO5A 1KW1A 3CQ0A 1V5XA 2R94A 3GDLA 3NZ1A 2HS6A 4FHAA 1JRCA 1SW7A 3LHUA 3W7DA 3O6CA 3PBVA 3PM6A 2CLOA 2X1RA 3STEA 2G95A 3T44A 4MY9A 3NXFA 1QNVA 3TH6A 1LORA 4WD0A 3Q2DA 3QW3A 2V0TA 4DELA 3UXAA 3DFQA 3HG5A 1KLZA 2TPSA 3BW2A 1EP2A 1C9DA 5I3GA 1OX6A 3MI3A 4D2JA 3NPUA 2E6YA 4Y8FA 4P2VA 3UZ5A 2QCCA 2CZFA 1JVNA 2PCQA 1NF7A 2ZZ3A 3W1QA 3QMRA 3W23A 1KM5A 1RZMA 3TCEA 1OX4A 1GT8A 3W7GA 3MHUA 1YTKA 1OYCA 5I3KA 1RV8A 2XFWA 1XBVA 4O12A 3W1NA 4BI7A 1PE1A 3NL3A 2EAWA 4IXXA 3E49A 3W7PA 4IX0A 3GDKA 3PBUA 4AXKA 3GYEA 4IX2A 4HSOA 6TIMA 3SGUA 3C2EA 3WJWA 1KM3A 1ZALA 5C55A 2ZYFA 5AHLA 3O6YX 3PF3A 1LOQA 1LROA 5KTLA 3W3OA 1PV8A 4N02A 1M7PA 2VKZG 1TMHA 3S9YA 3BG9A 2V82A 4LUJA 3EKLA 3S0CA 5CG7A 1WOBA 2A0NA 2Z2UA 1G67A 1ZHAA 2ZFAA 3E02A 3TMQA 2GJNA 3WJYA 3P82A 2ZZ7A 5I3IA 1GTEA 3M47A 2EKCA 1FCBA 4K37A 3W74A 3LCGA 3AJXA 1A5SA 2VEMA 3N2MA 4N6FA 1QCWA 2PE4A 1OK4A 3NVTA 4DF2A 2E6DA 4JD4A 3P5YA 5AYZA 1KA9F 3GR8A 1VHNA 1TRIA 1JQXA 2ZDRA 2V30A 1XBZA 3SR7A 3SZ8A 4O28A 1SZNA 2F84A 5CKSA 3HJZA 4DBEA 1X7FA 1QMLA 1T99A 2NXIA 3U2OA 4E2BA 3ANYA 4NT0A 2Y6ZA 4RXGA 3PB0A 4L4LA 4O1BA 3LCHA 1DHPA 1KM4A 3I6RA 3W9ZA 4RXFA 2OCZA 2ABBA 4FX8A 3TC7A 5CZ0A 2YX0A 4MLRA 4ZQPA 1RD5A 2VFIA 3GX9A 3QSRA 3FJ6A 4EF9A 3W76A 3G1DA 3RF9A 3UYCA 3QEZA 4XKYA 2DZUA 1W0MA 4O13A 5G1TA 3W7HA 2QUUA 5FEXA 2YFOA 3HG4A 4LNYA 4HNVA 3LX9A 4JNMA 4DXVA 2B4GA 3ABQA 3G0UA 3GDRA 3W7RA 4IMDA 1FXQA 3NPVA 1W5MA 1TTIA 4LVAA 3TDFA 3NPWA 5K9CA 1KLYA 3IIPA 1LOSA 1FWNA 4UTWC 3C52A 4I7VA 3LM7A 1W1ZA 3HO8A 5EPDA 2OT1A 1SO6A 1VYSX 3UWWA 5AHEA 3BLIA 3PUOA 1WXJA 3ZWSA 1OFBA 3TR2A 4WY0F 3C8FA 3S1UA 3P8JA 5F2GA 1DVJA 2BWGA 2NXGA 3TW7A 3NEVA 4O17A 2FJKA 3QM3A 4NNAA 2A1YA 5AOUA 3IIXA 1AK5A 3W7OA 1VCFA 3PVFA 4ORMA 1QAPA 5D30A 5LGZA 2P1FA 4X22A 4ZL1A 1EWEA 4GNJA 2B7PA 1ZFJA 4XTIA 3LLFA 3I7RA 3W88A 3M5VA 4UCGA 2YPIA 2W0UA 4ADTA 3EWUA 3DFOA 3LI1A 5CPMA 2PRHA 5I3JA 4UFMA 2OMAA 1I45A 2OJPA 1J4EA 4OGZA 2WJZA 1D9EA 2E1DA 4JTLA 3NQ6A 3LCWA 1K03A 3W87A 4AVFA 3C3NA 4UTIA 1SFLA 3L21A 3LHYA 2RHGA 3FFSA 1C8VA 4AWUA 3H55A 5FEWA 3V1PA 2QCFA 2V2DA 5G2HA 2JKEA 4FX7A 1FQ0A 2NV2A 1XXXA 1Z48A 3L68A 3A22A 1LRQA 3W7EA 5DN1A 4HSNA 4POCA 1S3HA 1GEQA 4O18A 2C14A 3TFCA 1R47A 3CIWA 4PL2A 3BV4A 3DKJA 2TMDA 3NPXA 3LBMA 3SFKA 4PEKA 2X1UA 2VEPA 4JX6A 5D38A 5G1YA 3FOKA 2GVGA 4MY8A 3M5XA 1ZAJA 5HQEA 1O60A 2HSAA 1IIGA 4M7TA 3LHWA 4UXDA 5KITA 1W3IA 3E12A 1BWLA 1Z42A 3SI9A 4O16A 4R34A 5D02A 1MEIA 1OFOA 3MUXA 2ZRUA 3W1LA 1JCNA 4LU0A 1LBLA 1VRDA 1R2RA 4KFPA 3MP4A 3BPWA 4UTKA 1XCFA 2NX9A 2BX7A 2XN1A 3TFXA 5T26A 1GG0A 3W07A 1SUXA 2Q8LA 2ZZ4A 1F2JA 1JJKA 4ZQCA 1VCGA 5K7JA 4I9AA 4DO6A 1W54A 3W86A 3NQ2A 1XL9A 1HL2A 2ZA2A 3DGRA 3F4WA 4LC6A 5G4WA 3I7SA 1GOXA 2NV1A 4NX5A 4Q33A 3L0NA 3OBKA 1OVDA 1JCYA 3T78A 3G3DA 1F7BA 1KFEA 4AH7A 3L9CA 1W5QA 1SO5A 1BKSA 2C1HA 3L5AA 2BSLA 5AHMA 2CZEA 4MPQA 4O1DA 2G97A 2CLKA 3P8IA 5IM51 3STFA 1JUKA 1FCUA 1ZNNA 2RH9A 2ZCGA 3QQ0A 4GUIA 2UV8G 4RX0A 3DFNA 4PODA 5FF2A 1D3HA 4N9EA 3RFAA 2JGQA 4FNPA 4JTTA 1DBTA 5FF3A 3T4CA 2YW3A 5EYWA 3RLUA 4KWWA 4QISA 3LCIA 2ISSA 4E2DA 4JGDA 1BWKA 3BG3A 4DF0A 2WSRA 5D2WA 1I4NA 1WA3A 2VFHA 4GXMA 3IIVA 3O8AA 2ZBTA 1WQ5A 3A24A 3PS7A 1GQNA 5K4XA 1ZJIA 4IUOA 4PC8A 1I2OA 4PFMA 1SZGA 3PAJA 2E68A 2ZTJA 3NQGA 5IBXA 1F74A 1H60A 3W7LA 2CWNA 1GYNA 4NJGA 1UUOA 3A9IA 1KTCA 3P60A 4RCXA 2E5DA 3MHGA 4LVDA 4NJIA 1Z41A 3A5VA 3IGSA 2Y61A 3GKAA 2EPHA 3LGEA 2H6RA 4K8HA 3TNOA 3L0KA 1H1YA 3FEMA 4N4PA 4JN6A 5BOOA 2X2GA 1FWTA 3O15A 1GJPA 3QJAA 1LLWA 1A50A 1RVGA 4BI6A 3CT7A 1Z44A 1RQHA 4OE7A 1IIHA 4GE8A 1QPRA 3DH7A 3TSBA 2B7NA 4L4MA 4KFOA 1I8JA 3FJLA 4LS0A 3UPBA 3CPRA 3UWYA 1UASA 3G1VA 4RK8A 4WOZA 2A7NA 3W72A 4EWND 2Y7GA 3JR2A 4O1AA 4O4WA 4JXCA 4NQ1A 4E0CA 2P0OA 1VPXA 3LCLA 2V5BA 3QQ1A 4N9BA 5F2LA 3P61A 1OJXA 4HIBA 3W75A 3TW6A 1ZENA 1OHLA 2NLIA 4AMAA 2RDUA 1OK6A 3H54A 3N2XA 3HBLA 4CQ8A 4NXKA 1R2SA 3M44A 3W70A 3TIMA 2A7RA 4UTLA 2JBMA 1SSGA 1OABA 1L6SA 3W84A 4NNBA 3N34A 4WY0A 1H7PA 4CCDA 1MXSA 3C56A 3F03K 3TQVA 3L67A 3W1PA 2ZRWA 3M5YA 1VZWA 1MO0A 2CLFA 4BWLC 2FLIA 2H90A 4Z0JA 2P10A 3MP3A 1PHWA 3W7KA 1L6YA 1YYAA 2DJLA 2H3DA 1XC4A 4NX0A 4IMGA 3I68A 4DBDA 2QDGA 1OFAA 2ZZ1A 4ZZ9A 3OVPA 2O7QA 5CZSA 2Y7EA 3W2JA 3P74A 5K2ZA 4JYFA 5C54A 5E93A 4UMCA 1EP1A 1YPIA 3SW6A 4Z1DA 4N4QA 4LVFA 3PG9A 3MI6A 2Y63A 4MLJA 2BZNA 1TTPA 3NQ8A 2A85A 2ATSA 4O50A 1Q45A 3H53A 4RLIA 2G5WA 4UNKA 5TBOA 1WYIA 2FPTA 1OFEA 3C2RA 1H7OA 1KFBA 5LNUA 4O1CA 1JUEA 1K7EA 4YL2A 4AHOA 5K9DA 3HOJA 1G6CA 4CNOA 3G8RA 3E9AA 4XBKA 3EX3A 1W37A 1EUNA 3R2GA 2VFGA 4KFNA 1NVMA 3TUUA 3B8DA 3JRKA 4CLMA 5DBUA 2C6QA 4XTDA 3NR0A 3ABOA 5FF0A 4JEQA 4NZJA 3GXTA 3KRSA 1ZAIA 5IBXC 4ZQNA 1VGAA 2FB3A 5EY5A 1F05A 3KVJA 5FEZA 3F4NA 2FIQA 4O15A 3VI2A 3NQVA 4Y90A 1VLIA 3K30A 3WFAA 4IJBA 4QM1A 2JGYA 4CQAA 1S5VA 3QMSA 3LTYA 5KZDA 2GVLA 4Y6GA 4KWVA 4LC8A 4EOUA 3NQDA 2QEZA 3NQ7A 1UCWA 4AF0B 3HGSA 1FCVA 3GAYA 4LOCA 4JTEA 3ZR4A 1DOSA 3FYOA 1GG1A 3ZFHA 3LLDA 3EEGA 5F1VA 3CLMA 1Q3NA 4O0ZA 3NA8A 1H7RA 3IVSA 3I7QA 2DJXA 4GC4A 3QSTA 4O10A 1VHCA 2QCEA 3NNTA 2VXNA 1B57A 2V8ZA 4OV4A 4LY8A 1TV7A 3D0CA 4XBSA 3G1YA 4W9TA 2PRMA 2NUXA 2FPYA 3INPA 3W2LA 1JULA 2H8XA 3LDVA 4A22A 2GQAA 3O06A 4S1FA 2CW6A 1PL9A 3UPWA 5FESA 1QO5A 5HINA 4FXRA 2DP3A 4FNRA 4AHPA 2ZTKA 4NXSA 3C2OA 3UZJA 3EX1A 3UQNA 5DCBA 2PRLA 5D33A 3NL5A 1AMKA 3VNDA 3S5YA 4MZYA 3W1XA 2NWRA 3GXNA 1F5ZA 5FI8A 3M7WA 1DKWA 3QMTA 1Q6QA 2JK2A 2YR1A 2J27A 4LV9A 3DI0A 1KV5A 5FF7A 3VKJA 5ABTA 7TIMA 3TU9A 4QSHA 4XQ6A 4XWUA 1P4CA 1P0NA 3BGJA 1T0OA 3HF3A 2CLLA 3W2KA 1IF2A 2QCDB 4JIQA 5E0KA 4EVZA 3LV6A 1EUAA 4N9CA 1H5YA 4LRSA 4MVAA 2ISWA 2GOUA 2QCLA 3NAVA 1S5WA 3N19B 3FLUA 1N55A 2V81A 1NSJA 3YPIA 1EWDA 3NZRA 4DPPA 2ATMA 4PCFA 2YXGA 4FF7A 1H50A 2CFFA 1XUUA 3C2FA 4LW7A 3BK0A 3HGOA 2HMCA 1JCLA 1F6PA 1TJRA 3EX4A 5HULA 3T55A 1QPOA 3PSVA 4UTTA 4GRSA 3EX6A 2GQ8A 5LNVA 4ALDA 2ZRVA 1M5WA 1DJNA 3THAA 4P61A 1N8FA 4Z1CA 1W31A 2QUVA 1H7NA 3C61A 3HQ1A 3OVRA 4O53A 4YMZA 3CWOX 2ZRYA 2Y70A 1LCOA 4QAIA 3M9YA 1AL7A 3ZWTA 2QUTA 3DKLA 5DY2A 1QOQA 2C18A 1I2QA 4NJHA 4MY1A 1XBXA 4XKYB 1HFBA 2GPTA 1AG1O 3G1XA 3MWAA 4ADUA 3W1MA 1W5NA 3S1XA 3R5EA 4C1LA 2Z6JA 1G4SA 3CC1A 4UC5A 3BVJA 1ZCOA 1KFCA 3WJZA 5F4WA 3W71A 4MUZA 2QAPA 2CZDA 2RKXA 3UWQA 5BMXA 5K3VA 4AHQA 4JTFA 4O14A 3UY8A 4YXGA 1A5AA 4IQLA 1FWWA 4A2RA 2VEIA 3L65A 1JCXA 3G0XA 1TCDA 2HTMA 4QITA 1JR1A 3PULA 5I3FA 3WJSA 1Y0EA 5K9XA 1ICSA 3FA5A 1WAUA 4FNSA 1BEUA 3ELFA 5D09A 3BLEA 4BK9A 3TQKA 2Y7DA 3NQMA 3TSMA 4WOQA 2VEKA 3KAOA 1WOAA 2JKPA 2YFNA 4DQWA 5H91A 3PY2A 3VCRA 1H7WA 1K7XA 4UFKA 3O16A 3RMJA 3PC0A 4AWSA 3T7VA 5L9FA 2ZQ0A 1XI3A 4JTHA 1ALDA 1UBSA 2Y89A 4ICNA 1TREA 1L2UA 1JCMP 1HO1A 5HWNA 2VC6A 1FDYA 1SZFA 2OT0A 2V2HA 5G2IA 1LBFA 3DFTA 3HGJA 3KRUA 3GIYA 2Z6IA 3KVMA 3KXQA 4GWEA 5LSMA 3TKFA 5F2IA 5A5WA 2YYTA 4BR1A 5DXYA 5A8GA 1NF0A 4NZFA 2D73A 1THFD 4GJ1A 5DXXA 3W22A 1KM6A 3PBYA 1OF8A 2VFFA 5CZJA 3UXDA 1YDNA 1EB3A 2Z1BA 3ABSA 5H2ZA 5HJLA 4TIMA 1DORA 3AO0A 4GBUA 2A21A 2WSYA 4A2SA 1TRDA 1X1OA 2DZWA 1R2TA 4UFLA 2B0MA 1H7XA 2CLIA 3FKKA 4UTUA 4MJMA 1J2WA 3S42A 2J9YA 3TE9A 3FKRA 1TPWA 3HPSA 1LOLA 1Q6OA 3P7YA 1OFQA 1WBJA 1K8ZA 1G4TA 1TPEA 3CIXA 5AB3A 1R46A 5D04C 4IMFA 1IXPA 5AC8A 4JS3A 3R12A 5HNRA 2C3ZA 2QJGA 3BW3A 1SU5A 2DU2A 3RLVA 2C15A 4NVTA 4PA8A 4WX2A 3Q94A 1FBAA 3G24A 4U28A 2NZLA 3B06A 1G4EA 3ZS4A 3GDMA 1XFBA 5KINA 1K8YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1P1XA

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Chord Diagram

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