1PCWA

Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and app, a bisubstrate inhibitor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Lyase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title Structure-Based Design of Novel Inhibitors of 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase.
pubmed rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 89
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1pcwA00
3S42A 1SZEA 2ISSA 2R14A 4HNUA 1OFRA 2C0AA 2ZFAA 4H6KA 5A5WA 2FPVA 3PVFA 3B06A 4ZVJA 3UWZA 2B7NA 1MEWA 2C18A 3NQFA 2WOQA 3WJXA 4JIQA 3UZ5A 3NQMA 5EMUA 3CC1A 2VFHA 1GPWA 1SZFA 5G2IA 1RR2A 4NX0A 1TYGA 5I3JA 4BI7A 1OK6A 2ZRZA 3S1WA 1M7PA 1YPFA 1FDYA 2Y61A 5KITA 3A5VA 1F6KA 1OFEA 4RZ6A 5K9DA 4TR9A 3LBMA 2ZZ4A 3GKAA 3U2OA 2Y85A 4A3UA 1KM3A 1FX6A 4N9BA 3W86A 4AVFA 5DCEA 5F2IA 4LWWA 4QJ1A 1ONRA 1JRBA 1IIHA 2A1YA 3OG3A 3GZ3A 3NL3A 2JKPA 3SR7A 1QWGA 4CNPA 1WX0A 3JR2A 3EWWA 3UPBA 3GDRA 4GUIA 1I2RA 3QMRA 1KM6A 5G5IA 4WD0A 1H61A 4UR7A 2WSYA 4DO5A 4YLWA 1L2UA 3CU2A 1QDSA 3S0CA 1R47A 1O60A 1XCFA 1XUUA 1DHPA 2CLHA 4WOZA 1Y0EA 3PS7A 4XWUA 4PEKA 4N4QA 1OX4A 5CSSA 1I2PA 5CPLA 1VCFA 1ZAIA 1EB3A 5HWNA 5G2WA 1Q45A 1DKWA 3W74A 4M6QA 3DFTA 4N6FA 3HG2A 4OV9A 3P5ZA 1MZHA 1GVFA 4IGHA 3W2KA 1F5ZA 4K37A 1GYNA 1CI1A 3Q58A 3MHFA 5G4EA 3KVMA 4QAIA 5J5DA 3TW7A 4GJ1A 3W1TA 1TJRA 3VCRA 3B0PA 5IM51 4Z1DA 1O5KA 1KM5A 2YX0A 4NUWA 2WO5A 1ME8A 4JIPA 4FEZA 1ZJIA 4LVAA 3S5OA 1L9WA 5MHBA 4YL2A 1PVNA 3HF3A 4S2BA 4FIRA 3L0KA 4IMEA 1JUKA 4O4WA 2V2DA 3KFTA 5EPDA 2HSAA 1U5JA 5KTLA 3W7EA 1W0MA 6TIMA 3S5ZA 4CCEA 3PR2A 5F1UA 3TMQA 2V8ZA 1OK4A 4DELA 1KFLA 1O5XA 3W7OA 4BI6A 2H6RA 4H3DA 3MW7A 4JTGA 1R2TA 2Z0IA 3W70A 3MP5A 1DQWA 3G1XA 3H54A 3JS3A 3W84A 1TPB1 3NM1A 3C2EA 4M7SA 4YXGA 4WOQA 3L5AA 1VHNA 1KBIA 2OJPA 3BG5A 4ONVA 2V9DA 4QQ3A 1TO3A 3IV3A 5T26A 2I9EA 1H7OA 3W7KA 2WNZA 3I65A 4IOTA 1GVOA 1UB3A 3SI9A 3M5YA 2A21A 5I3FA 3RU6A 3M7WA 2V0TA 3NA8A 4OHQA 2A7PA 4LUJA 3LHYA 5HJLA 2GJNA 5CZ0A 3THAA 2Z1BA 3TDFA 5HWJA 2GVLA 3NQVA 3CT7A 5D37A 1WAUA 5DCBA 2CZEA 4MZ1A 4K38A 2X1SA 2ZYFA 3O6DA 2V81A 3EXSA 5BMWA 3G3MA 5FF0A 3BVJA 5KINA 1F6PA 5D04C 1E51A 2ZRXA 1W3NA 5BNKA 2C16A 2G97A 5HUOA 3PY2A 3M1ZA 4DO6A 3DHDA 3EX3A 4AAJA 1ADOA 1OFPA 1XFBA 1TQJA 3NR0A 1JR1A 3E49A 5DBUA 3GDLA 3PB0A 2ZZ5A 3GXPA 5AB3A 5C5YA 3O1NA 2VELA 4GUHA 2F7FA 3HGRA 3PUEA 6ALDA 3O6CA 1EPXA 3GB6A 1YDNA 1LOSA 2RHGA 3IIXA 4OE7A 1F74A 3WJZA 4QIUA 3WJSA 1MO0A 3IEBA 3W87A 4UTHA 2ISVA 4MJZA 2NZLA 2XN2A 2X30A 2YFOA 2HTMA 3KVKA 2OT1A 4Z0SA 3UY8A 5KZMA 3EWXA 1Z42A 3WJYA 1ZHAA 5EY5A 3I68A 4MUZA 1Q3NA 4WX2A 2Z6JA 3U8GA 1PHWA 3LCFA 4XKYA 5AN7A 3S8HA 4O50A 3MP3A 4I7UA 1GOXA 4P2VA 5HUPA 3W1RA 1EIXA 3R12A 5F2LA 1SSDA 5CSRA 1EUAA 4LS1A 1LBFA 3SY5A 4DF2A 2IQTA 4A2RA 3LHUA 1P0NA 2H8XA 1DJQA 3NOEA 4JR5A 4KWWA 3UY7A 2TSYA 1R2SA 3QFEA 3L9CA 3W7DA 3W1LA 1YLVA 1FY6A 4UFMA 1H1YA 2BWGA 1UCWA 5FF7A 3KOFA 3NZ1A 3N34A 2VFFA 4DXVA 3MWAA 3VE9A 5D2YA 1PV8A 4O53A 3TH6A 4LVBA 4AF0B 2V30A 3IIPA 4O0ZA 3TJXA 1LLWA 3BGGA 2CZDA 4AHQA 3OVQA 1LLZA 1LRTA 4XBSA 1B3OA 1IXQA 4Y8FA 1TPC1 1ZAHA 3ZR4A 1A5SA 2G5WA 3EWUA 3MHGA 2QAFA 1XI3A 4RXFA 1SUXA 1T0OA 2A7NA 4FXRA 4XTDA 4FX7A 1WA3A 3G0XA 1DVJA 4X2RA 4BWLC 3TW6A 1VCGA 2EF9A 1A5AA 3EKZA 3TAOA 4MY9A 4HT3A 4MY1A 3UQNA 3LDVA 3NYZA 4WUIA 3L0NA 4LNYA 3DFNA 1DQXA 1HFBA 3P81A 2PRMA 2QUVA 3EWBX 4O18A 2WSQA 1OVDA 3I7QA 4JEQA 4AWSA 5AHEA 1TIMA 3DXIA 2J88A 3KXQA 3QYQA 1H62A 1YXYA 1B57A 2GQ9A 4XQ6A 3TKFA 4MFDA 3CWOX 3O06A 1ZCOA 2VFEA 3HB9A 3ANYA 1LROA 1XBXA 3NQDA 4QISA 1SO6A 2P10A 3O16A 2CLFA 3LHVA 3P82A 1SZNA 1FWTA 4O54A 2G96A 5HINA 1J5TA 4MLJA 1TPUA 2GUUA 5KMYA 4TU1A 4TIMA 3VFLA 1SFLA 3PF3A 3W07A 1KFCA 3HGOA 3FFSA 4JX4A 4JTHA 1S5TA 4N02A 2QUUA 4EVZA 4UTIA 5LNRA 1OX6A 1LTDA 1RZMA 4IXHA 1I45A 1MEIA 2CWNA 1BKSA 1VCVA 4LC8A 4M6VA 5DELA 4OU1A 2R94A 5KZDA 2JKEA 2YPIA 3SGZA 2ZDRA 3EKLA 1Z41A 2YDAA 3KAOA 5CGQA 5D30A 4JXCA 1L6YA 2F84A 5D38A 4AWTA 2VEKA 3LHZA 3W1MA 3C2VA 4OQVA 2NV1A 2YGYA 1O4UA 3P7YA 1XBYA 2X1UA 4LRTA 1LYXA 5TBOA 1JCJA 3Q94A 3CWNA 1H5YA 1LRNA 2O7SA 4K6AA 4WZHA 3NQAA 1KV8A 1PIIA 3GXTA 3PUOA 2D73A 3SIZA 3PM6A 4ML9A 3LI1A 5LGXA 3W9ZA 4LOCA 4FO4A 2W79A 3WK3A 4FNUA 2QF7A 1P1XA 3LI0A 2NWSA 3LXCA 4IPIA 1C29A 4RX0A 1NAL1 2LLEA 4MKNA 3P80A 4LTSA 4RZ5A 3GNDA 3W75A 1OYAA 1NFBA 3THQA 3TUUA 3FEMA 3RF9A 3P74A 3N19B 2PE4A 5FEZA 2B7OA 3CHVA 4JY9A 1JCYA 1G4PA 4IUOA 4ZQRA 2R91A 2ATSA 1OX5A 3ZFHA 5F4WA 3W1XA 2A5HA 2FTPA 1TV8A 3W83A 4FNRA 4HNVA 4O1DA 2NXIA 2YFNA 3OA3A 4HNTA 5E93A 2ZA1A 4WY0A 5E0KA 3EX2A 5DY2A 2GPTA 1GZGA 3L5LA 3G1FA 2Y7EA 2YSWA 1HL2A 3UXAA 4K7YA 3S1XA 4CCCA 3ZWTA 4PCFA 3W7RA 4HN4A 4IMDA 5F2MA 1Z48A 2QCDA 3BG9A 3LCXA 4WY0F 2BXVA 4PFMA 3P61A 1EP2A 1FWWA 1HUVA 2WV8A 5GVJA 2B7PA 4LY8A 5D05A 2ZRVA 1X8FA 3L68A 2Y88A 2ZZ2A 3A22A 2JKAA 2VEPA 5U4NA 3NAVA 3FS2A 3ELFA 5D2TA 4FNPA 5C6MA 2QCFA 4IPJA 2ZZ3A 4DQWA 3C3NA 3LCHA 5G4WA 2QJHA 3RLVA 2ZTJA 5CZSA 2JGQA 1H1ZA 2GJLA 1ML1A 3W7CA 2Y7DA 1JULA 2BZNA 3WJWA 5LKYA 3CTLA 4MYAA 5CPNA 1IXOA 1SW7A 1QPNA 4J9JA 2ZA2A 4X3ZA 2VEIA 1LORA 5G2HA 2EAWA 4LT9A 3ABRA 2ZA3A 4GNJA 3HG5A 3W2UA 2ZRYA 4CLMA 1MXSA 1FUYA 4PL2A 3QEZA 1XDMA 3SSJA 1IF2A 8TIMA 4O52A 1OYCA 1FQ0A 4OWGA 2DZTA 1H7WA 4E2BA 3H53A 4O17A 2X2GA 4AEOA 3IGSA 1SO3A 2GQAA 3TX9A 1AG1O 4Y96A 4NU7A 3GAKA 5U7SA 2E5CA 1K8XA 2CLKA 4ZQPA 1W5QA 2ZZ6A 3LM7A 3W2JA 5EBUA 1GTEA 1FWSA 4O15A 5AYXA 3YPIA 1IGSA 1SW3A 1DJNA 3E9AA 5TIMA 4TX9A 3ATZA 3IIVA 5D2XA 1QO5A 1W3IA 2Q3OA 2ZQ0A 3LBCA 1S3HA 3HPZA 3G18A 1O95A 1XL9A 3LRKA 1SSGA 3G8RA 1PE1A 1KTCA 2R8WA 3F1QA 5D32A 3HQ1A 3LRMA 3MHUA 2GVJA 3UWVA 2NXHA 3GXNA 3BLEA 4D2JA 1HG3A 2DZXA 5EYWA 3HPXA 1RPXA 1EX5A 3Q37A 1VRDA 1LOQA 5K4ZA 3W7NA 3TSBA 2CW6A 1F76A 3M9YA 2E6FA 4E0CA 1QPQA 1G4SA 2ZRWA 3CEUA 3FKRA 4UR8A 2DZUA 4QM1A 3T44A 1G4EA 4NX5A 1H7NA 2WQPA 3TC6A 1K8ZA 1W3TA 3DBPA 2CLMA 1RQBA 3LRLA 2ZTKA 5ABTA 4XZ9A 1TB3A 1GVQA 1YTDA 3LCGA 1FDZA 3I7RA 3OEXA 4MYXA 4PODA 1TTPA 1UUOA 4QNWA 3TQVA 1JCNA 3DFQA 3W7QA 1D3GA 1LBMA 3NGJA 2JGYA 2H3DA 3F03K 3GR8A 4UMBA 4A21A 1S5VA 3PBUA 3G1DA 3PBWA 2AQWA 1TPDA 4PL1A 2YXGA 1KM2A 1BWLA 2V2HA 2QCEA 3CB8A 1VJIA 3SGUA 4O57A 1JUBA 3I6RA 5BRBA 5AC7A 3W3OA 1SO5A 4JX6A 4AHPA 3MUXA 1T96A 4DO4A 2BX7A 4XUGA 2A0NA 3QMSA 1N7KA 1HO4A 1GVSA 1ZALA 3NL6A 1QOQA 3ATYA 4UCGA 3NNTA 3OVPA 1G4TA 5AHMA 2YZRA 4O1CA 2WNNA 3O05A 1ICQA 2EPHA 2BTMA 5LHEA 1WOAA 2CLOA 3TE9A 1NVMA 4CQ8A 3LTYA 4LU0A 3KRSA 4FB7A 1O94A 5K7JA 4O28A 4C1LA 2NXGA 1T99A 3FLUA 5K2ZA 1VYSX 4HHPA 3QW3A 2QDGA 5CG7A 3C2FA 5J5RA 3BV4A 3FA5A 3L67A 4M7TA 4UNKA 4PH6A 3QQ0A 3NPUA 2DZWA 3FJ6A 3INPA 1ZENA 1EEPA 3NQ8A 1K3UA 1YYAA 1TV5A 1TPFA 2FB2A 4OV4A 2V2CA 2ZRUA 3GNNA 4Y90A 3TMLA 3AO0A 3LHWA 4LV9A 4QNEA 4UTTC 4R34A 1UUMA 3GIYA 4NJIA 1H7RA 3P8JA 4K8HA 1M5WA 2DJXA 4JS3A 3O63A 1B4EA 3V75A 3WK1A 1SW0A 1OHLA 4HSOA 3HG4A 2DZPA 4LS2A 4ZMGA 4DEFA 3W2LA 2EHHA 4RJEA 4M6PA 3A21A 5AYZA 3W71A 2VENA 1VH7A 1K7EA 4K39A 4UFHA 3O8AA 1JCMP 4FX6M 1VS1A 3LB0A 5FESA 3KHJA 1H7PA 3BLFA 2HS6A 4O16A 3DH7A 3TQ0A 2DJLA 3GDMA 3UWUA 2C13A 2P1FA 2X1RA 2GVGA 5AHFA 1B4KA 2ALDA 1I8JA 4JD4A 2VFDA 4ZQCA 1RVGA 3T55A 3T40A 1TPEA 1KM1A 4JY8A 4MZ8A 4I7VA 4L4LA 4O1BA 3BW3A 1C9DA 5DY3A 3RLUA 4YCPA 1HTIA 1RQEA 2J27A 2HS8A 1OF6A 1WOBA 4PC8A 3QQ1A 3MBFA 1WV2A 2VFGA 2Y62A 1JRCA 3G1HA 1Q6LA 1R30A 3P84A 4KKXA 2JK2A 4O12A 3SFKA 1TTIA 1X1OA 1QAPA 2B4GA 3TXZA 3W1UA 3DGRA 2C19A 1LDCA 3W76A 3GVGA 3W7IA 3ABSA 4MJMA 1D3HA 3LERA 3MYOA 1SO4A 4DPPA 2QCLA 1YDVA 3G1YA 2QKFA 2WNQA 3FYOA 3FIGA 1J4EA 3TU9A 3W7HA 3R89A 4LVDA 1KLZA 3ZWSA 4BWLA 3GDKA 4K7VA 5KZEA 5DXYA 1FWRA 3NVTA 1WBHA 4JTKA 4OBTA 2A2IA 2P0OA 3NL5A 5HULA 2Z6IA 3E0IA 3B05A 2NX9A 4KWVA 1KFEA 3M41A 1J2WA 1A53A 1OF8A 1DV7A 3JRKA 1V5XA 3F4WA 1S5WA 4G1KA 4AH7A 2AGKA 1K03A 1K7XA 2WKJA 1ICPA 5BW6A 2XN0A 5F2GA 4O1AA 1KW1A 1MSSA 4A29A 4AHOA 3BO9A 3N2XA 2FPTA 3NDOA 3HO8A 4GXMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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