The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
117
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sequence length |
331
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structure length |
331
|
Chain Sequence |
SALEGKIAKLEHAEACAATASGMGAIAASVWTFLKAGDHLISDDCLYGCTHALFEHQLRKFGVEVDFIDMAVPGNIEKHLKPNTRIVYFETPANPTLKVIDIEDAVKQARKQKDILVIVDNTFASPILTNPLDLGVDIVVHSATKYINGHTDVVAGLVCSRADIIAKVKSQGIKDITGAIISPHDAWLITRGTLTLDMRVKRAAENAQKVAEFLHEHKAVKKVYYPGLPDHPGHEIAKKQMKMFGSMIAFDVDGLEKAKKVLDNCHVVSLAVSLGGPESLIQHPASMTHAGVPKEEREAAGLTDNLIRLSVGCENVQDIIDDLKQALDLVL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lyase
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| molecule keywords |
methionine gamma-lyase
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| total genus |
117
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| structure length |
331
|
| sequence length |
331
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
4.4.1.11: Methionine gamma-lyase. |
| pdb deposition date | 2003-05-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YAA A; 2AY1 A; 3DXW A; 1PFF A; 3E2F A; 2W8T A; 1TOK A; 3HT4 A; 2ZY3 A; 2QMA A; 4PVF A; 2W7L A; 2JJG A; 3PPL A; 2AY6 A; 2VMS A; 1ECX A; 4HF8 A; 1G7X A; 1DJE A; 1MLZ A; 4GE7 A; 1BJO B; 5M4B A; 3UE8 A; 2W7J A; 2VLF A; 3HBX A; 1O69 A; 2ZSM A; 4DGT A; 1GEY A; 3G7Q A; 3PDX A; 4RAE A; 1IAY A; 4W1W A; 5D95 A; 4ZSY A; 3VP6 A; 4A00 A; 1S0A A; 2OKK A; 2R2N A; 3Q8N A; 2Z1Z A; 3A9Z A; 3MAU A; 1YIY A; 1AHG A; 3AEM C; 3DR7 A; 4WXF A; 3WCN A; 1GEX A; 4ZM4 A; 2QBT A; 1WYT A; 3RUY A; 3AEL A; 3PDB A; 1RVU A; 3WX9 A; 3D6K A; 2AY8 A; 3ELE A; 3IHJ A; 2BI5 A; 3I4J A; 3L44 A; 3GJU A; 2BKW A; 4MQQ A; 4W1X A; 4ADB A; 1E5E A; 1C7G A; 2CIN A; 1WYU B; 4UHN A; 5EFS A; 1BJN A; 1GC2 A; 1AJR A; 3E2Z B; 1UU1 A; 1WYV A; 3FZ7 A; 2Z61 A; 3QPG A; 1CL2 A; 2W7M A; 1D2F A; 1GDE A; 4OCA A; 4XJP A; 5BJ3 A; 4ZLV A; 5M4D A; 4F5K A; 1WKG A; 2EH6 A; 2VMQ A; 2AY2 A; 4ITX A; 2VLH A; 3RCH B; 1AAM A; 3WKR A; 4A0G A; 2BI3 A; 4IXZ A; 4U2H A; 3NYT A; 4KXK A; 1OHV A; 1TAT A; 1LC8 A; 3CQ5 A; 1M32 A; 3JTX A; 4PIW A; 4P7Y A; 3HVY A; 2VMO A; 1O61 A; 2O1B A; 2AY4 A; 4LNM A; 5E3K A; 1ARI A; 1O62 A; 3FZ6 A; 1MLY A; 2OGA A; 3MAF B; 4XQ2 A; 3ASB A; 3CQ6 A; 2HP1 A; 1VJO A; 1JS6 A; 2OGE A; 3ZRP A; 4WP0 A; 1U08 A; 1SPA A; 3FD0 A; 1M0N A; 2DR1 A; 1AAW A; 2C0R A; 2Z20 A; 3PAA A; 4KYO A; 2AAT A; 1BQA A; 1AMS A; 2GSA A; 3BS8 A; 1JS3 A; 3A2B A; 1ZC9 A; 3FVX A; 3NX3 A; 1LC5 A; 1QJ3 A; 2Z1Y A; 3AEJ C; 5EUE A; 2E54 A; 1GC3 A; 4MSO A; 1D7U A; 1ASE A; 2X3L A; 1B4X A; 3BWN C; 1FC4 A; 3R9A A; 3FRK A; 3I5T A; 4N0W A; 1D7S A; 1M7Y A; 4Q6R A; 1AIB A; 3MC6 A; 5AX8 A; 1I29 A; 3FZ8 A; 2VGW A; 1MDO A; 2HOZ A; 3TFT A; 3EI5 A; 2OQX A; 4CXQ A; 5EAA A; 2YRI A; 3PGY A; 1S09 A; 3G8M A; 2EO5 A; 3GZD C; 1CQ8 A; 4AZK A; 2WKA A; 1OXO A; 3BCA A; 5JAY A; 4LNL A; 3NNK A; 3CAI A; 3E77 A; 3JWA A; 2GMS A; 4XJL A; 2OKJ A; 1B9H A; 1OHW A; 4BA5 A; 1LC7 A; 2W7E A; 4B98 A; 1IX6 A; 4EB5 A; 4MGR A; 1W7N A; 2Z9U A; 3EZS A; 3OKS A; 2X5F A; 1M0O A; 3LWS A; 3KE3 A; 4FL0 A; 1TOI A; 2BI9 A; 1BJ4 A; 1PMO A; 3FQ8 A; 1N8P A; 3LY1 A; 4ZDP A; 5EUD A; 1WYT B; 1DGE A; 1IVR A; 1IX7 A; 1SF2 A; 3ISL A; 3PJ0 A; 3PDB B; 4RIT A; 3WKS A; 1YNU A; 2YOB A; 4R5Z A; 3UAK A; 3R4T A; 5BJ4 A; 1UKJ A; 3HQT A; 4XJO A; 3HDO A; 1CQ6 A; 4ZAS A; 2CJG A; 5IWQ A; 1AMR A; 3GSB A; 4BMK A; 1GC0 A; 5TF5 A; 2CH2 A; 1X28 A; 1M4N A; 1AX4 A; 1WYV B; 1DJ9 A; 4ZAH A; 3DC1 A; 2V0Y A; 2YKY A; 2W7K A; 3M5U A; 2JJH A; 1PG8 A; 2Z9V A; 3GBX A; 4LNJ A; 1ARG A; 3A9X A; 2D7Y A; 2VMR A; 4IYO B; 4RKC A; 1SVV A; 2AEV A; 1QIT A; 1KL2 A; 5EIG A; 1Z7D A; 3TCM A; 4JF1 A; 4GE9 A; 3UWC A; 2W8V A; 3P6K A; 1W3U A; 5EQC A; 1OXP A; 2ZYJ A; 1M6S A; 3EIB A; 3LG0 A; 4LC3 A; 4RM1 A; 3FKD A; 1ORD A; 4I8A A; 1AHE A; 5LHA A; 1XI9 A; 3K7Y A; 1ASB A; 2DGM A; 3WGB A; 4M2K A; 1GD9 A; 2CB1 A; 3LVJ A; 4A6R A; 3NUI A; 2WK9 A; 2HOX A; 2VYC A; 4XJM A; 3H14 A; 1BS0 A; 5G2Q A; 1YIZ A; 2FYF A; 5DJ1 A; 5FT6 A; 5G2P A; 3BCX A; 3NYU A; 3KKI A; 4RLG A; 1DGD A; 2W7G A; 4OTL A; 4F5L A; 4P3M A; 3AEN B; 1ELQ A; 2GMU A; 4GEB A; 3PIU A; 2FNU A; 2YRR A; 3FCR A; 2YKU A; 3AEO A; 1FG7 A; 3PD6 A; 5I92 A; 4OYT A; 1G4V A; 3RBL A; 1SZU A; 4R5F A; 4A0R A; 2BHX A; 2GB3 A; 2D64 A; 2C7T A; 2ZY5 A; 4QGR A; 2YCT A; 2HUF A; 1XEY A; 3E2Y A; 1KKP A; 3EUC A; 3ZZK A; 4XEW A; 3ZRR A; 1S06 A; 3AEP A; 5F8V A; 1VP4 A; 2ZC0 A; 2E7U A; 3DZZ A; 1AJS A; 1W7M A; 3DXV A; 3QI6 A; 4LW4 A; 1ASD A; 1AIC A; 2Z9W A; 1QJ5 A; 2D5Y A; 3ACZ A; 3FTB A; 4GSA A; 4IY7 A; 1BJW A; 3N5M A; 4CXR A; 2HOY A; 2YHK A; 3AEM A; 5M49 A; 4OC9 A; 3WGC A; 1AHY A; 2NMP A; 3JU7 A; 4M2J A; 2VMU A; 3FFR A; 5G0A A; 4RIZ A; 4IXO A; 1AY5 A; 4H51 A; 1Y4I A; 2PB0 A; 3NUB A; 4WB0 A; 2E7I A; 4EFF A; 3DYD A; 4UOY A; 3F9T A; 1ART A; 4R2N A; 3WY7 A; 2EZ2 A; 2WK8 A; 2VGT A; 3EI8 A; 4WYG A; 3K28 A; 4JE5 D; 1N31 A; 2BYJ A; 2D7Z A; 1YJZ A; 4WXG A; 5HDM A; 3GET A; 1RV4 A; 2E7J A; 4AH3 A; 1KMJ A; 2BWO A; 1DFO A; 2VI9 A; 1D7R A; 2R5C A; 2ZY2 A; 2QB3 A; 3FSL A; 5D5S A; 1AIA A; 5FT4 A; 3ATH A; 5HHY A; 4A0F A; 1AMA A; 3NU8 A; 4OBU A; 3VOM A; 9AAT A; 3FQA A; 4OT8 A; 4WD2 A; 3E9K A; 1AKC A; 3QN6 A; 2EGY A; 2CAN A; 2YCN A; 3VAX A; 3EIA A; 2O7C A; 4BA4 A; 4E77 A; 2GQN A; 1BKG A; 3F0H A; 4F5I A; 3HLM A; 2BIA A; 2CH1 A; 2W7F A; 4CBR A; 4JEV A; 4MQP A; 3BB8 A; 1WYU A; 4ZDL A; 2XBN A; 2VI8 A; 4Y0I A; 4JF0 A; 4CBS A; 7AAT A; 1QZ9 A; 3USF A; 2D65 A; 1AY8 A; 1AKA A; 2VMX A; 1KKJ A; 3QM2 A; 3NDN A; 5C6U A; 4Y0H A; 3RQ1 A; 4WYF A; 1OAT A; 1PMM A; 1TOG A; 1ARH A; 1QIR A; 1SFF A; 3EZ1 A; 4E3Q A; 4ADC A; 3AEJ A; 4AOA A; 2ZP7 A; 4E1O A; 1IX8 A; 1KMK A; 1V2E A; 2CJH A; 1SZK A; 1WKH A; 3BWO A; 4R8D A; 2JG2 A; 3II0 A; 1V2D A; 3QBO A; 1H0C A; 1M0P A; 5FT8 A; 1BQD A; 3BWN A; 1LW4 A; 1V72 A; 3MEB A; 4U1T A; 1B5O A; 1V2F A; 1Z3Z A; 4JEW A; 3T32 A; 4BHD A; 2ZY4 A; 4Q76 A; 3FFH A; 2DKB A; 2R0T A; 2HUI A; 3BN1 A; 2WK7 A; 3PD6 B; 4EU1 A; 1AMQ A; 4KAM A; 5HXX A; 1JF9 A; 2VGZ A; 3GZD A; 2BWN A; 1MDX A; 2G6W A; 1CS1 A; 4XK1 A; 3FDD A; 4TV7 A; 1J32 A; 1W7L A; 3PA9 A; 5DJ9 A; 4A72 A; 4BQ0 A; 5DX5 A; 1CZE A; 2BI2 A; 3AOW A; 4AZJ A; 4W8I A; 2V1P A; 1MAP A; 3KGW A; 4A6U A; 2VMT A; 4J5U A; 3B1D A; 2JJE A; 2Z67 A; 5DB5 A; 2FNI A; 1YJS A; 1E5F A; 1P3W A; 1SZS A; 4OBV A; 2W7H A; 1C4K A; 1EG5 A; 3GZC A; 4ITG A; 1C0N A; 4RJY A; 4WYD A; 4UHO A; 3ECD A; 1TOJ A; 4WLJ A; 1I43 A; 4Y0D A; 3JZL A; 4XAU A; 3VK3 A; 2F8J A; 1GBN A; 2VGS A; 3NRA A; 2W8J A; 2DOU A; 2X8U A; 2JJF A; 3FDB A; 2ZUK A; 4ZDO A; 4IW7 A; 5E5I A; 2Z9X A; 4A6T A; 1ASM A; 2VMP A; 3LVL B; 1M0Q A; 3B1E A; 3ASA A; 4ATP A; 1IUG A; 2C44 A; 5J8Q A; 1C7O A; 2W7D A; 5M46 A; 3I16 A; 4F5G A; 1AY4 A; 1BW0 A; 1N2T A; 4JEZ A; 5K8B A; 1IAX A; 1FG3 A; 5FT5 A; 1IJI A; 1LK9 A; 3EI6 A; 4Q75 A; 3AOV A; 4AO4 A; 1ASG A; 4EB7 A; 3BCB A; 3RI6 A; 1X0M A; 2DGL A; 4J8L A; 2R5C B; 4O6Z A; 2HUU A; 2W8U A; 5G4I A; 3RBF A; 3K40 A; 1MGV A; 2VGV A; 3LV2 A; 1B8G A; 1ELU A; 2VMV A; 1ASC A; 2PB2 A; 2D63 A; 3CBF A; 4TMR A; 1LW5 A; 1DJU A; 3LVK A; 4W5K A; 4A0H A; 2BYL A; 3L8A A; 3NU7 A; 3ELP A; 4F4E A; 2R5E A; 4JE5 A; 2W7I A; 4W91 A; 2CFB A; 2QB2 A; 2X5D A; 3JW9 A; 1RV3 A; 2Q7W A; 3COG A; 4UQV A; 4HVK A; 2CTZ A; 1TOE A; 1CZC A; 2QA3 A; 3B46 A; 4ZWM A; 3H7F A; 3NTJ A; 1D7V A; 4WBT A; 2DGK A; 2VIB A; 1CL1 A; 4MQR A; 4IXS A; 1EQB A; 3QGU A; 3JWB A; 4LW2 A; 1CQ7 A; 1J04 A; 4MY5 A; 2RFV A; 2VMY A; 1AHF A; 4RKD A; 3W1H A; 4ATQ A; 4IYO A; 3WLX A; 1S07 A; 3QHX A; 1GC4 A; 2AY5 A; 1WST A; 4UHM A; 1G4X A; 3TFU A; 1IBJ A; 2YKX A; 4IX8 A; 3NYS A; 1CJ0 A; 1X29 A; 3TAT A; 4WXB A; 1ARS A; 2XH1 A; 1AKB A; 1EJI A; 3AAT A; 2TPL A; 1BJO A; 1YOO A; 1VEF A; 3MC6 C; 2FN6 A; 2OAT A; 1TPL A; 4K2B A; 2YKV A; 4PFN A; 2AY9 A; 4PFF A; 4DBC A; 4F5H A; 2FM1 A; 3BV0 A; 4MKK A; 1ASF A; 4GRX A; 1QGN A; 1ASA A; 1UU0 A; 3GR9 A; 4MKJ A; 4ADE A; 4ZM3 A; 4JEX A; 2JGT A; 4FFC A; 4F5J A; 2ZSL A; 3N0L A; 1G7W A; 1C9C A; 2VMZ A; 3FQ7 A; 3MBB A; 4Q31 A; 1DTY A; 5G09 A; 3AEN A; 3HL2 A; 1RVY A; 2W8W A; 5EIG B; 3E6G A; 2EZ1 A; 1GEW A; 1UU2 A; 2VGU A; 2VIA A; 4JEY A; 2AY7 A; 3E2Z A; 4GE4 A; 1X2A A; 1T3I A; 1TAR A; 3B8X A; 3FVU A; 4W1V A; 3A9Y A; 3IF2 A; 1W23 A; 1ZOD A; 3B1C A; 3WCO A; 4F5M A; 3P1T A; 5LH9 A; 4NOG A; 4E3R A; 3CQ4 A; 2CJD A; 3VK4 A; 1C7N A; 4WLH A; 2QLR A; 4M2M A; 2BIE A; 3EI7 A; 3LVM A; 4K2M A; 1ASN A; 3G0T A; 2PO3 A; 1B9I A; 3RCH A; 2EPJ A; 4OMA A; 2HP2 A; 4TN4 A; 1LS3 A; 3DR4 A; 1JG8 A; 3OP7 A; 8AAT A; 3MKJ A; 1LKC A; 4WYA A; 3MAD A; 4L0O A; 1GCK A; 2HOR A; 1QIS A; 2ORD A; 5EAV A; 3WZF A; 5E4Z A; 1ZOB A; 1I41 A; 3EI9 A; 3F6T A; 3MAF A; 3KGX A; 4ZSW A; 2BI1 A; 3A8U X; 3AV7 A; 3BC8 A; 4N0B A; 4RJ0 A; 1BT4 A; 1AHX A; 1OHY A; 1YJY A; 2CST A; 2BIG A; 3DOD A; 5G4J A; 3VK2 A; 1S08 A; 2D61 A; 1MAQ A; 1ASL A; 3W1J A; 5F9S A; 4GDY A; 2O0R A; 1KL1 A; 5EUN A; 2YCP A; 4CVQ A; 4WYC A; 4B9B A; 2AY3 A; 2ZJG A; 3DRD A; 1AJS B; 4WYE A; 2D66 A; 1DKA A; 2VMW A; 3ZRQ A; 3GWP A; 4F5F A; 4AO9 A; 2C81 A; 2CY8 A; 2VMN A; 1MDZ A; 1O4S A; 4ADD A; 2FQ6 A; 4EMY A; 3N75 A; 2DKJ A; 3FVS A; 1TAS A; 2BWP A; 3ZZJ A; 4ZWV A; 1H1C A; 1I48 A; 4K2I A; 3HMU A; 2AEU A; 4DQ6 A; 1B5P A; 2JIS A; 4ISY A; 3DU4 A; 4WB0 B; 3W1I A; 2HZP A; 3TQX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YAA A; 2AY1 A; 3DXW A; 1PFF A; 3E2F A; 2W8T A; 1TOK A; 3HT4 A; 2ZY3 A; 2QMA A; 4PVF A; 2W7L A; 2JJG A; 3PPL A; 2AY6 A; 2VMS A; 1ECX A; 4HF8 A; 1G7X A; 1DJE A; 1MLZ A; 4GE7 A; 1BJO B; 5M4B A; 3N7N A; 3UE8 A; 2W7J A; 2VLF A; 3HBX A; 1O69 A; 2ZSM A; 4DGT A; 3N4R A; 1GEY A; 3G7Q A; 3PDX A; 4RAE A; 1IAY A; 4W1W A; 5D95 A; 4ZSY A; 3VP6 A; 4A00 A; 1S0A A; 2OKK A; 2R2N A; 3Q8N A; 2Z1Z A; 3A9Z A; 3MAU A; 1YIY A; 1AHG A; 3AEM C; 3DR7 A; 4WXF A; 3WCN A; 1GEX A; 4ZM4 A; 2QBT A; 1WYT A; 3RUY A; 3AEL A; 3PDB A; 1RVU A; 3WX9 A; 3D6K A; 2AY8 A; 3ELE A; 3IHJ A; 2BI5 A; 3I4J A; 3L44 A; 3GJU A; 2BKW A; 4MQQ A; 4W1X A; 4ADB A; 1E5E A; 1C7G A; 2CIN A; 1WYU B; 4UHN A; 5EFS A; 1KAF A; 1BJN A; 1GC2 A; 1AJR A; 3E2Z B; 1UU1 A; 1WYV A; 3FZ7 A; 2Z61 A; 3QPG A; 1CL2 A; 2W7M A; 1D2F A; 1GDE A; 4OCA A; 4XJP A; 5BJ3 A; 4ZLV A; 5M4D A; 4F5K A; 1WKG A; 2EH6 A; 2VMQ A; 2AY2 A; 4ITX A; 2VLH A; 3RCH B; 1AAM A; 3WKR A; 4A0G A; 2BI3 A; 4IXZ A; 4U2H A; 3NYT A; 4KXK A; 1OHV A; 1TAT A; 1LC8 A; 3CQ5 A; 1M32 A; 3JTX A; 4PIW A; 4P7Y A; 3HVY A; 2VMO A; 1O61 A; 2O1B A; 2AY4 A; 4LNM A; 5E3K A; 1ARI A; 1O62 A; 3FZ6 A; 1MLY A; 2OGA A; 3MAF B; 4XQ2 A; 3ASB A; 3CQ6 A; 2HP1 A; 1VJO A; 1JS6 A; 2OGE A; 3ZRP A; 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