1Q6CA

Crystal structure of soybean beta-amylase complexed with maltose
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-amylase
publication title Structural and Enzymatic Analysis of Soybean {beta}-Amylase Mutants with Increased pH Optimum
pubmed doi rcsb
source organism Glycine max
total genus 180
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2003-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1q6cA00
4U2ZA 3CGTA 3SCQA 4P8WA 4PCSA 3EMQA 1J12A 5FKYA 4WKHA 5HBFA 4L4OA 2BHUA 1VFFA 3RDKA 2RGLA 1CXEA 4CN6A 1UR8A 2GDUA 2QMKA 4AEEA 3UETA 1HF6A 1MW1A 3CMJA 4KGLA 4WF7A 3G6MA 2X2YA 3VDAA 2D23A 1JZ4A 2A3AA 2DH3A 2VUYA 1NH6A 5DFAA 2Z1SA 3TTOA 1I1WA 4OOZA 5A8NA 3VGHA 4BQ4A 1QBAA 2GFTA 2XIIA 2E8ZA 3EMZA 1OGSA 2J7BA 4EANA 4W8BA 3PZOA 2C7FA 4OBRA 1B3ZA 4JFSA 1E55A 1Q6FA 3WH8A 4Z2KA 3T2OA 1EDTA 1HJVA 1QI4A 2CBVA 4DM1A 2CNCA 2YBTA 2VX5A 1UD3A 1E6XM 4WLCA 1LWJA 3ZOAA 1W3JA 1JFXA 2W66A 3WNNA 2VO5A 4W8AA 2VCCA 4CGTA 2WVVB 3VGFA 1JYVA 3TOPA 1BYCA 2GJRA 1E9LA 3T0AA 2G41A 3QOMA 5CPTA 1XSJA 2DT2A 4W5ZA 5CPQA 4LX4A 1E6RA 1GJUA 2X0YA 1QI5A 3M6DA 4LXFA 3VD9A 3F5LA 4QFUA 1D7FA 2CKRA 2YA0A 1W9XA 5I0DA 2V3FA 3VINA 4HZ6A 1HX0A 1V0MA 4IM4A 5AYBA 4Z2GA 1E56A 1BTCA 1O7AA 2A3HA 2WHJA 4OUEA 3I3DA 2Y2WA 1CENA 3L4VA 1E70M 1R7AA 2XM1A 3BXWA 3K8LA 3AJ7A 2DIEA 5E0FA 1UR0A 3WH7A 1UA7A 3PZ9A 2XHYA 2A3CA 1QNOA 2PBGA 3FN9A 3B8SA 3WEZA 2ZOXA 4C7DA 2VZVA 4CU8A 5IFTA 3SCVA 3PZVA 3B9AA 1C8XA 4MNJA 2BS9A 1OT2A 3I3EA 1Q6EA 1NOFA 2BNJA 2BY2A 2CHOA 4PEEA 1WDQA 4KMQA 3TTYA 3SURA 1JXJA 2W61A 1VENA 4MB5A 4TOQA 3VOCA 1JDDA 1HIZA 4HU8A 4UQBA 5E0CA 4CD4A 3WEMA 4HP5A 3GH5A 2CITA 2ZUTA 1E5JA 3VIFA 4BCEA 1BYDA 3ZR6A 3UCQA 3IAQA 3J7HA 4S3JA 4ATDA 1UD2A 1V3IA 4ZEPA 2WHLA 1CXKA 2JIWA 5D8WA 5ABGA 4YPJA 2X09A 1HXJA 1TCMA 1E6QM 1E4IA 1K9FA 1B1YA 3W6LA 1MYRA 1VEOA 1XRVA 4L4PA 3K8KA 2J79A 2ZX5A 1TUXA 2DGAA 1OT1A 5A8QA 5LA0A 4M56A 1NP0A 1JF5A 3WF4A 1E1EA 2ZWYA 4PBGA 3AS0A 3VGGA 2VX4A 1V08A 2CBIA 3SCNA 4HZ8A 2G4FA 4OIFA 4LQ1A 4XV0A 2V3DA 5JIPA 3CIVA 1FH9A 1HKJA 4HPHA 5D9OA 3VKKA 2XVGA 4W85A 2VZTA 3ZT5A 3WDRA 1MW0A 3G6LA 4AZ6A 3SCOA 2J78A 1QOXA 1U33A 2ZICA 3VUPA 2YKKA 1LG2A 1GOWA 5JUVA 1V6WA 1YHTA 3MSGA 4GQQA 3BAIA 3K8MA 1KR1A 3WNOA 2BY0A 4ATLA 4PYSA 3N1AA 5CQ1A 4AY1A 1E6NA 3W24A 2D0FA 1ZU8A 2PB1A 4BQ5A 3VIMA 1DWFM 2D20A 2DEPA 1P6WA 4DWSA 5A6SA 3W26A 1JI2A 2F61A 4LYRA 4IPLA 1VEMA 2CEQA 5A6KA 3AMDA 1CLXA 4W88A 4RE4A 2DQXA 4ML4A 3WD3A 4HOZA 1E72M 3T0BA 1OM0A 3SUTA 5D9PA 2OSYA 1H3GA 4D6JA 1HL9A 1W3KA 4MB1A 3ALGA 3AHVA 3NSMA 4ZFMA 5E09A 3VD5A 4AMCA 2WZEA 2WCAA 3OB8A 1W9VA 4JL1A 1HVQA 4UZSA 1UR2A 1DWHM 1UWUA 5EFFA 2G3MA 3KWXA 2PWEA 1JF6A 1PX8A 4GO9A 1MWOA 2WMKA 3WDIA 2PBOA 1E0WA 2ZUVA 1EH9A 2WC7A 4RE3A 5A8MA 4H2CA 1JAEA 1EO5A 1GOKA 1GUVA 1KR0A 4TX8A 3OGVA 3WUEA 2E9BA 1VBUA 3ZM8A 1TMQA 3CZEA 3WBEA 2HISA 1OWQA 1JD9A 3WNPA 4UQ9A 2EXOA 5DF0A 3ARXA 3KL3A 3U57A 2GJPA 4D6CA 3GTNA 3O2LA 4B15A 4FLRA 4LYQA 1C93A 4F9JA 3BLPX 4EK7A 4WK9A 1G5AA 4P7RA 5EFDA 2BVTA 4EE9A 4D1JA 1E3ZA 4P8VA 2W63A 3IJ8A 1HNYA 1EO7A 5HXMA 5CJ5A 5HPCA 4DUWA 3QR3A 4CCDA 3SCWA 4A3HA 4E4PA 5A6JA 3U7VA 3FHQA 1J0JA 1HP4A 2YIHA 4UFJA 1DHKA 1JYXA 1FH8A 1V02E 2OSWA 5CZKA 1S46A 2FHCA 2V5CA 1OSEA 1VFOA 3KL5A 2JF7A 4TUFA 3VGEA 4UNIA 1R8LA 2ZXBA 4UCFA 3WDJA 3AYSA 4H8UA 4BA0A 1MQQA 1QI2A 2XG9A 3MUZ1 2UY4A 1BYBA 1U2YA 4AEFA 3ZT7A 3BAJA 2WMIA 2CKSA 2VL4A 3VX0A 4UTFA 4W93A 1HKKA 4CKQA 2W62A 3RO8A 1QVBA 1H1NA 4ZE4A 1BGGA 1V3KA 2XUCA 4AC1X 1UD8A 2ZX6A 1JZ7A 2DSZA 3MV11 3MMDA 1H09A 5BYWA 4AD1A 4M81A 2YLLA 4UFHA 1JDCA 3RJXA 4AZ7A 3UESA 2WAGA 3JUGA 3MANA 1WKYA 3AXIA 2D0GA 3DECA 2XVNA 4KH2A 2EEXA 1W2VA 3WD1A 1KBBA 2YA2A 2W5FA 4AZGA 3OLGA 1M04A 2J74A 4WKFA 2DPEA 4W7WA 3ALFA 2JIEA 3VDBA 3OZPA 4FLSA 5AY7A 5IXEA 1W9PA 1W9BM 3L2LA 1K9TA 1MFUA 3K4DA 3PTQA 3W27A 2YJQA 2G3JA 2W91A 2IXUA 3CUHA 1BFNA 4N0RA 4W86A 1MQPA 2WC4A 3BCFA 2WBGA 3WF3A 2AMGA 5I6SA 3W37A 1CYGA 2J77A 1BYAA 1PIFA 3WMCA 2WWCA 3CHFA 4Q7NA 2UWFA 1GONA 1UWTA 1ISYA 3VMOA 1WE5A 2QPSA 2ZUNA 3ECQA 4YN5A 1WDPA 1IT0A 1W3LA 3T0DA 5HNNA 2YDRA 1W91A 4K68A 2ZUUA 4KRTA 4NZCA 1ISWA 3CZKA 4P8XA 3BAKA 3N04A 1FFRA 3BH4A 4H8VA 4MDPA 1BVZA 3AZTA 3DHUA 1CPUA 1W1YA 1AMYA 2IXVA 3AI0A 3NIYA 2XGIA 1GJWA 2JEPA 4U3CA 4BQ3A 1US3A 3MUY1 5C8BB 1JZ3A 2ZX7A 4M1RA 1W9DM 1V0NA 1UUQA 3GYCA 1XSKA 3MUIA 1MXGA 4NRSA 3WQ4A 3DYPA 4HMEA 3T09A 1GHRA 1SMDA 4W89A 3HMCA 1C90A 1K9EA 5A2BA 1UKSA 1AQMA 1GVYA 2BHYA 5AC4A 4AW7A 2FH8A 3THDA 3LPPA 2WSKA 3AMLA 2J7EA 1XH0A 2J7DA 2E8YA 1HJUA 1EGZA 4HA3A 1EQCA 3PZQA 4Y7EA 4EKJA 3UG3A 1NWUA 1C92A 1ZJBA 1KB3A 3RM8A 1E6PA 1UH4A 3VM7A 4D71A 3U5UA 3EDFA 4X0NA 1H49A 1G1YA 2O9TA 1DEDA 3VDCA 3SUUA 3NYDA 4PTXA 5EBAA 3VD4A 1GOMA 4MAVA 4MPKA 3CH9A 1BG4A 3HU7A 4W7UA 5BRPA 5ABEA 2JALA 4UOQA 3CLWA 5DT5A 3GNRA 5JBDA 4MDOA 2VVNA 2UY5A 4KGJA 2VQUA 2ZE0A 3AIEA 3SUVA 2XYLA 1K9DA 3UERA 2J7FA 3WFZA 3WSUA 3M46A 3A4AA 1VJSA 1KBKA 1YQ2A 1ISVA 5BXPA 2PWFA 4CD7A 1D2KA 1V0LA 1I1XA 2EPKX 3VIHA 4R27A 1TA3A 4AWEA 2YDQA 3AISA 1TE1A 4ACZA 1E40A 5HDRA 1TZ7A 3N9KA 4JKKA 2ZX8A 2VZUA 3CZLA 2CIPA 1XSIA 3EYPA 5DT7A 1ISXA 3L4TA 1UQZA 3SUWA 2D22A 1FP9A 3SCSA 5EB8A 1UD4A 4MTVA 4AYSA 1XD0A 1QHZA 4AIOA 1VIWA 1IZKA 1QHPA 4PMRA 2WCGA 4Q22A 2ZWZA 1AQ0A 2BXZA 5IDIA 1GCYA 1GQLA 1UOKA 2PWGA 3MSDA 1UWSA 3LPFA 4J3WA 5A94A 4AZHA 1XYFA 1CGWA 1FP8A 1HKIA 3W29A 2J7GA 3ZJ7A 2ESCA 1ODUA 4HTYA 4DUVA 3WDPP 1UWIA 3WD0A 4AD2A 1R87A 4D6IA 2MANA 1XC6A 2VRKA 4D1IA 1CNVA 1QHOA 3FW6A 4PUEA 3POCA 5A8OA 4UFKA 1V6YA 1QNQA 1LL4A 1VFUA 4PRWA 2FGZA 3AZSA 2XWDA 3THCA 4CD8A 4TVDA 3PN8A 2YL9A 2QLYA 1KCKA 1U30A 1ITXA 4BS0A 1G9HA 1Q6GA 2JE8A 3W28A 2Y5EA 4IPNB 1RP9A 3WL1A 2WMJA 1KGWA 1E4LA 5AYIA 3SUSA 5CPSA 8A3HA 3ARWA 1PPIA 1E4MM 1WAWA 1CXHA 3GBEA 4WSJA 1EIBA 3ZQ9A 3DYMA 1B3WA 1WDSA 2XWEA 4JFTA 4PMNA 1H11A 4V2XA 4GZIA 3WQ6A 2D2OA 2FH6A 3CUFA 4PUDA 3BGAA 1KGUA 1V3JA 1H0GA 3OGSA 5FIPA 1C7TA 1LLOA 3U5YA 4IISA 2ZUWA 2X1IA 3WF2A 3PZMA 1N82A 3CTTA 2GVYA 3FAWA 4C7FA 2WW5A 1EDGA 2XFYA 1TFVA 1V3MA 3ZJ6A 4AZCA 4CU6A 2DSUA 4MNKA 4H41A 2VZOA 1UQYA 3NSXA 2B31A 1J0KA 2VX6A 2WPGA 2D1ZA 2Y8KA 2E0PA 4GQRA 3N18A 3ZMRA 3A6OA 4HOXA 5E70A 2OSXA 3TTSA 1DWJM 5AC5A 4WIWA 1LQ0A 1RPKA 2WCSA 2DH2A 3A47A 3TTQA 2VCAA 3WDHA 5FOOA 1B2YA 4GKLA 5D9NA 1HVXA 1X6NA 4HU0A 3AYRA 1IV8A 1JXKA 4UFIA 2GSJA 3NUKA 3ZSTA 3MUAA 1CBGA 1HP5A 1ZL1A 2E3ZA 5D9MA 1OGBA 1W32A 3CBWA 1NOUA 2EO7A 4P7LA 4CU7A 1PEZA 3AXXA 1ZBKA 1XHGA 4E8DA 4D6DA 3W0KA 1E71M 1J01A 1EHAA 1BVNP 1E43A 4TVCA 3GBDA 2WZIA 4PSPA 2DSKA 3KE0A 3CZGA 1E3XA 1GOOA 3PBGA 2YBUA 2WZHA 1E0VA 4PMDA 1CGTA 3VX1A 4B9YA 2XVKA 2CBJA 2WB5A 4RE2A 1WP6A 4OKDA 1NWTA 2ZXDA 4E8CA 3OLDA 3K4AA 5E9AA 5ABFA 3AXHA 3AFBA 4H8HA 3VIPA 3WNKA 4CVUA 3AIBA 1W3HA 1X1NA 2V5DA 4FLQA 5I5RA 4CCCA 1J0HA 2XFFA 4GIAA 4QDMA 4W7VA 2X8RA 8CGTA 3BMWA 3WNMA 1SFSA 2WHKA 4UQAA 3A4WA 4OBSA 3RM4A 3OGRA 1MW2A 1ZBWA 5FL1A 3HJEA 3S2CA 2BV9A 2FGLA 4WSKA 3N12A 3T2PA 1ZB5A 1VFMA 4JL2A 4M80A 3UG4A 4F9DA 2J25A 1VF8A 2QPUA 3SEPA 3WD4A 1CDGA 3OIHA 1FH7A 3MMUA 4ATWA 5C71A 1CXFA 2EPMX 2EJ1A 4QLKA 5FL0A 3APGA 4YHEA 2X0HA 1E6ZA 1BGAA 2EBNA 5DO8A 1H41A 1KXQA 1JL8A 3S6TA 1G94A 4A4AA 5D4YA 3N13A 4J28A 2D3NA 3AIWA 4GZEA 3AOFA 2BHZA 4B9ZA 4PTMA 2Y8VA 4MADA 4PCTA 1CGVA 1Z32X 2ZXQA 3RJYA 1OBAA 4JAWA 2QHAA 1JZ6A 5IHRA 2DSVA 1OGGA 2PC8A 3PTKA 1C8YA 3CUJA 4GI9A 2CBUA 5A1AA 2YDSA 3SCRA 1GORA 3MKKA 3PZNA 5D8ZA 1FOBA 2C8NA 3WUGA 4PMXA 3OLEA 1VRXA 1KFWA 3AHTA 5BXSA 2BY3A 4XUYA 3WNLA 3AIUA 2W92A 5A6LA 4GINA 1WZLA 1PX4A 4JCLA 1V6XA 1J9YA 3W25A 2WVVA 1OCQA 1NOWA 2E40A 5A2AA 4TX6A 3M7SA 3EDJA 3F4VA 2PI6A 1US2A 2JF6A 2YL8A 4CD6A 2CCRA 6TAAA 1E4NA 4DUXA 1JNDA 3VILA 3POHA 3FHAA 2O9OA 3I3BA 3VTRA 3M07A 4EAMA 4U33A 4JHZA 4MB3A 2XM2A 1J11A 1C8QA 1QNPA 2Y24A 5A8PA 1SMAA 4WKAA 1RP8A 2BY1A 1D3CA 4GZJA 5I23A 5KZ6A 1CTNA 4J3TA 4YHGA 4TVUA 3ARZA 3WUFA 3GH4A 2A3EA 1QW9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U2Z A;  3CGT A;  3SCQ A;  4P8W A;  4PCS A;  3EMQ A;  1J12 A;  5FKY A;  4WKH A;  5HBF A;  4L4O A;  2BHU A;  1VFF A;  3RDK A;  2RGL A;  1CXE A;  4CN6 A;  1UR8 A;  2GDU A;  2QMK A;  4AEE A;  3UET A;  1HF6 A;  1MW1 A;  3CMJ A;  4KGL A;  4WF7 A;  3G6M A;  2X2Y A;  3VDA A;  2D23 A;  1JZ4 A;  2A3A A;  2DH3 A;  2VUY A;  1NH6 A;  5DFA A;  2Z1S A;  3TTO A;  1I1W A;  4OOZ A;  5A8N A;  3VGH A;  4BQ4 A;  1QBA A;  2GFT A;  2XII A;  2E8Z A;  3EMZ A;  1OGS A;  2J7B A;  4EAN A;  4W8B A;  3PZO A;  2C7F A;  4OBR A;  1B3Z A;  4JFS A;  1E55 A;  1Q6F A;  3WH8 A;  4Z2K A;  3T2O A;  1EDT A;  1HJV A;  1QI4 A;  2CBV A;  4DM1 A;  2CNC A;  2YBT A;  2VX5 A;  1UD3 A;  1E6X M;  4WLC A;  1LWJ A;  3ZOA A;  1W3J A;  1JFX A;  2W66 A;  3WNN A;  2VO5 A;  4W8A A;  2VCC A;  4CGT A;  2WVV B;  3VGF A;  1JYV A;  3TOP A;  1BYC A;  2GJR A;  1E9L A;  3T0A A;  2G41 A;  3QOM A;  5CPT A;  1XSJ A;  2DT2 A;  4W5Z A;  5CPQ A;  4LX4 A;  1E6R A;  1GJU A;  2X0Y A;  1QI5 A;  3M6D A;  4LXF A;  3VD9 A;  3F5L A;  4QFU A;  1D7F A;  2CKR A;  2YA0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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