1Q6G | Genus

Total Genus 179

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	179
sequence length	490
structure length	490
Chain Sequence	NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILTFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	beta-amylase
publication title	Structural and Enzymatic Analysis of Soybean {beta}-Amylase Mutants with Increased pH Optimum pubmed doi rcsb
source organism	Glycine max
total genus	179
structure length	490
sequence length	490
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2003-08-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1q6gA00

3CBWA 1V6WA 2QHAA 3ARRA 4D6DA 4UFJA 5CPQA 4P8XA 5HNNA 1E4NA 3SCTA 1UUQA 1WDQA 2PWDA 1KGUA 4P7LA 1OCQA 2Y8KA 3VD3A 3SURA 1BGGA 4Z2GA 1LJYA 1C91A 1VJZA 1XCWA 3AHTA 1X1NA 2J7FA 4H8HA 7CGTA 2EPKX 4PCSA 4PUDA 4HZ7A 2IUZA 4GPNA 1GJWA 1TA3B 1XD0A 3CZKA 4PMNA 4FLSA 1R7OA 3VTRA 1CDGA 1UKSA 5E09A 3EDFA 3VIKA 1DWJM 3BMVA 2WBGA 1QBAA 1JD9A 4TOQA 4UNIA 2ESCA 1V0NA 4AD2A 1QBBA 4QCEA 3WUBA 4U5KA 2NW0A 4IPLA 1QHPA 3SUTA 5FOOA 1RD6A 1KFWA 1UKOA 3OGRA 4M24A 3D3AA 3T2QA 1LWHA 2CKRA 4YHEA 7TAAA 4IM4A 1UD8A 1PBGA 3IJ9A 4GXPA 1CBGA 3RMEA 1WKYA 2JIWA 5C8BB 1JAEA 3VM5A 1J0KA 1H11A 1W9XA 1GW1A 3L4TA 4AD0A 4IISA 3ZO9A 1Q6EA 1E5NA 2GDUA 2AMGA 1G5AA 4PMDA 2WCGA 2WVUA 1EIBA 2WVSA 3VDHA 3GDBA 4PSPA 5A1AA 4B3KA 1J9YA 4UOJA 1LLOA 3BAWA 1JL8A 1G9HA 2AOSA 5BCAA 1E4LA 4WLCA 5KEZA 4J7RA 5CLWA 2WCSA 3AZSA 3TA9A 2VZVA 2WSPA 3K4AA 4GZIA 4M81A 4TUFA 3AXHA 4DWSA 2GDVA 1BAGA 1CXFA 4ATLA 1OT1A 3OLEA 3II1A 3EDEA 3CIVA 5GNXA 1PEZA 3N9KA 2E4TA 3DYMA 3AMCA 1VFFA 2YDQA 3QGVA 3WFZA 5BYWA 1IV8A 3W24A 1XH2A 1OIFA 2XVPA 4AZCA 4HZ6A 4BZYA 1V6UA 4MAVA 2GK1B 1UWQA 1D3CA 3IJ7A 4P7QA 1WAWA 2ZWYA 4UTFA 2FHBA 1ESWA 4UCFA 1U33A 3VKKA 4OZOA 2PWGA 1E40A 1NM9A 5A8PA 4J3WA 3PN8A 1YHTA 1SR0A 3SCSA 1JYVA 3D5HA 3PZIA 1MYRA 3VOCA 4DWSD 1Y7VA 1DEDA 1XHGA 3EMQA 1D7FA 2DIJA 1UHVA 3PZOA 3BGAA 4W85A 3ZT7A 3WQ4A 1FA2A 3W6MA 2JALA 3SCQA 3TTOA 2CESA 3O9NA 4Z2KA 3WD0A 4JL1A 2CPUA 3W29A 3WF3A 4J27A 2QPSA 1JXKA 2J77A 3BSGA 3NDZA 4CD8A 4N42A 2WW5A 3B9EA 3WBAA 1TCMA 1KQYA 3L4ZA 3E1F1 1B3YA 3CZGA 3VDAA 3WF0A 1E73M 5FL0A 1XYFA 2GJRA 1NP0A 1A3HA 3AMLA 2W92A 3OLDA 3APGA 4B9YA 4GI9A 1B30A 1GOOA 1CGUA 3OZPA 1M03A 2EPLX 3ZSSA 3G6MA 3A4AA 1KR0A 1RPKA 4A4AA 3N12A 1A47A 4PYSA 3VIFA 1BSIA 1TR1A 2OYLA 1J01A 2WXDM 4YPJA 3WF1A 5EFDA 4MB5A 4B9ZA 3GBEA 1XV8A 2VT0A 1GOWA 1BPLB 4P8UA 4D71A 1VBUA 1UWTA 2UY5A 1UR2A 3AICA 2ZX7A 4JCLA 2XSAA 4MADA 4PMXA 1M01A 4CVWA 4IUGA 1JNEA 4J3XA 2NT0A 3BXWA 1MXGA 1EHAA 1VBRA 2FHFA 3LPFA 1V6VA 3L2LA 1CNVA 3AXXA 2YL6A 1NWUA 4GIAA 4MTVA 2YJQA 3VNZA 1BYAA 1MFVA 3RM8A 1QHZA 1XC6A 1PIFA 4CD5A 5CJ5A 2O9OA 5BXPA 3AFBA 2Y2WA 4X9YA 4XUYA 3AROA 4GQQA 1KXQA 1LL6A 4MB1A 4U5IA 1UR8A 5IXEA 1HJXA 3SUSA 4PCTA 1UD6A 5I24A 3AOFA 4AZ7A 1TVPA 4EE9A 3KWXA 2VZOA 2XIBA 1TVNA 2WMGA 3T2PA 4LX4A 1EA9C 4CKQA 4WKFA 2XGBA 4URIA 1FP9A 3ARWA 1V3LA 4UZUA 1EOMA 1V3JA 5AY7A 1W2VA 5I77A 2CITA 2VZSA 4RE3A 3PZGA 2XM1A 5ABFA 1BYDA 1E4MM 2BY2A 1KXHA 3K8LA 4NZCA 2PC8A 4PMQA 5HOSA 1Q4NX 3ZJ6A 4PMZA 1WZLA 1QNPA 4MNJA 5ABHA 3MSDA 2ZUTA 1E1EA 2VRJA 4AZHA 2EPNA 4R5EA 2DSVA 4S3KA 5A8NA 3VMOA 1E56A 1V0MA 1SFSA 5BRPA 5I23A 4YHGA 5ABEA 5GPRA 3UG3A 2BNJA 1PZ3A 3WMSA 4ZXLA 1KB3A 2EXOA 1OT2A 3L4YA 4E8DA 2E9LA 3HN3A 3B9AA 3TOPA 4ATWA 2UY2A 4OJYA 1NWSA 4U2ZA 1UYQA 5D9OA 2X0HA 1UA3A 3MKKA 3FAXA 1H41A 1W1VA 3VINA 1OGGA 1HVQA 3T0AA 4B3LA 3AI0A 2ZXQA 1E0XA 2O9TA 4JFSA 1ODZA 3AXIA 1E3XA 1J0HA 4NRRA 5EFFA 2X05A 4BQ5A 3ARZA 3WNPA 2DEPA 4XZBA 2VZUA 1E71M 4U33A 3AISA 2DT1A 2XG9A 4ACYA 2PBGA 3IJ8A 5HPOA 5BWFA 4HA4A 1BYBA 4CU8A 1WDPA 2DSKA 3ZQ9A 1GOIA 1GONA 2A3EA 5A94A 4Z2HA 2DPEA 3S6TA 3AS2A 4UFLA 2V3GA 2EJ1A 3F5KA 1QI0A 1UWRA 1EQCA 4UOZA 4W88A 2XHYA 4TXEA 4OKDA 2WK2A 3SUUA 5IDIA 1XYZA 1WO2A 2BY0A 2PWFA 1PX8A 5E0FA 3EBVA 1UKQA 2J7BA 2W5FA 4P7RA 2VZTA 2X1IA 2D23A 3AHVA 1JDCA 1JIBA 2YA1A 2BVDA 4F9DA 2YL5A 2XTKA 4AW7A 3WDHA 3PZNA 2OWWA 1EO5A 3AIWA 3NCOA 3WMCA 2J7DA 3WDPP 1GNXA 3MS8A 3UG5A 2ZOXA 1V03A 4GINA 2PWEA 1XD1A 3UETA 1JYWA 1U2YA 3VGBA 3WUFA 4AC1X 2QF8A 3N15A 4ML4A 4AWEA 3K4DA 3EYPA 4PRWA 3BLPX 4TX8A 3ZT5A 2DSWA 3FN9A 1MWOA 3SUWA 1KCLA 1QVBA 3VMPA 5I78A 5BXRA 3NYDA 2BHYA 3WD4A 2VJXA 4OOZA 3AQUA 1EXPA 3AYSA 4UQBA 2CBUA 3L4UA 1UOKA 2V3FA 1QI5A 3VM7A 1TZ7A 2J78A 5C70A 2HISA 2DT2A 1XSKA 4AXNA 2ZUMA 1C90A 2J7CA 1UH3A 2ZX5A 3M7SA 3VGGA 3NDYA 4JCMA 3MMUA 1CXKA 3VVGA 1X6LA 2WPGA 5C71A 1CGTA 2YLLA 1CXEA 3WNLA 2VO5A 2RGMA 3GH5A 1J0YA 3VU2A 3IAPA 4BQ2A 2DSUA 1V6YA 3BH4A 3WMBA 3W27A 2YOCA 1TE1A 2WWCA 1F4HA 4DM1A 3WEOA 1VB9A 4PN2A 2J7HA 3BAIA 4UR9A 3UR8A 1NWRA 1D2KA 2G8ZA 3GBDA 4ZEPA 4A3YA 3IANA 2WZHA 3L2MA 3AZTA 1AMYA 2YBUA 1BYCA 1V3KA 1Q6GA 1JZ4A 5M3WA 3F4VA 3CMJA 1PX3A 1QI3A 3UESA 4AEEA 4L4OA 3PZ9A 1H49A 2OLHA 3W26A 3CZLA 4NRSA 4QP0A 3ARSA 1B1YA 5A2BA 1UQZA 5M17A 5ABGA 4W7WA 1NQ6A 4AD3A 2D3LA 3GNOA 5A6AA 2XSBA 3WUEA 5AYIA 1VEOA 1UG6A 5E9AA 4LXFA 1V0KA 4MNMA 5JBDA 5LA1A 1UH2A 1WPCA 3AMDA 3EDJA 3T08A 3AIRA 3KL5A 3GM8A 2VVNA 3BAKA 2VX5A 3QOMA 1KGXA 1XH0A 2BVYA 2J79A 1V0LA 2J7EA 1J10A 3A3HA 4JKLA 4W89A 4C7FA 4BQ4A 1GJUA 4OUEA 1WZMA 3BAYA 1ZU8A 1FHDA 1KBBA 5A6SA 1XH1A 1IZJA 3B9DA 1W32A 4CD4A 1GVYA 3AZRA 2J7GA 3U5YA 5GQBA 2JE8A 1JZ3A 3WY1A 2G3JA 1ISXA 4BF7A 4CVUA 3N18A 2E8ZA 1GQIA 4DWSB 5A3HA 4JL2A 3EDDA 2F8QA 2BHUA 1VRXA 1JXJA 2YDRA 4CGTA 4J3TA 5A69A 1MQPA 3GXFA 2WMFA 2V3EA 1QHOA 2OWXA 4EANA 4W84A 3WFLA 4N0RA 3I3BA 4PTMA 5EB8A 1W3KA 5FD0A 4E4PA 3MUIA 2YBTA 3F5JA 2W91A 3PTKA 2VRKA 4NI3A 4AZCB 1HJQA 1OSEA 2J8GA 1ZJBA 4WSKA 1FH7A 4TVCA 4GZEA 1JGIA 1ZBCA 5LA0A 2WYSA 3DHPA 2UWFA 4BQ3A 1LG2A 4W8BA 3FXYA 1JG9A 1SMDA 2XM2A 3GTNA 2ZUUA 3EDKA 1TFVA 3VGEA 3CGTA 3A4WA 3CUHA 4BS0A 1UR4A 3WQVA 5E6ZA 2FDMA 3AYRA 1KBKA 5JBEA 1O6IA 2BY3A 2Z1KA 1B3XA 2WNWA 3W28A 4MPKA 3VD5A 1C8QA 3A4XA 1VF8A 5EMYA 4AD5A 1OGBA 1CXHA 3CHCA 1NOWA 4FLOA 3W53A 1HKJA 5IFPA 3FNDA 1C8YA 1UQYA 1W91A 2WKLA 3WH7A 4J3VA 5ECUA 2CHOA 4D6GA 1H1NA 3ZOAA 3I3EA 3NUKA 5I6SA 2W61A 4HOXA 1C7TA 3ALGA 1UD5A 4BCEA 1DP0A 1JYNA 2B31A 4CU6A 5E6YA 3RM9A 1PIGA 5D8WA 2WMHA 1HJWA 6A3HA 5FKYA 3SCNA 2EEXA 1H0IA 1H5VA 2IXUA 1B2YA 1E6XM 1LF1A 1DWAM 3QHMA 3ARXA 3WNNA 1JI1A 1GPFA 3BMWA 2D1ZA 1K9EA 2WAGA 4ZXOA 4CD6A 3SIMA 2OYKA 2QMJA 2EBNA 3L4WA 2DH2A 3SCPA 1I1XA 1E1FA 2ZUWA 3I3DA 1WB0A 4TTUA 4JHZA 1BQCA 4CCCA 1BHGA 2FH6A 4Q7NA 5M5DA 4HMDA 1HP5A 1V6XA 2OWCA 3KE0A 4AZBA 4AZGA 3IK2A 4W7UA 4JKMA 4D6HA 3WNKA 3CMGA 3VDCA 5DF0A 3NIYA 3KL3A 1GCYA 1X6NA 3MUAA 1JYXA 5BXTA 1XSIA 1TMQA 3WD3A 3TTSA 2EQDA 4OIFA 2WKGA 3GXDA 2YDSA 3W4RA 5CZKA 4UQAA 1CYGA 1H0GA 1K6AA 2EPOA 3QR3A 2E8YA 1J18A 4AZ6A 2HVMA 2DIEA 4MJ4A 1E6RA 4M82A 3FHAA 3SCUA 3MMWA 2CXGA 3SCWA 2C7FA 4F79A 3RO8A 4QLLA 5I0DA 1E43A 1UKTA 3AIEA 2DT0A 4GO8A 2CBJA 1H3GA 1W1YA 3WH9A 1E6SM 3WEZA 3OGVA 4XB3A 1XGZA 5ABFB 1PZ2A 3WQWA 4FLRA 4PMUA 1LL4A 2WBKA 3WQ5A 2J74A 1MFUA 3K1DA 1HIZA 1YQ2A 4MNLA 4MNKA 1MW3A 4LQ1A 3FAWA 4HPGA 5JIWA 4FK9A 2E0PA 2UY3A 5E0CA 2CKSA 2RGLA 1HXJA 3WQ6A 6TAAA 3CZEA 4PMYA 3BSHA 4HA1A 2VTFA 2OYMA 2DH3A 2OSWA 4P7NA 5LA2A 1AQ0A 3VGDA 3TTYA 1BGAA 4M80A 2GJXA 3PZTA 5D8ZA 2Q8XA 3MMDA 4Z2LA 4C7DA 3VD7A 1NARA 3A6OA 3WDRA 2EPMX 1US3A 1VIWA 3ARQA 4P8WA 2CIPA 3IAQA 2J25A 2WZEA 1HF6A 1KCKA 2VL4A 1E3ZA 1Q6DA 4JFUA 5DO8A 3TTQA 3U57A 1E6NA 1QPKA 1I75A 1RP8A 3L4VA 2BV9A 3CUFA 5FL1A 4E8CA 4TVUA 2G4FA 1XSJA 4ACZA 2PBOA 3BCDA 3ZR6A 4OOUA 1JZ7A 4PSRA 1HKIA 8A3HA 2CBIA 3ZR5A 3RPMA 5JIPA 1K9DA 1BVZA 3WDIA 2CERA 4UQEA 4AEFA 3AHXA 1BG9A 4AISA 3WDJA 1BFNA 1G94A 1CLVA 1ZBVA 3ZIZA 1CGVA 4MDOA 3KL0A 1BTCA 4AIEA 3U7VA 1E6PA 3QHOA 3WUGA 2IXVA 1UA7A 1ISZA 3GYCA 4JKKA 2PF0A 3T2OA 1JZ6A 2QLYA 2WVTA 3CPUA 3U7BA 3CLWA 1HL9A 3WN6A 3AIBA 4PMRA 4W5ZA 2WC3A 2YKKA 5CQ1A 4FMVA 5M03A 2NT1A 1MXDA 4ZE4A 4UQCA 2VQUA 2E9BA 2XFYA 2C0HA 2XUCA 1H09A 5A95A 3AMKA 5IFTA 4ZENA 3ZT6A 3W37A 3DC0A 4W93A 4WKHA 2X2YA 4M8UA 1H4PA 5A6LA 1ZJAA 1MW1A 1WP6A 4X0NA 1CLXA 4Q22A 1OM0A 2G3NA 2O9RA 1CXLA 4UFHA 3KEHA 2WZIA 4HU0A 2WLYA 4L4PA 1B3VA 1E55A 1W3LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3THC A;  1UZ4 A;  1B31 A;  1LL7 A;  3QOK A;  4D6J A;  2W63 A;  3DEC A;  3SEP A;  4MAZ A;  1DWF M;  1DWG M;  5CLT A;  1HL8 A;  2F61 A;  1CZ1 A;  2ZUN A;  3WNM A;  3WH6 A;  1B3W A;  2O9P A;  5A2C A;  1HN1 A;  4UQD A;  3WL1 A;  4ATD A;  1J12 A;  1V3I A;  2D2O A;  3NJ3 A;  3HMC A;  3MUZ 1;  2MAN A;  1HVX A;  3VDB A;  5BRO A;  4U31 A;  1JDA A;  2WHJ A;  3G6L A;  3J7H A;  2J75 A;  1CPU A;  1J0Z A;  4H8U A;  1GQK A;  3RJX A;  3MU7 A;  4UFK A;  3WF2 A;  2ZIC A;  1HJV A;  4D1I A;  3NSM A;  2WMI B;  2VX4 A;  1VFU A;  1JFX A;  2JF6 A;  3OG2 A;  2WVV B;  2E9M A;  1UD2 A;  3K8M A;  4KGL A;  4TVD A;  1E15 A;  2FGL A;  2ZUV A;  1L0P A;  3CHE A;  3W0K A;  1GQL A;  1WE5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1Q6GA

Total Genus

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