1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
1BQLY 2LYOA 4GCDA 3RW8A 4TUNA 4NGYA 2EPEA 3BKHA 4NHTA 3CT5A 5KKJA 5D5CA 1GDXA 1HEMA 1LKRA 2I26L 1GF5A 3BKVA 3N9CA 2EKSC 4UWVA 3ATNA 4WM6A 3CB7A 5KXWA 4B0DA 1B5WA 1LMCA 1XSFA 2Z38A 1YKZX 1XGRC 1LHJA 1OUAA 3CSZA 1LSGA 1N4FA 3WUNA 5IELA 1WQOA 1LZGA 1G7JC 1IWYA 2HEFA 3HBDA 4HP0A 4KXIA 3SP3A 3E3DA 4B49A 1JEFA 1B7NA 1BWHA 2MEHA 5KY1A 1T6VL 4HPIA 1EQ4A 4M4OA 5KXKA 1DI3A 2CJLA 1LSMA 1FBIX 1TDYA 1GB3A 1GE4A 1V7TA 4H9AA 4L41A 1GFEA 2MEEA 1LZ1A 3IJUA 1JKDA 1RFPA 1C46A 2ZQ4A 2CWIA 2EIZC 1HFXA 3WUMA 5KKIA 5C6LA 4NG8A 4Z41A 4LGKA 1MELL 1VATA 3LHMA 3WPLA 2LZ2A 3IJVA 4GCCA 4ZFPA 5KXPA 4ZEEA 2HECA 1UA6Y 4GCEA 2Z18A 1IX0A 4LYBA 2IHLA 1HEPA 4WMGA 1GDWA 5AMYA 5C6JA 3TXEA 1BVXA 4FJRA 4WLDA 1WQPA 1JISA 1NMMA 1LTMA 2F2NA 1DPXA 2HTXA 3A8ZA 1BWJA 1GXXA 1CKCA 4H8YA 4WM1A 1FLYA 4N9RA 2H5ZA 1DZBX 4NGWA 4TSBA 2MEIA 1GB8A 3WU7A 1I1ZA 1LZBA 1UICA 5KJ9A 4HPEA 2CDSA 1C08C 4J1BA 2HEBA 3P65A 4NIJA 1CKHA 2F4AA 1YILA 1F0WA 5B06A 1DXJA 4RLNA 5LA8A 1HHLA 5E9RA 1G7HC 1JPOA 2Y8PA 3RNXA 1GFGA 3HBHA 4H8XA 1VDPA 3ZVQB 2B5ZA 1HFYA 4LFXA 1W6ZA 1IP4A 1LJHA 3WU9A 1GFHA 3HBEX 1LJFA 1JJ0A 4PGJB 3G3AB 4CFPA 3GXRA 1FN5A 2G4NA 4C3WA 1GBXA 1GWDA 4WG1A 5DLAA 5KXOA 2MECA 1KIPC 4WM4A 4H9FA 1WQQA 4H9CA 1GFUA 4OWCA 2ZIJA 4UWNA 5I54A 3TXDA 3W6DA 4N5RA 4MCKA 1WQRA 4GN4A 1BVKC 4B4EA 1GB2A 1AT5A 1GBWA 2DQDY 1OUCA 1HENA 4KL7A 1D9UA 2BQKA 3WVYA 5LAGA 1ZMYL 3P66A 5F9UA 5LYMA 2YBNA 1LJIA 3W6FA 1BHZA 3AGIA 1HC0A 5IHGA 1UACY 1RCMA 5T3FA 4ANRA 1I20A 1C7PA 153LA 1GEZA 1LJEA 1RE2A 2MEAA 2F4GA 4ZIXA 1LZ5A 2BQDA 4RLMA 1WQMA 4DT3A 4TTDA 1XEIA 1VEDA 1IWWA 5FCPA 1REXA 1CKDA 4WG7A 4H91A 4H1PA 1HELA 1GAYA 1KXXA 5DL9A 4QY9A 5DM9A 5A3ZA 2BQEA 1IWUA 1CJ7A 3B6LA 3EMSA 4PRUA 5B1GA 1HFZA 2RSCA 3A94A 5APFA 1GB0A 1IY3A 1QDTA 2BQFA 3A6CY 2Z39A 1UIDA 3B0KA 2H9JA 4NGOA 3KAMA 1J1XY 2HU1A 1GFTA 3ULRA 1GE0A 1B5ZA 4CGEA 134LA 2HEEA 208LA 4HV2A 1IR7A 4BADA 3OK0A 1GB9A 1WVVA 1NF5A 4H9BA 2MEDA 1AKIA 1EQ5A 3AZ4A 3VWOA 3P68A 1LZCA 1GFJA 1IWZA 1LPIA 4ETAA 1QSAA 1UIAA 5EBHA 1C43A 3TXGA 4WLTA 2X0AA 3LYTA 1CJ8A 1GF4A 3J6KA 4LT1A 4W94A 5LAFA 1LJ3A 5LVIA 4B4JA 1CNSA 2W1XA 4GCFA 5FEKA 3W6EA 4XJGA 3CSQA 4GN5C 2ZNXY 132LA 3ZVQA 5F16A 2FBDA 1LYYA 1IWXA 1HERA 2HEDA 2W1MA 4HV1A 3WW5A 5LIOA 2DQCY 3TMWA 1IO5A 3AW6A 1G7LC 2YBMA 1JITA 4ETDA 5DN4A 4HJYA 4E3UA 1FLWA 1H87A 3A91A 1SQ2L 3D9AC 1FKVA 1HNLA 4NGZA 2DKVA 1OUJA 3TMUA 3WPKA 4WOAA 2Z2EA 1J1OY 4KT3A 1NBZC 3FI7A 1LZ6A 4H8ZA 2MEBA 4XYYA 1A2YC 5FSTA 1QSWA 5K7OA 1CJ9A 2PC2A 4H92A 1YIKA 1F6SA 5LYTA 1GBOA 1KXWA 1GBZA 1JTPL 1IOCA 4DD9A 2DQFC 1YANA 2G4QA 1YL1X 1SLYA 3P64A 4H93A 1WVUA 5LA5A 2BAAA 1UIGA 4XJDA 4U3XB 1IIZA 1REYA 4IJ4A 4DYGA 1IR9A 1LZ4A 5B59A 2W1YA 2NWDX 1QUTA 1GFAA 1GB6A 1LZEA 4W96A 1JSEA 1B7OA 1FKQA 3TXFA 1QTEA 1LZAA 1QQYA 1OUIA 3A3QA 4J7VA 4NEBA 2MEGA 5A3EA 1HF4A 5E4PA 5APCA 2YDGA 1IC7Y 1PZYA 1UIBA 194LA 5FHWA 1OUFA 1LMAA 1GEVA 1P2CC 1BB4A 4B1AA 1IY4A 1ZV5L 4RDSA 1XEKA 5KXSA 3TXIA 4H9IA 3ZEKA 4CHXA 1B2KA 4NSJA 1ZVHL 3A96A 1NBYC 1GXV2 1GF6A 4ETEA 1G7IC 5DN5A 1EQEA 2YBIA 3M18B 1O23A 1ALCA 1XGPC 1LSCA 4OWHA 2Z2FA 4TSCA 9LYZA 3CSRA 3W6CA 1B9OA 3WYHA 2C8PA 2GV0A 4ETBA 1IC4Y 4OWEA 2Z37A 4OWBA 3TXJA 1B7RA 2ZYCA 1NHEA 1HSWA 1XFPL 4H94A 1LZSA 2BQIA 1KIQC 5L3IA 5J7CA 1HEOA 1B7MA 2XBRA 1B0DA 1LSEA 4PHIA 4NFVA 5KXLA 4P2EA 1VFBC 1GF0A 1XGQC 5I4XA 5LINA 1IP2A 3LYOA 1GFVA 1NDMC 1B5UA 3HFMY 4G4HA 4LT0A 4QGZA 4H9EA 1B5YA 2BPUA 3OJPA 4NGIA 1LMPA 3RU5A 4NGJA 1LMOA 3TXBA 1OQMA 2Q0MX 3TMXA 1YQVY 3B0OA 1LHMA 3FE0A 4ET9A 2BQNA 4WL7A 1IC5Y 3AYQA 4ETCA 1XGTC 4BS7A 5LYZA 1TBYA 2D4JA 4XJFA 1D0MA 1RJCB 2FBBA 4HTQA 4XADA 1GF9A 4Z98A 4OW1A 4J0LA 2DQAA 2DQEY 4GN3A 4LYTA 4H9HA 1A4VA 5D5FA 2YSSC 3IWRA 1DQJC 1B7LA 2D6BA 2BQHA 3A34A 2LHMA 1OUEA 1LSPA 3LZ2A 1BB6A 1RI8B 1LHKA 2ZIKA 3G3BB 4WLXA 3WW6A 4A7DA 4DD0A 1V7SA 1NKHA 1DI4A 4AGAA 2FYCA 1JTTL 1LSDA 6LYZA 1LJ4A 4IATA 1QIOA 5LVKA 1JIYA 1GBSA 1YAQA 5HMVA 1B5VA 4LT2A 1LJKA 2A7FA 1GE3A 5B07A 1IOQA 4Z3MA 1DPWA 1BB3A 5C6IA 2I6ZA 3A90A 3CQLA 4PPOA 1LOZA 5II3A 1IP1A 1OP9B 1W08A 3A93A 3P4ZA 4IASA 1IP3A 1LMTA 3TMVA 3A92A 4TX7A 5APEA 3LZTA 2H9KA 1DKJA 3AGGG 4XJIA 3A95A 4DWXA 4NHIA 2BQOA 1CJ6A 1IVMA 4AXTA 5KXNA 2ZILA 1F10A 3WVXA 1B7SA 4HJVA 4LYOA 5APDA 5L3HA 2WARA 2A7DA 4LYCA 1XEJA 4G4CA 5LVJA 4N0JA 4XJHA 1KIRC 1JWRA 1VDSA 3AZ7A 3CT0A 1IR8A 1LKSA 2Z19A 5HQ1A 4NHQA 1LZ9A 1GAZA 1GFRA 3N9AA 2D4IA 4YENA 5FDJA 4DD7A 3M3UA 3RZ4A 4YEOA 3AJNA 2C8OA 1LSYA 1LSAA 4D9ZA 1E8LA 1UUZC 4DD3A 3QY4A 2W1LA 3MGWA 1D6QA 1LHHA 1C45A 5F9XA 4RW2A 5HNCA 4NSIA 1D0LA 5F14A 4ET8A 4NSHA 1JJ3A 4N1EI 4Z46A 1JJ1A 5JENB 4DC4A 1YKYX 1DI5A 1LYOA 2D4KA 1JKBA 1GE2A 1LZDA 1OUHA 1IP5A 1NDGC 1ZVYB 4LYZA 5B1FA 4NG1A 4M6DA 1IORA 4WL6A 4HJZA 4WO9A 2YBLA 5KXRA 1KXYA 4EMNA 1LZRA 4CFOA 1INUA 2BQAA 1LHIA 1TCYA 2AUBA 4HTNA 4WLYA 2MEFA 3B0IA 4PJ2C 1UIEA 1D6PA 3AW7A 1FDLY 1MLCE 4NWEA 4TWSA 5ILFA 193LA 1LSBA 1YL0X 3WL2A 1LHLA 4OOTA 4MSTA 4PRQA 3RT5X 4WM5A 1FLUA 1FLQA 2DQGY 1B5XA 5KXZA 1HMLA 1IWVA 1UIFA 1WTNA 4LFPA 5I5QA 1REZA 4XENA 8LYZA 2BQMA 4DDBA 1LZYA 3J4GA 2ZYPA 4WO6A 1LYZA 2DQHY 3WMKA 7LYZA 1QDRA 1OUDA 5HNLA 1CKGA 2HU3A 2VB1A 3A3RX 5HLLA 3LYMA 4NGVA 1LSZA 3A6BY 3D3DA 4NHPA 6LYTA 4GLAA 3ATOA 135LA 1IEEA 3WH1A 1GF7A 1DKKA 4DDCA 5KXMA 1AM7A 1LJNA 4NWHA 1GD6A 4GCBA 4WM3A 4B4IA 4YF2A 5M1YA 1T3PA 1QTKA 5KXTA 1JHLA 4LT3A 4NHSA 4I8SA 2LYZA 1GHLA 2ZQ3A 2YBHA 2BQCA 1YKXX 3AZ6A 1YAPA 2LYMA 3EXDA 1J1PY 3WXUA 1GE1A 2F30A 5KXYA 4C5FA 1GFKA 1TEWA 3T36A 1LZTA 4WM2A 5HMJA 1BB5A 1AZFA 2BLXA 1BGIA 2N5ZA 2ZWBA 4OWAA 4UWUA 5I4YA 1YAOA 1C10A 3A67Y 1BWIA 2XJWA 1UCOA 1HEQA 1WTMA 4NGLA 4QEQA 3TXHA 1B7QA 1EL1A 1LSFA 4R0FA 1PS5A 4KPMA 1WQNA 1YAMA 1F6RA 1HEWA 4LYMA 4DD1A 1Z55A 3N9EA 1LSNA 1LZ8A 2LZTA 5LVHA 1JKAA 1NQIA 3WUAA 3WXTA 2IFFY 1CKFA 5F81A 1GB7A 4MR1A 4X3BA 2D91A 1VAUA 5I53A 1OUGA 1GF8A 1JTOL 2I25L 5IDDA 1IP6A 4YOPA 3W3EA 4G9SA 4G49A 1D0KA 1I56A 4O34A 1GPQC 1UIHA 1XGUC 5ILCA 3K3TA 4NY5A 5I4WA 4XJBA 3QE8A 1VDTA 1JKCA 3WU8A 1GBYA 4DDAA 2XBSA 207LA 4N1CC 4BAPA 4LZTA 1JUGA 1LAAA 3W6BA 3LN2A 4BAFA 1QUSA 4HTKA 2BQJA 1BB7A 3EBAB 5LXWA 1GF3A 2DQIY 2DQJY 4G4BA 4XN6A 2ZNWY 2HEAA 3GXKA 2CGIA 2BLYA 1IOSA 1NWGA 1AT6A 1B7PA 1LMQA 1REMA 1YROA 5B05A 3TXKA 2XTHA 4CJ2A 5LVGA 4GLVA 4J1AA 1UC0A 1IOTA 1VDQA 2BQGA 1IWTA 4NGKA 133LA 2EQLA 1UBZA 1G7MC 3T6UA 2FYDA 3B72A 2BQLA 2HUBA 2DBTA 2Z12A 1LJGA 1LJJA 1OUBA 4QDNA 4FDYA 2YBJA 1LZNA 3AB6A 4RW1A 1GB5A 4II8A 4H90A 3WULA 1LCNA 5KXXA 1LMNA 3QNGA 2BQBA 1LYSA 4DD2A 3F6ZA 4YEMA 154LA 5L9JA 1HSXA 2G4PA 3AZ5A 5FELA 1TAYA 4OOOA 1IP7A 3EO5A 1JSFA 3AGHA 4N8ZA 4ML7A 4R6CA 4EOFA 1HMKA 2YVBA 3LYZA 3WPJA 3W6AA 4NSGA 1H6MA 3CT1A 4HSFA 4I0CA 4YM8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B7NA 4GCDA 4TUNA 4NGYA 3BKHA 4NHTA 5JI3E 3CT5A 3VKHA 1DYEA 5D5CA 1G07A 1HEMA 1LKRA 1PJTA 3ATNA 1LWKA 3CB7A 4G4OA 4B0DA 5KXWA 1LMCA 1N36M 3WUNA 1JQUA 4LF6M 2HEFA 4HP0A 3I51A 3JR4A 3NBIA 3E3DA 1B7NA 1BWHA 254LA 4W53A 1P56A 1DI3A 1FBIX 2EKKA 1KS3A 1L2CA 3HH6A 1GFEA 4ARMA 1C46A 3TWMA 1CUPA 1HFXA 1R7RA 1C6NA 5KKIA 4LGKA 1L93A 3E4RA 4M9SA 3TE6A 3OE6A 5KPRA 1UA6Y 1ZV1A 1L54A 1ZAEA 2K47A 3QAKA 1GDWA 4IBEA 2KW0A 1D2WA 1L87A 4DQ5A 3BBZA 2F2NA 4JYAM 1CKCA 1L30A 4N9RA 1TH4A 2H5ZA 1DZBX 176LA 5DFLA 212LA 248LA 2WSFF 3WU7A 1I1ZA 1P46A 1L11A 2DZNB 4WW0A 1LYJA 1L91A 4NIJA 5B06A 1YILA 4RLNA 1QTDA 239LA 1SX7A 4H8XA 2FNAA 2B5ZA 4LFXA 4LJ7A 1LV7A 4LJ6A 1C6BA 3HBEX 2DVWB 5ITRA 3G3AB 3GXRA 4C3WA 1GWDA 4WG1A 1L63A 5ITXE 3OTOM 4H9FA 1DYFA 4AI6A 3GLIE 3OE8A 4UWNA 2LXEA 4PDIA 5E6JA 4N5RA 4GN4A 1DGBA 1BVKC 4GEWA 4B4EA 1ZMWA 1TGUA 1GBWA 1OUCA 4KL7A 251LA 5EXXA 1E94E 4GHLA 250LA 4W58A 4XK8F 3W6FA 4LJ4A 1BHZA 3AGIA 5IHGA 1IY2A 2AHMA 1UACY 220LA 2LVAA 1I20A 1C7PA 4EJ4A 3KS8A 1L40A 1LJEA 4W55A 2BQDA 180LA 1XEIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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