The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
68
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structure length |
68
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Chain Sequence |
SGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQATVWGIKQLQARSGGRGGWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| molecule keywords |
GP41 ENVELOPE PROTEIN
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| publication title |
Inhibition of human immunodeficiency virus type 1 infectivity by the gp41 core: role of a conserved hydrophobic cavity in membrane fusion.
pubmed rcsb |
| total genus |
27
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| structure length |
68
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| sequence length |
68
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-06-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B8N A; 1QR8 A; 1MOF A; 3MHH C; 3P30 A; 4N21 A; 1F23 A; 5H9C A; 3WFV A; 1JQ0 A; 1MG1 A; 3B8M A; 3B77 A; 4JF3 A; 2X7R B; 1QR9 A; 2M7W A; 1I5X A; 1DF5 A; 3GWO A; 1DF4 A; 1QCE A; 3CP1 A; 2MK3 A; 5HFM A; 1Y66 A; 2OT5 A; 5HFL A; 3H01 A; 4JGS A; 1QBZ A; 2EZO A; 2EZP A; 5CN0 A; 3M99 B; 5CMU A; 2LP7 A; 1DLB A; 4JPR A; 1Y4M A; 4FK5 C; 3CYO A; 2EBO A; 3K9A A; 5KA5 A; 3MHS C; 1SZT A; 5KA6 A; 1JPX A; 4G2K A; 4E2L A; 1ENV A; 4FIP C; 1I5Y A; 4N23 A; 1EBO A; 1K34 A; 2P6J A; 4FJC C; 1K33 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UJW B; 1PP9 H; 3K79 A; 4PDV A; 3CCL V; 3UM7 A; 4HYO A; 3K5L A; 3HKD A; 4YJ3 B; 1VAR A; 1FKA O; 2DQ3 A; 3T4D A; 3W7W A; 1BQZ A; 1SQG A; 2P90 A; 4I9Q A; 5DN6 G; 1Y4M A; 4O2A B; 4P9P A; 3SPJ A; 3G6E V; 3OTO O; 3HKB B; 2EX3 A; 2A3Q A; 1R6N A; 1AJN A; 4LF9 O; 2WLI A; 2ODM A; 4MT8 A; 4UCU A; 2R9A A; 1T5E A; 4LFC O; 4JI0 O; 2EIN B; 1V55 B; 1PL4 A; 2ZDI C; 4DV1 O; 2PYL A; 1KMI Z; 3HKD B; 4F6R A; 1BSM A; 1VQ5 V; 3ZN0 A; 1X4T A; 1EBO A; 2D2C B; 4I55 A; 4P2Z A; 4JTA B; 4U7N A; 1KP2 A; 4DR5 B; 4DUZ B; 1A32 A; 3BAA A; 1JVM A; 2ADP A; 4LNU A; 2JK5 C; 1L0N H; 4EFE A; 3S3X A; 1K92 A; 1HDJ A; 1Q3E A; 2WPD G; 5KA6 A; 4CH4 A; 2ARH A; 4UB8 Z; 4JI5 B; 4B3R O; 2IM9 A; 4F6R B; 2UUA O; 1Q6H A; 1XIL A; 1S0V A; 4LP8 A; 3QF7 A; 4N21 A; 5CB4 B; 3G6B A; 2DYS B; 1NTZ H; 4X88 A; 2P5O A; 2DJV A; 5CBH A; 2QKC A; 2ZDI A; 2Q73 A; 3G67 A; 5CN0 A; 3OUS A; 5EIB D; 1SQV H; 2RNB A; 1SQF A; 3ICX A; 5EIB C; 2XUM A; 1JX9 A; 4QGP A; 5KX5 A; 1QR8 A; 2CTW A; 5LL6 Y; 5IJ0 B; 4LWS A; 4FLU A; 1K4C C; 1D2D A; 4H37 A; 2Q7E A; 4DV3 B; 3RW0 A; 4PI0 A; 1GN3 A; 4JI1 B; 1VQ6 V; 1TUB B; 1IBL O; 1IUR A; 1IBK O; 3LNM B; 3ML0 A; 1PNM A; 5FNV B; 1NR7 A; 2DE0 X; 4PA6 A; 1GO3 F; 1GM8 A; 3JD2 A; 3O65 A; 4R8C A; 4LF6 B; 1N32 O; 2EZO A; 3F7Y C; 4LWS B; 1K3E A; 2JIZ G; 3APQ A; 1N33 B; 1M5I A; 3FYE B; 5ITZ A; 3CYO A; 5B3S B; 4PHZ A; 5C8Y A; 2Q0O C; 1R6T A; 1K33 A; 2VS0 A; 3CS5 A; 1KC8 W; 1OCR B; 3OM3 B; 4DR7 B; 3STZ C; 4UCR A; 3A0H Z; 2QJ1 A; 3RVZ A; 3CCS V; 4GX2 A; 3SGI A; 3OMN B; 2EIL C; 4TV9 A; 2HVK C; 1H2G A; 3E8G A; 2CUG A; 3OGI B; 1J95 A; 1F4N A; 1XDC A; 4ZIB A; 4I0X A; 3X2Q C; 4CS2 A; 5EBM C; 5C8Y B; 5KUK A; 1MZF A; 3ABL B; 2QWR B; 3ABU A; 2R9R B; 1SQP H; 3H1L H; 1AJP A; 5GTI Z; 1AP5 A; 3LDD A; 3KKY A; 1BZK A; 4J42 A; 4O4I A; 2PI5 A; 2EJR A; 3IC9 A; 4LC1 A; 4P9O A; 3SR2 C; 3JAR B; 3ETD A; 3VBB A; 4I5S A; 3O9O A; 4DXW A; 1GN2 A; 4MTX A; 4I0X B; 4UCV A; 4ZI7 A; 4RQF A; 1JQ0 A; 2F43 G; 3J81 N; 1M4U A; 2ATK C; 1P7B A; 5IYC O; 1JJ2 U; 4TT3 G; 4WFG A; 4DW0 A; 1I94 B; 3KG2 A; 2UXC B; 4X1K A; 1XRE A; 1RM1 B; 3L73 H; 2FB5 A; 4UVA A; 1YJ9 V; 2Q68 A; 2Y4T A; 3K0G A; 5H9C A; 2HFE C; 2YID A; 1RPR A; 1AIL A; 1DF4 A; 2IU0 A; 2PF4 E; 3I5D A; 5CA0 B; 4ZI7 B; 4JI4 O; 3ZMT A; 2UU9 B; 2QA4 V; 4YXW G; 4PDL A; 1BMF G; 5EC2 C; 4TUY A; 3WB2 A; 4D7T A; 3P32 A; 4J7J A; 2GBO A; 1KD1 W; 3TXQ A; 3H1I H; 4Z2W A; 2P7T C; 1SQQ H; 3BPZ A; 2QM8 A; 1JJO A; 2ZQM A; 3ASN C; 3E86 A; 1XI1 A; 4MVS A; 2L6L A; 4FM2 A; 3ASO C; 5DM6 V; 1TVK B; 2QKS A; 4X1Y A; 2HP8 A; 2NR5 A; 2GUZ B; 1AI7 A; 5CBF A; 1W0K G; 3JAK A; 4TUY B; 1VIB A; 1WNS A; 1G4Y B; 4R6Z A; 3HKC A; 1S76 D; 1Q8I A; 5BR8 B; 1P7G A; 4HNA A; 2UXD O; 3A8T A; 5LGT A; 4DV7 B; 4X66 O; 1MNG A; 1NS1 A; 3OR6 C; 4KHP B; 4GUN A; 4X1Y B; 3MAQ A; 4ABM A; 1BE3 H; 1YXB A; 1MA1 A; 1ZSP A; 1XNQ B; 1G1X B; 2CGO A; 4J80 A; 4XDL A; 4DV4 B; 2VWJ A; 1YDX A; 3JAK B; 1OCO C; 5EK0 A; 1R3L C; 3HKC B; 4JI6 O; 3QO5 A; 4DK0 A; 1HNZ O; 3L74 H; 1K5Q A; 2AHZ A; 1BT8 A; 2KG7 A; 4GX5 A; 1NT2 B; 4AHC A; 4UCS A; 4MTG A; 1VQL V; 3CX5 F; 3FB7 C; 2FL4 A; 3RVY A; 2EIJ C; 4CC6 A; 4UVC A; 4FFB B; 4GZR B; 2JGD B; 4MTO A; 2VQF O; 1GMG A; 4QIW F; 2AGA A; 5IDJ A; 4LF7 B; 4O4L A; 2OT5 A; 1V54 C; 3JCZ A; 4GCZ A; 3ASN B; 4MW3 A; 1FFT B; 4D6T H; 4U7O A; 2PUS A; 3MDS A; 3ASO B; 4UFZ A; 2AZ2 A; 3OMA B; 1L8D A; 2JRI A; 3ETQ A; 2P6J A; 1EN4 A; 3B8N A; 5LXT A; 3T1H B; 2BTQ A; 4P30 A; 1RSO A; 2Z5U A; 4BIO A; 2OTL V; 1ZX3 A; 3FYI B; 1LR1 A; 2P67 A; 2P06 A; 1OZ0 A; 1JPX A; 4CC5 A; 2F95 B; 3B09 A; 1DF5 A; 4EFB A; 5IYB O; 4UCT A; 3U10 A; 1RSO B; 4JPR A; 3N2G B; 5J2U B; 5B1O A; 5LGN A; 5JJN B; 2IH1 C; 2OCC C; 2VQE B; 1FJG B; 4UV9 A; 2BOC C; 1B3Q A; 2ADQ B; 3D3I A; 3ZRX A; 1I0H A; 2EIJ B; 2Y0P A; 4OGQ B; 2Z3Y A; 2YS8 A; 4DR5 O; 1DGS A; 4DUZ O; 4JZ2 A; 2IJI A; 1VQ8 V; 4HAM A; 4DR3 B; 2EIK C; 3DC6 A; 2JVD A; 4B7K A; 4JI5 O; 3ZRS A; 4U3J A; 4RWU A; 1KUQ A; 5IT9 N; 3AEI A; 4L87 A; 1VF5 B; 3ZHT A; 4FFK A; 4DR6 B; 4QJF B; 2H94 A; 4MVO A; 3SYA A; 2E76 B; 2Q9L A; 2OWO A; 3BAB A; 4DV2 B; 2ZCE A; 1BQ0 A; 5B1B C; 5LYJ A; 3LSQ A; 2JGU A; 1NVP D; 4U3J B; 5AG2 A; 2F23 A; 2YXL A; 2LP7 A; 1CXZ B; 2ZR3 A; 1KP3 A; 4PDM A; 1GRJ A; 3JAS A; 4DV3 O; 3JAM N; 5GW7 A; 2JEU A; 2C2A A; 4J9Y B; 5KAF Z; 3K5N A; 4JI1 O; 2IJH A; 1N36 B; 5IE9 A; 5JVD A; 3W7T A; 4YHH B; 2R70 A; 1NI8 A; 1Z5V A; 3ABK B; 2OCC B; 5BXZ A; 2DWE C; 2VRZ A; 2YXY A; 3CCQ V; 1L1F A; 1NKD A; 3D8C A; 1VEW A; 1ARO P; 2ETN A; 4LF6 O; 3CC2 V; 3LDC A; 3CB2 A; 4IT5 A; 5JJJ B; 1N33 O; 3T1Y B; 3WG7 C; 2EUL A; 2LFR A; 4NYK A; 3JAS B; 1S72 V; 2H8P C; 4ICG A; 1KYO F; 3SPI A; 2HVJ C; 2P4V A; 3ZHS A; 5LMU B; 1O9H A; 2EIK B; 5FPR A; 4X64 B; 4DR7 O; 5A9G A; 1EZV H; 3I56 V; 4KP4 A; 2UUB B; 3E22 A; 1R3K C; 2CTP A; 1EFR G; 3APO A; 4QPJ A; 1CP9 A; 1HP8 A; 2AHY A; 2HJD A; 4X1I B; 1XL6 A; 2PYJ A; 3PJS K; 1K7D A; 3K5O A; 1JMK C; 4D7S A; 1YJN V; 4GX0 A; 4R7C A; 4L8J A; 2PI4 A; 4J10 A; 5B1B B; 4FZ0 A; 4KXR A; 2PZS A; 4RQE A; 2HG5 C; 2L35 A; 3ZMZ A; 4GX1 A; 3C3T A; 5IYZ B; 1VQ4 V; 2WLM A; 3CCU V; 3E22 B; 5GTH Z; 1WLE A; 2DW4 A; 2QM7 A; 2N04 A; 4RUE A; 4AIL C; 1NVP B; 4H0L B; 5JJE B; 4J11 A; 2QWO B; 5KHH A; 3T4Z A; 2R72 A; 4PA7 A; 3ZJZ A; 3RYC A; 1CPY A; 3L72 H; 5CMU A; 4J7Z A; 2WSS G; 4YIP A; 2BSK A; 5JQG A; 3WB1 A; 3QO7 A; 4BIU A; 5KHI A; 2XAS A; 4MVR A; 3ZMS A; 3BEH A; 3RYF A; 1I94 O; 2UXC O; 5EBW C; 3P3N A; 2IW5 A; 2Y4U A; 3CXH F; 2KB1 A; 3WG7 B; 3ZIA G; 2ZIN A; 2WLI B; 3OAA G; 5JCO C; 1MSW D; 3UT5 A; 4LR3 A; 5IY5 C; 2RQ6 A; 4NB5 A; 3EHB B; 2BCC H; 1Q43 A; 2D3O W; 1VP7 A; 1PNL A; 4O2B A; 1H2N A; 4FMT A; 1BHA A; 4UUJ C; 1FAF A; 3RYC B; 5K1P A; 2UU9 O; 3BFR A; 2BSK B; 5JQG B; 2QWQ B; 1Y67 A; 1R1B A; 4C7U A; 4IYH A; 3ZHR A; 3RYF B; 4JV5 B; 5B66 Z; 4ZBM A; 4I55 B; 3CE2 A; 1JR9 A; 4PV1 B; 3B40 A; 1R6K A; 2DOS A; 3OW2 U; 1AI5 A; 2Q5Z A; 5H6Q A; 3NR7 A; 4Q20 A; 4LNU B; 4JYY A; 4FLY A; 1ENV A; 2GDS A; 1E1R G; 4O2B B; 4MSW C; 2XAH A; 2QE7 G; 2MK3 A; 5BR8 O; 1WA8 A; 5JCO A; 1F4M A; 1FXV A; 5GON A; 3M99 B; 4B3S B; 3GWK C; 3QNE A; 4O4H A; 2HLD G; 3N2K A; 4EB6 A; 1VQN V; 4DV7 O; 4HZ3 A; 4KHP O; 3STL C; 4FK5 C; 1WB7 A; 4UCO A; 4CBC A; 1Q81 W; 3K3W A; 1XNQ O; 4JYA B; 1P49 A; 3A2F A; 4XDK A; 5KX5 B; 3DSQ A; 4DV4 O; 4LF4 B; 1O9G A; 4LCU C; 2QKA A; 3JAT A; 5D5Q A; 1AI4 A; 4G27 B; 4DV5 B; 2HR3 A; 3RFR A; 1ZWI C; 3FKS G; 1WA8 B; 1UFI A; 1EN6 A; 1W0J G; 2XAG A; 4O4J A; 3N2K B; 4EB6 B; 2A0L A; 4FLT A; 1IZ3 A; 2CH7 A; 4MS2 A; 2K1E A; 4WF9 V; 4MTF A; 5EBL C; 1URF A; 1I08 A; 2F4V B; 2JJ1 G; 4UXN A; 3OUF A; 4LF7 O; 1Q5O A; 4JTC B; 3TCU A; 2GTA A; 5IWA B; 3CRA A; 4TOI A; 1YI2 V; 2XAQ A; 2XOK G; 2BOB C; 1W59 A; 2HHH B; 1GM7 A; 5ITZ B; 2YIB D; 2NNU A; 3H9V A; 2V7Q G; 5FL7 G; 4K0K B; 1NQT A; 2GV9 A; 4NTY A; 1CEZ A; 3T1H O; 2E74 B; 1LUW A; 2QWN B; 1IBM O; 4B3T B; 5LP6 A; 4LFA B; 4TV9 B; 1SA0 A; 1KEC A; 1Q82 W; 3E35 A; 3UO3 A; 5LBQ A; 4WFB V; 5H6R A; 4JI2 B; 1COW G; 2ZXW C; 1QNM A; 3BVO A; 3L71 H; 4X89 A; 4NXM B; 1WB8 A; 4O4I B; 3AK2 A; 1XMQ B; 3TGU H; 1SA0 B; 3M7M X; 2YIB A; 3LNN A; 2WAM A; 1FYJ A; 3U11 A; 4JAA A; 2VQE O; 2CDY A; 1UPG A; 1FJG O; 1YCI A; 3K58 A; 1RP3 B; 1VF7 A; 3DC5 A; 2K9P A; 2EJ7 A; 2EIL B; 1Y76 A; 4X1K B; 2CAZ C; 2ZT9 B; 2DYR C; 1NU1 H; 5IYD O; 1TAE A; 1ROP A; 2PTM A; 3DXR A; 5KAI Z; 1VQ7 V; 1DTO A; 1OHH G; 4RAI A; 3X2Q B; 2DQ0 A; 1VQO V; 4DR3 O; 4MVQ A; 5EZY A; 1J5E B; 5CBG A; 1SET A; 4MVU A; 5LOV A; 2B5U A; 2QDO A; 1PV0 A; 3JAW A; 4CS4 A; 2W6I G; 1Z5W A; 3W7S A; 4E2L A; 4IYI A; 2Q6A A; 4DK1 A; 2IJJ A; 1H2S B; 1K8A W; 4JI3 B; 4DUY B; 4JTD B; 4DR6 O; 1QU7 A; 4BAY A; 3B77 A; 5B1N A; 4Q6G A; 2ZM6 B; 1AR1 B; 3L9D A; 3DXR B; 1E1Q G; 4DV2 O; 1BHB A; 2P4K A; 4X8A A; 1BGY H; 1SQB H; 1NBM G; 5EZY B; 1FFX A; 3D36 C; 4X20 A; 5LOV B; 4CH6 A; 2E5L B; 3JAW B; 2ZXW B; 5LHI A; 3AG2 C; 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3AG4 C; 1P4R A; 2JEX A; 1FXK A; 1IDS A; 1NR1 A; 4JI7 B; 4DRX A; 3VQX A; 2ZR2 A; 1XMO B; 1GM9 A; 5TIS Z; 1M56 B; 1JOY A; 4NTW A; 4DW1 A; 1ZLZ A; 3ZRW B; 2JDI G; 2XND G; 1PPJ H; 4XBF A; 4A5U B; 3SJA C; 2HJF C; 1V54 B; 3H1H H; 3BCC H; 4LFB B; 3JSN A; 2AW9 A; 3OE7 G; 4LH7 A; 5EYP B; 4QPK A; 1QCE A; 3JYC A; 1NJI W; 1ORQ C; 1QBZ A; 2KSD A; 4DRX B; 4JV5 O; 1M57 B; 2E3C A; 3D3Q A; 3NXS A; 4X9Q A; 1KB9 F; 3VQW A; 3KZI Z; 4X62 B; 2A7W A; 3AG3 B; 3ETE A; 1N0J A; 3SYO A; 1PM9 A; 3JD3 A; 1OJH A; 1BCC H; 1MG1 A; 1US6 A; 1R3I C; 1JA8 A; 3QVN A; 5CA1 A; 3ABM B; 5IJ9 A; 4GKK B; 2Q67 A; 3CCJ V; 1GK9 A; 3K59 A; 1N8R W; 4W4K A; 4UV8 A; 3K04 A; 2YSU B; 4JI8 B; 3CRC A; 1YZB A; 2OIE A; 4MVZ A; 1FPO A; 3N27 A; 1GN6 A; 3K0D A; 3UO2 A; 3LUT B; 4OXS A; 4NXN B; 2R9I A; 1Y74 A; 5B5E Z; 2ZE8 A; 4JYA O; 5LYJ B; 3ETG A; 4LF4 O; 5L3G A; 4FLW A; 5LHH A; 1KQS U; 4BWA A; 2B9Z A; 1LNQ A; 1THZ A; 2W0X A; 3LSS A; 4WFE A; 4YJ2 A; 4DV5 O; 3BY6 A; 1YIJ V; 4DYL A; 1XNR B; 2UXN A; 2LW7 A; 3E89 A; 2M7W A; 5JVD B; 3DGE A; 2F4V O; 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