1QS4A

Core domain of hiv-1 integrase complexed with mg++ and 1-(5-chloroindol-3-yl)-3-hydroxy-3-(2h-tetrazol-5-yl)-propenone
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (HIV-1 INTEGRASE (E.C.2.7.7.49))
publication title Structure of the HIV-1 integrase catalytic domain complexed with an inhibitor: a platform for antiviral drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-06-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1qs4A00
3ZSYA 3EZ5A 1U47A 1CZ9A 3LPUA 3UIQA 3QIPA 4YFUA 3T1AA 1K6YA 3V1OA 4W5NA 4KHSA 4MQ3A 5FRMA 2Q3SA 3LAKA 2O4IA 4B9LA 4ZTFA 4CEAA 4FLYA 3SQ4A 4DSIA 2YKNA 4CK1A 3CM5A 2HNZA 4O0JA 3TI0A 1LWFA 2P1JA 4Z0UA 1N5YA 3DMJA 3ZSQA 4CJSA 3PX0A 4CF8A 2EHGA 2LSNA 3QLHA 4IG0A 4DQRA 2G8WA 4EZ9A 3QETA 1KSPA 4DQPA 3VQDA 4RW6A 1DTTA 3LPTA 1EX4A 1JLQA 3LDSA 2HMIA 4DQSA 4LH5A 4NCBA 1ZYQA 4CF1A 4TSXA 3OYFA 1LAWA 3NF6A 1KLMA 3QIOA 1HMVA 5KGWA 3OYKA 3MEDA 4FLWA 2IS3A 2RN2A 1U4BA 1NJYA 3AA5X 1JLGA 3TAGA 4DSJA 1A5XA 4CK2A 4C8KA 1KTQA 4CHOA 1ZBHA 3P1GA 2HHWA 3PV8A 5J2QA 1RBRA 3DOKA 4M3ZA 4F4KA 4B08A 1YTUA 1B9DA 1YTAA 1WSHA 3V9UA 1B92A 4CJ3A 3AVGA 3NGYA 5KI6A 3AVJA 4F2SA 3M8RA 3DI6A 1WAJA 4XIUA 2QXFA 2D0BA 3DOLA 4HCCA 3OJSA 3EY1A 3HXMA 1O1WA 2DFHA 4HCBA 3K5MA 2A1SA 1UAXA 4BE1A 3K5LA 1SL1A 1RBUA 1T7PA 3LP3A 1S6PA 3HJFA 1RTJA 3SUOA 3ZT2A 1RTDA 5C24A 4I2PA 4FJXA 2X74A 3MEEA 4CE9A 1TV6A 1XC9A 3S3MA 4B9UA 4E7KA 4CGGA 2XHBA 3HSTB 4CEQA 4CEZA 3L2WA 3AO5A 1TAQA 1T05A 1ZBFA 1BQMA 1JLFA 4FM2A 1JLCA 4DTMA 1SUQA 1L3SA 1RT6A 2OPPA 1DTQA 4Q0BA 1SKSA 3DLGA 4AILC 5CZ2A 3NHGA 2DY4A 1NK7A 4LD0A 3G0ZA 4FLXA 3HPHA 4DTOA 3DLRA 3NBPA 1TGOA 1LW2A 4CJWA 4EP4A 4W5OA 1Z26A 3V9ZA 4B9NA 3RMAA 1FKPA 4CFAA 5HBMA 4E7IA 3RMCA 1VSMA 4CF9A 3CFRA 3SV3A 1S1VA 3OYGA 1TK0A 3DLHA 1BGXT 3LAMA 4ID5A 4CF0A 2Y1JA 3SYZA 2GV9A 4E89A 1LAVA 4ZHRA 4IBNA 4E1NA 2X6SA 4IFVA 4OJRA 3OYMA 1BCMA 4J2DA 1X1PA 1TAUA 5KGXA 1DLOA 1TKTA 3WNHA 5J2MA 3NF9A 4KI4A 4DFKA 1NOZA 3OY9A 3WNFA 1MU2A 1KCFA 3DM2A 3I0RA 3LALA 4E7JA 4DSLA 2KQ2A 4FJMA 2NUBA 4FVMA 2X6NA 3OS2A 1Y97A 4DWIA 2QKKA 4JRQA 3HO1A 1LWEA 3LWMA 5HROA 1C1CA 3OJUA 4FJLA 3U3GA 4M3UA 1RT4A 3ZT3A 1RTIA 1T03A 2G8HA 3I0SA 4FZZA 2HHQA 1S6QA 5CYQA 1RT2A 1CLQA 4GMJB 1GOCA 2JLEA 3ZCMA 1SV5A 1D8YA 1BIUA 3P83D 3LZJA 1RDCA 1C1AA 4N56A 1XWLA 3AVNA 3C94A 3L2VA 3E01A 4CJTA 3NE6A 4JS5A 1ASWA 1VSKA 1TVRA 4YNQA 4BE0A 1TKDA 4B3OA 2AJQA 1C0TA 3T19A 3SNNA 1Q9XA 2OA8A 1CXUA 2EX3A 4HUFA 4Z4EA 2D5RA 4W5RA 3PX6A 4DSFA 3S9HA 1S5JA 3SV4A 1LV5A 3NCIA 3OYEA 1NKEA 1RBVA 3KD1E 3AVCA 1QSYA 4J2AA 4NYNA 4BDZA 1X9WA 4F2RA 4KHUA 4IG3A 4OKJA 1W0HA 2Z1JA 3SQ0A 4B9VA 1X9SA 3NDKA 3KTQA 1W9HA 1KVCA 1WSGA 4GW6A 3VN5A 2RPIA 1TK5A 4H8KA 2OPQA 4FZYA 2FBXA 4C8NA 4HTUA 4O44A 3DYAA 1C6VA 2IGIA 4Y1CA 1IH7A 2HVHA 1A5VA 2WONA 1WSJA 1RDAA 3AVHA 4K8ZA 1CZBA 5EU7A 4AHTA 2HNDA 4F3OA 5KTQA 1Q9YA 5JS1A 3SUQA 1UA1A 2PZSA 1KLNA 1KVAA 2ZE2A 3ZT1A 1TL3A 2I5JA 3CYMA 4DU1A 3AVMA 4FLTA 1TL1A 4NCGA 3VQAA 3O3HA 4DTSA 2ZD1A 3ZSVA 1EP4A 1HYVA 1J53A 4O5BA 4CJLA 4E19A 4FM0A 4QAGA 3VQ4A 2VG6A 3VQBA 2WOMA 3RRHA 4FW2A 3ZSOA 2IOCA 1ITGA 3VQ5A 3A2FA 1HYSA 3T3FA 2Z1HA 3NAEA 4LY7A 3PY8A 3SUPA 4CJFA 3WNGA 3NH2A 4DFJA 4L8RB 3JYTA 1L3UA 1RTHA 3K58A 4PUOA 2HVIA 4C8LA 3IAYA 4DSKA 1RDDA 4E0DA 4PWDA 1IKXA 3ASMA 4CEEA 4DF4A 2HNYA 3CM6A 1LW0A 4H4MA 3U3YA 3SPZA 4O55A 1XHZA 4CESA 3OYAA 3QNNA 3KLEA 1EXQA 1QSLA 1FXXA 4Z4CA 5C42A 4I9LA 4OPKA 2FBVA 3NF8A 4ZTJA 1NK9A 1GOBA 3ZT4A 1KVBA 1S1WA 1VSFA 4DLGA 3QEPA 3IS9A 3V81A 4HUEA 4FLZA 1ZBUA 4DLEA 4FYDA 4ELTA 3RR7A 4FK2A 1JXEA 1WSIA 4I9QA 5CZ1A 4K8XA 4B9SA 4W5TA 3HL8A 4G1QA 3MXMA 4M3TA 1WAFA 4FXDA 4KTWA 1RBSA 4N76A 3V1RA 3OYIA 1RT5A 3TABA 3O4NA 1HRHA 3V9XA 4E3SA 3NGIA 4Q5VA 3OYLA 3HM9A 2OZSA 3QEXA 2BDPA 4ELVA 1S9EA 2G8VA 3B6PA 1X9MA 3ZSZA 4I2QA 1L5UA 1BISA 3C95A 4JLHA 3L2RA 2HHTA 4DF8A 2YV0X 4RW7A 2FC0A 4W5QA 2D0CA 3M8QA 4DFMA 1QSSA 4FW1A 5I3UA 3L3VA 3SPYA 1RCHA 1QE1A 2PYLA 1QQCA 1QTMA 3AVLA 4DTUA 4KPYA 2XY8A 3OYDA 2ATQA 3KKSA 3VA0A 5SZTA 2HW3A 3VQPA 3OVNA 4AHUA 4CFCA 1VRTA 3PUFA 2YHAA 1HNIA 2OPRA 4DS4A 5D3GA 2XRIA 4CECA 4PA1A 2YHBA 3AA3A 3G10A 1HQUA 4FJGA 1Z25A 4ID1A 4DTPA 1N6QA 3IG1A 1VSJA 3AO1A 5J1EA 4DTRA 3AA2A 3L3UA 4CHNA 1NK8A 4N41A 3V9SA 3THVA 3VQ7A 1G15A 2R7YA 3TAQA 2P5GA 4DQIA 1KFDA 3C6TA 4IDKA 2FBTA 1VSDA 3MXIA 3I8DA 1SL2A 1JL2A 4CJRA 1R0AA 1WSFA 1A5WA 3ISNC 1RNHA 4FJNA 1RILA 1D5AA 2RF2A 2X78A 3LANA 2KTQA 1FK9A 1KRPA 2RKIA 4NCAA 1RT1A 1C0UA 2YNHA 4AHRA 4JRPA 1BI4B 1ASUA 3RR8A 1ZBIA 1JKHA 1RDBA 1VSHA 2B5JA 5T7BA 4FK4A 1GOAA 1IKWA 4CERA 2YNFA 1WSEA 4J2BA 5FRNA 5I42A 5C25A 3DRPA 1JLAA 1HYZA 1XI1A 3MXJA 5K14A 3LP0A 3M8SA 4HUGA 1KFSA 3BDPA 2F8TA 1CXQA 4CJ4A 3CQ8A 3ZT0A 2G8UA 3NH1A 2BANA 4JS4A 3F73A 4KB1A 4C8MA 3MECA 3CFPA 4FJIA 2E6LA 4IFYA 4CJVA 4FJ5A 3HP9A 4DG1A 4BE2A 4CGFA 3VQEA 4DS5A 1JLBA 3AVAA 4KV8A 3OYHA 4HHTA 4QCLA 2ITGA 4CEDA 2F96A 3TARA 3MAQA 2XY7A 4DQQA 4OGEA 5CY4A 1U04A 1VSEA 4B8AB 3KLFA 3K59A 4M41A 1JLEA 3AVFA 3WNEA 4CJQA 4O0IA 3K5NA 3SJJA 1RT7A 2OPSA 5JS2A 1EETA 5DMRA 4DTJA 3RMBA 4OLBA 5HLFA 2HHSA 1B9FA 4CHPA 3VQ6A 2GUIA 4Y1DA 4CJ5A 3BGRA 3KKRA 3KJVA 2Z1GA 3V6DA 2A1RA 4CF2A 4LSNA 4OKKA 1S1XA 1SKRA 2VWJA 2G8IA 2VG5A 4KKOA 1UWBA 3AVKA 3D45A 3HPGA 1JL1A 4FLUA 4OKEA 4AHVA 4FZXC 1HQEA 4AH9A 5SWMA 4AHCA 1VK0A 1S9GA 1NOYA 3SZ2A 2PYJA 4Z4GA 2Z1IA 4M42A 3KLHA 2BGGA 1HJRA 3ZSRA 5J2PA 2KZMA 3QNOA 3S3OA 1IG9A 1BCOA 3DRSA 3RWUA 4HVJA 1U49A 3KLIA 1RBTA 1WLJA 2XO7A 2KW4A 4KB0A 5HRRA 1HNVA 1QS4A 3O4QA 2G8FA 3K5OA 4H4OA 3MEGA 1I3AA 3JSMA 4M3RA 2BE2A 4CIEA 4KHYA 4OGCA 3ZSXA 4CJUA 4FJKA 1J9AA 1NKBA 1ZBLA 4LSLA 4PQUA 3V4IA 1U48A 2HHVA 2Y1IA 3HVRA 4ICLA 5J2NA 5KRTA 4DU3A 1C1BA 5HRSA 3B6OA 1FKOA 4O4GA 1SL0A 4KAZA 3EYZA 3TANA 1IKVA 3V9WA 4KI6A 2B4JA 2DTUA 3LWLA 3FFIA 5HRPA 4E7LA 2YNGA 3SCXA 1TK8A 5DK5A 3DLEA 2VG7A 4MFBA 1REVA 2HB5A 2JGUA 3S3NA 2B6AA 3TR8A 3AVBA 3HK2A 4M3WA 1BIZA 4LH4A 3K2PA 1EKEA 3VQ8A 4N5SA 4B9MA 3OS1A 1S1TA 2QKBA 3PX4A 2OYQA 1YT3A 4CHZA 3DRRA 4C8OA 1NKCA 2G8KA 1D9FA 1UA0A 4OPJA 4M3YA 4CIGA 3VA3A 3TAPA 1VRUA 3H08A 2W42A 3VQ9A 4ELUA 4CJPA 4FCYA 4CK3A 4Z4IA 4I7FA 4DSEA 4EZ6A 4J2EA 4OLAA 2E6MA 2P51A 4FJHA 3OYCA 1QHTA 3SQ1A 2HHXA 4RW9A 4BDYA 1LWCA 4BWJA 3OS0A 1L3VA 4FJJA 4PY5A 2OZMA 4KHWA 4CHYA 4FLVA 4CEBA 1J54A 1WN7A 3NFAA 2P5OA 1NK4A 4KHQA 3LP1A 4FJ9A 3TAMA 1VSLA 4Z4HA 5FDLA 3LP2A 3AVIA 3TWHA 4FJ7A 5KRSA 4M3XA 4FM1A 3QERA 1UOCA 3QEWA 3AO2A 3VQCA 3SQ2A 3IRXA 2DFEA 5FROA 3NGZA 4CGJA 3DLBA 2KFNA 4BACA 4KTQA 2KZZA 1RT3A 4CJKA 1BI4A 3U6FA 4KREA 1D9DA 1XHXA 4DTNA 3KK3A 3KIOA 5E41A 4B8CA 3O3GA 1SKWA 4KHNA 3HYFA 3ZSWA 3AA4A 3L2UA 3KK2A 1HPZA 2PY5A 1Q8IA 2ZQBA 3OYNA 4CGDA 1TKXA 3QESA 4CEFA 3RRGA 4QOZB 1BHLA 2DFFA 1S1UA 4E1MA 4CCHA 4CEOA 3HT3A 4IKFA 1YVUA 4F8RA 4BWMA 3SUNA 3RTVA 5HP1A 1BQNA 3C6UA 2XY6A 1NK5A 1NK0A 1VSIA 1BL3A 4DU4A 3OYBA 2O4GA 3K57A 4NYFA 4RW4A 4R5PA 3HP6A 4B9TA 3CG7A 3VQQA 1NJZA 3QEVA 3AO3A 1WNSA 5CYMA 1IO2A 1C0MA 2FBYA 2VWKA 4KFBA 3AV9A 4KO0A 4WE1A 1NJWA 4CGIA 4CHQA 3LZIA 1TKZA 4FK0A 3TAEA 2F8SA 4RG8A 3AO4A 2QK9A 2YKMA 4GVMA 4Z4FA 3CFOA 3RMDA 1NJXA 1I39A 1NK6A 1F21A 3D0PA 2IDOA 3OYJA 4UQGA 3DLKA 2ETJA 4DTXA 2XY5A 2HHUA 2E4LA 3NF7A 4AHSA 4CIFA 3L2QA 2IAJA 3O3FA 2KFZA 3ALYA 4CGHA 1T8EA 1J5OA 4FJ8A 1U45A 1L3TA 4E7HA 4OVLA 3M8PA 3QO9A 3ITHA 3QINA 2GBZA 4DMNA 2IC3A 5HRNA 4DFPA 3PO4A 3KD5E 4F3TA 2YNIA 3SI6A 4KTZA 3TAFA 4BDPA 4EP5A 4N47A 3F9KA 3HVTA 3V1QA 4CJEA 1IKYA 3NH0A 4CFDA 3KLGA 3KK1A 3QEIA 4KRFA 1ASVA 4M45A 4RW8A 3L8BA 3P5JA 2D0AA 3ULDA 3PO5A 1JXBA 3HPOA 4CFBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSYA 3EZ5A 1U2VB 4BRPA 4YOTA 3R1XA 4DV7K 5FRMA 2Q3SA 3LAKA 4IFEA 4XEIA 2F7TA 4DSIA 1NGCA 1GLFO 2HNZA 1LWFA 2P1JA 3ZSQA 2EHGA 4FWNA 2G8WA 2OANA 4DQPA 3VQDA 3S41A 5LJVA 2HMIA 1KAZA 4DQSA 3DXMB 1QVGM 5M1PA 3PSIA 1EQYA 3CPWM 3BZKA 3MEDA 4K41A 4YOUA 4CK2A 1WUAA 5AQFA 3R8EA 5AQQA 3P1GA 4BR4A 5J2QA 3H45C 3TU5A 4B08A 1YTUA 5JICA 1B92A 5KI6A 1MWKA 4F2SA 3M8RA 4GV9A 3DI6A 4XIUA 2QXFA 3OTOK 4H0PA 4GV6A 4BC5A 5KPTA 3HXMA 2ASPA 3K5MA 1SL1A 1RBUA 4FOIA 3LP3A 3HJFA 3GL1A 3ZT2A 5C24A 1NMDA 1SAZA 4A59A 4C23A 3S3MA 4NXMK 4H0XB 4DV4K 4E7KA 4CGGA 5A2QO 2E88A 2F9WA 3LDNA 3M1FA 3A5OC 1KAXA 1ZBFA 1BQMA 2E2NA 4DTMA 1L3SA 5AQPA 3IMXA 3NHGA 5C12A 3C7NA 4FLXA 4WQ5C 1TGOA 1LW2A 4B9NA 4BR2A 4E7IA 1VSMA 3SV3A 1S1VA 3OYGA 4CF0A 1LAVA 4E1NA 3E1YA 1J5EK 3OYMA 5KGXA 5J2MA 3CIPA 4DFKA 1TYQB 2HMPA 1KCFA 4FVMA 3KZBA 3BF1A 3ZT3A 4YORA 4FO0A 1RTIA 3L4IA 4ILGB 2HHQA 4DV2K 1RT2A 1D8YA 1FW6A 4N56A 5AFUH 3C94A 3L2VA 3E01A 4JV5K 4BE0A 1Q9XA 3AGKA 1S5JA 3J81O 3NCIA 1NKEA 4R79A 4KHUA 4K0KK 4OKJA 1W0HA 1W9HA 1WSGA 2FBXA 4O44A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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