The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
75
|
structure length |
75
|
Chain Sequence |
KSPEEIKGAFEVFAAKEGDPNQISKEELKLVMQTLGPSLLKGMSTLDEMIEEVDKNGDGEVSFEEFLVMMKKISQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
|
| publication title |
Designing Sequence to Control Protein Function in an EF-Hand Protein
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bos taurus
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| total genus |
24
|
| structure length |
75
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| sequence length |
75
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-09-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00036 | EF-hand_1 | EF hand |
| A | PF01023 | S_100 | S-100/ICaBP type calcium binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IJ5 A; 1XK4 A; 4GAO A; 1OE9 B; 1IQ5 A; 2WCB A; 2AMI A; 2WCF A; 4C0L A; 2LAN A; 1NP8 A; 3WHT B; 4YGB B; 1B8R A; 1S6C A; 3SG6 A; 5B8I B; 4PAL A; 3OX5 A; 2RGI A; 2CT9 A; 4U8D A; 3H4S E; 1KFX L; 2L4H A; 1NUB A; 2MAZ A; 2KFF A; 2NZ0 A; 2ZN8 A; 1B1G A; 1EXR A; 1KK7 Y; 2NCP A; 1SK6 D; 1YUR A; 1SL8 A; 2WOR A; 2JT3 A; 3I5H B; 1SCM B; 1ZUZ A; 2JTT A; 3OX6 A; 1WDC C; 1LKJ A; 2JXL A; 2JZI A; 4USL A; 1ZFS A; 1DJX A; 2ZNE A; 5GQQ C; 3GK1 A; 2K0J A; 3VRR A; 3BOW A; 1Y1A A; 2MRD A; 1IH0 A; 2MHH A; 1QIV A; 1JF2 A; 2ZRT A; 2MJW B; 1CFP A; 1J7R A; 1NYA A; 3I5F C; 1OMV A; 3DVM A; 1M39 A; 1WLM A; 3EKH A; 2B1U A; 3D0Y B; 4OKH A; 5AER A; 4MLW A; 2I2R E; 2K7D A; 2M97 A; 1Y1X A; 1Q80 A; 2HF5 A; 3PLF B; 2K2A A; 3EK7 A; 1M31 A; 1SCV A; 1S1E A; 3EK8 A; 1K8U A; 1K9K A; 1FW4 A; 1CFD A; 2JWW A; 2K7O A; 1UWO A; 5D7F A; 2E6W A; 4GPL B; 3MSE B; 2KI4 C; 2LMV A; 3BXK A; 4HRG A; 1TRF A; 4Q04 A; 1YVL A; 1DJI A; 3AKA A; 4NDB A; 1ALV A; 1UHJ A; 2AUC A; 1NCX A; 4MVF A; 1JBA A; 1YTZ C; 1BR4 B; 1REC A; 2KHN A; 1MWN A; 3BYA A; 2LP2 A; 3NSK A; 3AKB A; 1QVI Z; 4MZJ A; 1W7I B; 3A8R A; 1FPW A; 3DF0 B; 1TCO B; 2JT8 A; 2KI6 C; 5G08 A; 2CCM A; 3RM1 A; 3EVV A; 3EVR A; 1QLK A; 1SR6 B; 1GQM A; 5K89 A; 3KO0 A; 1QX2 A; 3TDI A; 1BT6 A; 4DUQ A; 4JQ0 D; 2WOS A; 3HX4 A; 2LP3 A; 2M0R A; 1UP5 A; 1W7J B; 5CSN A; 4GUK A; 1KQM C; 1K95 A; 2M7L A; 2LE9 B; 1BR1 B; 1FBV A; 1JFJ A; 5HLV A; 4AOM A; 1CLL A; 4ICB A; 1UHN A; 1TNP A; 2K61 A; 1S6J A; 2G9B A; 4P2Y B; 5I2O A; 2F2P A; 1RRO A; 4CID A; 2L0P A; 1PUL A; 1S3P A; 3DVK A; 1CDN A; 2BL0 C; 2JNF A; 4R1E A; 2ZN9 A; 2L4I A; 1EJ3 A; 1TTX A; 4YGD B; 2WC8 A; 4PHN A; 1TCF A; 1F4O A; 1A2X A; 3DVJ A; 3OB2 B; 1CMG A; 2OS8 C; 2SCP A; 1YX8 A; 1TIZ A; 5JOL A; 1OSA A; 2JU0 A; 2GGZ A; 1EL4 A; 2KBI A; 2M49 B; 1JSA A; 2JXC A; 2I18 A; 5I2L A; 3TS5 C; 1PVA A; 1BMO A; 3CTN A; 2VRG A; 3PM8 A; 2BE4 A; 1CLB A; 2L51 A; 1B7T Y; 1N65 A; 1QX5 B; 1RTP 1; 1DJZ A; 3IF7 A; 1MXE A; 1CLM A; 4QJ4 B; 2LLU A; 4ORC B; 1KK7 Z; 1YVH A; 3BQ3 A; 2QPT A; 3BUN B; 5HYD A; 4C0J A; 1B9A A; 3WHU B; 3O6B A; 1QS7 A; 3I5G B; 1GGZ A; 3PAT A; 1NIW A; 3SG5 A; 2JC2 A; 1F4Q A; 1PVB A; 2LLS A; 2CBL A; 2CXJ A; 2HQ8 A; 2E30 A; 3EK4 A; 2TN4 A; 2LAP A; 3OHM B; 3JVT B; 4UPG A; 4M2P A; 1RFJ A; 1QV1 A; 3VRP A; 4DCK A; 1ALW A; 3HCM A; 1KWO B; 1QTX A; 4DS7 A; 3DVE A; 3CS1 A; 1AVS A; 1PK0 D; 2F33 A; 5KU1 A; 3DD4 A; 1KK8 B; 4N1F A; 1S5G Z; 4HRE E; 2JPT A; 1J1E A; 1FI6 A; 2EGD A; 1BG1 A; 4P5O E; 4PHM A; 2OPO A; 3OP0 A; 1OOJ A; 1H4B A; 3CZT X; 3NXA A; 5ER4 X; 1KFU S; 1TNX A; 3I5H C; 3SG7 A; 1SCM C; 1QLS A; 2JT0 A; 4YGA A; 1WRK A; 1MHO A; 2P6B B; 3LL8 B; 2ZFD A; 2KNE A; 1B47 A; 1NX3 A; 3FIA A; 2KBM A; 4I5J A; 3FWB A; 4YRU A; 5PAL A; 2JTZ A; 3BOW B; 1TNW A; 2FJU B; 2KAY A; 3LK1 A; 3GK4 X; 1JFK A; 1K93 D; 4MEW A; 5ER5 A; 2NLN A; 1RK9 A; 1IG5 A; 2L5X B; 2HPS A; 1PRW A; 1SL9 A; 1SKT A; 2LHL A; 1K94 A; 4XJK A; 3WNX B; 2NXQ A; 1IWQ A; 1S5G Y; 1SYM A; 2V53 A; 1C7V A; 4NDD A; 2M3W A; 2K2F A; 4MZL A; 2I7A A; 1XFU O; 1X02 A; 1YX7 A; 3D0Y A; 1XFY O; 4PE0 A; 2M1U A; 4MRY A; 1GJY A; 4MSP A; 2KDH A; 1MF8 B; 4E68 A; 1Y6W A; 5HLO A; 2PMY A; 5F6T A; 1CNP A; 2G2B A; 3TUY C; 1XA5 A; 5IBW A; 1TOP A; 1CM4 A; 2KAX A; 2KSP A; 2GV5 A; 2M8U A; 1NX2 A; 4N5X A; 1WLZ A; 4WRI A; 5DKN A; 2LNK A; 3OB1 B; 4NDC A; 4MN0 A; 1B7T Z; 3AAJ A; 2KI4 B; 1J1D A; 1JWD A; 3SIB A; 1SL7 A; 2BCX A; 3BUM B; 2NCO A; 3VRQ A; 1CFC A; 1YRU B; 2K8M B; 1R2U A; 1WRL A; 1QXP A; 4M2Q A; 1MQ1 A; 4PE1 A; 3TDU A; 1CFF A; 1LA0 A; 1ZOT B; 3DF0 A; 1CM1 A; 1SW8 A; 2R2I A; 2EC6 B; 4YI8 A; 2KYF A; 3BUX B; 2BE6 A; 3CR4 X; 3IQO A; 2ISD A; 3KPX A; 1K90 D; 1F55 A; 3O4Y A; 4ZCU A; 1S6I A; 2COL B; 1CB1 A; 1KQV A; 2EHB A; 1XYD A; 2M29 A; 2LC5 A; 4YGE B; 3SJS A; 1XFV O; 1NX0 A; 2LVK A; 1DVI A; 1E8A A; 2KFG A; 2MBX A; 1J7O A; 2H61 C; 2KI6 D; 3CR2 A; 3E3R A; 1J7P A; 1EG3 A; 1AP4 A; 1JC2 A; 2M1K B; 3KF9 A; 1DGU A; 5DKQ A; 1WY9 A; 1A29 A; 3O78 A; 1OMD A; 1U5I B; 2FCE A; 3TZ1 A; 1DJG A; 3I5I B; 1YUT A; 2MA2 A; 2LCP A; 3PAL A; 2D8N A; 2H61 A; 3SIA A; 1G4Y R; 5KSZ A; 4GGF C; 1KFU L; 1L2O B; 1XO5 A; 1DJY A; 3SG3 A; 1OQP A; 1VRK A; 1MXL C; 2KQY A; 1A75 A; 2OS8 B; 1B4C A; 1DT7 B; 4IL1 A; 3TDZ A; 1V1F A; 3BUW B; 1LVC D; 1AHR A; 4FTG A; 3I5G C; 1CDP A; 2LVI A; 3FS7 A; 2O5G A; 3EKJ A; 5BPJ A; 2KOT A; 3FWC A; 2KFH A; 2PRU A; 4GGF A; 4GFT A; 3JVT C; 2CNP A; 3PN7 B; 1BF5 A; 1LXF C; 2BBM A; 4OCI A; 1DGV A; 4C0K A; 4MRX A; 1BOC A; 1KWO C; 2KGB C; 1DF0 A; 1XVJ A; 1ZAC A; 3M0W A; 3D10 A; 1LA3 A; 4XYN A; 3GK2 A; 3RLZ A; 2FOT A; 2OTG B; 5DKR A; 1Y1U A; 1YR5 A; 2LVJ A; 1HQV A; 1KK8 C; 1QAS A; 4TNC A; 2L2E A; 4A4C A; 1AUI B; 1IQ3 A; 4NQG A; 2F3Z A; 2FCD A; 3ZWH A; 1M46 A; 2O60 A; 2PSR A; 1IKU A; 4BY5 A; 2LHI A; 1V1G A; 1JUO A; 2I94 A; 2DOQ A; 1XFZ O; 3C1V A; 4QJ5 B; 1IRJ A; 3A4U B; 4I5K A; 1LIN A; 1OZO A; 1F54 A; 3VGO A; 2LUX A; 4D1E A; 4PHJ A; 1RJV A; 1YRT B; 1S26 D; 2LLT A; 3JTD B; 1K9U A; 1SBJ A; 3AAK A; 4I5N B; 4YI9 A; 2PAL A; 1TNQ A; 2CTN A; 1NCZ A; 1QJT A; 1NSH A; 4PE7 A; 4PDZ A; 1SNL A; 3KHE A; 3PFV A; 5AFP A; 4JPZ B; 1NPQ A; 4HRH A; 1WRZ A; 1ZMZ A; 4YGC B; 1DJW A; 1YUS A; 1H8B A; 2ZRS A; 3SG2 A; 1SY9 A; 3BUO B; 4ORB B; 2PAS A; 5CSF A; 4MBE A; 3IQQ A; 3F45 A; 1KSO A; 1D1O A; 5CSI A; 4OR9 B; 5HKW A; 1CTR A; 1WDC B; 3VRO A; 1CMF A; 1AJ4 A; 3LCP C; 1UUR A; 2KGR A; 5HKZ A; 2L50 A; 4M2O A; 4XJK B; 1J55 A; 1BJF A; 5J3X A; 2BBN A; 4ETO A; 3I5F B; 3NSI A; 4QJ3 B; 3SG4 A; 1SRA A; 2JOJ A; 4L9M A; 4ZCV A; 3LLE A; 4A4B A; 1CDM A; 2LUC A; 3NSO A; 2Y4Q A; 2ZKM X; 5AAN A; 1DMO A; 2F8P A; 1L7Z A; 5CSJ A; 1M63 B; 1SR6 C; 2JQ6 A; 3CGA A; 2ZND A; 1M45 A; 1UHH A; 2JRF A; 1XFX O; 2WND A; 3ZNI A; 1C07 A; 2H2K A; 1K9P A; 1KFX S; 1NX1 A; 4PHK A; 1UHI A; 3TUY B; 3GOF A; 4GBA A; 2EC6 C; 1EH2 A; 4FQO A; 1DJH A; 1N2D A; 4N1G A; 1SMG A; 2KAV A; 5D69 A; 1Y0V H; 4CPV A; 1CDL A; 2BKH B; 2BCB A; 2JUL A; 1SPY A; 4ORA B; 5TNC A; 2GGM A; 4WQ2 A; 2A4J A; 4OVN F; 2M9G A; 1G8I A; 2LVV A; 5FYX A; 4WQ3 A; 1CKK A; 1RWY A; 1F71 A; 2MLE C; 1XFW O; 2BKI B; 2Y1N A; 5HKY A; 4CLN A; 1S36 A; 1KQM B; 2BEC A; 1F70 A; 5KTY A; 2KYC A; 2K7B A; 1AJ5 A; 2SAS A; 1BU3 A; 1UHK A; 2PVB A; 4F0Z B; 3QRX A; 3K21 A; 1KSM A; 2LMT A; 1F8H A; 2WCE A; 3I5I C; 1B8C A; 2BL0 B; 1JF0 A; 3NSL A; 1KCY A; 2L98 A; 1YUU A; 4MZK A; 3EVU A; 3WXA A; 2AAO A; 4I5L B; 1J7Q A; 1L2O C; 1NWD A; 1AK8 A; 4GGN A; 2JNX A; 1NCY A; 1U5I A; 2LMU A; 2LM5 A; 2Q91 A; 1QVI Y; 2HQW A; 3CLN A; 1A75 B; 1QIW A; 1B8L A; 2F2O A; 3TS5 B; 1PSB A; 5CPV A; 1QX7 A; 1BLQ A; 1OZS A; 1IGV A; 2IS9 A; 3CWG A; 1TN4 A; 4CFR A; 5I8N A; 2BCA A; 2M7N A; 2Q4U A; 4PE4 A; 1BOD A; 2Y1M A; 1UUS A; 1K96 A; 3PN7 C; 5JJG A; 1MUX A; 1GGW A; 3PSR A; 4AQJ A; 2F3Y A; 2QAC A; 4YBH B; 4DRW A; 5AEQ A; 1MR8 A; 1HT9 A; 2OTG C; 4JWQ A; 3VRN A; 1DF0 B; 1R6P A; 1PSR A; 4OV2 A; 2K7C A; 3O2P A; 1A03 A; 1K2H A; 3CR5 X; 1XK4 C; 2Y5I A; 1PAL A; 1G33 A; 1N0Y A; 4HSZ A; 5AXI A; 2KQ6 A; 4CFQ A; 1QAT A; 1A4P A; 3ICB A; 1IJ6 A; 2HET A; 2MLF C; 1FF1 A; 4GNK B; 1QV0 A; 4PCW A; 4AQI A; 1C7W A; 1ODB A; 1OMR A; 2LV7 A; 3JTD C; 1FI5 A; 1DTL A; 5I2Q A; 3LK0 A; 4BY4 A; 3KEV A; 4DIR A; 1EG4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IJ5 A; 1XK4 A; 4GAO A; 1OE9 B; 1IQ5 A; 2WCB A; 2AMI A; 2WCF A; 4C0L A; 3R1V A; 2K60 A; 2LAN A; 1NP8 A; 3WHT B; 4YGB B; 1B8R A; 1S6C A; 3SG6 A; 5B8I B; 4PAL A; 3OX5 A; 2RGI A; 2CT9 A; 4U8D A; 3H4S E; 1KFX L; 2L4H A; 1NUB A; 2MAZ A; 2KFF A; 2NZ0 A; 2ZN8 A; 1B1G A; 1EXR A; 1KK7 Y; 2NCP A; 3RZS A; 1SK6 D; 1YUR A; 1SL8 A; 2WOR A; 2JT3 A; 3I5H B; 1SCM B; 1ZUZ A; 2JTT A; 3OX6 A; 1WDC C; 1LKJ A; 2JXL A; 2JZI A; 2WCK A; 1ZFS A; 4USL A; 1DJX A; 2ZNE A; 5GQQ C; 4BY4 A; 3GK1 A; 2K0J A; 3VRR A; 4OZD A; 3BOW A; 1Y1A A; 2MRD A; 3D77 A; 1IH0 A; 2MHH A; 1QIV A; 1JF2 A; 2GTE A; 2MJW B; 2ZRT A; 1J7R A; 3FE8 A; 1CFP A; 3N7H A; 1NYA A; 3I5F C; 1OMV A; 3DVM A; 1M39 A; 1WLM A; 3EKH A; 2B1U A; 3D0Y B; 4OKH A; 5AER A; 4MLW A; 2I2R E; 2K7D A; 2M97 A; 1Y1X A; 1Q80 A; 2HF5 A; 3PLF B; 2K2A A; 3EK7 A; 1M31 A; 1SCV A; 1S1E A; 3EK8 A; 3CDN A; 1K8U A; 1K9K A; 3DZT A; 1FW4 A; 1CFD A; 2JWW A; 2K7O A; 1UWO A; 5D7F A; 2E6W A; 4GPL B; 3MSE B; 2KI4 C; 2LMV A; 3BXK A; 4HRG A; 1TRF A; 4Q04 A; 1YVL A; 1DJI A; 3AKA A; 4NDB A; 1ALV A; 1UHJ A; 2AUC A; 1IIO A; 1NCX A; 4MVF A; 1JBA A; 1YTZ C; 1BR4 B; 1REC A; 2KHN A; 1MWN A; 3BYA A; 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