1R87 | Genus

Total Genus 151

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	151
sequence length	371
structure length	371
Chain Sequence	KPHISALNAPQLDQRYKNEFTIGAAVEPYQLQNEKDVQMLKRHFNSIVAENVMKPISIQPEEGKFNFEQADRIVKFAKANGMDIRFHTLVWHSQVPQWFFLDKEGKPMVNETDPVKREQNKQLLLKRLETHIKTIVERYKDDIKYWDVVNEVVGDDGKLRNSPWYQIAGIDYIKVAFQAARKYGGDNIKLYMNDYNTEVEPKRTALYNLVKQLKEEGVPIDGIGHQSHIQIGWPSEAEIEKTINMFAALGLDNQITELDVSMYGWPPRAYPTYDAIPKQKFLDQAARYDRLFKLYEKLSDKISNVTFWGIADNHTWLDSRADVYYDANGNVVVDPNAPYAKVEKGKGKDAPFVFGPDYKVKPAYWAIIDHK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
publication title	Mapping glycoside hydrolase substrate subsites by isothermal titration calorimetry. pubmed doi rcsb
source organism	Geobacillus stearothermophilus
total genus	151
structure length	371
sequence length	371
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2003-10-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1r87A00

5A69A 1V02E 1H11A 1VEOA 5AC5A 1KWKA 4CKQA 3L2LA 1ESWA 1UWTA 4AZ5A 3IANA 4BZYA 1JD7A 1UR9A 2DT2A 2ZUWA 3M46A 1HP4A 1LL4A 1MQPA 5D8ZA 4GKLA 4OBSA 2QPSA 2BS9A 4ATLA 1NOWA 3WEOA 2QV4A 1X6LA 4F66A 4MB1A 4AZCB 2CHNA 2A3HA 4MNJA 1Q6EA 2WVVB 2VQTA 1JYNA 3EMQA 4TVUA 2DT0A 1G01A 2WKGA 4MNKA 1CZ1A 3BCFA 3O6AA 4TTUA 3VGBA 2UY3A 4ACZB 1LJYA 1EGZA 2VUYA 4J3UA 2O9RA 1UWIA 2DIEA 3UR7A 1J0IA 4MAVA 1BG4A 1D2KA 5A6LA 1E0WA 1C92A 5A94A 4RL3A 1WDQA 2YIHA 5HNNA 5M5DA 3UERA 1OT1A 2EXOA 4J3XA 4XUYA 3W38A 3WMCA 2CETA 3ARTA 3OGRA 2DT1A 4U3AA 1FP8A 4MB5A 3LPGA 1KGWA 1CENA 3PZGA 4PTXA 2XM1A 3MKKA 1K9DA 2WZEA 3I3BA 2D3LA 3CUJA 3VTRA 2CITA 3CTTA 4BA0A 3F5KA 4PTMA 2NT1A 3VNZA 5AYBA 2YOCA 1SMDA 1CBGA 4A3HA 5F7UA 2VI0A 1UH2A 5LA2A 2WHLA 1WE5A 2ZXBA 4AZBA 2G3IA 1HNYA 3AIWA 2UY4A 4XV0A 3K46A 4JHZA 4YHGA 1CGWA 4J3SA 2J7BA 1H4PA 1J10A 5CGTA 3RM4A 3ZO9A 4UFHA 4K68A 4MPKA 1GVYA 4GI9A 4PBGA 1CXIA 3AICA 2VCBA 4BQ2A 2GK1B 2YDQA 3SEPA 2OLHA 3ECQA 4CVWA 1GPFA 2VZOA 2J47A 1XV8A 2OSYA 2JEPA 4PTWA 3VM7A 3AZRA 4JFWA 4OOUA 1UR2A 2WXDM 2MANA 1Y7VA 3UR8A 2ZUSA 1DWJM 2Y24A 1R86A 1KCKA 3NJ3A 1BYBA 1HT6A 1JGIA 1ODUA 5D9MA 1GJUA 3AHYA 2OYMA 3ZR5A 5IHRA 2ZXQA 3POHA 1E0VA 1E4LA 3VKKA 4MB3A 1I1XA 3VNYA 1XYZA 1CDGA 2WMIB 2WVUA 3DECA 3W26A 3W29A 4CUCA 1B1YA 1MFUA 4PCSA 4NRSA 3ZOAA 3WD4A 1QBBA 1PX3A 1GZJA 3W6MA 2YL8A 1WZLA 3BMWA 1BTCA 4TXEA 3VUPA 4W8BA 4WKHA 1ZS2A 1GCYA 5C8BB 1C8XA 4W7WA 4Z2JA 2EO7A 4CU8A 1EO5A 3MV11 1EO7A 3L2MA 1W32A 3F5JA 1NP2A 1NOFA 4D71A 4ATDA 1OGSA 2VQUA 2ZUNA 3WQ5A 3AS0A 1EOKA 3VO0A 4XX6A 1ZJAA 3VDHA 3OLEA 3AXIA 2G3JA 3KE0A 5A6MA 4PMRA 4JAWA 2J7FA 3WQ6A 1MWOA 2CIPA 1QHPA 5LA1A 1TA3A 5HPOA 2IXVA 2G41A 5GNYA 2WHMA 4CU6A 1D7FA 1KXHA 1VBRA 1NWTA 2CEQA 4GIAA 2E3ZA 2WCAA 1GVIA 4MNLA 3UG3A 3VMNA 1H1NA 5I5RA 2PF0A 1H49A 4Z2IA 1ITXA 2C7FA 3PTMA 4W5UA 4FLQA 3VIJA 3T2PA 4JHOA 1V3IA 2VZVA 4MDPA 3QR3A 5CQ1A 3MSGA 5DO8A 4U33A 1ISWA 4CD7A 3MU7A 1HJWA 1JZ4A 2Y8VA 4AZHA 3S2CA 1B0IA 3FHQA 2NSXA 4JFUA 4AEEA 3N17A 1DP0A 1TE1A 3BAXA 4FLSA 2ZWYA 1B3ZA 3A4WA 1A3HA 2RGMA 2JEQA 1HN1A 2X2YA 3GZAA 2WLYA 3CMJA 1C93A 3ARVA 1C91A 3SUSA 3ZT5A 2VVSA 3U57A 3W53A 4B3KA 5FIPA 3VGFA 4AD1A 2YA2A 3VGHA 1UKPA 4PEEA 2J7DA 1E5NA 5I23A 4RE2A 1BPLB 1VFFA 5JUVA 1R87A 4TX6A 4HOZA 1KQZA 2EPLX 2Y2WA 4N42A 2Q8XA 3WF2A 1VEPA 4Z2GA 1HKJA 2ZX9A 4WIWA 5IDIA 5A6AA 4PMNA 1PIGA 5BXTA 5A6KA 1LWJA 2QMKA 3VDCA 3N9KA 3OZPA 2XYLA 3WD0A 1UA7A 3FXYA 2ZX5A 2DQXA 4ML4A 2CBVA 4UFKA 4OBRA 2GVYA 3ZJKA 3WQVA 1QNSA 1JZ6A 1FA2A 3AS1A 4E8CA 4AC1X 2W61A 4OOZA 3RO8A 5C71A 5KZ6A 4UFJA 2OWCA 1O6IA 3UCQA 4W84A 4HZ6A 3M7SA 1GOKA 4U3CA 3AMLA 3ARPA 2WZHA 3AMCA 1DHKA 3A3HA 4ATWA 2VR5A 3MANA 1QHZA 1FHDA 4WJXA 4Q7NA 3WEMA 4XZWA 4CN6A 3LMYA 1F4AA 1XD0A 4RE3A 4J3VA 5A8MA 1NWUA 1UH3A 4JFSA 1GQJA 3CMGA 5CGMA 1GOMA 1EDQA 3TTYA 4NZCA 4W7VA 3NCOA 5I6SA 1GHRA 1UZ4A 1TFVA 2F2HA 4AEFA 1CLXA 4P8UA 3UESA 5ABHA 3IAPA 2BY1A 4H2CA 1QVBA 3D5HA 6CGTA 1E6PA 3U7VA 1W1PA 1G9HA 3GXIA 2OWXA 2DIJA 3PZVA 1E3ZA 1JF6A 1QNPA 3KWXA 1QBAA 2OSWA 5GPRA 3W81A 1VFOA 2W66A 2XPKA 3ZJ8A 1HL9A 5IHSA 3TTSA 5JIWA 2F61A 4C7FA 3ARUA 3BLKA 3QHMA 5HDRA 1B3VA 4ZXOA 4W93A 3NSXA 1JZ8A 4IPNB 1E6QM 1TUXA 1OSEA 5E6YA 4AIOA 4JL2A 2C0HA 1JNEA 3WFZA 5CPSA 2WM0A 1LLOA 4F8XA 1HP5A 1GW1A 2GSJA 3EMCA 2W91A 1QI3A 2YKKA 4P8XA 4UZSA 1BLIA 1UD3A 3DHPA 4CCEA 1BYCA 1E6NA 2WKLA 4HU8A 5DT5A 1KR0A 3A4XA 3L4VA 1C3FA 2JE8A 2IUZA 3M6DA 1RP9A 3WQ8A 4HMCA 3NSNA 1GORA 5A6JA 4P7OA 1JYWA 3PZQA 4R5EA 5E0FA 4JKLA 3ZMRA 4HA3A 4P7RA 4MB4A 1TA3B 3DHUA 3WF3A 3ZT7A 3ARSA 1GOWA 4AWEA 1E6XM 1CGXA 1V0NA 4X0NA 1V6UA 3GNOA 3NIYA 4PRWA 3MMWA 2V3DA 3MUY1 4HZ7A 4QFUA 4Z2KA 2J77A 1PZ3A 1J11A 1GONA 3CH9A 5A8PA 1PX8A 5JBEA 2VCCA 4MDOA 4PUEA 3M07A 4KH2A 3T2OA 4D6IA 4HTYA 3WUEA 1VRXA 2J79A 2WHJA 3SCQA 1OM0A 2J74A 1XCWA 2QF8A 1PPIA 2BXZA 3W4RA 4GQQA 2O9OA 1UWRA 1JI1A 5HBFA 3AIQA 1EOMA 3T2QA 2B31A 4PTVA 4AZ6A 1DWAM 1XHGA 4IM4A 3VIKA 5BRPA 3SCOA 4JKMA 4PCTA 4JCLA 3CLWA 1Q6CA 2CHOA 3VX1A 1E55A 3SUWA 3VU2A 1R7OA 4D72A 1ZBCA 3HMCA 1I1WA 3ZSSA 4JL1A 1M04A 3QOMA 1J0YA 1BYAA 2UY2A 1QNOA 4IISA 1JF5A 4GQRA 3VMPA 3PZIA 3OLGA 2D24A 2XWDA 4GPNA 3B9AA 3N13A 1CECA 1HVXA 3VIFA 2A3CA 1LG1A 4TUFA 1OINA 1E4MM 2V3FA 3N12A 1QNQA 5CZKA 2ZXDA 1XD1A 3THCA 2FHCA 1VAHA 5ECUA 3RDKA 4QDMA 3WKZA 2VVNA 1JG9A 4E4PA 1HJQA 1F4HA 1VFUA 1SMAA 2CXGA 1C90A 4ZENA 3NSMA 3UETA 1VF8A 2X8RA 2BNJA 1W9DM 1MW0A 4MAZA 1ZJBA 1RPKA 3WMBA 4CCDA 4DM1A 2XFFA 3VIGA 3U5UA 3POCA 1EH9A 4DUXA 1JDCA 4JZ5A 1V3LA 9CGTA 4X0VA 1CGVA 5CPTA 4CD4A 3PZMA 3WQWA 2WNWA 3I3EA 1KGXA 1WDPA 1W2PA 3WMSA 2G8ZA 4GZIA 4AMCA 1E9LA 3AOFA 4UZUA 3AIRA 5TD4A 4AYSA 3II1A 1E0XA 3UEQA 2ZUMA 3W82A 2ZUUA 1CNVA 2PC8A 3GNPA 3LPFA 1CEOA 2VZUA 2NW0A 5BCAA 4U2ZA 4UQDA 4CU7A 1E56A 4EAMA 2E8ZA 2J7CA 3MUZ1 1J12A 3QHNA 1JZ2A 4J7RA 2CPUA 7CGTA 1UD6A 1I75A 1TCMA 3ARQA 1UHVA 3TP4A 4HMEA 4WKAA 2BHZA 2PWEA 1QI2A 2WVTA 3VDBA 3ZSTA 4EK7A 3MSDA 4V2XA 3WF0A 3VD5A 1E1FA 2YA0A 3G6LA 3VX0A 4GXPA 2WB5A 4LYRA 2PB1A 2PI6A 4D6CA 4AW7A 3E1F1 5FL0A 6A3HA 1XCXA 1YHTA 3BAYA 1W9BM 1Q6DA 4D6EA 4JFTA 2ZUTA 3LPPA 4MJ4A 1IV8A 3WDHA 1WZKA 2GJRA 3WH8A 1W91A 4Q22A 3ZJ7A 2D2OA 1EA9C 5JIPA 5CSYA 4F9JA 1V03A 1JZ3A 3VIMA 5LA0A 2W62A 5FOOA 1BHGA 1L8NA 1UQZA 1PJ9A 2EQDA 2UY5A 2XSBA 3PN8A 3OGSA 4W85A 1J01A 4MADA 3CBWA 4JIEA 1UUQA 3SIMA 1B3XA 3CUFA 5M3WA 1TVPA 1DWHM 1FHLA 2VRKA 3AQUA 1MFVA 4WK9A 3WY1A 4CN4A 3HJEA 5D4YA 3WNMA 3AHTA 1JXJA 3SCNA 3AI0A 2VT0A 3K8KA 2WPGA 3WD2A 5GNZA 4B3LA 3BH4A 4DWSD 4GO8A 3WUGA 1W3KA 1V3MA 4M82A 1E3XA 1GOOA 3CUHA 2X0HA 5DEZA 1JYVA 2XUCA 3WNLA 4GI8A 4GO9A 3GBDA 1CGYA 4MJ2A 3VIIA 4U5KA 4V28A 3SURA 2V5CA 3AHVA 4J28A 3WEZA 4QLLA 3AIUA 2PBGA 3CUIA 3VIHA 2CESA 1UR1A 3GH4A 1PEZA 5A3HA 5EFDA 1V02A 1CXKA 2VTFA 4WKFA 1R85A 3BC9A 4TX8A 2DSKA 4AZ7A 3O2LA 4H41A 3W37A 1HXJA 4J3TA 1B3WA 4BCEA 2FH8A 1JDAA 1UKSA 3AMKA 1HIZA 1C8QA 3EYPA 1IZJA 1ODZA 1FFQA 5A2BA 4PUDA 1ITCA 2VZTA 2WMGA 1NWRA 3WIJA 2CYGA 2ESCA 1MQRA 3G6MA 1HJXA 3AS2A 3WUBA 5LYRA 4PN2A 2XWEA 4D6JA 1E1EA 2PWDA 1H09A 3AS3A 1QI4A 2D22A 3A4AA 2W67A 2BY2A 2GDVA 2D1ZA 3L4XA 2D0FA 2WMFA 3BAWA 2OSXA 3GDBA 1PZ2A 4KGLA 3SCVA 3SCSA 3QOKA 3SCWA 3MMUA 3FN9A 3WDPP 4M56A 1CLVA 1B9ZA 3CZJA 2VC9A 4ZE5A 4M1RA 1BGAA 4JCMA 2ZX6A 2W63A 4CCCA 1UWUA 1DTUA 4H8VA 5E9AA 3WH5A 4D1JA 3N15A 1W2VA 5GNXA 4W89A 4BF7A 3VOCA 4HA1A 2Z1SA 2DSVA 3F4VA 4B15A 1KBBA 4LGXA 1UR4A 2D23A 2O9TA 5KEZA 2PBOA 1Q4NX 3PZOA 3O9NA 1US3A 2DSUA 2JF7A 1JL8A 2C8NA 3WNOA 3CZGA 1KGUA 3DC0A 3KZSA 1CXFA 1QHOA 1UWQA 4QCFA 1EHNA 4KGJA 1JYXA 2BXYA 3T0AA 2BVDA 4MTVA 3PTKA 4AY1A 5A8OA 4UQBA 3VD9A 3HN3A 4F9DA 1LWHA 2E8YA 3TTQA 3A47A 2BVTA 1EXPA 1MXGA 2DH3A 4NF7A 2VX7A 3WD3A 2CBUA 5EMYA 5IFPA 3WQ4A 1H0GA 5E6ZA 5CSUA 3AXHA 4PMDA 1XRVA 4D6DA 5BXRA 4UFIA 2ZICA 2CBIA 1BVZA 3WL1A 2J7GA 3L4WA 1KR1A 5FCZA 4KMQA 1CTNA 3WDIA 3MUIA 4Z2HA 2F8QA 3WL0A 6TAAA 1V3HA 1ISZA 4LPCA 4B9ZA 4UR9A 1H2JA 2W92A 4LQ1A 1WZAA 4D6FA 3EDDA 3L4ZA 2D0GA 4H04A 3QGVA 3WNKA 1GHSA 4L4OA 5C70A 1TVNA 4CGTA 1EDGA 3IK2A 2CERA 3GBEA 4TTGA 1BFNA 3KL0A 1PIFA 4W88A 2XVLA 3KL3A 1K9FA 4EANA 3AIEA 4UQCA 4AZGA 3T0DA 1E70M 4PMXA 4ZFMA 3VD7A 2VX6A 3AJ7A 3OZOA 3VM5A 8CGTA 5M03A 5A95A 3PTQA 4PYSA 3VGEA 4QP0A 3U7BA 3S6TA 2AAAA 2G4FA 4H7VA 1ZB5A 1E6SM 1V08A 4D6HA 4AIEA 5A1AA 1DWIM 1J18A 1E4IA 2EPMX 4CD8A 2XGIA 1W1YA 1V0KA 2J8GA 2EEXA 3WH7A 1QW9A 1UD2A 4GZJA 3EBVA 3WDJA 3L4UA 3AHXA 1NP0A 3OB8A 4UOQA 1CWYA 2YA1A 1VIWA 1K9EA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3WSU A;  4PSR A;  3AZT A;  1EDT A;  2ZXA A;  3AXX A;  1HJV A;  4GZE A;  2WMI A;  4HP5 A;  5BRO A;  4OKD A;  4M8U A;  3WDR A;  3BXW A;  1EQP A;  3W25 A;  3WF4 A;  5D8W A;  1CYG A;  2CNC A;  1UD5 A;  5A2C A;  1GUV A;  2HIS A;  5BWF A;  2YBT A;  1K6A A;  2YDS A;  2WHK A;  3ARY A;  4BQ5 A;  1J0K A;  3SUU A;  2J62 A;  2XFY A;  2A3B A;  2QPU A;  3D3A A;  1W1V A;  1W9P A;  4P7L A;  4N0R A;  1TMQ A;  1JI2 A;  4P8V A;  2PWG A;  5A8N A;  5JBD A;  4AD5 A;  4W5Z A;  1ZBK A;  3VGG A;  1W9V A;  1G5A A;  3SCP A;  3K8M A;  1UKQ A;  4HOW A;  5ABE A;  2VL4 A;  3OBA A;  2WZI A;  4W8L A;  3RM9 A;  4HPG A;  2E9M A;  5A8Q A;  1A47 A;  3MS8 A;  4YHE A;  2PWH A;  4AXN A;  2EBN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1GJP A;  1GVY A;  4IMA A;  4GI9 A;  3SAZ A;  3TQP A;  2GOU A;  2GK1 B;  2YDQ A;  3HFY A;  5EA9 A;  5E1Q A;  1TE6 A;  1F7B A;  2INZ A;  4DI8 A;  4V1Y A;  1TSI A;  2XIJ A;  4JD4 A;  2OSY A;  4XSM A;  4E4U A;  1TV4 A;  4LUS B;  1QPO A;  4OOU A;  4HB7 A;  5HWN A;  1IF2 A;  4DXX A;  2WXD M;  4R9X A;  1FVP A;  3SN0 A;  2CHR A;  3V36 A;  4QE4 A;  4C5Y A;  1GJU A;  4DBW A;  4PCP A;  2OYM A;  2PRL A;  1QW7 A;  2ZXQ A;  3POH A;  4Q8P A;  4MB3 A;  2WMI B;  1SW7 A;  2Y7E A;  1B1Y A;  3C2V A;  4PCS A;  4NRS A;  1IXQ A;  1XKY A;  1RR2 A;  1GZJ A;  3URA A;  3GNN A;  3VA8 A;  2A0N A;  2J6X A;  1V5X A;  3VUP A;  4W8B A;  1QCW A;  1H51 A;  1GCY A;  4L9Y A;  1TML A;  4JTF A;  5AVN A;  1A3X A;  1MSS A;  2YXG A;  4LU0 A;  3UT0 A;  1EO7 A;  3CUX A;  3A3X A;  1GK8 A;  2OG9 A;  3CL6 A;  3F5J A;  4FPS A;  3OP2 A;  3S5Y A;  4X2P A;  1IIH A;  3H12 A;  4HMN A;  2ZUN A;  3EGJ A;  1EOK A;  2AQO A;  3VO0 A;  3TN3 A;  1LTD A;  4XX6 A;  1ZJA A;  3S8H A;  4HCL A;  4PMR A;  4Y96 A;  3O16 A;  1MWO A;  3R0K A;  3IJQ A;  3W85 A; 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1R87A

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