1R8LA

The structure of endo-beta-1,4-galactanase from bacillus licheniformis
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
GLYVEKVSGLRKDFIKGVDVSSIIALEESGVAFYNESGKKQDIFKTLKEAGVNYVRVRIWNDPYDANGNGYGGGNNDLEKAIQIGKRATANGMKLLADFHYSDFWADPAKQKAPKAWANLNFEDKKTALYQYTKQSLKAMKAAGIDIGMVQVGNETNGGLAGETDWAKMSQLFNAGSQAVRETDSNILVALHFTNPETSGRYAWIAETLHRHHVDYDVFASSYYPFWHGTLKNLTSVLTSVADTYGKKVMVAETSYTYTAEDGDGHGNTAPKNGQTLNNPVTVQGQANAVRDVIQAVSDVGEAGIGVFYWEPAWIPVGPAHRLEKNKALWETYGSGWATSYAAEYDPEDAGKWFGGSAVDNQALFDFKGRPLPSLHVFQYVDTGTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endo-beta-1,4-galactanase
publication title The structure of endo-beta-1,4-galactanase from Bacillus licheniformis in complex with two oligosaccharide products
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus licheniformis
total genus 144
structure length 386
sequence length 386
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2003-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1r8lA00
4UTFA 1CGUA 1GOIA 3SURA 4P7LA 3NJ3A 1CXFA 4LYQA 3WELA 3M6DA 2GJPA 4MDOA 1H3GA 1HJWA 3CUIA 1E73M 3AYSA 4GZJA 4HPGA 3SCWA 2E9BA 3T2OA 3U7VA 2E40A 5E0FA 5HBFA 4Z2IA 3GBDA 3IAQA 2BHYA 1C8QA 1GOWA 1WZAA 1WDQA 3IJ9A 2OWWA 3WUGA 4KWUA 3AIRA 2XG9A 1UH2A 5GNYA 4HZ6A 7TAAA 2BVDA 2BS9A 4CU6A 1JNDA 1WP6A 3NIYA 2EQDA 2J7HA 5I24A 1E3ZA 1PBGA 5AY7A 4QLKA 1VFOA 2ZUWA 4CD7A 3AXHA 4OOUA 1G0CA 1HVXA 1J0HA 4A3YA 4U33A 3VD7A 3HJEA 1EHAA 3E1F1 1X6LA 2X0HA 2XIBA 2VQUA 5CG0A 1VFFA 3VD9A 1P6WA 1U30A 4PTMA 4TTUA 1GPFA 1DWGM 4D6EA 3VD4A 3AXXA 4AZBA 2QLYA 5A3HA 1HL9A 2E9MA 3RM8A 1HF6A 2GFTA 3AHZA 3CHCA 4AYSA 2ESCA 3GNPA 4M24A 2WPGA 1W3JA 2XYLA 3K8MA 2J62A 1TMQA 3A4AA 3VIMA 3W6LA 2WVUA 2ZX8A 3BAIA 4ATWA 1GHSA 3WD1A 2WHLA 3AHVA 1UR4A 5HXMA 1TA3B 3N12A 1G94A 1KB3A 1E4IA 2HISA 5FL1A 2DH2A 2VVNA 3L4YA 3LPPA 2D0FA 1PX3A 2BY0A 4WK9A 3AQUA 1DWHM 1UR9A 1EH9A 1FH8A 2CXGA 2WWDA 2DT0A 4DUVA 1FA2A 5JBDA 1VF8A 1VEOA 3VIGA 4UQCA 4UR9A 1UWQA 4J3XA 1ZL1A 5D9NA 1BF2A 1IV8A 1O6IA 1UKPA 1HJQA 1VAHA 4TTGA 5LYRA 5D9OA 4P8VA 1I1WA 3MS8A 1GW1A 1UG6A 3THCA 1TR1A 1J0YA 5LA2A 4ML4A 5JUVA 2XM1A 3HMCA 3UR7A 4AZCA 5C8BB 4PMVA 3VGDA 4IUGA 1VJZA 3W0KA 2J7FA 1CLVA 2CYGA 1E0XA 4MAZA 2VCAA 4LX4A 1B3ZA 1HP4A 1M01A 2VRKA 1HKJA 3VIPA 1LQ0A 4XZBA 2W62A 4W7WA 4HU0A 4P8WA 1UR2A 1VEMA 1BYBA 4OOZA 3AIWA 2BXZA 4MB5A 2GK1B 3L2MA 4PMNA 1V02A 3ARTA 5CPQA 3GXIA 1QPKA 1LG2A 1XSIA 2WVVB 1Q4NX 3GXDA 2EPOA 2AMGA 3MUZ1 3VGGA 4IPLA 4IPNB 2DPEA 2XVLA 1H0GA 4NRSA 3GZAA 2C7FA 3ZSTA 4MAVA 1CENA 1BSIA 3AISA 5A6MA 5IFPA 4ACZB 2ZXQA 3PZIA 4H8VA 2XPKA 3VNZA 3FHQA 1ECEA 2G4FA 2O9RA 2J7CA 1GOQA 1XYZA 2EEXA 2V5CA 4B9ZA 2IXVA 2ZWYA 1BYCA 1C93A 4W5UA 3VILA 3PZNA 5D9MA 4HU8A 3VNYA 4UOZA 5M5DA 4OBSA 1XYFA 4AY1A 4HMCA 5A6BD 1BHGA 3CZEA 3POCA 1WCGA 3BAXA 3TP4A 1N82A 3KWXA 3PTQA 4JKMA 1LLOA 4MDPA 2BXYA 2CEQA 1XH2A 4W8BA 1JD9A 4Z2HA 5DFAA 1GQIA 4ZXOA 3THDA 4TOQA 1OT2A 1HN1A 3WDIA 1JFXA 1XSKA 5HPOA 3WNMA 4CD6A 2VX6A 3PZOA 3RILA 3K1DA 1W1TA 5CGTA 2A3EA 3ARYA 3CO4A 1OSEA 1H1NA 2NT0A 3OIHA 4AD5A 5A94A 4KMQA 1NQ6A 3WQ5A 4PMDA 3UESA 2GDVA 4YHGA 5CPTA 1RP9A 2VURA 1QI2A 5A2AA 1OWQA 3PTMA 3PZQA 3GXFA 3AXIA 4W8LA 1UR0A 1B3XA 2XVGA 1D7FA 1FHDA 3WSUA 4GQRA 4ZENA 3F5LA 3EBVA 3TTQA 3CHEA 4C7DA 2YDQA 1UWIA 1ISXA 3APGA 1OT1A 3W53A 1WDRA 3L4UA 3ARQA 3DHUA 2WCSA 2BVYA 3BCFA 3NSMA 4D6DA 4JCLA 3LMYA 1BQCA 2CBVA 2DEPA 1JXJA 1W9PA 1EO7A 2A3CA 3TONA 2EXOA 4W86A 3CH9A 1V3IA 1V02E 3N11A 2WLYA 1PZ2A 3J7HA 4HMDA 4W85A 1HNYA 4CU8A 1C7TA 5DF0A 1NWUA 2XUCA 5I77A 2VR5A 3WQWA 2DT2A 3WH9A 2W61A 1GUVA 1V0MA 1AMYA 1OIMA 2FGZA 1E3XA 2VI0A 5A8PA 2VZUA 2D20A 4J7RA 4QFUA 3ARUA 3GDBA 4QCFA 3WH5A 2J8GA 7CGTA 4S3KA 2JEPA 4W84A 3VIIA 2VZVA 4W93A 4KRUA 1UD5A 5A6SA 3DYOA 4GKLA 1QI0A 1JI1A 2BVTA 2IXUA 1WO2A 3WNPA 2XSAA 1K9EA 3OZOA 4OZOA 4RE4A 5JBFA 1DWFM 1ISWA 1W9VA 4JIEA 1CWYA 3ZJ6A 4UFJA 2V3GA 3PZ9A 1QNOA 1JZ6A 3SCQA 3S6TA 1R87A 4PTVA 1G5AA 5BROA 3AS2A 5CSYA 1BGAA 1D3CA 1WKYA 4GO8A 4RE2A 1UD8A 2TAAA 1JZ4A 4DWSD 1MYRA 3WDHA 4W89A 1JZ5A 4NF7A 2D3LA 4WKHA 2QMKA 1ZB5A 2CCRA 3ZM8A 3MMWA 1GNXA 1W9UA 3OGVA 1TE1A 5I23A 1UD3A 4Z2LA 4IM4A 2D24A 3WF3A 3OGSA 3B9DA 4AZIA 1JD7A 4B3LA 4ZE4A 4JZ5A 3WDPP 2DSKA 3VTRA 1E1EA 3AMDA 4UNIA 2FH6A 4F66A 1PZ3A 3KEHA 1JDAA 1MW3A 1CIUA 3D3AA 2VNCA 3CLWA 2V3DA 2ZWZA 2BY1A 3O6AA 3VDHA 4PEEA 1C92A 1NWTA 1XGZA 1VENA 4XUYA 1ZU8A 4CD8A 1Z32X 3WBAA 4JFUA 3FHAA 3VX1A 2J79A 2BNJA 2ZOXA 1NWRA 3IANA 4YHEA 5A8MA 4HOXA 5KEZA 1EOMA 1CBGA 1H2JA 3L4VA 5M3WA 3WH8A 3WQ8A 2G8ZA 2W92A 2O92A 3VD3A 1E43A 4F9JA 2GSJA 1GZJA 3N1AA 3G6LA 3WEZA 5BWFA 1FFQA 2AAAA 1CXIA 1UR1A 4HZ8A 1EIBA 1ZS2A 2X2YA 3UG3A 4IISA 1H4PA 3VGHA 1BGGA 5A6JA 3VX0A 8CGTA 1K6AA 2FHFA 4P7QA 3WNOA 3SUUA 2DT1A 1MW2A 4GINA 3AHXA 4EAMA 1GVIA 5DT7A 4PTWA 4AD4A 3UEQA 4Z2KA 1PX4A 2X05A 3PZTA 2FHBA 4U2ZA 1DTUA 4HZ7A 1UWSA 4BZYA 5AYBA 4X0NA 1UUQA 5A6BA 2WB5A 1FHLA 1I75A 2VRQA 4D6JA 3T2PA 2RGLA 3ALGA 1J0KA 4JHZA 1W91A 2ZUUA 3FAWA 4R5EA 1QI5A 4V27A 3WF1A 1OINA 4X0VA 5IFTA 1GOOA 1JYVA 1KBKA 3ZT6A 4M8UA 1MWOA 4F8XA 4S3JA 5GNZA 3NSXA 5I79A 1R8LA 3WQVA 1JDDA 1UD2A 1LL7A 4UFMA 2UY4A 1QHOA 2ZIDA 2PWHA 1OM0A 1RD6A 5CLWA 5M03A 4ATDA 3F5KA 1C91A 3ZJ8A 1V6UA 1QW9A 4AZCB 1Y7VA 3WN6A 1LWJA 4D72A 3MSGA 4UFHA 1Q6EA 3CHFA 3RJYA 2ZXBA 4GO9A 3BMWA 1QBBA 4BQ4A 1DWAM 4HOZA 4PN2A 4LGXA 2B31A 2QF8A 2YA1A 1E4LA 4EK7A 3ZR5A 3MUAA 1HX0A 1QBAA 1E56A 1ODZA 1TVPA 1ZBKA 1EA9C 3II1A 4JFTA 3VOCA 3TA9A 3WL0A 1SMDA 2VQTA 3L4TA 4QLLA 3W4RA 4OUEA 1VRXA 3WNNA 4HPHA 2F8QA 2J7DA 5EFDA 1E15A 2XJ7A 3T0AA 1C7SA 1MVYA 4J3WA 4AMCA 4CU7A 3K8LA 1VIWA 2JF6A 4JFVA 3LPFA 1L0PA 3ZR6A 2WC4A 1Q6DA 3MMUA 1E5NA 3AROA 2A3HA 1NOWA 1HXJA 2Z1KA 2DSZA 2PWFA 3SCOA 2VTFA 1JL8A 2EJ1A 3A3HA 1JZ7A 2AOSA 4UZSA 2JF7A 3MV01 4MB3A 3UETA 3FN9A 1XC6A 2WHJA 4D6HA 2XTKA 3CMJA 3AIQA 2ZX7A 4LPCA 3CZJA 4Y7EA 3ALFA 2E9LA 2QPUA 1E9LA 2YLLA 4WIWA 1UR8A 1E6RA 4H41A 1JYWA 4WLCA 1JZ2A 2WKLA 5I6SA 1F4HA 4V2XA 1PX8A 3WDQA 5FIPA 1GOKA 2V5DA 5CZKA 4C7GA 1B9ZA 1GJWA 4AW7A 2W4XA 2PWEA 3DYMA 3ZJKA 1UQZA 5D8ZA 5EFFA 3AJ7A 4OIFA 3SUTA 1IT0A 1E0WA 1E5JA 1TFVA 2JIWA 1VFMA 3QHOA 1XRVA 3T0DA 2E4TA 2FH8A 2VX7A 4N0RA 3SCPA 1NARA 1SR0A 3MKKA 3WENA 4F79A 3AMKA 1EDQA 2YDSA 1EGZA 3AIBA 3CBWA 3AS1A 1E55A 4E4PA 2C0HA 4DWSA 2Q8XA 1JF6A 3EDJA 2VX4A 3VPLA 1CEOA 3ZJ7A 3GTNA 3KL3A 2J75A 1GOMA 4AIEA 3VIJA 1OGBA 4GXPA 6A3HA 1GHRA 2VZSA 4AWEA 1UWTA 4HP5A 4P7RA 3VVGA 3FNDA 3RM4A 2WZIA 1AVAA 1VBRA 4QCEA 4H8HA 1M7XA 4E8DA 4P8XA 5E09A 5DEZA 5A6AA 1XHGA 1AQMA 4XX6A 2D0HA 4CVUA 1U2YA 4QLJA 3O9NA 1BVNP 1KXVA 4GZEA 4OBRA 1BVZA 1HJVA 1YQ2A 1EQPA 3W25A 1UYQA 3RO8A 2DQXA 3ZO9A 8A3HA 2GJXA 2ZX6A 4PUDA 4WSKA 4NRRA 3PZVA 2WMJA 1WAWA 3NCOA 5BRQA 2JEQA 3SCRA 4TVCA 5FL0A 5A8OA 2J74A 1FFRA 1HVQA 3PHAA 4PCSA 1V0NA 2YA2A 3PZMA 4ZEPA 3O2LA 3RMEA 3W82A 3VMPA 4WF7A 3ARPA 2CKSA 1W3HA 2OLHA 1UHVA 1H11A 4RE3A 3VIOA 1DP0A 1HIZA 3N13A 2CIPA 1TVNA 3CUGA 3VMNA 1J11A 1MQRA 3VIFA 4HA1A 3AIVA 3VO0A 2W67A 2VZTA 4R27A 4BQ3A 1I1XA 1O7AA 3L4ZA 4PMZA 1QHPA 1KCKA 2O9OA 1ODUA 2D2OA 1PIGA 5EMYA 3WUBA 5I0DA 5GQBA 3UG4A 3ZIZA 1W3LA 4BQ5A 1MW1A 5A8NA 2CHNA 4QAWA 1NH6A 4L4OA 3VKKA 1Q6FA 3CGTA 4D71A 2G3MA 4H04A 1W3KA 1JG9A 4WSJA 5KZ6A 2WC3A 5EBAA 5A6LA 4AZHA 3DHPA 4CD5A 3EDKA 2UY2A 1B90A 2F61A 3I3BA 4HA3A 2WAGA 3AZRA 1WB0A 2YLAA 5C71A 2WCAA 3QOMA 3VGEA 2DT3A 3A6OA 3AIEA 4P8UA 3OLIA 2Y8KA 5FCZA 1SMAA 4GQQA 2WMGA 4AD2A 5A2CA 1HJSA 1E70M 2WM0A 1UKTA 1W9XA 3NDYA 1CTNA 3HN3A 2J25A 4AXNA 5BRPA 4PMQA 1B31A 2WMIA 4AIOA 4OKDA 3SUWA 1CXEA 4K68A 3M46A 1V6YA 4MPKA 4PMUA 3WDJA 1V3JA 2Y8VA 1JNEA 1KQZA 5D9PA 4J3SA 3CUHA 3MANA 4L4PA 1B3YA 3A4WA 4M29A 1V3KA 1R7OA 1B0IA 3WFZA 1XD0A 5CGMA 1R86A 4DUWA 2D1ZA 1MQPA 3ARZA 4GPNA 3N9KA 4CKQA 1TZ7A 3IJ7A 5ABFA 3EMQA 2J8FA 1CNVA 3MMDA 2QV4A 4MADA 2QHAA 3FXYA 1M03A 1WZKA 1MFVA 1C8YA 4MB1A 1MFUA 4U31A 4DM2A 3W6MA 2VCCA 2YDRA 4W8AA 5JBEA 2VOTA 5CXPA 5I2UA 2YIHA 4PMOA 2JFEX 3K46A 1JXKA 2V3EA 1HT6A 4ZFMA 5HPCA 1DWIM 3EDDA 2CESA 3BAKA 3WH6A 4PMYA 3FY1A 3PTKA 3UG5A 4UQ9A 1UKQA 1KXHA 1ZBCA 2WZEA 2OYLA 1W9BM 3BSGA 4F9DA 4GI8A 1BTCA 1NOFA 1WNOA 1QNPA 2XFYA 2ZXDA 3UERA 5IHSA 2BHUA 3POHA 1QW8A 2GUYA 2E0PA 2YL8A 2FHCA 5IHRA 1GJUA 1W2PA 3AMLA 4HTYA 3WFLA 4AISA 4U3AA 5CQ1A 2J47A 2OYMA 1BYDA 2VRJA 3GH4A 1JZ3A 1SYTA 4MNMA 2O9TA 3VDBA 3BAJA 5A6KA 3ECQA 4B3KA 1AQHA 3W38A 1G9HA 1OD0A 4KH2A 4BQ2A 1LG1A 4XZWA 4UQEA 3TTSA 4UCFA 1XCXA 3MUIA 4U5IA 3ZOAA 1JF5A 4M56A 1FP9A 3QGVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UTF A;  1CGU A;  1GOI A;  3SUR A;  4P7L A;  3NJ3 A;  1CXF A;  4LYQ A;  3WEL A;  3M6D A;  2GJP A;  4MDO A;  1H3G A;  1HJW A;  3CUI A;  1E73 M;  3AYS A;  4GZJ A;  4HPG A;  3SCW A;  2E9B A;  3T2O A;  3U7V A;  2E40 A;  5E0F A;  5HBF A;  4Z2I A;  3GBD A;  3IAQ A;  2BHY A;  1C8Q A;  1GOW A;  1WZA A;  1WDQ A;  3IJ9 A;  2OWW A;  3WUG A;  4KWU A;  3AIR A;  2XG9 A;  1UH2 A;  5GNY A;  4HZ6 A;  7TAA A;  2BVD A;  2BS9 A;  4CU6 A;  1JND A;  1WP6 A;  3NIY A;  2EQD A;  2J7H A;  5I24 A;  1E3Z A;  1PBG A;  5AY7 A;  4QLK A;  1VFO A;  2ZUW A;  4CD7 A;  3AXH A;  4OOU A;  1G0C A;  1HVX A;  1J0H A;  4A3Y A;  4U33 A;  3VD7 A;  3HJE A;  1EHA A;  3E1F 1;  1X6L A;  2X0H A;  2XIB A;  2VQU A;  5CG0 A;  1VFF A;  3VD9 A;  1P6W A;  1U30 A;  4PTM A;  4TTU A;  1GPF A;  1DWG M;  4D6E A;  3VD4 A;  3AXX A;  4AZB A;  2QLY A;  5A3H A;  1HL9 A;  2E9M A;  3RM8 A;  1HF6 A;  2GFT A;  3AHZ A;  3CHC A;  4AYS A;  2ESC A;  3GNP A;  4M24 A;  2WPG A;  1W3J A;  2XYL A;  3K8M A;  2J62 A;  1TMQ A;  3A4A A;  3VIM A;  3W6L A;  2WVU A;  2ZX8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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