1RH9A

Family gh5 endo-beta-mannanase from lycopersicon esculentum (tomato)
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
NNFVYTDGTHFALNGKSLYINGFNAYWLMYIAYDPSTRIKVTNTFQQASKYKMNVARTWAFSHGGSRPLQSAPGVYNEQMFQGLDFVISEAKKYGIHLIMSLVNNWDAFGGKKQYVEWAVQRGQKLTSDDDFFTNPMVKGFYKNNVKVVLTRVNTITKVAYKDDPTILSWELINEPRCPSDLSGKTFQNWVLEMAGYLKSIDSNHLLEIGLEGFYGNDMRQYNPNSYIFGTNFISNNQVQGIDFTTIHMYPNQWLPGLTQEAQDKWASQWIQVHIDDSKMLKKPLLIAEFGKSTKTPGYTVAKRDNYFEKIYGTIFNCAKSGGPCGGGLFWQVLGQGMSSFDDGYQVVLQESPSTSRVILLQSLRLSKLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endo-beta-mannanase
publication title Three-dimensional structure of (1,4)-beta-D-mannan mannanohydrolase from tomato fruit.
pubmed doi rcsb
source organism Solanum lycopersicum
total genus 150
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date 2003-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1rh9A00
4IUGA 4NF7A 4DWSD 2C7FA 1CXIA 2ZUVA 4U2ZA 3T0DA 2CYGA 1GOIA 1PZ2A 3SUWA 1UOKA 4IPLA 1TCMA 1SR0A 1VEOA 3S2CA 2V3EA 3VMPA 3WNMA 1JXJA 3CHFA 5A69A 1PIGA 4LGXA 3OGVA 1KCLA 2FDMA 3ZT7A 5HPOA 4PSPA 5A8QA 4EE9A 4HMDA 3AROA 2A3CA 1E70M 4EANA 3VGDA 2VR4A 3WD1A 4DUVA 3II1A 3L4WA 2J47A 1G1YA 4ACZA 3CTTA 4B3LA 1CECA 2PBGA 2DSKA 1E4IA 3CZEA 2BY3A 4PEEA 1BYDA 4W5ZA 1MYRA 4CN4A 3BH4A 5A3HA 2D0HA 4M56A 2WZIA 2CNCA 7TAAA 3POHA 2YL6A 3AMLA 3NSNA 5DEZA 1NOFA 2BS9A 3ARWA 1IT0A 4QAWA 1ESWA 2QPSA 1GQJA 1WDSA 4W8BA 7A3HA 2VCBA 3VMNA 2AMGA 2NW0A 3MKKA 4W87A 3VD9A 3L2MA 1QVBA 1FA2A 1M03A 3IAPA 2ZX8A 2XYLA 1V0NA 3NDZA 1FHLA 1UD3A 1B3WA 2YLAA 2GSJA 2V5CA 5JBEA 5I0DA 1HL8A 1VEPA 1Q6FA 3AMDA 4UFIA 2WSPA 3GYCA 3F5KA 3PN8A 4B9YA 3AS1A 3UESA 3MUY1 1QBAA 1UKTA 2OSYA 1V0MA 3HMCA 1G5AA 5LA0A 2YDQA 1WE5A 5D9PA 4E8DA 1LLOA 3K8LA 5GNXA 3GTNA 4XB3A 1V02E 1CXEA 2D3NA 2OSWA 5A95A 3PZTA 1W9UA 2DSWA 3WBEA 1Y7VA 2E4TA 1XH2A 1A3HA 2E9MA 4YPJA 3FAXA 3IAQA 4NSBA 1JDDA 5A8OA 2YA1A 1JI1A 4D6FA 4J3WA 1V3KA 3WUGA 5D9NA 4P8XA 1XV8A 2YL8A 1EDQA 4AEEA 1DEDA 3SCRA 4UFLA 1US3A 5I24A 5A6BA 3W37A 4KRUA 4P8VA 4Z2HA 3SUTA 4A3HA 4AD1A 1KXHA 3PZVA 4Z2IA 1J0KA 4AZ7A 3W26A 1SYTA 4CVWA 1ZBWA 2OWCA 1K9DA 4OUEA 2EPLX 3FHAA 2O9TA 4CUCA 2GK1B 1ZL1A 3AXIA 2DH3A 2OWXA 3VVGA 3T08A 3TTYA 2XM2A 2Z1KA 4ATWA 1DP0A 3ZJ6A 1E5JA 2C0HA 2D2OA 3SCNA 3QGVA 1OIMA 2QF8A 1UG6A 4UOJA 4Z2LA 1LWHA 1R7AA 4MPKA 4Q22A 3WN6A 1M01A 1XYFA 1LL4A 4OZOA 5I2UA 4HZ8A 1FH8A 1V6WA 4K68A 2V3FA 3APGA 3QOKA 1HN1A 4GINA 3FW6A 1HKIA 4PUEA 1PX3A 4AZCB 2NSXA 3WNOA 2O92A 4AZBA 2J78A 1TVPA 5ECUA 4MDPA 3WEMA 1K9EA 3BMVA 1VFUA 4QLLA 3BLPX 1I75A 3FHQA 5CLTA 3B9AA 3WQ4A 2C8NA 5C8BB 3WDHA 1B0IA 5CG0A 1KBKA 1VFOA 3ZMRA 3AIUA 1U2YA 3VINA 4LXFA 2PF0A 4AWEA 1E0XA 2J77A 2CEQA 3W38A 1XSKA 3GNRA 2WMHA 3A4XA 3S6TA 4P7NA 2G4FA 4WF7A 1KGXA 2DH2A 3GM8A 4MJ2A 3GH5A 4FK9A 3UR8A 3VMOA 1JZ5A 1CGUA 1CXKA 4JHOA 1QBBA 3WY1A 1H49A 2A3HA 1B3YA 3WH6A 5D9MA 5A6KA 3D3AA 1QI2A 1UR1A 1ZBKA 3SCTA 3NUKA 3W82A 1QNRA 1E40A 4D72A 2QLYA 5F7UA 3MSGA 1BSIA 3AZTA 3L4YA 3WD3A 2FGZA 4QCEA 3WNKA 5KEZA 3WENA 1GQKA 1JYWA 1EQPA 1DTUA 3SUUA 3ZSSA 5D8ZA 4CU6A 2WMIA 3OG2A 1NWUA 3WEZA 1W3LA 4E2OA 4M24A 4W93A 4HZ7A 3CMJA 3U5YA 2YLLA 2GDVA 2BV9A 4BCEA 2F2HA 1JDAA 1UR2A 4HPHA 1K9TA 2D0FA 9CGTA 2GDUA 3MSDA 3WH8A 2BVYA 4PTVA 1AMYA 2WVVB 1J0JA 1G9HA 5ABEA 1W32A 5FD0A 5TD4A 3GZAA 5A2BA 2DT3A 5FKYA 1BLIA 5I6SA 3AHXA 1JZ7A 4W85A 4OJYA 3OIHA 4LYQA 3CZ8A 4AZIA 1JG9A 1NH6A 4PBGA 1UWSA 4UQAA 3SCUA 2UY2A 3BAJA 2VCCA 4TXEA 1B90A 3OLEA 4YN5A 3CUIA 3RIKA 4MNLA 1W1YA 5LA2A 3CZLA 4W7WA 2BHYA 1KGWA 3WUFA 4CU7A 1SMAA 2WPGA 1VBRA 2MANA 2Q8XA 1KCKA 2ZWYA 2WBKA 4UFJA 1BAGA 1YHTA 1BHGA 3VILA 2ZX6A 4BQ3A 2FHCA 5JIPA 3VIGA 3EDEA 1CNVA 1XCXA 2PI6A 1B3VA 2W92A 5BROA 4D1IA 4UQDA 4MNKA 4WSJA 2WMJA 1GCYA 3NSMA 2D1ZA 1BGAA 4ZFMA 1LL7A 2GFTA 2BXYA 1E72M 3CHDA 3BXWA 2ZIDA 3L4UA 3VO0A 3K8KA 3VGHA 3M7SA 3W27A 1B31A 1V02A 4GXPA 3J7HA 3ZJ7A 1MW3A 1J01A 1C7TA 3ARUA 1TA3A 5DT5A 3SURA 1UZ4A 3KE0A 1UD8A 1H5VA 1ZS2A 2EQDA 4TUFA 4J3XA 1J10A 2UY3A 2YOCA 4LQ1A 2OLHA 3VDAA 4LYPA 2VX4A 1BYCA 1V3MA 4PYSA 1NARA 3O6AA 3T2OA 3RILA 1ITXA 4M1RA 2CIPA 1MW2A 4B16A 3MMUA 2BHZA 4CCEA 5I78A 4KWUA 4HA1A 4AY1A 1JYVA 3T0AA 4DWSA 4PN2A 4AD2A 4S3KA 1CGVA 2D20A 3WUEA 4ZEPA 4X9YA 1ZB5A 4W7UA 4PMYA 3W0KA 1GNXA 2WCAA 4FLQA 3IANA 3UETA 3WQVA 1PZ3A 3U57A 5FIPA 2BHUA 1CGTA 1WP6A 5AC5A 3GXFA 1FP9A 3GXIA 4DUXA 3DYOA 5I23A 5KZ6A 4TX6A 4JKLA 4P7OA 1EDGA 2CHNA 1KGUA 3CUGA 1NWTA 4ZXLA 4JFVA 3SCOA 1BFNA 3AXHA 2VNCA 3U7VA 1XH0A 1KBBA 3PZ9A 1JF6A 3N17A 5I3DA 4J3SA 2CBJA 2J7BA 4OOZA 4CU8A 2VX6A 3RCNA 1ISZA 3WQ6A 1E6PA 2J25A 3N13A 5DT7A 2DPEA 1DWFM 1KXTA 4Z2JA 3WQ8A 3VM7A 2EO7A 2VZTA 4UFHA 3L4VA 1VBUA 4J28A 5AY7A 1W1PA 4X0NA 3VM5A 3AHZA 2XWDA 4JFTA 3OLGA 3PHAA 2BY1A 4GO8A 1UWUA 4ACZB 2XJ7A 3MMWA 1HX0A 4KH2A 1F4HA 4PMVA 5IDIA 2DT0A 4B15A 4BS0A 1C92A 1UUQA 4D6HA 2JE8A 3W24A 2JF7A 1BVZA 1JFHA 1H4PA 1VFFA 3O9NA 2J7GA 4F9DA 3OBAA 1CXLA 3ARTA 2BNJA 1HP4A 3WDPP 4U3CA 3VGEA 4MB5A 1RP8A 1D3CA 1V08A 4DWSC 1CGXA 2D0GA 1GW1A 1LWJA 2OSXA 1QHPA 2X05A 4GQQA 1KXVA 4MJ4A 2EPOA 3D5HA 1J12A 3SCVA 4BA0A 2DT2A 3A4WA 4D71A 1TUXA 2W66A 2WCGA 3AIBA 3BC9A 1O6IA 1MW0A 1X6LA 1KB3A 5AC4A 4JFUA 3L4TA 4MB3A 4AYSA 1IZJA 1D2KA 3CUHA 2PWFA 1XH1A 2X2YA 1V3JA 2JEPA 4IISA 5AYIA 4PMNA 4TVUA 3N04A 1GQIA 3B9EA 2XG9A 4L4PA 4MNJA 1QPKA 3F5JA 1MFUA 3ZJ8A 4WKHA 1GUVA 2ZX5A 4TVCA 1UQZA 3OA5A 2YDRA 2ZUSA 4BZYA 3BGAA 2VL4A 3B9DA 2VOTA 1DWIM 2ZE0A 4F79A 4BF7A 1NM9A 2WYSA 1WZAA 3QOMA 3BAYA 5HNNA 4W7VA 1OD0A 2YKKA 1KWGA 3CZGA 1J9YA 1CXFA 2CXGA 2XWEA 3CHEA 2RGLA 3CGTA 4U5KA 3SCPA 4BQ2A 1PIFA 5I5RA 4NZCA 3ECQA 1ZBVA 3WQ5A 1JGIA 3RM4A 3BAWA 2E3ZA 1OSEA 3WD2A 1R85A 3AOFA 1GOQA 3AXXA 1CIUA 3ARVA 1B1YA 2XVKA 2QMJA 5ABFB 4HP5A 3ZQ9A 4RE4A 4UR9A 3PZNA 2D22A 3ZOAA 2XTKA 4XZBA 2ZXBA 4U5IA 5C70A 2VVNA 2B31A 3NJ3A 3PBGA 3OZOA 1TR1A 3AMKA 4C7GA 2J8GA 5CXPA 1JAEA 2VX7A 1J0YA 2WB5A 3MUAA 1JI2A 2GJRA 3EDJA 3SCQA 4ML4A 2O9OA 1JNEA 1AQ0A 1GORA 3WL1A 1E6ZA 2F61A 2CPUA 3AISA 2DEPA 3DC0A 1PX4A 1VB9A 4MDOA 5A6JA 3ZT6A 4EAMA 3AIVA 2CKRA 1E4LA 4CN6A 4PSRA 1PAMA 1AVAA 2VC9A 4CD5A 4JKKA 4AIUA 3WDJA 1JNDA 1R8LA 2J62A 3ARSA 1E4NA 2VURA 5CSYA 4RE2A 1ECEA 1HJUA 2JFEX 2X0HA 2ZUMA 3DECA 1C3FA 3AS2A 4PTXA 2GJPA 4AD5A 4CCCA 4J3UA 4UFKA 5ABGA 2PWHA 1KQZA 1V6XA 5CQ1A 1VJZA 2WWCA 4RE3A 5BXPA 5IHRA 3I3BA 5BRPA 4Y7EA 1UWRA 3QHNA 4M29A 1BYBA 2DSVA 4QLKA 1V0KA 1GVIA 2JIEA 4HU0A 3AS3A 1HJWA 2YJQA 2UWFA 1XCWA 6TAAA 3VGGA 3L2LA 4W89A 1NOWA 4LPCA 3AFBA 7CGTA 2J4GA 4QLJA 3WH7A 3AYRA 8A3HA 4Q7NA 4N42A 3LPOA 5ABHA 1LG2A 4PTWA 2JALA 1UA3A 1GOMA 2WMKA 3N18A 1LQ0A 4P8UA 1NP0A 3GNOA 2CBVA 1GJWA 3N12A 3ZIZA 1JAKA 2V3GA 3LPPA 4HMEA 4V28A 2TAAA 2GK1A 1TG7A 5A6SA 3A3HA 4TX8A 1EHAA 4W84A 3RDKA 3BAKA 2WMIB 3AHYA 2J79A 4LX4A 4OOUA 1O7AA 3VX0A 4PCSA 1GVYA 2XSBA 2E9BA 1CGWA 3SCSA 1OM0A 5CLWA 2O9RA 1V6UA 1OWQA 1E0WA 3W25A 3TTOA 1R86A 1FOBA 3GH4A 3IJ8A 1H0IA 4ZXOA 1CTNA 3NSXA 1V3HA 3CHCA 4M81A 2WVTA 3PZUA 3WMBA 3WMCA 2WVUA 1W3KA 3MUIA 2E8ZA 2YBUA 2PWDA 2WKGA 5I79A 1UKSA 3VIFA 3MV11 3WIJA 3LPFA 3WFZA 5BXTA 2VVSA 2DSZA 3MV01 1R7OA 1UR0A 4D6DA 4AZCA 4HOXA 3OGSA 1CEOA 2Y5EA 4UQ9A 2J75A 3CH9A 2EJ1A 4PRWA 3W53A 4GZIA 1JZ2A 5HOSA 2WZHA 5DMYA 4B3KA 3SEPA 5FL0A 1A47A 1ODZA 2EBNA 1P6WA 5CZKA 2WAGA 5CGTA 3RJYA 2XFRA 5BXRA 5E09A 1E6SM 3EDDA 3IJ7A 3VNZA 3AIEA 2VT0A 4NRRA 4HOWA 2WZEA 4M80A 4UQEA 1QI0A 2XFYA 1JZ8A 2V38A 3F5LA 2YA2A 4D6JA 2YL9A 4F8XA 1UR8A 2UY5A 3WMSA 1UH3A 2VUYA 5LYRA 4CCDA 2CHOA 3VDBA 5DO8A 2WC7A 2XGIA 2CERA 2G3MA 1MXDA 1PJ9A 1CWYA 3N15A 3N1AA 1E9LA 1W3HA 1CBGA 3CPUA 1C93A 2W4XA 3UEQA 4D6GA 2X0YA 3AHVA 2W62A 5DF0A 3U5UA 1UD6A 2WW5A 5A6MA 2VRQA 5JBFA 2BY0A 2ZUTA 2YBTA 1E55A 1CDGA 4BQ5A 3PZGA 2WLZA 3WF0A 1G01A 2CBIA 4UFMA 4ZE5A 2G3JA 1E6RA 2G41A 4W8LA 1UH2A 2QHAA 2V5DA 4H04A 2AOSA 5E0CA 1XHGA 1HF6A 4AZGA 1OINA 2ZXDA 1QHZA 1JZ4A 3VX1A 4DUWA 2PBOA 3CIVA 4HOZA 1BGGA 1LG1A 3AHTA 1V6VA 1E1EA 4A4AA 3TTQA 1JYXA 3GDBA 1I1XA 1R87A 3L4ZA 1VFMA 2ZUNA 2OYLA 3WELA 4GI6A 4MNMA 1J0HA 2ZX7A 1HNYA 4H8VA 3AMCA 4Z2KA 3ZO9A 1GQLA 3OB8A 1WAWA 1AQHA 3KL3A 1KR1A 4PMZA 1UWQA 5EB8A 1Z32X 1DWAM 2E40A 3AQUA 3MANA 4DWSB 5D4YA 2GJXB 3ALFA 2DIEA 3BMWA 1LJYA 3VNYA 1AQMA 3PTMA 4XUYA 2W61A 1QOXA 1EO7A 3A4AA 3ARQA 2G3IA 2VTFA 3AIQA 4RL3A 3THCA 4AW7A 2Y2WA 1JZ3A 1K6AA 2Y24A 3OGRA 1EOKA 1ZJBA 1WDQA 1WNOA 1WDRA 2EPMX 4AC1X 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IUG A;  4NF7 A;  4DWS D;  2C7F A;  1CXI A;  2ZUV A;  4U2Z A;  3T0D A;  2CYG A;  1GOI A;  1PZ2 A;  3SUW A;  1UOK A;  4IPL A;  1TCM A;  1SR0 A;  1VEO A;  3S2C A;  2V3E A;  3VMP A;  3WNM A;  1JXJ A;  3CHF A;  5A69 A;  1PIG A;  4LGX A;  3OGV A;  1KCL A;  2FDM A;  3ZT7 A;  5HPO A;  4PSP A;  5A8Q A;  4EE9 A;  4HMD A;  3ARO A;  2A3C A;  1E70 M;  4EAN A;  3VGD A;  2VR4 A;  3WD1 A;  4DUV A;  3II1 A;  3L4W A;  2J47 A;  1G1Y A;  4ACZ A;  3CTT A;  4B3L A;  1CEC A;  2PBG A;  2DSK A;  1E4I A;  3CZE A;  2BY3 A;  4PEE A;  1BYD A;  4W5Z A;  1MYR A;  4CN4 A;  3BH4 A;  5A3H A;  2D0H A;  4M56 A;  2WZI A;  2CNC A;  7TAA A;  3POH A;  2YL6 A;  3AML A;  3NSN A;  5DEZ A;  1NOF A;  2BS9 A;  3ARW A;  1IT0 A;  4QAW A;  1ESW A;  2QPS A;  1GQJ A;  1WDS A;  4W8B A;  7A3H A;  2VCB A;  3VMN A;  2AMG A;  2NW0 A;  3MKK A;  4W87 A;  3VD9 A;  3L2M A;  1QVB A;  1FA2 A;  1M03 A;  3IAP A;  2ZX8 A;  2XYL A;  1V0N A;  3NDZ A;  1FHL A;  1UD3 A;  1B3W A;  2YLA A;  2GSJ A;  2V5C A;  5JBE A;  5I0D A;  1HL8 A;  1VEP A;  1Q6F A;  3AMD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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