1RPX | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	230
structure length	230
Chain Sequence	SRVDKFSKSDIIVSPSILSANFSKLGEQVKAIEQAGCDWIHVDVMDGRFVPNITIGPLVVDSLRPITDLPLDVHLMIVEPDQRVPDFIKAGADIVSVHCEQSSTIHLHRTINQIKSLGAKAGVVLNPGTPLTAIEYVLDAVDLVLIMSVNPGFGGQSFIESQVKKISDLRKICAERGLNPWIEVDGGVGPKNAYKVIEAGANALVAGSAVFGAPDYAEAIKGIKTSKRPE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	3-epimerase
molecule keywords	PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
publication title	Structure and mechanism of the amphibolic enzyme D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase from potato chloroplasts. pubmed doi rcsb
source organism	Solanum tuberosum
total genus	79
structure length	230
sequence length	230
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date	1998-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00834	Ribul_P_3_epim	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1rpxA00

4LVAA 1WOBA 3CWOX 3EWYA 2UV8G 4JTGA 1HO4A 5G1YA 3QJAA 4ADSA 1FXQA 3VE7A 3UD6A 3P62A 4O11A 1EUNA 4N2YA 3S5NA 4KFOA 1WDWA 2NV1A 3O6DA 4JTSA 3I7QA 1GG1A 2QCCA 1QFEA 1W54A 5DN1A 2JKPA 4ALDA 2GJNA 1I2PA 3LLDA 1H1ZA 3EKZA 5D30A 1F7BA 1WAUA 1OX5A 1XUUA 4XBKA 5LNUA 3DKLA 3NL3A 2CLIA 2G95A 4FXRA 4BI6A 2C15A 4AMAA 1I45A 4QISA 2E5BA 1HG3A 5KZEA 2ZRWA 5DXYA 3NQAA 4H6KA 4NNCA 4LVDA 1HFBA 1EIXA 2QJHA 3VKJA 5HWJA 1J5TA 4ZL1A 3TW7A 1P1XA 4OU1A 2YFOA 1Z48A 6ALDA 3QZEA 4Y9AA 3STCA 3BW4A 1GVQA 1UCWA 4O1BA 4K38A 2VEKA 4EF9A 3QW4B 4OQVA 4I9AA 5LKYA 2NUWA 3FLUA 1H7WA 2J27A 3S0CA 3QQ1A 1KM2A 4O1DA 3S1WA 4HKPA 4X22A 4O13A 4O4VA 2FB2A 3KVJA 2B0MA 3P8IA 4BK9A 2EKCA 5AC8A 1JCMP 4IQLA 1EX5A 4O28A 4XZ9A 3GKFA 4M6VA 5K4ZA 1F05A 3IEBA 1TV5A 1MZHA 1D9EA 5E0KA 3SIZA 3TQ0A 3DHDA 4GJ1A 1VS1A 3EWUA 3GR7A 1VYPX 3S1VA 1AL8A 1A5BA 1XC4A 1XCFA 3LCFA 4ZQCA 1LOLA 2A5HA 3CM4A 4JEQA 4M5PA 4EF8A 3KRUA 4MFDA 1SFJA 3CT7A 5AYYA 2ZZ5A 4DF0A 1O95A 1CW2A 5CZ0A 4UTUA 3QFEA 2Y89A 4FX8A 5HMSA 1KM6A 4H3DA 5I3GA 3UPWA 5F2LA 1K8XA 3MJYA 2HS8A 1ICQA 3P82A 4XKYA 1VGAA 3NQ8A 3NDOA 8TIMA 3W2MA 4QJ1A 1QOQA 3EWBX 2YSWA 4YLWA 5HINA 5LNVA 1YTKA 1K7FA 3LXAA 4QITA 2CLOA 1JVNA 1P0KA 3PUEA 1GVRA 1FWRA 1SO3A 3UY8A 2J9ZA 2OT1A 1J4EA 3THQA 2C1HA 3TJLA 4WQ6A 1AW2A 5J5DA 1WQ5A 4GUJA 4FEZA 3I7SA 1TPDA 3BW3A 1N55A 1W8SA 3SFKA 1SO5A 4UR7A 1TCDA 3W87A 1TPUA 3HBLA 1FY6A 3B4UA 3NQGA 2P1FA 1G6CA 3GYEA 1AW1A 2OZ0A 4DO4A 4UFJA 3MW7A 4DPPA 4HT3A 2NLIA 1ZHAA 4CNPA 3ANYA 1Z41A 5D02A 1F5ZA 1ZAJA 3P60A 4AF0A 3T7VA 1WX0A 3MBDA 5EPDA 2KZHA 4BWLC 1LOQA 2CW6A 1WV2A 3TV8A 1ZY9A 1ZAHA 3MI2A 4N9BA 1VCGA 3O63A 5LHEA 2G97A 4EIVA 3A21A 5BMXA 3LTPA 3LHWA 4UNLA 4NJHA 3W7EA 1GT8A 3QC3A 3ATZA 1X7FA 3GIYA 1UASA 2H3DA 3KHJA 4K37A 3EKLA 3NYZA 2CU0A 4MJZA 4LWWA 3G8RA 1H7RA 2NXHA 1Q6OA 3ZS4A 3C61A 3TFCA 2Z6JA 2W0UA 1KFEA 3E0IA 1VRDA 4DPQA 2GVLA 5DCDA 3N9RA 1W3TA 3A24A 1VLIA 3MHUA 2BTMA 5CPNA 5D04C 2RDWA 5IBXA 1R2SA 4TX9A 2RDUA 1DJNA 2FIQA 3ABOA 2NZLA 3CWNA 3QH2A 4P61A 3I6RA 1LM1A 3A9IA 2WSQA 3QSRA 2D73A 4JTIA 4O14A 3RFAA 3TX9A 4XUGA 5H91A 1KM5A 4ADTA 3KXQA 3P80A 3P61A 2GOUA 2XN2A 3LCWA 3IIZA 2ISVA 3AO0A 3W7NA 4NNAA 2J88A 2ISWA 4LOCA 3T44A 5FEPA 2CZDA 4N6FA 4X2RA 5LGXA 1JJKA 1FDJA 3W1XA 1TV7A 2E5CA 4CNOA 1CI1A 2Z1BA 1YDOA 1JRBA 2B7QA 1T0OA 4UTMA 4NNBA 4UFKA 4M7TA 4IX0A 4M6QA 1TPC1 2CZFA 3FKRA 5EMUA 1ZAIA 3DFOA 1U5JA 4DEFA 5C6MA 1EB3A 3BPWA 5DY2A 3TR2A 1XBXA 4MZYA 1G4EA 3DAQA 4KFPA 1XBVA 1VC4A 5CKSA 1SW7A 3GB6A 3G1AA 1JCLA 1L2UA 1K3UA 3GXTA 2QUVA 2WNZA 4EOUA 5CG7A 4PC8A 3W84A 3NM3A 2AQWA 4O1CA 4NX0A 5C5YA 1MXSA 3NOEA 4JIQA 1YPIA 2A1YA 4CCEA 2HMCA 1AMKA 3NPUA 4UIOA 4DBDA 1V5XA 2YW3A 3GXPA 4BFAA 1KM0A 4UFIA 2PRLA 3LX9A 5EKYA 4WY0B 2IQTA 4TO8A 2YDAA 4JDBA 3CIWA 1TQJA 5CZJA 5G2WA 1P4CA 4XTDA 2TSYA 4JTKA 3TMQA 3PR2A 3V1PA 4JXCA 1QR7A 5L6UA 4U4MA 1LROA 1PS9A 3E96A 1FWWA 4IMEA 3IIPA 3KFTA 1OYBA 3G1YA 3W70A 3IVUA 3PBVA 1RV8A 1I4NA 4DQWA 1IF2A 4NXSA 1OHLA 4L4LA 2A0NA 4UTTA 3R12A 1KV5A 2ZZ4A 3W1TA 5FF2A 2QJIA 1H7OA 1W1ZA 3TA6A 1LTDA 4CQ9A 3GZ3A 3EWWA 1ZFJA 4MLRA 4UTIA 3P7YA 2NUXA 4S1FA 3LI1A 1EP2A 3W7HA 3LV6A 4N4PA 1GYNA 3F4NA 3TSDA 3A22A 1H7PA 5LGZA 5FI8A 2ZA3A 2Q8LA 1NEYA 3ZR4A 1YADA 5HULA 5F2GA 3EXRA 1K02A 4UTHA 4UMAA 5CGQA 4QM1A 5EYWA 5AC6A 3NAVA 2E6YA 2ZRXA 2NV2A 4N9CA 2QDHA 4XQ6A 1B4EA 1BTMA 5BOOA 2V2HA 1P0NA 5HR6A 2ZTKA 4TU1A 3G1VA 2R94A 1TQXA 5KMYA 1OFRA 1Q6LA 2RHGA 2DORA 3GVGA 4JICA 3GDMA 3NR0A 1RQBA 1KFCA 1TIMA 1VJIA 2ZRVA 3SW6A 4HPXA 4K6AA 3S9YA 2ABAA 3IRDA 4FNQA 3O06A 3IVTA 2EF9A 4GC4A 1FCQA 2ZZ3A 2DZWA 3MYPA 3DFSA 3INPA 5AOUA 2WNQA 3BLEA 5A5WA 4R34A 3TKFA 1GTEA 4JX4A 3GR8A 4FB7A 4HSOA 2Y7FA 4JX6A 1TJRA 4LS0A 4CNNA 1TRDA 3B04A 4Q4KA 3L0GA 4Z1AA 2ZFAA 4Y8FA 1XBZA 1YXYA 4GUGA 3HGSA 5D09A 3LHTA 3QQ0A 1ALDA 1OJXA 5F4WA 3M44A 5CSSA 1HTIA 2VOMA 3BGJA 3O6YX 4QSHA 2Y6ZA 1G4TA 1Q45A 3FS2A 2W6RA 1CX9A 1DOSA 2Y88A 4FNPA 5AHFA 2BLEA 1L6WA 2JGYA 1W56A 4RR4A 3NPVA 4MIMA 2Y7EA 5F4SA 1GG0A 3W73A 1O5KA 2ABBA 3LBCA 3FJLA 1VZWA 3NXFA 2H90A 1QPQA 4WJEA 4PEKA 3EB2A 4LVFA 1S3HA 3PUOA 5TBOA 5AB3A 5KINA 3CEPA 1SZGA 4O0ZA 3ELFA 1E51A 4IMDA 2YPIA 3C2EA 1OABA 4A2SA 1R46A 5A8GA 1X1OA 3W7RA 5FEWA 5F4XA 1XKYA 1S5TA 3W1QA 1O4UA 4RXGA 3PC0A 3LB0A 3C52A 3O05A 3RLUA 1ML1A 2C18A 2WO5A 3H53A 3L67A 3OEXA 1JUEA 4FX7A 2A6LA 5AYZA 2ALDA 3OVPA 4AWTA 1B57A 4YL2A 1SO6A 1MEHA 3MMTA 4MYAA 5LHFA 2R14A 2ZA2A 4A29A 3F1QA 2YGYA 4MY1A 1SFLA 1H7XA 3M5ZA 4HNTA 4O17A 1OX4B 3PBYA 1YLVA 4KWWA 2VEMA 4PL1A 3FIGA 1JQXA 1H50A 1NVMA 3H54A 4BWLA 3S6DA 3KX6A 4O57A 3W1UA 1L9WA 3VI2A 2A4AA 1KFLA 4LV9A 2BXVA 5FF0A 1I2OA 4LUIA 3NPXA 2WNNA 5MHBA 3GNDA 3L68A 4BF9A 4ZQPA 4ORIA 3VCRA 3Q37A 3STEA 1GYLA 3G8EA 2VFFA 1PE1A 2YYUA 3NL5A 2P10A 1SR9A 5K9XA 2ATMA 3P74A 1MEIA 4AXKA 3P5ZA 3HOJA 2QCDA 3LBMA 1V7YA 3G24A 4JDYA 6TIMA 4BR1A 5AHIA 2QCHA 2C0AA 3LHVA 3VFLA 1UBSA 2YFNA 3UWQA 1TTIA 2A85A 3B0PA 2C14A 3W1LA 4AEOA 3IIVA 1AW5A 2I1OA 3UWZA 4R33A 2VFDA 3N3MA 3B03A 4O19A 2ZA1A 1A53A 5DBTA 3TIMA 3DFTA 1VHNA 2ZTJA 5HQEA 3C4UA 3B06A 2FPYA 5D37A 5F1VA 1L6SA 3TXVA 5K7JA 4MYXA 4O4WA 3NGJA 3QEZA 3MHFA 2Q8ZA 3QMRA 4CLMA 4TIMA 2X1TA 4YWIA 4O53A 4GBUA 1NF0A 5LNRA 1DL3A 3FEMA 1G7VA 3VNDA 1I2QA 2PRMA 2FDSA 3I65A 3G3MA 4N6EA 3G1SA 5C54A 3L0KA 3GK0A 2V5LA 3IIOA 5EL1A 4JYFA 3W7MA 1I8JA 1KW1A 2GVGA 5FESA 5ABTA 1KV8A 1WYIA 2R8WA 4GUIA 4A22A 4Q32A 5HR7A 2NWSA 3EXTA 2B7OA 4M6PA 3W3OA 3C2RA 3TXZA 2BX7A 3HF3A 1FWNA 3SECA 3EX2A 5D33A 3L2IA 3I68A 5K4XA 5FF7A 3JRKA 2P0OA 2PCQA 1OFQA 2CZEA 4K39A 3PSVA 4LC6A 3NQ2A 4MJMA 3LTSA 1N8FA 3TU9A 4ZQOA 3TE9A 2YR1A 3M5VA 3F03K 2VELA 1OYAA 2B4GA 4YCPA 4UFHA 1TPH1 3LCLA 4WZHA 4XTIA 4DBEA 1IXQA 2ZZ2A 3DENA 3S5OA 4I7UA 1QDSA 3HG3A 1GEQA 4PTNA 5LZLA 1KM3A 4MLJA 4JY8A 3UZ5A 4Z1DA 3KVLA 1SZNA 1ZALA 2W79A 1ZJIA 3W6YA 1GWJA 4Y6GA 2DZXA 3RMJA 3DFNA 3M9YA 4O52A 4RV8A 2NWRA 4LU0A 3SGUA 1WXJA 3M43A 1TTQA 5D2VA 3G1XA 3BV4A 2VFIA 4AB4A 3DHFA 1FDYA 1IIHA 2QJGA 4JTLA 1XUZA 3NEVA 2VFGA 3O07A 1MEWA 3PBWA 2C13A 4X9SA 1IXPA 3D0CA 3C0JA 1PCKA 1VQTA 5KZDA 1LLWA 2H8ZA 3G0SA 5HUOA 4OT7A 3Q2DA 1F6PA 4AWSA 5AFDA 1NSJA 5D03A 2E6AA 3NQEA 3KAOA 5K2ZA 2WSRA 3QW3A 3S5ZA 3TDFA 1J2WA 1G67A 3TAOA 2GUUA 1C29A 1B3OA 3L0NA 1PIIA 5D2YA 4IGHA 2C19A 3TQVA 4FNSA 1ZNNA 2WQPA 3L9CA 4PFMA 1QPRA 2ZQ0A 1O60A 4UFMA 3B8DA 2QAFA 3IGUA 2QCMA 2ZRZA 1THFD 2DU2A 4K36A 1FCVA 4ZQMA 4MFEA 2NXGA 1KTCA 1W5NA 2E6FA 4GUHA 5I3HA 2CLFA 3C56A 4NJKA 1GVFA 4LTSA 5LSMA 5LNSA 5U4NA 4I7VA 3O15A 2ZBTA 4UTLA 4IXHA 3ABRA 3OG3A 4NXKA 4TMCA 1GVOA 1KFKA 3FKKA 5D38A 4S2CA 4MY9A 3W83A 3IGXA 5DBUA 1JRCA 1YTEA 1RZMA 1ME9A 3CTLA 2V0TA 2V30A 1ME8A 3W2LA 3N2XA 1DQXA 1G7UA 3LCXA 1U83A 4Z0SA 2JKEA 3TC7A 2XN1A 4YCOA 3W07A 3WJZA 4FF7A 1ONRA 1BWKA 3WK1A 3UWYA 3USBA 4M7SA 1JQVA 1OFDA 2EGZA 3W1NA 4DELA 3MUXA 1F2JA 4AHQA 3T40A 2Y62A 1GZGA 3YPIA 1NF7A 4NQ1A 3MHGA 1OX4A 1W5OA 1H62A 2VEPA 4K8HA 4PL2A 3WJWA 3L21A 3BGGA 3RLVA 2AGKA 1RQEA 2JKAA 4JTHA 2ATSA 4IWWA 1WA3A 1FCBA 1G69A 5DLCA 3V75A 3TMLA 4Z1CA 3A5FA 3MI6A 2WV8A 3NO5A 1LRNA 1W0MA 4P2VA 2V8ZA 1YTDA 1VYRA 3SJ3A 3A23A 4Z1BA 3E12A 2ZCGA 3HO8A 4PA8A 2NX3A 4DF1A 4ZQNA 3P67A 2CFFA 3M5XA 2OX1A 3NA8A 2PC4A 1DBTA 3W1AA 2YW4A 4OBTA 2E68A 3EX6A 3DFQA 4RX0A 2G96A 1FXPA 4LT9A 1Y0EA 1QMLA 2ZYFA 2WKJA 2YCEA 2V82A 2QEZA 3MYOA 2DJLA 1EP3A 4IPJA 3HQ1A 1ADOA 3O16A 1VH7A 3LRLA 2CLLA 2CLMA 2ZRYA 4FNUA 4W9TA 2E1DA 5CPMA 3UYCA 4IXXA 5I3KA 4IX2A 2X30A 4LV4A 5C2XA 3W7QA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1RPXA

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Chord Diagram

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