1S0DA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.5
Total Genus 404
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
404
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
total genus 404
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0dA01
4GWNA 3FIEA 2FO1A 3AZWA 4Y22B 4WBCA 3MALA 4Y1ZA 1AVBA 1HWMB 4QKSA 1JT5A 1H9WA 4Z8SB 3UD9A 3QJ0A 3HR9A 1JY0A 1GNHA 2VW1A 4YW4A 2OW4A 1EPWA 2EXKA 4LO0A 4WVWA 1IS4A 3A23A 4Q9PA 2GNDA 1N3QA 3O4DA 5T54A 2Q5TA 1GNZA 4XBLA 3N0KA 3MW2A 1GKBA 3AK0A 1GZWB 1RMLA 3AKFA 4Z9WB 1SBEA 3DDAA 5BQMB 4GALA 2W52A 4HEVA 2KM2A 4L4IA 3WUDA 1SZ6B 4NOTA 2JKBA 1LODA 1QNWA 3BA7A 5EG6C 1HKDA 3BAVA 3T1LA 5DUUA 1HLCA 1KQRA 3CA4A 1FV2A 1SFYA 2JJ6A 1QOOA 3QIYA 2A8AA 3MW4A 4Q1PA 2WNEA 2IMAA 1BFGA 1T4QA 2A71A 3WNXA 2UU8A 5GAQA 3BAOA 1YBIA 2F2FA 2WSVA 4XJUA 3S8JA 2AGSA 2VUAA 2R0FA 3AKGA 5DZEA 1AVXB 4USPA 4QO3A 4K21A 2DVGA 3AKHA 2YV8A 2RQ9A 1A3KA 1H9PA 3VKMA 3B00A 1N1TA 1HDKA 1ONAA 3SISA 3O12A 5BYNA 3T1MA 1DYPA 1CPMA 3QYDA 4KTXA 4IYBA 5DG2A 3UL2A 2NP0A 1UZYA 5D63A 1JOJA 4TYSA 4LBNA 4XXPA 3O0VA 4I4PA 2DVFA 3ZXEA 3IPVA 3UJ0A 3O4OA 4GAIA 1HWOB 4Y22A 2EXIA 2EXHA 2VW2A 4OEGA 5CAZA 1V6KA 1QOTA 2YY1A 2DV9A 4DCKC 5IK5A 2D43A 3SH5A 3TB0A 4BOWA 1N1SA 2NZ9A 5EYXA 3N7LA 1NUNA 3N7MA 4FOQA 1IILA 1MS0A 4I96A 3A0NA 1S0CA 2ZQOA 4AGGA 2AREA 3RMXA 2ARBA 2FHRA 4FPYA 3ZXFA 1Z0HA 1GZWA 3Q7YA 2YROA 5BQMA 4Y1XA 1IKPA 1DQ5A 1G9DA 5F5QA 3UDAA 1LOAA 1O4ZA 1RZOB 4IZEA 2A3XA 4R9AA 1K5VA 2KH2A 4Y26A 2EALA 4YG6A 3OJVA 2BQPA 4LO8B 1DQOA 5DUXA 4ITCA 5BQNA 1CONA 1AJOA 1LOGA 2DU1A 2V73A 3W9TA 4LBQB 2FDBM 1QKQA 5I1BA 4M3CF 2VXTI 3UD8A 2D6PA 5T50A 1ULGA 1N3PA 4QALA 2GMPA 2ISGA 3NBEA 1KJRA 1PUMB 4X3AA 1WW6A 2CL2A 5EWSA 3VSZA 2EF6A 2WRYA 2A6VA 3O0WA 1KNMA 2D7RA 3Q7WA 1TTUA 3PHZA 5BP5A 2VY0A 3ZXGA 2K43A 3CA3A 1ULFA 2P37A 1FATA 4XFSA 5FNXA 1GSLA 4KBBA 4I3NA 3WDYA 1RINA 4P9YA 1LOEA 1EV2A 1QMJA 3M3QA 3MEPA 41BIA 4OEEA 4DS0A 1RITA 4YM3A 4FVVA 1JW6A 4M3CE 2ZGUA 2IHOA 31BIA 3C2UA 5DUYA 4PF5A 5BVPI 1BARA 2DURA 1XYFA 4IY9A 4FPHA 1LGBA 1Q8QA 3DEBA 4JRAA 2E6VA 1AXZA 4EFPA 4UW4A 2R1BA 4EEEB 1EVTA 3M2MA 4YZ3A 4I30A 5CBLA 4ELCA 4FOWA 1NZKA 2HZ9A 4YZ2A 3SNMA 2Z48A 1Q8VA 1WBLA 2UUSA 5EC5A 4Q27A 4G6JA 1OKQA 3QIXA 2ETFA 2XHLB 3WUCA 1N4KA 5T52A 1JT4A 3ZC8A 4ATFA 3AX4A 4EL4A 2IWTB 4FPEA 3FJ9A 5JOXA 2AYHA 4LBLA 4JKXB 4I4OA 3CA5A 4I7IA 4OZXA 1CN1A 1SLAA 2ZGOA 2A7AA 3IM6A 3BIWE 1QQLA 2W39A 4ATEA 2EXJA 1ONKB 1LEDA 1LENA 3LSDA 3CA1A 2PHWA 4Y20B 1ZL5A 4CRQA 3CAHA 2LALA 3POSA 3I8TA 4LBQA 4J2XA 3WZ1A 3GNEA 1V6OA 2D44A 1SLBA 3POWA 1DHKB 1W6PB 1WBFA 1MS3A 4U36A 2AR6A 1XHBA 4I4UA 4FPKA 2HYKA 3NBDA 1KDKA 4Q1RA 4XHXA 4H55A 2ZHKA 3UJQA 5H9RA 2YMZA 1AXKA 4JP0A 3H6QA 5JOYA 1LU1A 2WT1A 1JUIA 1LTEA 3V0BB 2MIBA 3AZXA 3D7WB 1QU0A 3INAA 4FPCA 1R1ZA 1UPSA 1HKNA 3JUUA 2D6LX 1MZ5A 1UAIA 1LECA 2ERMA 1SLCA 4AYUA 4I4XA 2HWMA 1YO8A 4YZ5A 4DPNA 4GP3A 1J0SA 4XZPA 1HWNB 3AYAA 3VUOA 1ZKXA 4Y1YA 4A7YA 1VAMA 2UURA 3CA0A 2XG3A 3ZX7A 1GZ9A 4Y24A 3HBWA 1YVGA 3ILFA 3PMEA 1V6NA 5JLVA 1PZ8A 2W08A 4QC4A 4J2SA 3QW5A 2EAKA 3CRHA 1Z78A 5JMCA 4U2AA 3FJKA 5DUWA 3VSFA 5EYYA 5GLWA 1LHUA 3WINC 1SBDA 4P6AA 2ZGLA 2XHLA 3WG2A 3DS9A 1BYHA 1CESA 4XDQA 3SNVA 1XG6A 1G9CA 4PBOA 1FNZA 1WUVA 4XJWA 2A6WA 2CY6A 3F1RA 3APBA 4WV8A 3ILAA 2SLIA 2OUJA 4ZFUB 1AZDA 2Q9XA 2NMNA 3IM5A 3BAHA 1QNYA 1MS8A 2D23A 4AWDA 2L5XA 3ZXDA 1V00A 1BLAA 1HWPB 4A7KA 1TP0A 1NXD1 2QYIB 4Y20A 4JC1A 4Q2FA 1ABRB 5BXPA 4LO7C 5BQUC 1Q8PA 1UZZA 3IKWA 3D4KA 1LGCA 5H9SA 4KEJA 1BXHA 3NV2A 4TLPA 4FP2A 4YFZA 3P6JA 3QW8A 4QBCA 5FNWA 4C1WA 1ZM1A 1LEMA 1MZ6A 4I1BA 3ZSKA 1GV9A 1PZ7A 1N1YA 8I1BA 3C88A 3ASIA 2DREA 2VXRA 1CVNA 2PELA 4YGEA 2MC2A 1S0IA 1SCRA 5CB7A 3V0BA 3AZZA 1WBCA 1ULEA 1VAVA 5G00A 5FZYA 3EF2A 3M3OA 1DQGA 1CPNA 1AVUA 4DENA 1CVSA 3KQRA 3HMYA 3V79C 3FJDA 1WLDA 1ISXA 3MW3A 5IUQA 4YG0A 5HPZA 4EB2B 2DTWA 1MR5A 1V6WA 1OFSA 3BWIA 4QKRA 2B7YA 3I2XA 4XTPA 3HSMA 1DQ2A 5GLVA 1Z4SA 5GJ6A 4YW5A 4YFWA 2P3IA 4Q9GA 3O5WB 1IS5A 2D3RA 3E8LC 4L8QA 3FJHA 1UMZA 1VLNA 3FLPA 1N3OA 1IHKA 1LESA 4XJAA 2A97A 2FPQA 1HQWA 1DFQA 2P3KA 3NF3A 1AJKA 3ZUSA 1HIBA 2GO2A 3BA5A 1XQNA 3NJ5A 3KM5A 1YF8B 4EJ5A 4GOYA 4GA9A 4FQZA 5T5OA 3I4IA 1IT0A 2KI4A 3FJFA 5EXOA 4XMAA 4Q8KA 3AXEA 1DZDA 3DDBA 5GLZA 2DUQA 4IQPA 1AVAC 3BONA 3QCWA 4LBQD 3VKNA 1ISVA 4BMBA 1BFFA 1QOSA 3WMVA 3ZXLA 3OJMA 5H9QA 1YTOA 4LO1C 1KITA 4XMIA 2GNBA 1UKGA 5HCBA 2R0HA 4GKXA 1JQZA 2K4AB 1VIWB 1TIEA 1C1FA 3ILRA 5KXBA 4I2SA 1UX6A 3PVOA 9ILBA 2Q3NB 5DUVA 3B9CA 1LOFC 1UN1A 2VW0A 4DQAA 1W6QB 4P0LA 3Q7XA 1G9FA 3OBTA 3SITA 1ISZA 3BA4A 4YG3A 2AQZA 4FGFA 1JXNA 3AYDA 4LBJA 4JAWA 3W59A 4LO3A 5T5PA 1TOOA 2XOAA 2FFUA 2GMMA 1GANA 3DUIA 1CJPA 4K20A 1R8OA 1W0PA 1Q04A 2ZR1B 3ZYPA 3KMVA 2KLLA 3ZURA 3BOKA 2ERFA 1FWVA 3FBYA 4D0TA 3AKIA 1I3HA 1S0FA 1TWEA 3NBCA 3O4AA 3O49A 1Q8OA 4IZXA 2ZGMA 1G82A 2RSTA 4CJMA 3OGGA 4I4YA 4R9CA 3UJ4A 2BEBA 1VALA 4YM2A 3WINA 3O3QA 1BLDA 3QIZA 2ZHNA 1G86A 4M3CA 1BFCA 4AGVA 1DYKA 1KRIA 4XFTA 4JKQA 1D0HA 3WHUA 1AX0A 2WJSA 2R49A 4BM8A 1V6IA 1LJ7A 4XIKA 1G9BA 3S8KA 2D7FA 2DYCA 3VV1A 1HQLA 1FMZA 5LK5A 3OJ2A 2AH2A 2E4MC 2Y9WC 4K1ZA 1JYIA 2DVDA 1I1BA 2PHRA 5JVVA 4TZDA 3D5OA 4W65A 3AH4A 2CTVA 5KXCA 1GLHA 2DUOA 3N7KA 2M49A 4X38A 1SR4C 4YGCA 4RA0A 2CWMA 1QF3A 5DZGA 3D6EA 4EKXB 3TC2A 3BRDA 3LCPA 5DSSB 3F62B 1W6NB 3RTJB 2P3JA 5KXDA 4P0KA 3WHTA 1S0GA 2NMOA 1LU2A 2UWBA 2ZGRA 4AGRA 3FUQA 4XIOA 1W6QA 3ZVXA 3WMUA 3AZVA 3I29B 3A4UA 4DRRA 1Q03A 5T55A 1S0EA 3RMYA 1JTCA 2AENA 4EFRA 3WV6A 4AVTA 3BAGA 4II0A 2ZHMA 1Q56A 2PHTA 1AXMA 4NO4A 1T3AA 3AH1A 4XYXA 1KDMA 3WOGA 1W3AA 2ZGSA 1N47A 4PC4A 2IMCA 2VLCA 1S0DA 1DQ1A 2JE7A 3BTAA 1LHOA 4YGDA 1LHWA 4ISQA 4G9MA 2ZAAA 1GGPB 2H0BA 1FNYA 1S0JA 2ZQNA 4HA2A 3IM7A 4HL0A 5CA6A 2F2FC 3NV4A 1LHVA 5BXRA 3H0OA 2I1BA 1A8DA 2ZGQA 5DG1A 1Q1UA 3POYA 4YZ4A 1F82A 1DGLA 3AP4A 3A07A 1FWUA 2D3PA 2X2TA 3HOMA 1ENQA 4FPOB 1JN2P 4XTMA 2W68A 1IRPA 3BADA 1J1TA 2NYYA 4GWMA 5F90A 5JOZA 4DFSA 3JUTA 4XILA 5DXDA 5IK4A 2ES3A 1FYUA 1GZCA 1FX5A 1WBAA 3QW6A 1ZKWA 4J1LA 4OW4A 4LBMA 5FRAA 5CNAA 5IK7A 3D3XA 4LO1A 3ZSMA 5GM0A 1TEIA 3BRFA 1SCSA 1B09A 3O4BA 1BKZA 3WCSA 2Y9XE 4Z8BA 1AF9A 1CQ9A 4CZSA 3AP7A 1LOCA 5AVAA 1RIRA 1FMMS 3TAYA 3RG0A 4YGBA 2GNTA 1W6NA 2ZMNA 4UW6A 1S0LA 4R9DA 2DVAA 1BZWA 4I4RA 1OQ1A 1DIWA 1H30A 4G6MA 1WD4A 3M3CA 1SACA 5F9TA 5D61A 1BJQA 2ZGTA 2ZMLA 4OWJA 3CRGA 4OWKA 2ENRA 3AJYA 1WW5A 1AXYA 4D69A 4R6UB 4I1EA 3B69A 3WA1A 3FLTA 4FPLA 3AP5A 4ZXKA 4J23B 3BB2A 2NM1A 1DFCA 4BLJA 3FFZA 2EIGA 3QLQA 2VSAA 3QR5A 2JECA 5HCFA 4KEIA 3AJZA 3Q9OA 1ITBA 4Q8LA 4AVVA 4PCRA 1L2HA 4XHBA 4J2KA 3FJCA 2ISHA 5D62A 3VT1A 2AFGA 3ZYRA 4DRVA 1RG8A 3IMNA 1PUUB 1A78A 1BFBA 3NBNA 5JOWA 4XXAA 3VKFC 4ZA3B 4M00A 3LSEA 4BPZA 3PUBA 1BASA 1WCSA 1JT7A 1EYLA 4I6IA 3ENRA 1E1HA 1VCLA 5GZFA 3WLUA 5BP5C 1WD3A 1V6MA 3FLRA 5GZCA 4YM1A 3QW7A 3C89A 3HALA 2DU0A 3OYWB 3POKA 2E7QA 1AFCA 3BX1C 2R9KB 4P14A 5E8AA 2D6KA 4FQ4A 5GLTA 3CNAA 1C1LA 1F31A 1LHNA 5FZUA 3RRDA 3U4XA 2WT2A 2E4MA 3UJOA 1QXMA 3N3HA 4L4HA 2UWCA 4ZFWB 1HCDA 2WKKA 3O5SA 3FJ8A 2C5DA 4LO2C 1ZB7A 4ZJXA 1K5UA 1ISYA 1BA7A 3ZC9A 3OPZA 4FP3A 1MC9A 3AJ5A 1SR4A 1ENSA 2ZGNA 1YI7A 1GBGA 2A6XA 5L73A 2PHFA 1F5FA 1G9AA 3AH2A 1U0AA 1MS5A 3B9UA 1Z7HA 3WDVA 2G7PA 3FJBA 1ENRA 1MS4A 2CYFA 1G7YA 5JDBA 2PHUA 4ZGRB 1JLXA 3WO3A 3FUOA 2BEAA 1LULA 5T5JA 1OQLB 4Q91A 3BRGC 2AAIB 3FJJA 1MS1A 3SH3A 3ILNA 2MLLB 1II4A 1IS3A 4C1XA 2G4IA 3T2TA 1V6VA 3VT0A 3RSJA 3BOPA 2P23A 4YOLA 4YW3A 1YIFA 2Z42A 2LIEA 2HW9A 4Y1VA 1BQPA 2I2SA 4LBOA 4M01A 1XZZA 4M3CB 2WBCA 7I1BA 4A7ZA 2D3SA 2ZZJA 3IN9A 5IT6A 3WG4A 2A3YA 3IAGC 3M1HA 4ZFYB 2ZABA 2ZGKA 4UW5A 3NV3A 2Y9GA 1FAYA 1SLTA 3FJIA 1IS6A 2CWSA 1O4YA 1HCEA 4WZFA 3ZXJA 2K8RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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