1S0IA

Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with sialyl-lactose (michaelis complex)
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFANSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords trans-sialidase
publication title Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Trypanosoma cruzi trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 180
structure length 623
sequence length 632
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2003-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0iA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1s0iA01
3ZYRA 2YA4A 4WZFA 2AYHA 1S0DA 4BLJA 1DBNA 4LBKA 2D6PA 2NP0A 1NSDA 4XJWA 4QN4A 4Y26A 1DIMA 3ASIA 1N47A 1F31A 3V0BB 3I4IA 1Q56A 4R9AA 4M3CB 2ZGSA 1MZ5A 4MWVA 4Q27A 1YI7A 1LCLA 3K39A 2ZGQA 2QWCA 2W39A 3NV1A 3SILA 4QN3A 1LECA 3ALXA 1EUSA 3NSSA 3A0NA 1G9AA 3FFZA 4XIOA 3VUOA 3TI6A 5CAZA 3O9KA 3D6EA 3TI5A 3LSDA 4XJAA 2GNBA 3TI3A 4K1ZA 5T5JA 1S0IA 3ZXKA 1ULEA 2AREA 4FPOB 2XCYA 4H55A 4DPNA 4YM2A 2JE7A 2A7AA 3GVJA 5DG2A 2E6VA 1W6MB 1Z4YA 4FJ6A 1I3HA 1CVNA 3M3EA 3AK0A 1V6LA 1GNZA 5HCAA 4XXAA 2D3PA 2QWIA 4M4VA 3W59A 1ULDA 2NM1A 1D0HA 1W8NA 3NV2A 2JE9A 1NNBA 1I1EA 1AX1A 1G8WA 1JN2P 3H71A 3K3AA 2A6YA 5DXDA 4YGDA 1WLCA 3BEQA 1PZ9A 2ZMNA 3WLUA 2DU1A 4GKYA 3AJYA 3W58A 1A8DA 1F8CA 3ILNA 5IT6A 3B7EA 3WUCA 3R4UA 2P37A 1WCQA 3UL2A 4PF5A 4Q26A 2ZHMA 2A3WA 1DYPA 1A4GA 3NWKA 1O4ZA 2HT7A 2QWGA 5T50A 2ZZJA 4YZ2A 3T1MA 4K1JA 3RSJA 3H6JA 3BIWE 1VAMA 1IVFA 2GNDA 3AZWA 2DV9A 1ZA4A 4Y20A 5B2CA 3IKWA 4ISRA 2CL2A 5JYYA 1UZZA 4KS1A 4K3YA 1Z78A 1Q8PA 1AJOA 3USUB 4WVWA 1CN1A 5EYYA 2CWMA 2EXIA 1UMZA 1VIWB 3BTAA 4YM0A 4FPHA 4C1WA 1Z4VA 1V3CA 1RITA 1PZ8A 5HCFA 3VKFC 4XE9A 4X6KA 4CPMA 1KDMA 2FMDA 4BBWA 2HTRA 2AR6A 3O0VA 3AYAA 2DURA 1B09A 2HTUA 3CL2A 4FQ4A 4RA0A 5FREA 4YG6A 2YA5A 3AZZA 2X9MA 3LCPA 3AZVA 2R16A 2SBAA 5DG1A 4W65A 3W09A 4I00A 2DTYA 1DQ1A 1W20A 1JYCA 1UZYA 1LTEA 5HUGA 1S0FA 2NN8A 7NN9A 3PVEA 3TIBA 5T5LA 3D5OA 4FQZA 4YZ3A 1FX5A 2F24A 1QNYA 1NN2A 5H9SA 5DZEA 3OYWB 5NN9A 4XXPA 1JW6A 4M3CE 4ITCA 4K1HA 2H0BA 2F28A 2W08A 1NXD1 5IUQA 1W8OA 1GV9A 1IS3A 3H73A 4XBQA 1ENQA 4LBJA 3WDVA 1BYHA 1F8EA 3SITA 3MW3A 2ZGKA 2UWCA 3WNXA 2NMOA 4XOGA 1DQ5A 1ULCA 5KXEA 2HTWA 2WT2A 5GZEA 6NN9A 2QWDA 5HUNA 1N1TA 4Y24A 1OQ1A 5IK8A 4WA5A 3MEPA 1MVQA 1SBDA 4X4AA 4XBNA 5KXDA 1Z50A 4QN7A 2KM2A 1S0BA 3WCRA 1XQNA 3CYEA 1INGA 3WG4A 1B9SA 2CMLA 2P2KA 1IKQA 2W38A 3ZYPA 3GNEA 2GDFA 4MWXA 3N3HA 2C4LA 4MWWA 3D12A 4M01A 3AZXA 2JKBA 3M3CA 1UPSA 2PHWA 3WDUA 4DQAA 5T52A 2EXKA 3FLRA 5EXOA 4LBQD 4K1IA 4YG3A 5GZDA 1W6PB 4X47A 1WD4A 1AZDA 1B9VA 2YXSA 1LOCA 2C4AA 5LK5A 1OFSA 4CZSA 3M2MA 4Q1RA 2ZHNA 1WW4A 3IN9A 1LOFA 1QU0A 3RMYA 1LHVA 3LSEA 3RMXA 5E88A 1INHA 4KBBA 4Y1ZA 1DQ2A 4R9CA 5DUVA 1V6NA 1OKQA 4UW5A 1HDKA 1YO8A 1MS9A 3K36A 4BM8A 4MJUA 3ATGA 1WW5A 2E53A 2DVFA 3M1HA 1WCSA 2D6OX 2VW0A 1CIWA 1CPNA 3WG3A 2HYKA 2VK5A 2B7YA 4CRQA 3B3QE 4JF7A 2F11A 4Q8KA 1N1YA 2F25A 1GZWB 5E89A 4JCKA 3TB0A 1EURA 4B7JA 1JHNA 1LU2A 3GVKA 1AXZA 4WV8A 1UX6A 3AP4A 2Z42A 1GZCA 1HQLA 1N3PA 2A5ZA 2I2SA 1Q8VA 1S0EA 4P9YA 5JOZA 3VKOA 1YXWA 3WDTA 1MWEA 4H53A 5GLVA 4GWMA 1S0GA 1NLSA 3PVOA 1AJKA 3B00A 3OY8B 2QWFA 1DHKB 3TI8A 2W5NA 3O0XA 1Y7BA 4L8QA 4FVKA 4YGEA 4UW4A 1SLCA 2UWAA 1DGLA 3A71A 4NOTA 3Q9OA 1LOFC 1LHOA 2R0FA 4FOVA 2C9AA 3N7JA 1GSLA 1LESA 2P3KA 4Y1UA 4QN5A 1GZWA 2A6WA 1KRIA 5H9RA 2DVBA 1FAYA 5JMCA 3WHTA 4P9XA 4M3MA 1V2IA 4TYSA 1CJPA 5IK5A 1SLIA 1D2SA 4Q1PA 2GNMA 4U36A 2AENA 4FOQA 3OBRA 1XOEA 3IPVB 1Z4ZA 4RL7A 2GMPA 4GZTA 1DYKA 4LBQA 3T1EA 1NMCA 3N7KA 1XOGA 4FPGA 4XHBA 2QWEA 3A72A 2A70A 1QGLA 3O0WA 2BERA 2WNEA 1FNYA 2RKCA 4AGVA 2ZABA 2YROA 2F27A 2ZHKA 4K1KA 4AGRA 1WBLA 3N36A 3B69A 3ILRA 1A3KA 3V0BA 1WBFA 2YMZA 4YM3A 4GZPA 4M3CA 1N1VA 3VV1A 4ATEA 4GEZA 2D6KA 4XHXA 1WW6A 4HZYA 1AX2A 3JU9A 3POWA 4YLZA 3AYCA 2SLIA 4XTPA 2GNTA 1E8VA 3RQ0A 5T5PA 1WLDA 5JOXA 2BF6A 3TI4A 1EUUA 5FRAA 5T55A 4YZ1A 2VSMA 4SLIA 1INXA 4D8SA 1VCJA 4FPFA 2ZB6A 4FOWA 3DUIA 1INVA 1A78A 2CWSA 4FVVA 1LOGA 2AEPA 4QNPA 1L7GA 3WVJA 4HZVA 1V3DA 1V0FA 3M3QA 1SCRA 4ATFA 2DUOA 4DRVA 1FNZA 4Y22B 5CA6A 1V00A 1W0OA 2A6XA 2Q5TA 4XIKA 2NYYA 1W21A 2A3XA 1W6MA 4NCSA 3KM5A 1SO7A 5T5OA 1NSBA 2DVGA 2CNAA 1SLLA 1S0JA 1BKZA 2LALA 4DRRA 2ZGTA 5EWSA 1SBFA 3O5SA 5IK7A 3PJQA 5L73A 2UU8A 4JC1A 1F9KA 1NCCN 3C2UA 1GICA 2EXHA 4MJVA 4MZEA 4AVTA 5DZGA 1G9CA 4WEGA 2YZ4A 3V64A 3N35A 1L7HA 1UKGA 4MWRA 3R05A 1YRZA 4Q8LA 4M3CF 1E8UA 2HT5A 4B7NA 2R1BA 4YW5A 1JYIA 1W6NB 3SH5A 3WCSA 4B7QA 5DUXA 4PQ9A 4TZDA 3H72A 4CPLA 3IM0A 4DFSA 4YZ5A 4FP3A 2VU9A 1WLWA 4LBLA 4Y22A 1DLLA 5JOYA 4XTMA 3GVLA 5T54A 2F13A 2AGSA 1AF9A 2PELA 2VK7A 5JLVA 2BATA 1CR7A 2VW1A 2F10A 2DYCA 1S1AA 2QWBA 4GZSA 2ES3A 1LJ7A 2HTVA 3CNAA 2W20A 1IVCA 4HZWA 1JOJA 2SILA 1VCUA 2G4IA 1AXKA 3N7LA 3ENRA 2F26A 1H30A 2ZGLA 3RS6A 2YDPA 3V0AB 1LENA 2EXJA 5CBLA 4XMIA 1Q8QA 4OZXA 2XZJA 4ASMB 3USUA 4XJ8A 1LGNA 2R0HA 1L7FA 5GZFA 2E7QA 2CY6A 4GKXA 1YIFA 4WA3A 1Q8SA 3OGGA 4R9BA 2BQPA 3WZ1A 1A14N 1NMBN 4BLIA 1LOAA 1G9DA 1G86A 1V6JA 1IOAA 5IK4A 1KQRA 3AXEA 1IS4A 3O9JA 1V3BA 4GZWA 4MWYA 4GWNA 2WQZC 4WVVA 1HKDA 4YGCA 3TAYA 2HTYA 1ENSA 4MZAA 5JOWA 1ONAA 1KDKA 2PHFA 3B9CA 2WT1A 1AVBA 2QWJA 3OPZA 4X49A 4KS2A 2P3JA 3FLPA 3H0OA 2D43A 1USXA 2WSVA 2EALA 4BMBA 2DUQA 3POSA 4XMAA 3NV3A 4AGGA 1LEDA 5HCBA 3OYWA 3B01A 5GLWA 2UURA 1QOSA 2WJSA 1W6OB 4AVSA 2PHRA 4CPYA 2RHPA 2XZKA 5AVAA 1DQ4A 4YZ4A 1VALA 2VXRA 3KQRA 1EUTA 2HT8A 4I30A 5DUUA 1AX0A 2OW4A 1IKPA 2JD4A 5GZCA 4F83A 1INYA 4QN6A 1LOEA 3INAA 4BOWA 4C1XA 3K37A 2OVUA 1IS6A 2DWRA 1BJQA 1NNAA 1V0ZA 2D6MA 4MX0A 3SALA 1VLNA 3ZSJA 1Z4WA 1FYUA 3SH4A 2GMMA 1RINA 1MS3A 2ZGOA 4AVVA 2NZ9A 2A75A 3WG2A 2DTWA 3AZYA 1O4YA 2SIMA 1BXHA 1EPWA 1GANA 1V0EA 1W6PA 2P3IA 1F8DA 5B2DA 3ZXEA 4LBNA 4CPOA 2TEPA 1V3EA 4XJ9A 4M4UA 3WDXA 3UK9A 1BZWA 4D69A 2ZGUA 1R1ZA 4HIZA 2XB6C 1GKBA 3VKNA 1LULA 3VKLA 5GLUA 2E51A 1U0AA 4XDQA 2WLQA 1SCSA 1NSCA 4YW2A 4B7RA 1IVBA 1SFYA 2A71A 3BODA 2W52A 1PZ7A 1BQPA 3I8TA 2PHTA 5GLZA 2ZAAA 1ZM1A 4GALA 2DVDA 4YM1A 2CYFA 2ZB5A 2FHRA 4DGRA 2HU0A 2F0ZA 3VKMA 3AJZA 1DZQA 4UW6A 3U4XA 2ZGNA 4Y1XA 2HTQA 4U2AA 3BOPA 4WA4A 1H9PA 1DILA 2R49A 3AP9A 4XJRA 4GA9A 4CPNA 1MS0A 4M00A 1A4QA 2XG3A 1APNA 4PBOA 2C5DA 2ARBA 2JJ6A 4FPJA 2F12A 1H9WA 2PHXA 2ZMLA 3UJQA 1Q8OA 2ZA9A 4YW1A 1QKQA 5SV8A 2QWAA 2VUAA 4GZOA 4XZPA 4UW3A 4ISQA 4XJUA 2UWBA 2EF6A 1J1TA 1BJIA 2AEQA 5F9TA 2P34A 1N1SA 1CONA 1GLHA 3OY8A 3ZPYA 4K1YA 1G9BA 4NN9A 3SH3A 3T1LA 1WUVA 1MVEA 1QDOA 1W0PA 1QOTA 3AYDA 3L2YA 3NN9A 1F5FA 1LHWA 1KITA 5BYNA 3FLTA 2D7FA 3ZSMA 5EYXA 4JRAA 1JUIA 1N3OA 3AX4A 4GDJA 1NNCA 2QWKA 4M4NA 2ZKNA 3NV4A 4BPZA 4Y20B 2W5OA 3IPVA 1LGCA 1FV2A 1G9FA 5GLTA 2YA7A 3UJOA 3V65A 1RIRA 1W6QB 4P14A 5GM0A 4Y1YA 1MS8A 1V6MA 1YYNA 3RG0A 3O12A 2LTNA 3WDWA 3CKZA 1NMAN 2WKKA 3TIAA 2D6NA 3FUQA 1S0CA 5GJ6A 1LU1A 1QNWA 4FPKA 4YGBA 1IVGA 3ZSLA 2VW2A 2R1DA 3JUUA 4DS0A 1CESA 4KS4A 1JBCA 2DUPA 1CPMA 4GJTA 4ZXKA 3INBA 2E7TA 1HLCA 3PVNA 4YFWA 2A6ZA 5GALA 4Z8BA 4YFZA 1SLAA 2CTVA 2ENRA 3AP7A 1UL9A 2GN7A 4K21A 1IVEA 1IVDA 4BQ1A 3D4KA 5H9QA 3OJBA 4Q6KA 3SLIA 2QWHA 3K38A 2ARXA 2ZBJA 1V6OA 1W6QA 4NO4A 1Z0HA 3SANA 2V73A 3CL0A 2F29A 4MWUA 1QF3A 1F8BA 2GMEA 2ZACA 1FV3A 3GALA 1USRA 1ULFA 3WOGA 2V5YA 4MWJA 4FZHA 2JECA 2BZDA 1TEIA 3POYA 3M3OA 1C1LA 1LGBA 2D6LX 4HZXA 1AXYA 1HQWA 2AH2A 2ZGMA 1DQ0A 1V6IA 2YDTA 2ZHLA 3HN1A 1UAIA 4AYUA 5KXBA 4GXLA 4IQPA 2D3RA 1C1FA 3N7MA 3HMYA 3WG1A 1LHNA 1VAVA 2D3SA 1SBEA 3FUOA 4Y1VA 1N3QA 2WSUA 4XBLA 1KJLA 3AP5A 1UN1A 3D11A 1GBGA 3SISA 2YY1A 5CB7A 1LEMA 1MZ6A 1W6NA 4R9DA 1DIWA 4MWQA 2PHUA 5JDBA 1E8TA 3FBYA 5M1ZA 4HANA 4P9WA 4H52A 1IS5A 2VVZA 3HR9A 3ZSKA 2VK6A 1QMJA 2VY0A 1NCBN 5HUMA 1INFA 2XZIA 4MC7A 2DVAA 4AWDA 3AXDA 1LOBA 2GN3A 4FPLA 3QLQA 3ZVXA 4J9TA 3ZXLA 2VWDA 1X50A 1WW7A 5F5QA 5DZFA 4MWLA 3QCWA 4PCRA 1INWA 3V0AA 4LBMA 4BMEA 1GNHA 3AFKA 3A0KA 2NMNA 2VSKA 5JVVA 4XYXA 1ENRA 3ZXFA 4XJQA 3WDYA 1GYKA 5DUWA 4Q2FA 1WD3A 5H9PA 2W68A 5HUKA 2JDZA 1GZ9A 4XJZA 1KJRA 4GZXA 1NCDN 4XILA 2VH9A 4FPYA 2GALA 5GZGA 1JXNA 1MACA 4K20A 3RRDA 3WUDA 3IMNA 4NC5A 2D44A 3R4SA 2EIGA 4FPEA 1V6KA 4FPCA 4CPZA 1SACA 3TICA 1Z4XA 1SNTA 5CNAA 2YV8A 1SLTA 3PMEA 4GDIA 1LHUA 1G7YA 5E8AA 1QOOA 4KS3A 2OUJA 3WV6A 4CTEA 3T2TA 2HU4A 1SLBA 3AP6A 2A3YA 2YA6A 5HX0A 1C57A 1MS1A 1W6OA 3DGTA 4WEFA 4FP2A 2B8HA 1ULGA 1NCAN 3AYEA 3JU4A 3MPPG 3A4UA 1W1XA 2ERFA 1DFQA 4ZKTB 1CQ9A 3ILFA 3MW4A 2YA8A 2AUYA 1FATA 1QDCA 3SNMA 4GB1A 2ZGPA 4GZQA 2OUHA 3ALWA 1MS5A 3OBTA 4YW4A 1B9TA 4KS5A 2ZGRA 2EAKA 1DQ6A 2A6VA 3MW2A 4PBPA 1MS4A 3WHUA 2WT0A 1URXA 2ZMKA 1LODA 4YG0A 4YW3A 5KXCA 4UF7A 4FOYA 4HZZA 4HL0A 4LBQB 4MYEA 3APBA 4LBOA 3ZXJA 1C4RA 4B7MA 2DU0A 1MR5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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