1S3HA

Propionibacterium shermanii transcarboxylase 5s subunit a59t
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
472
structure length
471
Chain Sequence
PREIEVSEPREVGITELVLRDAHQSLMATRMAMEDMVGACADIDAAGYWSVECWGGTTYDSCIRFLNEDPWERLRTFRKLMPNSRLQMLLRGQNLLGYRHYNDEVVDRFVDKSAENGMDVFRVFDAMNDPRNMAHAMAAVKKAGKHAQGTICYTISPVHTVEGYVKLAGQLLDMGADSIALDMAALLKPQPAYDIIKAIKDTYGQKTQINLHCHSTTGVTEVSLMKAIEAGVDVVDTAISSMSLGPGHNPTESVAEMLEGTGYTTNLDYDRLHKIRDHFKAIRPKYKKFESKTLVDTSIFKSQIPGGMLSNMESQLRAQGAEDKMDEVMAEVPRVRKAAGFPPLVTPSSQIVGTQAVFNVMMGEYKRMTGEFADIMLGYYGASPADRDPKVVKLAEEQSGKKPITQRPADLLPPEWEKQSKEAATLKGFNGTDEDVLTYALFPQVAPVFFEHRAEGPHSVALTDAQLKAEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords transcarboxylase 5S subunit
publication title Transcarboxylase 5S structures: assembly and catalytic mechanism of a multienzyme complex subunit.
pubmed doi rcsb
source organism Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii
total genus 193
structure length 471
sequence length 472
ec nomenclature ec 2.1.3.1: Methylmalonyl-CoA carboxytransferase.
pdb deposition date 2004-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
A PF02436 PYC_OADA Conserved carboxylase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1s3hA01
4UR7A 4Y8FA 3S1VA 3PWAA 3LRKA 1WAUA 3G18A 4IMGA 5K9XA 3RF9A 1OJXA 4IMDA 3LHTA 1EP3A 4Q32A 4K38A 1I8JA 3LHWA 1HL2A 3OG3A 2ABAA 2JKPA 4NQ1A 3RMJA 1O4UA 2WNZA 1UASA 4LVDA 1GYNA 3TNOA 3FYOA 3QM3A 3G1SA 3UWVA 2Q8LA 3W83A 2QUVA 4MFEA 1NAL1 3EWWA 1X1ZA 1XBVA 4DF2A 1GVOA 3TAKA 2YXGA 3W87A 3W74A 2PRHA 1FCBA 3LI1A 1ML1A 4BI6A 1DQXA 3ELFA 3NNTA 1D9EA 2CLKA 3FKRA 5FEPA 3GNDA 4IMCA 3DFPA 2ISSA 4UMBA 4WXZA 4QM1A 1L9WA 2DZSA 1KFLA 4O19A 5DCDA 1VH7A 2ZTJA 1SO4A 3ATZA 3P61A 1Z48A 4R7JA 1SZNA 1BEUA 3FFSA 3O6CA 3W2MA 1YDNA 3GDTA 3NVTA 1ICSA 2VFGA 3O8AA 4LV4A 1GYLA 2FPYA 4UFHA 4JYDA 5U7SA 4X22A 4DF0A 3TU9A 2V30A 1VYSX 3LTYA 1SSGA 4NZJA 5AHFA 1H63A 4N6EA 2YDAA 3T40A 1SSDA 2E6FA 3W2LA 1TPVA 3NQ6A 2EGZA 1TPWA 2BXVA 3S8HA 2QKFA 4FNSA 4POCA 1GVRA 3BV4A 3FEMA 4XBKA 1LRTA 1T96A 3DGRA 4UFKA 4GC4A 2RDWA 3MMTA 1LTDA 5K7JA 1PCKA 3S9YA 2WNQA 3W7MA 3G8EA 4UCGA 3TFCA 3MP4A 3CWNA 3TW7A 2CLEA 2BX7A 3MHUA 3ZWSA 1ZAJA 1F73A 3YPIA 2DP3A 1FWSA 3SR7A 3OVRA 2V5LA 3HQ1A 1Y0EA 2B7QA 4D2JA 1OFRA 1VS1A 1W3TA 3UWUA 3W2NA 3L0KA 4RZ4A 4P61A 2VEMA 1WYIA 3S1UA 3CPRA 3E49A 4BFAA 5L9FA 4QAIA 4M5PA 4MZ8A 5AHMA 4AHQA 3C2FA 4A21A 4DEFA 3QSRA 3W1MA 2RDUA 3UQNA 2G5WA 2V5BA 3STGA 3SI9A 2ISVA 1LLWA 1U83A 3CHVA 1CI1A 3RU6A 3NR0A 4LV9A 2GPTA 1EA0A 2ZRYA 4JIQA 4AAJA 5LNVA 3W1LA 4RXGA 3BW2A 1VRDA 4P2VA 3S5ZA 3O6DA 1QO5A 4IMFA 2V2DA 4O13A 1ZALA 3EWYA 4ORMA 2NZLA 4JD4A 1G69A 1RV8A 2VFFA 3HGOA 4DPQA 3NZ1A 3TK7A 1DL3A 4M19A 5AHLA 2QUTA 3TCEA 2O7QA 5D2WA 3S1XA 1YTEA 4FHAA 1DBTA 2QCMA 3PS7A 1G4PA 4QISA 3L5MA 2ZDRA 3C6CA 5E0KA 2I9EA 1K3UA 3FS2A 1JCMP 3EX6A 3T55A 3CEUA 5AC7A 4BK9A 4GUHA 3DKLA 3BG3A 3H53A 1TPFA 4O50A 3TR2A 1VR6A 4X3ZA 4NNBA 4TX9A 3TIMA 5FI8A 2Y7FA 5I3FA 1EEPA 1G7VA 1EP1A 4PCFA 3LDVA 4FB7A 4O18A 1KV8A 1AL8A 2CLLA 1AK5A 3CC1A 1VLIA 1SZFA 2G96A 4OGZA 2J27A 3N19B 1A5AA 4TU1A 5G1TA 3IIVA 5AHEA 5KZEA 3I7SA 3F4WA 2WJZA 3M5YA 3PUOA 1LBLA 1X7FA 3ABOA 3DH7A 3TROA 4X9SA 3A24A 3SFKA 5AYYA 4JN6A 1IXNA 4N9BA 3U6WA 5GVJA 1OK6A 1J2WA 3C2OA 1OX6A 3BO9A 4O10A 1WBJA 4DBDA 1PV8A 2JKEA 4K8HA 5J5RA 4CNPA 2Y61A 4GUIA 3W71A 1OYCA 2OX1A 3NM1A 4LC6A 4BWLC 3E96A 1F5ZA 3LCLA 3LXAA 1JJKA 2X1RA 3WK1A 4A22A 4NUWA 3GXNA 2H6RA 5CSSA 5IM51 3N3MA 4NT0A 2I1OA 3PULA 4UUIA 4N9CA 4LRSA 3TX9A 1NEYA 2A21A 3UZ5A 4JTTA 3LRMA 4AMAA 5F2LA 3I6RA 3LB0A 1EX5A 2Q3OA 3WJZA 2X1TA 2H3BA 3PR2A 1OF6A 3H54A 1A53A 3ZFHA 2C15A 4DO6A 1OABA 3TQ0A 3NQFA 3M47A 1G4TA 1SPQA 2Y6ZA 1FXPA 4NX5A 3NQGA 1SQ7A 1LM1A 4HNNA 4BF9A 3NQAA 2OMAA 2EAWA 3G0SA 2VXNA 2BLEA 4MLJA 3M44A 3NGJA 3C2RA 4O12A 4WY0A 1TSIA 2VKZG 3HIJA 1GVFA 3PBUA 1PHWA 1X1OA 3FKKA 3ATYA 1OX4A 1Z42A 4JTJA 1WOAA 3I65A 4WD0A 3WJSA 1IGSA 3PBVA 4MY9A 1F2JA 2NX9A 4GBUA 5KZMA 1ZY9A 3NEVA 4JTIA 1F05A 3SGZA 5EYWA 3GZ3A 4OWGA 4GXMA 4MLRA 5A5WA 2DZUA 2J6XA 4LVBA 1I4NA 1SZGA 3GVGA 4JX5A 1H7OA 2KZHA 2QCNA 4K7VA 2B7NA 5AN7A 4K39A 1DV7A 4FO4A 2R94A 4IJBA 3G1FA 1YDVA 4NJHA 4RKAA 2OCZA 5F2MA 4AH7A 3M5XA 2QF7A 1OFPA 5EL1A 1MSSA 4S2CA 4CQ8A 2CZEA 4FF7A 6TIMA 4RXFA 4TO8A 3JRKA 3M41A 1SW0A 3LM7A 3NDOA 1UCWA 4MFDA 1P4CA 5T26A 1BTMA 2NUXA 2ZA3A 2HS8A 3V75A 1TTPA 3G1AA 4Z0SA 3UWYA 3A5FA 3TC6A 2VFHA 5FEXA 2XN1A 1IXPA 2WSYA 1RQHA 3C61A 5FF7A 1MZHA 2GQ9A 1QMLA 3RFAA 6ALDA 1JVNA 1PVNA 4MZ1A 1LRNA 4XKYA 2YYUA 5D2TA 3LTSA 4LTSA 1DOSA 3C2VA 3PC0A 3D0CA 1TTIA 3LX9A 4JICA 5G4WA 1W31A 4K6AA 3DFTA 3O1NA 2DORA 2JKAA 4LS2A 4QIUA 5LHFA 3BARA 4JTKA 5EBUA 4Y96A 1KM6A 3QW3A 5G4EA 5LGZA 2VEKA 1JCYA 2QR6A 2E6YA 4AHPA 1R2SA 4UFJA 3I7QA 4GRSA 3W23A 1RPXA 3KAOA 1G7UA 5KZDA 1H61A 5H91A 3W7DA 1KM5A 3EKZA 3MHGA 4KKXA 3W1RA 1TPB1 1OYAA 1QPQA 3USBA 3P82A 1H1ZA 4EVZA 5C6MA 1YXYA 2FB3A 4AWUA 3W7OA 1P0NA 4ZQNA 3OIXA 3WJYA 1ADOA 3DHFA 4U4MA 5F1VA 2C19A 2CLMA 1YXCA 4YCOA 3DENA 4NVTA 4NXSA 2DZVA 2CZ5A 1THFD 4WY0B 2YW3A 3G1XA 5I3JA 5I3KA 1UBSA 3VE7A 1TQXA 3W72A 2V9DA 1LZOA 4O1DA 1OX4B 3NYZA 3MP3A 1ZFJA 1XKYA 5EY5A 1SFLA 3LBMA 1X6UA 2OT1A 3L21A 3P8JA 4A2SA 1S5TA 5HULA 1H51A 3BPWA 2YW4A 5KMYA 1CX9A 1EB3A 4LNYA 4B5NA 1ZNNA 3DU0A 4BWLA 4RR4A 1A5SA 2EHHA 1OHLA 5FEWA 4LVGA 1WOBA 2CFFA 3A5VA 1JQXA 5FF0A 2G95A 1VCGA 3W2UA 3IIOA 1YPIA 3STEA 3O6YX 4FNTA 4E38A 1LORA 4CNNA 1FY6A 3RNDA 3SZ8A 2QJIA 3NL2A 2G97A 2A6LA 5D2VA 1I2PA 3B4UA 3PBWA 3THQA 4RZ6A 1FUYA 1NVMA 3MYPA 3C52A 3TDFA 1VLWA 3QC3A 2CWNA 4TMBA 4JTSA 1VGAA 2YYTA 4RX0A 4BI7A 3DFQA 4IPJA 2QAFA 1GQNA 4EF9A 3W7QA 1VCFA 3E0IA 1VHCA 3PB0A 4ADSA 3L2IA 4S2BA 1H7WA 3FOKA 4JR5A 1GJPA 3TSBA 4XKYB 3A22A 5DXXA 2QJHA 4Z1AA 1IXOA 1KM3A 1QWGA 3L0NA 1QOQA 2ZRXA 3O06A 4QQ3A 4OQVA 5G1YA 1MEHA 4IX0A 1WX0A 1IF2A 2FFCA 2P1FA 4DF1A 3O63A 4ONVA 1GWJA 1SFJA 4O16A 3MW7A 4HN4A 4LS1A 1R47A 4HSOA 1F6PA 2ZZ2A 3L67A 3NPVA 2V82A 1GZGA 3K30A 3W7GA 4DPPA 1W1ZA 4UTWC 3LCIA 3NA8A 3R5EA 1Q3NA 3P60A 3L65A 4LWWA 3LLDA 4K36A 5DY2A 3IGSA 1FQ0A 2ATSA 5E1QA 2Y62A 1TPEA 3F1QA 3TMQA 1DJQA 1WBHA 3IVUA 3LLFA 4WX2A 5K3VA 1GG1A 3CQ0A 1RZMA 4UMCA 3W73A 2TSYA 3W85A 1NF0A 2Y89A 3RLVA 4Z1BA 3N2MA 5I3IA 4Z08A 3BG9A 3T4CA 3W1TA 5AHNA 2PCQA 2VEPA 3MHFA 4IUOA 1FWRA 2X16A 4H6KA 3QPZA 2YGYA 2CLHA 1ZJIA 3Q37A 4M6PA 3NZRA 3TH6A 1EUAA 1TB3A 1EIXA 2BSLA 2GJNA 3P67A 3W76A 3VKJA 4JY9A 5DBTA 2A7RA 2FDSA 3TJXA 4IXHA 1LOSA 1TPDA 2OT0A 3M43A 3TV8A 3W7PA 3T7VA 2YX0A 3F03K 4GWEA 3HPSA 1TPH1 4FXRA 2TMDA 3FYPA 2W0UA 3NAVA 5K4ZA 4LS0A 3LHUA 3NQMA 3G3DA 3ANYA 3NQCA 3KVJA 3O15A 3WK0A 2X2GA 3NQ7A 2YFNA 4ZQCA 3QZEA 5HNRA 2CLFA 5LKYA 3Q94A 2QEZA 1Z41A 3GR7A 4XUGA 1YADA 3DXIA 2DZTA 2V81A 3BLEA 1OX5A 4FIRA 3P62A 3LCGA 3CIXA 4N9DA 1W3IA 5D03A 4M6VA 3W86A 3WK3A 5MHBA 1KTNA 3W3OA 3G3MA 1H7XA 4RJEA 2W79A 5ABTA 3EXRA 2A5HA 4JEQA 1TV7A 3LCFA 4JXCA 1AMKA 2NXHA 3S1WA 4EOUA 2HSAA 2ZFAA 2E5DA 4HT3A 1UUMA 3UYCA 2ZA2A 3VNDA 2XN2A 3A23A 1QAPA 4YXGA 1T8XA 3C56A 5DCBA 2NLIA 4HSNA 2TPSA 2E1DA 4AWTA 2A7PA 5K9DA 3OHIA 3KVLA 3THAA 2CZDA 2V0TA 2AGKA 3FA5A 3PG9A 1YXDA 3QMTA 2HS6A 2VOMA 3FLUA 1FDJA 4Z1CA 3QMSA 3QQ0A 4DBEA 3GDLA 3W2JA 4G1KA 4MJMA 4UTLA 1KM1A 3NQEA 3W75A 5HUPA 2BWGA 4NNAA 1SR9A 3PUDA 1FWNA 3TUUA 4TR9A 3HMJG 2DU2A 4LVAA 2Z0IA 3U8GA 1WQ5A 1XDMA 3HG2A 3EKLA 1EP2A 1TV5A 5CG7A 1OFDA 5HR6A 1TMHA 2P0OA 1XFBA 2GQAA 2QCLA 1OVDA 4WXYA 3GYEA 3Q2DA 2A6NA 5HMSA 3TA6A 3W7NA 1M7PA 3TKFA 4MIMA 3GLCA 1LDCA 3NQDA 3HPZA 2J9XA 2ZZ1A 4ZQOA 2ZA1A 4ZVJA 3DFNA 1JRBA 4YMZA 5SWUA 2B7OA 3P80A 4JTEA 4HNVA 3HGRA 4LW7A 4N2YA 4XTIA 4UTMA 3GB6A 1TRDA 3NQ8A 2YSWA 3KFTA 1JUKA 5HJLA 4IWWA 4O52A 2Y63A 3S5NA 3UY8A 3VCRA 2Y7DA 1HFBA 3E02A 4JYEA 2ZQ0A 3R13A 5DLCA 3W2KA 3UPWA 5TQLA 4ML9A 1VJIA 2BTMA 2ZZ7A 3IVTA 4IOTA 3KVKA 1JULA 3G1YA 3KRZA 5E93A 4N9EA 4UTWA 1K7XA 2PRMA 5FF3A 1NF7A 1ZCOA 3LHYA 4OHQA 1VHNA 3B05A 1SW3A 3G8RA 1QPNA 3B06A 1H7PA 5J5DA 1KV5A 1R2TA 3CTLA 1I2RA 5F2GA 4OE7A 2PURA 5LSMA 3GDKA 4O4WA 2CLIA 4N02A 5D33A 2AQWA 2VC6A 5C54A 1TIMA 1LROA 1K7EA 5CSRA 1LBFA 5DY3A 3WK2A 4N4PA 1K8XA 1TPUA 3S42A 4UFMA 4ZQMA 4FIQA 4DELA 3P5ZA 3PF3A 3TE9A 1QFEA 1C8VA 1QR7A 4OT7A 4A29A 1H50A 5D2XA 1OFQA 3TMLA 5LNWA 4Q4KA 4LUJA 3KRSA 4MPQA 1JCJA 1T99A 1UUOA 2NV1A 4E2BA 1FDYA 3QH2A 3VI2A 4LUIA 4O1BA 4IQLA 1KBIA 4HPJA 3BGGA 4UIOA 2NWRA 5G5IA 3EXTA 2ZRWA 3EX2A 1HO1A 1HG3A 1QPRA 3GIYA 4O0KA 2ZCGA 1XUZA 5KTLA 3CEPA 3W84A 2A7NA 1OG0A 1HO4A 3CU2A 3IGXA 1GVSA 2Z2UA 2QAPA 3TJLA 4S1FA 3HG3A 3VE9A 3W7IA 3MO7A 3G1HA 4CQ9A 4H3DA 3SY5A 4GNJA 2B0MA 2C0AA 1W5OA 3HGJA 1X8FA 3UWQA 1U5JA 4CNOA 1TJRA 3W1UA 4E2DA 4OV9A 4UTHA 1J4EA 5D04C 2VEIA 4FX6M 3MP5A 1LRQA 3N9RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1V3J A;  4UR7 A;  4UQC A;  1V77 A;  2RAG A;  1BRL A;  2D23 A;  3FVM A;  4IGN A;  5REQ B;  3N1A A;  3LHT A;  4Q32 A;  2H9A A;  2E25 A;  4IG2 B;  5TD4 A;  1MXG A;  1UWS A;  1HL2 A;  4WIW A;  3SBF A;  2JKP A;  4GAC A;  4FOU A;  1UAS A;  4H9X A;  3FYO A;  3QM3 A;  1PO9 A;  3UWV A;  2DVX A;  3W83 A;  3CYV A;  4J5N A;  3ZT5 A;  1NAL 1;  3EWW A;  3F5K A;  1XBV A;  5FA5 A;  2PRH A;  1H0G A;  3UP8 A;  4JFS A;  3NUR A;  1ML1 A;  3ELF A;  4AQL A;  4CVW A;  2WW5 A;  3MQT A;  2RUS A;  3FKR A;  5JXQ A;  2XSB A;  4L56 A;  3DFP A;  4QX4 A;  3MSR A;  4QM1 A;  1KFL A;  5DCD A;  1WDP A;  3P61 A;  1IHI A;  3KLL A;  2GUB A;  4H8H A;  3W2M A;  3EKG A;  1YDN A;  4JFT A;  2WZT A;  2VFG A;  4DYE A;  1M68 A;  4LV4 A;  2QYG A;  3M0K A;  1J18 A;  2PDC A;  3KWS A;  4ZB0 A;  4X22 A;  2MNR A;  4NZJ A;  1KXH A;  5JIP A;  4W7V A;  5E0C A;  3T40 A;  4LCQ A;  1YX1 A;  3W2L A;  1H0I A;  3WZ0 E;  1RSC A;  3GVQ A;  3FXY A;  1EF2 A;  1EJW C;  5JH1 A;  3CAK A;  3FEM A;  4XBK A;  1T96 A;  4IFK B;  3DGR A;  1CB7 B;  3D3F A;  2HNH A; 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