1S5TA

Crystal structure analysis of a mutant of dihydrodipicolinate synthase--residue thr44 to val44
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGVTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIKEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title The Crystal Structure of Three Site-directed Mutants of Escherichia coli Dihydrodipicolinate Synthase: Further Evidence for a Catalytic Triad
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 105
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2004-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1s5tA00
1KFEA 4MFEA 1FWRA 1SSGA 2Y62A 5KZDA 3NXFA 3GXTA 1FWSA 1NF0A 3PBWA 3G24A 4DO4A 3W7HA 4TMCA 3HGJA 4ORMA 3KOFA 5K9CA 1OFRA 1OFBA 3IEBA 1VS1A 4GXMA 1EWDA 1LLZA 4AF0A 3TR2A 3C2RA 1WX0A 3LHZA 3UQNA 3K30A 1LOSA 4FIRA 4Z08A 4Z1BA 3KVMA 3B4UA 3DXIA 3MP3A 4IPIA 3EWBX 1YTEA 3KFTA 2DJLA 3BLFA 4NZJA 2QUVA 4RR4A 3R8RA 3TQKA 3O07A 3V75A 3GR8A 2NXGA 2ZRZA 3V1PA 4MY1A 2VXNA 2ATMA 3TJLA 3NM1A 4O0ZA 4OQVA 3DGRA 1JCXA 3S5OA 2NX1A 1OFQA 2RDUA 3QQ1A 1XI3A 3PSVA 2Y7EA 2OT1A 3M5ZA 4UTKA 2A7RA 2R94A 1PL9A 3OEXA 4IGHA 1LM1A 2C0AA 1Z44A 2DZPA 3DH7A 3HG3A 5CSRA 4O10A 1QOQA 4LC8A 1B9BA 1TIMA 3FLUA 3PAJA 1NAL1 3O8AA 4N6EA 4O8RA 4XKYB 3TSMA 3MHGA 3G18A 3W2UA 5DELA 1TV5A 1I2NA 3DI0A 1OG0A 2V82A 1FCVA 3MP5A 4LVFA 1TYGA 2OJPA 3MUXA 3I65A 4QITA 3O6CA 5C6MA 2FTPA 4AHQA 1YXCA 2A2IA 3BG9A 5F1VA 1Q6OA 1F05A 3EXSA 3DFPA 5G2HA 4JTJA 3SFKA 1VPXA 1UUMA 2ZA2A 2YR1A 3DFTA 1HG3A 5KMYA 2B4GA 1JRCA 1ZALA 5HINA 1JCJA 4ZQMA 4WOQA 3CEUA 3LDVA 5D30A 3LCFA 1GJPA 1Q3NA 2C16A 1E51A 1IXNA 3PBYA 3TC7A 1DHPA 3CC1A 1XM3A 4L4MA 1XDLA 3C6CA 4M6PA 4NQ1A 3MI3A 5D04C 1BWLA 1JULA 4O4VA 3TUUA 2ZZ2A 2EHHA 3W7QA 1LOLA 3DHDA 3NL2A 4FNSA 5IBXA 4KWVA 3N3MA 1EUAA 5H91A 3NQMA 1S5TA 2H3BA 3ATZA 3LHYA 3W72A 2E68A 3FFSA 1ICSA 3BG3A 3W1NA 3G22A 2DORA 3NZ1A 3IV3A 5FF0A 3LRKA 5FF7A 2H3DA 4O18A 3FJ6A 4EF9A 1TV8A 1R47A 1FXPA 3EWYA 4ZQCA 3N34A 2OT0A 2Y70A 3W7IA 3G1FA 4QNEA 3R89A 2CLOA 4ZQRA 4O11A 4ZQNA 4NX0A 4AVFA 1UBSA 4O16A 2VOMA 3P62A 1SR9A 1WV2A 3EX3A 3TFXA 4JN6A 2EGZA 4L4LA 1O60A 3W7CA 1IXQA 3EXTA 3M0ZA 2YYTA 3LI0A 5U4NA 4Z1DA 2NZLA 4LUIA 3EWXA 4PTNA 4AHPA 2C6QA 1JR1A 3NGJA 4HNNA 4LRTA 2QCDA 5KTLA 2X2GA 2VFGA 3TAKA 1F6PA 2P10A 2NX9A 1AW5A 2E77A 1KA9F 3I6RA 4JNMA 3A5VA 1H60A 2JKPA 1RQHA 3BV4A 3E96A 1XBYA 3NQEA 2ZA1A 3C3NA 3GXNA 5T26A 2AGKA 3UPWA 5HR7A 2GJNA 2VFEA 2TYSA 3DFNA 1K8YA 4CNPA 4NNAA 4WQ6A 4HHPA 3VI2A 3IIZA 2ISWA 3GNNA 4ORIA 4JD4A 3RLVA 1RV8A 5AYYA 1PE1A 1PHWA 3I7QA 3HO8A 3C0JA 4WXYA 4JY8A 2QAFA 3L0NA 3NOEA 3M47A 3W2LA 1PHQA 3W75A 1GEQA 4CQ9A 3WJSA 4LV9A 5BOOA 4MKNA 3P67A 4R33A 4YL2A 3LERA 3THAA 4WY0B 3WK1A 1VHNA 3LI1A 3G0UA 3MI2A 1XUUA 3TAOA 3NVTA 4E2BA 3TFCA 4K6AA 3ABRA 3M6YA 1GG0A 3QSRA 2JKAA 4O17A 2NV2A 4AHOA 5DY2A 4MZ8A 2C3ZA 3LM7A 1ZCOA 1UB3A 5A5WA 2C1HA 3MJYA 4UTWC 2NWSA 3LX9A 3GDRA 1M5WA 5TBOA 5KZMA 2F7FA 2QCGA 1YDVA 2V2HA 4OWGA 2GPTA 1WYIA 2VEMA 5I3HA 1QPRA 3NQGA 2UV8G 1KW1A 4EOUA 3U2OA 2XN0A 3UXAA 2QF7A 1K02A 2WSQA 3SY5A 1GG1A 3INPA 2BWGA 2VKZG 1XBVA 2ABBA 3UWUA 1EUNA 3FJLA 3RFAA 4NX5A 2RH9A 5D09A 5L9FA 4KFOA 1F7BA 3NAVA 4DBEA 2FQIA 1T8XA 3G8EA 1PIIA 1XXXA 1NSJA 5FESA 2PRLA 4YCOA 5EBUA 4FNQA 4I7VA 1QOPA 4Z1AA 2Z6IA 5LNVA 1ME7A 2OCZA 4UMCA 4MOZA 3E0IA 2ABAA 2WSRA 2E6AA 3DI1A 3R5EA 4FNPA 2E5BA 5EPDA 1GYLA 5G2IA 1WOBA 1SZGA 4LTSA 4GFSA 5EA9A 4UMBA 3TQ0A 4X3ZA 2RFGA 3F1QA 3RK8A 3USBA 3WJXA 1FDZA 5BNKA 3T55A 1V5XA 1KLZA 5G4WA 1ICQA 1KLYA 1X8FA 5G1TA 2WNZA 3NQFA 1MSSA 3W1PA 1D9EA 2C19A 2EAWA 5G2WA 1LLWA 5H2ZA 3C2OA 2DZSA 3CIWA 3PBUA 4O0KA 1EEPA 3EKLA 3G1HA 1QO2A 3NPWA 1C29A 3EEGA 2GVGA 3N19B 1U83A 4N4PA 1XDMA 5IBXC 3W74A 4CCEA 5CPLA 1R2SA 1H63A 1YDOA 3ZWSA 4IX0A 4UR8A 1FWWA 1ZHAA 3OG3A 3EXRA 5DY3A 3MBFA 3HIJA 1SSDA 4TX9A 3P8JA 4Z0SA 4BK9A 1H7WA 1ICPA 3L65A 1WDWA 1JUBA 1D3HA 2V81A 3F4WA 2Y89A 4GE8A 4N2YA 5EMUA 1OF8A 2YXGA 3G1SA 1XCFA 3BG5A 2VFIA 1LBMA 3OA3A 3A22A 2RDTA 4IWWA 5F2GA 4NJJA 2J24A 3AJXA 1LRNA 1EPXA 4PL1A 3BLIA 4JTHA 3RLUA 5MHBA 4NNCA 1VGAA 3LCXA 2HTMA 2WV8A 4UFIA 1GVRA 1JQVA 1Q6QA 3GKAA 3ABQA 4WZHA 1ZAIA 4MIMA 1MEIA 2NX3A 4A2RA 3STCA 2HS6A 4FX7A 1F73A 2PRHA 1EA0A 4K39A 4Q32A 2FPTA 1HFBA 1BEUA 4GBUA 5K7JA 1SO5A 3KAOA 3GNDA 1LP6A 1MEWA 3M7WA 3H54A 2WO5A 3W70A 1I45A 3B04A 4DXVA 1GTHA 1JUEA 4P2VA 2X16A 5EYWA 3STEA 3ZS4A 1OFPA 1DBTA 5D2VA 4WOZA 4WJEA 2BLEA 3TIMA 3GYEA 2FIQA 1QR7A 3EX1A 4RZ5A 2QJHA 3M44A 1O4UA 2A1YA 5HUOA 2B7PA 2V8ZA 3IIOA 3TA6A 1SPQA 4Q4KA 4LRSA 3HMJG 1TREA 3WK0A 1NF7A 1VR6A 3B06A 3MYPA 3TQVA 4R53A 4CQ8A 5DBUA 1BTMA 4GUIA 2I1OA 3TW7A 1QMLA 1RZMA 4BWLA 4LOCA 4MY8A 3QJAA 1SZFA 4DF2A 4OBTA 3A5FA 3S5ZA 3TK7A 5I3KA 4Z0JA 4LVGA 4RZ6A 2QDGA 3O63A 4MPQA 5EY5A 4DQWA 1EP3A 4NT0A 4UTMA 1A5AA 2NUXA 5F2MA 3MHFA 1FUYA 3N2MA 1TPEA 1FBAA 2HSAA 3L5MA 4K8HA 1GPWA 3W1UA 1W31A 3Q2DA 3BARA 3NQAA 1VJIA 1G6CA 2DJXA 4JTTA 4O50A 3QRHA 5LKYA 3S6DA 5LNSA 1NEYA 2GQ9A 1OX5A 1VQTA 4AF0B 2W6RA 3NDOA 2I9EA 3P7YA 1FX6A 4KFNA 3W2MA 2TPSA 3HBLA 4ICNA 1ZNNA 3LCGA 1D3GA 1VRDA 3FYOA 1QCWA 1RD5A 3IGXA 3MHUA 3NQ2A 3C2FA 3LLDA 3ZFHA 1JVNA 2ZZ5A 3TU9A 3A23A 5CSSA 2OX1A 2Q8LA 3NL5A 4X22A 3RNDA 1FXQA 4AXKA 2V30A 1JCNA 3NA8A 3VFLA 5CGQA 3W7GA 1O5XA 4IMGA 4UTLA 3C4UA 1TPB1 3PC0A 1DJNA 3EWWA 3O6YX 2ZRUA 4ZVJA 2GVLA 3RMJA 1P0KA 2YZRA 4FNUA 2CLKA 4AWSA 4AH7A 2XN1A 3GK0A 3O06A 4BI5A 3UPBA 3L67A 3B8DA 1ZJIA 3CQ0A 2ZTKA 3DU0A 3C52A 4N9DA 4JXCA 5DCBA 1M7OA 3LV5A 1YPFA 3FOKA 1LDCA 2ZZ1A 4FIQA 4NXKA 5HULA 1H51A 2VEPA 3QPZA 1V7YA 3P84A 2H6RA 3LHWA 3W87A 3WJZA 1KFLA 1RVGA 3W07A 1TO3A 3EX6A 3KRUA 1SW7A 3TMLA 2NV1A 1G69A 5EKYA 1GWJA 3JS3A 1VH7A 4MY9A 4ZQPA 2X1RA 3G0SA 4JICA 5AHNA 1DVJA 1WXJA 1GVQA 8TIMA 4O1CA 5HNRA 4H3DA 4G1KA 3GAKA 4FEZA 1KM6A 4K36A 3UWZA 3NYZA 1G67A 1KM1A 2J9ZA 3TXZA 4A21A 2YFOA 1K03A 2NUWA 4IXHA 1VCFA 1TCDA 3B03A 3LHTA 4UTIA 1KFBA 3QYQA 1TPUA 4NJIA 1W56A 4O4WA 1H62A 4TR9A 3B0VC 4ML9A 3T44A 1RQEA 2LLEA 5FEPA 1KM5A 3BW2A 3QPYA 4BI7A 1ME9A 1OK6A 2CLFA 3N2XA 2YSWA 5TIMA 5AFDA 1W3IA 1KM4A 3UY7A 3CIXA 1KV5A 5AHLA 3SZ8A 3UZ5A 3EB2A 1GVOA 1J2WA 4UTUA 1BWKA 2WSYA 3RU6A 3VKJA 4JDBA 2DZWA 2ZFAA 3G3DA 3HOJA 3LBMA 1LBFA 1EWEA 1VCVA 2CLHA 1SO3A 5D32A 5L6UA 4N6FA 5C55A 3U8GA 3QMRA 3LXBA 3R13A 1QPOA 4ADSA 4O28A 4IJBA 1DQWA 4ALDA 1OHLA 2WPBA 4ADTA 2DZTA 1TSIA 3W83A 1O94A 4JGDA 4S1FA 5DXYA 4HN4A 2A7NA 2E5CA 1H7OA 4UTTA 1KFCA 4XUGA 5G1YA 3C2EA 5D38A 1R30A 3GB6A 1LRTA 3UNDA 5AYXA 2ZZ6A 2V0TA 2JKEA 1S5VA 2G95A 3GDMA 5BRBA 3C61A 3S5NA 1KM0A 1HO1A 4Y6GA 1RR2A 3G1VA 3UYCA 3W73A 3LHVA 1GVSA 2YW4A 2QCDB 1ZAHA 1AL8A 1VLWA 5DCDA 4UFHA 2DP3A 1H50A 5CPNA 4MLRA 2WOQA 1KV8A 3C2VA 3ABSA 4ZL1A 2XN2A 2QCHA 1LROA 4HSOA 3BW4A 1X6UA 1AW1A 5CZ0A 4AWUA 4ZZ9A 4O53A 4MJZA 1AL7A 4FF7A 4Z1CA 4C1KA 1ZFJA 3E02A 4YLWA 4X9SA 4I9AA 1K7FA 3PWAA 1DORA 1KM3A 1YADA 3UZJA 3W1MA 4MVAA 2RKXA 2GQAA 4NVTA 4UNKA 4I7WA 4FX8A 4E2DA 1YXYA 4RX0A 3W85A 1VZWA 3T7VA 4UCGA 3BO9A 4RK8A 4BR1A 3C56A 4UNLA 4LC6A 1S5WA 4DO5A 3LCWA 4OGZA 1NVMA 2P1FA 4UFJA 2CLLA 3NO5A 3WJWA 1YYAA 4O14A 2FFCA 3DFQA 4ONVA 3UY8A 1FWNA 4MLJA 1XUZA 3P82A 3PULA 1TTIA 3Q58A 1OFEA 4WXZA 1TTQA 4R7JA 1GYNA 3N9RA 1VC4A 2E5DA 3W22A 4A29A 2JGYA 1SZNA 1A5BA 2AQWA 3H53A 3NZRA 1W37A 4Y9AA 4MYXA 3CWOX 4EVZA 4H6KA 3W7DA 2ZRWA 4JTGA 1LBLA 2PE4A 3L0KA 1GT8A 3S5YA 4JTKA 4M7SA 3BPWA 1WOAA 4W9TA 1JRBA 3W2JA 2PURA 4PC8A 3FA5A 2JK2A 3HG5A 4GUHA 3DZ1A 1TTJA 4S2BA 3LHUA 3MMTA 3TKFA 2R14A 2VFHA 4XTDA 4LVDA 3IVTA 3MYOA 4EWND 3P8IA 3TCEA 3DENA 5LNWA 3QSTA 5CZJA 1W5QA 1O5KA 3FIGA 1Q45A 3WJYA 4DBDA 2ZZ3A 4HKPA 2EKCA 3CLMA 1X1OA 2A7PA 4YXGA 3G0XA 3NQ7A 2Q3RA 1PS9A 3NNTA 4QSHA 1UUOA 2B7OA 4M6VA 3S1XA 2A6LA 1MEHA 1IIHA 2FPVA 2YW3A 1LZOA 5D05A 3NEVA 1J4EA 3LXCA 2V9DA 4K37A 2QAPA 4R34A 5I3GA 1KM2A 2QJGA 1JCMP 4M6QA 3G1XA 3W1QA 2FPYA 4O15A 4LY8A 3NG3A 3JRKA 1ALDA 4NNBA 4UXDA 1ONRA 2KZHA 3IRDA 2PCQA 5DN1A 2BTMA 4RCXA 3KRZA 3TE9A 3P61A 2NXIA 3HGSA 3VE9A 3DHFA 3PR2A 5CZSA 2V2DA 1S3HA 1R2RA 1I2RA 1W3TA 3SR7A 1I2PA 1B57A 1LORA 1YTDA 1FCBA 2QCNA 1IGSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 2X30 A;  2Q3O A;  4JTS A;  3T40 A;  1OFA A;  4DEL A;  1F76 A;  2C14 A;  3BVJ A;  1W5N A;  5E93 A;  2CLI A;  3O1N A;  3KX6 A;  3NR0 A;  1C9D A;  3KVK A;  5F4W A;  5D2Y A;  3LCH A;  5GVJ A;  3W7N A;  5U7S A;  4S2C A;  4DEF A;  2GOU A;  2CZD A;  3ABO A;  2CWN A;  1K3U A;  1QFE A;  2Z2U A;  2RHG A;  3ELF A;  2EF9 A;  3OVP A;  2DU2 A;  5KSW A;  4OE7 A;  3S1W A;  3GDL A;  1OYA A;  3QH2 A;  2ZTJ A;  5F2L A;  1R46 A;  3QQ0 A;  4TU1 A;  3LBC A;  1F2J A;  4E0C A;  5DXX A;  1KTC A;  4YCP A;  1MO0 A;  3PUD A;  1XBX A;  2GVJ A;  4DF1 A;  4JEQ A;  4LVA A;  3DFS A;  1WBJ A;  2X1T A;  2HMC A;  2NWR A;  3I7S A;  2E6F A;  1H7P A;  4XBK A;  2ZRV A;  3E12 A;  4PCF A;  1YTK A;  2CZE A;  3L66 A;  4O12 A;  2F84 A;  1P4C A;  3QW3 A;  2R91 A;  3SW6 A;  4PH6 A;  2QCM A;  1RPX A;  4HNV A;  3IIP A;  1K7X A;  1P0N A;  3W23 A;  4CCD A;  5K9D A;  3TX9 A;  2ZZ7 A;  2QUU A;  4A2S A;  3G8R A;  2ZRY A;  3R2G A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MFE A;  1SSG A;  2Y62 A;  5KZD A;  3GIP A;  1U5V A;  3BJF A;  3PBW A;  1YBQ A;  4DO4 A;  4ORM A;  1UH2 A;  4WKF A;  4PUD A;  5A8P A;  5XIN A;  1OFR A;  2BBF A;  4J28 A;  1UWR A;  3C2R A;  3W82 A;  3K30 A;  4B4H A;  5A69 A;  4Z1B A;  4C6F A;  3B4U A;  3DXI A;  3GVW A;  1E43 A;  1J6O A;  3IGH X;  3B9O A;  3TQK A;  3V75 A;  3V1P A;  1YHT A;  5LA0 A;  4G6C A;  4O0Z A;  1HKW A;  4JFT A;  3S5O A;  3V0T A;  3QQ1 A;  1XI3 A;  4XZW A;  1GQJ A;  5CJN A;  4UTK A;  2R94 A;  3WLT A;  1LM1 A;  1ZJH A;  5HDR A;  2XM1 A;  5REQ B;  2OLH A;  3DH7 A;  3D3A A;  3M0K A;  3OJG A;  2KX9 A;  2HPM A;  1AQF A;  1Q8J A;  2P8C A;  4G56 A;  4FS9 A;  2GGI A;  5TAO A;  4GIN A;  1JPD X;  3W2U A;  3FEQ A;  4GD0 A;  3NYD A;  4H19 A;  3DI0 A;  1OG0 A;  3TYU A;  2OJP A;  4IG2 A;  3MUX A;  1UJQ A;  4AZC B;  3AAL A;  4DBU A;  3KWX A;  4ICC X;  5G2H A;  4DN1 A;  5I02 A;  1VPX A;  4HZ7 A;  1UUM A;  2ZA2 A;  4WHB A;  1HG3 A;  5KMY A;  1ZAL A;  3M64 A;  1O66 A;  4MDO A;  4ZFM A;  1W17 A;  1TG7 A;  3CEU A;  5D30 A;  1JEZ A;  3M46 A; 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