1S5VA

Crystal structure analysis of a mutant of dihydrodipicolinate synthase--residue tyr107 to phe107
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYFNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIKEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title The Crystal Structure of Three Site-directed Mutants of Escherichia coli Dihydrodipicolinate Synthase: Further Evidence for a Catalytic Triad
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 107
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2004-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1s5vA00
3M5VA 5HINA 3EEGA 3O07A 1KM6A 3QM3A 3S9YA 4JTEA 4UTMA 1ICQA 1QPRA 3O8AA 3UZ5A 2CLEA 4O28A 1W5NA 2I9EA 1JCYA 3O06A 1SFLA 5KZMA 1YDVA 2WSYA 3W1AA 1ICPA 3SECA 2Z1BA 4QNEA 3LI0A 4AXKA 2PURA 4XWUA 4FIQA 3RMJA 3L66A 2X1SA 1WAUA 3NZRA 3I6RA 4JTHA 4OV9A 1SZGA 4IPJA 4NNAA 1QO5A 2ZRZA 3A5FA 5AHEA 2X1TA 3OIXA 4ICNA 3TQ0A 3W2JA 1LOSA 3W1TA 4UFHA 3UWQA 4BI5A 1B9BA 2OT1A 3GR8A 2ZRUA 5EMUA 3I7SA 2QJHA 1B57A 1X1ZA 2I1OA 3MJYA 4RZ6A 4MY1A 1EB3A 5DN1A 3LXBA 3MW7A 2OX1A 4DPPA 3M47A 3NQCA 3NQEA 5I3KA 5G1TA 2WNNA 3UWZA 4YMZA 2QCEA 4Z1CA 2A4AA 3SI9A 4GUJA 3M9YA 1GEQA 2DZPA 4OWGA 4UTUA 1G4PA 2CZEA 3LX9A 1TCDA 4IXHA 3B04A 1P1XA 1FCBA 3GR7A 3S6DA 3GKAA 4LVFA 3W7RA 1XL9A 1LLWA 4PTNA 3S5YA 3LXCA 1FUYA 2OZ0A 5EBUA 1AW2A 1NAL1 4MPQA 3DH7A 1KTNA 4DF1A 3FOKA 4JTGA 5G1YA 3E02A 1I45A 1RR2A 2FQIA 2E09A 2WOQA 1IF2A 4FNPA 5K3VA 3MHGA 2QCDA 4WQ6A 2C6QA 1JJKA 3PBWA 2ZRYA 1OX4A 1W1ZA 4DXVA 2V2CA 2B7OA 3L5MA 3W9ZA 3QQ1A 1JCNA 5DXYA 1SUXA 1FDZA 3B03A 4GUHA 1V5XA 3DFPA 5HWNA 1EEPA 1H7NA 4B5NA 1PIIA 2Y7FA 5CPNA 3TMLA 4H4IA 3G0XA 4UTWC 1KLYA 1LBMA 3LV6A 4LVDA 4RXFA 1QPOA 2VFEA 3WJZA 3DHDA 1OX6A 1H62A 1B4KA 1K3UA 2DZTA 1VCGA 1AK5A 3OVRA 2TSYA 4NZFA 5AYZA 5AHIA 1YTDA 3A9IA 5HR7A 3GDKA 4UIOA 3W73A 2BXVA 4WXZA 1Z42A 2Y6ZA 8TIMA 3M41A 5G4EA 2PRMA 3LHTA 3H53A 1KM1A 3RK8A 1OABA 3EX3A 2FPYA 4JR5A 1RV8A 4RR4A 4BFAA 4CQ9A 5DCEA 3W7QA 4CQ8A 4GUGA 4O50A 5AN7A 4RK8A 4XKYB 3SW6A 1FY6A 2VELA 3S8HA 4HNVA 1OK6A 3S0CA 1I2RA 4X3ZA 4N02A 1XBXA 3IVUA 3BK0A 4TIMA 2J9ZA 1LYXA 5DCDA 4AWSA 1SZNA 1TPVA 1K8ZA 4NNCA 3UWYA 4ML9A 5AHLA 4FX7A 2CFFA 1JCLA 4WJEA 3UPWA 1EWDA 3DFSA 5G5IA 4Z1AA 4IXXA 2WV8A 3TK7A 5FEXA 3HQ1A 4Z0SA 1ZENA 4FNTA 2A7NA 4JDBA 4WUIA 5K4XA 1SO3A 5DLCA 3TROA 5D05A 3UXDA 1IGSA 2EAWA 2ZZ5A 3AJXA 3ZFHA 3W6YA 3ANYA 1NF7A 1ZY9A 2GVGA 4NXSA 2FJKA 2VEMA 3Q94A 4ONVA 3ZWSA 1G4SA 3EXTA 5D32A 4O1CA 4JTUA 5F1UA 4FX6M 4Q4KA 3P7YA 4JX5A 2ZA1A 4R53A 1WYIA 3SIZA 3L0KA 3TXVA 1JQVA 4G1KA 1KM0A 3O63A 1TV5A 3CIXA 3N9RA 4LRTA 3QSTA 4Z1DA 3IVSA 3W2UA 4BWLA 4I7UA 3HPZA 5F2LA 1I2QA 3M0ZA 5LNSA 5C5YA 4EF8A 2HS6A 5CSSA 1AW1A 2BWGA 3FFSA 4ZVJA 3GYEA 3I7QA 1MSSA 1VPXA 4HIBA 3QH2A 1LBLA 2ZZ3A 3P84A 3P61A 3S1VA 2C1HA 1D3HA 3W7PA 2E1DA 3P81A 1LCOA 1TO3A 2EPHA 3NQ7A 2EHHA 1K7FA 1QPQA 1KFKA 1XDLA 4AHOA 3R13A 2Z6IA 1T96A 5EKYA 4PH6A 1ME8A 3PSWA 5LNVA 1Y0EA 3UNDA 1F5ZA 2Y7DA 3O1NA 2J27A 2JKEA 3LV5A 3MI2A 3W23A 4GE8A 5D2TA 4DF2A 3ABQA 3P5YA 1NEYA 4RZ5A 3NZ1A 1OX5A 4W9TA 2J6XA 4K8EA 1OX4B 2PRLA 3GLCA 1W5MA 3HGSA 4JY9A 4ZQPA 1YPIA 3W1NA 1H7OA 4RX0A 3W1LA 3C2RA 3TC6A 4CNPA 2NX9A 5IBXA 2QCMA 1DV7A 2RDWA 3M16A 2YCEA 5K9DA 4ZQRA 2RDTA 2ISVA 3GZ3A 2E6DA 4QM1A 4O12A 1PE1A 4AHQA 5AC7A 1UBSA 3CM4A 3B0VC 3NL5A 2VFDA 1EA0A 2Y89A 4UTIA 4XUGA 4R33A 5F4XA 2D73A 2V82A 3DENA 4GWEA 3MO7A 4PEKA 3G3DA 3IGSA 1RQHA 3C8FA 4POCA 4ZQNA 3STFA 3LERA 4ZL1A 3DHFA 4CCCA 4KKXA 2V2DA 3EWUA 3EKLA 3C2VA 4HN4A 2YX0A 4Y8FA 2QUVA 1LTDA 3LI1A 3A23A 1GOXA 2V5BA 2F84A 4K39A 3CWOX 3G1YA 3MUXA 5C2XA 4AF0A 3IIZA 4XQ6A 1GG1A 3NXFA 3IGXA 6TIMA 2A85A 4OBTA 3GDLA 1I8JA 3TU9A 4M6VA 1C29A 1BEUA 1QCWA 1QFEA 3B4UA 2ZA2A 4HNNA 4QITA 1U83A 2Y7EA 4CNOA 1X6UA 3O15A 2QAFA 3EWWA 1FWWA 2V0TA 1H51A 2NXHA 1VR6A 3W7GA 2NUYA 4UR7A 1VLIA 3NQMA 1MEWA 2WO5A 3GXTA 3NDOA 1D3GA 3C6CA 1UB3A 5KSWA 1A5SA 2DZVA 5D02A 1FXPA 3DFQA 3G18A 4EF9A 4UNLA 1RQBA 3GDTA 1BWLA 2P10A 4UTJA 3N34A 1GVFA 1VC4A 3M7WA 3HG3A 2ZRWA 5KMYA 3MI3A 4BWLC 1E51A 4IX2A 1T0OA 2BZNA 1OG0A 5J5RA 3TSDA 3HIJA 1LOLA 4WOZA 1RPXA 3DGRA 3IVTA 3M5XA 1DL3A 3NAVA 5DBUA 4HSNA 3TQKA 4O57A 2ZZ4A 2WNZA 2ZZ7A 4K8HA 3M6YA 3TKFA 2E77A 3WK3A 5C55A 2A7RA 1L6SA 1KFCA 1GPWA 3W1MA 4MFEA 1I4NA 4GC4A 3T55A 3HG2A 3VFLA 1Z41A 3LCIA 4WD0A 1NFBA 5BW6A 4NJKA 4DO6A 3M5YA 3P8JA 3HPSA 3NQVA 1VS1A 4JTKA 2W6RA 1TJPA 5AC8A 1YADA 3PAJA 5BMXA 4AEOA 5KZEA 4FIRA 4NX5A 1AW5A 3THAA 3HGOA 1ZAIA 5KITA 1IIGA 1OFRA 3STCA 3L68A 2VENA 3U6WA 1J2WA 3W7NA 2QUUA 3AO0A 2YFOA 1M6JA 1XFBA 2YYTA 3W7IA 4MY9A 5IBXC 4QISA 1YPFA 3W83A 1TPWA 4IX0A 4M19A 3I68A 1M7PA 4UTWA 1SW0A 3TA6A 4DPQA 3USBA 2NUWA 3TC7A 1DJQA 1X1OA 4ZZ9A 2C0AA 4LWWA 3F4NA 4GRSA 4JEQA 4S1FA 3TV8A 3KHJA 4GJ1A 2A0NA 3NPWA 4MYXA 4JYDA 2RKXA 4JXCA 5IM51 4O4VA 5K9CA 3NNTA 2J9YA 2B7PA 1XBVA 1SZFA 3ABOA 2VEKA 2QAPA 2PRHA 4QNWA 3LRLA 5I3FA 2Z2UA 5CZTA 2JKAA 4XBKA 2NZLA 2R94A 4MOZA 1F6PA 3WFAA 3NM1A 2DZWA 1L6YA 3TDFA 1YXYA 5E93A 3CLMA 4JYFA 4OV4A 3WJSA 4N6FA 4JICA 2W79A 3W1UA 3LHWA 3S5NA 3WJWA 4IMDA 4Q32A 5CSRA 3PBVA 3NPUA 4IMCA 4JS3A 3KFTA 4ZQCA 4Y96A 3NPXA 4GXMA 2ATMA 2ALDA 3EWXA 2HS8A 3JRKA 1LROA 3W1RA 4P61A 1MO0A 1TPB1 1OYBA 3BO9A 4JIPA 4AF0B 4L4LA 2A6NA 1TQXA 4K36A 1F05A 1QR7A 3M43A 2X1UA 5CZSA 3E96A 4QSHA 5CPLA 3P80A 2X2GA 3N2XA 4DELA 3TCEA 4O0ZA 1DBTA 5F2GA 4JYEA 3RFAA 5D38A 2GUUA 3UY8A 1W8SA 1F74A 3LTPA 3TH6A 3GNNA 1AL8A 2JGQA 3VI2A 3O05A 2Y85A 3W2KA 2CLKA 3OVQA 4ZQOA 1ZCOA 5D2YA 2YSWA 4NUWA 1AL7A 2WNQA 4ZQMA 1MZHA 3CQ0A 3H54A 3PBYA 1M5WA 1KW1A 3CTLA 1GVRA 3ATZA 4AAJA 3B06A 3C2OA 4N4PA 1X8FA 2GQ8A 1UCWA 1S5TA 7TIMA 1H7RA 1AG1O 1Z44A 1R30A 2ATSA 1XBYA 4FO4A 4AB4A 4IMFA 2O7SA 4KFPA 1P4CA 1N8FA 3S1WA 1VRDA 1P5BA 5CZJA 1T99A 1XM3A 4C1KA 3VNDA 3R2GA 2Q8LA 4JDYA 4UTHA 2QJIA 3UPBA 2ZRVA 3O16A 2FPTA 1TV8A 3TJXA 3C4UA 3FKKA 3HGRA 1KTCA 2YZRA 1KM3A 4IPIA 3T4CA 3Q2DA 1OK4A 2EF9A 1TTPA 1H5YA 3G24A 2A7PA 2V5LA 4UFKA 3KXQA 1Z48A 3T78A 4Q33A 4JY8A 4YL2A 5U7SA 3B05A 2NWRA 1KFBA 2FLIA 4NQ1A 2CZ5A 4NNBA 2F7FA 3P60A 1LRNA 3D0CA 4O0KA 2VOMA 1KV5A 1VCVA 2CZDA 4O17A 2VFIA 3UWVA 1ZAHA 5FESA 4K38A 3SZ8A 3PG9A 2TPSA 1YTKA 1LM1A 3EB2A 5FEZA 3F4WA 3BPWA 2E68A 4WY0F 3IIXA 3CT7A 3P62A 3F03K 5FF2A 1FXQA 1W31A 1ICSA 1TSIA 1O94A 2ZCGA 3SR7A 3PUOA 4IUOA 1ONRA 1PL9A 3S1UA 1IIHA 4PA8A 3S5ZA 1K03A 2Z6JA 5K9XA 3V1PA 1GTEA 3STGA 1KLZA 1VGAA 1FWNA 1A5AA 3NEVA 3OEXA 2YFNA 4IJBA 3UWWA 3LCWA 2A6LA 5AYXA 2RHGA 3W7KA 1DOSA 4FXSA 2B0MA 3VE7A 3W7OA 4O16A 1EP2A 4S2CA 3L0NA 3W7HA 3UYCA 4ADUA 1P0KA 4E38A 2Y70A 4HHPA 1XCFA 4LS2A 5FF3A 2QCFA 1DQWA 4WXYA 3TR2A 2RH9A 1SO5A 3G0UA 4JX4A 3HPXA 5ABTA 1XDMA 5L6UA 3L67A 5G4WA 1B3OA 3GNDA 5D2WA 2E6AA 1H60A 1TPUA 3QW4B 3MP3A 3N9SA 3N3MA 1Q3NA 2DU2A 2I14A 2PCQA 3W7LA 2A1YA 2WQPA 4M7SA 1VZWA 5K2ZA 1J4EA 4NVTA 4FNSA 3P8IA 2BX7A 3UY7A 4FNRA 3P5ZA 2C15A 3OHIA 1A5BA 5L9FA 1LORA 5TBOA 3GAYA 1KBJA 1T8XA 1OFEA 1OFOA 4NXKA 3O6CA 2C13A 5F4SA 4TMBA 4K6AA 1IXPA 4LC6A 4LVBA 3GK0A 3LHUA 2IQTA 1EUAA 2XN2A 3GB6A 1U5JA 2ZZ2A 1SR9A 3PC0A 4DO5A 3G1DA 1TPFA 3N19B 3T40A 1W3NA 1W56A 1O5XA 1YDNA 3QEZA 3IEBA 1PVNA 1UJPA 1FX6A 3A22A 2HSAA 4GNJA 5DXXA 1LLZA 4Y6GA 4XTDA 3IIVA 1A50A 2YDAA 5LGZA 4O13A 3NGJA 2R8WA 3GIYA 1EIXA 2EGZA 4O11A 4OQVA 4WOQA 3FYPA 1HL2A 4HPJA 1H7XA 3M1ZA 4UFJA 1KBIA 3A24A 4UMBA 5AHMA 3IRDA 4LOCA 1GWJA 1ME9A 4MYAA 5I3JA 3SSJA 1XI3A 4TMCA 1FWSA 2E5DA 4YCOA 2G95A 3STEA 3TIMA 3G1XA 4Y9AA 3GXPA 3PM6A 5BOOA 4FXRA 4IMGA 3NR0A 5FEPA 2PC4A 3EX4A 4UC5A 2HTMA 2VXNA 4AH7A 5LSMA 1XUUA 1HTIA 4N9BA 1THFD 2XN0A 5HQEA 3G1SA 3G1HA 2B4GA 5CG7A 4S2BA 4UMAA 3FYOA 3R5EA 1GT8A 4AWTA 2E6YA 5CPMA 4LNYA 2X1RA 2VEIA 3QYQA 1SSDA 3FS2A 1QAPA 1W3IA 2VEPA 1SQ7A 1HO1A 3OG3A 5D2VA 3N2MA 4WX2A 4GFSA 5HWJA 4UXDA 5G2IA 3LBMA 2ABBA 1GTHA 1GJPA 4LS0A 1DHPA 3OVPA 3GAKA 5LNRA 2FIQA 4TU1A 2O7QA 2ZTJA 3PB2A 2Z0IA 5BRBA 1PCKA 1YTEA 4JD4A 3FJLA 3LCHA 1FBAA 3ATYA 3QW3A 5AYYA 2H8ZA 2YPIA 3G8EA 3WJYA 1LDCA 3SJ3A 1F6KA 4O8RA 3JS3A 2ZDRA 3GXNA 3HOJA 3S42A 3W1XA 3W7MA 4IQLA 1RVGA 1FCUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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