1SO4 | Genus

Total Genus 84

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	213
structure length	213
Chain Sequence	LPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAAIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIELTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYHRSRDAQAAGVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVTGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
publication title	Evolution of Enzymatic Activities in the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily: Crystallographic Evidence for a Proton Relay System in the Active Site of 3-Keto-l-gulonate 6-Phosphate Decarboxylase(,) pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	84
structure length	213
sequence length	213
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2004-03-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1so4A00

2YW3A 2ZRWA 4LC6A 2P10A 5AHFA 3W7IA 4K8HA 4IMDA 4JIQA 2PRHA 3T55A 1TTPA 5HWMA 4O0ZA 5DY3A 3IIOA 1XXXA 2GVLA 3B04A 1OX6A 2V8ZA 2ZQ0A 2OX1A 3DKLA 3LXBA 3PUOA 5D38A 1B57A 1Z48A 3G3MA 2QR6A 1HO4A 3C2RA 1GVQA 1KM0A 3N34A 2DZSA 2QCHA 3EKLA 1H1ZA 1PHQA 1I45A 4CCEA 3SJ3A 1A5BA 1QNVA 4XUGA 4LRSA 2YSWA 3IGXA 3HGRA 3LBMA 3OVPA 3S5NA 1FBAA 3O6YX 1O5XA 5AC6A 3EX6A 3BLFA 3TXVA 3WFAA 5K9CA 2CZDA 1ADOA 1VLWA 2WJZA 1ME8A 1QPRA 4ZQOA 3EXSA 1IIHA 3M5VA 3R12A 1M6JA 1VR6A 3HOJA 3KRUA 3TDFA 4PODA 4QQ3A 5D05A 2RHGA 2ATMA 2X1RA 5F1UA 5CSSA 2CLLA 3W2MA 1VLIA 3L5LA 2GOUA 3OG3A 4UFJA 3FKKA 3S5YA 3NYZA 3KRSA 2A5HA 1NVMA 3O8AA 4JY8A 4UTKA 1JR1A 2PURA 2GQ8A 3UPBA 2NV2A 2W79A 4O1CA 1DV7A 4N4QA 3O15A 1V7YA 2V30A 2VENA 2QAPA 3NPXA 3ATZA 3P8JA 3VE9A 4RXFA 3W2LA 3OHIA 4NX0A 1LTDA 4RKAA 5D33A 1TTQA 4YMZA 5FI8A 1KTNA 3QSRA 3HGJA 4IX0A 3M9YA 4DO5A 1JVNA 2YGYA 1WQ5A 2NXHA 3EX1A 1Z42A 3TU9A 4RZ4A 1BWLA 1OX4B 2C1HA 1ML1A 2F7FA 1GVSA 1QPOA 1R2RA 4NJIA 1KW1A 3DH7A 3RMJA 1VYSX 2V5BA 1KFCA 4FNPA 1S5VA 2BLEA 3H53A 4MJZA 2R91A 1G7VA 4S1FA 4A2RA 3G1VA 1JUEA 2X1UA 3HPSA 1TO3A 3GK0A 1KA9F 4MY1A 1AMKA 1T8XA 2P0OA 1H1YA 4POCA 1TPUA 3MHUA 5CPMA 3N3MA 1OF8A 2VEPA 3HPXA 2O7QA 4X9SA 1FWTA 1TRIA 2C16A 3R89A 1QCWA 1JQXA 3GXNA 3P60A 3KXQA 3SR7A 2WNNA 3BG9A 4NT0A 1H5YA 4BWLC 3P61A 1TPC1 2UV8G 2E68A 3G3DA 3NQEA 3GNDA 4E0CA 1M5WA 4MFDA 4C1KA 2NLIA 2OT1A 1KLZA 4GUFA 4OU1A 1H7OA 3C2OA 1SZNA 8TIMA 3UPWA 3RU6A 3W7KA 1FCBA 4J9JA 2CLEA 2QCFA 3L0NA 4KFNA 4O12A 4GUGA 3A5VA 3INPA 5CZ0A 5G1TA 2ABAA 4CNPA 3LCWA 1ICQA 3R13A 5CKSA 1WAUA 1WYIA 4KWWA 4LU0A 3TFXA 1S3HA 4LY8A 3QW4B 2I14A 1X1ZA 1DL3A 2DP3A 1XUZA 2EAWA 4CCDA 3NL2A 1TJPA 2X16A 3JR2A 3BW3A 4GUIA 1QFEA 4WD0A 4MUZA 2QCLA 3G24A 4HSNA 2C18A 3P5YA 1IGSA 4BI7A 5J5DA 3G1DA 3L21A 1YPFA 1T0OA 1NFBA 4I9AA 3W72A 5LSMA 2TSYA 4NU7A 4FX6M 4EOUA 4N6FA 2DZTA 2Y6ZA 2EPHA 1ZAHA 2Y7EA 3N14A 3UXDA 2C15A 1SZFA 4BF9A 3UYCA 3FJLA 5G4EA 1FCVA 3HO8A 4QAIA 4MFEA 1O94A 3M0ZA 1PE1A 4N9BA 4JYDA 3TR2A 1K02A 5DN1A 4Y9AA 3MP4A 4QNWA 4ZMGA 3B8DA 2R8WA 4DELA 1VRDA 3EXRA 3W6YA 2ZZ5A 1SFLA 4IMFA 3PVFA 1LLWA 3PSWA 5DXYA 2XN1A 2NZLA 1GOXA 4JTFA 5C54A 3LXAA 1LYXA 1P0NA 2A6NA 5CPLA 5DY2A 5CPOA 3NOEA 4ICNA 3EWWA 3VI2A 2FB3A 4N2YA 3SFKA 1TQXA 3C6CA 5FEZA 1QO5A 3EWZA 3W87A 5AYYA 3QFEA 4UTTA 3CIXA 2NWRA 3QF0A 3NQCA 5K4XA 5LHEA 3L68A 4GC4A 5KTLA 1O60A 3BG5A 3TNOA 4PL2A 5H91A 3LCLA 2FB2A 4LV4A 3PBYA 2D73A 3LLDA 1XBYA 2FPVA 4JY9A 1JRCA 1WDWA 3C2EA 1R2SA 3C0JA 1EX5A 3TSMA 1VCVA 2NV1A 1AK5A 1EUNA 3SGZA 5HUPA 2GQAA 1OX5A 4IMEA 2CU0A 2VFGA 1SSGA 4IPIA 3K30A 5C2XA 1OFDA 1VYPX 1FDJA 4BK9A 1H50A 5D09A 4IJBA 5F2MA 5LKYA 4ML9A 4WQ6A 5CG7A 4MKNA 4K36A 1Z41A 1LRTA 3S5OA 3PG8A 1XDMA 3KVKA 4UCGA 3BO9A 3QMTA 2IQTA 2BSLA 3BW2A 4NVTA 3IVTA 3DZ1A 5BW6A 5H2ZA 2YPIA 4KFOA 3I7RA 3E12A 1KBIA 1DJQA 4UTWA 3PUDA 1C9DA 3M1ZA 1IXPA 5D32A 3CB8A 5D03A 3B0PA 2WNQA 5G1YA 3LTSA 5D2XA 4DPQA 4LWWA 1ZAIA 4DF2A 2B7OA 1KM6A 2PE4A 7TIMA 5KITA 5HR6A 1ONRA 5CZSA 3N73A 2B7QA 1PV8A 5CZJA 1FDYA 1QOPA 6ALDA 4MLJA 2A6LA 1UUOA 1JJKA 1NF7A 3W7LA 2VOMA 2VFFA 4JDYA 3PY2A 4ZZ9A 5I3GA 2QUVA 3G1FA 1FY6A 2VEKA 4MZYA 4S2CA 1W5OA 4O1DA 5AFDA 3BLEA 5DCBA 3LHWA 2YR1A 3MJYA 4JGDA 5F2GA 5EL1A 2YYUA 4MLRA 2QF7A 1OJXA 4JTGA 3M47A 5TBOA 5LNUA 3ZR4A 3FS2A 2NX1A 2YZRA 4JX4A 5D37A 3JS3A 2ZFAA 1ZENA 4ZVJA 4DF1A 5E1QA 1YXYA 1KV5A 1OK6A 1GPWA 4UTTC 1G69A 3LLFA 1ZAJA 1O5KA 3TE9A 2G97A 3P7YA 4ZQPA 3DXIA 4HKPA 3E0IA 4LS0A 3TW7A 1IXQA 3NM3A 1XCFA 3LHZA 2VKZG 4YLWA 3CWNA 5K9DA 3OBKA 2YFNA 5LGXA 3W70A 5FEWA 4LS2A 3IVUA 2PC4A 1X8FA 3RNDA 1WOBA 4R53A 3S42A 3VNDA 3STEA 3G1HA 3A21A 1BKSA 5A8GA 1T96A 4UMCA 3R5EA 4C1LA 1EP2A 1YDOA 1YTDA 4NQ1A 4Q4KA 3PB0A 2DZVA 2QUUA 3I68A 1A5CA 1ZALA 2ZZ7A 3HQ1A 3AJXA 2ZA1A 5AB3A 5KZMA 4EWND 2DZXA 3UWQA 3BARA 1OG0A 1OYAA 4JTUA 1JULA 3HBLA 2OMAA 5BMXA 2R94A 4H4IA 4N02A 1FCQA 1O95A 4LUIA 4Z0SA 3W7HA 4L4LA 3UZJA 1K7FA 3LCXA 1BWKA 1G4EA 4MJMA 4QNEA 3TQ0A 5LNSA 4O50A 1J2WA 1JRBA 3TA6A 3PBWA 3W1LA 1F6PA 3L9CA 3IIPA 4UNLA 2ZTJA 4UTWC 4FX8A 3GR8A 1EWDA 3BW4A 3E02A 3QPYA 1FQ0A 4HPXA 3W83A 2BXVA 1YXDA 4NJHA 5K7JA 2FJKA 4WY0B 5CGQA 2QCDA 1LBLA 1MEHA 4AMAA 5KINA 4NNBA 3DBPA 1M7PA 1QO2A 3QRHA 4K7YA 2V2CA 1WV2A 3PSVA 5AHLA 2ZZ1A 2YX0A 1N55A 3NDOA 3RF9A 3I7SA 1UBSA 3THAA 2B0MA 2GJLA 3W76A 1TPVA 1LCOA 3NQAA 3KX6A 4JNMA 1F73A 1WBHA 1MO0A 4K37A 1OK4A 1B4EA 3IV3A 5G2IA 3DFSA 2ZRXA 4LC8A 4QIUA 2QCDB 3W7OA 2C3ZA 4OV9A 3NAVA 2X1SA 3MI3A 1OFOA 1KM2A 3C52A 5CZTA 3GKFA 4HNTA 3A23A 5EKYA 2CLOA 1J4EA 1PIIA 1TJRA 3VKJA 3S1WA 3WK2A 1RQEA 4KWVA 4FB7A 1HUVA 1E51A 1GVFA 1GYLA 3KVMA 4GJ1A 1LLZA 3RK8A 3TXZA 3FEMA 3A24A 2C0AA 4CNOA 3EX2A 1TPWA 4IWWA 4O28A 3W1MA 1ZFJA 3MMTA 2C6QA 2Q3RA 1FWRA 3GAYA 3ABSA 1CX9A 1GTHA 3TAOA 5I3FA 2V2HA 3S5ZA 3ABOA 1DHPA 4IXHA 4CQ8A 1EUAA 2CZEA 3TJXA 3I65A 2FTPA 3MP3A 5FESA 3DFTA 4TU1A 3W7RA 2ZTKA 5C5YA 4ADSA 4Z1CA 2BTMA 2R14A 3LHVA 4AB4A 4BWLA 1TTIA 1LBMA 3KVJA 4JDBA 3NQVA 3CEUA 3O1NA 1P5BA 4ORIA 4UUIA 1EEPA 5LHFA 4GBUA 1OFQA 1HTIA 4O15A 2OT0A 3P81A 4UTJA 3QM3A 4A22A 2ABBA 2W6RA 3HG2A 4FIQA 4O17A 3S6DA 1SW3A 3QYQA 4RZ6A 3W07A 2E1DA 3DENA 1XDLA 3EWUA 4AXKA 4FXSA 1VZWA 3UNDA 2JK2A 3LX9A 4UFIA 1DVJA 2J9YA 1H60A 1KFLA 2QJGA 2YYTA 4PC8A 1ZHAA 5AHNA 3HB9A 2XFWA 3LI1A 1B4KA 2RDUA 2CWNA 1ZY9A 5AHEA 5HULA 1TYGA 4N9CA 1OX4A 1R2TA 2OCZA 5BOOA 2Q3OA 3QMRA 3NQDA 4M5PA 4AHPA 1SO5A 4AWSA 1LZOA 2Z0IA 4RZ5A 4K8EA 4Z1DA 1SO4A 4W9TA 4EF8A 1M7OA 5HJLA 1H61A 4TR9A 1OFBA 1ZNNA 3WK0A 3UQNA 4JIPA 1W3TA 4ZQMA 3O16A 2J27A 3MI6A 3W1TA 1QDSA 1JCNA 2BX7A 3L0GA 4OE7A 3CQ0A 1H7NA 1R30A 2J9XA 3P8IA 1I4NA 3GDRA 4HNVA 2ZA3A 1H51A 4Z1AA 3NXFA 3NA8A 3G8EA 3HGOA 2H8ZA 1YTKA 4S2BA 3TFCA 1VHNA 1OYBA 3M5XA 5D2YA 1GVOA 5I3JA 2X2GA 1D3HA 4O19A 1IIGA 1RD5A 1Z44A 2DJLA 3QJAA 4QISA 2QDGA 4O16A 3C2VA 1GG1A 1LOQA 3S1UA 3W1XA 3O6DA 3ZFHA 5DCDA 4UFKA 4WUIA 3DFPA 3KHJA 2ZRVA 3C8FA 3W3OA 2C19A 1AG1O 1KTCA 2JGQA 2G5WA 2WPBA 3QEZA 3O63A 2PRMA 2ZRZA 2Y88A 1T99A 3RLVA 2NXGA 4LW7A 1LORA 4KFPA 1C29A 3NM1A 3UY7A 3WK3A 2GVJA 1RR2A 1TIMA 3BPWA 2NUYA 4Y90A 1X1OA 2ZDRA 4GE8A 4AWTA 3NPWA 3C4UA 5LNRA 3P5ZA 1XUUA 5DBUA 3E96A 2Y61A 1QOQA 2ISVA 3NZRA 3QW3A 4DO4A 3TX9A 5D2TA 1VC4A 3BK0A 1AW5A 1UCWA 3LTPA 3LHTA 3LTYA 4O52A 4UR8A 2Z6JA 3VE7A 1VJIA 1HO1A 4WY0F 1SU5A 3N2XA 4CQAA 1K7EA 4WOQA 3LRMA 2WSRA 1W31A 3O6CA 1FUYA 1EPXA 1Q6QA 1GYNA 1QPQA 2QCCA 1HG3A 3W1QA 3LXCA 3MYOA 2FDSA 3WJWA 3A5FA 3HGSA 4O1AA 3SW6A 4FHAA 1DORA 1C8VA 1K8XA 1DJNA 1SO6A 2JGYA 3W85A 1JCYA 4PFMA 1OFAA 3PBVA 4AVFA 3CC1A 4UNKA 3USBA 4HNNA 2H3DA 2Y63A 3P74A 3PB2A 3TQKA 2G95A 1F2JA 3BVJA 4BR1A 4HIBA 1LBFA 2DZPA 4BI5A 3TSDA 3W71A 2HSAA 2NX9A 5E93A 2E5CA 4NZJA 3GR7A 4HN4A 3SZ8A 3HG5A 4FXRA 1F5ZA 2ISWA 4IX2A 2ZRYA 1I2RA 1Q3NA 5EPDA 3W88A 5KZEA 4YCPA 2CZ5A 4FNTA 1WX0A 5E0KA 5F1VA 1WXJA 2QCGA 3G1AA 3LCHA 1SR9A 3CIWA 3NNTA 1FDZA 2YDAA 4HHPA 3DHFA 3O06A 4RLIA 3V75A 3W7EA 3WJXA 4UTUA 2A0NA 2VELA 2AAMA 1JCXA 1YDVA 2ZZ3A 3P82A 1D3GA 4A3UA 3N2MA 4FNQA 4O13A 3PULA 1BTMA 2V9DA 2E6YA 4MYAA 3IIZA 4FF7A 2EKCA 4LT9A 4OV4A 4R34A 1TV7A 4IMGA 1W5NA 4MZ8A 3L5MA 1PL9A 1RV8A 3NQ8A 4O0KA 4WZHA 2H8XA 3LV6A 4BI6A 4JTSA 3QPZA 1OFPA 1IXOA 3B0VC 3SGUA 3WJYA 1OFRA 4JS3A 1I8JA 4TMCA 1XI3A 4AAJA 3LV5A 2A7NA 2ZRUA 3GDTA 2Q8LA 3TMLA 4I7WA 3KAOA 3V1PA 4B5NA 3C56A 3THQA 4WX2A 2NXIA 1WBJA 2E5BA 4R7JA 2HS8A 3HJZA 3QSTA 4OQVA 4QSHA 4UIOA 3BGJA 4ADTA 1P1XA 4CNNA 1XFBA 4XBSA 5ABTA 3IIXA 4AF0A 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3G18A 1JCJA 1K3UA 1MEIA 2AGKA 3Q58A 2ZZ6A 4H3DA 3LGEA 4O14A 2NWSA 3L66A 6TIMA 4PL1A 2RDTA 3W7DA 4Z0JA 2QKFA 2VFDA 2TMDA 1KM1A 3SECA 3U6WA 3W1RA 3VFLA 1TV8A 2J24A 1W8SA 2I1OA 5LGZA 4LTSA 1AL8A 4MPQA 2VFHA 3UXAA 1A5SA 3G8RA 4FIRA 2B7NA 1VYRA 1FWWA 4GRSA 3LRKA 4GWEA 3R2GA 3HIJA 4MZ1A 5DBTA 3NQMA 1RVGA 4HNUA 5D02A 2H6RA 5BRBA 3G0SA 1XBVA 1W5PA 3NL6A 3ZWSA 3FJ6A 4LV9A 1DKWA 4IXXA 2PRLA 5IBXC 5KZDA 3GDKA 3HPZA 2DU2A 2FPTA 1TQJA 4Z1BA 3DI1A 3M5ZA 4NJGA 1LM1A 3GXPA 3HMJG 3NQ6A 3PS7A 1W54A 3CHVA 2ALDA 2ZBTA 1XC4A 4M6VA 1ME7A 4HSOA 4WXZA 4EF9A 4N9DA 1SUXA 1QPNA 1JUKA 1LROA 3DI0A 1EP1A 2X30A 3W2UA 3QMSA 4Q32A 4YWIA 2DORA 2BWGA 1L6SA 2QAFA 5BNKA 2YFOA 3N9SA 4Y6GA 1EWEA 4RXGA 2V0TA 3DFOA 3M41A 1DBTA 4UMBA 2W0UA 1Q6OA 3P80A 4GNJA 1KFKA 5FF7A 4OBTA 4UFHA 3SI9A 2ZZ4A 4M7SA 4LOCA 4PEKA 4AEOA 3SY5A 3NL5A 2P1FA 2E77A 3MI2A 1TPH1 3B03A 3G0XA 3M6YA 5FEXA 2JBMA 2OJPA 3SSJA 1XBZA 3IIVA 4DBEA 5G4WA 5EA9A 3STFA 1R46A 1GJPA 1G4TA 4E2BA 1I2NA 2QCMA 4ALDA 1F7BA 3NQGA 1DQXA 4HPJA 2LLEA 4NZFA 3EX3A 5D2WA 3B4UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1SO4A

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