1SO5A

Crystal structure of e112q mutant of 3-keto-l-gulonate 6-phosphate decarboxylase with bound l-threonohydroxamate 4-phosphate
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
LPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAKIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIQLTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYHRSRDAQAAGVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVTGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
publication title Evolution of Enzymatic Activities in the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily: Crystallographic Evidence for a Proton Relay System in the Active Site of 3-Keto-l-gulonate 6-Phosphate Decarboxylase(,)
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 84
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2004-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1so5A00
4N2YA 4MZ8A 3E12A 3UPWA 3C2VA 1NF7A 5AHMA 4O0KA 3P80A 1TQJA 4N4PA 4ZQCA 3LCWA 1Q6LA 4LS1A 4CQ8A 1GVFA 3DH7A 1RD5A 1TPH1 3UWUA 3LHYA 4PC8A 3S42A 2FTPA 1OK4A 4PEKA 3RLVA 4CNNA 3HMJG 2ALDA 5K9CA 1SO3A 3GDKA 4RCXA 4O18A 2ABBA 3IV3A 2FIQA 3PSVA 4AWUA 4FIQA 4MLJA 3EXTA 3KHJA 1QMLA 1EP3A 3ATZA 4HHPA 3IGSA 5FI8A 3T40A 3TSBA 2V81A 1Z44A 1O60A 1JRBA 2JKAA 4UTHA 1IXQA 3QC3A 4ZMGA 4ZZ9A 4AXKA 1TMHA 3HGOA 5HJLA 3IIOA 3P82A 1WBHA 3T78A 2X1TA 1QO2A 1D9EA 1ZALA 1XBYA 5AHNA 1QPOA 1V5XA 5HULA 2QJIA 5FF2A 1WA3A 4LS2A 4X3ZA 3CWNA 3TAOA 2OT1A 3KAOA 2P0OA 3P7YA 1JCJA 3A21A 1W3IA 1DBTA 4MYAA 1L6WA 1EP2A 4ORMA 4ZQOA 4WY0B 3W74A 4TMCA 3M47A 5HR6A 3LRMA 5CPLA 5DY2A 3GR8A 2WPBA 4A2RA 3VE9A 3FFSA 2QCFA 4AB4A 1FWTA 2YPIA 2VENA 1ZCOA 1YYAA 2QCDB 3L65A 4KFPA 1OX6A 2V82A 1OG0A 2GUUA 2R94A 3MWAA 1EWDA 5EA9A 3RK8A 3HG3A 3TSDA 4J9JA 4WOQA 4JTJA 3P8JA 3UD6A 3NQVA 3O6DA 4S2CA 3TJLA 3STFA 1FDYA 1TV7A 2WSRA 2E5BA 1OFEA 3JR2A 2CLEA 1KM6A 1AW5A 4WZHA 1VC4A 4A21A 1F76A 4MY9A 3PB0A 1G4TA 3W7DA 1KLYA 4O50A 2B0MA 2VFEA 3IIXA 5AB3A 5EL1A 5EY5A 1IF2A 1F5ZA 3LHTA 3W2KA 1SZFA 3KVLA 3PBWA 1QR7A 4GE8A 1TPWA 3ABRA 3G18A 3IGUA 3UZ5A 4LRSA 4RLIA 2ZZ5A 4X22A 3GB6A 3MI3A 5G4WA 1ZAHA 2GVGA 1I8JA 2CLLA 4XBKA 4DBDA 2ZTJA 1DKWA 2QUUA 5LSMA 3GAKA 4WY0A 2ATMA 2QCEA 4ICNA 3OVQA 3V1PA 1G7VA 2ZZ7A 2C3ZA 2Y6ZA 1SQ7A 5DN1A 3STEA 3EWZA 4MY1A 3GXPA 1BTMA 3LLDA 4Q32A 3QW4B 3MI2A 1LROA 3KOFA 5BOOA 4O0ZA 4FNRA 1IXNA 3G8EA 3NQFA 3WJSA 4EWND 3TROA 2JKEA 2AAMA 5LNSA 4FNPA 1KBIA 2ISVA 5D33A 2A2IA 4UMAA 3M0ZA 4O12A 3BGGA 3THQA 2BX7A 1A53A 4UNLA 1UASA 2YZRA 1M6JA 2DZVA 2YSWA 1ONRA 1P1XA 1JUKA 2VKZG 1BKSA 1NVMA 4Q4KA 3A5FA 3MJYA 4R53A 5LGXA 4IX2A 3N34A 2Y70A 2WV8A 4JTFA 4PCFA 4CLMA 4JNMA 1UCWA 2QCLA 4CCCA 1K3UA 1P4CA 1B4EA 3QYQA 1JQVA 1TCDA 4HNVA 3NAVA 4RXGA 1ICPA 3MHGA 1FCBA 3B04A 5IBXA 2VFFA 2C0AA 4DQWA 1TREA 2WQPA 2AGKA 3HG2A 1W3TA 1PCKA 2QR6A 1KLZA 1R47A 1ZHAA 4JTGA 3E96A 5K3VA 2CLMA 3L5AA 4N9DA 1KFJA 4UR8A 4E0CA 3LOTA 4DO4A 2RKXA 1IXPA 1M5WA 4FXRA 3SY5A 1T99A 3LXAA 4O4WA 4CNOA 5KSWA 1ICSA 4L4MA 1X1ZA 3W75A 3TQKA 1S5WA 3LLFA 4UTWC 2RH9A 1OFAA 2VXNA 3KRSA 3C2FA 2GJNA 1OFDA 1WAUA 2VEKA 1Q6QA 3C2OA 3C61A 4UTTA 1K03A 1NSJA 5DCDA 3M44A 4HNTA 1W56A 2A7NA 4XQ6A 1VLWA 4TMBA 3SZ8A 4QAIA 3W85A 4UFKA 2CZFA 3BLIA 1VZWA 4DBEA 4QISA 2WNNA 1I4NA 5TQLA 3TC6A 4P2VA 1QAPA 1HO4A 2A7RA 3G1YA 3MHFA 2NUXA 5K2ZA 2J9YA 4OGZA 1AW1A 1TJPA 4NQ1A 2IQTA 3IVSA 4A3UA 2EHHA 4K7VA 1PCWA 1H51A 3DAQA 1W3NA 3CC1A 5AOUA 3ZWTA 4JD4A 3M41A 5E93A 3TSMA 4O14A 1VCFA 1GTHA 1ZJIA 3IVTA 5D2VA 4GRSA 1B57A 3W83A 3BW4A 4QIUA 5AHFA 4O16A 4OQVA 3OHIA 2B7PA 2HS8A 1LOLA 3O16A 3NL5A 2C16A 3RLUA 3TW7A 1R2TA 2I9EA 1P0KA 3DHFA 3NPVA 5IM51 3NM1A 3LB0A 1JCXA 3I7RA 4RKAA 3AJXA 3NVTA 5TBOA 3R12A 4JTKA 1G67A 3CU2A 3P60A 4YLWA 1RZMA 3P8IA 3HOJA 2ZZ3A 3B0VC 5D03A 1OX5A 1DOSA 1TPFA 3N3MA 3FS2A 4DPPA 3DI0A 3N19B 2ISSA 1FCQA 1LRNA 2QCCA 2EF9A 5E0KA 3L66A 4WUIA 4IGHA 4MVAA 3FLUA 3W1TA 2Y7GA 3CEUA 1XBXA 3PUEA 4UMBA 3P84A 3TK7A 1LORA 1XBZA 4TR9A 1ICQA 3P5ZA 1GYNA 2PURA 3NQMA 4JIPA 7TIMA 5DBUA 3RMJA 1SU5A 2NX9A 3PBUA 3W1PA 3QPYA 3DHDA 1VRDA 5C54A 1ZENA 1XCFA 2ZRYA 4UTIA 1W37A 1EPXA 1TO3A 1TYGA 2B7OA 3PS7A 4Z1CA 3W1NA 1F74A 3TQVA 3TFCA 4GUGA 1YDOA 4NJHA 5EYWA 4UFIA 1GYLA 5LHEA 4N9BA 3NL2A 3CB8A 3GLCA 1OYCA 3W7EA 3GNNA 4LVFA 2JBMA 3N14A 1A5AA 4M7TA 3EWBX 1KFLA 2QCGA 2FQIA 1JJKA 3FOKA 2G96A 1UBSA 3B4UA 2ZA1A 2CU0A 1X6UA 1VYPX 1GVQA 3CLMA 2YYTA 5L6UA 2V5LA 5I3JA 3NQ7A 1QFEA 1SUXA 1LRTA 2GJLA 5F2LA 3SGUA 1JUBA 1W1ZA 3QSTA 1S5TA 3TE9A 4O15A 3W73A 1SO5A 3A22A 1W31A 5MHBA 1CX9A 1HUVA 1XXXA 3BG9A 3NQEA 1W8SA 1A5SA 1KV8A 1FX6A 3L0NA 4S1FA 3T44A 2VC6A 3GAYA 2A7PA 1G69A 1IGSA 3H54A 2FFCA 4LNYA 3GDMA 4I9AA 3QQ0A 2A6LA 3LHVA 4BR1A 1IIHA 1ZNNA 4FNSA 2TRSA 4ZL1A 1LTDA 3BW2A 3DFQA 3TDFA 4O52A 2OX1A 4AVFA 4ADUA 4EVZA 3IIZA 1WOBA 3FKRA 4MPQA 2QF7A 1TPDA 4O4VA 4TO8A 1EP1A 1F05A 3NA8A 2FB3A 4Y96A 1J4EA 2Y7DA 1GQNA 1AW2A 2V30A 5I3IA 5IBXC 2ATSA 3UZJA 2BZNA 4LU0A 5C55A 1KM2A 1RQBA 1C9DA 1H1ZA 4ZQPA 4FB7A 2Y85A 2X1UA 1LOSA 1LBMA 4WJEA 4PA8A 1KFCA 1MEHA 4LRTA 3LTSA 4I7WA 3TKFA 4N6EA 4JYFA 2E09A 2KZHA 2H8ZA 4NT0A 3ELFA 2Z6JA 3M9YA 3PUDA 2LLEA 3EX3A 4O54A 3TQ0A 4NJJA 3HBLA 1I2PA 3N9RA 5HINA 1VH7A 3VE7A 3TJXA 1YTEA 3CTLA 1B3OA 4UTWA 3TC7A 1H7RA 1ML1A 3BG3A 2O7SA 5AYYA 3NQDA 3UWQA 4JX6A 1T96A 3DKJA 3TU9A 4FNTA 3TIMA 1NAL1 4UTTC 1TSIA 3S1UA 1LBLA 2CFFA 4OU1A 5AHLA 3WK0A 3LM7A 3S5ZA 2OCZA 4MZYA 2Y89A 5CSSA 1FXQA 4RZ5A 1AL7A 5FF0A 3QMTA 4M6PA 2WSYA 3WJYA 4L4LA 3HGJA 3JS3A 4HT3A 3EX1A 5FEWA 3USBA 4FHAA 1OVDA 2YGYA 3FA5A 3NO5A 2CLIA 3HJZA 4GUFA 1SPQA 1OHLA 3NDOA 3HG5A 1ME8A 4M6VA 1JRCA 5K9XA 1I2NA 4LC6A 4UTMA 4O57A 3U6WA 3OEXA 4GUIA 5DXYA 2Y7FA 1C29A 2EAWA 4KFNA 1I2QA 3LI1A 2H8XA 3S1VA 5HR7A 2PCQA 4LC8A 1VJIA 5AHEA 2J9ZA 4X9SA 2Q8LA 5KTLA 4QNWA 1L2UA 3I7QA 2YDAA 3OBKA 3QRHA 3G1XA 5F2IA 5D04C 1L9WA 4UMCA 1W0MA 3LRLA 2GVJA 2JK2A 1F7BA 3IRDA 3GIYA 2YXGA 3SFKA 1N8FA 4JX5A 2C14A 2QUTA 5CKSA 2JGQA 4R33A 3G3DA 4JYEA 4DO6A 1RVGA 4QITA 5D38A 2XFWA 2NXHA 1QPQA 4OT7A 3TH6A 1PE1A 1D3HA 4XBSA 1K02A 3NPWA 4YL2A 4IQLA 5D37A 1ZAIA 4LVDA 1QOQA 4Y9AA 1H7PA 5FESA 2NXGA 1GVSA 1KBJA 1W54A 2A6NA 4JXCA 1VHCA 3EEGA 1MZHA 3A24A 3TMLA 3BW3A 3DBPA 4NJGA 1H60A 3KFTA 1KM1A 3NGJA 2EPHA 1OK6A 3NXFA 2DZTA 4UTKA 1MEWA 3W2JA 3LTPA 2TYSA 2QAFA 3TFXA 2HTMA 3KVJA 2C6QA 4FX6M 1TPEA 3W7NA 1YXDA 4JTTA 4TU1A 2YCEA 3W70A 3Q58A 3QW3A 5D2YA 3NL6A 2PRMA 3EWXA 1AG1O 5HQEA 4IPIA 1FWRA 1ADOA 1O4UA 3D0CA 3MBFA 4TIMA 4MZ1A 3MMTA 3NQ8A 4RX0A 1SO4A 3CT7A 3TV8A 1CW2A 2ZA3A 5C2XA 1FUYA 4JS3A 4MIMA 1VYRA 3QSRA 2NXIA 1YLVA 1PHWA 1U5JA 3LERA 1B9BA 1XUZA 3I6RA 4CCEA 3LCFA 4XTIA 1Q45A 5BMWA 4YCOA 5G1TA 1SFJA 3P74A 1Q6RA 3O05A 3PULA 3IIVA 2CWNA 2ZCGA 2C18A 1K7FA 4AAJA 5LGZA 2G95A 4QM1A 1R46A 5F4WA 3R5EA 2DP3A 4P61A 3MBDA 3DFSA 3W76A 4AF0B 2GQ8A 5C6MA 5D30A 3P62A 4JDBA 4W9TA 2QCDA 5CZ0A 2CLFA 1PVNA 5AYZA 4KFOA 2P10A 5LZLA 2Q3RA 3G1HA 1WQ5A 3W1XA 1G7UA 4C1LA 4WX2A 3S8HA 3DFNA 1FCUA 3LHUA 1I45A 2YFOA 4BK9A 4Q33A 1XKYA 1UUOA 1GOXA 3VNDA 1M7PA 3EWYA 4MUZA 4NNBA 1FWSA 1QO5A 2H3DA 4GFSA 3LV5A 3GR7A 2QCNA 5H91A 1O94A 4UFMA 5D2TA 3NOEA 4FXSA 3M5YA 2CLKA 1DORA 4K6AA 1DVJA 3EX6A 3I7SA 1VHNA 1TRIA 3L0KA 4LT9A 4NU7A 1VS1A 3HF3A 2QCMA 1Q3NA 2WOQA 4O28A 1OJXA 3G1VA 5AC7A 1K7XA 3B03A 2PE4A 4FF7A 1OFBA 3PC0A 2WO5A 2FDSA 4AF0A 2WKJA 1BWLA 2RDUA 3W7LA 4O53A 1SZGA 3FKKA 4UTJA 1EB3A 2YW3A 3QZEA 3LI0A 2J24A 5AFDA 3G1SA 1O95A 3G24A 4WD0A 2YFNA 5TIMA 4A22A 3R2GA 3CEPA 1DJNA 1A50A 3W2MA 3BO9A 1G4PA 2YW4A 3DFTA 4MYXA 4O17A 3UQNA 2O7QA 3WJZA 3MP5A 1WBJA 4NVTA 3DI1A 3C6CA 4QSHA 4GUJA 2W0UA 2G5WA 3UWVA 2E6YA 1OX4B 1YPFA 2ZRVA 3W22A 3W7OA 2RDTA 1I2OA 4GBUA 3WK3A 1WDWA 4BF9A 3KVMA 3VI2A 3L5MA 4IOTA 3P5YA 3W7MA 1XL9A 1HO1A 3O6CA 4ADTA 5DCEA 1RV8A 2NWRA 4MLRA 3UWYA 2ZZ6A 5AC8A 3W1AA 4N4QA 3S9YA 2WNZA 4JEQA 3IIPA 3NQ6A 3SSJA 3RFAA 2ISWA 3R13A 1CI1A 3O1NA 2HS6A 3DFOA 4YWIA 1XBVA 1O5XA 4Y6GA 3PG9A 4K8EA 1MSSA 3W6YA 2DJXA 4WY0F 5CGQA 3S0CA 3NQCA 3PAJA 3UYCA 1R30A 3LBMA 2W6RA 3GYEA 4RV8A 1EUNA 3HPXA 4PL1A 3W84A 4NJKA 1XFBA 3WJWA 5I3KA 3E02A 1Q6OA 1WYIA 5A5WA 1LLWA 4R34A 3P61A 4RJEA 2H6RA 4MY8A 1YTDA 3B06A 3F4WA 3U2OA 4AEOA 1FXPA 2DZWA 5FF4A 1PHQA 5CPMA 3PF3A 4O13A 1GTEA 3NNTA 4HPJA 3MYOA 4N9EA 3LHWA 3GKFA 3MHUA 5G2HA 1UUMA 2ZBTA 1LP6A 3W7GA 3HO8A 3M1ZA 4MJMA 4CQAA 2QEZA 4ONVA 3O15A 3P81A 2VELA 1DQWA 3EX2A 1FY6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ADA A;  1M03 A;  5DY3 A;  4MFD A;  1ONW A;  3NUR A;  4J1O A;  2ZRX A;  3RO8 A;  1O1H A;  3ICJ A;  1A3X A;  5AYB A;  4Z2K A;  2X1R A;  4BFA A;  1XM3 A;  3APT A;  4QR6 A;  2Q71 A;  3MDU A;  1Q8A A;  4Y9M A;  2CBV A;  1VJS A;  4LAL A;  4M19 A;  4DI9 A;  3FHA A;  1VPQ A;  3HPS A;  4JHO A;  4DO7 A;  2XWD A;  1PZ0 A;  1XYB A;  1ZB5 A;  4AVN A;  2NWS A;  2VOM A;  4O1A A;  4P7R A;  3RHG A;  3UCD A;  3SUR A;  2W27 A;  3CHC A;  1KWK A;  4LCR A;  3WDJ A;  3IJI A;  2GOK A;  4DJD D;  2XDF A;  3LCW A;  2XIJ A;  2VQT A;  1ECQ A;  1EJT C;  2VCA A;  1W9B M;  3UWU A;  4PC8 A;  3U5Y A;  4CNN A;  3HMJ G;  4RCX A;  4NRS A;  1VAH A;  5GNZ A;  1E4L A;  4LFY A;  2D0G A;  1KB3 A;  3KHJ A;  4DBW A;  3ATZ A;  4HZ6 A;  3WBW A;  5DAN A;  4L7Z A;  5FI8 A;  2X7W A;  4ZMG A;  3O3R A;  5A8N A;  3HGO A;  4E3T A;  3IIO A;  4W7W A;  3GTX A;  1NH6 A;  3H8A A;  1GOK A;  5AHN A;  5FF2 A;  1WA3 A;  1WXY A;  2NQ9 A;  3QGK C;  4C5Y A;  1X7I A;  1JCJ A;  2FH6 A;  4ORM A;  4ZQO A;  2CXG A;  3M0V A;  4F9J A;  4TMC A;  4D6E A;  1FWB C; 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