1SQ7 | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGLWATPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase pubmed doi rcsb
source organism	Gallus gallus
total genus	87
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2004-03-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1sq7A00

1TTQA 2OT1A 1XBZA 1VHNA 2NXIA 3ZWTA 4XTDA 1R2RA 2DZPA 4GUHA 3W7RA 5IM51 5G1YA 1DHPA 3KVLA 4MY9A 3PY2A 5AYXA 4YLWA 1YXCA 3LV5A 3MMTA 4MYAA 5CPNA 5AN7A 2G95A 3OVQA 1QOQA 1FXPA 2CLHA 4MYXA 3UXDA 2V2CA 4FX8A 1ONRA 3GVGA 5F4SA 1MEHA 3CHVA 4UUIA 4E0CA 4K6AA 3LXAA 1IXNA 1GJPA 4ORIA 1KTNA 2GJLA 4O10A 1TREA 1W8SA 3B04A 3C61A 4W9TA 4UTHA 3QPYA 4J9JA 4N9CA 2ZZ3A 2X1SA 4N4PA 3JR2A 1SFLA 1TPH1 4ML9A 3G0UA 5K2ZA 1G67A 1G7UA 5G4WA 3LRMA 2CLEA 1QWGA 5AHIA 2PC4A 2QCFA 2A21A 3HPXA 3FEMA 3EB2A 4MOZA 4EOUA 1CW2A 1W3NA 3LB0A 5FI8A 5LNWA 1H7OA 3ZFHA 5TQLA 2CLIA 2NWSA 3CT7A 3W1MA 4JTGA 3A5FA 1OYAA 5H2ZA 4JX6A 2ALDA 1KFJA 3DI0A 3W7GA 4POCA 2QCMA 1LORA 3OHIA 4UNLA 2A7PA 4TU1A 3OG3A 5AHEA 1OF8A 4HHPA 3W76A 4IX2A 2B4GA 3INPA 3NOEA 5G2WA 2Q3OA 4FHAA 4O15A 3M1ZA 1HUVA 2GPTA 1CI1A 5AHMA 3P7YA 1TB3A 2O7SA 3LCIA 5F2GA 2JGYA 1F05A 2NUWA 4O4VA 1PIIA 4OU1A 4DO6A 3PUDA 3NL2A 3DXIA 2Z6IA 5HJLA 5L9FA 2HS8A 1M7OA 2PCQA 4O13A 4R53A 1GVSA 1H62A 2A2IA 3KAOA 1D3HA 3M43A 4KKXA 1WV2A 3QW4B 4LWWA 2X2GA 1Z44A 2GUUA 1H1YA 3WK3A 4JN6A 3M47A 4Y8FA 3M9YA 3PBYA 1KW1A 1GOXA 3PSVA 2FIQA 3P62A 2V30A 4OV4A 4LVDA 2YPIA 1IXOA 4N9EA 3P5YA 2BLEA 3W84A 3NNTA 4Y6GA 2Z1BA 5D2TA 5LKYA 4JXCA 2QCCA 4AWTA 4R7JA 1JCLA 1DL3A 3I7SA 3ANYA 3L0KA 2I9EA 3QRHA 1GQNA 1SZGA 2NV2A 3UPWA 3GDTA 1AL7A 1Q3NA 5AYZA 5AHLA 3NL6A 1XFBA 4MKNA 3DFPA 4AVFA 1L6SA 2R94A 1GG1A 2CZEA 1JCXA 1FDYA 2R8WA 4RXFA 1Z48A 4DF0A 1RPXA 1HTIA 1DVJA 5U7SA 4O50A 3NZ1A 3CU2A 1H7XA 4DELA 2E77A 3PVFA 2OJPA 1E51A 1TJPA 4A3UA 3CLMA 3DFNA 3VE9A 1KV8A 2HSAA 2E09A 1NF0A 4UTJA 2FJKA 2YGYA 2C13A 3NAVA 5EMUA 4Z1BA 4IMFA 3C2RA 3W7MA 1WA3A 2YYUA 3S42A 3UWYA 3L2IA 2BX7A 4JICA 4H3DA 4ZQOA 3ABOA 2CLFA 1JULA 1ADOA 3M5YA 1UJPA 3W85A 2V81A 3W7QA 4DEFA 4LNYA 5I3FA 3P84A 1W5OA 3EWWA 2ZFAA 1TQXA 4YCPA 1GTEA 3ATZA 2R14A 2O7QA 2YFNA 4NX5A 3PM6A 1H5YA 5LHEA 1RQEA 2QJIA 5HQEA 1HO1A 2G5WA 1OK4A 1TPFA 4JYDA 4NT0A 3W1AA 3T40A 3G18A 3STEA 2J9ZA 1AL8A 2B7NA 4XWUA 3UWVA 2QCEA 4K8HA 4Z1DA 1H51A 3W7HA 1O95A 1WBHA 4Z0JA 4DQWA 3JS3A 4HNVA 4DF1A 1OFDA 5C54A 5D38A 3LHZA 1OJXA 2BZNA 2EF9A 4AEOA 2YXGA 1OFBA 3ABRA 3ABQA 1UUOA 3IVTA 3W1XA 1TV5A 4HNUA 1W37A 3L67A 2RDTA 1TPEA 3OIXA 2V8ZA 4CNNA 3L5AA 5I3KA 2VFDA 1R30A 1T96A 3W7KA 1JR1A 4M5PA 1J5TA 3B8DA 1NFBA 3NDOA 3G3MA 3TAKA 1TMHA 1ZFJA 3OBKA 4JDYA 3W1TA 3IIPA 4WX2A 4D2JA 3NQEA 3QSRA 2TSYA 4MLJA 2EHHA 1Q6QA 4OBTA 1K8YA 1ICQA 1AG1O 2JGQA 4AHOA 1KLYA 1TQJA 1LRTA 4UTLA 4FXSA 1N8FA 1ZY9A 5TBOA 3PR2A 5C6MA 3MBFA 4LOCA 4OE7A 3GB6A 4I7UA 2ABBA 4S2CA 5D2YA 1OF6A 4X9SA 2D73A 4UTTC 3HF3A 3DU0A 3M5ZA 4QITA 3M5VA 2Y70A 3L68A 1ME8A 4CQ8A 3PUOA 3M7WA 2V2DA 5BNKA 1AMKA 1QFEA 2C1HA 4QAIA 3NQ7A 3GAKA 3BPWA 3TA6A 1VPXA 3W7IA 2TMDA 2Y89A 2XN0A 4JTHA 3TXZA 3W1RA 3M5XA 1JCNA 3DFSA 2QJGA 2ZBTA 1BKSA 2WNQA 4WUIA 5L6UA 3FFSA 5U4NA 2BTMA 3WJYA 2NZLA 5C5YA 2A85A 3W3OA 1RD5A 3CB8A 1P0KA 1YTEA 1A5CA 3TW7A 1ZJIA 1OVDA 3SGUA 1F6KA 4R33A 2C14A 3P82A 4PH6A 4HIBA 1RQHA 2E5CA 1FX6A 4BI5A 5KITA 5FF4A 1K03A 4IOTA 2GVLA 3I7QA 4LV9A 4CNPA 2NX9A 5LNSA 4IQLA 5BMXA 2WSRA 2WSYA 4K7VA 4OWGA 2YCEA 3B05A 3HG5A 3W9ZA 3W2JA 4UR7A 3PAJA 4ADSA 2ZA1A 4HPJA 3NQ2A 5MHBA 1J2WA 1F73A 1YDOA 4LC8A 3TKFA 3QM3A 4UMBA 1SR9A 1UB3A 5J5RA 3MYPA 4K8EA 3W6YA 4Z1AA 5K4ZA 3TFXA 3SIZA 3SJ3A 1PE1A 2ZCGA 3OEXA 3W7NA 5DCDA 4MUZA 4NVTA 3TROA 4R34A 3N2XA 3UWWA 3IIVA 4LS1A 5D2WA 2V82A 3BW3A 2Y63A 2OCZA 3VCRA 3LOTA 3M6YA 4U28A 1F74A 3G0XA 1QR7A 1WAUA 3TV8A 1R2TA 3G0SA 4AF0A 3VFLA 6TIMA 4PODA 2JK2A 3TXVA 1AW5A 3ABSA 2Y7DA 2IQTA 3O16A 3O1NA 4C1KA 3GR7A 3FJLA 3MJYA 2NWRA 5K9DA 3T4CA 1EP1A 1N55A 1M5WA 4ZQMA 4K7YA 1MSSA 3UNDA 2V0TA 1XI3A 5KZDA 3RLUA 3RMJA 5A5WA 4TIMA 2WSQA 3L21A 4LVFA 4WQ6A 1C29A 1QPRA 1EIXA 3FOKA 3WJSA 3KOFA 5HR6A 1OHLA 1TPUA 1A5BA 2BSLA 2ZRYA 1LOSA 1Y0EA 3C56A 2RDWA 3HGSA 1MXSA 4TMBA 1W54A 3HG4A 4IMGA 3TQKA 5G1TA 3D0CA 4Y90A 2Y88A 3NM1A 1I2NA 5BMWA 3NM3A 2FPTA 4GFSA 2B7PA 3CIWA 3TCEA 2VOMA 3QQ1A 5LZLA 3LLDA 4JGDA 4O17A 3P61A 1GG0A 4N6EA 3FA5A 2NX3A 3F03K 2AAMA 1P5BA 4JIPA 3TMQA 3NQAA 4O52A 5TIMA 4FB7A 3FYOA 1LDCA 2NXHA 2NUXA 4AWSA 3AO0A 3QFEA 2Q8LA 1PL9A 1ZAJA 4XUGA 5AC7A 1VCVA 3MO7A 2CWNA 2Y7GA 5EBUA 3G8RA 4Z0SA 2FFCA 2VFHA 3DH7A 3W74A 4RLIA 2VFGA 2JBMA 3P5ZA 3IVSA 4LY8A 1YDVA 1S5TA 2X1TA 5K3VA 1ZAIA 3KXQA 2I1OA 4E38A 5D09A 3T44A 3KRUA 1VCFA 4GUJA 3W71A 3TC7A 2J24A 4AAJA 1G4SA 1HO4A 4FIRA 3S5OA 3WK1A 2NX1A 1TPVA 3A23A 4JTFA 4WY0B 1FCVA 1H7WA 5KMYA 4NQ1A 3NXFA 4UTIA 4U4MA 3W1NA 3ZWSA 2RH9A 3W7CA 4PTNA 4EIVA 1THFD 3LBMA 5FEXA 3LTYA 4MJMA 3BGJA 2CW6A 2EKCA 4O57A 1GYLA 3UPBA 4QIUA 2V2HA 1WX0A 2VXNA 3IGUA 3EKZA 4YXGA 5BOOA 3BGGA 4LUIA 1A50A 5DBUA 3MP5A 3W2NA 1WOBA 2YDAA 3GR8A 3UY7A 5CG7A 1OFEA 1X1OA 4ALDA 3NEVA 1SZEA 2Z6JA 2TRSA 2I14A 1ZALA 2ISWA 3NVTA 2UV8G 1VC4A 4HT3A 1Q45A 2ZZ6A 1DV7A 5G2HA 1GPWA 2A5HA 2Z0IA 4O8RA 3UD6A 3MI2A 1V5XA 1PCWA 3TE9A 3G22A 5F4XA 3NQVA 1LZOA 4LV4A 3QH2A 1DOSA 1FCQA 2A6LA 2V5LA 3TH6A 3SFKA 3EX2A 4FF7A 3W2LA 5FF0A 2NV1A 4QSHA 4CQAA 1X8FA 1GWJA 3KHJA 3E96A 3SY5A 3S1VA 3W07A 4AMAA 1QCWA 2G97A 1K8XA 1ME9A 3MI6A 1P1XA 1QDSA 3T7VA 3O6CA 4JX4A 3QMRA 1QPOA 3R89A 4BI7A 3A21A 4PFMA 5AHFA 3VE7A 1L2UA 5G4EA 2XN1A 3TDFA 3LDVA 1GTHA 1UBSA 2ZZ1A 3W2KA 1KM4A 5C55A 5D05A 4RV8A 2ZZ5A 4YMZA 4JY9A 3N2MA 3W7EA 1EUAA 4WJEA 3S1XA 3BLEA 4PCFA 2CZDA 4GUFA 1H60A 4IMEA 4NJJA 3W2MA 3MP4A 2HTMA 3NPUA 1TPB1 1FDJA 3G1YA 1I4NA 3EX3A 1SW7A 3C4UA 1KA9F 1W3TA 3SECA 3C0JA 3E0IA 1ALDA 1O60A 2DZXA 3QC3A 4GBUA 2FPYA 3NQ6A 4HKPA 3TQVA 3DBPA 4JTJA 1I8JA 3F4NA 4N2YA 3CPRA 1KM2A 4MVAA 3LRLA 2GQ8A 4UFJA 2QCGA 3EXSA 1KBJA 1YTKA 5I3JA 1GVQA 1W5QA 2E6DA 1SPQA 4PL1A 1L6YA 4Q32A 5D03A 1TPC1 2ZQ0A 5AB3A 5CPMA 2J88A 3TUUA 5CSSA 2QCLA 1VLWA 3S5NA 3S5YA 3GLCA 4RKAA 3YPIA 5K9CA 3PC0A 2DU2A 2VEKA 3NYZA 4M7SA 5DBTA 3S8HA 5CZJA 5C2XA 2JKEA 2C0AA 6ALDA 4O0ZA 1YXYA 3NQMA 5HULA 1RV8A 1O5KA 1Z42A 5T26A 4NJHA 3O6YX 4I7WA 4UMCA 3NGJA 4BI6A 2DZTA 3LLFA 1O5XA 2J9YA 1R2SA 4GUIA 3MYOA 4JNMA 3TW6A 3UYCA 1I2PA 3RNDA 4JTLA 1TV8A 3LCXA 1OK6A 2A7NA 2ATMA 3CC1A 5LSMA 3HGRA 1BTMA 1XL9A 4N02A 3RU6A 5D02A 2ZTJA 1H7PA 2DZUA 2WNZA 1JUEA 4IXXA 4ZQRA 2QCDB 2YZRA 4N4QA 3W2UA 1K7FA 1FCBA 2RDUA 1VS1A 2QAFA 1KBIA 4IPJA 1W5PA 5EA9A 4UTKA 3C8FA 3A24A 3W7OA 1W1ZA 1FY6A 1EEPA 5AC8A 4N9BA 4LVBA 4GJ1A 2PRHA 2BXVA 1VCGA 3PS7A 3G1XA 4X2RA 2C19A 3SW6A 4NZFA 1KFBA 4O28A 4LS0A 1IF2A 3H53A 4WZHA 3MHFA 3OVPA 3LI1A 1YTDA 1XC4A 3PULA 3MWAA 1M7PA 4CCDA 3EX4A 1TTIA 3CQ0A 4Q33A 1OFPA 1W5MA 3CEUA 4OHQA 1F5ZA 5BW6A 2NUYA 3M41A 4I9AA 4BFAA 1OYBA 3G8EA 4N6FA 1OFRA 5AOUA 3G3DA 4UTWC 1SO5A 3UXAA 3IEBA 4TMCA 2H90A 3G1FA 1L6WA 3W7DA 4GXMA 2A7RA 1SZNA 3PUEA 4Z1CA 1X7FA 1KFKA 2PRMA 5CKSA 1SO3A 5KTLA 4DBEA 4O1CA 2RHGA 3WJWA 1TIMA 1LYXA 4IGHA 2R91A 4JYFA 1N7KA 3NR0A 1FDZA 4G1KA 1SW3A 1LBMA 3B03A 3NL3A 3TK7A 3W7PA 3VKJA 3CIXA 2XN2A 2HS6A 1WOAA 4KWVA 4E2DA 4ZL1A 4NZJA 4NNBA 4GUGA 3QEZA 1NEYA 2LLEA 3M0ZA 3N14A 4FEZA 4FX7A 1U5JA 1KM5A 3R13A 2H3BA 3FKRA 1KFEA 1OX4B 1F7BA 5D2VA 4ICNA 3Q58A 3DHDA 3W86A 1ZNNA 2FB3A 3BW4A 3UWZA 1RQBA 3OA3A 4MZ1A 1S3HA 1VYPX 3NQ8A 1DJQA 2ZA2A 2B0MA 3A5VA 2DP3A 3PWAA 2ABAA 2QCHA 4IX0A 3R2GA 3EWYA 1VGAA 5DELA 3A9IA 2CZFA 4MFDA 2ZDRA 2WQPA 1RVGA 1W56A 3FS2A 4JTSA 3MHGA 3QQ0A 4KFOA 1I2QA 2YYTA 5DXXA 5HWNA 3IIXA 5DLCA 2B7OA 2ZZ4A 2E1DA 2A1YA 3G1DA 3GXPA 3R5EA 2VEMA 4L4LA 2GOUA 1QNVA 1I2RA 2J9XA 2DJXA 4TR9A 1FWNA 1AW1A 1UASA 4O54A 4Z08A 4A2SA 4EF8A 3I65A 2VKZG 3T55A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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