1SW0 | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGLWATPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase pubmed doi rcsb
source organism	Gallus gallus
total genus	93
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2004-03-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1sw0A00

3LBMA 3OVPA 1RD5A 3MYOA 3AO0A 3GAYA 3GDKA 4ZQCA 1H5YA 3GX9A 5D30A 1X7FA 4ONVA 3MI3A 1GOXA 2ZRXA 2QKFA 2V82A 3WFAA 1KTCA 1S5TA 3LLDA 3LRMA 3L0KA 4Q4KA 4UFLA 3W7LA 3BV4A 3DI1A 2QEZA 3WK0A 1O4UA 3W83A 4HNUA 4O10A 2X1UA 1TV5A 1EX5A 3UWWA 4ZQPA 4O16A 4JTTA 3NPUA 1DJQA 4MFEA 2E5BA 2NV2A 3QW4B 3CU2A 2Y7GA 3NQMA 1N55A 2J6XA 4MY9A 4UNKA 1TB3A 4OE7A 3GZ3A 2RDWA 4HHPA 4HSOA 2ZZ4A 4MOZA 2FTPA 1OFDA 4HN4A 3FS2A 4UFHA 4A3UA 4JY8A 1GVSA 2I14A 4FNRA 4LRTA 1DOSA 3EKZA 3GK0A 1Z48A 5EYWA 3DI0A 4FXSA 4RCXA 4S2BA 2TSYA 2ZZ6A 4O18A 1GVRA 1WV2A 3G1AA 4IX0A 3PULA 3C61A 3BW3A 1O5XA 5AYXA 4N4QA 3EWYA 3LRKA 5LNRA 1XUUA 4P61A 2QCDB 4MVAA 1F73A 2CLMA 3PVFA 3EB2A 1OYBA 3FJLA 3MP3A 1W5NA 5CPLA 3LOTA 5G5IA 3TC7A 3TCEA 3EWZA 3MBDA 4MZYA 4LVGA 4DXVA 3P82A 5AFDA 1FDZA 5L6UA 3W87A 1IXNA 4RV8A 2YZRA 3P80A 4IXHA 1NEYA 3KVMA 1LLZA 5KMYA 1XKYA 1H7NA 1H7PA 4DPQA 1NFBA 3VE9A 3LXBA 2CLOA 3ABRA 3KVKA 4A2RA 5K9CA 3M5ZA 3EWUA 2O7QA 3S0CA 1TPH1 3MYPA 3S1VA 3HG4A 5D2WA 2FIQA 1FCUA 1VCFA 3M5VA 2H6RA 3ZR4A 5J5RA 3GXTA 2EF9A 2C18A 5EMUA 3G1YA 3W2NA 2AGKA 1MSSA 3MW7A 5D38A 1LOQA 3M47A 1NF7A 4N9EA 3DFOA 3W7QA 5D04C 3B8DA 3MI2A 1SO3A 5D2VA 3S5OA 3QQ1A 2BXVA 4O19A 2VXNA 4QM1A 4LW7A 4ADTA 3UXAA 4O53A 1XCFA 1VRDA 2Z6IA 2RKXA 3STGA 2VFDA 4BK9A 3HGRA 2NX1A 1H7XA 5K4XA 3G8RA 1TQJA 4MFDA 2NXGA 3LCHA 1JCMP 4O1CA 3DZ1A 3USBA 1N8FA 4IPIA 4HNNA 3W1QA 2WV8A 3LXCA 1VPXA 1K3UA 1S5VA 5G4WA 1W3IA 2OCZA 4NUWA 3DFNA 1L6YA 4MZ8A 4WY0F 3W84A 5BMXA 4G1KA 3QF0A 3W85A 3QMRA 1A5AA 3KAOA 3L5AA 1WBHA 4JEQA 1VLWA 1MZHA 1YTEA 3RLVA 5LNVA 4UTIA 1S3HA 4ICNA 3EKLA 3CEPA 3G1VA 4K38A 1VYSX 1OFQA 2JK2A 1TPWA 4O54A 4WD0A 3TMQA 1TPUA 4N02A 4JXCA 1K8ZA 2C19A 3KRZA 1Q6LA 4M19A 1DV7A 4ORIA 4O1BA 3AJXA 5F2LA 3QMTA 3OG3A 1OX5A 3SI9A 3SSJA 1KA9F 3F1QA 1YXCA 3L2IA 3S5YA 3TA6A 1VC4A 3KX6A 5K2ZA 4QJ1A 4XKYB 4Y8FA 2GQ8A 1GT8A 2KZHA 2Y7DA 1EP3A 2B4GA 3JR2A 5KZDA 3GIYA 4IMGA 3MHFA 1SUXA 1I4NA 2B7PA 3W7IA 3FYPA 1WOBA 2X2GA 1VYPX 3W88A 1ICPA 5A8GA 3BLFA 1UUMA 3TSBA 4O11A 1QPQA 3T7VA 4AWUA 5KSWA 3F4NA 1IIGA 4GUJA 1FX6A 3NOEA 3W75A 3IIVA 1C8VA 4A21A 4UFKA 2NUYA 1XBYA 4UMBA 1L9WA 1SW7A 5E1QA 2QCLA 4NXSA 5A5WA 1T8XA 2PE4A 2R94A 2RH9A 5D2YA 3KVLA 1GEQA 5L9FA 2YX0A 3WJWA 2OJPA 1IXPA 1J4EA 1JULA 1ZY9A 1R30A 2GJNA 3BARA 1E51A 3BGJA 3G22A 2QCFA 1AMKA 2QCDA 3QEZA 2A2IA 2QAPA 3UXDA 1QPOA 4QISA 1U83A 5AN7A 4LS2A 3MO7A 5CPNA 1OHLA 5AYZA 3B0PA 4BWLC 1SU5A 4O50A 4EF8A 5EA9A 3FJ6A 1KLYA 3MUXA 3DGRA 2AQWA 5DBTA 1JCYA 3SJ3A 3W9ZA 3T78A 3G24A 2QJGA 4BWLA 2ZRZA 3PC0A 4O4VA 1L2UA 1Y0EA 1YTDA 4O12A 4C1KA 3L66A 1AW5A 4UFIA 1SZEA 4Z1AA 1DVJA 1KFKA 4LOCA 1WBJA 1T96A 3HGJA 2Y88A 1UUOA 2CLEA 2JBMA 2RHGA 4FXRA 1H62A 5CSRA 4YWIA 4OV9A 2V2DA 1Z41A 4M6VA 1RR2A 1Q6QA 1UASA 3UYCA 4MZ1A 5HWJA 3D0CA 1QPNA 4JTGA 1VZWA 1I45A 4OT7A 4B5NA 3SGZA 4UTMA 1I2NA 4DO5A 1V5XA 2ZRVA 1JQVA 3G1FA 2H3BA 3GNNA 1G4PA 2NUXA 1L6WA 1PIIA 3RMJA 4DQWA 4YCPA 3W73A 1OVDA 1OFAA 4YCOA 4MJZA 3NPVA 5HMSA 5G1TA 3N9SA 4NVTA 3NPXA 3NZRA 4UTKA 4LS0A 2QCCA 2YDAA 3NR0A 2ABAA 4BF9A 2G95A 5G2WA 3EXSA 4UMAA 3M41A 3W7OA 1SO5A 3ANYA 3MBFA 2O7SA 2VFGA 1ALDA 5LKYA 1K7XA 2Y61A 3BK0A 3C0JA 5CSSA 3P60A 3FYOA 3STCA 1RQHA 1H1YA 3HGOA 3LXAA 4PC8A 3NQGA 1A5CA 2H8ZA 3NPWA 4I9AA 1BWLA 4NZJA 4AVFA 5DCBA 2Y7EA 1L6SA 3ZWTA 5EPDA 3G1DA 1W5OA 2QUTA 4OBTA 4XKYA 5HR7A 3NO5A 4MLRA 2CZEA 3HG2A 3LERA 2VFEA 3ZFHA 4R34A 5AHIA 5CZSA 3W6YA 1I2RA 3P81A 2C6QA 1LLWA 1FWSA 4NNCA 3TW7A 1KFJA 1KM2A 1H61A 4KFOA 1VJIA 3PSVA 5F2IA 1J2WA 3VFLA 3LI0A 3WJXA 1TRIA 1W5QA 3L68A 3NQ8A 2GUUA 4FNPA 2H8XA 3PM6A 5CKSA 5KITA 1GVFA 4LWWA 5EBUA 3L5LA 5I3FA 5HR6A 2V5BA 4W9TA 3QRHA 2FJKA 3P8JA 5LHFA 3MP5A 2V2CA 3N2XA 4ML9A 4UTJA 3TK7A 1KFCA 4DBDA 5I3HA 2FLIA 3BO9A 3NL2A 1WQ5A 4JR5A 3NQAA 4AWSA 2DZSA 3W1AA 3PUOA 2DP3A 2W6RA 1EPXA 3R8RA 1TPDA 2Y85A 3QJAA 1ZFJA 4WOQA 1F6PA 2WOQA 4CQ8A 1ADOA 2ZCGA 5AC6A 1KM5A 6ALDA 4JNMA 5D2XA 2DZVA 5AHNA 2DJLA 1MXSA 2VENA 5J5DA 3C2OA 1I2PA 1K8XA 4UR8A 4L4LA 1P4CA 5DXYA 1G6CA 1THFD 3LHWA 3W71A 2E6DA 2W79A 4IMFA 3UQNA 3M0ZA 3W1RA 1VYRA 3K30A 3PS7A 3W7JA 2V81A 1JCNA 2NWRA 2X30A 3PG9A 1SW0A 1YLVA 3E12A 3P5YA 1Q45A 1NF0A 2GJLA 1DQWA 2CFFA 1LYXA 3G18A 4AHOA 1DL3A 4HT3A 3A22A 3CHVA 4FHAA 3DU0A 3OBKA 3UD6A 1R46A 3S6DA 2FQIA 3P74A 4XBKA 3FFSA 4XTIA 3C6CA 3EWBX 4HKPA 4EVZA 2ABBA 4QNEA 3EXRA 3O16A 1TV7A 4O17A 3KRUA 1SQ7A 1GG1A 4X2RA 4C1LA 5LNUA 4HPJA 3R2GA 3ZWSA 1QO5A 2BWGA 4IXXA 3U6WA 5G2IA 1OX4B 3CPRA 3S8HA 7TIMA 1XM3A 3TMLA 3IVUA 4JTFA 5KZEA 2CZFA 2QCMA 4QQ3A 3INPA 4MUZA 1G4SA 1Z44A 2YSWA 4RZ5A 2DU2A 3NM3A 3I7QA 2CZ5A 2GQAA 3NZ1A 2VFFA 2C3ZA 8TIMA 3W1NA 5CPOA 3QSTA 1HO4A 2VKZG 1U5JA 2WO5A 4RK8A 1SO4A 3G3MA 4PCFA 3BLEA 2V30A 1YYAA 3W1UA 4LV4A 1EUAA 3M5XA 3Q58A 2YW4A 1D9EA 4JYEA 2QUVA 3M1ZA 1H51A 2V8ZA 4MYAA 3O07A 1SR9A 1DJNA 1RQEA 5K3VA 3S1WA 3VCRA 2ZA3A 4X22A 2HTMA 1YPIA 1N7KA 2ZBTA 4M7SA 3TFCA 1LBMA 3E02A 1TREA 4AF0B 1DKWA 4LVDA 4CQAA 1EEPA 1AL8A 1W5MA 3TC6A 5D37A 1ONRA 2GPTA 3OVQA 4HPXA 2ALDA 4QIUA 1MEWA 1QR7A 3Q2DA 2ZA1A 4N6EA 2A1YA 2A6NA 1P5BA 5EL1A 3PBVA 5MHBA 4HIBA 4RXGA 4BI6A 4OQVA 3M43A 3HQ1A 5DBUA 3UPBA 5FESA 2G5WA 3SGUA 3HG3A 3PBYA 2FB2A 5I3JA 3LCGA 1OJXA 3GDTA 4DBEA 2J9YA 1SFLA 3LTPA 2NX3A 2OT0A 4KWVA 4WOZA 1IIHA 2ZFAA 4AB4A 5AHLA 5KTLA 5LGXA 4AH7A 1TPB1 5D32A 3NVTA 5DN1A 3TU9A 5CGQA 3TDFA 5HUOA 3W2JA 2WPBA 3P67A 4ZVJA 1G4TA 4DEFA 1R2RA 1WYIA 3L67A 4LVBA 1FBAA 3PG8A 4NNAA 1XDMA 2OX1A 1W54A 5I3GA 1WAUA 4I7WA 3G1SA 1M5WA 4DO4A 2Q3RA 3NQ7A 4O13A 3QYQA 3NM1A 4O0ZA 4FO4A 1K7EA 5D02A 2YCEA 3MJYA 1W37A 4O0KA 1C29A 2BZNA 1UB3A 4OWGA 2HSAA 3F03K 2DORA 2BLEA 3NQVA 1ZCOA 2VFHA 4TMCA 1ZAIA 1FWRA 3TROA 4M6QA 1F7BA 2V9DA 5G2HA 1FY6A 5CZTA 2YYUA 3O1NA 2GOUA 4IQLA 3TJLA 4NJHA 1XI3A 2NXHA 5FF3A 1SW3A 2E6FA 1A53A 1PHWA 1AW1A 3O63A 3PUEA 3DFPA 4WY0B 3UY8A 3CLMA 1WDWA 4FF7A 1JCLA 2Q8ZA 1NAL1 1ZAJA 4GUFA 2J9ZA 3WJSA 5DXXA 4E2DA 1X1OA 3FA5A 2QUUA 4NJJA 4UTTC 5AYYA 3HF3A 3KXQA 1CW2A 1ME7A 4DPPA 2P0OA 3Q94A 1KFEA 5HINA 3P8IA 2A7PA 4Y96A 4UTTA 2C0AA 3ABQA 4JN6A 5DELA 1MO0A 4N6FA 3SY5A 3WK2A 1VCVA 4UTWC 1G69A 1OX4A 3I65A 3N73A 2C13A 3N3MA 2WNQA 4LS1A 3QH2A 3QZEA 4UTWA 1B4EA 4JD4A 3NAVA 2QCNA 1GPWA 2QCEA 1BTMA 3MI6A 3W7CA 2DZUA 5AB3A 4H4IA 4GUGA 3W7KA 3I6RA 1CI1A 1PVNA 4WXYA 3W72A 3W1TA 2WSYA 5D09A 3NQFA 3LTYA 1NVMA 3VI2A 2NZLA 1T0OA 3TKFA 4K7VA 4LUJA 3UNDA 1LRTA 1Q6RA 1VLIA 1LRNA 3PB0A 1RV8A 2Y89A 4AXKA 2B0MA 2YR1A 1QAPA 1S5WA 1JQXA 4LUIA 2CLKA 3LV5A 3GNDA 2PRMA 4NU7A 3E9AA 2F7FA 4RZ4A 3O15A 3GAKA 1P1XA 3BG3A 4LTSA 4UUIA 4TR9A 1QFEA 1OFOA 4JGDA 1QOPA 3C3NA 3IGSA 4AF0A 4S1FA 1K7FA 4O4WA 1F6KA 2WQPA 5CG7A 3S1UA 3FKRA 1TPFA 1JCJA 1KV8A 1PV8A 3RFAA 4WXZA 4OU1A 1TTQA 4RJEA 5AHFA 1KM6A 3QSRA 3NQEA 3P61A 5E0KA 1LBFA 1XBZA 3PF3A 4YL2A 3LB0A 5U4NA 3NQ2A 3O05A 4MJMA 2FFCA 3T55A 1A5BA 2RDTA 4WJEA 1TIMA 4PH6A 5HWMA 4UXDA 1TV8A 3FOKA 5DCDA 1KTNA 1Z42A 4BFAA 3CIXA 2V5LA 1KLZA 4O1DA 2NUWA 3GYEA 4K6AA 3RF9A 1FDYA 5F4XA 3EWXA 5F1UA 1FCQA 1HTIA 3BG5A 4FIQA 1OYAA 1X1ZA 1QNVA 2NX9A 1BEUA 2LLEA 5G4EA 1XBXA 4D2JA 2QAFA 3B03A 3R13A 1QPRA 1LBLA 4Q32A 3H55A 2G96A 4ORMA 1X8FA 2VEKA 4Y9AA 4U4MA 2I9EA 2BTMA 4UFJA 4GRSA 3HJZA 4A29A 2X1RA 1YDOA 4RX0A 1H63A 4QSHA 4MPQA 4K39A 4POCA 3W86A 3KVJA 3GR8A 1ZENA 2DZTA 4J9JA 2ISWA 3IIZA 3TX9A 3A9IA 4YMZA 3G1HA 3ABOA 1W3NA 1W3TA 4QNWA 3WJZA 2Y6ZA 3IEBA 4JX4A 3LM7A 4BR1A 4WY0A 1AL7A 2EHHA 3PR2A 2WKJA 3W76A 3IIPA 2FPYA 3PY2A 2FPTA 3GKFA 4JX5A 3W2UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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