1SZE | Genus

Total Genus 128

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	412
structure length	392
Chain Sequence	GETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAYYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATALCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTAASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKFASRALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Cytochrome b2, mitochondrial
publication title	Altered Substrate Specificity in Flavocytochrome b(2): Structural Insights into the Mechanism of l-Lactate Dehydrogenation pubmed doi rcsb
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	128
structure length	392
sequence length	412
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date	2004-04-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00173	Cyt-b5	Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1szeA01

1LROA 3OA3A 1TJRA 1GG0A 3R8RA 2GQ8A 3LBMA 1LRQA 4FB7A 2OT1A 5DBUA 1EP2A 1B9BA 3PBUA 1ICSA 4ZQRA 4JTEA 1WOBA 1XFBA 1GWJA 2DORA 4WXZA 2ABAA 4Z1BA 1H7OA 4JTKA 4AWSA 3NEVA 4TR9A 2QAFA 4LW7A 5AYYA 2EGZA 4HHPA 4DELA 1KTCA 1F73A 2J88A 3W7MA 3KVJA 1A5CA 4L4MA 3NQGA 2TRSA 1AW1A 5A8GA 1YPIA 5HULA 3BG5A 1P4CA 1K8ZA 1SZGA 3P5ZA 3IIXA 3L0NA 4PA8A 3BLFA 5DLCA 4K7YA 3NPXA 1YTKA 3NL2A 5H2ZA 3PG8A 3GDMA 2Y88A 3CIWA 4X2RA 3W1QA 3AO0A 1TPDA 2NUXA 3L21A 2BSLA 2EF9A 1EWDA 3TQ0A 1YTEA 1WA3A 3ABOA 1KFEA 3TSBA 2J24A 2VOMA 1VJIA 3N9SA 2BXVA 1OYAA 5LNSA 1MXSA 4EIVA 1JCNA 3KFTA 4FIRA 3UY7A 2D73A 4GC4A 4LRSA 3TUUA 1KM5A 3FYOA 3NM3A 1H5YA 1SZFA 1W3IA 2YGYA 3BGGA 4MZYA 1HTIA 4O13A 1JUEA 1GVSA 3QM3A 3PWAA 2ZZ7A 3ZR4A 4XBSA 3DHFA 1M7OA 1TPEA 3QW4B 4K38A 4LNYA 5EBUA 3LHYA 3S1WA 3BLIA 1ONRA 3WFAA 4CNOA 4NX0A 5BMXA 3LCGA 4MY9A 1LLWA 3W2UA 3C3NA 1FCBA 5AYXA 4DXVA 2ISVA 2YDAA 3BGJA 1EUAA 3DH7A 3W75A 1LOSA 3DXIA 2CLIA 3NXFA 3GNDA 2FLIA 3IV3A 4AB4A 4QAIA 1PCWA 1XBZA 3SY5A 1VRDA 2NZLA 5EPDA 3MHUA 2CZDA 2JKEA 5IBXA 2NX9A 4GFSA 2HTMA 1WAUA 1UJPA 1TMHA 3L0GA 4U28A 5C55A 1NF0A 1JUBA 3L9CA 5F2GA 4EF9A 2YW4A 1FXPA 4MKNA 3M6YA 5DY3A 3TX9A 1J2WA 1Q45A 1YXYA 1T96A 2HSAA 1W31A 1ZY9A 5TQLA 2ISSA 1D9EA 1F2JA 3K30A 3NGJA 1GYLA 1FWNA 4M6QA 3EXSA 4PC8A 3N9RA 2C1HA 3W1PA 1H7PA 2ZRVA 2OT0A 3FLUA 3P62A 5DCBA 1VCGA 1P0KA 4GXMA 4Y96A 4LT9A 3LDVA 3W9ZA 4FNPA 1Z42A 4CQ9A 3DFTA 3W2NA 4FEZA 3SR7A 1PHQA 1ICPA 4H4IA 1VQTA 4JD4A 5TBOA 1TSIA 3HG2A 4O4WA 2G97A 2G5WA 4LY8A 1R30A 1FUYA 2YX0A 1UBSA 5HWJA 3DFSA 1TPC1 1H1ZA 1D3HA 3QPZA 1EP1A 3FJLA 1W56A 4JYEA 4Q33A 2QCDB 3QSRA 4OT7A 3MP5A 1W8SA 2ZZ1A 4IPIA 3KVMA 5E1QA 1ME7A 3QEZA 3TK7A 3DZ1A 2FPVA 1TV8A 4LUJA 3GDTA 3PM6A 1B4EA 1W37A 3W1LA 4BWLC 4DF0A 4E0CA 4UTKA 3G1YA 5AHLA 3MI6A 1KFKA 3BW4A 4ORMA 3NOEA 3E9AA 4MYXA 1Z44A 2ZBTA 2QEZA 2P0OA 5F4SA 2ABBA 4WZHA 1G4TA 1IIHA 4NUWA 4MIMA 4WY0A 4QNWA 1K8YA 1H7RA 4I7VA 5CPNA 5EL1A 1LM1A 1HO4A 3HPZA 2CLMA 4KFPA 1N55A 3S0CA 4NJGA 4S2BA 3W2JA 4HIBA 3IRDA 1QMLA 5U7SA 1S5WA 1QOPA 3MYPA 5D2XA 2Y7EA 4XTIA 5K9CA 1SO4A 3R12A 4XKYA 3QZEA 5AHMA 4OGZA 3W6YA 1W5NA 1SFLA 1JRCA 2E5DA 1VC4A 2FTPA 3NR0A 4RCXA 5CZTA 3EXTA 2B4GA 1O60A 2QR6A 3KRZA 1L6SA 1SW0A 3S8HA 2YPIA 1H63A 3IVSA 4AEOA 2QCEA 3VCRA 3DKLA 2CZFA 4OV9A 1DHPA 1L6WA 3JRKA 3FIGA 4DPQA 2CWNA 3A24A 2AAMA 4S1FA 1SO6A 4UTUA 4IOTA 1SUXA 1L6YA 3KHJA 4K37A 4N9BA 3MMTA 3HQ1A 2QJGA 3PSVA 3W76A 4Y90A 1XCFA 4FXSA 4N2YA 5AHNA 4JTLA 3BVJA 5K9DA 2Y89A 4LVFA 4GUGA 4MY8A 4WQ6A 4IX0A 1R2SA 2YFNA 2Z2UA 2PRHA 4N9DA 4PODA 4GWEA 5I3FA 3GYEA 1SR9A 3HJZA 4ICNA 1UUOA 3W1UA 1LRNA 4HKPA 3W2LA 1TQJA 2V8ZA 3A5FA 3DAQA 3NVTA 2QCMA 1I2RA 3DU0A 1TIMA 1T99A 5D2WA 1M6JA 4K39A 4N6EA 5DXXA 5AN7A 3G1HA 3YPIA 2WO5A 2X1TA 2QAPA 2ZDRA 4LVGA 3HG4A 3BLEA 1GPWA 3SGUA 3E49A 5HJLA 2GJNA 1PL9A 3TAOA 3E12A 5L9FA 4MY1A 1Q6QA 4JDBA 3BW3A 2HS8A 2VEIA 1P1XA 1U83A 4JTSA 1LYXA 3OEXA 4DO5A 2V81A 5D33A 2XN1A 4RKAA 3W1MA 3HPSA 2ZRWA 4DO4A 3OG3A 3DI0A 3UWYA 4IMDA 3IEBA 3C8FA 4N02A 1ZAHA 3NPVA 3HGRA 4X9SA 4O19A 4WXYA 3TE9A 3RK8A 1QWGA 3A21A 1DL3A 2V5LA 2XN0A 2ZA2A 3UNDA 3HF3A 3QW3A 1QPRA 1GVQA 2W0UA 3W7IA 4UTMA 5ABTA 3LHWA 5I3KA 2NX1A 3G8EA 4ZZ9A 5KSWA 4JY9A 4RZ5A 1R47A 4C1KA 4DPPA 1AL8A 2BX7A 4OU1A 2V2CA 2PURA 5KITA 4IGHA 1AL7A 4NVTA 2I1OA 2GVGA 3CB8A 3EX4A 3NNTA 4L4LA 2QUTA 3MJYA 1K8XA 1ICQA 4A22A 3G3DA 5LZLA 4LVDA 4UTJA 1FCQA 1OFDA 3BG9A 4MOZA 5D05A 1WQ5A 1IXQA 3V75A 1XDLA 4UIOA 4AH7A 4ORIA 3N14A 1VLIA 2QCFA 2H90A 1PE1A 4WY0B 1PHWA 3VFLA 3HIJA 1QNVA 3LCFA 4JTUA 4FXRA 2E6DA 2F7FA 3WK2A 3C6CA 1H62A 3P81A 2B7PA 1HL2A 2DZWA 1ZFJA 4YL2A 2E1DA 4XKYB 2R94A 3RNDA 4HNTA 4LOCA 3GAKA 1SFJA 2WNQA 3LXCA 4YMZA 1ME9A 4O50A 4JX6A 3C56A 3W2KA 3UXAA 1DBTA 4B5NA 3CU2A 3N19B 4PL2A 3NZRA 1VCVA 3W70A 1KV5A 1R2TA 3GZ3A 4BI5A 4NJIA 1P5BA 1SSGA 5HMSA 3HO8A 4FX7A 3P74A 3G0UA 3RF9A 2UV8G 3W7JA 3B8DA 5KTLA 1HO1A 1OF6A 3ANYA 1HFBA 1GVFA 5GVJA 5K4ZA 2TPSA 2EAWA 1KW1A 1XM3A 4FNTA 4MZ1A 1MZHA 5D2YA 1DVJA 4YCOA 3B0VC 2JGYA 1P0NA 5D2VA 4LRTA 3TAKA 4K8HA 2QDHA 4WD0A 4UUIA 4IUOA 1F05A 1H61A 3T4CA 4QJ1A 4FX8A 3GB6A 3C2RA 3QJAA 3R2GA 2VENA 1R2RA 4JTIA 1QDSA 2DZUA 1KM4A 2E5BA 2OJPA 5CSRA 3SFKA 3L5MA 3QQ1A 3LHTA 1OVDA 2GPTA 3FJ6A 5CZJA 1ZENA 4JYFA 2WOQA 1EP3A 1EWEA 2Z0IA 3QQ0A 4CCCA 1TQXA 4O1CA 5CG7A 3SGZA 3C0JA 2YYTA 5G1YA 4GUHA 3EWUA 4O4VA 2FDSA 3SI9A 3W7GA 3MUXA 3NQDA 4YXGA 1EIXA 1C29A 4M6PA 1C9DA 2QCDA 3MWAA 1TO3A 3FYPA 3C2OA 5F4WA 3UWUA 3EX6A 3TC7A 4GRSA 3GAYA 2VFEA 2O7SA 3O06A 6TIMA 1JCLA 4MFEA 3HBLA 3NQVA 5FF2A 4AVFA 4WJEA 2A85A 3PAJA 3OVQA 1KBIA 3MI3A 3LHZA 2V9DA 4H3DA 3TSMA 1SO5A 3NPWA 3GXPA 3M1ZA 2R91A 2NWRA 4MLRA 1QPOA 4O8RA 3EKLA 3LM7A 3THQA 5HR7A 4R7JA 3MBFA 3MHGA 5BNKA 1RQBA 4O12A 4RJEA 3L0KA 4AWUA 3INPA 1V5XA 3UYCA 4H6KA 1BKSA 5FEWA 2VC6A 1KTNA 1OYCA 1K02A 5G2HA 3S1VA 2ZZ6A 2NXGA 4XWUA 5EY5A 3OVRA 4QSHA 5LSMA 3HGOA 3L66A 3W1RA 2C16A 3LI1A 1TPVA 4I7UA 5AC8A 2R14A 4KKXA 5EMUA 3GK0A 4AWTA 2GQAA 2NXIA 4N4PA 1U5JA 1FQ0A 4X3ZA 3UPBA 1OK6A 5E93A 1I45A 3FFSA 1KV8A 3ATYA 5C2XA 1S3HA 3CWNA 4GUJA 4UFMA 1VYSX 1X1ZA 5C54A 1Q6LA 1TPH1 4Z1CA 1HG3A 3O63A 1OFBA 2YSWA 5L6UA 1ZNNA 1M5WA 3LB0A 4I7WA 2QJHA 1TREA 2ZA1A 1UCWA 4BR1A 2EHHA 3OBKA 4S2CA 4OBTA 4HNVA 1H7NA 1QR7A 4PEKA 1YDVA 4ZQNA 3WJXA 3SJ3A 1H50A 1SSDA 2A6LA 3KVLA 4FO4A 4QNEA 3W84A 1JCXA 3PG9A 3B4UA 3CLMA 4WOZA 3W73A 3STFA 1YXDA 5CSSA 1AG1O 2J9ZA 2CW6A 1VLWA 4NNCA 3UD6A 5E0KA 3ZS4A 3PBWA 1TTJA 3R89A 3KRSA 4O10A 3WK0A 2NUWA 2YFOA 2DU2A 4WX2A 2NV2A 1GYNA 3UZ5A 2ZA3A 3THAA 3O1NA 4E2DA 3SZ8A 2W79A 1YTDA 1TV5A 2JBMA 3GDRA 3QYQA 4IMCA 2VFFA 3H55A 3C52A 3S1UA 2H8ZA 2QF7A 3W7RA 4QISA 2QUUA 1LZOA 4UMCA 5C6MA 1VGAA 4IXXA 2ISWA 3DFOA 5K7JA 3TU9A 4O11A 3TXZA 3RLVA 3T7VA 3TNOA 3LOTA 1KFJA 4KFOA 3STCA 1EA0A 3NL5A 3M5VA 1CW2A 3UWVA 2R8WA 1MEHA 4BWLA 3E0IA 2OX1A 1XBXA 4FF7A 1GG1A 1YXCA 1R46A 1I2NA 5J5RA 2PC4A 1SZEA 3GKFA 3PC0A 3LTPA 4JGDA 1FCVA 3T44A 3F1QA 3I7RA 3FA5A 1GVOA 4UMAA 2VEPA 1X8FA 3WJZA 4NNAA 1LRTA 2DZXA 3RMJA 1JRBA 4XBKA 1OHLA 2Q3RA 1NSJA 2I9EA 2RDWA 1LOLA 2YYUA 4Z0SA 4KFNA 3EEGA 4O1DA 3W7OA 2YR1A 4UTHA 3M5ZA 5FF3A 4MPQA 4O57A 4WUIA 4RX0A 4MZ8A 5F1UA 1F74A 1KLZA 4MLJA 5CGQA 4Q4KA 2QCHA 1XKYA 3G24A 4XZ9A 1ZAIA 1SQ7A 2DJLA 4FNSA 4JYDA 1T8XA 3GKAA 3TJLA 2C13A 4C1LA 4MJZA 1O95A 3P84A 3DFQA 4FIQA 3B03A 2LLEA 3M7WA 3GIYA 3QRHA 3G0SA 3CWOX 3NZ1A 2YZRA 4UTIA 5T26A 2A7PA 1DQWA 4Y6GA 4O14A 1RPXA 2CLEA 4LVBA 3UPWA 3P60A 3A22A 3PULA 1YYAA 2G95A 1VS1A 1J5TA 3ATZA 2P10A 2Y7GA 3MI2A 1L9WA 3TMLA 3TH6A 1FWTA 4K36A 1IXOA 2AQWA 4RXFA 1WYIA 3OIXA 4AHPA 4BF9A 1N7KA 4O1BA 4AF0B 1QPQA 3W22A 2FPTA 3G1FA 2E6FA 3B05A 1A5BA 1GT8A 1QPNA 1LBMA 5BOOA 2V5BA 5AHFA 1PIIA 3R5EA 3LBCA 1XUZA 5G4WA 2J27A 3UXDA 4QITA 4DBDA 2Q3OA 1WXJA 5D32A 2TSYA 1W5QA 1F6KA 3SIZA 2ZZ5A 1G7VA 1FDZA 3EWXA 5LHEA 3SECA 1IIGA 5EA9A 1KM3A 3NG3A 1FWRA 3JS3A 4IMGA 1BEUA 1VYRA 3NL3A 4KWVA 4Q32A 2B7NA 3DGRA 2VKZG 2X2GA 3L65A 3HOJA 3I7SA 3EB2A 3NQ6A 1LLZA 3M0ZA 3F4NA 2CLHA 4G1KA 3P82A 2C19A 3IIPA 3L68A 4EWND 4ADTA 3P67A 4UR7A 4X22A 5F2IA 4UMBA 4JTTA 3CT7A 1GQNA 3N34A 2ALDA 3KVKA 3NQAA 5FI8A 5DY2A 4KWWA 4IPJA 2J9YA 2QJIA 3H54A 1DOSA 2IQTA 3GR8A 3HGJA 5I3JA 2VFDA 4UTLA 3PB0A 1F6PA 3S6DA 3FS2A 2H6RA 4IX2A 4BI6A 1OFPA 1T0OA 5F2MA 1THFD 4DBEA 4HNUA 2GJLA 3KRUA 1SW3A 2CZ5A 2RFGA 4N4QA 5AOUA 1I4NA 3TDFA 4JTFA 3S5ZA 2XFWA 4IQLA 3IVUA 5HWNA 4K7VA 4O53A 2WNNA 2X1RA 3TKFA 2V30A 1KM0A 1ADOA 4AHQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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