1T6DA

Miras phasing of the aquifex aeolicus ppx/gppa phosphatase: crystal structure of the type ii variant
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
303
structure length
302
Chain Sequence
IMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERMKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVMVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDLIVSDWGLREGVLVSEMLKEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords exopolyphosphatase
publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 103
structure length 302
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6dA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6dA02
4GNIA 4BR5A 2P9IB 2E1ZA 2CGKA 3CERA 3DAWA 4XH1A 2D0PA 4B1VA 4XH4A 1EQYA 4FPBA 1GLCG 2A6AA 2YHXA 2IVPA 2P9LB 2ITMA 3AAPA 5KPRA 5AQPA 5EX5A 4BRQA 3H3OB 4A62A 2Q0RA 4BR4A 3MCPA 3GG4A 3WEEB 2P9UA 3U9ZA 4BGBA 3L4IA 2E2NA 2D0OA 1JCEA 2ZGYA 3UKRB 4K41A 3H1QA 1ATRA 4FOEA 3VENA 1XUPO 2IIRA 3SJHA 3TU5A 4B1UB 1TYQB 4BVPA 3R9PA 3A5OC 1LOTB 3EO3A 3F9MA 3UKUB 3L6QA 1V4SA 3ZX2A 4K43A 4BVOA 3D2EB 1XC3A 2GEMA 2YI1A 2ASPA 2QWRA 2BUPA 1NGFA 3ZX3A 1HJOA 1HPMA 5AQYA 3SMPA 1YXQA 2P9PB 3CJ7A 2V52B 5AZIB 3AARA 2D1KA 4O8KA 2V7YA 4H5VA 1QQMA 2ZWHA 4J8FA 4BRAA 5ELZA 4IXCA 4B1WB 5LJVA 4DHYA 3O6WA 2QXLA 2CGLA 2H3GX 3LM9A 3CJBA 2CGJA 3H3NO 3FE1A 1NBWA 3VESA 4B1XB 1Y64A 2QWMA 3DWLA 3RSEA 5KPZA 4PKGA 3FZLA 4C23A 1SQKA 2Q31A 3O1BA 3U4LA 4CZHA 2D4WA 3BF3A 4HWIA 3D2FB 4MLHA 4FWSA 2F9TA 3VETA 1CZAN 5AFUH 4JAXA 1KXPA 3A5MC 1NGAA 5AQWA 2W40A 4ISGA 1DKGD 3FZKA 4H5NA 4BR9A 4QS7A 3UB5A 2FF6A 3KHYA 1KAXA 4BRDA 2DPNA 2P9NB 5AQIA 4A2BA 3MN5A 3JS6A 4LC9B 1ZXOA 4QS9A 4CI6A 5F0XA 3G25A 4BR7A 3CJAA 2VYPA 4H0TB 3M1FA 5KPTA 4EIAA 4AM7A 1U2VB 5BPLA 2I7PA 3ENHA 1NGEA 3C7NA 4FOIA 4H5RA 2QWQA 1TUYA 4BQZA 1NGJA 2Q97A 3GE1A 2GWJA 3WUHA 5AQUA 2P9SB 1NWKA 3H6EA 3I8BA 4FWOA 4FSVA 3VEXA 4BRKA 3VERA 1MWMA 5AQNA 5BRDA 2QWPA 5I9EB 4CZIA 3VEWA 3WXJA 2AP1A 5KQDA 3EL2A 2PAVA 3SK3A 3MN9A 4M7YA 5FPDA 1NM1A 3QBWA 5BPNA 2P9UB 3LL3A 2IVNA 5EXWA 5CE3A 4WQ5C 3VGMA 1TUUA 4BC2A 3HSCA 2EWSA 3ULEA 4CD1A 1NGBA 1WOQA 1GLBG 4IWVA 5AFUA 1BU6O 3CHWA 3DXKA 3WXIA 3B8AX 2FSNA 4FWMA 4JHDA 4CZFA 1MA9B 2UYTA 3MN6A 3W3DA 4GY2B 1C0FA 4H03B 3IMXA 4WQ5A 2HF3A 1G99A 4CBUA 2J4RA 2QWOA 3DXMA 3VEOA 4CZGA 3HTVA 2VCPA 2PBDA 3CJ1A 2GWKA 2A3ZA 3HBTA 1GLDG 2Q36A 5AQFA 3ZEUA 4AM6A 2A40A 3S41A 2FSKA 3O08A 1BOTO 4BRHA 3KZBA 2ZF5O 4NB4A 1U6ZA 3CJ9A 3EKUA 3QDKA 2KHOA 1RFQA 1QHAA 3CETA 4Y0WA 1K8KA 4H5TA 5EY4A 3FZHA 1YVNA 1D4XA 5AQJA 2V7ZA 2HMPA 4RCHA 3RSEB 4XH5A 2Q2RA 2FXUA 2A42A 1P8ZA 3BP8A 3QFUA 1XQSC 4M63C 1MDUB 5FPEA 3CIPA 4MO4A 4IZ9A 2A41A 4JNEA 1KAYA 3L0QA 4RTFD 5AQQA 3M3ZA 4BRIA 4CBXA 2VWBA 1DGKN 2W41A 4CD3A 1ZBSA 1BUPA 3EZWA 1GLLO 3VF6A 3U8XA 3H1VX 2Q1NA 4KBOA 3QFPA 3LDOA 5AQRA 1QQNA 5AQZA 4L3QA 2A5XA 4BREA 2NLXA 3VGKA 1KAZA 3IUCA 1Q18A 3QBXA 1QZ5A 4RWTA 1HLUA 4B9QA 4K25A 4H0PA 3BEXA 1NGIA 3J8AA 4CJ7A 2ASMA 4CZKA 2YHWA 5LY3A 3C7NB 3KVGA 3FZMA 3I33A 4BR0A 1LCUA 4BG8A 3QMLA 3FZFA 5AQMA 2FF3B 3HZ6A 4Z94A 4BC3A 5E26A 3ZX0A 5BN8A 1GLAG 3LM2A 3UE5A 5ADXH 5BR9A 5FPNA 4F9OA 2QWLA 2HF4A 4FWNA 4B1ZA 4MO5A 4FPAA 1X3NA 5AZJA 2OANA 5AQKA 3VOVA 1SAZA 1S3XA 1BG3A 3FFKB 5BPMA 2E88A 3EKSA 4H0VB 5E84A 3ZETA 4H0XB 3GL1A 3H45C 3GDQA 3WXLA 4BQLA 1HX1A 3WXKA 3A0IX 1BA1A 2GELA 3CJCA 3R8EA 4PL7A 1T6CA 4B1YB 5BN9A 3A5NC 3ULEB 1ZC6A 4FL9A 5AQSA 2NZTA 5BRFA 3DXKB 1C0GA 5JICA 3OHRA 1GLJO 3M6GA 4JHDB 3ENOA 5KQ8A 3ATVA 2P9KA 4JN4A 2E8AA 4FWPA 4BC5A 3O80A 3O1WA 2YJEA 3BF1A 3GBTA 1NLVA 5AQGA 4CZJA 3DXMB 3O5BA 3ZEUB 2E2OA 2QWNA 5EOYA 1QQOA 1ESVA 4BG9A 3AY9A 3VPZA 4MLEA 4EHUA 2YHYA 2AA4A 4O5FA 4BRNA 3IDHA 3VF2A 1BO5O 1K8KB 1ATSA 5AR0A 3GOIA 3HM8A 3VEZA 1JCFA 1NGCA 1JCGA 4BR2A 5ADXA 5B8HA 1RDWX 4I6MA 4NO7A 4E1JA 4HTLA 3ATUA 5AQVA 3U9DA 2YCHA 3MDQA 2IVOA 3BUZB 4ISFA 4JD2A 1NGDA 3CQYA 1GLEG 4BROA 4BRCA 2P9IA 1YAGA 1MWKA 1V4TA 3H46O 5BREA 1IG8A 3A8YA 1QZ6A 4IO8A 4WYBA 2E2PA 4PKHA 3CQXA 3AAQA 3JXUA 2P9LA 3MMVA 5JLFA 3VGLA 5EVZA 2HOEA 3SLCA 4EAHD 2ZGZA 4K42A 1SZ2A 3C0BA 3SMSA 2BTFA 4EHTA 3VEVA 4FO0A 4DCHA 4BC4A 4ISEA 3WEEA 2E1YA 4BRFA 2FLOA 3UKRA 2V51B 1GLFO 1YUWA 1BWFO 3MK6A 3W0LA 5LJWA 2QW9A 5AZJB 2Q0UA 4IJNA 4WQ4C 1TYQA 3ID8A 4CZEA 3VEYA 1T6DA 3UKUA 3ZETB 3D2EA 2CH6A 1ATNA 1HKBA 2ASOA 3A5LC 3WT0A 4XEIA 2P9PA 4WQ4A 5AZIA 1S22A 1WUAA 4CZMA 3QICA 3R6MA 3QB0A 4CBWA 1H1VA 1RGIA 4FWKA 4QS8A 4FWQA 1OKJA 4DB3A 2YJFA 4PL8A 2P9KB 1R59O 5F2RA 4A61A 3P4IA 3LDNA 3LDPA 4DQ8A 1DEJA 1Z6RA 1X3MA 3MN7A 5JMVA 5BRHA 4FWLA 1BDGA 3FR0A 2E20A 4BRLA 2CH5A 4CZLA 4A2AA 2E2QA 3WQUA 5AQLA 1X9JA 3O4WA 5AQOA 3D2FA 1NGGA 1NMDA 2GUPA 4H5WA 3CI5A 5AQTA 4H0OA 3HI0A 1NGHA 5JLHA 3VF4A 4BRGA 1E4GT 5TKYA 1Z05A 4FWRA 5F1XA 3DJCA 3IFRA 2NRHA 5FPMA 4H0YB 2P9NA 2QM1A 1IJJA 2I7NA 4I6MB 4YDUC 3LDLA 4BRMA 1BA0A 2FSJA 3O8MA 3FLCO 3LDQA 3D7EO 4PKIA 2GTDA 3TPQA 3WQTA 4BGAA 2F9WA 4JD2B 1U2VA 5AQHA 1J6ZA 1E4FT 1HUXA 1HKCA 4M7XA 3EN9A 4IJAA 1T44A 2WUSA 1HKGA 3FGUA 4YDUA 4BRPA 2P9SA 4EFHA 5AQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9IB 2CGKA 4XH1A 4N41A 4NCAA 1HNXK 2IVPA 2P9LB 3SI6A 1W97L 2A1SA 3PSIA 3THWB 1BL3A 5AQPA 1WN7A 1XHZA 1TK0A 2KFNA 4BRQA 4OPJA 1QQCA 1KFDA 5AJ3K 3G0ZA 3MCPA 1EP4A 3THYA 3GG4A 3WEEB 1NK4A 4CJWA 4K0KK 1X9MA 3SAFA 1JCEA 1RT1A 2ZGYA 1HJRA 4FOEA 4CK2A 4JI2K 1L3UA 4E0DA 2HHXA 3L2QA 1NK9A 1ZBIA 4Y1DA 3HOSA 2QK9A 3V9UA 4AHUA 1IBMK 2YX6A 3R9PA 1IBKK 1LOTB 3UKUB 4FLXA 1V4SA 2F7TA 4CJVA 4FM0A 1N6QA 1X1PA 2B4JA 2ASPA 4B9UA 3SMPA 1YXQA 3CJ7A 2JGUA 2OPSA 4J8FA 4H5VA 2ZWHA 4BRAA 4IXCA 3E9PA 4B1WB 1I39A 5LJVA 3O6WA 1HYZA 2CGLA 2H3GX 1LW2A 3T1HK 4GV9A 3MECA 1NBWA 3VESA 2NRTA 3RSEA 5KPZA 3CCEN 4ID5A 4NXMK 1Q81O 3O1BA 3U4LA 4K8ZA 1S6QA 3D2FB 4KRFA 2NRZA 2VG7A 3VETA 3SV3A 4DQPA 1KXPA 2RF2A 1Q82O 3LWLA 4QS7A 3L8BA 5AQIA 4M3WA 5GAHP 1EXQA 3JS6A 4QS9A 3AVMA 3F5TA 4CI6A 1KLNA 1KTQA 4CFBA 3ZLJA 4BR7A 4BWMA 4JK9A 4FCYA 3ENHA 1NGEA 4H5RA 4FOIA 4BQZA 3OYGA 3QESA 2Q97A 3GE1A 3G10A 3QINA 3WUHA 3G71N 3DLLL 3I8BA 3MWPA 4X64K 1MWMA 1ZYQA 4HCCA 1X9WA 4BE1A 3AVBA 3AVAA 4CZIA 2O8DB 3ITHA 3WXJA 5KQDA 3VMFB 4DQQA 4YFUA 4E7IA 3K57A 1TK5A 1FK9A 1U4BA 1NKBA 3QBWA 3ZSRA 4PUOA 3OA9A 1LAVA 4M3YA 2IVNA 1JJ2M 4GV3A 1RCHA 4JV5K 1YTAA 4WQ5C 3ISNC 2O8EA 2FBVA 3ULEA 4CD1A 3ZSVA 1IKVA 3K58A 1WOQA 1GLBG 5AFUA 5DM7L 3NH2A 4KH6A 4I9LA 3P5JA 3B8AX 4LD0A 3WXIA 4A59A 1BCMA 2FSNA 1MA9B 4H03B 1C0FA 3IMXA 4CGHA 4DTMA 4DR5K 3AVHA 2FBTA 3AO5A 3VEOA 3ZYYX 4KREA 4AM6A 2GWKA 2A3ZA 3HBTA 1GLDG 2Q36A 3ZEUA 3CF5L 3SUQA 4IFYA 3QEVA 1BOTO 2KZMA 3KZBA 1VQPN 2ZF5O 2GBZA 4CF8A 3OS2A 1U6ZA 3EKUA 3CMAN 1DTTA 3ZSWA 4OPKA 4IG0A 3NDKA 4CECA 3S9HA 2BH1A 3SAGA 1FXXA 4XH5A 1Z26A 3K2PA 2A42A 1P8ZA 4M63C 4M41A 3S3MA 1VQ7N 3VTHA 1C6VA 5GIPA 4BRIA 1NG9A 3HRGA 1Q7YO 2W41A 4CD3A 3K59A 1ZBSA 4DR4K 2HNYA 3H1VX 3KLFA 3LDOA 2PFUA 3T1AA 5AQRA 4L3QA 4BREA 3VGKA 1WSGA 2P51A 5I42A 1YF5L 4RWTA 4RW8A 3PSFA 1NGIA 4B3RK 4A57A 4GVMA 4Z0UA 3CYMA 1SKRA 3CCSN 1ITGA 2YHWA 4DF4A 1RT6A 2G8VA 5HRNA 3J81O 3I33A 3DLEA 1VSHA 3FZFA 2FF3B 3OJUA 1JLQA 4UQGA 3VN5A 5E26A 3K9JA 3HPOA 4M3UA 3SQ0A 3UE5A 5BR9A 4YOYA 4E3SA 1W0HA 2BDPA 1S1XA 1EX4A 1X3NA 1RT7A 4H4MA 2O8BA 4E7HA 1VQ6N 4HUGA 1S3XA 5BPMA 3FFKB 2G8KA 3LP1A 5C10A 3HVRA 4FJLA 3VQ8A 4XIUA 3WXLA 4BQLA 4DV4K 3WXKA 1S5JA 4OPAA 2RHKA 3HSTB 1BA1A 3CJCA 4V19S 4FK4A 1T6CA 3OBYA 3PY8A 3PLAA 3N4PA 1VAZA 5CHIA 2RPIA 3DXKB 5JICA 3OHRA 5J2NA 4JHDB 1R0AA 4B9NA 5CYQA 4JN4A 3NCIA 2O4IA 2E8AA 1HNVA 4DU1A 4B9TA 3O1WA 2KW4A 4CZJA 1KQSM 3O5BA 3A2FA 3AO4A 3ZSZA 4B9VA 4BG9A 3VPZA 4MLEA 3ZSOA 4E89A 4BDPA 4O5FA 3HP6A 4CE9A 3D6RA 3OYLA 1K8KB 4EZ6A 5A2QO 3OYJA 3NAEA 3GOIA 2O4GA 2D0CA 5B8HA 3MEDA 1RDWX 1K8AO 4F3TA 3ID6A 4KH4A 4E1JA 4HTLA 3U9DA 3HT3A 3MDQA 1REVA 3BUZB 5HROA 1L3VA 1QTMA 1HQEA 5C12A 2OTLN 4RW6A 2NRWA 4BROA 2NUBA 4FJ7A 2F96A 4DU3A 1C0UA 4KH5A 4DUYK 2PYLA 1QSYA 3MMVA 3QERA 5EVZA 4C1NI 1VQKN 1RTHA 5KI6A 3VA0A 1WSEA 4UY8O 3L2UA 3QIOA 3NMUA 1W7AA 3TTDA 1RTDA 1W2BM 3LPTA 3UKRA 4CFAA 2HNZA 1YUWA 1BWFO 2Q0UA 4IJNA 4BDZA 5M1OA 5TKWA 4G9ZA 3J7ZO 3CCLN 3U3YA 4U7BA 2CH6A 2HBJA 4JKGA 1ATNA 4DFKA 2OYQA 1ASWA 3A5LC 4J2DA 1VSIA 4GVEA 4WQ4A 4DU4A 1NK8A 3CCJN 1SUQA 2PY5A 4B3SK 4IOXA 3E1YA 4DV3K 3O3FA 4DB3A 2YJFA 4C8OA 2P9KB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4JI7 K;  3RRH A;  4CGG A;  1LWE A;  3AA3 A;  2P9P A;  4JK7 A;  1NNE A;  5CZ1 A;  3KJV A;  3DLG A;  2QEX N;  1RT4 A;  3TAF A;  4LFA K;  3R6M A;  4CBW A;  1G15 A;  1H1V A;  4CF2 A;  4FWK A;  4QS8 A;  4DTU A;  2HMI A;  4ICL A;  4FWQ A;  1NK6 A;  4OVL A;  4PL8 A;  5F2R A;  4A61 A;  4DV1 K;  4KPY A;  1DEJ A;  1KD1 O;  4WFB L;  4FWL A;  5C25 A;  1BDG A;  4F3O A;  1FKO A;  3K9K A;  3KLI A;  4GV6 A;  2O8F A;  5AQL A;  1NMN A;  3SBT A;  3HJF A;  2GUP A;  3CI5 A;  3LZI A;  3HI0 A;  1L3S A;  1E3M A;  2GX9 A;  3J80 O;  3U3G A;  5FRN A;  2P5O A;  1JXE A;  3ASM A;  2P9N A;  2I7N A;  1D5A A;  3VQP A;  4E1N A;  4JI8 K;  2O8C B;  2UXC K;  2BE2 A;  4BRM A;  2FSJ A;  2F4V K;  5JS2 A;  2YNH A;  3RMA A;  2B5J A;  3TPQ A;  1BI4 B;  1NK7 A;  4BY9 C;  2F9W A;  1YJW N;  4JD2 B;  1N8R O;  3EN9 A;  1EO1 A;  1T44 A;  3WNE A;  3QEP A;  2AJQ A;  3PIP L;  4BRP A;  2P9S A;  1Y97 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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