1T96A

R106g kdo8ps with pep
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
263
structure length
256
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCGQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title Effects of the Arg106==>Gly mutation on the catalytic and conformational cycle of Aquifex aeolicus KDO8P synthase.
rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 91
structure length 256
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2004-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1t96A00
1GT8A 2RKXA 3I65A 3D0CA 3LBMA 3DFQA 2VFDA 4Y9AA 1H51A 2VENA 4K7VA 5FEPA 1EA0A 2WSRA 1TREA 3E9AA 4GXMA 4BWLC 1YYAA 3C2OA 4LRSA 5LGXA 4EVZA 4NJHA 3GNDA 1WOAA 3S6DA 1XL9A 2V8ZA 1SSGA 4K39A 5D2TA 3BLIA 4ZL1A 1JCMP 3PBWA 5EBUA 3EX6A 3LI0A 1WX0A 4FHAA 3VE9A 2EF9A 4XKYA 2IQTA 2WOQA 5D37A 3BV4A 1SU5A 3BGGA 3FYOA 4Y90A 1FCUA 1LLWA 3NZ1A 2O7QA 4LVFA 1DV7A 1YPIA 5D30A 2B7QA 3TU9A 3MYOA 5AHNA 1EWDA 3QSRA 3W6YA 3LX9A 3W1AA 2J9ZA 2H8ZA 1YPFA 3LLDA 5F4WA 3SFKA 3PM6A 1TPFA 4O15A 3IVSA 5IM51 5IBXA 3G1FA 2VFHA 2YYUA 1TTJA 3QW3A 1PV8A 3TE9A 4UTWC 1CW2A 1N55A 1TO3A 3HF3A 1PE1A 4FX8A 5D04C 3C52A 3PUOA 4YCPA 4MZYA 4O0ZA 4IPIA 3SY5A 2VKZG 1DKWA 1XI3A 2B7PA 5K9DA 3S5ZA 5AYYA 1AL8A 5I3HA 3SW6A 4KFPA 2GJNA 3HGJA 2JGQA 4BI6A 1CI1A 1H7XA 3B0PA 2I14A 1P1XA 5U4NA 1IIHA 1GPWA 2V2HA 3NL5A 3TCEA 1VR6A 1DJQA 3N34A 1GYLA 2GPTA 4FNPA 1EUAA 1G4PA 1R2TA 1I2RA 4LNYA 2QCLA 3W1QA 3LBCA 4TX9A 3VCRA 5D32A 5D33A 5DN1A 4JXCA 1ICPA 3OBKA 1GEQA 1FWTA 3UY7A 1DOSA 1GVSA 5CPLA 4KKXA 1N8FA 3W7QA 2UV8G 1SZNA 2V2DA 4RZ5A 3ZFHA 1KV8A 4FNRA 3VKJA 4DELA 4E2BA 1F76A 2R14A 2VOMA 1TTIA 3TFCA 1VCFA 2GVJA 1AW5A 2RH9A 1THFD 2DZPA 1EP2A 1FDZA 2CWNA 2GVGA 2OCZA 1GVFA 4O57A 1F2JA 1W3TA 1VZWA 3LHUA 4MLJA 4Z1DA 2WQPA 2E6AA 4MIMA 5BMWA 3W7IA 2B4GA 3G1VA 1PCWA 3KXQA 4UMCA 2YFOA 3C6CA 3QRHA 1QOPA 4Y96A 5HQEA 4PL2A 1JRCA 5G2WA 3UD6A 2ALDA 3A24A 4UC5A 4QM1A 1GTEA 1UASA 3EKLA 3OIXA 4YLWA 2CFFA 1M7PA 4DF0A 3LDVA 2QUUA 1TPC1 3ABQA 4WY0F 6TIMA 1RD5A 3C61A 1ZAJA 3W07A 2ZCGA 4JTTA 1OF8A 1FDJA 4CNNA 3CPRA 4RK8A 4XTIA 3C3NA 1I8JA 4MPQA 1VQTA 3M41A 3G0SA 5F1VA 3S5OA 1GYNA 1UCWA 4GUGA 1JULA 2ATSA 5F2MA 4O28A 3S1WA 1OX4B 1PL9A 2PURA 2E1DA 2A7RA 3STCA 3IRDA 1K02A 1IXOA 3M1ZA 1AMKA 4WX2A 4JTGA 3W1PA 3LCWA 1O60A 4XWUA 3WK2A 1Z41A 3GR7A 1SFLA 2A6NA 5BMXA 1K8XA 2ABAA 3MHUA 5D03A 3W73A 4DPPA 4WJEA 1J5TA 1A5CA 2TYSA 2CLIA 1XM3A 5H2ZA 1ML1A 2RHGA 2YPIA 3PSWA 5CZSA 2ZYFA 1NF0A 4AHPA 5HR7A 4IGHA 3NVTA 3C2FA 3CEPA 1NSJA 3LHTA 3QMRA 1XBVA 5FF2A 1X6UA 3KVLA 2F7FA 2XN2A 1WAUA 2FPVA 1J4EA 3M47A 4FNUA 4N9DA 4NNCA 1KFCA 1SZGA 4W9TA 3LXCA 2EGZA 5F2IA 4JYEA 2RDTA 3W2UA 1SW3A 3OVQA 4S2BA 4LV9A 3STEA 1KBJA 3LHZA 4ZQMA 4RR4A 3TW6A 5DLCA 4BWLA 2C6QA 1H60A 5J5RA 2QF7A 3W7OA 4NNBA 1LM1A 2C3ZA 1DQXA 3TMQA 1OG0A 1DL3A 3LTYA 4HHPA 3M5XA 3W1UA 3B0VC 3EWXA 5I3FA 1FWWA 1EB3A 4HT3A 1W5MA 2HTMA 2E5BA 3FOKA 5AN7A 5MHBA 3IGUA 4YMZA 1YXYA 3GDLA 5D38A 3I7QA 1EUNA 3THQA 3EXSA 1I2PA 4MJZA 3S1VA 1C29A 1CX9A 3MYPA 4GUJA 4DQWA 1EEPA 1W8SA 5LNWA 4ZQOA 3OVPA 3OVRA 3S8HA 3UWYA 8TIMA 3IIOA 5HMSA 5G1TA 1FWNA 5AYZA 3JS3A 3DU0A 1V5XA 3FFSA 3P61A 4BF9A 1NFBA 3MP5A 5EMUA 4LVBA 1T0OA 2Y7DA 1LORA 4NT0A 1K7XA 5D2WA 2P1FA 4D2JA 2PE4A 3BG3A 5K4XA 3NZRA 3MBDA 4AF0B 3BGJA 4WY0A 1O5KA 1QCWA 3TC7A 1T96A 3EXRA 2E5CA 4DF1A 3ZS4A 1ZENA 2QJHA 2EAWA 3P82A 3NDOA 2VEMA 3E0IA 3L21A 2F84A 2A6LA 1J2WA 1SR9A 3OEXA 2PCQA 2V2CA 3O15A 5I3GA 2VXNA 1WBJA 1ICSA 3RNDA 2X2GA 1OFEA 4IOTA 4K36A 2Y85A 3VE7A 4NVTA 2QCDB 3MI6A 1KM1A 5FF4A 5D09A 3DFPA 3QEZA 4LRTA 4LV4A 1UBSA 1LZOA 4O11A 3LCHA 4JN6A 3P67A 4GUHA 2OT1A 3W7LA 4ORIA 4LS2A 5BOOA 1B9BA 5HWNA 3BLFA 1O95A 2Z6JA 3GAKA 1YTEA 3HG3A 3HG4A 3N73A 2VFEA 3HGOA 1IXNA 1OYBA 2ABBA 1TB3A 1W3IA 2OX1A 3K30A 2FPYA 1BWLA 4MFEA 3NPVA 3AJXA 3TW7A 1M6JA 3IIZA 2VELA 1F73A 1UJPA 1LBFA 1OYCA 3P74A 2YSWA 3W2JA 3W70A 4HIBA 2QCEA 5F2LA 1LLZA 1H1ZA 4MLRA 3TV8A 1KA9F 3W7HA 1OHLA 4J9JA 4RKAA 2ISWA 4S1FA 4NU7A 4OWGA 3GZ3A 1P0NA 3CC1A 2A4AA 2QCNA 2YCEA 4AHQA 4Z0JA 1LROA 3SI9A 2P0OA 4N4PA 3PBYA 4N6FA 2QR6A 1PIIA 1S3HA 3W1RA 4QAIA 3MUXA 3WJXA 3B04A 4PODA 4N2YA 1QFEA 2QUTA 2J9YA 2NV2A 4M7TA 4UFLA 5C5YA 4K8EA 3TSBA 1EX5A 5BRBA 3PF3A 4POCA 1Q6RA 2GQ9A 4TMBA 4KFOA 3F4NA 1NAL1 3W7JA 3S9YA 1H5YA 5DXXA 4UTJA 1ZFJA 4I7UA 4KWWA 3GVGA 2WKJA 4JY9A 1TPWA 2FB2A 3KRSA 4ICNA 4FEZA 4O17A 4HSNA 4M19A 1VLWA 3NM1A 3SZ8A 1K3UA 3PSVA 4IMCA 1MXSA 3DFOA 2AQWA 1I4NA 2GUUA 2V9DA 2WNQA 2GJLA 1RV8A 1Z42A 3Q58A 5FI8A 3ABOA 5TIMA 4S2CA 3CIXA 2VFFA 4FX6M 1XCFA 1YDNA 2CLEA 4N02A 1W5NA 1W3NA 3IGSA 2RFGA 1H7RA 1R46A 2CLKA 4IMGA 2H6RA 1SZEA 3TAOA 3S42A 4M5PA 3EWBX 3M16A 2OJPA 1JUKA 1Q3NA 2X30A 4JTLA 3SR7A 1Q6QA 3W2NA 4JTIA 2Y7GA 1H7PA 4ADTA 3TH6A 1F5ZA 1G7VA 1GVQA 3DKLA 1F7BA 1SO3A 3R5EA 5LNSA 1YDOA 4PEKA 2Y7FA 2R8WA 2PRLA 3NQEA 3MHGA 3NQFA 3LCGA 1W5PA 1IXPA 3CTLA 2H90A 2NUXA 2DZSA 5F4SA 3NL3A 3DI0A 1ZCOA 5EL1A 4QISA 3UWQA 1X1ZA 4XQ6A 3F03K 2Y61A 3F4WA 5EPDA 1PHWA 3HO8A 1ME9A 2J88A 1H7OA 2E77A 2A5HA 3DFSA 2BXVA 4IMEA 4P2VA 2A1YA 5AB3A 1R47A 2ZA3A 2ATMA 3LCFA 3P81A 5AC7A 4JGDA 2Q8LA 4KWVA 4ZQRA 5DCDA 3LRMA 4I9AA 5HUPA 5K4ZA 5D05A 1FWSA 4YWIA 3LGEA 3BG9A 4X3ZA 4Y8FA 4GE8A 2YW4A 5CZTA 4X9SA 2I1OA 3G3DA 1XXXA 4FO4A 3JRKA 4CLMA 3TXVA 1NF7A 5D02A 1KM6A 2OT0A 5FF0A 4MFDA 4H3DA 1IGSA 2DZUA 4OT7A 3W7RA 4JYFA 2WSQA 4G1KA 3A5VA 3Q2DA 4BI5A 4K38A 2BLEA 4O16A 3OA3A 1ZAIA 4O19A 4GC4A 1HO1A 2JK2A 3HGRA 3O07A 3TIMA 3M44A 1T8XA 4MJMA 3IV3A 3MHFA 1FCBA 3IIPA 1FDYA 2ZRWA 3EXTA 3DZ1A 4GNJA 1BTMA 2QDGA 3IVUA 3LXBA 4ALDA 5I3IA 2QDHA 5HR6A 4HPJA 4M6VA 4TMCA 1TTQA 3QQ1A 2A21A 3O6DA 3TX9A 3NQDA 2H3DA 4OU1A 1LCOA 4LOCA 1KM0A 3PUEA 5G4WA 4UTTC 1SSDA 4A21A 2Y70A 4Z1CA 1EP3A 4NUWA 3UWUA 2J24A 3CWOX 3AO0A 1QDSA 3A23A 1QPOA 1VPXA 3W83A 3W1NA 3QQ0A 4UNKA 4ADSA 3I7SA 1JCNA 4R33A 3O6CA 3TROA 3VNDA 3DI1A 3C4UA 3HGSA 4HN4A 2JKEA 3LCIA 1YDVA 3Q37A 1WQ5A 3W7NA 3ELFA 4RXGA 1XDMA 2B7NA 1KFKA 4GBUA 1QO2A 1SO5A 4LU0A 2I9EA 3N19B 3U2OA 3GDMA 5DBUA 1K8ZA 4DO6A 4RX0A 3QMTA 2YW3A 3LV5A 4AWSA 3PY2A 1OX4A 2ZFAA 3HPXA 5HJLA 3TXZA 4IWWA 4TIMA 3G1DA 2ZTJA 4TR9A 1AW2A 1XUUA 1KM5A 2FIQA 3QM3A 3PG9A 3B4UA 1YXDA 2BTMA 3NG3A 2NWSA 1PVNA 4NXSA 4HNTA 3L0NA 3FEMA 4ORMA 4ZQPA 4PCFA 1LRQA 4CQ9A 3TC6A 1SW7A 4UXDA 3GXTA 3TQ0A 3M0ZA 4LTSA 1Z44A 1L6YA 2E6YA 1GZGA 1VCVA 4UFKA 5D2VA 3G18A 3NQGA 1C9DA 4CQ8A 4BI7A 4WOQA 3FA5A 2P10A 2V5BA 2CLHA 4IXXA 1DHPA 3SECA 2DJXA 1RVGA 3I68A 2Y7EA 3W7PA 4UTMA 2BX7A 5CG7A 1I45A 5E1QA 3TSDA 3L5AA 4RCXA 3GKAA 1FX6A 1W5QA 2WO5A 3BPWA 4E2DA 5EYWA 2BSLA 3EB2A 1SFJA 4O1AA 5D2XA 4FNSA 2Y6ZA 2VFIA 1K7EA 3RMJA 3L0GA 5CPMA 3W74A 4YCOA 3G8RA 3O1NA 4HNNA 1H62A 1HG3A 5K9XA 4FXSA 3L2IA 1VYSX 4FB7A 4BK9A 5HULA 3B0UX 4MOZA 5TQLA 1FUYA 1YTKA 3EWYA 2CW6A 3N2MA 3GDKA 3RLUA 2KZHA 3W1XA 5KMYA 1QNVA 2C0AA 3M5VA 3S1UA 3WJWA 4MZ1A 1LOLA 2QJIA 3MP3A 2OZ0A 1JJKA 1G6CA 3BLEA 2YGYA 3GB6A 4IQLA 4MYAA 3UWZA 4JX6A 3SGUA 2NX1A 3CIWA 2WV8A 4EIVA 4UMAA 1W54A 4JIPA 2C15A 3L9CA 4M6PA 3PBVA 4IX0A 1FCVA 1QPRA 2FPTA 3O63A 3NA8A 2VEPA 1GJPA 3GDTA 3DHDA 3NQMA 1VHNA 3DXIA 3G1AA 3KFTA 3W84A 2G95A 3WK1A 3FLUA 1VRDA 1Z48A 1B4KA 3NYZA 3PBUA 4QNWA 3TR2A 4WD0A 1TPEA 2EHHA 2VEKA 3SIZA 4UTUA 1XC4A 2Y89A 3KVKA 3P5ZA 3PB2A 1TJPA 3GKFA 3W2LA 1BKSA 3N3MA 1OFAA 4K7YA 5I3KA 1UB3A 1X8FA 4JTHA 3E49A 3S5YA 2PRMA 1LDCA 5AHIA 3M6YA 3DHFA 1FCQA 2NZLA 1M5WA 4RZ4A 1G4EA 5K7JA 4MZ8A 2AGKA 1KM3A 2QUVA 4TO8A 1ZY9A 3W7DA 3ATZA 3S1XA 2V0TA 4O52A 2Z2UA 3FS2A 3PR2A 3GX9A 3UQNA 1TPDA 5HWMA 3N9SA 3MW7A 3OG3A 3U8GA 3LM7A 4XBSA 3UNDA 1L6WA 2JKPA 4R53A 1W1ZA 1TYGA 1WDWA 3NQ7A 3C56A 4LT9A 3WJSA 1TPUA 3E02A 4NZJA 2QCDA 3C2EA 3P5YA 3ZWTA 3T78A 1B3OA 3TMLA 1TSIA 1ZNNA 2B0MA 1VHCA 2TSYA 3TSMA 2TRSA 4N6EA 2W79A 4NNAA 2FTPA 4N9CA 3SGZA 4PTNA 2ZRYA 1JCXA 1IXQA 3LV6A 3B05A 3P84A 2C18A 4HPXA 1JQXA 1OFBA 3THAA 2JGYA 3N14A 4I7VA 4MY8A 5KITA 3BK0A 1KBIA 3QSTA 3WJZA 4UTTA 3B03A 3ZWSA 1H1YA 4O0KA 3O8AA 1KFLA 3KRUA 3PULA 2NWRA 1AK5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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