1T99A

R106g kdo8ps without substrates
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
256
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCGQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title Effects of the Arg106==>Gly mutation on the catalytic and conformational cycle of Aquifex aeolicus KDO8P synthase.
rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 90
structure length 256
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2004-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1t99A00
3JS3A 2GVGA 3GDRA 1LP6A 3ZR4A 3VE9A 2BWGA 3HF3A 3NA8A 1X1OA 2FPVA 4LV9A 1UASA 5LHEA 1GEQA 2C19A 4NJJA 1VLIA 4O54A 4R7JA 1IIGA 1F05A 3Q58A 4DF1A 2HMCA 1ALDA 1H7NA 1VYPX 1IXQA 3IGSA 1EUNA 5F1UA 4O1BA 3S1UA 3LTYA 2ZA2A 2QCCA 4JXCA 3IEBA 3PSWA 3TE9A 5D03A 4BR1A 2Y61A 4R34A 4UIOA 2NLIA 1LYXA 2BSLA 1P5BA 3WK3A 1OVDA 3PC0A 5E93A 4FHAA 4LOCA 1X8FA 3HGRA 4LVGA 1XM3A 3P67A 1EP2A 4O4WA 4UMCA 3SFKA 1GPWA 2QCLA 4A22A 5G2WA 3W2MA 2E09A 3I7QA 1V7YA 3TMQA 4Q4KA 2RDTA 3GB6A 4FEZA 2Z2UA 5HWNA 2OMAA 3JRKA 2O7SA 1TMHA 1X7FA 2RDWA 3A21A 3UY8A 1PCWA 3WJXA 4O10A 3TQ0A 2QUTA 1GOXA 1XI3A 5F2IA 5G5IA 4MJZA 1KFEA 2QUUA 5DCDA 1DOSA 5D30A 1Z44A 1YXCA 3MI3A 3C52A 2F84A 1TRIA 2NXHA 2NWSA 3THAA 1OYCA 5HQEA 1HTIA 2ALDA 1Z48A 6ALDA 3L0GA 3LXCA 4MYAA 4AWTA 4NX5A 5I3IA 3L21A 4GJ1A 1W0MA 5HJLA 2A7PA 3DI0A 5FF4A 3HPXA 1MZHA 2BX7A 3LHYA 1XUUA 2C1HA 2Q8ZA 4JN6A 4XTDA 5L9FA 4WQ6A 1K3UA 3G1XA 4LW7A 2Y70A 3NZ1A 2VFEA 3LV5A 1GQNA 2QCGA 2A7RA 4KWWA 3G3MA 3A5VA 4JYFA 4O4VA 3P8JA 4PODA 4UTTA 2V82A 1VPXA 1L6WA 2E5BA 1JJKA 1RR2A 4QNEA 5HNRA 1F6PA 4HHPA 3E96A 1SPQA 1KFBA 3V75A 5KSWA 2JGYA 4LVAA 2CLFA 4L4MA 4W9TA 2VFDA 3C0JA 3NL3A 3EKLA 2XN1A 5C54A 4UTMA 3E9AA 1F5ZA 3R89A 3TV8A 2V8ZA 4MZ1A 3P5ZA 2A6LA 3TCEA 3OVPA 3B05A 1B4KA 3S1XA 1W5QA 1EB3A 4O28A 1UUOA 2PC4A 2FFCA 3HGOA 4OV9A 3BW3A 1QPQA 1SFJA 3GXPA 2ATSA 3KVJA 2Y7GA 3MP5A 3M41A 5F4XA 2UV8G 1TTPA 2J9XA 1HUVA 5HR7A 1JULA 1U5JA 5AYYA 5H2ZA 2VXNA 2DZSA 4LRSA 2EAWA 1HG3A 1LOQA 3EX1A 5IBXA 2GQ9A 3O07A 1KFJA 2B7PA 3RFAA 1MEIA 1XUZA 3L66A 1WXJA 3FYPA 3W7KA 3LHTA 4C1LA 3O16A 3LCXA 3R2GA 3O05A 8TIMA 3PUDA 4QM1A 5DY2A 2FLIA 3N14A 1NF7A 2Z6JA 2HS8A 4DPPA 1ZNNA 3EWWA 4ZQRA 3ABOA 5K3VA 1XBVA 3TXVA 1G4SA 4A2RA 3M5VA 3GDLA 3RMJA 1DHPA 3QYQA 3D0CA 3H54A 3NPUA 1W37A 1WAUA 3L9CA 5BOOA 1UUMA 4RZ6A 3TW7A 1VQTA 1JCJA 3AO0A 1W54A 1J4EA 1DL3A 3HIJA 2AGKA 3NPXA 1JUEA 3TDFA 5ABTA 1TPWA 3NL2A 3KRZA 3IIPA 1OFEA 3DH7A 1G67A 1RQEA 5FEPA 3ZWTA 2RH9A 2CW6A 2Y7FA 3W84A 1JCXA 1LORA 4P2VA 4WX2A 2ZDRA 5MHBA 2J9ZA 4JGDA 3TJXA 2GQAA 4AH7A 2J6XA 3HG5A 2X1SA 4I9AA 1VCGA 1GYLA 4HIBA 3FS2A 4XWUA 4AXKA 1Z42A 3R5EA 3UY7A 1TV5A 2YXGA 5F4WA 2J24A 2H3DA 4JX6A 2Z6IA 4O0KA 4O8RA 5AN7A 3SR7A 5GVJA 1WA3A 3ABRA 4XKYB 4FX6M 3PWAA 1E51A 1J2WA 1BTMA 4MFDA 1W5NA 4CCEA 4NU7A 4EVZA 2NV1A 3ABSA 2ZTKA 1KTNA 4O11A 3STEA 3M47A 3M7WA 3SZ8A 4IPJA 2BZNA 1OK6A 1B57A 1YXDA 1A5SA 4JTKA 5EKYA 3YPIA 3ZWSA 3LLDA 3S42A 3W07A 4FNRA 3S9YA 3K30A 3U8GA 3NGJA 3QEZA 2TRSA 1VH7A 4MOZA 2YX0A 1F6KA 2X30A 1FDYA 4JTJA 5DCEA 3W72A 1TTQA 4K37A 3IIZA 4S2BA 2EHHA 1VYRA 5CG7A 4JY8A 3CIXA 5I3FA 4LV4A 4WXYA 1GG1A 2YR1A 1TPFA 4LVFA 4K8HA 4LT9A 4AF0B 2J88A 3GXNA 5EPDA 2ZA1A 3U6WA 5FF2A 2BLEA 5G4WA 2OJPA 1SZNA 1B9BA 2Y7DA 4JNMA 4N6FA 3P62A 4EWND 3QQ0A 1S3HA 3HPSA 2GOUA 3DKJA 4CNPA 2PE4A 3LCLA 1JRCA 1QO5A 1R46A 5DXXA 4DEFA 3N9SA 3BG3A 1NSJA 4L4LA 4IPIA 2WO5A 2GJNA 1SO3A 1K7FA 3F4NA 3FKKA 4IXHA 3DBPA 4P61A 2Y88A 2VFGA 1I2PA 4E0CA 2YDAA 3G0UA 1FXPA 4N02A 1SSDA 2C6QA 4EOUA 1CX9A 3W7MA 2X1RA 3A22A 3S6DA 2RDUA 3NQ7A 3L0KA 3B0PA 2CLKA 3QSRA 5LGXA 2TSYA 4X9SA 1OX4A 4JICA 1IXNA 2YSWA 3BARA 5E1QA 1AW2A 3S5ZA 2ISSA 5J5RA 1OFDA 4QJ1A 4IXXA 1T8XA 2HS6A 2YFNA 5AHLA 2ZTJA 3A24A 1S5TA 3HG4A 2DZPA 3UWVA 3ZS4A 4UCGA 3T44A 3UQNA 1ICQA 3B0VC 2X1TA 5CGQA 3NR0A 4R53A 2EF9A 3GLCA 3EX6A 4NJHA 3IVSA 1VZWA 3LXBA 3W88A 5AHFA 2O7QA 1TQXA 1QFEA 3BK0A 4RJEA 1W1ZA 3FKRA 4JTFA 3IV3A 5D04C 3CEPA 3NEVA 2OT1A 4LC6A 1QWGA 5F4SA 3L5LA 2ZRUA 2WV8A 3VFLA 1A53A 2DORA 4N9BA 2JKPA 1LRNA 1RQBA 2B4GA 1LRTA 1RV8A 4HN4A 5C2XA 4A3UA 4UMBA 4QNWA 1M7PA 1ZY9A 5HUPA 3N19B 2P10A 2R14A 1TCDA 1LROA 4GRSA 1PHWA 3I6RA 1WQ5A 4CQ8A 4MY1A 2JGQA 5D05A 4BF9A 2DJXA 2FPTA 3P60A 4K8EA 5FEWA 3W2NA 3EKZA 1YDNA 2C15A 1A50A 3NZRA 5DBTA 3MO7A 3G1DA 3IRDA 4EIVA 5K7JA 1O60A 2NUXA 1YXYA 3VKJA 3GKAA 1O95A 3NPWA 3NO5A 1FUYA 3NG3A 1ME7A 3FJLA 1ADOA 3L2IA 5D2YA 2JK2A 4WZHA 5KZMA 3WJYA 3SY5A 3E02A 3M0ZA 1GTHA 1SZEA 4JDYA 5DBUA 1ONRA 5U7SA 3TIMA 4PA8A 4CQ9A 1TPB1 5CZSA 1BWKA 4O12A 5CZ0A 3KVKA 1KFKA 4ORMA 1OX4B 1HFBA 1YPFA 3DHDA 5G1YA 4MJMA 2ZQ0A 1SO5A 1FWNA 4YCPA 4K6AA 5D2WA 3NL5A 2FIQA 1QPOA 3W2LA 3MHGA 4O16A 1EWDA 2F7FA 4WY0A 3ANYA 3L5MA 4MYXA 1FWRA 1W56A 4G1KA 3STGA 1IGSA 3BGGA 3QH2A 3TFXA 1MEHA 3W7CA 1QDSA 1T96A 4JTTA 2V5LA 1H7OA 1DJNA 4UTHA 3G1VA 1Y0EA 3UWWA 4ZQOA 4NUWA 1YADA 4DO5A 4UFMA 4N9DA 5LNUA 4ZMGA 4GWEA 1DVJA 5I3KA 3MJYA 4OT7A 3ABQA 3B04A 1QPNA 4BI6A 3NOEA 4LRTA 4NNAA 3DU0A 5AFDA 1H7WA 3L67A 3PB2A 1YDOA 5DY3A 2VKZG 3IGUA 5EL1A 4GUFA 4O15A 3H53A 3NQCA 2DJLA 2ZZ7A 3P5YA 3VI2A 4FNSA 4JTSA 4LS0A 4MKNA 2ZZ1A 1GG0A 3GZ3A 3LI0A 2B7QA 5FF7A 3M9YA 1TV7A 1M7OA 4TX9A 3HJZA 4AWSA 1XCFA 3TROA 4O17A 1XKYA 1YLVA 5L6UA 1H7RA 3LLFA 3WJWA 1HO1A 5FF0A 1KM5A 4N2YA 4R33A 3BO9A 4MZYA 4FNTA 4CNOA 1TO3A 3TK7A 4ORIA 5BMWA 4DBEA 3MWAA 3LBMA 3LHWA 3HQ1A 2J9YA 1TJPA 3QMRA 3N2XA 1SZFA 2W6RA 4JYEA 3HGJA 2WSQA 4PCFA 2NX9A 1QMLA 4PL2A 4Z1CA 5AOUA 3SI9A 4M7SA 3U2OA 1JUBA 4TO8A 2EKCA 4ML9A 1EA0A 4UTWC 3W73A 3HG3A 2CZFA 4KKXA 3G8EA 3IIOA 3PF3A 5F1VA 1AK5A 1GVOA 4LU0A 1PHQA 5K9CA 4NJKA 5K9XA 2E5CA 2QDHA 3DAQA 1SUXA 4Z08A 2CLEA 3LXAA 3BVJA 3LM7A 4FX7A 3L68A 3VNDA 3G0SA 1MEWA 4HNNA 4M7TA 1LLZA 4JY9A 1L9WA 1LLWA 5BNKA 3O6YX 4Z1AA 3PBUA 3THQA 1G7UA 5H91A 1C9DA 4WY0B 5HUOA 4DF0A 5FESA 1VS1A 1AW1A 3MMTA 1YDVA 4JTEA 1LM1A 4GUHA 1SQ7A 3T7VA 4RX0A 2FPYA 4YCOA 1ZAHA 3I65A 5CPLA 2VENA 3LCHA 3RU6A 2HTMA 3C2FA 4OU1A 2VEMA 1FBAA 3P81A 3DKLA 4I7VA 1H50A 4QSHA 3DFSA 1EUAA 1LCOA 3M5ZA 3LB0A 1H7XA 4IMGA 3NQAA 4ZQCA 4XTIA 3UXAA 3QMSA 3GIYA 1AL7A 4TMCA 4IX0A 3W86A 1T99A 3LTSA 3CHVA 4K7YA 1JQXA 3FOKA 2QJIA 4Y9AA 5AYZA 1LBFA 1TSIA 3DENA 4Y90A 3SIZA 3LRKA 1ZAIA 3V1PA 3WFAA 1ML1A 1NAL1 4NNCA 2VEKA 4H4IA 5LNSA 3C2RA 3C61A 1DKWA 4EF9A 1N55A 1VLWA 2OCZA 3GR7A 3PBVA 4NVTA 4MIMA 5SWUA 5CZJA 2DP3A 2VFFA 4FIRA 5AC7A 4XUGA 3NVTA 4GUIA 4WD0A 4RK8A 2GQ8A 4PFMA 5EBUA 3RLUA 4LUIA 1KM0A 2QCEA 3C3NA 4HNUA 3MW7A 4RXGA 3QJAA 4LVBA 1UJPA 4M5PA 1D9EA 5F2MA 1KFLA 3DFTA 1KTBA 4KWVA 3KRSA 2NV2A 3HMJG 1TTJA 2E5DA 3MHUA 1SU5A 3TU9A 2I14A 5F2GA 1X6UA 1FWSA 3GNNA 5CPOA 3RF9A 4POCA 4WOZA 1XC4A 2BXVA 1ZCOA 4DPQA 3UZJA 4JTUA 4QISA 1KLZA 1R2SA 2NWRA 3BW2A 5AHMA 4DBDA 1WOBA 2ZRVA 3AJXA 1KBIA 1Z41A 5EYWA 3WJZA 1IIHA 3TA6A 4K38A 2YYTA 1CW2A 1ME9A 5HINA 2QR6A 4XBSA 1K7XA 2Y85A 1KA9F 3G18A 3PUEA 3VE7A 2QDGA 5CZTA 2BTMA 3UD6A 3DFOA 2Q3RA 3MI2A 3DFPA 3FLUA 5D2TA 1FCBA 2XN0A 3C2EA 4IMFA 1R2RA 1GVSA 2E6DA 4Z0JA 3HBLA 3Q94A 4LS2A 1EP3A 1XXXA 4UTJA 4JX5A 1NF0A 4IOTA 3FYOA 2YPIA 3QSTA 1QOQA 3LRMA 1OYBA 2RFGA 1LBMA 4Y8FA 3UWZA 2QEZA 3UZ5A 4A2SA 3CWOX 3I7SA 1KM2A 1CI1A 4WY0F 1FWWA 3W71A 2A4AA 3W1XA 2PRHA 2E6FA 4M19A 4ZZ9A 1K8YA 3EWUA 2X16A 4HNTA 4QAIA 2V0TA 3LTPA 1W8SA 1I2OA 1H62A 5KITA 3BPWA 4D2JA 3EX2A 3TC6A 3TUUA 4O18A 3QMTA 1G4TA 1TREA 3LV6A 3W23A 2ABBA 4E2DA 1EPXA 3FIGA 1GWJA 1AMKA 4BFAA 1KM6A 1LRQA 4M6PA 1PVNA 3NYZA 4PTNA 4CNNA 1F2JA 4Q32A 3PBWA 1UB3A 4DO6A 1LDCA 2QCNA 2QCDA 3NL6A 3O8AA 4FNQA 3NQGA 3OVRA 2YGYA 3EXSA 1PS9A 2VOMA 2XN2A 3N3MA 2H6RA 4DF2A 3W9ZA 3UYCA 4A29A 2Y63A 1SW3A 4OHQA 2VELA 4QIUA 4YMZA 4IUOA 4UFLA 3L5AA 3TNOA 2CWNA 3RLVA 2GJLA 4LUJA 3A5FA 5FEZA 4MPQA 3G1FA 1DBTA 3NNTA 3P7YA 5G2IA 4MY8A 4MZ8A 3TQVA 4OBTA 1FWTA 1K02A 2QJHA 3T40A 1RPXA 3PUOA 4HNVA 5DELA 1N8FA 2VEIA 4ZQPA 1TIMA 2WOQA 1WBJA 3NM1A 3EWYA 4YXGA 2Y6ZA 3OG3A 2G95A 1A5CA 4JD4A 3CB8A 4O14A 3HG2A 1IXPA 1X1ZA 3M5XA 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 3ZFH A;  1B4E A;  2A2I A;  2QKF A;  3R13 A;  3RND A;  3CIW A;  1SO4 A;  2RKX A;  1TRD A;  1QOP A;  2TMD A;  5K4X A;  3I68 A;  1TPC 1;  1L6S A;  2WNZ A;  1PII A;  4Y6G A;  2WJZ A;  5DXY A;  4FB7 A;  4ZL1 A;  3PUL A;  3IVU A;  5F2L A;  2FTP A;  2AQW A;  2KZH A;  4GNJ A;  5LSM A;  1SW0 A;  5KIN A;  1K03 A;  3S1V A;  2PRM A;  4GUJ A;  2W79 A;  1SO6 A;  2V9D A;  2QCM A;  1QCW A;  4S2C A;  4WJE A;  3N2M A;  5CPN A;  1J5T A;  2WNQ A;  5T26 A;  3QQ1 A;  4HSN A;  4OWG A;  4IME A;  3LCF A;  1TPV A;  2JBM A;  2ZFA A;  3G1Y A;  4XZ9 A;  4O13 A;  5A8G A;  3LGE A;  1AG1 O;  4NJI A;  5CKS A;  4IQL A;  3S5Y A;  1F76 A;  3LER A;  3IIV A;  3W1N A;  3MBD A;  2P1F A;  3LI1 A;  4O50 A;  2CZD A;  2C14 A;  3LBC A;  4LS1 A;  3BLE A;  2HSA A;  1OFQ A;  1KBJ A;  3CQ0 A;  4BWL C;  5HR6 A;  3W76 A;  3HGS A;  2FDS A;  1WDW A;  2E1D A;  4UTW A;  1NFB A;  2ZZ6 A;  1W3N A;  3A9I A;  4Z0S A;  1PV8 A;  1F7B A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1R3R A;  2GVG A;  3WIJ A;  2NVD A;  3QY6 A;  1J9Y A;  2YBU A;  1S1R A;  1BG9 A;  1QW9 A;  3HF3 A;  1V08 A;  3BL3 A;  1A0E A;  1G01 A;  2OWW A;  3VX1 A;  4LV9 A;  1UAS A;  1GEQ A;  5M3W A;  4NJJ A;  3VGG A;  3WDR A;  4C6O A;  3ZR5 A;  1R9Y A;  1XLC A;  2CCR A;  3CPU A;  2J7D A;  1TIW A;  4DHG A;  1OCQ A;  4NIL A;  4JXC A;  2E0P A;  1EYW A;  1ELS A;  4BR1 A;  4UIO A;  4IQJ A;  3AWN A;  3CUG A;  3WK3 A;  1OVD A;  5E93 A;  3NSX A;  4GZJ A;  4LOC A;  1BF2 A;  3WLT A;  3ART A;  1XM3 A;  3P67 A;  2QCL A;  1XRT A;  1NDW A;  7REQ A;  2QYG A;  2PDC A;  1V7Y A;  3TMQ A;  4LSB A;  2RDT A;  1N2V A;  3VIO A;  1A5U A;  2IPF A;  2DUZ A;  2RDW A;  3Q65 A;  5IHR A;  4KEV A;  4O10 A;  1GOX A;  4LXF A;  4YTT A;  2XUC A;  1XH0 A;  4D72 A;  4LH8 A;  3UGV A;  1DOS A;  5D30 A;  3MI3 A;  3MCM A;  1E15 A;  2FKP A;  4GYF A;  4Q8P A;  5FA5 A;  1PIG A;  4AC1 X;  3P0W A;  4DAI A;  1KKO A;  4H1Z A;  4AWT A;  2HBV A;  1XID A;  5I3I A;  5HJL A;  1MRQ A;  5FF4 A;  2DZB A;  6TAA A;  5L9F A;  2Y5J A;  3V0U A;  1R7O A;  1KXH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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