1TPDA

Structures of the "open" and "closed" state of trypanosomal triosephosphate isomerase, as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Structures of the "open" and "closed" state of trypanosomal triosephosphate isomerase, as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 94
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1994-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tpdA00
2YYTA 2B7QA 1UB3A 3PB2A 3C56A 5HR6A 4JGDA 1DHPA 4NZFA 3NVTA 5LHFA 2WSQA 4MYAA 4RR4A 4IOTA 4N9BA 4K38A 1W31A 3TA6A 2VC6A 3I7SA 3KVLA 2BWGA 3P5YA 3F4WA 1KFBA 4AH7A 3MI2A 3W1AA 4JD4A 4QJ1A 1M5WA 2ZDRA 1JUBA 3NQAA 4ZQCA 1PV8A 3FS2A 2CLOA 1X1OA 2ZBTA 3EB2A 2A21A 1CI1A 2WOQA 2OZ0A 3QM3A 4DO5A 4E2DA 5KZMA 4K36A 1OK6A 3TH6A 3W3OA 4IUOA 1RQBA 4WY0B 1FDJA 1RPXA 4RK8A 3EWWA 1Z44A 1B4KA 3HG4A 5HQEA 4JTUA 3WFAA 5U4NA 4NX5A 4HNNA 2JKEA 1WQ5A 2ZA2A 4AHQA 2EAWA 4XUGA 3MW7A 1PCWA 3O6CA 3TV8A 3S42A 4MVAA 2E6DA 3W2MA 4POCA 3ABRA 2ZZ6A 3TW7A 4DF2A 2C13A 4GUHA 1H62A 1WDWA 3MP5A 1OYAA 3GDMA 4OU1A 1G69A 2YGYA 1SSDA 1BTMA 3TX9A 1DBTA 4ZVJA 3B03A 1U5JA 5J5DA 3W73A 5K9CA 1R2SA 3W2NA 1GTEA 4E0CA 5BMWA 5HJLA 5LHEA 2QDHA 3A24A 1GVRA 5TIMA 3LRMA 3NR0A 3QW4B 3FOKA 5ABTA 5DXYA 4EOUA 1FWTA 3LHWA 4WD0A 1DORA 3SIZA 5HNRA 3W85A 5K4XA 4JTTA 3NQMA 5DY3A 1TCDA 4XTIA 3EXTA 3BLIA 3W7IA 4HNVA 1ZJIA 2DZSA 4MIMA 5G4WA 3DI1A 1K8XA 3PSVA 2X30A 1C29A 3N34A 3DFSA 1XCFA 1H1ZA 3S6DA 4ORMA 5AHIA 4Z1DA 1OJXA 3BGGA 2C14A 4L4MA 4O1AA 2QCMA 3G1VA 1YTEA 2EPHA 2H90A 1VYRA 2QCEA 1ZAIA 1H7OA 1SZEA 3RNDA 2HSAA 2DJLA 1GVQA 3N19B 4O0KA 5F1UA 4H3DA 2VFDA 5FEZA 3QQ0A 2YDAA 3KRUA 1W5MA 5I3GA 2RDTA 3W1LA 3W9ZA 3Q37A 5LNWA 1G7VA 2QCFA 4JTHA 3LGEA 1QPQA 1M7OA 2V2HA 1H60A 4YCPA 1ZALA 3GXNA 4K8HA 4UMCA 2QCDB 4XQ6A 1VYPX 3LLFA 3MI6A 1LZOA 2Y88A 3L0GA 4PFMA 2ZA3A 1I2RA 1LLWA 3UNDA 5HUPA 3HGOA 1PCKA 3AJXA 3RLVA 3P67A 3MBFA 4QQ3A 1S5VA 5C5YA 2C15A 3GDLA 5G2WA 1XXXA 2YSWA 5F2LA 1KA9F 3DFNA 5G4EA 3IGUA 4MKNA 4O18A 2ZFAA 1O4UA 4X22A 1JRCA 4DBDA 3KOFA 3BG3A 4O19A 3G3MA 4WXYA 5HUOA 4HSNA 1WXJA 1QMLA 3NZ1A 1I2PA 2CZDA 1I45A 2W79A 2VENA 1M6JA 4FX7A 2YCEA 3IIZA 3C2EA 5U7SA 1KM4A 3WK3A 4DXVA 1A5AA 1FWWA 3M44A 1ICSA 2QAFA 5G1YA 5CPLA 4JYEA 4RZ4A 4TX9A 1W1ZA 3UPWA 3WJSA 3TC6A 4CNPA 4O11A 3FLUA 4O15A 5L6UA 3G3DA 4GC4A 4WZHA 3EXRA 3W7QA 2OCZA 3W72A 5AOUA 3TMLA 2V8ZA 3KXQA 1E51A 5D05A 3MHFA 3NQVA 1J5TA 1FXPA 1LBMA 1OX6A 3T7VA 3EWUA 3C3NA 1X1ZA 1W54A 1AG1O 2DP3A 2E6YA 4RZ5A 3W1NA 4ADUA 2YR1A 4JY8A 1X8FA 4JDYA 2YXGA 1TTIA 4NJGA 4ZQPA 2I9EA 1S3HA 2VEMA 1HG3A 3TSBA 3N14A 2JGYA 4R33A 1OABA 1VS1A 1AL7A 2VELA 4OGZA 3P84A 3IEBA 1W56A 1DJNA 1T99A 3IIVA 3NEVA 3E9AA 2GVLA 3W88A 3F4NA 4O52A 2NZLA 2FIQA 1J4EA 5CZ0A 1IF2A 5K9DA 1KM1A 3LB0A 4UTUA 3DZ1A 3G1XA 4UTTA 3PUDA 1GVFA 1FWRA 1FCQA 2GOUA 3FYOA 1AW5A 1EB3A 4OBTA 1OHLA 3W7LA 1K7EA 1MEWA 4I7VA 1QPOA 1DL3A 3C2FA 1YPFA 2C16A 4QITA 2VOMA 4DPQA 4LS1A 1VZWA 3CHVA 1BEUA 1TMHA 4N2YA 1TQJA 3W74A 4JS3A 3OVRA 1P0KA 2A4AA 3JRKA 1TPVA 3M5ZA 2J6XA 1ICPA 2J9YA 1JQVA 1A50A 3PVFA 4HKPA 1FDYA 1VCVA 3N2XA 4RJEA 1SZFA 2ATSA 5I3JA 1TSIA 2C1HA 2ZRWA 1H5YA 2C19A 3PAJA 3LI0A 4E2BA 5G1TA 2Q8LA 5LGZA 5F4WA 3W7MA 1SFJA 1I2OA 2TPSA 2EHHA 3TSMA 3G8RA 3TXVA 3L5MA 1XDLA 1C8VA 3UXDA 5DCBA 1OFBA 1GYLA 4O1BA 6ALDA 3AO0A 1VHNA 3KRSA 3CU2A 2Q8ZA 4KKXA 3LV6A 2RH9A 1ME7A 4LVGA 4AF0B 1YXYA 2Y7DA 1OFQA 4LS2A 1K3UA 3QSRA 4UTLA 3IVTA 4AHPA 3STFA 5AN7A 1SU5A 1ONRA 1R30A 3QW3A 5DCEA 4PEKA 5I3KA 4CQ9A 1OFAA 2VEKA 4RCXA 4TU1A 1JULA 5LZLA 3N3MA 2V82A 1DQWA 4Y96A 3MYOA 2YZRA 2VEPA 4NZJA 3M41A 3G18A 1F74A 4UFHA 2BSLA 3S9YA 4PODA 1LBFA 1QAPA 4FIQA 1HO1A 1KTBA 3LCFA 3QQ1A 5DLCA 4MZYA 1PHQA 2YW3A 1QDSA 2YFOA 1C9DA 2ZZ3A 3KHJA 2CLKA 1TPFA 3S5OA 2OX1A 2ZYFA 5I3FA 4UTWA 1SFLA 1N55A 4NUWA 2FTPA 4ML9A 2JBMA 5CPNA 3HQ1A 2Q3OA 1KM5A 1VCGA 5D09A 2JK2A 5F2IA 3GR7A 3MWAA 2NUWA 4Z1AA 4Q32A 4WOQA 1JCLA 4GUFA 4FHAA 2E1DA 4BWLA 4DPPA 2I1OA 3L2IA 4JTIA 4IXHA 2TSYA 4N9DA 3NG3A 1YXCA 3G8EA 3PBVA 2DZUA 3FYPA 5FEWA 4HN4A 3SECA 4GUGA 3IV3A 3CM4A 1VYSX 3W1PA 4UFJA 3LOTA 3NQ6A 1WX0A 4MY9A 3U6WA 1F5ZA 1ZCOA 5LKYA 3U8GA 5EKYA 3FFSA 3NDOA 2Y7GA 5L9FA 3R8RA 1G6CA 4RLIA 5D03A 2RKXA 2X16A 3FA5A 1SO4A 4PL1A 5C6MA 2FLIA 3SGZA 5DBUA 4IMDA 1OF8A 3W7NA 5KSWA 2YX0A 2ZZ5A 1EP2A 1RV8A 5LNUA 4FEZA 5IBXA 3DKJA 4UNLA 4UTKA 4Y6GA 4OV4A 2NUXA 1AMKA 1WBJA 3PR2A 3UWWA 3YPIA 1ZY9A 2G95A 4MLJA 4DF1A 4MYXA 3TAKA 3W1RA 3DI0A 3CIXA 1QOQA 2Z1BA 3K30A 4AAJA 5DELA 1BKSA 2FJKA 1H63A 4O13A 1W5PA 2ABAA 3B8DA 3QZEA 2H8XA 3GYEA 2FPTA 4Z0SA 4LVBA 3WK1A 2WKJA 4XBSA 5K4ZA 1TPWA 3BLEA 3GLCA 3TU9A 2WNNA 1P1XA 3W7JA 2ISSA 2ZTJA 5AHFA 2CWNA 3BW2A 1GZGA 5H2ZA 4LT9A 4I9AA 4LNYA 4LWWA 1GPWA 5EYWA 4DEFA 3LCGA 4AWSA 5AFDA 3PC0A 1QO5A 4UFLA 2W0UA 3F03K 4PH6A 3R2GA 3TUUA 3B05A 1JCJA 1BWLA 2E5CA 2XN0A 3NL3A 1K02A 1MEIA 5HMSA 2OJPA 1TV7A 3C2RA 2KZHA 4IJBA 2Q3RA 1F7BA 3CPRA 4J9JA 4UNKA 4PC8A 3A5VA 2PE4A 4CQAA 4R34A 1KTNA 3PS7A 3EKLA 2QJIA 1TYGA 4X9SA 2QCLA 3ZWTA 5D38A 2H8ZA 3A23A 3E49A 2V2DA 3NNTA 5H91A 4EVZA 3ATZA 3FKRA 5LSMA 3SGUA 3LTYA 2FB3A 1Z42A 3BVJA 4ZQOA 1KW1A 1XUZA 5DCDA 3UZ5A 3FEMA 3G22A 3LHVA 4EIVA 4RZ6A 1ZFJA 1Q45A 2J9ZA 1W3NA 4JTJA 1SPQA 3TK7A 2WNZA 4XKYA 3A9IA 1FY6A 2WQPA 4NNAA 4FNRA 3RU6A 3OBKA 3G1SA 4M6QA 1W5NA 2OMAA 4O53A 3F1QA 3M16A 2NXHA 3I65A 2NX1A 4WOZA 4MJMA 1SQ7A 1O95A 2WNQA 3VI2A 1WOBA 1H1YA 1A5SA 1SO5A 1YDOA 3NL5A 4OT7A 4OQVA 4FNPA 2RFGA 2Z6JA 3TJLA 4KWWA 3NQ8A 1TRIA 3A22A 4U4MA 1OFEA 3IIPA 3MP3A 3EWXA 3P8IA 3W07A 1R2TA 3HBLA 3B4UA 3NPXA 5E0KA 4Y9AA 3S1VA 3O16A 4BFAA 1R46A 1JR1A 1XFBA 4QNWA 3QSTA 2Y7EA 2QCCA 2XN1A 4WQ6A 4R7JA 4NJKA 3P5ZA 1D3GA 1YXDA 5AHLA 5A8GA 3KX6A 4JY9A 2CLEA 1ZNNA 3N2MA 2CFFA 2R8WA 5HR7A 4LC6A 2B7NA 1HTIA 3M0ZA 3W7PA 1JUKA 3GAKA 1PE1A 1CW2A 3MMTA 3UPBA 1LRTA 3MUXA 4EWND 3QMSA 3CWOX 3IRDA 2CU0A 4FNTA 4LRTA 4YWIA 3UY7A 1TPB1 4TMBA 4AXKA 4MLRA 2O7SA 3W70A 3O1NA 2ZRYA 4K37A 3GDRA 3FKKA 1KLZA 1A5BA 4EF9A 3B06A 3T55A 4FF7A 3E96A 5F4SA 4MFEA 4BR1A 2ZRXA 3PWAA 4AWUA 4JYFA 4N4PA 4WY0F 3S1WA 5D37A 2OT0A 1ZENA 2R91A 3TXZA 4KFNA 3WK0A 2QJGA 3C4UA 1IIGA 1WA3A 3GAYA 2E09A 2BTMA 4IMGA 5C54A 3IIOA 5AHNA 2X2GA 4TO8A 1ZAJA 5EA9A 1IGSA 1FCBA 1GVSA 3C2OA 1SW3A 5LGXA 1FX6A 4KWVA 5FI8A 4Q4KA 3HG2A 5E93A 2HS8A 3OA3A 1SW0A 3UWUA 1XL9A 3W1MA 3GNNA 1YLVA 2V5LA 2UV8G 4GFSA 1G7UA 2GUUA 1OYCA 5D2TA 2CZ5A 3DH7A 1IXNA 2FQIA 3CTLA 1SR9A 1TPEA 1ZAHA 4UUIA 1LORA 1IXOA 3I6RA 4LU0A 1EP1A 4O1CA 3GVGA 2YW4A 3TR2A 3W6YA 3DGRA 3HF3A 3ZFHA 1FWNA 1F76A 3LX9A 3R89A 1LLZA 2XN2A 4HHPA 1TTPA 2VXNA 3HIJA 3IGSA 1QO2A 3TQVA 3DFTA 3EWYA 3USBA 1YDVA 2WPBA 3I7RA 3STCA 5IM51 1THFD 2A7PA 1NSJA 8TIMA 4PTNA 1L6YA 3W7OA 3LERA 3QC3A 4NXSA 2F7FA 2ZRVA 1GYNA 4LOCA 3M7WA 2C3ZA 1W3TA 1KFKA 3W23A 1QWGA 2TMDA 1QPNA 4S2BA 4LV4A 3GXTA 3P60A 4UFKA 2A1YA 4JIPA 4XTDA 1P5BA 3M5VA 5KZDA 2Z0IA 1TJPA 2CZEA 3LBMA 4OHQA 2HS6A 4O4WA 2DZWA 4QISA 4CNOA 1DJQA 4FX8A 5A5WA 3MHGA 1XBZA 3W2LA 5EBUA 3M47A 3TSDA 1T8XA 1LROA 3GR8A 1TTJA 1SW7A 5D33A 3LDVA 2Y85A 1Q6RA 4MY8A 1NF0A 1UJPA 2ZTKA 3E02A 3LXBA 3WK2A 2ZZ7A 2W6RA 3SY5A 1ICQA 3C61A 3C6CA 3EX4A 5C55A 1D9EA 5EY5A 2CZFA 3TAOA 1H7RA 3ATYA 3LI1A 1LRNA 1Q6QA 3PUOA 5CZJA 5CG7A 4TR9A 1W5OA 4CCEA 4DF0A 3DAQA 3Q2DA 3M43A 4CCCA 2JGQA 2AGKA 1ML1A 1K8YA 2Z2UA 1MSSA 1YYAA 4IXXA 3R12A 4WY0A 2ZCGA 4ICNA 3LRLA 2H3BA 3NM1A 1VLWA 3TKFA 3G1DA 1L6SA 4IMCA 3DENA 4DQWA 3DHDA 1B3OA 1GVOA 2CW6A 4O17A 1OX4B 1WAUA 3VE7A 3KVKA 4JTSA 4UTMA 2Y70A 2Y62A 3CQ0A 5DN1A 4OE7A 1FWSA 2A7RA 5FEXA 3UWZA 3I7QA 4RX0A 1IXPA 1XBYA 3QYQA 3P8JA 1KV5A 2ZRZA 4JYDA 2BZNA 2B7OA 1RZMA 1PIIA 3PBYA 4YXGA 1F6KA 4MOZA 4N02A 1OVDA 4HNTA 1O5XA 2Y7FA 3TFXA 3PUEA 3UWVA 3HMJG 3M5XA 4MZ1A 4O28A 4MY1A 4DO6A 4IMEA 3PULA 2QEZA 3P82A 1IXQA 1ALDA 5HINA 2A85A 4M7TA 1OF6A 3WJXA 1VC4A 1Q6OA 3S8HA 5D2WA 4N9CA 4UCGA 3RK8A 1FXQA 3O6YX 3SR7A 4ZMGA 3IVUA 1O60A 4I7WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YYT A;  3IJD A;  3GFX A;  1UB3 A;  3RU8 X;  4U5I A;  4PZV A;  1ZS2 A;  2OG9 A;  4B5U A;  4FLQ A;  3NVT A;  5LHF A;  2WSQ A;  2G8Z A;  4MYA A;  4IOT A;  2VD8 A;  2FKP A;  3P5Y A;  2YDS A;  4TVC A;  1A3X A;  2CEQ A;  1BF6 A;  4GI6 A;  4OIF A;  3L4Z A;  1M5W A;  2ZDR A;  3NQA A;  4ZQC A;  1CXK A;  4DZ5 A;  4MTV A;  1PV8 A;  1UZ4 A;  3EB2 A;  2OZ0 A;  3W3O A;  1RQB A;  5BYW A;  1QVB A;  2XH4 A;  3HG4 A;  5HQE A;  3OTR A;  3QTP A;  2OU4 A;  3G77 A;  2JKE A;  3P93 A;  5I24 A;  3MW7 A;  3UA3 A;  3KBJ A;  2RGL A;  3S42 A;  2V3D A;  4PTX A;  4H1Z A;  2PFH A;  4DF2 A;  4GUH A;  1X6L A;  2OOG A;  1OYA A;  3C0S A;  5I0D A;  3GDM A;  2YGY A;  1DBT A;  3CAS A;  4Z42 C;  5J5D A;  3CZE A;  3PAO A;  3TYZ A;  1RY0 A;  2HWG A;  3LM3 A;  3OLG A;  2HZG A;  3M64 A;  1GVR A;  5TIM A;  3LRM A;  5LA0 A;  1S2W A;  3CWH A;  4OBS A;  3VIL A;  3KOW A;  1XGD A;  1U22 A;  2OX4 A;  2YLA A;  3KL3 A;  3W85 A;  3WBA A;  5FAG A;  2BHZ A;  1V3K A;  4XTI A;  1B5T A;  5JIW A;  3EXT A;  3BLI A;  1HJQ A;  1EA9 C;  4GC3 A;  1FWG C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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