1TQX | Genus

Total Genus 84

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	221
structure length	221
Chain Sequence	LKAIIAPSVLASNISKLAEETQRMESLGAEWIHLDVMDMHFVPNLSFGPPVINNLKKYTKSIFFDVHLMVEYPEKYVPLLKTSNQLTFHFEALNEDTERCIQLAKEIRDNNLWCGISIKPKTDVQKLVPILDTNLINTVLVMTVEPGFGGQSFMHDMMGKVSFLRKKYKNLNIQVDGGLNIETTEISASHGANIIVAGTSIFNAEDPKYVIDTMRVSVQKY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structural genomics, unknown function
molecule keywords	D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase, putative
publication title	Structure of a ribulose 5-phosphate 3-epimerase from Plasmodium falciparum. pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	84
structure length	221
sequence length	221
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-06-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00834	Ribul_P_3_epim	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tqxA00

3G8RA 2FPVA 3C52A 2QJGA 4M19A 2QUVA 1TIMA 2RKXA 2CWNA 3LXBA 3GLCA 3N2MA 3T40A 4ADSA 2CLIA 2H3DA 3W2JA 5AYZA 4CNNA 3KOFA 3HMJG 2H8ZA 4NJKA 3NPWA 3M9YA 3S6DA 3NEVA 3NXFA 5C55A 4X2RA 3LX9A 3WFAA 3T4CA 2VEMA 4CCEA 4UTLA 3WJWA 5L9FA 1OX5A 4AHPA 2WSQA 2RFGA 1WA3A 4LY8A 3M44A 4NNCA 3W7LA 4GWEA 2TSYA 3IGXA 1IXNA 3R12A 1W5QA 1HL2A 4NNAA 3I7RA 3TFXA 2NXGA 4O0KA 3O06A 3DBPA 3NA8A 2WKJA 5G2HA 5EY5A 3FA5A 2ZYFA 4R33A 4YLWA 5BW6A 2DP3A 3A22A 2YCEA 1NAL1 4PFMA 4Y8FA 1GJPA 2D73A 1OFPA 3G1FA 1X7FA 3UY7A 3GDLA 3BW4A 4Z1AA 4NJIA 3LV5A 1NVMA 4UTWA 2NV1A 4LWWA 2WNNA 3NPUA 3QC3A 5K4ZA 1F05A 4A29A 1K8YA 1I2QA 3QSRA 2DZVA 5FF7A 3G8EA 1JUKA 2HTMA 1PL9A 2RDUA 3NPXA 1XUUA 5G1YA 5FF2A 4QIUA 5F2IA 1XL9A 3NQMA 4OHQA 1VYPX 1LRTA 3BLFA 3LB0A 1MEWA 4IPIA 1X1OA 3TMLA 3LHTA 2E6FA 3UZJA 5AB3A 3P80A 1MO0A 2A1YA 5FF4A 2QCMA 4IMCA 5C5YA 2CZEA 3D0CA 5CSSA 3SY5A 3W2UA 4QQ3A 3BV4A 1SFJA 4O1CA 3C4UA 4O0ZA 1TRDA 1OYAA 4DO4A 6ALDA 3ZWSA 2A2IA 2CZDA 5C2XA 4BFAA 2VENA 1RVGA 5CZSA 4CLMA 4UFLA 2C15A 4UMAA 2Z6JA 3NL6A 2A21A 3M7WA 4DPPA 3OG3A 3NYZA 2X16A 3MHFA 3CT7A 1MEHA 3NO5A 4UTMA 1W3NA 5DXYA 4IXXA 4UTIA 4NU7A 2FLIA 4TO8A 3HGOA 3TV8A 2NLIA 1TPFA 1KTCA 3GYEA 3HG5A 3PBVA 5GVJA 3GNDA 1PCKA 1QO5A 3MO7A 1O5KA 3NQEA 1F2JA 5CG7A 3LTYA 1TSIA 2OT0A 3IRDA 4UTKA 5EYWA 3UPWA 2PC4A 2JKEA 3MBFA 2A0NA 1DKWA 5DY2A 4DO5A 1IIGA 4AWUA 3W7DA 3O07A 1LLZA 4UFJA 1B4EA 3Q2DA 4RZ4A 5J5RA 2KZHA 1C29A 4S2CA 2WOQA 3H55A 1SZGA 4JIPA 2ATMA 4MVAA 5LGXA 2ZTKA 3HO8A 4LT9A 4OV4A 3TAOA 3N9RA 1H1YA 1MSSA 2QCDB 2B7OA 3IEBA 4M6VA 1JQVA 1L2UA 1JJKA 1H60A 2CLOA 4UTHA 4Y96A 3I65A 1QR7A 4Q4KA 2BSLA 2W0UA 4UCGA 3N3MA 3C2OA 4B5NA 4JR5A 3S1VA 5AHNA 3YPIA 4GFSA 4JTTA 4IX0A 1O95A 3STEA 4PTNA 1HTIA 1ME8A 4X3ZA 3W1NA 1KTNA 1XUZA 3G3MA 2UV8G 1SSDA 3EKLA 3R5EA 2J6XA 1B4KA 3LXAA 3W73A 3EXRA 5H2ZA 1YPIA 4AH7A 5BRBA 1KBJA 2Z0IA 3KRUA 4LVBA 3C56A 4MFDA 4FX6M 3TSMA 3MYPA 1UASA 3CPRA 2ZZ7A 4UFHA 4BR1A 1I45A 1K7EA 3LHZA 3W7MA 3IIPA 4DQWA 4AVFA 3QRHA 1OFQA 1W5OA 2ZZ2A 3EB2A 3NOEA 1KM0A 3EWYA 2DZWA 2YW3A 3FJ6A 4JGDA 4O8RA 3MHUA 1VCGA 5CZTA 5F4WA 5EBUA 3M1ZA 3MBDA 3L0NA 5D32A 3BGJA 4YMZA 1OK4A 4XUGA 4Z1DA 1HO1A 3C61A 4DEFA 4O50A 2R8WA 3DI0A 1J5TA 3NL3A 2NX9A 4E0CA 3HIJA 1T8XA 1A5AA 2ALDA 4N9CA 4OGZA 1F7BA 1FDJA 4L4MA 4YL2A 4JTFA 4PL2A 4TR9A 5IBXC 5HUPA 3IVSA 3UXAA 4RJEA 3W7JA 5CSRA 4QJ1A 2IQTA 3I7SA 3HPXA 5D2TA 5K9CA 1ZJIA 2YZRA 5KTLA 1DORA 1XC4A 3STGA 1ZAHA 4MY1A 5AYYA 3VE7A 1RQBA 1EP3A 3KX6A 2Y85A 4WY0B 1DL3A 2BZNA 1AMKA 3DENA 3FYOA 1PE1A 4NNBA 1ML1A 1SU5A 1RQEA 3MWAA 4GUGA 5HWNA 1LTDA 1TMHA 1VH7A 2HMCA 2AQWA 2ZTJA 2NXIA 3W84A 1K3UA 1R30A 2W79A 4O11A 5C6MA 3BW2A 5DCDA 2R14A 3P81A 5LZLA 1KFJA 5J5DA 5KSWA 2GJLA 5F4XA 2AGKA 2J27A 4FNQA 3VI2A 1LOLA 2FJKA 1N7KA 4CQAA 2A7PA 4FXRA 4JTHA 4N6EA 3ATZA 3ZWTA 5AHIA 3TC7A 3G1DA 1W0MA 1XI3A 2DZSA 2QR6A 2X1UA 5C54A 3R13A 3S0CA 1FBAA 1Q3NA 1SZNA 2DU2A 2FB3A 4WQ6A 4KFPA 5DCBA 4XTDA 2FFCA 3INPA 5HINA 3DFSA 5LHEA 4BI6A 3KRSA 4E38A 1BWKA 1TREA 3TJXA 1VZWA 3BG3A 1G4SA 2YPIA 3LHUA 1C8VA 4KWWA 4H6KA 1PIIA 2GOUA 2VELA 2P10A 1GZGA 5CPLA 5KMYA 3PB2A 4Y6GA 1A53A 1I2OA 1TPUA 3SIZA 3C8FA 4ZQMA 3A24A 2E77A 4HSOA 1D3HA 3TMQA 3EWUA 3C0JA 5LHFA 3PBUA 5L6UA 3FJLA 5ABTA 1TTPA 5DBUA 4JTSA 4FEZA 5HNRA 4LRSA 1NF7A 1QPRA 5AHMA 1VC4A 3O16A 2Y88A 3DXIA 2C18A 3QZEA 1AW1A 2CLKA 1KTBA 3FEMA 5CPOA 1I8JA 3LRMA 5G4WA 3OIXA 1TO3A 4OWGA 2RDTA 3HPZA 3S5NA 3PBWA 5U4NA 1OYCA 1OX6A 1XBZA 2ZFAA 1D3GA 3NZRA 1TQJA 3USBA 3O6CA 1LORA 3B0VC 1KFLA 4IWWA 3ABRA 4NXKA 4P61A 1NSJA 1TTQA 3C2RA 1I2PA 1SUXA 1AW5A 2OZ0A 4CQ9A 4WXYA 3FIGA 1TPB1 3L65A 3R2GA 1TPDA 5BMWA 2YFNA 4JTGA 4ICNA 4Z1CA 3UWYA 3HBLA 4FF7A 4GUHA 3E49A 2ZA1A 3BVJA 3W7QA 5D38A 2ZZ5A 1KLZA 3W1LA 1EB3A 3BPWA 4O10A 1DQWA 3PSWA 1DBTA 2R91A 1VLIA 2Z6IA 2XFWA 3GDRA 3LI0A 3IIVA 2H3BA 3E9AA 4DPQA 1V5XA 3QMRA 1H7OA 5D2WA 1V7YA 4H4IA 4LS1A 4O1BA 3QQ1A 1B3OA 3TQ0A 4LW7A 3W7NA 2VEKA 1NFBA 3AJXA 4ZQNA 2A7RA 4AWSA 3S1XA 3LI1A 4UXDA 4NX5A 2NWRA 3EXTA 2QEZA 3HG2A 1JCJA 4LUIA 4A3UA 3KVLA 3L0KA 2DZTA 3P8JA 4DF0A 4UMBA 4IJBA 1F76A 3QMTA 2RHGA 4DF1A 3CC1A 1Q6QA 1G4TA 4QISA 4UTUA 3LCIA 2GVJA 3QYQA 3B0PA 3CU2A 5IBXA 1EWDA 4MYAA 3B8DA 4JXCA 3LCGA 2E68A 3NQ8A 1VLWA 2I1OA 3DGRA 3O6YX 1RQHA 3LV6A 3EX1A 2Y6ZA 4RZ5A 5HWJA 3NPVA 3UY8A 1OF6A 3GKFA 3RF9A 3W86A 3B03A 5CGQA 3CLMA 4LC8A 2WQPA 1N8FA 1RD5A 4ALDA 5F1VA 1QNVA 3TW6A 1CX9A 1WAUA 3UWWA 4UFIA 3FOKA 2QCGA 2DORA 2VEPA 3SI9A 3GXNA 4OU1A 4BI7A 4ZQPA 4ORMA 4RKAA 4Z0SA 3B4UA 4WY0A 2E5CA 1SW0A 3NQCA 1KFBA 1P0NA 2ZA3A 2LLEA 2RDWA 1VQTA 3C2EA 3UWVA 1KM1A 3SSJA 2YYUA 2QCLA 1ZALA 4QITA 3S42A 2VC6A 2Y62A 2A7NA 2ISSA 1A50A 5I3FA 4JY9A 4A2SA 3DI1A 3TROA 4QNWA 2E6YA 4N4PA 3OVRA 1FQ0A 4R34A 1W5MA 1KM4A 3IIZA 3FYPA 2GJNA 2PCQA 4IMDA 2JK2A 3IGSA 4J9JA 2QJIA 1SR9A 2V9DA 2NXHA 3GVGA 5I3JA 2BTMA 3M5ZA 2FIQA 5E1QA 2NUWA 3W2KA 4HSNA 3TE9A 2V2HA 2ZRUA 4A21A 1JUEA 1BTMA 5K7JA 3DU0A 3NM3A 4GXMA 3ABSA 4GC4A 4MZ1A 3SJ3A 1TTIA 1VHNA 2FQIA 2YXGA 4WXZA 4UUIA 3C6CA 3IIXA 3LHVA 3PY2A 4Q33A 1LLWA 4MZYA 4ZL1A 2NUXA 3THQA 1GVQA 2EHHA 2GVGA 3TK7A 3FKKA 2ABAA 3LCXA 4KKXA 1TRIA 2B0MA 1S5WA 3UWUA 1TJRA 4RCXA 1F6PA 4JYDA 5A5WA 3DKJA 4TMCA 3EXSA 4GUJA 2QDHA 4XBSA 2NV2A 4FNTA 2EGZA 1W37A 3E02A 1TPC1 4I7UA 4AB4A 1ONRA 4JNMA 3G1AA 4WY0F 1KW1A 1YXYA 2C14A 2B7PA 1FCBA 1H1ZA 4BWLC 1DVJA 3V1PA 3CTLA 3W07A 3W71A 1ICPA 3TQKA 1QCWA 2B4GA 2ISVA 2OCZA 3TJLA 3DH7A 3P62A 3PUEA 3W1XA 3C2FA 3MP3A 4PCFA 4R7JA 5FEZA 5DCEA 3P74A 2FDSA 2Y7DA 1QFEA 2BXVA 3S5ZA 1Q6LA 4FIQA 2Q8ZA 1X8FA 4UMCA 1PHWA 2HS6A 2PRLA 1P4CA 2P0OA 4O16A 1ZCOA 2B7NA 3ABQA 4PA8A 5D2XA 1A5CA 4O17A 4WUIA 3HG4A 5KZDA 4TX9A 4MIMA 3CWNA 4N9EA 2E5BA 1KBIA 4UTTC 1MZHA 1U83A 2RH9A 5DBTA 4CCDA 4FNSA 1G7UA 4K7YA 3BO9A 2QUUA 2V5BA 1SW3A 1FWSA 1WYIA 5CZJA 4I7VA 3M6YA 4OQVA 3HGJA 1JQXA 1GG0A 3PM6A 5BMXA 4UTJA 3M5VA 3SGZA 3WK3A 3TX9A 3GDMA 3SW6A 2X30A 3IVUA 2Q8LA 3A5FA 1H62A 1LBFA 5D37A 8TIMA 5DXXA 5TBOA 4W9TA 1XKYA 4NXSA 5FESA 4E2DA 1P0KA 3CB8A 4MKNA 4PC8A 1ICSA 3JRKA 4GJ1A 3KRZA 5D02A 1FWTA 3HG3A 1H51A 3HJZA 1U5JA 2QCNA 1LCOA 1K7FA 1HFBA 2ZCGA 4EF8A 3WJZA 4M6QA 3NQAA 4D2JA 1Z41A 4UNLA 1B9BA 2GVLA 4EIVA 2J24A 3TU9A 2ZQ0A 5G5IA 4N02A 1B57A 1SW7A 1XFBA 4MLRA 2AAMA 1H7NA 1CW2A 1LOQA 1SZEA 1WX0A 2TMDA 4S2BA 3MW7A 2PURA 5D03A 4PODA 2OX1A 2BX7A 4O28A 4WZHA 1IXQA 4NQ1A 3MJYA 1O60A 3MMTA 3TC6A 3UQNA 3HB9A 2V81A 4POCA 3KVKA 3RLUA 3RNDA 1S5VA 1H7PA 4K7VA 1PHQA 4FX8A 2YR1A 3MI3A 5HWMA 3LHYA 1JCYA 4JX6A 4N6FA 2XN0A 3FFSA 5HR6A 3N34A 1R2SA 4JTUA 3G1VA 3PC0A 1KM6A 4O52A 2XN1A 3HGRA 5D09A 2Z2UA 1K8ZA 3OVQA 3W1UA 3M16A 5AC6A 3O1NA 1M6JA 4DF2A 1GYNA 5MHBA 2YSWA 1ICQA 2VFFA 4XBKA 1W3TA 2JKAA 3PWAA 4G1KA 1DJQA 3W6YA 3NL2A 5KZMA 3QM3A 4S1FA 1XDLA 1OVDA 1PV8A 4U4MA 3N14A 4EVZA 5LGZA 2DZPA 2C6QA 1XXXA 4JDYA 1OABA 3MI2A 5LSMA 3L21A 2OMAA 1R46A 2EKCA 1AL8A 2YX0A 3KAOA 4O12A 1CI1A 5EL1A 1JVNA 3O6DA 3RFAA 3S5OA 4HPJA 2GQAA 2JGQA 5BNKA 5FF3A 1LROA 3O05A 1RV8A 2C1HA 4GUIA 3S8HA 3MHGA 2GQ9A 5F2MA 2HS8A 3TNOA 1QOPA 3NQ6A 3W9ZA 3Q37A 3UD6A 1QWGA 4OBTA 4JICA 1MXSA 1THFD 2TPSA 1L6WA 1ZAIA 3LRLA 4AWTA 1VS1A 2G97A 3DFTA 1R47A 1YXCA 4EOUA 4HHPA 5K2ZA 3BLEA 1KM5A 5HULA 1FX6A 3M0ZA 1GT8A 3PUDA 4LVFA 1PCWA 5FEPA 2Y89A 4ADTA 1A5SA 3M5YA 2I9EA 4BWLA 1S5TA 3Q58A 5K4XA 4LS0A 3E0IA 4YXGA 3W7CA 5T26A 3NQDA 3H54A 1Z42A 1YYAA 3B06A 1HO4A 4RK8A 1RZMA 4O15A 2V30A 4JDBA 3QPZA 1VCFA 1KV5A 1QPNA 3VCRA 3DFQA 4O54A 2V2DA 3QQ0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1TQXA

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Chord Diagram

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