1TRD | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Intramolecular oxidoreductase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Structures of the "open" and "closed" state of trypanosomal triosephosphate isomerase, as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	91
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1992-10-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1trdA00

1Y0EA 3ZR4A 2YDAA 2Z6JA 3PBWA 1PCKA 4IXXA 4PA8A 4E2BA 4K6AA 3UZJA 1G4TA 1OFQA 4ML9A 4RXGA 3RFAA 2NX3A 5K3VA 5AYZA 3KRZA 2HTMA 2DZVA 3HPSA 3CB8A 1XDLA 1L2UA 1TTJA 2BSLA 3NQ2A 1H7NA 4UTTC 3NVTA 4FX6M 2QR6A 1M5WA 4HNTA 3N34A 1U83A 1WYIA 4ADTA 3M1ZA 3DH7A 3MP3A 4O52A 3IVTA 3W6YA 3S8HA 3W7DA 2QEZA 3P5ZA 5FEXA 4TU1A 2VFHA 2DJLA 1RQBA 3W1QA 3EWBX 5BMWA 5J5DA 3LOTA 3HG2A 2XN0A 2V2HA 1G4SA 4RZ6A 5E0KA 4GUFA 4MPQA 1JQXA 4DXVA 3DU0A 4GNJA 1FUYA 4O10A 4MYAA 2ZA3A 5BRBA 3MI3A 5K9XA 3D0CA 3A5VA 3W3OA 3H53A 3LDVA 1KM1A 3O6DA 1SU5A 2WNZA 5G2HA 1VHNA 4FNPA 4QIUA 3TC7A 4S1FA 1SUXA 2C0AA 1R2SA 3LBMA 4NXSA 4WJEA 1SW7A 4J9JA 1A53A 3S0CA 1XI3A 4O28A 3TQVA 1KLZA 3WJWA 1Q3NA 1GEQA 4LVGA 4JNMA 4HNUA 4GUHA 3NQMA 3KVJA 2ZRVA 2BTMA 3N73A 4AHOA 3TDFA 3G1VA 3EX4A 2V2DA 4POCA 1SSGA 3QF0A 1DJQA 3W7JA 2Y88A 5CKSA 3OG3A 5F4WA 2A6LA 3P8IA 2FFCA 4JY9A 2JGQA 4DF0A 2ZA2A 3YPIA 5I3IA 3C6CA 2G95A 2H8ZA 1PS9A 3QZEA 2P10A 1QO5A 4LS2A 3G0XA 2Y7FA 2XN1A 4ICNA 2ZRYA 3TE9A 4EOUA 3NPXA 1FXQA 2FLIA 2Y61A 1LDCA 4W9TA 4NZFA 5LGXA 5D03A 3QYQA 3VE9A 3L0GA 3LLDA 2ZRWA 1KFLA 2YYUA 1SO6A 3PC0A 3GNDA 3TSDA 2C18A 4MYXA 3LBCA 4AH7A 4HNVA 2ZCGA 1IIGA 3W7OA 1ALDA 3ZWSA 4XBSA 1TPFA 1LBFA 3W7RA 1XBZA 4JDYA 4WXZA 3PG9A 4BI7A 3W7MA 2E5CA 3UYCA 3GK0A 3NQGA 4MY9A 1A50A 4Z1BA 3IIXA 4YMZA 1H7OA 1GG0A 1XC4A 4UXDA 3PM6A 1OHLA 1LRTA 1OFRA 3V1PA 4JGDA 2DZUA 2NXGA 1JCJA 2ZQ0A 4OGZA 1YTEA 4FB7A 4O15A 1TPUA 2CZEA 4H3DA 3F4NA 3TU9A 1FWSA 1KA9F 2X1TA 4JEQA 2DZSA 3NQ6A 1H1ZA 4AVFA 1ME7A 3TXZA 1VYSX 3IGUA 3W2LA 2VEIA 3RLUA 2I14A 1OYBA 1MSSA 3QPZA 4L4LA 4PEKA 1GT8A 1W54A 2VEPA 5G1TA 3TA6A 1ML1A 1B9BA 3NAVA 1AL8A 2PRLA 3EWYA 3L65A 3NM3A 5AHEA 1LORA 2VXNA 1JJKA 3G1HA 1YDNA 4FHAA 3Q2DA 1ZAIA 3W7NA 1HO1A 2Q3OA 2VFGA 1GVFA 3EWWA 4S2BA 5CPOA 1I45A 1HO4A 3B0PA 3MWAA 3SY5A 1K7XA 3WJZA 5D33A 3ABOA 3TIMA 3M41A 2EHHA 1PCWA 1TSIA 3IIPA 1SQ7A 4YL2A 1KFCA 3W23A 2CZFA 2TRSA 2VOMA 3IEBA 1FQ0A 1GPWA 4FX7A 4A29A 4PTNA 1DJNA 5CZSA 4UTUA 4UNKA 3TW6A 3LHWA 2Z1BA 1WOBA 1L6WA 4A21A 5F2IA 3PBVA 3LV5A 4NJIA 1VYPX 3LCLA 4Z1DA 3N2MA 1JUKA 3W73A 3NQEA 1R30A 3L0NA 1TJRA 3L21A 1A5SA 3QRHA 1VLIA 3A5FA 3S9YA 3LX9A 4IMEA 4O53A 3W76A 4BFAA 1M6JA 1SZNA 4IX2A 4O0KA 3W07A 1OFPA 1OFBA 3P81A 5AHMA 2E68A 3LCWA 3GKFA 3KHJA 1K02A 1TCDA 2F84A 3LI0A 3UXDA 1MZHA 3QSTA 4XTIA 4HKPA 1M7PA 3WJSA 2QF7A 1H62A 2QCDA 3FJLA 5HQEA 1GVOA 1KFEA 1AL7A 3EX6A 1X1OA 1M7OA 3GDKA 3T4CA 4L4MA 4FIQA 4IMDA 3GXPA 1LBMA 4XZ9A 5G1YA 4XTDA 2NXHA 4AMAA 2Y6ZA 1Z44A 4MZYA 3USBA 4UTJA 1AK5A 1W3TA 1F6KA 3TC6A 3NG3A 3C8FA 2ZYFA 1MXSA 2Y63A 3W9ZA 4X2RA 1F2JA 5DN1A 5KZDA 3W2UA 3PUEA 5D2WA 1DHPA 4GWEA 1EPXA 2C16A 2Y7GA 4TO8A 3ZS4A 3W1PA 3W70A 2WKJA 4M6QA 3W1RA 3QQ1A 2WPBA 2EGZA 3W22A 3MYPA 2V2CA 2Y89A 3AJXA 5C5YA 1VJIA 1QWGA 1UB3A 2DZWA 2VFDA 1W0MA 2QCLA 5CSSA 1SO4A 5F4XA 4FNTA 4UTTA 5AHNA 2QAPA 3MI2A 5LHEA 2H3BA 2WO5A 2YR1A 1FY6A 4ADSA 4O17A 5EYWA 3SJ3A 1H51A 3BLFA 4FXRA 1A5CA 4E2DA 3MBFA 2V30A 3R2GA 5K9DA 3A9IA 5HWMA 1KTCA 3G22A 2J9XA 3U2OA 1S3HA 4QQ3A 3TXVA 3LRMA 4AXKA 4NNCA 4O19A 4IPJA 3W1UA 2ALDA 3LXBA 2TMDA 3B0UX 3O6CA 1GVQA 1KM5A 1I8JA 1TV8A 4Q32A 4JIQA 4K36A 1F05A 1W37A 1EP2A 4AHQA 3VFLA 2C14A 3ZFHA 5AFDA 4HT3A 3BO9A 2QUUA 5KITA 4QNWA 3HGOA 2E1DA 3BG9A 1IGSA 2VEMA 3N9SA 1W8SA 3M9YA 3NPUA 1PIIA 3FKKA 1W5MA 1QPNA 4DF1A 3B4UA 2ZA1A 3NZ1A 1TQJA 3MHFA 4NXKA 3GDMA 2GOUA 4PCFA 3QPYA 3DFOA 1D3HA 2HSAA 1SO3A 5DY2A 1RPXA 3TKFA 1XXXA 3EXSA 1LP6A 4JTTA 1YTDA 3FOKA 4BI5A 3R13A 4ONVA 1GVRA 1JULA 3MW7A 4KKXA 4M6PA 4PFMA 4IGHA 3S5OA 1C9DA 1ZAHA 1TTPA 2Y62A 3T40A 5KZMA 4UMBA 1Q6OA 4FX8A 3ATZA 2CZDA 2NWSA 2FTPA 3TMQA 5DXYA 1RR2A 3KVMA 3MO7A 4N9EA 4RJEA 2RFGA 4BR1A 3LTPA 5EPDA 4M7TA 1K03A 3LI1A 1T96A 3G8EA 4GUGA 3QW4B 2J27A 5BW6A 3M5XA 3WK3A 2A1YA 3W1LA 1XUZA 1X8FA 3UWWA 4LUIA 3QJAA 4RR4A 1SFLA 4OHQA 4JX6A 3T55A 2YW3A 3DFNA 1KM0A 1G4EA 4AWTA 3W2MA 4O1CA 1FWNA 4LS0A 1KFKA 1HUVA 3STFA 2YSWA 5I3KA 2O7SA 3IRDA 5MHBA 1RQEA 3W2NA 5LNVA 2QCGA 3KRSA 1G6CA 1SW3A 4JR5A 4RZ4A 4JYDA 1FXPA 2QCFA 1OX4B 3C2FA 2YGYA 3HOJA 5F2GA 4I9AA 5BOOA 1QR7A 2A7PA 3ANYA 4M19A 2OCZA 1GWJA 3IVSA 4LWWA 1N7KA 5DLCA 4XWUA 2GQAA 4U28A 1O60A 4LVFA 1H7WA 1P5BA 3LB0A 4QM1A 4NU7A 4UTKA 1KTNA 2PC4A 1YTKA 2ZZ6A 3LRKA 4K38A 1FCVA 2YYTA 4K8EA 3W87A 1TTIA 3C2EA 2VEKA 3NYZA 4O54A 5G2IA 1W56A 4LC8A 3G3DA 3BW3A 1FWWA 1QO2A 3NL6A 4JYEA 4FNSA 2IQTA 3R89A 4OT7A 3STEA 2QJIA 3GX9A 1JUBA 4ZQMA 3RLVA 7TIMA 1FDZA 5F2MA 4JX5A 5EMUA 4WY0F 2X1UA 5AB3A 3NQ8A 3VI2A 2C1HA 4KFNA 2RH9A 4O4WA 3TSBA 4BI6A 4N4PA 2A7NA 1UUOA 1BTMA 3QMRA 2A6NA 5ABTA 2FPTA 5HJLA 3H54A 4Q4KA 4HPJA 2VFEA 4AF0A 5D30A 3F4WA 2RHGA 4P2VA 1KM4A 3EKZA 3CIXA 4WY0A 2NZLA 3I7RA 3G1AA 1K7FA 2VELA 4KFOA 1VC4A 2A85A 3W84A 4OQVA 2G96A 3IIOA 3U8GA 5D04C 5FEWA 3C2RA 1AW5A 4H6KA 3P7YA 4O4VA 3UWYA 4I7WA 5LNWA 1IXPA 5AYXA 5D2XA 4BF9A 1ZY9A 1TYGA 5BMXA 3MUXA 4S2CA 3G1YA 3M6YA 4K7VA 1MEWA 1KFJA 2WJZA 1YPIA 3TUUA 5AC7A 1D9EA 4Y9AA 1EIXA 1H7PA 2E6YA 4NT0A 4UFIA 2AAMA 4NNBA 5BNKA 4XBKA 4H4IA 4JIPA 3OVPA 4HHPA 3JS3A 1WQ5A 1I2QA 2A2IA 5DY3A 1BEUA 3ELFA 1G67A 3STCA 3DBPA 3OIXA 1I2RA 4FNRA 4CQ8A 3MP5A 2RDTA 4N6EA 4JTHA 3F03K 1TREA 3NXFA 3OEXA 4UFKA 3C52A 4LT9A 4MZ1A 3DI1A 1QPRA 1X6UA 4NJHA 2V82A 3GZ3A 1RV8A 3QH2A 5C55A 4ORMA 4DPPA 3DAQA 3PSWA 3KXQA 3WK1A 4JTEA 2XN2A 3KX6A 3P80A 3S5NA 4WD0A 3KVKA 4NX5A 2GJNA 2A7RA 4NX0A 3GDTA 2GVJA 1GOXA 3ABRA 3M44A 5AC8A 3G1FA 1W5PA 4IMGA 3P62A 4NJKA 4ADUA 4DO6A 5C2XA 5CZTA 3BV4A 3IVUA 3PUDA 3P5YA 3DHDA 3L0KA 1BWKA 1SZFA 5TQLA 5FI8A 1SR9A 4N6FA 4CCCA 3GDRA 2LLEA 5G5IA 4CCDA 3IGXA 1ZCOA 3SGZA 1XM3A 1TPEA 3PR2A 1Q6RA 1W1ZA 1UCWA 3MYOA 4UR8A 2ZZ3A 2E6FA 3HMJG 3TV8A 5HWNA 2PE4A 4AHPA 1WV2A 2YCEA 1VZWA 2OX1A 2ZZ5A 3UY7A 5GVJA 3HIJA 1QDSA 1F7BA 2ZDRA 3N9RA 2EKCA 2EAWA 1IF2A 4N2YA 4PL1A 1F74A 3PBYA 4CCEA 3W72A 5E1QA 4DPQA 3CQ0A 3NOEA 3M43A 1UUMA 3I6RA 5K4XA 3MJYA 3EWXA 4UFLA 3TAKA 1KW1A 2B4GA 2W0UA 2QCNA 3LHZA 1LLWA 4JY8A 3SSJA 3GAYA 2B0MA 3W7GA 4JTJA 5LNSA 1G4PA 1WA3A 1RZMA 4JDBA 1L6YA 1VRDA 1U5JA 3MHUA 3A24A 5U4NA 4IPIA 4DEFA 3Q37A 2ATMA 1I2OA 3NL2A 4Z08A 1IIHA 2ISSA 4OV9A 1T99A 4LOCA 4YLWA 3TK7A 3HGRA 3SW6A 4FNQA 3BARA 3G1XA 5LNUA 4N4QA 3IIZA 5I3HA 2ZZ1A 2RKXA 2A0NA 3AO0A 5F1UA 4O8RA 3FA5A 3O05A 2B7OA 4GUIA 4UTIA 2JKAA 4FNUA 5CPNA 5DCDA 5IBXC 3S1XA 4WOZA 4MY8A 1OX5A 1ME9A 3LTYA 3JR2A 4DELA 1TRIA 1TRDA 2TSYA 2EPHA 4JTUA 3CEPA 3W2JA 1BWLA 5C54A 1WAUA 3G18A 3NQFA 1KV8A 1YXDA 3BLEA 4JX4A 3NR0A 5HNRA 4AEOA 2HMCA 1H61A 4GUJA 5HUOA 1GQNA 4ORIA 2QJHA 3M7WA 3W7EA 5AOUA 3C2VA 1PHWA 3LHVA 3H55A 3O06A 1OK4A 3NPVA 3GYEA 3LM7A 4IXHA 1I2NA 4MJMA 4IWWA 4O50A 1W3IA 4LUJA 5F1VA 2C6QA 3THQA 4IUOA 2CLKA 5KZEA 5CSRA 1QAPA 3EX1A 5F4SA 1LYXA 5F2LA 2C13A 1VYRA 4RV8A 1EEPA 5EY5A 1OJXA 2Z6IA 3CTLA 3FLUA 1JCYA 4UTMA 3W7PA 5D2TA 5I3GA 1PV8A 1NAL1 1FCQA 3R8RA 3TQ0A 1F73A 1Z41A 2Z0IA 4MOZA 2GQ8A 4YXGA 4WZHA 2P0OA 2OT0A 1AW1A 1H7XA 3EXTA 4NJJA 3LXCA 1EUNA 5AN7A 4ZZ9A 1OX4A 4EVZA 4YCPA 3EX3A 2B7QA 3G24A 1QNVA 1RQHA 1ZFJA 4B5NA 5D32A 3PB2A 4JXCA 2H3DA 5TBOA 3F1QA 4KWWA 4JYFA 1VQTA 2OJPA 4XKYA 3NPWA 4A22A 5AHLA 4O18A 2A21A 3BVJA 4Y6GA 3GAKA 4ALDA 1P0KA 2R8WA 1SZGA 3LXAA 2QCCA 3LHUA 3NQ7A 4JD4A 4HPXA 3DKJA 2H90A 4IOTA 3PUOA 1LOLA 1SZEA 5LNRA 5EBUA 3WJXA 3PF3A 3W7HA 4GRSA 4LC6A 4TX9A 1KM3A 5SWUA 3TSMA 4Z0SA 3UPWA 3VKJA 4FXSA 1NVMA 3P8JA 1N55A 2NUXA 1CX9A 4Z1AA 3HPZA 5DBUA 3LCIA 1MEIA 1EX5A 3P74A 3DZ1A 1Z42A 2Q8ZA 2C19A 3LRLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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