1TVLA

Structure of ytnj from bacillus subtilis
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
430
structure length
390
Chain Sequence
RADFIQFGAMIHGVGGTTDGWRHPDVDPSASTNIEFYMKKAQTAEKGLFSFIFIADGLFISEKSIPHFLNRFEPITILSALASVTKNIGLVGTFSTSFTEPFTISRQLMSLDHISGGRAGWNLVTSPQEGAARNHSKSNLPEHTERYEIAQEHLDVVRGLWNSWEHDAFIHNKKTGQFFDQAKLHRLNHKGKYFQVEGPLNIGRSKQGEPVVFQAGSSETGRQFAAKNADAIFTHSNSLEETKAFYADVKSRAADEGRDPSSVRIFPGISPIVADTEEEAEKKYREFAELIPIENAVTEAKARNLTLREVAQEMAFPRTLFIGTPERVASLIETWFNAEAADGFIVGSDIPGTLDAFVEKVIPILQERGLYRQDYRGGTLRENLGLGIPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords protein YTNJ
publication title Structure of YTNJ from Bacillus subtilis
rcsb
source organism Bacillus subtilis
total genus 138
structure length 390
sequence length 430
ec nomenclature ec 1.14.13.-:
pdb deposition date 2004-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1tvlA00
1F07A 4US5D 3FGCB 5LXEA 1YW1A 1EZWA 1Z69A 3B4YA 5AECA 3RAOA 1BSLA 1FVPA 1LUCB 1M41A 1RHCA 1NFPA 1BRLA 3FGCA 3B9OA 3B9NA 5DQPA 2I7GA 4J2PA 4US5A 3C8NA 1BRLB 2B81A 1NQKA 4UWMA 1LUCA 3SDOA 1XKJA 1TVLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F84A 4FPSA 4ACZB 4XBKA 2VUNA 3N18A 5D04C 2DT1A 1YDVA 4UNKA 4W5ZA 2ZX6A 1W8GA 2CLOA 1NDYA 1E4NA 2JIEA 2WVVA 1X39A 3AXHA 1XL9A 4I5RA 2WKGA 3UY8A 5AVHA 3VNZA 3V1HA 1Q85A 1EGVA 2J77A 2QCFA 2FVMA 2WV8A 4IIHA 4BI7A 3UXIA 4PL2A 4X0VA 3NWRA 3FXYA 4CQDA 4M7TA 1B3YA 2MANA 4V33A 1EC7A 5EU9A 2NSXA 2WB5A 3LNMA 3WENA 5I02A 1J0IA 4CNTA 1RALA 3KAOA 3MS8A 3WUBA 1E9LA 4QX4A 5J04A 1X96A 3LPFA 2BXZA 1N7KA 2A7RA 2QF8A 3RG6A 5E70A 1ZS2A 2VMFA 4AG0A 3T08A 2NQLA 1MEHA 4W9TA 4PCNA 2YL8A 3QGAC 4XG1A 4UTUA 5E0KA 2J7HA 1MUMA 5U4NA 4LAKA 2AGTA 4YWIA 1NFBA 2Y63A 3F5LA 1UWQA 1TA3A 1T7LA 3N14A 2NV2A 3UA3A 3QKEA 5ABHA 4WF7A 1H7OA 1KRMA 3MDUA 4EPEC 2IQDA 3MUIA 3QHOA 3DI0A 4JTGA 1S5TA 3STCA 4IFOA 1LUCA 3PBVA 3TU9A 4PMYA 4J28A 3CIVA 1VRXA 3GY1A 4JNZA 3W00A 3W86A 2NV9A 2XGBA 3VGEA 4KETA 3UJEA 3LCFA 4JN7A 3GDBA 2VDIA 3G1XA 4C1KA 1EUNA 2OR2A 3S9YA 1R7AA 3GXPA 2X0HA 4UR8A 5C8BB 1XGZA 2DZAA 3PWIA 3FKKA 4EX4A 4IGNA 4M6PA 5C6MA 1MDRA 1J12A 4Y7EA 2BOGX 1XCWA 1JYVA 4I90A 3NQVA 1WDQA 2XFYA 4JEJA 2NX9A 3OZOA 1M6JA 4V28A 1UBPC 2JKEA 2J74A 1XF0A 3MP4A 3TSMA 3MWAA 3R79A 2OX4A 4JOMA 3FAXA 3WD2A 1SFLA 4WDTA 1POJA 2UY4A 3MHGA 3NQDA 3G1SA 1XPGA 4AHQA 1C8XA 5H6HA 1ONRA 3H4XA 4UWMA 2GVLA 4AD4A 4WJEA 7CGTA 3KRUA 3BH4A 1WDPA 5HJYA 4Q4QA 2F61A 1H7RA 3PHAA 3EXRA 1VYRA 3TKFA 1UUQA 4PCFA 4UQAA 4MMWA 1Z9AA 3CMFA 2VFHA 3PAJA 4ZQNA 1F4HA 2HWGA 3CBWA 3TSBA 4AZIA 2VJXA 1L8NA 4JIHA 2VD8A 8XIMA 3R10A 1Q65A 2F8QA 3GC4A 1QBBA 1UD5A 1B1YA 5AC4A 2PTYA 4JTHA 1O1ZA 2E8YA 1NQKA 4TO8A 4QS5A 5BW6A 2D20A 1HL9A 3IRSA 3H22A 2VCBA 1W56A 1GORA 3R8GA 5F7UA 1V6XA 3GNDA 2QR6A 1FWTA 4GH1A 1W9XA 1SW3A 4Q4PA 3P60A 2YB4A 4IPLA 4CNSA 1ZNNA 3D3FA 3WKZA 1BVNP 3ZLGA 3P5YA 4V27A 1PDZA 3CASA 3PZNA 1TCMA 2BOEX 4TV6A 3QJAA 3W74A 3TLLA 1SZGA 3HG3A 4F9DA 1C92A 2VX4A 3S46A 1NTHA 4W88A 3OPSA 5J5DA 1UKTA 1W1IE 4FXRA 1LJYA 2YZ5A 1W3HA 4JCMA 1DJNA 4HMCA 3G2GA 3Q58A 4HPJA 5FSDC 1W32A 4IQEA 1RD5A 1RBLA 1UKSA 1H0IA 3R7MA 3AMLA 4TOQA 5IFTA 1KRCC 3A22A 2DORA 2XH0A 4EWJA 1KC7A 3B0XA 2DH3A 5HNUA 1E4IA 3SUVA 1K7EA 5A6SA 2CFFA 3BJSA 3W1MA 3S9ZA 3WDJA 4D8LA 2PUZA 1A5KC 1EJVC 1RJPA 1VFMA 2OLSA 1BYCA 4NYYA 3CEPA 4U31A 1DWGM 1OX5A 3VZYA 1CXEA 4JQ2A 1L9WA 3W7LA 4KWSA 1QRQA 1UR8A 1J4EA 3CL8A 4R7WA 3W2UA 1AJZA 1XG4A 1IWBA 3VKDA 2AL1A 1WDRA 4ACZA 1JR1A 4UTWA 3ZVHA 3FA5A 2V5DA 2GSHA 3O6DA 3IJQA 2DUXA 2O92A 2E9BA 1ZY9A 2WLZA 5HMEA 3UG8A 2V2CA 2DP3A 2A3BA 4L64A 3WQ5A 4TTUA 2G96A 1IYXA 4RDWA 3MP3A 1A80A 2OODA 2WNQA 3L21A 1EJTC 1KV8A 3IJ8A 2CXGA 3AOFA 5HOSA 4ZQOA 3IGXA 1IE7C 4D6DA 5HXMA 3W1UA 1DXEA 2OSWA 3WBWA 5C9RA 1GPFA 1XFCA 1WXZA 1YW1A 3H8AA 4DWDA 1GNXA 3ITTA 4AC1X 2QQ6A 2ISSA 4ROQA 4UMBA 2O56A 3LOTA 4PBGA 3A24A 1M04A 3BLIA 1V3IA 3N2XA 2PB1A 5H2ZA 3AS2A 4IJRA 5LHFA 3H26A 3SW6A 2B7NA 4Q8VA 3W38A 1V3HA 3QZEA 1UZ4A 3KCLA 4NI3A 4GQ0A 4D8ZA 5DT7A 2UV8G 4AD0A 1A0DA 3WQFA 1EOKA 1TTQA 4UTHA 2QV5A 4Z42C 5LIWX 2OYMA 1OY0A 3ANUA 2D23A 1UJPA 1K9DA 1ONEA 3T4WA 4U28A 3CV7A 5HQEA 3UXDA 1KM4A 2CZDA 4GVFA 1LORA 3SADA 2D2HA 1XIDA 2ZZ4A 2PRMA 3CT2A 3VDBA 1QFEA 3BQ5A 3UD6A 4MAZA 2Z2AA 1KBBA 2PDQA 5D8ZA 2PP1A 3MU7A 4WDXA 1TV8A 2FZBA 3JW7A 2C1IA 5FJPA 2VFFA 3VO0A 5I07A 1GHRA 4UQCA 1QPRA 1AH3A 3EOUA 1H63A 4L9YA 4DXXA 1FWIC 4ADUA 2A7NA 2H8XA 1LLZA 3BK0A 2CIPA 3KOWA 5HWJA 3CWNA 3TP4A 2DSVA 3GW3A 2D22A 1RBOB 4Z1BA 4QLKA 1O5XA 1VHCA 2PAJA 2W3ZA 1BTCA 1WBJA 4GFSA 4UCFA 4DBUA 1UD2A 1E0XA 1ME7A 1Q8AA 2W66A 4A8NA 1XD0A 1QI3A 3B0UX 2QCDB 5HR7A 3DYPA 2QS8A 3DDMA 2Y5JA 3BLEA 3JU2A 3ALFA 2PRLA 3URBA 1H5VA 2BXVA 1XYBA 3QOMA 1XHGA 1RVGA 1DHPA 3MHUA 1H7NA 2VX6A 2D0GA 4H6KA 4AY1A 3KL0A 1CGUA 2YXGA 1ONXA 3USZA 1P48A 1UKPA 4FZIA 3RLUA 4A2SA 4W8LA 3F4DA 4JTJA 3WUEA 2J9YA 4MLRA 4L7ZA 4CKQA 1W1PA 3WDPP 4DJEC 1XKJA 2HISA 4MJ4A 3B06A 1FWSA 4QLLA 4OWGA 3IS4A 2B4GA 1O60A 1B57A 5G4WA 1OF8A 1BWLA 2AKMA 1E15A 5JBEA 1AH4A 1MW3A 2WQPA 1S1PA 4DRSA 2YIHA 3VGGA 1CEOA 3GC2A 5C55A 4LV4A 4XKMA 2WKLA 4HQVA 2DFAA 1RA5A 1XRSA 2NQ5A 1S5WA 4ZQRA 3VA8A 3QH2A 3ABRA 3DAQA 4ZQCA 3MJYA 4HNOA 4LVAA 3SBFA 3U2CA 2F6KA 4S38A 2ZRWA 4HU3A 4JGDA 1SW0A 2WJDA 1JRCA 4QDMA 2H90A 1XGDA 4JFSA 2PWFA 2E77A 3WQEA 3NDZA 1V6VA 4H9ZA 1VB9A 5FKYA 2QT3A 4QE1A 2NUWA 3FSTA 3ZOAA 1NAL1 3W87A 1M68A 3OEXA 4XAPA 1XJBA 4WSKA 4IICA 2EPKX 3DFTA 5FL0A 3M16A 1MSSA 4U4MA 3WIJA 2ZX9A 2VVSA 4CUCA 1ML1A 4GO9A 1HF6A 4P2VA 3ZJKA 5D37A 1BWVA 2VEGA 1MMFA 3NIYA 3N3MA 4F0RA 5TF0A 2Z1BA 4I9MA 1CXFA 2Z28A 3SGUA 2BSLA 3TTEA 3KX6A 1AQHA 1FH7A 4AIBA 3H2MA 2E1DA 2PDUA 3QV8A 3OG2A 3OLGA 3H2NA 1R3QA 2OZ3A 5A6MA 2Q8LA 3E6EA 3O07A 2XSXA 1OYCA 2MNRA 2X16A 1UD8A 1UH2A 2PDPA 1EIXA 3SCWA 2OU4A 1BG9A 3SY8A 5E6ZA 5DMMA 4H6EA 3RN6A 4LVFA 1HKVA 3BMXA 2GUUA 5D4YA 1BSIA 2HBXA 2ZA2A 2GSJA 1H4PA 3URQA 1S46A 2OKOA 2O9RA 1TFVA 4US5A 1B30A 1V3JA 4K7VA 3NSMA 2OO6A 5AHMA 1CXKA 2NV1A 3GNOA 2WW5A 4CCCA 1DJZA 4KWOA 4TUFA 4DPQA 3PJXA 3NO1A 1UC5A 2DQWA 2QUVA 1TJPA 3VMOA 3TMQA 5BRPA 4IUOA 3WJSA 1GVQA 2ZZ2A 2P88A 3GFYA 3W2KA 4QQ3A 2VGBA 3ARUA 1LDCA 3DBNA 1KFLA 4PTXA 4LUSB 2ZUSA 4UR9A 4ZO9A 2XM1A 3K8KA 2PLKA 3GTHA 1CXLA 3SFWA 4JR5A 3QTPA 2CLFA 1R85A 2CLKA 4XD6A 3G8EA 1NP2A 4PMOA 1OABA 1XIFA 4IJBA 3LU2A 4MLJA 1OFRA 4LU0A 1R9XA 3G1HA 1KTCA 4AW7A 3GNPA 1C8YA 1F8IA 3G24A 2NVCA 1TPVA 4GE8A 5AYYA 2V2DA 1RHCA 2ZVRA 3B8DA 2ZX7A 1OQFA 3QQWA 1ZRQA 1I6NA 2VVNA 4C5ZA 3EMQA 5AHIA 3VM5A 3KHJA 4BR1A 4JBRA 1TE1A 1R3VA 2GJLA 3C2RA 3ZO9A 3MTWA 3FLUA 3R0UA 1P6CA 2PWEA 3BG3A 1TCDA 9XIAA 1J0ZA 3WELA 3NR0A 3MY9A 1VIZA 2VHLA 5C2CA 3KRZA 3BOLA 5CPMA 3CV2A 3B0PA 2RDUA 5GJNA 1N8FA 2GSEA 3Q37A 4BQ3A 1EDGA 3LLXA 3G22A 1I9CB 5A8QA 1XLHA 5G2WA 1E4LA 5EY5A 3PBYA 1RCQA 3STEA 4Y9PA 3P67A 3Q65A 3P3BA 1CENA 1IEWA 1V0MA 1OIFA 4QS6A 3NQ8A 3SGGA 3GH7A 3GHRA 1K8XA 2V3FA 1UR0A 4M19A 3WLOA 1ZAIA 2ZVIA 4OBTA 3CUXA 2J78A 4JN6A 3RILA 2WC3A 2X8RA 4HNUA 3C0JA 3BMVA 1ZFJA 3PJTA 4IZGA 4M1BA 3V7PA 3M0KA 2V69A 4ADTA 3ARRA 3VD5A 1YBQA 2OTDA 4AH7A 3NTYA 3H2FA 3WMBA 5HNTA 2XHYA 1VEMA 2QZRA 3OLEA 3LCXA 1JIBA 3SAZA 3ABQA 1ZP3A 4HIBA 5DCDA 5LGZA 4Z2HA 2GQ9A 5F2GA 4WJXA 5LIUX 3RIKA 4LC8A 4X2PA 5EMMA 2BVDA 1QDSA 5JIWA 5EBUA 3NNTA 4JD4A 3QY7A 4YVPA 3M46A 4BHYA 4O1EA 3BCFA 3ES7A 1REQA 1IEIA 1W3LA 2HDJA 3VFCA 4NNCA 3M7SA 1OK4A 1Z42A 5KZEA 4ORMA 4XZBA 2IKGA 2FTWA 2YCIX 4LXFA 2XVPA 1NY1A 3THQA 4FIQA 5EMYA 1B3ZA 2WKJA 4QJ5B 5A95A 2A5HA 1U30A 1UKQA 3V5FA 1QOPA 2QJJA 3UWYA 4OBRA 2P1FA 2E3ZA 4PMZA 3KBSA 4PMJA 2C91A 1G67A 3O0KA 3CQJA 3LHWA 4B9YA 4M5PA 2GVJA 2R24A 4OOZA 1UOZA 3AQUA 3QFWA 4C6NA 4BA0A 2BV9A 1BD0A 3O63A 4WD0A 2Y2WA 2P10A 1P0EA 4MNJA 4E8DA 2XGIA 2X09A 2Y88A 1GGOA 4JX4A 4S3KA 2YLLA 1UWTA 3EMZA 4QCEA 3LGGA 4WGXA 4NVTA 1O7AA 1UWAA 3IEBA 3H23A 1XWYA 1VLWA 4XK2A 1NWSA 4DJEA 4ILSA 3EYPA 5DELA 3LGDA 3S2NA 3SDOA 5KSWA 4LT9A 1TE6A 5XIMA 3GXDA 5E5CA 5ENLA 3ZJ8A 4S3JA 3UBPC 1GEHA 1QCWA 4XZIA 3SM0A 3NUKA 1TUXA 1M03A 2BB0A 3ATZA 1RD6A 1DKWA 4Q8OA 1PX3A 4ZO8A 5DRCA 5JU6A 1XG3A 2VD9A 4TVDA 3FIGA 4DZIA 4OOUA 3MJMA 3WZ0E 4I9AA 3MZNA 2OLAA 2ZE3A 4KW2A 4PMVA 2CETA 3DHPA 3RF9A 1UH3A 3VMNA 4HZ7A 3CC1A 1MW2A 3LN3A 3T2QA 3G5EA 3OVPA 1P1MA 5D9PA 5BCAA 5AKQA 3LNPA 4N6FA 3N9RA 1NU5A 3GD6A 3VOCA 1FFRA 3FVDA 3EEZA 5A6BA 3M1ZA 3TFCA 2XGZA 3BG5A 3N6HA 3PP7A 1EXBA 1VGAA 2QVHA 5JMUA 4IPJA 2E6DA 3V16A 2PGWA 3IIPA 1L6GA 3EKGA 1IR2A 2PA6A 3I10A 3L65A 4OECA 1KFCA 2CLEA 1XRFA 4Z0JA 2GGIA 3DC0A 3JRKA 4CD8A 1F2JA 3LCWA 1NH6A 3AYRA 4UIOA 1R3SA 4ERAA 3FHQA 1QHOA 2JALA 5HUPA 5FL1A 4H8VA 1EF2A 2TYSA 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