1UAXA

Crystal structure of the ribonuclease h2 from pyrococcus horikoshii ot3
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
MKVAGVDEAGRGPVIGPLVIGVAVIDEKNIERLRDIGVKDSKQLTPGQREKLFSKLIDILDDYYVLLVTPKEIDERHHSMNELEAEKFVVALNSLRIKPQKIYVDSADVDPKRFASLIKAGLKYEATVIAEHKADAKYEIVSAASIIAKVTRDREIEKLKQKYGEFGSGYPSDPRTKEWLEEYYKQYGDFPPIVRRTWETARKIEERFRKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title Crystal structure of the ribonuclease H2 from Pyrococcus horikoshii OT3
rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 76
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2003-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1uaxA00
3PX4A 4I7FA 3QESA 4Z4HA 3TABA 2B6AA 4ZTFA 1KVAA 1ITGA 2KW4A 4CHYA 4DFPA 1SL0A 1Q8IA 3P5JA 2D0CA 1RDBA 2FC0A 1X1PA 4IG3A 2W42A 4DTJA 3B6OA 1C0UA 1HPZA 3IRXA 1DTQA 3NF7A 4KB0A 4CECA 4B9LA 2LSNA 1X9SA 3QLHA 1NJWA 3LAMA 4KRFA 1YT3A 3AA2A 1Q9YA 2R7YA 3DM2A 3NGIA 2VWKA 3K5LA 4Z4GA 3L2RA 3SUQA 4CGIA 2XY7A 1Z25A 2ETJA 3SCXA 3ASMA 3CM5A 4FJ9A 1RBTA 3AA5X 3SUPA 3HK2A 3CQ8A 2YNGA 3LZIA 1WSHA 3SV3A 1QSYA 5KI6A 3WNFA 3HPHA 4CHQA 2Q3SA 3RMCA 1ZYQA 4AHTA 4GW6A 4DTRA 2PZSA 4CHNA 3V9WA 4H4MA 2GUIA 3UIQA 1SKWA 4KI4A 3S3NA 1C1AA 3G0ZA 4L8RB 4FLVA 1BL3A 4CFAA 2KQ2A 3HL8A 4XIUA 3SNNA 3L3UA 4RW8A 3TR8A 4DU3A 4OKJA 4CEZA 4DTPA 2G8VA 3A2FA 1IKYA 1ZBFA 2E6MA 4KV8A 2XHBA 1ZBUA 4FJLA 2BE2A 4CIEA 2HNZA 2IS3A 1WSEA 2X74A 3KJVA 3V9XA 3NGZA 3V81A 4LD0A 3KTQA 1DTTA 2QXFA 4DFJA 4CEDA 3QNOA 1S1VA 1KFSA 3DRPA 3OS2A 4FW1A 2EX3A 5HBMA 4FLZA 3T1AA 2OA8A 2PYLA 4CF1A 2YKNA 3KKRA 1HQEA 4E7JA 1RT4A 3MEDA 3RR8A 4B9TA 4B9NA 4KO0A 3L2UA 3ZCMA 4RW9A 1GOBA 3VN5A 4CJEA 1EP4A 1EX4A 3VQ5A 3OYFA 4FJJA 4N76A 5EU7A 1KVBA 5J2PA 2NUBA 2O4IA 4R5PA 4W5RA 1TL1A 4CK2A 1CLQA 1W0HA 2HNYA 3D45A 3TWHA 1KSPA 4FXDA 4FJ8A 4NYNA 1IG9A 4GMJB 1UAXA 1BIUA 4CE9A 4FK4A 4FM0A 4CIFA 2IDOA 2WONA 3PY8A 4DG1A 3LWLA 2ITGA 2JLEA 4N47A 3FFIA 4O5BA 2G8IA 1NK7A 2OPSA 4W5TA 3AO4A 2D5RA 2Y1IA 4PA1A 1VK0A 4NCAA 1JXEA 4LSNA 3M8QA 1SL2A 4F3OA 1WSJA 3NHGA 1RT5A 1KFDA 4TSXA 3DOLA 3V1RA 1Z26A 4Y1CA 1VSIA 3OJSA 4DF8A 3TAFA 1SKRA 4KAZA 4FJXA 1C0TA 4PUOA 3L3VA 4E1MA 2VWJA 3HVRA 2HHQA 4EP4A 2BDPA 1RDAA 4LSLA 1I3AA 4HTUA 4DSFA 2I5JA 2OZMA 2EHGA 2OYQA 4DF4A 5CY4A 3H08A 1TK8A 1NOZA 3I0RA 3MECA 5T7BA 2Z1JA 3LALA 3V9SA 3AVJA 3CFPA 3SQ0A 1XHXA 3ZT1A 3VQ4A 2G8WA 1J9AA 4FJMA 4CJ3A 3QINA 3HP6A 1GOAA 1JLFA 2ATQA 3SQ2A 3MAQA 3SV4A 3L2VA 2D0AA 4B9UA 1VSLA 2B4JA 2ZD1A 3DLGA 4C8OA 2E4LA 3O4QA 4HCCA 4GVMA 3DYAA 3C94A 3LANA 4BDYA 1NK5A 2OPRA 4O0JA 1UA1A 4N5SA 3QO9A 2X78A 4IDKA 2HMIA 1S1UA 4KTZA 3VQ9A 3DRSA 1RDDA 4AHVA 4ICLA 3K5MA 3ZT0A 3DLRA 3ZT3A 5I3UA 4M42A 3LPTA 3OS1A 3DLKA 3ZSVA 3SI6A 1T7PA 4OGCA 4HCBA 4RW4A 1T03A 3OYNA 1N6QA 3AVLA 4J2DA 4NYFA 4JLHA 5CZ1A 3ULDA 3V9UA 4EZ6A 2DFFA 3F9KA 2OPQA 1BIZA 1LW0A 2X6SA 2WOMA 3L8BA 1D9DA 1QQCA 5J1EA 4M3ZA 1B9FA 3K2PA 5E41A 4DS5A 1EETA 3VQ8A 4PWDA 4E7KA 1FKOA 1VRUA 2IAJA 4CJUA 3L2WA 4W5NA 4DTUA 4CGFA 1VRTA 1T05A 4RW6A 4FM2A 1SUQA 1NJYA 2RF2A 3IS9A 4CIGA 4OLAA 3NE6A 1U48A 2D0BA 4CERA 4DQSA 1CXUA 1HYVA 3WNGA 4KHWA 4CGHA 1HYZA 4ZHRA 5KRTA 3DLHA 1DLOA 3NFAA 3HM9A 4CFCA 4DSEA 3O3GA 3NH1A 2YV0X 1WSFA 4M3YA 1RBVA 3ZT4A 1FK9A 4FZXC 2QKBA 4DQRA 3OVNA 4M41A 4M3TA 1HRHA 1RT2A 3NF6A 4CGDA 2B5JA 1EXQA 4CJLA 4CF9A 5DK5A 3LDSA 3JSMA 1S1XA 3TAGA 1BI4B 4JS4A 4BDPA 1UOCA 4O4GA 3QEVA 4WE1A 1TAQA 4CHZA 3EYZA 4CEAA 2XY5A 4DSKA 3AVAA 4DQIA 1CZ9A 2XO7A 3G10A 3K57A 4K8ZA 3K5NA 1JLCA 2Z1GA 5JS2A 4CEFA 4BE2A 5I42A 3HSTB 3ITHA 1Q9XA 4K8XA 3ZSRA 3KLHA 1QTMA 3IAYA 1A5VA 3L2QA 4Z4EA 1RCHA 4B08A 1JLBA 4IFYA 3KD5E 3OYBA 3I8DA 1BGXT 3KKSA 1ZBHA 4CF8A 4LY7A 3QIOA 2OZSA 1U45A 3OYKA 1BCOA 1BQNA 3O4NA 3C95A 1LAVA 4I9LA 1FXXA 3U6FA 4CJKA 4CGGA 1SL1A 3RR7A 1VSDA 1JLGA 4E7LA 1S6QA 3VQPA 2FBVA 3QEXA 4DTSA 3AA4A 4FYDA 3KK3A 1RTHA 4B9SA 4B9VA 4FLXA 3BDPA 1TAUA 1NJXA 3HYFA 4DLEA 3QEIA 1WNSA 1L3VA 1S6PA 1YTAA 4DMNA 1CXQA 5D3GA 1YVUA 3BGRA 3LP3A 5CYQA 5HP1A 4I2QA 1LAWA 4LH4A 2PYJA 5KTQA 5JS1A 4FK2A 1BQMA 3DMJA 3TAEA 4CJSA 3EZ5A 2KZMA 2G8UA 1WAJA 2Y1JA 1RILA 3E01A 2A1SA 4KPYA 1R0AA 4C8KA 1NJZA 2PY5A 3HVTA 2YHBA 1B92A 4AH9A 4BDZA 4O44A 1HNIA 4CJWA 4AHUA 3VQAA 1KTQA 1A5XA 5C42A 4E89A 4KHNA 1N5YA 4DTNA 1RBUA 3LPUA 3NCIA 2G8FA 3CYMA 4CK1A 3TAMA 1JLAA 3TI0A 4I9QA 4CEQA 5DMRA 5CZ2A 4BWJA 3RMDA 3AO5A 4W5OA 1Y97A 1KLNA 3KD1E 1KCFA 3TAPA 1WN7A 3S3MA 2IOCA 3OYEA 1MU2A 3TANA 3THVA 1VSKA 2HHXA 3QNNA 3VA3A 1RTIA 1B9DA 3OYAA 2HW3A 1L3UA 3OY9A 4IKFA 1HMVA 1D5AA 3AVHA 4MQ3A 1VSHA 1WAFA 3U3YA 3M8SA 1NOYA 4E0DA 4KI6A 1IKWA 3KK2A 3KLEA 4W5QA 4JRQA 2RPIA 2F8TA 1VSJA 1WSGA 4CJTA 3LZJA 1EKEA 1WSIA 4B9MA 3T19A 4CFBA 3SQ1A 3RWUA 4IFVA 1HQUA 3ZSWA 1TKZA 4B8CA 1L3TA 1YTUA 3OYCA 2Z1IA 4CJQA 2DFHA 4FLTA 3RMBA 3HO1A 3ISNC 3NGYA 4AILC 2A1RA 4OJRA 4CK3A 4Z4FA 1RT7A 5HROA 1TK5A 3KLIA 4BACA 4DTOA 2HB5A 4J2BA 5SZTA 4CJPA 3LP0A 1C1CA 1ASVA 3MXIA 2RN2A 1XWLA 2RKIA 4DU4A 3SQ4A 4NCBA 3RMAA 3CM6A 4M3XA 4CCHA 3OYLA 2HVIA 2KFNA 4C8MA 4C8LA 2O4GA 3PO5A 2HHTA 2FBTA 4G1QA 1IH7A 4OVLA 4CEOA 4YNQA 3PO4A 1S9EA 4DU1A 2XRIA 3F73A 4E7IA 1RT3A 3DOKA 1TK0A 2AJQA 1D9FA 4B8AB 1FKPA 3PX0A 3SUNA 3IG1A 1O1WA 3SZ2A 3OYDA 4F2RA 4OPKA 4BE0A 1WLJA 1K6YA 1IKVA 3P1GA 1JXBA 5FRMA 4Z0UA 1RBSA 1SV5A 3HP9A 4H8KA 4AHCA 4HUEA 2YNFA 3VQQA 2XY6A 4H4OA 4KB1A 5C24A 3V4IA 4B3OA 1NK4A 1BISA 1KVCA 4PQUA 5K14A 3OYGA 4FLYA 4Z4CA 2KFZA 1QHTA 1LWCA 1ASUA 1VSFA 4OPJA 5FROA 4KFBA 1G15A 1U49A 4FLUA 4CESA 1NK9A 3RRGA 4DFKA 4O0IA 3T3FA 4FZYA 3NF8A 5J2MA 1NK0A 3PX6A 5FRNA 4UQGA 4ZTJA 4FZZA 1NK6A 3PUFA 1JL1A 3KIOA 4FJIA 3AVNA 3K59A 3OYJA 2DY4A 3C6UA 1NKCA 3KK1A 1VSMA 3SJJA 4Y1DA 3SPZA 3AVGA 3QIPA 3OS0A 3VQ6A 2G8KA 3MEGA 3KLFA 4IG0A 4HUFA 1S5JA 3O3HA 4BWMA 1NKBA 3MXMA 1IKXA 5HRPA 4N41A 3OJUA 4QOZB 5CYMA 3LP2A 2GBZA 1L3SA 1QSSA 4ID1A 1C6VA 2DTUA 5KGWA 2QKKA 4NCGA 4BE1A 3V9ZA 3WNEA 4J2EA 3OYHA 1C0MA 4OLBA 2GV9A 2ZQBA 4M3RA 3VQCA 1CZBA 4CJFA 4DQPA 1XC9A 4KHYA 4CJRA 2FBYA 4Z4IA 1C1BA 4YFUA 4FVMA 5HRSA 5J2QA 2QK9A 3M8PA 1IO2A 3QEWA 2BANA 3VQBA 4ID5A 1UA0A 1BHLA 4F2SA 5KRSA 1TGOA 3ZSYA 4DS4A 4FJNA 3DLEA 4KTWA 3NBPA 1ZBLA 1NKEA 2G8HA 1A5WA 3AA3A 3AVBA 1F21A 1U47A 1ASWA 3D0PA 4KKOA 4KHUA 3TARA 2VG5A 4AHRA 3WNHA 3S9HA 2HHVA 1RBRA 3S3OA 1QS4A 3HPOA 3V6DA 3QEPA 2HNDA 1HJRA 3CG7A 1RT1A 3K58A 3CFRA 1KRPA 4QCLA 3HXMA 3LAKA 1JKHA 4FJ7A 4O55A 1J54A 4ELUA 4N56A 4DTXA 1RTDA 2HHUA 4CF0A 2YHAA 4CEEA 4CGJA 1NK8A 4ELTA 1REVA 4CHOA 1TL3A 1RDCA 3HT3A 4CJ5A 4Q0BA 3I0SA 2HHSA 1JLEA 1RT6A 4CJ4A 1TKDA 2IC3A 3M8RA 4M3UA 4KREA 4FCYA 2VG6A 3O3FA 1HYSA 4CEBA 1L5UA 4E19A 1KLMA 2JGUA 5HRNA 3AV9A 3SUOA 1TV6A 3ZT2A 3ALYA 2P5GA 3OYIA 3VA0A 3AVKA 1XHZA 2KTQA 3AVIA 4HHTA 2HHWA 4C8NA 1W9HA 4JS5A 3QERA 3JYTA 2E6LA 4MFBA 5KGXA 4KHSA 1J53A 3ZSOA 4AHSA 5SWMA 2OPPA 4LH5A 4DQQA 1BCMA 1JL2A 1SKSA 3AVMA 2YNIA 3V1QA 3NAEA 4QAGA 4DFMA 4DLGA 2X6NA 1LWFA 4FM1A 2FBXA 3C6TA 1LWEA 2XY8A 4M45A 3LP1A 2IGIA 2Z1HA 2VG7A 4KTQA 4DSLA 4FJKA 3DI6A 4HVJA 3LWMA 3DRRA 1RTJA 1TVRA 2F96A 3B6PA 3AO1A 3VQEA 5C25A 4Q5VA 3NDKA 3RTVA 3SPYA 2ZE2A 5FDLA 3DLBA 3ZSXA 2YNHA 3NF9A 5HRRA 3ZSQA 1LV5A 1X9WA 4DWIA 4FK0A 4E3SA 1LW2A 4KHQA 4FW2A 4CJVA 1D8YA 3TAQA 4F3TA 3K5OA 3MXJA 3KLGA 1QSLA 1U04A 4OKKA 2F8SA 3SYZA 4OKEA 1QE1A 3AVCA 4F4KA 1TKTA 3NH0A 1J5OA 3P83D 4J2AA 4DTMA 4HUGA 3PV8A 4RG8A 2YKMA 3RRHA 5J2NA 4DSJA 4FJGA 3MEEA 1BI4A 1I39A 1GOCA 3AO3A 5HLFA 3U3GA 4CHPA 3V1OA 4FJ5A 4RW7A 4M3WA 3OYMA 1JLQA 2KZZA 1S1TA 4JRPA 3HPGA 4CFDA 4ELVA 2HVHA 3AVFA 4EZ9A 3VQ7A 4EP5A 4DSIA 2BGGA 1XI1A 1TKXA 4IBNA 3VQDA 1ZBIA 4FJHA 3ZSZA 1U4BA 2DFEA 2P51A 2P5OA 2P1JA 3EY1A 4CF2A 4E7HA 1T8EA 3AO2A 1VSEA 1RNHA 1UWBA 3HJFA 3CFOA 1X9MA 4F8RA 1HNVA 1S1WA 3QETA 4PY5A 3NH2A 4E1NA 4FLWA 4OGEA 4I2PA 1S9GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8KA 4A62A 3PX4A 4I7FA 4IDHA 1Q8IA 2JWLA 1RDBA 4YOUA 3CJ7A 4CZFA 3B6OA 3QBWA 3UKUA 1HUXA 3NF7A 5ADXH 1X9SA 3QLHA 4KRFA 2NRVA 1Q9YA 2VWKA 3K5LA 4JKFA 4M63C 5M1OA 4BRGA 5BRFA 2XY7A 4FWLA 1QVGM 1K73O 3ASMA 3CQ8A 2YNGA 3LZIA 3SV3A 2NRWA 4JI3K 3FFKB 3RMCA 4WQ5C 4AHTA 3V9WA 4GV6A 1VQ4N 4BRPA 3WEEA 1C1AA 3G0ZA 4CFAA 4GV9A 3SNNA 4IZ9A 2E5LK 4DU3A 4CEZA 4DTPA 4CBXA 2G8VA 3A2FA 4JK8A 1ZBFA 4KV8A 4CIEA 2QWQA 3V9XA 3NGZA 3V81A 3MN9A 3GE1A 2QXFA 4Z94A 3QNOA 2FF3B 3QB0A 4FW1A 2EX3A 4PKGA 2PYLA 2YKNA 5BRDA 2WFBA 4KO0A 3L2UA 1EP4A 3AARA 4GY2B 1TL1A 1HR0K 5C10A 5E26A 2QWOA 3D45A 4FOIA 4GMJB 4H5VA 1IG9A 5EX5A 4CE9A 3R9PA 4FK4A 5BN8A 4CIFA 3CJBA 4DG1A 4H5NA 4N47A 3FZLA 5AQKA 4DR7K 3SLCA 1KQSM 3CCRN 2QW9A 4LSNA 3M8QA 3NHGA 2ASPA 3O6WA 2VQFK 4Y1CA 4DF8A 4FJXA 4BRMA 4JI6K 3L3VA 3HVRA 4LSLA 3OTOK 2OYQA 3T1YK 1TK8A 1GLDG 4JD2A 5AQWA 5C2DA 3OBWA 3E9PA 1SZ2A 3VQ4A 1XMQK 1X9JA 4CJ3A 3QINA 3HP6A 1JLFA 4FPBA 3SV4A 4B1XB 4EHTA 4YY3K 2B4JA 4C8OA 3LM2A 3O4QA 5AQPA 4GVMA 4BDYA 4YORA 3DXMB 3SMPA 4O0JA 3ULEB 5FPEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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