1UKOA

Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREYIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTRPFPWLDETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-amylase
publication title Change in the crystal packing of soybean beta-amylase mutants substituted at a few surface amino acid residues
pubmed doi rcsb
source organism Glycine max
total genus 176
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2003-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1ukoA00
2O9PA 3HJEA 1RP8A 4HMEA 2JEPA 1XYFA 4CD7A 5HPCA 1KGXA 1XCWA 3ZT7A 4BZYA 1GQJA 1EXPA 3THCA 3TONA 4AWEA 1UZ1A 3EDEA 3F5LA 2NW0A 1JYNA 4A4AA 4OUEA 2WMFA 3PZIA 1MQQA 4EK7A 5HXMA 1ZBCA 1VEPA 4UZSA 1W2VA 3GBEA 4HA3A 2RGLA 3M46A 4BQ3A 3AZRA 3ARTA 2D22A 2F61A 2WKGA 2PBOA 4W88A 2XYLA 3WF2A 1CEOA 2VVNA 1L8NA 2BHUA 4WSJA 1B9ZA 2WMHA 4MAVA 1WNOA 3W37A 3NSXA 2XSBA 1KBKA 2VR5A 1BQCA 3DHPA 4J28A 2YLLA 4OBSA 5DT5A 5GNZA 2F8QA 3AMLA 4JAWA 1R86A 1G1YA 3KZSA 3AIEA 3QHMA 4W5UA 2J7GA 4J3UA 4U3AA 2Y5EA 1KR1A 5E6ZA 1B1YA 3VIKA 1ITCA 4CU6A 4P8UA 5JBEA 2D23A 1FA2A 3AIRA 4AY1A 4ACZA 1CIUA 4URIA 4XB3A 4W5ZA 1WZKA 2XSAA 4OIFA 1J10A 1E1FA 1CLVA 4Q22A 2C0HA 2E9LA 4MDOA 1W9VA 2UY3A 1JXJA 1HX0A 1K9DA 3PBGA 5A6SA 5AYIA 1JZ3A 1JZ4A 2WC7A 5DF0A 2DSKA 2WMJA 1BYBA 1WB0A 1OT2A 1V3KA 1GJWA 1W9DM 5GNXA 3K8KA 3BAIA 4AZGA 1GOWA 2BV9A 2J62A 1V6YA 5D8ZA 1XHGA 1US2A 4H2CA 4P8VA 3AIBA 2AMGA 2CCRA 1MW2A 2WMGA 3LMYA 4P8XA 2D24A 1JYWA 2XHYA 3B9AA 4P7QA 2EPKX 4IPLA 3ZR6A 2VZTA 3GH7A 3IJ9A 2QMJA 3WF3A 5A8QA 1QHZA 2WVVB 2WCGA 3WNKA 3CZGA 2PF0A 1M53A 1NP0A 2A3AA 5BXPA 4PMOA 2VZSA 1TA3A 2XIBA 5I23A 5BCAA 3WUEA 2YDRA 3O6AA 1LL7A 4J3VA 1XCXA 4MNMA 3VMNA 1HXJA 5CLTA 1SMDA 1QI3A 5IHSA 1XC6A 4AZHA 2IXUA 3AOFA 4J3SA 4Q7NA 4EAMA 2OSYA 1HT6A 2VMFA 4PSRA 1MW1A 1NWRA 4C7DA 4IM4A 1FH7A 3VIPA 1V08A 5A3HA 5A6BA 1UYQA 2OWWA 3T2PA 3AI0A 3CHEA 4P7RA 1WP6A 4UQEA 5A6KA 1GQKA 2FHBA 4MJ4A 2X0YA 3SCPA 1V6XA 1EOMA 1AQMA 2W62A 2CPUA 3WNNA 1V03A 3UERA 1F4HA 1WCGA 1CGWA 1FFQA 1R85A 1H09A 5FOOA 3FXYA 3BCDA 1TMQA 4AZ6A 1GPFA 2NT1A 4JL1A 5E0FA 3DYPA 1J11A 4M56A 3T08A 3WIJA 4CGTA 1E6ZA 4W7WA 4AD4A 5EBAA 5DMYA 4JKMA 1D3CA 4R5EA 3ZT6A 4JFTA 3VMPA 4U3CA 2G3IA 2VVSA 3VGHA 4LX4A 2DT2A 2E8ZA 4W89A 1ZJBA 1W9UA 5E0CA 3VVGA 3ZO9A 3O9NA 3ZM8A 3MUY1 4UCFA 1V3MA 2J8FA 2XVKA 1CWYA 1V3LA 3TA9A 1CXLA 3I3BA 1V0KA 4CUCA 4MB1A 2D20A 3CLWA 2JEQA 1M01A 3B9DA 1DWIM 3VIFA 3SEPA 2YA2A 3GDBA 3A6OA 5FCZA 4F9DA 1JF5A 1D2KA 2Y24A 4MADA 3MU7A 1PIGA 3RPMA 3HN3A 1V0LA 5I0DA 3U5YA 3WD1A 3AYRA 1GJUA 3ZSSA 1CXFA 3WMBA 1EA9C 4DUWA 4W7UA 1MXGA 3CUGA 2XFYA 2ZUNA 4UFJA 2ZIDA 4X9YA 2YOCA 3AFBA 3WNOA 3WQ8A 5FIPA 3WH8A 3WQWA 1E6PA 4LYRA 1X6LA 4PMXA 1UWTA 3L4ZA 4UTFA 3WD3A 1V3HA 1H41A 1OIMA 4N42A 1V0NA 2A3CA 3K1DA 1UWUA 3A4WA 4RE2A 5EB8A 1B3XA 1E56A 3CZEA 2EPMX 4QDMA 1JI2A 1QI5A 2VUYA 3VNYA 1V02A 5CPQA 5BYWA 4PMQA 2VCCA 2YBTA 3RM4A 2V3FA 5BRQA 4N0RA 4ACZB 1M04A 1HL8A 1EO7A 2YDSA 1EHAA 4PYSA 2WKLA 4MDPA 2YL9A 3CMJA 4GXPA 1JZ2A 5DT7A 1AMYA 1ZBVA 3MANA 2J25A 1UR4A 2W92A 3QOMA 1E73M 5DEZA 3BH4A 1Q6DA 5FD0A 4ZEPA 1R87A 2J7FA 4TVCA 1XGZA 4MB4A 1NP2A 1R7AA 3N17A 3SCOA 3SCWA 3PTMA 3IAPA 1JYXA 1E40A 4ATDA 3W28A 3WBEA 2XWDA 2FHCA 3AICA 5CQ1A 1PZ2A 3JUGA 3W0KA 2OYKA 1PEZA 2EBNA 3CHFA 1XH0A 3CUIA 4LGXA 4A3YA 1UH2A 4LYPA 1E71M 4W8AA 3O2LA 1WZAA 2CBVA 3VD3A 3EDKA 3M7SA 1H2JA 2Y8VA 3S6TA 1E70M 4UQAA 3VMOA 4XZBA 3GNOA 1O7AA 3OA5A 3VO0A 5A8NA 1B0IA 1GONA 5CGTA 4KRUA 1TA3B 2O92A 2V5CA 4D6HA 3FNDA 1NOUA 5ECUA 1Z32X 2WMIA 1EQPA 3PN8A 2GK1A 3UEQA 1I1WA 1UD8A 5D9MA 1GOQA 2GJXA 2O9RA 1XSIA 1WDQA 3AZTA 2Z1KA 3WH7A 2E0PA 3EMCA 2XM1A 4DUXA 1TVPA 2RGMA 3WF4A 2BVTA 2TAAA 1ZJAA 2ZX7A 1UKQA 4B9YA 4JFSA 4PMNA 3UETA 3WH9A 3RIKA 3AIQA 3WF1A 5C71A 2D0HA 2VRQA 2VZOA 3BXWA 5HPOA 1UUQA 1VEOA 3WDQA 1Q6CA 4PMRA 3VPLA 3ARVA 3AMGA 4UOZA 1DEDA 3BMVA 1DP0A 3ZQ9A 2QMKA 3BAKA 1ESWA 2V3EA 1A47A 1KWKA 1UHVA 1B90A 5EFDA 2WYSA 1JDAA 1TVNA 4L4PA 4MNLA 3L4TA 1ECEA 1KXVA 4L4OA 1Q6EA 3WF0A 1B3WA 2EO7A 1LG2A 1QW9A 1JD9A 1VIWA 3HU7A 3VGGA 3FAWA 5FL0A 1UA7A 3WKZA 4E4PA 4B9ZA 2CHOA 1PX4A 3PZMA 4UQDA 4F9JA 3EDDA 2BVDA 2WVSA 4QAWA 1KCLA 1QVBA 3K4AA 2XJ7A 4AD2A 4LPCA 1R7OA 4UQ9A 3WDHA 5LA0A 4H8VA 1CGXA 2WZIA 2HVMA 3AJ7A 1UOKA 2VCAA 4W87A 4EANA 4GI6A 1HF6A 3OB8A 2XVNA 4HA1A 1W32A 2ZUSA 3ARQA 2DDXA 1W3HA 2D3LA 5E6YA 4CN4A 4NI3A 2PC8A 2BY1A 1KWGA 2PWHA 3DYMA 3VGBA 1LF1A 1WE5A 2DPEA 2DT0A 5I6SA 1J0IA 2EEXA 2WC4A 3AHZA 2V38A 1UA3A 5C70A 5JBFA 2WZHA 2VJXA 4M8UA 2CKRA 1ISWA 5ABEA 3AS0A 3NSNA 3M07A 1CGTA 3VDHA 2W91A 4AW7A 1V0MA 2OSXA 1ITXA 3ARYA 4D6IA 1CDGA 2NSXA 2BY3A 4AEFA 4MAZA 4K68A 2WB5A 3QGVA 4H41A 4M29A 2FDMA 1LG1A 1QBBA 3U7VA 2DT1A 1NWTA 1HKMA 3WH5A 5BXSA 3WDRA 2XTKA 3PHAA 2ZX6A 1LJYA 4Z2HA 5CSUA 1W2PA 3ARZA 3CZJA 1VEMA 4M81A 3IAQA 3TOPA 2BS9A 1CXIA 2G4FA 4PN2A 2E3ZA 4AZBA 3OZPA 1E3ZA 4UFLA 1KXQA 1B2YA 1E5NA 2WSPA 1WZLA 3W6LA 3UG3A 4H8HA 4E8DA 1IZKA 1WZMA 1DWJM 3PTQA 3AIUA 1E6QM 1JIBA 3F5JA 2E8YA 1BGAA 4RE4A 4RL3A 3LPPA 3CO4A 1FP9A 2VT0A 3MMUA 1J0KA 4UOJA 4V2XA 1GQIA 4HZ6A 2JIWA 1QHOA 4AZIA 1LL6A 1TE1A 3SUTA 1RD6A 2VZVA 2DSUA 3W82A 3VX1A 3PZOA 2WVTA 3VNZA 4C7FA 2WANA 4GQRA 3OBAA 1K9FA 4PSPA 1BAGA 1TUXA 1E6XM 2DSWA 1OBAA 3WD4A 2YKKA 3KEHA 1HVQA 1XD1A 2YBUA 3QOKA 3ZJ7A 2ZXDA 3VILA 1ZS2A 1VJSA 1JL8A 4Z2IA 2BFGA 2ZXAA 1LLOA 3W26A 3ZIZA 2BHYA 1B30A 2UY5A 2GJRA 4GI9A 1CGVA 1QPKA 1R8LA 5A8MA 3T2OA 2CBJA 4ML4A 2WMIB 2J7HA 1K9EA 1TR1A 2GK1B 3W38A 4QLJA 5I24A 2GJXB 1KB3A 3WQ5A 4D72A 2G41A 5I78A 4WJXA 1VFOA 4PCTA 4B16A 4HU8A 3G6MA 1E1EA 1VFFA 1TG7A 4XX6A 2ZWYA 1CBGA 3D3AA 3CGTA 2WPGA 5JBDA 3AMDA 1VENA 2FH8A 4U2ZA 3W25A 2VNCA 3NCOA 3T09A 4DM1A 1BTCA 5ABFB 2EJ1A 4JCLA 4H7VA 2WAGA 2X05A 4U5IA 2DIJA 1NM9A 3SIMA 2CETA 1EGZA 1GOKA 1E6SM 2WW5A 2PI6A 2VO5A 4HMCA 3MMDA 4JIEA 3MSGA 1ZU8A 4FLOA 4F66A 2OYLA 1GORA 1PZ3A 3CZKA 3EMZA 4ACYA 4PCSA 3FHQA 4PBGA 3VGEA 2X2YA 2WHMA 3CHCA 1C7TA 1ODUA 1QW8A 2OSWA 7A3HA 3AMKA 1UKSA 4MTVA 5D9PA 4EKJA 3RM9A 3WQ4A 3ZR5A 4UOQA 3BGAA 3A4AA 4FLRA 1QOXA 4U33A 1MVYA 4BA0A 1OB0A 2GUYA 6A3HA 3GXDA 3MUAA 2CITA 4KGJA 1J0ZA 6CGTA 8A3HA 1UD3A 2VR4A 4AC1X 1DWHM 1KFWA 4J3WA 4AIEA 3L4YA 4UQCA 2XGBA 1V02E 4NZCA 1LWJA 1HKKA 1ISVA 1KXHA 2W5FA 1E6RA 1FH9A 1U33A 4BS0A 3CUHA 4AEEA 1AVAA 4AXNA 2G3NA 1G01A 2WNWA 1JFXA 3AQUA 4XZWA 4AMCA 1SMAA 2W63A 3WD0A 4GIAA 4CVUA 3VM5A 1CGYA 4JKLA 3VIHA 2XIIA 3PZVA 3TTYA 3NYDA 3K46A 1YQ2A 6TAAA 4FK9A 3PZNA 1RPKA 3GH5A 1G5AA 4TVDA 1BG9A 4FLQA 5CZKA 4PMDA 1E43A 2J75A 4OOUA 2ZXQA 3NJ3A 1OCQA 3GH4A 2J78A 1OM0A 2OWCA 1C90A 1UKTA 5GNYA 1E6NA 1K9TA 2V5DA 2ZUTA 3BSHA 4TUFA 3W53A 2DEPA 1EDTA 1RP9A 3IJ7A 3ARRA 4D6GA 4GI8A 5D4YA 4AD3A 5BROA 1CNVA 4U31A 1JZ5A 1EDQA 2WBGA 2J4GA 4MB3A 3GXIA 3ARUA 4UFKA 4BQ4A 5AC5A 2CESA 2VQUA 4MJ2A 1GUVA 3ARPA 1H1NA 3WNPA 2XUCA 3WEOA 3VIIA 1UKPA 2UWFA 2ZOXA 2QLYA 1VAHA 4CD5A 2VOTA 4D1IA 2J79A 4FLSA 1KQYA 5A2AA 2J74A 1E4NA 2CHNA 3K4DA 4PMYA 4ATWA 1LQ0A 1W1YA 3S2CA 2ESCA 1PX8A 3VDAA 4CCEA 2VQTA 4WKHA 4Y7EA 3RM8A 3MKKA 3AS3A 1OINA 1E55A 3SCVA 3SUWA 1VBRA 4QP0A 2XG9A 1GOMA 5E9AA 2WHKA 2XFRA 1OD0A 2AOSA 1JG9A 4M24A 2Y8KA 3RCNA 3NDZA 1XH1A 1YHTA 4PUEA 4Z2KA 2XGIA 4LYQA 4ZXLA 2WC3A 1GOOA 3I3DA 4ZENA 5CSYA 2YLAA 3BAJA 1EH9A 1V3JA 1JZ8A 1ISZA 4J3XA 4AD1A 1CECA 3WUGA 1CTNA 5AYBA 3WDJA 3UG4A 4Z2JA 3N13A 3L4VA 3QHOA 2PBGA 1W3KA 2CXGA 1CGUA 2E9BA 2YJQA 1K6AA 3KWXA 4S3KA 1JDCA 3WDIA 2BY0A 4DWSC 3K8LA 3VDBA 3CUFA 3VDCA 1E4IA 5EMYA 5A2BA 5A6MA 4HU0A 5A69A 1WDRA 3WH6A 4CU8A 1TCMA 3AROA 3KL5A 3ZJ6A 1OGBA 5A8PA 1E15A 3ZT5A 2VRKA 3E1F1 3LPGA 3NSMA 4XV0A 4JFWA 3WQVA 4E2OA 4JZ5A 4HOWA 1E72M 3SURA 1HIZA 1XV8A 1W9BM 4D6CA 2VZUA 1BSIA 4YPJA 5I77A 4AYSA 3GM8A 3PTKA 4CD8A 4JKKA 3CHDA 1WAWA 3D5HA 3SCQA 3WUFA 2YA1A 4GQQA 2A3EA 1WO2A 2YA0A 2ZX5A 4HA4A 2ZUUA 3WY1A 1LL4A 4WSKA 1NOFA 1UG6A 1PX3A 1W3LA 1FHDA 5A1AA 2BVYA 3I3EA 4TXEA 1BLIA 1HJUA 4MNJA 1PIFA 3RILA 5JIWA 1AQ0A 3SUSA 3PZTA 2WSKA 3BLKA 3VINA 2WVUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O9P A;  3HJE A;  1RP8 A;  4HME A;  2JEP A;  1XYF A;  4CD7 A;  5HPC A;  1KGX A;  1XCW A;  3ZT7 A;  4BZY A;  1GQJ A;  1EXP A;  3THC A;  3TON A;  4AWE A;  1UZ1 A;  3EDE A;  3F5L A;  2NW0 A;  1JYN A;  4A4A A;  4OUE A;  2WMF A;  3PZI A;  1MQQ A;  4EK7 A;  5HXM A;  1ZBC A;  1VEP A;  4UZS A;  1W2V A;  3GBE A;  4HA3 A;  2RGL A;  3M46 A;  4BQ3 A;  3AZR A;  3ART A;  2D22 A;  2F61 A;  2WKG A;  2PBO A;  4W88 A;  2XYL A;  3WF2 A;  1CEO A;  2VVN A;  1L8N A;  2BHU A;  4WSJ A;  1B9Z A;  2WMH A;  4MAV A;  1WNO A;  3W37 A;  3NSX A;  2XSB A;  1KBK A;  2VR5 A;  1BQC A;  3DHP A;  4J28 A;  2YLL A;  4OBS A;  5DT5 A;  5GNZ A;  2F8Q A;  3AML A;  4JAW A;  1R86 A;  1G1Y A;  3KZS A;  3AIE A;  3QHM A;  4W5U A;  2J7G A;  4J3U A;  4U3A A;  2Y5E A;  1KR1 A;  5E6Z A;  1B1Y A;  3VIK A;  1ITC A;  4CU6 A;  4P8U A;  5JBE A;  2D23 A;  1FA2 A;  3AIR A;  4AY1 A;  4ACZ A;  1CIU A;  4URI A;  4XB3 A;  4W5Z A;  1WZK A;  2XSA A;  4OIF A;  1J10 A;  1E1F A;  1CLV A;  4Q22 A;  2C0H A;  2E9L A;  4MDO A;  1W9V A;  2UY3 A;  1JXJ A;  1HX0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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